The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.
Total Genus |
21
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sequence length |
96
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structure length |
96
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Chain Sequence |
LPGNYFVNVFVNGRKVDSGNIDFRLEKHNGKELLWPCLSSLQLTKYGIDIDKYPDLIKSGTEQCVDLLAIPHSDVQFYFNQQKLSLIVPPQALLPR
|
The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.
After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.
| publication title |
Allosteric Mechanism Controls Traffic in the Chaperone/Usher Pathway.
pubmed doi rcsb |
| molecule keywords |
F1 CAPSULE-ANCHORING PROTEIN
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| molecule tags |
Transport protein
|
| source organism |
Yersinia pestis
|
| total genus |
21
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| structure length |
96
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| sequence length |
96
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| chains with identical sequence |
B, C, D
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| ec nomenclature | |
| pdb deposition date | 2012-07-02 |
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
| Class | Architecture | Topology | Homology | Domain |
|---|---|---|---|---|---|
| Alpha Beta | Roll | Ubiquitin-like (UB roll) | Ubiquitin-like (UB roll) |
#chains in the Genus database with same CATH superfamily 1ZE3 D; 3BWU D; 3RFZ B; 4B0E A; 4J3O D; 1ZDV A; 1ZDX A; 4B0M A; #chains in the Genus database with same CATH topology 2NMQ A; 3BWU D; 4NNJ B; 2WU2 B; 1C78 A; 3PZ7 A; 2PLP A; 3UIN B; 1NYR A; 4N6E B; 1YN5 A; 1MVK A; 5D6J B; 1OFF A; 1UBQ A; 1J0G A; 3NY5 A; 4RGN A; 3FIL B; 5J17 A; 3RUI B; 3N20 C; 2G1E A; 2GI9 A; 4XGA B; 3DBR B; 3LXF A; 4O1N A; 2Z0D B; 3ZRC A; 1SSN A; 4G0N B; 2EMT A; 2RDG A; 3AE5 B; 3NVY A; 4GU2 A; 2SAK A; 4KX6 B; 4M0W B; 3EHV A; 3K9O B; 4LTU A; 4WQM A; 4K3C A; 1STE A; 2KHW B; 2FID A; 3EUB 2; 3T3O A; 4EOY A; 2Z59 B; 4HPM B; 2ICI A; 3QIJ A; 1FFV A; 1ZDX A; 2BTE A; 1H4R A; 1N60 A; 2GBN A; 2JZP A; 3QC8 B; 2YEP B; 2LFI A; 1H8C A; 2MBH