The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.
Total Genus |
13
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sequence length |
56
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structure length |
52
|
Chain Sequence |
DTYKLILNGKTLKGETTTEAVDATAEVFQYADNGVDGEWTYDDATKTFTVTE
|
The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.
After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.
| publication title |
Protein-like Tertiary Folding Behavior from Heterogeneous Backbones.
pubmed doi rcsb |
| molecule keywords |
Streptococcal Protein GB1 Backbone Modified Variant: beta-3-
|
| molecule tags |
De novo protein
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| total genus |
13
|
| structure length |
52
|
| sequence length |
56
|
| chains with identical sequence |
B, C, D, E, F, G, H
|
| ec nomenclature | |
| pdb deposition date | 2013-04-29 |
| chain | Pfam Accession Code | Pfam Family Identifier | Pfam Description |
|---|---|---|---|
| A | PF01378 | IgG_binding_B | B domain |
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
| Class | Architecture | Topology | Homology | Domain |
|---|---|---|---|---|---|
| Alpha Beta | Roll | Ubiquitin-like (UB roll) | Ubiquitin-like (UB roll) |
#chains in the Genus database with same CATH superfamily 2K0P A; 1HEZ E; 1EM7 A; 1MPE A; 2RMM A; 4HJG E; 3FIL A; 1HZ5 A; 1K51 A; 2PW9 A; 2JU6 X; 3V3X A; 2KWD A; 1K50 A; 2ONQ A; 5JXV A; 1MI0 A; 2LUM A; 4GLS C; 3GB1 A; 2PTL A; 2KN4 A; 1GB4 A; 1FD6 A; 1Q10 A; 1UWX A; 2KQ4 X; 2LHE A; 2NMQ A; 2JSV X; 4IOI E; 2LGI A; 1JML A; 1IGD A; 1P7F A; 2IGD A; 2EEL A; 1YMH E; 1IBX A; 5BMH A; 5HG2 A; 4D2K A; 1XF5 L; 3UI3 A; 2KAC A; 2JXT A; 4WH4 A; 2QMT A; 2IGG A; 1IGC A; 1MVK A; 2OED A; 2GI9 A; 4KGS A; 1K53 A; 5HHD G; 1MHH E; 2ZW0 A; 1HZ6 A; 2N9L A; 5HI1 A; 1C9F A; 1FCC C; 4OZC A; 1PGB A; 1MHX A; 2KDM A; 2GB1 A; 2JZP A; 1QKZ A; 1P7E A; 2LHD A; 4OZB A; 1XCT L; 1F2R I; 5BMI A; 4MAC A; 4KGT A; 4OZA A; 1YNT E; 2JWU A; 3MP9 A; 1PGX A; 2PLP A; 5BMG A; 1GB1 A; 3FIL B; 5HFY A; 2I2Y A; 2N9K A; 1IBX B; 1XCQ L; 1PGA A; 2J52 A; 1ZXH A; 1K52 A; 1D4B A; 2ZW1 A; 2RPV A; 2IGH A; 