The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.
Total Genus |
15
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sequence length |
56
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structure length |
56
|
Chain Sequence |
MQYKLILNGKTLKGETTTEAVDAATAEKVFKQYANDNGVDGEWTYDDATKTFTVTE
|
The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.
After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.
| molecule tags |
Immune system, protein binding
|
| source organism |
Staphylococcus aureus
|
| publication title |
Backbone Conformational Constraints in a Microcrystalline U-15N-Labeled Protein by 3D Dipolar-Shift Solid-State NMR Spectroscopy
pubmed doi rcsb |
| molecule keywords |
Immunoglobulin B1 binding domain of protein G
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| total genus |
15
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| structure length |
56
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| sequence length |
56
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| ec nomenclature | |
| pdb deposition date | 2006-03-28 |
| chain | Pfam Accession Code | Pfam Family Identifier | Pfam Description |
|---|---|---|---|
| A | PF01378 | IgG_binding_B | B domain |
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
| Class | Architecture | Topology | Homology | Domain |
|---|---|---|---|---|---|
| Alpha Beta | Roll | Ubiquitin-like (UB roll) | Ubiquitin-like (UB roll) |
#chains in the Genus database with same CATH superfamily 1JML A; 1HZ5 A; 4OZB A; 2OED A; 4WH4 A; 3MP9 A; 2IGG A; 1PGB A; 2LHD A; 5BMI A; 1MVK A; 1MI0 A; 1K51 A; 2JSV X; 2J52 A; 2ON8 A; 4OZC A; 5HFY A; 4KGS A; 3V3X A; 2I38 A; 3GB1 A; 2ZW1 A; 3FIL A; 1FD6 A; 2QMT A; 1C9F A; 2IGH A; 2ZW0 A; 2ONQ A; 1IBX A; 2KAC A; 2LHE A; 5HI1 A; 3FIL B; 5HHD G; 2KWD A; 2J53 A; 1F2R C; 5BMG A; 1IBX B; 1UWX A; 2PTL A; 1XCQ L; 2KN4 A; 4GLS C; 2N9L A; 2KDM A; 2JZP A; 1QKZ A; 2JXT A; 2RMM A; 2LGI A; 2RPV A; 1P7E A; 2I2Y A; 4OZA A; 1PGA A; 1K53 A; 1K52 A; 1ZXH A; 1PGX A; 1YMH E; 4KGR A; 1P7F A; 2QSD A; 2LUM A; 2JWU A; 1FCC C; 4IKG A; 1IGD A; 1EM7 A; 1GB4 A; 4MAC A; 1XF5 L; 4KGT A; 1XCT L; 