The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.
Total Genus |
12
|
sequence length |
56
|
structure length |
52
|
Chain Sequence |
b'DTYKLILNGKTLKGETTTEAVDATAEVFQYADNGVDGEWTYDDATKTFTVTE'
|
The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.
After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.
| publication title |
Comparison of design strategies for alpha-helix backbone modification in a protein tertiary fold.
pubmed doi rcsb |
| molecule keywords |
Immunoglobulin G-binding protein G
|
| molecule tags |
De novo protein
|
| total genus |
12
|
| structure length |
52
|
| sequence length |
56
|
| chains with identical sequence |
B
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| ec nomenclature | |
| pdb deposition date | 2016-01-07 |
| chain | Pfam Accession Code | Pfam Family Identifier | Pfam Description |
|---|---|---|---|
| A | PF01378 | IgG_binding_B | B domain |
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
| Class | Architecture | Topology | Homology | Domain |
|---|---|---|---|---|---|
| Alpha Beta | Roll | Ubiquitin-like (UB roll) | Ubiquitin-like (UB roll) |
#chains in the Genus database with same CATH superfamily 2QSD A; 1HEZ E; 1PGX A; 2LHE A; 1K53 A; 1C9F A; 3GB1 A; 1PGB A; 1Q10 A; 1XCT L; 1D4B A; 2J53 A; 5HI1 A; 1UWX A; 1XCQ L; 2IGH A; 2ZW0 A; 1GB4 A; 2PTL A; 5BMI A; 1EM7 A; 2I2Y A; 1F2R C; 1PGA A; 4MAC A; 1MI0 A; 1ZXH A; 3FIL A; 1GB1 A; 4HKZ E; 2JU6 X; 2LUM A; 2KAC A; 4OZA A; 1HZ6 A; 2PW9 A; 1MVK A; 2GI9 A; 2IGD A; 1MPE A; 2ZW1 A; 4OZB A; 4IKG A; 2JXT A; 2N7J A; 1IBX B; 4GLS C; 2JSV X; 2JWU A; 1MHH E; 2ON8 A; 1K50 A; 1FCL A; 1YNT E; 1XF5 L; 2KWD A; 4WH4 A; 4HJG E; 2KQ4 X; 2IGG A; 2N9K A; 1P7E A; 2GB1 A; 4KGT A; 2KN4 A; 4OZC A; 2N9L A; 4D2K A; 2EEL A; 1P7F A; 1HZ5 A; 1KH0 A; 1IGC A; 1IGD A; 5HHD G; 4KGR A; 5BMH A; 1K51 A; 3MP9 A; 2PLP A; 2LHD A; 1MHX A; 1F2R I; 3FIL B; 2JZP A; 2LGI A; 1YMH E; 2QMT A; 2OED A; 2RMM A; 1QKZ A; 1JML A; 4KGS A; 1IBX A; 1FCC C; 2KDM A; 1FD6 A; 3UI3 A; 2ONQ A; 2RPV A; 3V3X A; 5JXV A; 2J52 A; 5BMG A; 2NMQ A; 5HG2 A; 4IOI E; 2I38 A; 1K52 