The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.
Total Genus |
21
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sequence length |
96
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structure length |
96
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Chain Sequence |
LPGNYFVNVFVNGRKVDSGNIDFRLEKHNGKELLWPCLSSLQLTKYGIDIDKYPDLIKSGTEQCVDLLAIPHSDVQFYFNQQKLSLIVPPQALLPR
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.
After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.
| molecule keywords |
F1 CAPSULE-ANCHORING PROTEIN
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| publication title |
Allosteric Mechanism Controls Traffic in the Chaperone/Usher Pathway.
pubmed doi rcsb |
| source organism |
Yersinia pestis
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| molecule tags |
Transport protein
|
| total genus |
21
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| structure length |
96
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| sequence length |
96
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| chains with identical sequence |
B, C, D
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| ec nomenclature | |
| pdb deposition date | 2012-07-02 |
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
| Class | Architecture | Topology | Homology | Domain |
|---|---|---|---|---|---|
| Alpha Beta | Roll | Ubiquitin-like (UB roll) | Ubiquitin-like (UB roll) |
#chains in the Genus database with same CATH superfamily 1ZE3 D; 1ZDV A; 3RFZ B; 4J3O D; 1ZDX A; 4B0M A; 3BWU D; 4B0E A; #chains in the Genus database with same CATH topology 4W9D A; 2QIL A; 5L95 C; 2V3N A; 1UF0 A; 1L4D B; 2GOW A; 3AEC B; 2KHW B; 1TKY A; 3RPF C; 1RM6 C; 2QJL A; 2KC1 A; 4IWO A; 4XZ4 A; 4PS8 A; 4QAY A; 2K5P A; 4NZL B; 1N61 A; 3DBH I; 2O6V A; 3VRB B; 2QCZ A; 1C79 A; 4ZOH C; 1UD7 A; 4MGY E; 1T0S C; 3KYD D; 4JPS A; 4BZA A; 2N7D A; 3N3K B; 2IPK D; 3DBS A; 3SFD B; 3PLV A; 3PZ8 A; 3W2D A; 1Z2M A; 2J4X A; 1QQR A; 3VXW A; 4NPN A; 4ANU A; 2FE8 A; 1R4M I; 2LI5 A; 4HDO A; 3VR9 B; 1JRO A; 4G0N B; 2WDQ B; 4FHK A; 2KAJ A; 1FRR A; 4LJP B; 4WWN A; 5EE9 A; 5LXI B; 