1IGC A; 2N9K A; 5HG2 A; 2JU6 X; 4D2K A; 4HKZ E; 2PLP A; 1YNT E; 2PW9 A; 1GB1 A; 1Q10 A; 2GB1 A; 1KH0 A; 1MHH E; 2K0P A; 5JXV A; 2IGD A; 2NMQ A; 1FCL A; 4IOI E; 2GI9 A; 5BMH A; 1MHX A; 1HEZ E; 1K50 A; 1MPE A; 2N7J A; 1HZ6 A; 1D4B A; 3UI3 A; 2EEL A; 4HJG E; 2KQ4 X; 1F2R I; #chains in the Genus database with same CATH topology 1FNW A; 2KAJ A; 4K1R B; 3MP9 A; 1VJK A; 2LHD A; 4MSQ B; 3P1M A; 3CMM B; 2GRI A; 1DOI A; 2KWC A; 1JQ4 A; 1CJE A; 1M94 A; 2KTR A; 2MJ3 A; 4OZC A; 3NOB A; 4LLG M; 1T0Y A; 3OLM D; 1KOT A; 2WYQ A; 2R2O A; 1C9F A; 3GZN I; 4NZL B; 1V5T A; 3RNF C; 3ONS A; 4EE2 A; 3PHW B; 2KO3 A; 2R2Q A; 3EFC A; 3VTU A; 4K3C A; 2LJI A; 1WWT A; 2BPS A; 5FR3 A; 4YSZ B; 5G5G A; 1E7P B; 2V1Y A; 2BVC A; 3H6N A; 2DZJ A; 1EU3 A; 1N61 A; 2KDI A; 1AAR A; 1WI0 A; 2LZ6 A; 4US8 A; 2G3Q B; 2ZPN A; 2FCQ A; 2GBM A; 1D5Z C; 5E6J A; 4IUM B; 3HK0 A; 4AUQ C; 2RPQ A; 2JZ3 B; 4F7Z A; 3M63 B; 3LDZ E; 4CO7 A; 5T8I A; 5GMV A; 4GDL A; 1GC6 A; 2HJ8 A; 5CX3 A; 2M19 A; 3DOW A; 3ZQ4 A; 1FFU A; 4RGM A; 3ABV B; 3TIX A; 2PW9 A; 1Q10 A; 2NTT A; 3NZS A; 2IYD B; 1E8X A; 3N30 A; 4WJN A; 3AE7 B; 2D3C A; 2PJH A; 2RR9 A; 3I5J C; 4YWG G; 3ZO5 B; 4BKS A; 2RD0 A; 4OVV A; 2DYB A; 3QCA A; 2N7J A; 5AUI A; 3L08 A; 2HTM E; 3CWI A; 3NS1 A; 1JML A; 2VRR B; 5AZG A; 4EOY A; 3CF6 E; 5IP4 D; 2VZK D; 4PT5 A; 4L23 A; 2VZK B; 2M1M A; 3BWU D; 4IWO A; 3GOE A; 3L54 A; 4WQM A; 3AEC B; 3KWL A; 2NS5 A; 4J3O D; 3AE4 B; 1MG8 A; 5BO4 B; 2INC C; 1VZ8 A; 4TSS A; 1RLF A; 2ONQ A; 3PLV A; 3X23 A; 1IBX A; 1WY8 A; 3T3N A; 3L17 A; 2BYF A; 4WWN A; 1WH3 A; 4W9H A; 2PE6 B; 4LNN A; 3Q2A C; 1LO5 D; 3VRB B; 4W9I A; 1GJZ A; 2L0F A; 1BML C; 2D2Q A; 3BYT B; 3Q8B A; 1QLB B; 2FID A; 3A4S C; 3UIP B; 2MRP A; 4ZHP A; 3HM3 A; 4KSL C; 1HE8 A; 1R7S A; 1T3Q A; 3AEG B; 4RM9 A; 2IJ0 A; 2K3U A; 2KMA A; 4KIK A; 5BYQ A; 2LUM A; 4DHZ B; 3VUY A; 2KWU B; 5TR5 A; 3ZNG C; 1TS2 A; 1J0G A; 4D2K A; 3DBS A; 1UNS A; 4GGQ A; 3TEW A; 3UQB A; 1XLO A; 1MFW A; 3A4R A; 3EGR A; 4HPM B; 4TV3 A; 1I42 A; 1NDD A; 3PZD A; 3AE1 B; 5BMH A; 1MPE A; 2V0G A; 1JRO A; 1HZ6 A; 1WMH B; 2PPH A; 3RNE C; 1UBQ A; 2X8X X; 1HZ5 A; 3TUO A; 2KJH B; 4EUT A; 4URK A; 1KLU D; 2KLC A; 1L6V A; 2MBQ A; 2Q5W D; 3AE5 B; 