The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.
Total Genus |
9
|
sequence length |
57
|
structure length |
57
|
Chain Sequence |
MTTFKLIINGKTLKGEITIEAVDAAEAEKIFKQYANDNGIDGEWTYDDATKTFTVTE
|
The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.
After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.
| publication title |
Design, structure and stability of a hyperthermophilic protein variant.
pubmed doi rcsb |
| molecule keywords |
GB1-C3B4
|
| molecule tags |
Hyperthermophile
|
| source organism |
Streptococcus sp.
|
| total genus |
9
|
| structure length |
57
|
| sequence length |
57
|
| ec nomenclature | |
| pdb deposition date | 1998-01-19 |
| chain | Pfam Accession Code | Pfam Family Identifier | Pfam Description |
|---|---|---|---|
| A | PF01378 | IgG_binding_B | B domain |
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
| Class | Architecture | Topology | Homology | Domain |
|---|---|---|---|---|---|
| Alpha Beta | Roll | Ubiquitin-like (UB roll) | Ubiquitin-like (UB roll) |
#chains in the Genus database with same CATH superfamily 4KGT A; 2JU6 X; 1EM7 A; 1MVK A; 2LHD A; 5BMI A; 5HHD G; 1MHX A; 1GB1 A; 2LHE A; 5JXV A; 1Q10 A; 2KN4 A; 2OED A; 4IKG A; 1XF5 L; 1K51 A; 2PTL A; 1XCT L; 2IGH A; 2NMQ A; 2QMT A; 1MHH E; 2RMM A; 1MI0 A; 4IOI E; 1ZXH A; 2GI9 A; 2ON8 A; 2N9L A; 4HJG E; 1MPE A; 4HKZ E; 2JZP A; 4MAC A; 1C9F A; 2N9K A; 1YMH E; 1XCQ L; 5HG2 A; 5HI1 A; 1JML A; 4OZB A; 2EEL A; 1P7E A; 2JWU A; 1KH0 A; 2K0P A; 2QSD A; 2KQ4 X; 1IGD A; 2GB1 A; 2N7J A; 2ONQ A; 4KGS A; 2JSV X; 1PGB A; 2IGG A; 1PGX A; 2I38 A; 2RPV A; 2PLP A; 1IGC A; 2PW9 A; 4D2K A; 1IBX A; 3UI3 A; 4WH4 A; 2IGD A; 1YNT E; 1FCL A; 1K50 A; 2KDM A; 1HZ5 A; 1FD6 A; 1IBX B; 2JXT A; 1D4B A; 1UWX A; 1FCC C; 3FIL B; 2J53 A; 1F2R I; 2KAC A; 1GB4 A; 2LGI A; 2KWD A; 1HEZ E; 1P7F A; 3GB1 A; 2J52 A; 2ZW0 A; 5HFY A; 2I2Y A; 2LUM A; 4GLS C; 4OZA A; 1QKZ A; 5BMG A; 4OZC A; 1PGA A; 3MP9 A; 5BMH A; 1F2R C; 3FIL A; 1K53 A; 4KGR A; 3V3X A; 1K52 A; 2ZW1 A; 1HZ6 A; #chains in the Genus database with same CATH topology 2WX1 A; 