3L13 A; 4HRO A; 3W1S C; 1SE3 A; 2Y5C A; 2L00 B; 4LDT D; 1TY0 A; 4YSZ B; 1IGD A; 2LVQ A; 4A3O A; 2L7R A; 2MHJ A; 4W9G A; 3LJ3 A; 2BYT A; 3IG3 A; 3PPA A; 2IJ0 A; 3T3O A; 3QWZ B; 5HKH A; 5IOI A; 4IM3 A; 4ZRP A; 1Y56 A; 2BYV E; 4MH8 A; 1UBI A; 2DAJ A; 4IC7 B; 2R2O A; 4IM0 A; 3PZD A; 2NCN A; 4MEL A; 3TSS A; 3RNF C; 3OWE B; 3GE8 C; 2N9K A; 3KW5 B; 4LJO B; 4N58 A; 1V80 A; 2KVZ A; 2KX3 A; 4BKT A; 2V4L A; 4BOS C; 2Q5W D; 2N9P C; 3ZDT A; 1MJD A; 5HFY A; 4IOI E; 1WGK A; 2ACZ B; 2V4I B; 2WXN A; 3HUI A; 3OLM D; 3H8H A; 3WAL A; 1ZW7 A; 1GNU A; 4KZ0 A; 1ZXI A; 1E9M A; 1H4R A; 3TJP A; 2PEA A; 2IO0 B; 3N1Z C; 4AQ7 A; 2DAF A; 4EKU A; 4WAA A; 4L2Y A; 1D3Z A; 2J0M A; 4RFB A; 1E6E B; 2GI9 A; 1UGJ A; 3AEF B; 3SFE B; 3SU8 X; 3AEG B; 3WAN A; 3EUB 2; 4YTP B; 2N7E A; 4TV3 A; 3W5V B; 1WF9 A; 3L10 B; 5E6P A; 3SEB A; 2W9N A; 4FBJ B; 2M0X A; 1L0Y B; 3ML8 A; 2ZW0 A; 2QSD A; 3ZJU A; 2O2V B; 4HCN B; 2KJR A; 3APC A; 4RF0 A; 1P9D U; 3ZXV A; 1F77 A; 5L83 A; 1MHH E; 3PRE A; 2C9W B; 1QT9 A; 1V6E A; 2LRU A; 2INN E; 2WXM A; 3C19 A; 5HI1 A; 5DPW A; 2WXF A; 3HIZ A; 4IKG A; 1XF5 L; 1Y8R C; 3V61 A; 3IXS A; 3VUW A; 1EWC A; 5AUI A; 4PYU A; 4REZ A; 1P1A A; 4WJQ A; 4RGN A; 5GXG B; 4G50 A; 2KNB A; 4MGI E; 5GMV A; 5J18 A; 2LAS A; 4M0W B; 1E8W A; 2IO1 B; 3ABV B; 2BTE A; 3ZDM C; 4AOF A; 3KQ4 A; 4EZK A; 2GBK A; 3QAR A; 1B1Z A; 1GOZ A; 4E3C A; 4AS1 A; 1EF1 A; 3OJ4 B; 5AUK A; 5C1Z A; 3MJW A; 1ZGU B; 1WGG A; 3S2A A; 2FCS A; 2E6X A; 2OOB B; 4HWI B; 1FXI A; 3APF A; 1JRP A; 2KVR A; 3Q8C A; 1WGR A; 4F7Z A; 1JWB D; 4ASW C; 5BMH A; 2ZVN A; 2RD0 A; 5AZF A; 2ZPN A; 1LGR A; 1P0R A; 4WH4 A; 1XCT L; 3OJ3 A; 2N7J A; 1VCB A; 4WJP A; 3RUL A; 1L6U A; 3DQV A; 4HDQ A; 3D32 A; 2I1K A; 4KDI C; 2G9H D; 4GMV A; 4LK0 M; 2BVC A; 4HLE A; 4RM9 A; 3DBL B; 3UIO B; 2DYO A; 4OHJ A; 1YMH E; 1WGY A; 1E7P B; 2ZW1 A; 2QDF A; 3AH7 A; 1YX5 B; 3RD2 A; 2WDV B; 2Z59 B; 4FUL A; 2OJR A; 2MRP A; 2OHF A; 4KKI A; 1N62 A; 2LWP A; 4ZRK A; 1XEE A; 1L2N A; 1ET9 A; 4KDL B; 2KDI A; 2L1A A; 2X38 A; 2IZV B; 4GXB A; 3PV1 A; 2N9L A; 1LFD A; 3P63 A; 2KAN A; 2Z8L A; 2W55 A; 1FO4 A; 1OGW A; 2PE9 A; 1ZDX A; 1WR1 A; 1KLG D; 3RNB C; 3URY A; 1BT0 A; 4GDL B; 2BBC A; 4W9F A; 3VTV A; 1X1M A; 