A; 5HFY A; 2K0P A; #chains in the Genus database with same CATH topology 3VAW A; 3BK2 A; 4FJZ A; 4O1N A; 3AXC A; 2DZK A; 1GJZ A; 4C4V B; 2IPK D; 1RM6 C; 2KKC A; 1XCT L; 2N1W A; 2JWZ A; 2W3S A; 1WZ0 A; 4WUR A; 1V1O A; 1WGR A; 3DWG C; 2K8B A; 4XWW A; 1I35 A; 4NNJ B; 3NS8 A; 1GC7 A; 4PK1 A; 1EO6 A; 1NEN B; 2J7Q B; 3BZD B; 4TQ1 A; 3ZTD A; 2AEH A; 2JXT A; 1AAR A; 3I63 C; 3WAN A; 1TY0 A; 4MJS A; 3EC8 A; 4YSY B; 2IND C; 1ZW7 A; 2MWS B; 4PS7 A; 4FJV B; 2N9X A; 3VRA B; 5AZG A; 1QLB B; 3AE6 B; 1UEL A; 4XWT A; 1B1Z A; 3DVG X; 1I42 A; 2C7M B; 3K9O B; 1LM8 B; 2H89 B; 4WJP A; 3KUD B; 1LQB A; 1QOG A; 3GE8 C; 3PS6 A; 1JWU D; 2KMM A; 1KH0 A; 2X8X X; 3MHZ A; 2JX5 A; 2WXK A; 4FJY A; 5L83 A; 4XDD A; 2E3T A; 4AJW A; 4K81 A; 1L0X B; 3OJ3 A; 4HDQ A; 4P6V F; 2WX0 A; 3PPA A; 2BWF A; 1KM7 A; 2JQR B; 3V3X A; 3ALB A; 1LXD A; 4WJQ A; 4G50 A; 2NMQ A; 1SBB B; 1FFU A; 1TYG B; 1HEZ E; 3IXS A; 3ZNI D; 3O13 A; 1TKY A; 2QCZ A; 4DK5 A; 3W9C B; 1ZDX A; 1WJU A; 2KK8 A; 3OLM D; 1D5X C; 1WM3 A; 2MJ3 A; 1Y8R C; 1FIQ A; 2K5P A; 3ZRC A; 4ICV A; 3H7S A; 3MC0 B; 2DAJ A; 1C1Y B; 4RH6 A; 3APC A; 1I4G A; 2GMI C; 1JAL A; 2I1K A; 3Q2A C; 2LUE A; 1OFF A; 1EF5 A; 2YEP B; 1KJT A; 1T0R C; 2JVC A; 2L32 A; 3VVW B; 1R4M B; 1SJE D; 4WH4 A; 3L54 A; 1YD8 U; 2MBH A; 3SFD B; 2C5L C; 5IA7 A; 3U52 E; 1TGZ B; 4FUL A; 3N1Z C; 4JWS C; 4KGT A; 2IBI B; 2AQ3 B; 4CYE A; 4KDL B; 1RFA A; 3DDC B; 1P7F A; 5AUI A; 3PHW B; 4JWU C; 1CMX B; 2ZNV C; 1J19 A; 3MC9 A; 3RI7 C; 4NPN A; 2KYW A; 3R7Q A; 2MJE A; 3DVN V; 2KN5 A; 4C00 A; 1P3Q U; 5C23 A; 1FO4 A; 2V1Y A; 4NJ7 A; 5IP4 D; 1T5X D; 3ECI A; 1TKG A; 2L0T A; 1WX8 A; 4JLC A; 3W1Y A; 1XLP A; 2BKR B; 2BYV E; 1WR6 E; 2N1V A; 2LXA A; 5DPR A; 2HJ8 A; 2IY0 B; 2CKH B; 1TS5 A; 3QAR A; 5EE3 A; 3TSS A; 2KFK A; 1KLG D; 3DBS A; 2PVG C; 4MGI E; 3NVW A; 2KTR B; 4L2Y A; 5D94 A; 5HFY A; 3PHX B; 4E3C A; 1IPG A; 1M94 A; 1WYG A; 3AE7 B; 2WDQ B; 3RD2 A; 1VZ8 A; 1GC6 A; 1N6Z A; 1YQB A; 1TY2 A; 2IGH A; 5LLI A; 3EHV A; 2C7N B; 2NBU A; 2WU2 B; 3NVZ A; 2JRH A; 3AEG B; 3IBE A; 1YQ4 B; 2G45 B; 4MAC A; 2LFI A; 4GB9 A; 5D7G A; 4ZDV A; 1GAQ B; 1ZP0 B; 2DNF A; 4GSW A; 5DPS