A; 3H1U A; 1K50 A; 2V1Y A; 2WLB A; 4A55 A; 1E8X A; 2IGG A; 5HHD G; 3AMZ A; 4N58 A; 2MP2 B; 2GBK A; 1UBI A; 3CF6 E; 3ZNG C; 1RAX A; 1L6U A; 2M8S A; 1WF9 A; 2B3A A; 1YX5 B; 3DDC B; 2LXC A; 1FD6 A; 3KUD B; 4EKU A; 1I4H A; 2N7J A; 2KX0 A; 4LDT B; 3AE3 B; 4ANU A; 2IYD B; 4MDK E; 4GB9 A; 3MC8 A; 4YSX B; 3JSV A; 3AE4 B; 1IBX B; 2W9N A; 2BYE A; 2REX A; 2ZCB A; 1E7P B; 1WXM A; 2G9H D; 3DQV A; 2L32 A; 4XDD A; 5AZH A; 3A9J B; 2D10 A; 2B76 B; 2D3B A; 2J42 A; 1CQV A; 3PVL A; 4A6Q A; 1N61 A; 2KN4 A; 2WGS A; 4US8 A; 3PRZ A; 1L0X B; 4REZ A; 2PW9 A; 5C23 A; 3L0W B; 2WNM A; 2IGH A; 4OW0 A; 1YMH E; 3AED B; 2FIF A; 4W9C A; 2KDM A; 2MCN B; 1RLF A; 3MP9 A; 2K39 A; 3GS2 A; 1TY2 A; 4RGM A; 1CMX B; 2WXP A; 3NZS A; 3SR6 A; 1WGY A; 2DZK A; 4M8N A; 4GDK A; 2KJH B; 4XWW A; 1UGM A; 2PTL A; 2FCM A; 1RFA A; 1K53 A; 4GLS C; 3AEE B; 2K8B A; 4WH4 A; 4ZOH C; 4CHK A; 3A9K B; 4FN2 A; 3RT3 B; 4S17 A; 4MJS B; 2DAJ A; 2RDB C; 4P1B C; 4JWS C; 3VQI A; 5GMV A; 4NQK E; 1IP9 A; 2AYO B; 2W3R A; 4NAW A; 1K51 A; 3TBL D; 3GE3 C; 2V3N A; 3S2A A; 2TSS A; 1WJ6 A; 2FNJ B; 1KFY B; 3IG3 A; 3IAM 1; 2MW5 A; 3IAS 1; 3B2G A; 5IP4 D; 2MBQ A; 2G3Q B; 2JY6 A; 5AUK A; 2WXI A; 5KHQ A; 1FXT B; 2O2V B; 2CS4 A; 1RYJ A; 1XCT L; 4W9J A; 4L1B A; 3PHX B; 1T6B X; 3Q3O C; 1XF5 L; 5TSS A; 4HXD A; 4FLH A; 3Q3F A; 2MJD A; 1V86 A; 4DWF A; 4XE0 A; 3V61 A; 1NBF C; 4DDG D; 1G6J A; 1OQQ A; 2N9P C; 2Z0E B; 4BAX A; 3P1M A; 2WXG A; 1UUP A; 2J53 A; 4BFR A; 3HVD A; 1QQR A; 1TBE A; 2MJE A; 2QHO A; 3QJZ A; 1T5X D; 1T0Q C; 1EF5 A; 4LNN A; 1WGG A; 2WXM A; 3KQ4 A; 2KDF B; 4MGI E; 5J18 A; 2IO1 B; 1FMA D; 2M4N A; 4C80 A; 2I38 A; 3N1X C; 2GB1 A; 3R8B A; 3B1L X; 3W2D A; 2K22 A; 1MG4 A; 3R2I A; 4GXB A; 1GJZ A; 2NS5 A; 2JU6 X; 1WRI A; 5JZE B; 1ZP0 B; 2K3U A; 1ZDV A; 2QC8 A; 1B1Z A; 3I9V 1; 1L5P A; 4HRS A; 2KK8 A; 5FR6 A; 4L2Y A; 1IPG A; 4WJQ A; 1KM7 A; 4E74 A; 5CHV C; 2N9L A; 3AXC A; 1YIW A; 3BY4 B; 1PDX A; 2BWF A; 2KWU B; 1WRD B; 3RMK C; 1EU4 A; 1ESF A; 3I63 C; 1D6E C; 2DYO A; 4DHZ E; 1UD7 A; 5AZF A; 4R3D A; 3ZTC A; 4GMV A; 4KGT A; 4NPN A; 3NHE B; 2YVC A; 1NI3 A; 2K8C A; 1QKZ A; 4JLC A; 2BS3 B; 1SB3 C; 1D5Z C; 1UWX A; 2O6V D; 1RFK A; 1WE6 A; 5KHO A; 2HDE A; 