2UWQ A; 2KN5 A; 3M3J A; 4BVU C; 1OFF A; 2N4F A; 2KDE B; 2AL6 A; 5BO4 B; 2JXT A; 2KFK B; 3X23 A; 2WXR A; 4XGA B; 2XK5 A; 3ZW3 A; 4ZDV A; 2WXI A; 5JZE B; 3B9J A; 1LO5 D; 1N63 A; 3PVL A; 2BKR B; 4MAC A; 2OJW A; 1WJ6 A; 1F2R I; 1NBF C; 1OQY A; 3TL5 A; 5IN7 A; 2JSV X; 1NYQ A; 4YSY B; 1GUA B; 1WR6 E; 3VH4 B; 3NZU A; 1L0X B; 1J7A A; 1SXT A; 1QKZ A; 2BGF A; 5AZG A; 1TT5 B; 4HK2 A; 3NZ3 A; 3TCA A; 5BYQ A; 2CJN A; 2WU2 B; 2KTF A; 1JML A; 1FRD A; 4MSM B; 2AWT A; 3DHG C; 2LHD A; 3MTN B; 3AE5 B; 4NQK E; 3K9P B; 4P16 A; 1YIW A; 1WJN A; 2KQ4 X; 1HQR D; 1XLQ A; 4YSX B; 1C4P A; 2KN4 A; 2MJ3 A; 3E9S A; 3NHE B; 1ZDV A; 2SEB D; 1SIF A; 1XLN A; 5H92 C; 5JHA A; 4ANX A; 3O65 B; 3DCG A; 1YJI A; 3T8M A; 1WSP A; 3EFC A; 4B9K A; 4M02 A; 2FIF A; 1IGC A; 3Q3M C; 2L05 A; 3ZGZ A; 2V0G A; 3DVG Y; 2LMC A; 2BKF A; 5EE3 A; 4YTN B; 1WX9 A; 5JH5 C; 1VZ7 A; 3HHM A; 3N1X C; 4J6I A; 3VRA B; 4B6W A; 3R2T A; 3VTW A; 4KIK A; 2D10 A; 1A70 A; 2KMC A; 1D4B A; 4W9E A; 1NYR A; 1YQ4 B; 1TS5 A; 4K7W A; 3ZVV A; 3A4R A; 3PLU A; 1I4H A; 2AQ1 B; 3MHZ A; 1EU4 A; 2LD9 A; 2WHI A; 4K3B A; 2N0S B; 2WP9 B; 1R4M B; 3PSE B; 2O2V A; 4NJC A; 4DXG A; 3JVZ X; 1MG8 A; 2EKI A; 4CQN A; 4RGM A; 4AWJ A; 4A3P A; 5D3I B; 4E74 A; 4XX5 A; 5EE1 A; 1WXV A; 3TUO A; 4A90 A; 2KTR A; 4ZRJ A; 3Q8E A; 2KO3 A; 2KWD A; 3RCZ A; 1NDD A; 1P98 A; 2DZM A; 4IDI A; 3BY4 B; 3P42 A; 3EGR A; 5DPT A; 1PDX A; 2WXP A; 3AU4 A; 4HPL B; 2MCN B; 1UUP A; 1TZO A; 4W9L A; 4WWP A; 5MPO A; 4WIP A; 4ZHO A; 1J8C A; 4KZC A; 1CQV A; 2DBY A; 4LNN A; 3AM9 A; 2WXK A; 1STE A; 2AQ2 B; 2ZNV C; 4DHZ B; 1TKG A; 4MGZ E; 2HDE A; 1LM8 B; 4HPM B; 3SR6 A; 2WX0 A; 1WGD A; 4C56 C; 4P7I A; 2WQY B; 3P4R B; 1Q0W B; 1T0R C; 3UGB B; 2JT4 B; 4XDD A; 1QF6 A; 1GC7 A; 1WM3 A; 5BMI A; 1J7C A; 1YN4 A; 4HKQ A; 1UWX A; 1WI0 A; 1YJJ A; 1WMH B; 4HEA 1; 2FBW B; 1QOA A; 3L0W B; 3M63 B; 2IYD B; 3APD A; 1BML C; 5CHF A; 4AJW A; 4RGO S; 1S3S G; 2N1V A; 4N9F 4; 4KSK C; 2GBJ A; 4ACF A; 1V5O A; 1N5X A; 2LXC A; 4LTU A; 3TEZ A; 2LJI A; 2WNM A; 4LNK A; 1MHX A; 4EOY A; 1KRH A; 3VR8 B; 3QX1 A; 2W3S A; 4DK5 A; 4GOC A; 2NMQ A; 3QK0 A; 4X57 B; 2IO3 B; 4ZYS A; 2PKO A; 1VDV A; 2L83 A; 4OZC A; 3MHS D; 2V9H A; 1WJU A; 2K39 A; 5EE0 