A; 4A8X C; 2NCN A; 1SE4 A; 4W9G A; 1WXV A; 4JE3 B; 2IO0 B; 4YTM B; 3EEC A; 2PPH A; 2CJN A; 1WF9 A; 4F7Z A; 1HXY D; 5JH5 C; 2LJI A; 2Z59 B; 2CHZ A; 5DCN A; 2Y3A A; 1XLN A; 2WWZ A; 1YNT E; 2PIA A; 4RGO S; 2KWD A; 3ZQ4 A; 2DWQ A; 2LZ6 A; 1E7P B; 4HCP B; 1WXS A; 3UF8 A; 4ZHO A; 4LJO B; 4MEL A; 2OHF A; 4EZJ A; 2NPT A; 3JYU A; 3H1U A; 4A55 A; 2MBE A; 3AEB B; 1IGD A; 3PTF C; 2JYE A; 2KDF B; 3QA8 A; 1A70 A; 3ZJV A; 4JL9 A; 2Z0D B; 2OED A; 2RMM A; 3BVG A; 5LXI B; 4CHK A; 4KGS A; 1U4A A; 4EZK A; 3ZJT A; 3UI3 A; 1SGH A; 1T0S C; 1VLB A; 2MW5 A; 4LCD E; 3DBH B; 3J9C A; 3NS1 A; 1NI2 A; 2VZK B; 2V3P A; 3Q3O C; 1GUA B; 4DXA B; 4ANV A; 1OEY A; 1BXT A; 3L10 B; 3R2T A; 4H2A A; 4JQW C; 2GBJ A; 1WM2 A; 5CHF A; 2K25 A; 2E6X A; 1TBE A; 2WDR B; 2REX A; 2FCM A; 2L52 A; 1MG8 A; 3NHE B; 2DYB A; 2EMT A; 2KMA A; 4BVU C; 2KX3 A; 2WQY B; 3VTW A; 4HKZ E; 3ZXV A; 2KAC A; 4WJN A; 1XO3 A; 4WWP A; 3GS2 A; 3N1X C; 2PKO A; 1MVK A; 1E8X A; 2M0X A; 2W9N A; 4ANW A; 3T9L A; 4E74 A; 1YN4 A; 2O2V A; 4RMA A; 2K9X A; 1LFD A; 1OEY J; 1WXA A; 2N7J A; 4RGT A; 3RNC C; 3AU5 A; 4W9H A; 3WA0 A; 5D6J B; 2JWU A; 3A9J A; 1D5Z C; 2HE7 A; 3PRZ A; 2FE8 A; 1CJE A; 2ZJD A; 1L0V B; 3ONS A; 3QJZ A; 1WYW B; 4RGM A; 1UGM A; 1NI3 A; 3TUO A; 1I7H A; 5KHQ A; 1DOY A; 2RR9 A; 2XBB C; 1L6V A; 2N9L A; 4D2K A; 1P98 A; 3VH3 B; 3NZS A; 3BWU D; 1NBF C; 3Q3M C; 4QAY A; 1YN5 A; 4ICU A; 1SE2 A; 5AUK A; 1R4M I; 1KOT A; 4GOC A; 4GXB A; 2LGI A; 2CS4 A; 4M8M A; 3T3N A; 1Q1O A; 1GOZ A; 3Q3J A; 1YOV B; 2B76 B; 3R8B A; 4ZOH C; 4IC7 B; 3ETR A; 1ZGU B; 4GMV A; 4EOY A; 4BKG A; 3APD A; 1WGD A; 3UIP B; 1SE9 A; 3AE2 B; 5JHB A; 3VQI A; 3RPF C; 4G3X B; 4I6L B; 5DPW A; 4KZC A; 4LNF A; 1PQS A; 2QDF A; 4HRS A; 4I6P A; 4BFR A; 2MH7 A; 2C60 A; 2WXO A; 1P1A A; 1XLO A; 3NZU A; 2BPS A; 2SEB D; 3QQ8 B; 4URK A; 3UIN B; 2BS3 B; 4W9I A; 3NG0 A; 1VD2 A; 3VR8 B; 4EUT A; 1VZ6 A; 4FHJ A; 1XT9 B; 1KFY B; 1V8C A; 2KVR A; 5HKH A; 1V49 A; 4BOS C; 3SEB A; 1N60 A; 5IKC M; 2X38 A; 3QIJ A; 4RF1 A; 3RNG C; 3N3K B; 1SXT A; 3VUY A; 2V0G A; 4C7Y A; 4K7U A; 1OGW A; 4ZRQ A; 1C3T A; 2MX2 A; 2INP E; 3BIN A; 3DBL B; 3TEW A; 4B9K A; 3ENE