2D07 B; 3BY4 B; 1PDX A; 2N7D A; 4G50 A; 1XEE A; 1VDV A; 1FD6 A; 3AV8 A; 1ZDV A; 3VR9 B; 4ZHO A; 1GNU A; 3ZNH B; 2LFI A; 2LI5 A; 4ZRK A; 2IO0 B; 2IY0 B; 2JQR B; 2M0A A; 3I3T B; 3K9O B; 3PPA A; 3DBH B; 3VH4 B; 1F2R C; 2NVU I; 4JX1 C; 1WJ6 A; 4K81 A; 5FK9 C; 1R4M I; 3U4E G; 3B0A A; 4BKG A; 1SB3 C; 4RGO S; 2KTF A; 2BYE A; 2KAN A; 4FLH A; 1EO6 A; 5H8Y E; 1YN5 A; 4IM3 A; 3GE3 C; 4JWS C; 4DWF A; 2JRI B; 2RMM A; 5AEK B; 3B08 A; 4A3P A; 1I4R A; 1QQR A; 5J18 A; 1WX8 A; 4G0N B; 3R7Q A; 2DX5 B; 2M56 B; 5J17 A; 4GDK A; 2IO1 B; 2I1K A; 2K25 A; 1HTO A; 4WQO B; 2LWP A; 2WP9 B; 3BVZ A; 3DWG C; 3MC0 B; 3ZRF A; 1IGD A; 3DWM A; 2O6V B; 2WXF A; 1XF5 L; 3Q6B A; 3BYY B; 4KZ0 A; 3AUL A; 3SD5 A; 3C19 A; 4XDC A; 4YL8 A; 1P9D U; 2N9K A; 2ZJD A; 2CU1 A; 1WGD A; 4YTN B; 1NI2 A; 2AL6 A; 3GP7 A; 2L32 A; 2WXO A; 4PS7 A; 2WDR B; 2CHX A; 3ZJT A; 4AOF A; 5DPW A; 2J0M A; 1TKE A; 2LEK A; 3QK0 A; 4EZK A; 4HJG E; 3NG0 A; 1SIJ A; 2QJL A; 2BB5 A; 3NZU A; 2D3A A; 4PYZ A; 2MJD A; 3RNC C; 2GBK A; 4HPL B; 3ZIM A; 3RZF A; 2KX0 A; 4HCP B; 1PGB A; 4W9D A; 2K8B A; 3A9K A; 4OVZ A; 4M0W B; 4N9F 4; 2C5L C; 2FCM A; 1K51 A; 1WMH A; 1VRA B; 2TSS A; 2FCS A; 1WR1 A; 1BT0 A; 3FIL A; 2WWZ A; 1GG3 A; 2LAS A; 3PO0 A; 3P4P B; 4BFR A; 2GLS A; 1TGZ B; 2EKE C; 5J2R A; 2MW5 A; 3I63 C; 4JWU C; 1J8C A; 2WS3 B; 4LNO A; 5AZF A; 2KLG A; 2NPT A; 4IC7 B; 2MP2 B; 1L0X B; 4M8N A; 2V3N A; 4LJP B; 3TMP B; 2L8J A; 1PYW D; 3PZ7 A; 1IYF A; 2LRU A; 2SEB D; 2KDE B; 3H7P B; 3NVW A; 4DXG A; 2JYT A; 2BWF A; 2LD9 A; 3P4Q B; 3GS2 A; 2MLB A; 1LM8 B; 3W1S C; 1P7F A; 3PTF C; 4NJC A; 1TIF A; 2XK5 A; 1NEN B; 1QF6 A; 5D94 A; 3R7R A; 4GB9 A; 4KGT A; 4LNK A; 3WAL A; 4GSW A; 4ITK A; 2DWQ A; 1P98 A; 1GB1 A; 3BII D; 4MJS A; 1F0Z A; 1FXT B; 4K7W A; 4YSY B; 2R61 A; 2O6V A; 2AEH A; 4RF1 A; 4BOZ B; 4DXA B; 2EEL A; 4XX5 A; 4MEM A; 3RT3 B; 4DDI D; 1T0Q C; 1TY0 A; 3U7D A; 1YJ1 A; 2LGY A; 4NQL B; 1FNU A; 2E6X A; 4P7I A; 1GUA B; 2KX3 A; 3M3J A; 5MPO A; 2I38 A; 3R3M A; 3SU8 X; 5KHQ A; 4DBG A; 3HRD D; 2KTR B; 1KJT A; 2LGS A; 3KH0 A; 4TKN A; 4M0W A; 2LHE A; 3RNA C; 1Y56 A; 1U4A A; 4NAM A; 2BGF A; 2UYZ B; 4ASW C; 3JW0 X; 2JX5 A; 4ZOH C; 1HQR D; 2IY1 B; 4CQN A; 2MBO A; 3VUX A; 4GMV