3CSF A; 1DOY A; 3QCA A; 3RNB C; 1C77 A; 1WXS A; 2WXH A; 2KWC A; 1UEL A; 2WXR A; 2BS2 B; 3PLU A; 4JX1 C; 1E7V A; 1VZ6 A; 2HJ1 A; 2LGI A; 3EA6 A; 4WJP A; 4KIK B; 3DHG C; 1ZXH A; 4BVU C; 5DPW A; 1C79 A; 3UIO B; 2IBI B; 2LVQ A; 3PO0 A; 2D2Q A; 1IYF A; 2IO2 B; 2KFK A; 2V0G A; 2PEA A; 1YNT E; 2WXJ A; 3EGR A; 4K1R B; 3T3N A; 3DVN U; 1C4P A; 4XYC A; 3KW5 B; 2IY1 B; 1KRH A; 2LGD A; 3VUX A; 3AEG B; 1SBB B; 2WP9 B; 4TQ1 A; 1TY0 A; 2KJR A; 1C4A A; 2LAS A; 1N5W A; 3RN9 C; 2MSE D; 1SE4 A; 4J6I A; 5DPT A; 4FAD A; 1Z5S B; 1GNU A; 1N63 A; 1YN3 A; 3O65 B; 4IG7 B; 2N7D A; 4L23 A; 3WAN A; 2BGF A; 2O6V B; 5DPR A; 1JRU A; 4WWO A; 5CTR C; 4DHJ B; 1VJK A; 2LZ6 A; 3UI3 A; 2V4L A; 2Z8L A; 1SXT A; 2KJ6 A; 3ML9 A; 3DVN V; 2VZK D; 3B2F A; 2L76 A; 3AI5 A; 2CJN A; 1UZX B; 3FC4 A; 2NCN A; 2BYV E; 1SE3 A; 4HCP B; 5CX3 A; 1MI0 A; 3ZJT A; 3URY A; 2OHF A; 2KDI A; 1CK1 A; 4NY0 A; 3PT2 B; 4C7Z A; 3A1Q B; 5E6N A; 3QK0 A; 3AH7 A; 1JRO A; 2INP E; 4KDI C; 4LCD E; 3APD A; 3H6N A; 1TKG A; 3DBR I; 2N9K A; 2PIA A; 1KLG D; 2KMC A; 1HZ5 A; 3VUW A; 3JYU A; 2MA9 B; 3P4Q B; 1WM2 A; 2JF5 A; 2KAC A; 4A9A A; 4WJO A; 3EFU A; 5JHA A; 1TS3 A; 4ASW C; 1I42 A; 2DEN B; 1F52 A; 4WWM A; 2BPS A; 2MP2 A; 5BMG A; 4GDL B; 4BBN F; 2KT7 A; 2LGX A; 2BYT A; 2BS4 B; 4MGK E; 2IDY A; 2HE7 A; 1C4C A; 2OJW A; 2IY0 B; 3W5V B; 2KC2 A; 2KDB A; 3RCZ A; 1KLU D; 2PJH A; 4S0R A; 2L83 A; 4IWO A; 4KZ0 A; 1I35 A; 1I4P A; 3PPA A; 2J0J A; 4EZL A; 2D5G A; 3W1S C; 4OVV A; 3A9J A; 4ACF A; 1WY8 A; 1WX7 A; 4ZRK A; 4LNK A; 4CYE A; 1FXA A; 1RWS A; 3Q3J A; 3VAW A; 4KGR A; 2M0X A; 3BK2 A; 2IO3 B; 3L54 A; 1C76 A; 2PVO D; 3QHT A; 1SGH A; 3ML8 A; 2ZVN A; 4XDC A; 3KUZ A; 3RNF C; 2CR5 A; 1XLP A; 1OGW A; 2LI5 A; 2MJ3 A; 2NBU A; 1CZP A; 5T8I A; 1TJE A; 3V3X A; 2N9X A; 4P6V F; 2PE9 A; 3ETR A; 1WJU A; 4RFB A; 1SEB D; 4DK5 A; 3GZN B; 4WJN A; 1FXI A; 3WCQ A; 2LXA A; 3Q69 A; 2KMA A; 1QOB A; 2MEK A; 1WXQ A; 2DZI A; 1TTN A; 5EDS A; 2EMS A; 3DBS A; 5BYR A; 3ZXR A; 5LXH A; 2JPH A; 1TYG B; 5L95 C; 4KZC A; 3IT4 B; 3A9K A; 1I4R A; 1QIL A; 4RNA A; 4MSM B; 1YQ3 B; 5D7G A; 3R7R A; 1IGC A; 3HRD D; 4WUR A; 4LDT D; 3V6E B; 1P0R A; 1WGR A; 2H89 B; 1A5R A; 4HPP A; 4BKG A; 4JQW C; 3NRZ A; 