A; 1E5W A; 3DPD A; 3MC8 A; 2AQ3 B; 3AUL A; 2GRI A; 3T3N A; 1AAR A; 2MQJ A; 2QEJ C; 3QAQ A; 3ZKJ C; 2BS4 B; 2JU6 X; 2G1E A; 4LNF A; 5DPR A; 3WAO A; 2MBB B; 1I4P A; 2RR9 A; 3QQ8 B; 2D11 A; 2H88 B; 3N1Y C; 3BVG A; 2QC8 A; 4A6Q A; 3ONS A; 4BFR A; 4PS3 A; 3WCQ A; 4GDL A; 1ROE A; 4F8C B; 1GPX A; 4H2A A; 1SE2 A; 2JX5 A; 1TZ1 A; 2I38 A; 1VLB A; 2BWE S; 4E71 A; 3P1M A; 2J52 A; 2XK5 B; 3RI7 C; 4IW0 A; 2KFK A; 3Q69 A; 2ZPY A; 2VRR B; 3MP9 A; 3TEY A; 3GS2 A; 4BKS D; 3V05 A; 2XBB C; 2WDR B; 1HTO A; 4HJG E; 2V1Y A; 2ZEQ A; 3RNE C; 3L17 A; 3QIJ A; 5C3J B; 2D3A A; 4IWP A; 1I7H A; 2LHE A; 4JE3 B; 3C0R B; 3N30 A; 2ZZP B; 3NRZ A; 2IND C; 3RN9 C; 1TGZ B; 3E56 A; 3JSV A; 3H1U A; 2Y3A A; 2FCM A; 4HRS A; 1QOB A; 4UDU C; 4MM3 B; 1YN3 A; 3ZJT A; 2BF8 B; 1IUE A; 3A9K A; 4PYZ A; 2K8H A; 4YT0 B; 3LXF A; 4JX1 C; 1YD8 U; 3B2F A; 4GDK A; 2MJD A; 1VD2 A; 3VAW A; 3NS8 A; 4O1N A; 3BZD B; 2E3T A; 2IY1 B; 3RFZ B; 4IUM B; 2HJ1 A; 3QC8 B; 2M17 A; 1L4Z B; 4RCO A; 1VZ6 A; 2RDG A; 2HTM E; 5CTR C; 2K22 A; 1V9J A; 3BYY B; 3IHP C; 2K6D B; 3GOE A; 2MJE A; 4C7Z A; 2ONQ A; 3Q8B A; 4I6P A; 1JW9 D; 2AX5 A; 4FN2 A; 1I35 A; 1I4Q A; 2MH7 A; 3R8B A; 4GGQ A; 4K81 A; 2IBI B; 1I4G A; 2NPT A; 4GLS C; 2WLB A; 4KSL C; 2XN9 C; 1WZ0 A; 1KLU D; 4KIK B; 1RLF A; 3FIL B; 3H9D A; 2M56 B; 3U8Z A; 4TMA B; 4BAX A; 3ZNH B; 1J7B A; 4ANV A; 3EA6 A; 4US8 A; 2YEP F; 3DWM A; 2LGI A; 3VVW B; 4RGT A; 2NS5 A; 4JQW C; 1NEK B; 2L52 A; 4W9H A; 3DVG X; 1XQQ A; 1T3Q A; 2KMM A; 3ALB A; 1H8C A; 4W9I A; 1WXQ A; 4KGT A; 5T8I A; 3RT3 B; 1RFA A; 5DCN A; 3RMK C; 1IBX B; 2KTR B; 5EDS A; 1KF6 B; 2MBE A; 2J0K A; 2WS3 B; 3A9J B; 1K8R B; 2L0F A; 2B76 B; 3AN1 A; 1ISN A; 2C7M B; 2KLG A; 2PE6 B; 4C7Y A; 2IGH A; 4W9J A; 3VFK A; 2FNJ B; 1N5W A; 1WE6 A; 1M4V A; 2Y5B B; 1TBE A; 1HE8 A; 3RNG C; 3DVN V; 1P7E A; 3AE6 B; 4FAD A; 3Q8A A; 4F1S A; 3M95 A; 3N20 C; 4USA A; 3FAH A; 2RSU A; 1CMX B; 3W1Y A; 2NR2 A; 1ENF A; 1KLV A; 2BS2 B; 1NEN B; 4K1R B; 2KKC A; 1UH6 A; 5I4D A; 1WMH A; 2LZ6 A; 1WZ3 A; 5TSS A; 1SJE D; 1RRB A; 2VH2 A; 3ZTC A; 3A1Q A; 3VQI A; 3KVF B; 3CIR B; 1GB1 A; 2G4S A; 2K1F A; 2PVG C; 1TY2 A; 4MDK E; 3DVN U; 2WXH A; 1JWS D; 2WX1 A; 3KH0 A; 3DWG C; 4FJV B; 1RYJ A; 1UGM