1C4A A; 2N9X A; 1TJE A; 3MC8 A; 4CHK A; 3W9C B; 2V4L A; 4P16 A; 2G45 B; 3CIR B; 2WDQ B; 4USA A; 3R3M A; 3P4S B; 2IGH A; 2MBO A; 4LDT B; 2WLB A; 4WWM A; 3LDZ E; 1E8Z A; 1PFD A; 4IDI A; 2J0M A; 2G4D B; 2MHJ A; 2QIL A; 4HJG E; 3AE5 B; 2JXX A; 4KDL B; 5E6J A; 2K25 A; 3TEX A; 1AWD A; 1SE4 A; 2N9K A; 3D32 A; 4LLG M; 1RYJ A; 5HG2 A; 2NTS A; 3PLV A; 3C8Y A; 4W9I A; 3H7P B; 4TUU A; 3QJZ A; 2G3Q B; 3HIZ A; 3VTW A; 4C7Y A; 2KQ4 X; 3KUZ A; 4AQ7 A; 3APF A; 4FUL A; 2LGS A; 2OJW A; 3ZXR A; 4GXB A; 1C77 A; 5C1Z A; 1F9J A; 3Q2A C; 1IPG A; 2PJH A; 4MEL A; 1CK1 A; 5D2M B; 3NY5 A; 3AE1 B; 4LJO B; 2KDI A; 3Q6B A; 5E6N A; 3WIM A; 3LYY A; 2MA9 B; 2ZNV B; 4KIK A; 3AV8 A; 3Q14 C; 2KTR B; 3W5V B; 4IM0 A; 2IYD B; 4P6V F; 3HM6 X; 4FHK A; 3BYT B; 2ZZP B; 2XEW A; 2NPT B; 4OZC A; 2DX5 B; 3RN9 C; 3DQV A; 2KX3 A; 1K53 A; 1WX8 A; 3VRA B; 2C5L C; 1B1Z A; 2GBN A; 3R2T A; 4HPM B; 1QIL A; 4RM8 A; 1HA5 A; 2N7D A; 3A9K B; 2INN E; 1MHH E; 3I63 C; 2WDV B; 4IOI E; 3U7Z A; 4TV3 A; 3U8Z A; 3NJT A; 2GI9 A; 1KOT A; 2KQS A; 3AEC B; 2KK8 A; 2R2O A; 4JIO U; 1YD8 U; 5LLI A; 1WMH B; 1FFU A; 2MWS B; 3OWE B; 3VTU A; 3SR6 A; 1TS3 A; 5BYS A; 3B1L X; 3UQB A; 3VTV A; 1QOF A; 2JWZ A; 3GP7 A; 2MBQ A; 3P4Q B; 4DDG D; 1WX9 A; 4LNK A; 2GB1 A; 3O65 B; 4FA6 A; 4K3C A; 3PRZ A; 1L4D B; 2FAZ A; 4KGS A; 3ALB A; 2IGG A; 4FJY A; 1TZO A; 2HE7 A; 3DWG C; 4OVU A; 2MBB B; 2L1A A; 3BVG A; 5AZG A; 2CJN A; 4GU2 A; 2V3N A; 2WU5 B; 4ASW C; 1VD2 A; 4J3O D; 2PPH A; 2IO1 B; 1RFK A; 4FN2 A; 1K8R B; 3HUI A; 2BKR B; 4BAX A; 4JX1 C; 1F1H A; 1UZX B; 1SGH A; 3U7D A; 2JY6 A; 2WXM A; 4NAM A; 4HPL B; 3W1Y A; 2WXR A; 4NAW B; 3W5U B; 4IUM B; 3ZTC A; 5BYR A; 2KVZ A; 5IO9 A; 1HE8 A; 3PVL A; 2JU6 X; 3IXS A; 1LXD A; 2JVC A; 5FKA C; 4IKG A; 2KHW B; 4KKI A; 1ET9 A; 3IAM 1; 3DBR B; 4C4V B; 3URY A; 4LDT D; 3NOB A; 4TSS A; 5GXG B; 4NNJ B; 1XLN A; 3AU5 A; 3Q3J A; 5D94 A; 3N1Z C; 2ZNV C; 4DBG A; 2CU1 A; 2W55 A; 4ZRJ A; 1JWS D; 4PYU A; 4A9A A; 4GDL B; 3GE8 C; 3N30 A; 3B2F A; 1D6E C; 3B2G A; 5T8I A; 4YSX B; 3NRZ A; 3L17 A; 3KWL A; 4XZ4 A; 4ANV A; 3R8B A; 3GS2 A; 3JSV A; 4NY0 A; 4MGY E; 3NZ3 A; 1MG4 