A; 3AEE B; 4NAM A; 3N1Y C; 3SHQ A; 3L0W B; 4RGN A; 2LWP A; 3W1S A; 4REZ A; 1CZP A; 2ZZP B; 4EE2 A; 3CWI A; 4GDK A; 2KDM A; 1FXA A; 1BML C; 3GE3 C; 2SAK A; 3V6C B; 2KQS A; 1UUP A; 4CO7 A; 4W9C A; 2KLC A; 3RFZ B; 1R4N B; 1PDX A; 2KZR A; 2WU5 B; 2HTM E; 2VH1 A; 2WGS A; 3T3O A; 2BQQ A; 2LHE A; 1XXG A; 3JW0 X; 2D3G A; 4DXG A; 3GB1 A; 3UIO B; 2WXQ A; 1Q0W B; 5AZH A; 4FLH A; 3AE4 B; 3KYC D; 3P4R B; 1EM7 A; 2VRR B; 1D5M C; 2L83 A; 1C4P A; 2W82 A; 2LI5 A; 3HIZ A; 2IGD A; 3R66 C; 1V5O A; 3C19 A; 1VJK A; 3Q8C A; 4IUM B; 3DVN U; 3DCG A; 2FCQ A; 1VZ7 A; 2EMS A; 3V05 A; 3A9K B; 1T3Q A; 4GU2 A; 2KDE B; 3P63 A; 3ZXR A; 5LNK 1; 1RAX A; 2NTT A; 4W9D A; 3HM3 A; 3PRE A; 1OQQ A; 4M0W B; 3JVZ X; 1F1H A; 2EEL A; 2NBW B; 4MM3 A; 1FXT B; 3NY5 A; 1E90 A; 3ZW3 A; 1I4H A; 3MP9 A; 2LHD A; 2HD5 B; 3BVZ A; 1GNU A; 1EWY C; 2AWT A; 2XN9 C; 3VXW A; 2PE9 A; 1RYJ A; 3IVF A; 2MQJ A; 4HEA 1; 3P42 A; 3WCQ A; 4LJP B; 2LVQ A; 4KIK A; 1FFV A; 1Z2M A; 3Q14 C; 1MFW A; 4MSQ B; 4EZL A; 4BOZ B; 1V1P A; 2IJ0 A; 4A9A A; 3HHM A; 3AB5 A; 4NAW A; 4RF0 A; 1PGB A; 2G4D B; 3R3M A; 4YXD B; 2GBR A; 2J53 A; 3W5V B; 2DEN B; 3WAO A; 3AU4 A; 3W2D A; 2IO3 B; 2WYQ A; 1C78 A; 5JHA A; 1MI0 A; 3SDL C; 3A4S C; 3Q6B A; 1GB1 A; 3C0R B; 1F77 A; 2WLB A; 3RNF C; 2GI9 A; 2RD0 A; 1VDV A; 1UBI A; 1TT5 B; 2BKF A; 4W9K A; 2K6Q A; 3S2A A; 1C77 A; 5BYR A; 2Z0E B; 2WXL A; 4M02 A; 2OOB B; 1OQY A; 2KVZ A; 1MHH E; 4S0R A; 1VRA B; 2MP2 B; 3ZKJ C; 4DXF A; 4BKT A; 4GGQ A; 3AE8 B; 3TCA A; 1WJN A; 1JWS D; 2NBV B; 3R7R A; 3RNB C; 4WAA A; 3LB8 C; 2PJH A; 1UBQ A; 1WI0 A; 3LDZ E; 2V9H A; 1E8Z A; 3DVG Y; 4OZC A; 1P9D U; 5D3D A; 4FN2 A; 2MRP A; 1ZPS A; 1TTN A; 3VTU A; 3H7P A; 3DQV A; 4HLE A; 2HTH A; 2R2Q A; 4ZRP A; 2JZP A; 1FM0 D; 2FID A; 1L5P A; 4K3C A; 2CU3 A; 2NTS A; 3ZLZ A; 3DBL I; 1IBX A; 1TS2 A; 3P2B A; 4NZL B; 4PYZ A; 2N7D A; 4B6W A; 4A20 A; 3TEZ A; 2BBC A; 1V6E A; 2D11 A; 5G5G A; 2IZV B; 5JXV A; 3NVY A; 3MJ5 A; 3DBR B; 1N5X A; 2KMC A; 2WXI A; 2WS3 B; 3AUL A; 4II2 B; 4K7W A; 1PGX A; 1D6E C; 2UWQ A; 1QT9 A; 1L4D B; 2LGX A; 2ZVN A; 4ZYS A; 4NQK E; 2RGF A; 2V3N A; 3RZW C; 2L3Z A; 3V6E B; 4DDG D; 3L16 