2WWZ A; 4PYU A; 1HTO A; 4RF0 A; 2LD9 A; 4W9D A; 4CO7 A; 5EE0 A; 2MWS B; 2N1V A; 3CST A; 3TEW A; 2CHZ A; 1GPX A; 1TZO A; 3PLV A; 2MRP A; 4NZL B; 3ZXV A; 1ISN A; 3N1Y C; 1NEN B; 1WYW B; 3GOE A; 3NG0 A; 4M02 A; 1A70 A; 1EWC A; 2FBW B; 1ACC A; 2KD0 A; 2QIL A; 2LGY A; 1C3T A; 2JXX A; 4DXA B; 3M62 B; 1GAQ B; 3ZJV A; 1JWM D; 4BKS D; 3AEB B; 1QOF A; 3WAL A; 1C9F A; 3AN1 A; 2IND C; 4IC7 B; 4EZK A; 4YSZ B; 1MHH E; 3VVW B; 1QZE A; 3UQA A; 3NVW A; 2G4D B; 3SDL C; 2J52 A; 4N9F 4; 3MC9 A; 3ONS A; 1ZGU B; 3DVG X; 2NVU I; 4II2 B; 4USA A; 4OVZ A; 1L7Y A; 4GSW A; 2LUE A; 3R7Q A; 1WE7 A; 4EZJ A; 4W9F A; 3KYC D; 1FNV A; 4EE2 A; 3A4R A; 4MEL A; 2PMV A; 3APF A; 1E5W A; 1R4N I; 4HVB A; 2ONQ A; 2PPH A; 2YEP F; 3KH0 A; 4DXF A; 5EE1 A; 4KGS A; 1GOZ A; 4KSL C; 5G55 A; 3UQB A; 5JXV A; 4HDO A; 3TSS A; 4B6W A; 1B9R A; 2DZM A; 2KDE B; 3TCA A; 1D5X C; 2CJO A; 1KTK A; 5AUI A; 1WWT A; 4XZ4 A; 3A4S C; 1UGJ A; 5BMH A; 4JGH B; 2C7H A; 2K8H A; 2D3C A; 2RD0 A; 4ZDV A; 2BBC A; 3AE8 B; 5E6P A; 3V60 A; 2IPK D; 3L17 A; 3DHH C; 1EF1 A; 5EE3 A; 4AWJ A; 2G45 B; 1K52 A; 3KYD D; 1SJE D; 4HLE A; 4MH0 E; 2GBR A; 4PS3 A; 5HKH A; 1KF6 B; 1RRB A; 4F1S A; 1E0Z A; 1Q1O A; 5D3I B; 2VRR B; 2ZPY A; 2WDT B; 1PYW D; 4XC2 A; 3U30 A; 3IFW B; 2L0T A; 1YQ4 B; 4IWP A; 3QAQ A; 1V1O A; 3BZD B; 4B0M A; 3M3J A; 4XWT A; 2CU1 A; 1Z2M A; 1Q5W B; 2K0P A; 3J9C A; 3AM9 A; 2R61 A; 3N3K B; 4KIK A; 4RM8 A; 1ZOY B; 1HEZ E; 2WQY B; 3AE1 B; 4G50 A; 3QX1 A; 4IM2 A; 1QOA A; 1QOG A; 5D2M B; 3B9J A; 2X8X X; 3AE9 B; 1XEE A; 3Q2A C; 2ON8 A; 2JVC A; 4ICV A; 4A90 A; 1WFY A; 2DNF A; 1D3Z A; 4AOF A; 2DX5 B; 1VRA B; 1WGK A; 2I2Y A; 1WSP A; 4RGT A; 4AQ7 A; 3N9Y C; 1YJJ A; 4LJP B; 3SFE B; 4NAM A; 2KN5 A; 1SIJ A; 1KH0 A; 1LQB A; 1X1M A; 1V5O A; 1AYF A; 1EO6 A; 2IO0 B; 2OOB B; 4GN1 A; 1WJN A; 2O6V A; 2L3Z A; 2UWQ A; 3KVF B; 1N62 A; 3SU8 X; 3RZW C; 2RR9 A; 2RGF A; 3ZIM A; 3R66 C; 3KWV A; 3IT6 B; 1R4N B; 3Q8A A; 3AEF B; 2XK5 A; 4TMA B; 2KTF A; 3RD2 A; 3RNE C; 1ROE A; 2DLB A; 3VUY A; 3ZYY X; 3T8M A; 1UWM A; 4ZHP A; 4FJV B; 4IOI E; 3NOB A; 2AEH A; 3ZKJ C; 5BO4 B; 1P98 A; 3D32 A; 2YLM A; 4YT0 B; 1TS4 A; 3A1Q A; 1BML C; 1YJ1 A; 2KTR A; 1XQQ A; 2H88 B; 1E7U A; 3PHW