A; 3H7P B; 2JZ3 B; 2IGG A; 1WXA A; 3HM3 A; 2KWC A; 5CX3 A; 4ICV A; 5LNK 1; 3RNC C; 4JGH B; 1K52 A; 4XWT A; 5C2T B; 4I6L B; 3W1S A; 3FKY A; 2B3A A; 3AEA B; 1KJT A; 1WJ4 A; 2KDF B; 2K8B A; 1VRA B; 3VTU A; 4OZA A; 3UIP B; 3TEW A; 3TMP B; 5IA7 A; 1J0G A; 3NS1 A; 1FEH A; 2CU3 A; 4BBN C; 3Q14 C; 4JWS C; 2BQQ A; 2N9E B; 2LXA A; 2I1J A; 3KUD B; 3Q3F A; 1FCC C; 2MBH A; 4NAW A; 1GJZ A; 3AU5 A; 5CHW A; 3AEE B; 3MC0 B; 2AYO B; 3IT6 B; 1VZ8 A; 1P7F A; 2DZK A; 1FCL A; 2DNF A; 3NZS A; 2LGY A; 2LRW A; 4XC2 A; 3N9Y C; 4CO7 A; 4YTM B; 1T0Y A; 3BYT B; 1Q5W B; 1YX6 B; 3I3T B; 3CWI A; 2GLS A; 3AE7 B; 4DHZ E; 2MP2 A; 1KH0 A; 4M8M A; 2FCN A; 3PO0 A; 1V2Y A; 1TS2 A; 2L32 A; 3V62 A; 4I6N B; 4NJ6 A; 1PFD A; 2RMM A; 3AB5 A; 2SAK A; 1T6B X; 3BII D; 1IP9 A; 5E6O A; 4JIO U; 3JSV B; 3TIX A; 4L23 A; 1K50 A; 1JCK B; 4WWM A; 3NG0 A; 2BB5 A; 2N1W A; 5BYR A; 5DPS A; 2Y5P A; 1SJH D; 4MM3 A; 4FJY A; 2UU7 A; 2BYE A; 3LYY A; 3M62 B; 3A9K B; 4DDG D; 5FKA C; 2RDH A; 3AED B; 2KJ6 A; 3N32 A; 3Q8F A; 2KMA A; 2JZP A; 2VZK B; 4GDK B; 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4DHJ D; 1C3T A; 3CF6 E; 3VUX A; 3B0A A; 2AL3 A; 1YQ3 B; 2HJ8 A; 4MGK E; 2LJ5 A; 3GZN I; 4HXD A; 4IG7 B; 1K51 A; 3AE9 B; 1V5T A; 3LDZ E; 1UWM A; 2XEW A; 3IVF A; 1V81 A; 1D5Z C; 1CZP A; 3A4S C; 2CS4 A; 2BW2 A; 3AI5 A; 3DHH C; 3PRP B; 3I63 C; 1J19 A; 1RWS A; 5CHV C; 2GB1 A; 5HG2 A; 2G3Q B; 3A1Q B; 1SEB D; 1WRI A; 2CR5 A; 1PGX A; 1GG3 A; 2D3G A; 1JWA D; 1E0Z A; 4ZHP A; 2JY6 A; 4TUU A; 4WAF A; 1AYF A; 1QLB B; 3ZNZ B; 3H7P A; 1EO6 A; 2BT6 A; 5KHQ A; 2KZR A; 4KGR A; 1L0V B; 2ZVO A; 2FUG 1; 4B0E A; 1A5R A; 1BUI C; 3QCA A; 4G3X B; 1FMA D; 4WJO A; 2CHX A; 3MFG A; 2LGX A; 4GB9 A; 3RZF A; 3RNA C; 2KD0 A; 4DXF A; 2LGS A; 3I5J C; 2WXO A; 3PHX B; 1TIF A; 1OQR A; 4C80 A; 4MJS B; 2MSE D; 3V3X A; 3OAW A; 3KUZ A; 2D07 B; 2OED A; 1AN8 A; 3U30 A; 3ETR A; 4A9A A; 4GSW A; 4NAW B; 1XD3 B; 3H7S A; 5C23 A; 3P4Q B; 4KX6 B; 3SDL C; 1FXA A; 3VUY A; 2ZCC A; 2LVP A; 2KQ7 A; 4JWU C; 1I4X A; 1DGJ A; 1IYF A; 1DYQ A; 3GP7 A; 1CJE A; 1L7Y A; 5J17 A; 2IO2 B; 1SBB B; 5AZH A; 4OVV A; 1I4R A; 2G45 B; 3ZYY X; 5FK9 C; 3U7D A; 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