A; 4JE3 B; 1IP9 A; 2AL3 A; 2DEN B; 3C8Y A; 2YEP B; 1TBE A; 2Z0E B; 4US9 A; 2O2V A; 2CR5 A; 3AE8 B; 1RFK A; 1K52 A; 2N7E A; 5LXI B; 1WGY A; 2ACZ B; 4E71 A; 5TSS A; 1JWB D; 1FRR A; 1EM7 A; 1WM3 A; 2HDE A; 4UDU C; 4ARI A; 2H88 B; 2WXQ A; 4IG7 B; 2FUG 1; 4GDL B; 5C2T B; 1RYJ A; 3JSV B; 3KW5 B; 4ACF A; 1SE4 A; 2BYT A; 3BIN A; 1WJN A; 4NPN A; 2NMQ A; 1KFY B; 3W1Y A; 1SF0 A; 4B0M A; 4CHK A; 1HEZ E; 3IXS A; 3AM9 A; 4BKS D; 2WX0 A; 3RUL A; 1WGH A; 2L76 A; 2CS4 A; 1ENF A; 2MBH A; 2EKI A; 2OHF A; 1WZ3 A; 1P1A A; 2FE8 A; 1VZ6 A; 1Z2M A; 4RGN A; 1CK1 A; 2ON8 A; 1ISN A; 4FBJ B; 3WIM A; 1N5W A; 4P16 A; 4E3C A; 3ZRC A; 3VTW A; 3N32 A; 2ZW0 A; 1WXQ A; 3JYU A; 2ZVO A; 2D10 A; 1CZP A; 3AE2 B; 1QOB A; 1LXD A; 1TS3 A; 1IBX B; 2PTL A; 2LGD A; 1XO3 A; 3T9L A; 3QAR A; 3OJ3 A; 2ICI A; 4HWI B; 3V6C B; 4HDQ A; 3WAP A; 3ZLZ A; 1XLQ A; 2KDM A; 2RDB C; 4L1B A; 2WXR A; 2JXT A; 1SE2 A; 4WJP A; 4AJW A; 4ANW A; 2KQ7 A; 3S2A A; 2LGI A; 2JVC A; 3PRE A; 1ZW7 A; 2G1E A; 3R2T A; 3DHI C; 1RFA A; 3IAS 1; 1WRD B; 1V8C A; 4HPP A; 1YIW A; 5FR6 A; 1CMX B; 1JWA D; 4C7Z A; 1WIA A; 2WGS A; 2PVG C; 1V9J A; 1N63 A; 1SE3 A; 2KNB A; 3EHV A; 2YEP F; 1C76 A; 1FCC C; 1ACC A; 1C4C A; 4KIK B; 1E5W A; 3DBL I; 3AE6 B; 3A9J A; 3Q8A A; 1IGC A; 3UF8 A; 1KM7 A; 4TQ1 A; 2CHW A; 2PLP A; 2QIE B; 4HXD A; 2WXK A; 1WGK A; 1STE A; 1DOX A; 1EUV B; 2WU2 B; 4MM3 B; 3JSV A; 4KVG B; 2KQ4 X; 2KOX A; 2JT4 B; 4BZA A; 1FNV A; 3NVZ A; 4WWO A; 5DPT A; 2I1J A; 2JWZ A; 1YD8 U; 2AQ2 B; 4NAW A; 3MC9 A; 2K22 A; 2ZW1 A; 1XLP A; 5FKA C; 2FCN A; 2LUE A; 2RSU A; 4WWP A; 4RGT A; 5HKH A; 2J53 A; 4KKI A; 5G55 A; 1L0Y B; 4ANX A; 1OFF A; 3N20 C; 3VUW A; 4GLS C; 1YQB A; 4LK0 M; 4C4V A; 2PKO A; 2N9L A; 3H8H A; 3KVF B; 1G6J A; 1QKZ A; 2XEW A; 1ET9 A; 3K9P B; 3LYY A; 4C00 A; 1KF6 B; 3FKY A; 2ZCC A; 1GAQ B; 2L05 A; 3U30 A; 4OZA A; 2Z8L A; 1P0R A; 2PIA A; 5AUK A; 2ZEQ A; 1L4D B; 4HEA 1; 3W2D A; 4E74 A; 4HCN B; 1MG4 A; 2KT7 A; 3RI7 C; 2JWU A; 2PE9 A; 3N3K B; 2Y5B B; 3RUI B; 4GDK B; 3SDL C; 3SHQ A; 4JQW C; 3NY5 A; 4IW0 A; 4XE0 A; 1WXV A; 2L1A A; 2DAJ A; 3AMZ A; 3O13 A; 4WAA A; 2GB1 A; 1WGR A; 1ZUD 2; 3ZW3 A; 3VDZ A; 3QWZ B; 3E56 A; 1N60 A; 2GI9 A; 2C7M B; 1MHX A; 2AQ1 B; 2IO3 B; 4W9J A; 2XBB C; 2L52 A; 4ZRI A; 4NY0 A; 3I9V 1; 3P4R B; 2CKH B; 2IZV B; 3D32 A; 4N59 A; 2OED A; 4EZL A; 3ZTD A; 4JGH B; 1D6E C; 1YQ3 B; 3ECI A; 2YVC A; 3M62 B; 5DPS A; 2DZI A; 4W9C A; 2N1V A; 1ZGU B; 4MM3 A; 2DZM A; 3T3O A; 1OTR B; 3A9K B; 4BOS C; 2KZR A; 3GB1 A; 1JRP A; 1V81 A; 4KDI C; 1EF5 A; 3PRM B; 4LDT D; 2C7H A; 3ML9 A; 3ETR A; 4LDT B; 3W9C B; 3AN1 A; 3FIL B; 5D3I B; 1KLG D; 5LXH A; 3ZNI D; 3HVD A; 3Q8E A; 2CHZ A; 1E9M A; 4AJY B; 1LQB A; 2RGF A; 4LCD E; 1X1M A; 5AZH A; 1OEY J; 2W55 A; 5H92 C; 1F9J A; 4FUL A; 1WXM A; 1QT9 A; 1FM0 D; 1XQQ A; 2V3P A; 4MT5 A; 3IT6 B; 4ANU A; 3V61 A; 4WWM A; 2BKF A; 2YLM A; 4I6N B; 4MGI E; 3LXF A; 3NVY A; 1V80 A; 1FMA D; 2NPT B; 1N6Z A; 3AEA B; 2WHI A; 1JWM D; 4OVU A; 2HTH A; 2I2Y A; 1UBI A; 4A90 A; 2NBW B; 3MC8 A; 3WAN A; 1PGX A; 4WIP A; 1RAX A; 1T0R C; 1AW7 A; 4NJ7 A; 4KX6 B; 2VH1 A; 2QSD A; 2MEK A; 1R4N B; 4ZDV A; 2DAF A; 3U8Z A; 1V1P B; 1T0S C; 4IM2 A; 2ZVN A; 2XK5 B; 3PRZ A; 1C1Y B; 3ZDT A; 1WF9 A; 4RNA A; 1EWC A; 1V5O A; 1NYQ A; 3Q3J A; 3ENE A; 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3AB5 A; 2BS4 B; 1GOZ A; 4OZB A; 2D3G A; 4WAF A; 4NNJ B; 1Y8R C; 2MWS B; 2FAZ A; 5C3J B; 3IVF A; 2L0T A; 4ANV A; 2K8H A; 2DYO A; 3ZDM C; 1I7H A; 2JF5 A; 4YXD B; 4A3O A; 2BS3 B; 2KVZ A; 1I4X A; 4A8X C; 4TMA B; 1BXT A; 3N1Y C; 4B95 A; 2NBU A; 3PVL A; 1QOF A; 4REZ A; 3URY A; 4ZYS A; 4RCO A; 5HI1 A; 3U7Z A; 3KWV A; 1WE6 A; 1C3T A; 1DYQ A; 1WGG A; 1AYF A; 1UWM A; 1UZX B; 3TEX A; 5JH5 C; 1UGM A; 2WQY B; 1A70 A; 3SEB A; 3C0R B; 5G5H A; 4IDI A; 2D3B A; 3Q8F A; 1TS5 A; 1D3Z A; 4BBN C; 4MH0 E; 3ZYY X; 4DHJ D; 2OJW A; 1TTN A; 2E3T A; 4DHJ B; 4ARC A; 1I4P A; 1RM6 C; 4TUU A; 3V05 A; 1ZP0 B; 5CHW A; 1AWD A; 1ZDX A; 1B9R A; 2NBV B; 1GPX A; 4FAD A; 3L16 A; 4I6P A; 4HVB A; 2DBY A; 1NI3 A; 3IT4 B; 4AP4 C; 1B1Z A; 4B0E A; 2J4X A; 3A9J B; 2MH7 A; 4FXC A; 3MFG A; 2J7Q B; 1A5R A; 3TCA A; 3EEC A; 1NYR A; 3UIO B; 1WJ4 A; 2LVQ A; 1QZE A; 3L10 B; 5EE9 A; 2JYE A; 1HA5 A; 1TJE A; 1JAL A; 4P6V F; 4M01 A; 4WH4 A; 1I4Q A; 5BMI A; 4M02 A; 4BBN F; 1J7C A; 1FXA A; 2V4I B; 5D2M B; 4HK2 A; 3DVN U; 4KGS A; 3KYC D; 2NR2 A; 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