A; 2KC2 A; 5E6O A; 3EFU A; 4WH4 A; 4M01 A; 4DXF A; 1FCL A; 1YNT E; 3MC9 A; 1RAX A; 5LXI B; 2BQQ A; 3DBS A; 2D07 B; 2KDF B; 4MSM B; 3SEB A; 1XO3 A; 2J53 A; 1RM6 C; 2IJ0 A; 1CJE A; 1UGJ A; 4AOF A; 1GB4 A; 2Y5B B; 3DHH C; 2D11 A; 4GMV A; 2KMA A; 2L83 A; 2PIA A; 5IAA C; 2WXN A; 4ANU A; 4LTU A; 2ICI A; 1ROE A; 4WJO A; 4IG7 B; 4DXA B; 3AE9 B; 4KSK C; 1YX5 B; 3ML8 A; 2N9P C; 1WXV A; 3CST A; 1EM7 A; 1WGD A; 1WY8 A; 2KFJ A; 2BWE S; 1XF5 L; 4ZRK A; 3V62 A; 1Q1O A; 1VZ7 A; 2EMS A; 5BO4 B; 3ZXV A; 2N1W A; 2LRW A; 2IPK D; 4KKJ A; 3VDZ A; 1NEN B; 3AED B; 2KJH B; 2M17 A; 3AM9 A; 4AP4 C; 2LVO A; 2G9H D; 2V4I B; 5JH5 C; 3M3J A; 3DBL I; 1LO5 D; 4DHZ E; 1YJJ A; 2JX5 A; 4XC2 A; 3ECI A; 4ANW A; 4ZRI A; 2RR9 A; 3IAS 1; 3ABV B; 4I6L B; 1A70 A; 2LGX A; 1ZE3 D; 1N62 A; 2WQY B; 3H8H A; 1V49 A; 2QHO A; 2AL6 A; 3X23 A; 4BKS A; 3U30 A; 1F77 A; 2HJ8 A; 2PLP A; 2ZJD A; 3NG0 A; 2PW9 A; 5AUK A; 4D2K A; 3PZ7 A; 1E90 A; 3RPF C; 4IM3 A; 1XLQ A; 2D3B A; 4F7Z A; 3GZN B; 4HVB A; 4WWN A; 5D3D A; 3AH7 A; 4L2Y A; 1TBE A; 1HTQ A; 4S0R A; 3A1Q A; 2K6D B; 3HK0 A; 1EO6 A; 1UGM A; 2M8S A; 4OHJ A; 4B0M A; 2VH2 A; 2UWQ A; 5CX3 A; 5EE3 A; 4MGI E; 1C78 A; 1NI2 A; 3EA6 A; 3WAM A; 5AEK B; 4A6Q A; 1FIQ A; 2AWT A; 2CU3 A; 2MSE D; 1WE7 A; 1YOV B; 4OZA A; 2NCN A; 5BMG A; 2BBC A; 5IN7 A; 4M02 A; 1JQ4 A; 3GE3 C; 1MG8 A; 1UWM A; 2BTE A; 1R4M B; 2FUH B; 4AJY B; 2L32 A; 3KH0 A; 3KVF B; 2D3C A; 3KLS X; 2OED A; 5C2T B; 4MJS B; 2C60 A; 3C19 A; 2AL3 A; 1FEH A; 2LMC A; 2K8H A; 3PHW B; 2MQJ A; 2RMM A; 3DHG C; 1XQQ A; 4MDK E; 4G0N B; 3AEA B; 4HKZ E; 4JE3 B; 2L7R A; 4EUT A; 1FNW A; 1PUT A; 4ITK A; 4DHZ B; 2W3S A; 1WSP A; 2N4F A; 1ISN A; 2D5G A; 4NJ7 A; 1XCQ L; 1WR1 A; 1Z2M A; 4XDD A; 3QWZ B; 3AU4 A; 3O13 A; 1ZP0 B; 1KF6 B; 1QT9 A; 1L0V B; 2JWU A; 2K5P A; 2KAN A; 3ZKJ C; 3C0R B; 3L54 A; 2K9X A; 4A3P A; 1P1A A; 2FCQ A; 3Q8F A; 3DBH B; 3TCA A; 1WRI A; 2VZK B; 1J0G A; 1NBF C; 3B9J A; 2JUO A; 2E3T A; 5FK9 C; 1J8C A; 2MX2 A; 4KSL C; 2IGD A; 2L00 B; 3AMZ A; 4XWW A; 4EOY A; 1TS2 A; 2KTR A; 2MJ3 A; 3DVG Y; 1GC6 A; 2JXT A; 3IT4 B; 1LFD A; 2HJ1 A; 1EU4 A; 4JPS A; 4HDQ A; 4IWO A; 2LI5 A; 2IBI B; 2CJO A; 2LRU A; 2NPT A; 3VUW A; 3W1S C; 2J52 A; 1TZ1 A; 4PS7 A; 4KDI C; 1OQY A; 3CSF A; 4JWU C; 3HVZ A; 5D6J B; 1R4N B; 4LNN A; 1QQR A; 2IO0 B; 2WXQ A; 1QOG A; 1JCK B; 3L4P A; 4E71 A; 1HTO A; 4IWP A; 3WAP A; 3ZNH B; 4IM2 A; 4RH6 A; 2LFI A; 2WNM A; 2ZPN A; 2N7E A; 3EGR A; 4L1B A; 4M0W B; 1L7Y A; 3S2A A; 3SU8 X; 4W9C A; 2JYT A; 2CR5 A; 1WGK A; 1WMH A; 1JW9 D; 2Q5W D; 2PE6 B; 1DOI A; 1D3Z A; 4ZRQ A; 2Y3A A; 3VH3 B; 3TIX A; 2PVG C; 3V6C B; 4HLE A; 4RM9 A; 3KYD D; 3VR9 B; 2GBR A; 3VH4 B; 3Q3O C; 2KMC A; 2KQ7 A; 1WR6 E; 3BY4 B; 1FXI A; 1YN3 A; 1Q5W B; 3ZJU A; 3V61 A; 3M63 B; 4R3D A; 3OAW A; 2LVP A; 5AUI A; 2KT7 A; 4YTM B; 4J6I A; 1OTR B; 3H9D A; 5H8Y E; 4EKU A; 1IGC A; 1S1Q B; 4LNF A; 1ZDV A; 1DGJ A; 2KWU B; 2V0G A; 1JWU D; 4G50 A; 1IBX B; 4KX6 B; 2C9W B; 1WGG A; 5AZF A; 2DZI A; 1QLB B; 3P1M A; 1B9R A; 2I1K A; 2KXJ A; 2EMT A; 2BYE A; 3P4R B; 1WWT A; 4NZL B; 1E7P B; 3E9S A; 5J2R A; 3DWM A; 4X57 B; 4BFR A; 1I4X A; 3MJW A; 3QX1 A; 2LUM A; 2LZ6 A; 1TS4 A; 3PO0 A; 2XBB C; 3DBL B; 1E6E B; 3SFE B; 3BVM A; 2KDB A; 2HTM E; 4ZOH C; 4H2A A; 3NVY A; 4II2 B; 1WGH A; 2LWP A; 2KFK B; 3MHZ A; 4B0E A; 5EE9 A; 2DZK A; 4OVV A; 1P98 A; 5HHD G; 1MHX A; 2LUE A; 4C4V A; 5JXV A; 3Q3N C; 1KTK A; 1DOX A; 3BVZ A; 3KW5 B; 4DHJ B; 2QJL A; 4ICU A; 1STE A; 2JZ3 B; 4W9J A; 4REZ A; 4NPN A; 4YTP B; 2RPQ A; 2KVR A; 2L0T A; 4K7U A; 1TS5 A; 2JQR B; 3OG5 A; 4GDL A; 1CZP A; 1JML A; 1WJN A; 1WH3 A; 2AQ1 B; 2NBW B; 2LAS A; 2REX A; 1T0S C; 4P1B C; 1OEY A; 3EUB 2; 5CHW A; 1JRP A; 3TUO A; 4GIV A; 2BYF A; 4EZJ A; 2FCS A; 3KUD B; 3VQI A; 2I38 A; 1FO4 A; 2VZK D; 4PYZ A; 4MGK E; 2WDR B; 1L5P A; 2G4S A; 1EWC A; 2LEK A; 3RYT A; 2GRI A; 2O2V B; 1I4P A; 4C00 A; 4A55 A; 3A33 B; 3HM3 A; 4HRO A; 4KZ0 A; 4ZYS A; 2MJD A; 2M56 B; 3AEE B; 1I42 A; 1V6E A; 2Z0D B; 3FC4 A; 2BYV E; 4RFB A; 2O6V B; 1JWB D; 4GGQ A; 2FCN A; 4L23 A; 3RT3 B; 2OHF A; 3KWV A; 2KMM A; 3PZD A; 3J9C A; 3PRP B; 3TSS A; 3U52 E; 3AE3 B; 3MFG A; 1LQB A; 4ANX A; 1TYG B; 4M8N A; 3QCA A; 1J7A A; 1I4H A; 2NBU A; 1Q10 A; 3RMK C; 2JYE A; 2BPS A; 3W2D A; 3TEZ A; 4P7I A; 