A; 3TJP A; 4HK2 A; 5E6J A; 5AZF A; 3L08 A; 1I4R A; 4MT5 A; 4FA6 A; 4ZRI A; 1WJ4 A; 2I2Y A; 2XK5 B; 1PGA A; 3M63 B; 1R4N I; 1ZXH A; 3FIL A; 2DZJ A; 1B9R A; 3QAQ A; 2PVO D; 4P7I A; 5TSS A; 1IP9 A; 5J18 A; 3AE9 B; 1N63 A; 4KV2 A; 1WH3 A; 1K8R B; 1KLV A; 1ZKH A; 2BB6 A; 4YTP B; 2PEA A; 1EF1 A; 1T0Q C; 4IDI A; 3RUI B; 1SSN A; 2RDH A; 5CTR C; 1AYF A; 1QOB A; 3B08 A; 3QCA A; 1ET9 A; 4OW0 A; 2AQ2 B; 3AEA B; 5L95 C; 3VH4 B; 3AM9 A; 3VHT C; 2BYE A; 3VUX A; 1WR1 A; 4XZ4 A; 2M1M A; 2CU1 A; 1WFY A; 4GIV A; 4USA A; 4M01 A; 1J7B A; 4KVG B; 1YMH E; 4BBN F; 2FUH B; 3RZF A; 5GMV A; 3LXF A; 4GDL B; 3EFU A; 1I4X A; 2RPV A; 4WQO B; 4XDC A; 5BYQ A; 2WDV B; 2DLB A; 5BMG A; 2EKI A; 1E6E B; 4IWO A; 2QSD A; 1N61 A; 4MH8 A; 3DHH C; 2FBW B; 3HRD D; 3I5J C; 2ZCB A; 1MG4 A; 1Q10 A; 3BYY B; 1V86 A; 5AEK B; 1XCQ L; 1E8Y A; 4TQ0 A; 2BYF A; 4OVU A; 4ZRJ A; 4OVZ A; 2MBQ A; 2OJW A; 3RMK C; 1S3S G; 2KDB A; 3V62 A; 4PYU A; 3KWV A; 2M8S A; 2PW9 A; 1TZO A; 3BII D; 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1H4R A; 4N6E B; 1EU4 A; 3KUC B; 1JQ4 A; 1YIW A; 4N58 A; 2J0J A; 2V3S A; 3MTN B; 3B1L X; 2WXF A; 1ZUD 2; 5HHD G; 4C7Z A; 2WHI A; 2PLP A; 1E0Z A; 2B3A A; 3A1Q B; 1WGH A; 4KZ0 A; 1ET6 A; 3B2G A; 3KVF B; 2BVC A; 3VUW A; 2JY6 A; 2N4F A; 3RCZ A; 3NZ3 A; 3NVV A; 2O2V B; 2O6V B; 2RPQ A; 3P1M A; 2I1J A; 3I9V 1; 3T8M A; 3IAM 1; 1V81 A; 1R7S A; 3IFW B; 2MCN B; 2WXP A; 2KOX A; 3NJT A; 1JWM D; 3DWM A; 3Q69 A; 1TIF A; 4W9J A; 3U8Z A; 1V9J A; 4FHK A; 2K39 A; 1EUV B; 3JSV B; 1H8C A; 2LGS A; 3TEY A; 3ZRF A; 1QQR A; 5C2T B; 3U4E G; 3NUH B; 1EWC A; 4ZRK A; 2INC C; 2A5U A; 2W55 A; 2WXG A; 4B0M A; 2PTL A; 4DHJ D; 5BMI A; 3PZD A; 3EFC A; 3QC8 B; 3PRP B; 2V4I B; 3PT2 B; 3SFE B; 1JCK B; 3ZVV A; 3PGE A; 4P16 A; 2KC2 A; 4HKQ A; 5FK9 C; 4XGA B; 4AOF A; 2WP9 B; 4JGH B; 2Y5C A; 1XEE A; 4F8C B; 2GLS A; 2MBO A; 4Q2J A; 2Q5W D; 3ABV B; 3OAW A; 4HDO A; 5EE1 A; 1J8C A; 3OG5 A; 1DOI A; 4K1R B; 4IM0 A; 4KKJ A; 2R61 A; 5CHW A; 3ZNH B; 3SU8 X; 1TS4 A; 2WX1 A; 3I3T B; 2KQ7 A; 3I57 A; 2QEJ C; 5LXH A; 2R2O A; 4C80 A; 2V4L A; 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