B; 5FK9 C; 1Q10 A; 2ZPN A; 1I4Q A; 2ZZP B; 3U2S C; 3N1Z C; 1TS2 A; 3LJ3 A; 5BMI A; 2GOW A; 1JQ4 A; 1ZXI A; 1FRD A; 4HPL B; 3T9L A; 2ZJD A; 3W5U B; 5FR3 A; 2FCS A; 3BYT B; 1NVI D; 3VTW A; 1I7H A; 5JHB A; 2V3P A; 2KQ7 A; 2VH1 A; 3KUC B; 1GC7 A; 1VR9 A; 3DCG A; 4KVG B; 1E9M A; 1UNS A; 2LMC A; 3VXW A; 1R7S A; 4HJG E; 3E56 A; 2A5U A; 3AEA B; 4FBJ B; 2BF8 B; 1SIF A; 1OEY A; 4UDU C; 1M94 A; 3GE8 C; 2LUM A; 4ITK A; 4DHZ B; 2BW2 A; 4DHJ D; 4KV2 A; 4HWI B; 4MM3 A; 2I1K A; 1KJT A; 2WXL A; 3MHZ A; 2E6X A; 3R2T A; 5IA7 A; 2Y3A A; 3RNA C; 3TL5 A; 4TSS A; 1WXV A; 3QWZ B; 1ZPS A; 2KQ4 X; 4HJK A; 1V80 A; 4ZYS A; 2BB6 A; 1FEH A; 2MBB B; 1I4X A; 3NS1 A; 3BK1 A; 4JPS A; 3JW0 X; 3M95 A; 2FCQ A; 3ZNH B; 3MFG A; 2V9H A; 2JWU A; 2ZW0 A; 4NAW B; 3V6C B; 5J2R A; 4EFO A; 3ZLZ A; 3NUH B; 5CHW A; 4XX5 A; 1V6E A; 1FNU A; 3PZD A; 2ZNV C; 1JWB D; 4HK2 A; 1F2R C; 5HI1 A; 3QQ8 B; 2KO3 A; 4WAA A; 3VH4 B; 4B9K A; 4M00 A; 2XN9 C; 3PSE B; 2N4F A; 3DPD A; 4FJZ A; 4K7S A; 5G5H A; 2JRH A; 4I6L B; 2BQQ A; 5TR5 A; 4ZRJ A; 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4NJ7 A; 4ZRP A; 2BT6 A; 3U7Z A; 2L0F A; 4ZYN A; 2M19 A; 3Q8C A; 1NYQ A; 3OLM D; 2M56 B; 2QIE B; 4MGY E; 2CU3 A; 3CMM B; 2C7N B; 4G11 A; 4J3O D; 4MT5 A; 4C7Y A; 1IUE A; 4BKS A; 1V8C A; 2FUG 1; 4NJC A; 2IJ0 A; 3DBL B; 3A33 B; 4JIO U; 2JQR B; 1WH3 A; 3EC8 A; 3ZQ4 A; 4ZRI A; 2Y5B B; 5HFY A; 1ZE3 D; 4HKZ E; 2BB5 A; 2EEL A; 3MJW A; 3R3M A; 5IKC M; 1YOV B; 3VTU A; 3W1Y A; 2FAZ A; 2KFJ A; 2C60 A; 3ZDM C; 2AQ2 B; 1IGD A; 2ASQ A; 1GB1 A; 2ZVO A; 1NI2 A; 3N32 A; 4MJS A; 4AS1 A; 3C19 A; 1F1H A; 2KX3 A; 2Y5P A; 3AV8 A; 4P1C C; 2LHD A; 2JYT A; 3HHM A; 3AB5 A; 3BII D; 3TEZ A; 5C1Z A; 2N0S B; 2BKR B; 1DOX A; 4EEW A; 1AW7 A; 1VLB A; 2D11 A; 1KLV A; 1XLO A; 2NR2 A; 2IZV B; 3HK0 A; 4I6N B; 1WGD A; 3RI7 C; 3BVG A; 4D2K A; 2O2V A; 1OQY A; 2KKC A; 2MBE A; 4ANX A; 2LJ5 A; 2KVR A; 4IDI A; 2J0M A; 3TMP B; 2SEB D; 3H8H A; 3L4P A; 3U4E G; 2PKO A; 3VHT C; 4LNI A; 4AJY B; 4E3C A; 1TZ1 A; 4K7W A; 4ZHO A; 1F77 A; 1VZ7 A; 3DHI C; 3APC A; 4PS7 A; 5BYQ A; 1FIQ A; 3ZRF A; 1MJD A; 2BVC A; 4LK0 M; 3VR8 B; 1GG3 A; 1UF0 A; 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