1SBB B; 1WYW B; 4RNA A; 1KLV A; 4B95 A; 4AUQ C; 3PSE B; 2LJI A; 1H4R A; 2V9H A; 1YIW A; 2BT6 A; 3BII D; 3AN1 A; 4C56 C; 2JZP A; 3DOW A; 3FKY A; 3SD5 A; 3RD2 A; 2LJ5 A; 1BML C; 2QDF A; 1GC7 A; 1TKG A; 4OZB A; 4BKG A; 5D7G A; 3AEG B; 5CHF A; 5GMV A; 2AQ2 B; 4LNO A; 4AWJ A; 2QSD A; 1D5X C; 2H88 B; 3A9J B; 5FR3 A; 4G11 A; 3AXC A; 4HDO A; 1VZ6 A; 2ONQ A; 1L0Y B; 3PLU A; 3ZNZ B; 4XYC A; 2MJE A; 3Q3M C; 3PRM B; 2MBE A; 3EEC A; 4B9K A; 4GN1 A; 2G1E A; 2LXC A; 4IW0 A; 3RZW C; 4FLH A; 5JHA A; 2NVU I; 3Q8E A; 1NEK B; 1X1M A; 3UI3 A; 2FBW B; 4I6N B; 1YX6 B; 1G6J A; 1N63 A; 4KV2 A; 2PVO D; 1H8C A; 2OJR A; 2W82 A; 2JT4 B; 3PHX B; 1E8X A; 1XLP A; 1F2R I; 3APD A; 1GPX A; 4MGZ E; 2KDE B; 1SSN A; 3JW0 X; 2J42 A; 3ZRF A; 4WIP A; 3UIP B; 5IKC M; 1GG3 A; 3FIL A; 2XK5 B; 3A4R A; 2FCM A; 3I9V 1; 4KGR A; 2ZW1 A; 1MVK A; 2A5U A; 1T0Y A; 3E56 A; 1SJE D; 1OGW A; 5BYQ A; 3DHI C; 4DHJ D; 1C4C A; 2DEN B; 1YQB A; 3MJ5 A; 2UYZ B; 3I5J C; 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3BYY B; 3PPA A; 2N9L A; 3TEY A; 3BZD B; 1MPE A; 4BZA A; 5TSS A; 3EC8 A; 4M00 A; 1FMA D; 2KN5 A; 2W3R A; 2M1M A; 2HD5 B; 1FXA A; 1XT9 B; 1UH6 A; 2BKF A; 1N60 A; 4P1C C; 1TKE A; 2KNB A; 3HVD A; 3PGE A; 2Y5P A; 2KJ6 A; 2OOB B; 5J17 A; 3H7P A; 5H92 C; 3L10 B; 4O1N A; 1EF5 A; 1VZ8 A; 1V1P B; 4US9 A; 2K1F A; 2L52 A; 4M8M A; 4K3B A; 4DWF A; 1IBX A; 1WIA A; 3APC A; 2D10 A; 3AUL A; 2DAF A; 2FUG 1; 2Z59 B; 3LB8 C; 4N59 A; 4C80 A; 1NI3 A; 5CHV C; 2J7Q B; 2M4N A; 1FNV A; 2WXP A; 4DQO C; 5C3J B; 3WA0 A; 4HKQ A; 4NQL B; 1WI0 A; 2NR2 A; 4MH0 E; 4K81 A; 3L0W B; 1OEY J; 2KFK A; 1E5W A; 4TQ0 A; 1Z5S B; 1L0X B; 1WGY A; 4IC7 B; 2KD0 A; 4URK A; 1P9D U; 2LHD A; 4RCO A; 2NTT A; 4JL9 A; 1UNS A; 2PTL A; 2V1Y A; 1XCT L; 3PZ8 A; 2ZCC A; 3VVW B; 2NMQ A; 4PK1 A; 4GDK B; 1CMX B; 1D5M C; 2QMT A; 3U2S C; 5HKH A; 2HTH A; 1WXA A; 1WYG A; 1M4V A; 3T3O A; 1FM0 D; 1RLF A; 3A9K A; 1S3S G; 3RNE C; 4EEW A; 3UQA A; 4PS3 A; 4BBN C; 5DPW A; 1WRD B; 1UD7 A; 2IO3 B; 3DDC B; 3RNG C; 3DVG X; 4JWS C; 4W9F A; 3UIN B; 3PRE A; 2BS3 B; 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