2N7J A; 2I38 A; 2J53 A; 2ON8 A; 4KGR A; 4IKG A; 1F2R C; 4HKZ E; 1FCL A; 1KH0 A; 2QSD A; #chains in the Genus database with same CATH topology 1GC7 A; 2JRI B; 2CS4 A; 2KQ7 A; 3PT2 B; 4X57 B; 4W9D A; 2MBO A; 4FAD A; 1ET6 A; 3Q8E A; 5TSS A; 4DQO C; 1JWB D; 2LMC A; 2LWP A; 3ECI A; 3PSE B; 5DCN A; 1YQ4 B; 1SE2 A; 3MTN B; 3VFK A; 1Q5W B; 1OQY A; 3DBL B; 4MGI E; 3P4R B; 4TMA B; 3AEE B; 4L2Y A; 2AWT A; 2KDB A; 4NJ6 A; 1DOX A; 1E0Z A; 4KKJ A; 1VCB A; 2KO3 A; 4B0E A; 1LQB A; 1QOF A; 1P3Q U; 4JWU C; 1F0Z A; 3WCQ A; 3NVY A; 2IO2 B; 3PV1 A; 2V9H A; 1GAQ B; 1KM7 A; 3VR8 B; 5HI1 A; 1ZOY B; 2QHO A; 4C00 A; 2KDM A; 1R4N I; 4A55 A; 4WJO A; 4IWQ A; 3MP9 A; 2Y5C A; 2AQ2 B; 3ZTD A; 1FFU A; 4RH6 A; 3IG3 A; 3MJW A; 1ZKH A; 5LXH A; 4MDK E; 3Q3O C; 2J52 A; 2L83 A; 3A1Q A; 1N60 A; 4TKN A; 1PDX A; 3AED B; 2QIL A; 3NZS A; 1SE9 A; 1F77 A; 4J3O D; 3WAN A; 4FHK A; 1UBI A; 2D07 B; 2JF5 A; 1NYQ A; 1YN5 A; 2GBM A; 4ZRP A; 1G6J A; 4M02 A; 3SEB A; 2XNA C; 2UU7 A; 5EE3 A; 3DWM A; 3VQI A; 2ZZP B; 2AQ1 B; 3A9K A; 5JXV A; 4ZDV A; 4ICU A; 2PIA A; 1JCK B; 2K6D B; 3HVZ A; 4LNK A; 4MM3 A; 2WXL A; 4HDO A; 5IP4 D; 4W9I A; 3Q3N C; 1V9J A; 2OJR A; 2MBQ A; 2RPQ A; 3DBH I; 1GG3 A; 3BWU D; 2DWQ A; 2ZJD A; 2MP2 B; 1D5M C; 2N9E B; 4DXA B; 1V8C A; 2ZNV C; 3PZD A; 2J4X A; 4LJP B; 1F52 A; 1L0X B; 2C7H A; 1C4C A; 2WXP A; 1WJ4 A; 2IBI B; 4NAM A; 2FUG 1; 2O6V A; 1K53 A; 2LD9 A; 3BVG A; 4K3B A; 4DHJ B; 2MEK A; 3AUL A; 2LVO A; 3LXF A; 4ARI A; 3RNE C; 2WXG A; 4LCD E; 1V1P B; 2IY1 B; 2W82 A; 4HCN B; 4M00 A; 3RNG C; 1WMH A; 1TT5 B; 3Q3J A; 4ZHP A; 4BBN C; 2KN5 A; 1YOV B; 2KX3 A; 3JSV A; 2FCS A; 4MSM B; 2I2Y A; 2D2Q A; 1L4D B; 1QIL A; 2DEN B; 4JE3 B; 4M8N A; 2RPV A; 1M4V A; 5AZH A; 1Q1O A; 1YJJ A; 2G9H D; 3KW5 B; 4NQL B; 2M17 A; 4NY0 A; 3H7P A; 5C23 A; 4N58 A; 2NBV B; 2W54 A; 2INP E; 2YLM A; 2GLS A; 3OWE B; 3I3T B; 1EM7 A; 2KVR A; 4RGO S; 3V3X A; 4KIK B; 3AU4 A; 5IAA C; 3QIJ A; 2PTL A; 2KN4 A; 1GB4 A; 3N20 C; 4I6P A; 4BKT A; 4ITK A; 4GMV A; 4C80 A; 3AMZ A; 1XLQ A; 2XEW A; 3L16 A; 5GMV A; 4A90 A; 3CSF A; 2L76 A; 1KJT A; 4ZRK A; 1GOZ A; 2D10 A; 4GGQ A; 1C4A A; 5KHQ A; 3ZVV A; 1E8X A; 2LVP A; 2KFJ A; 3RPF C; 4D2K A; 2FID A; 4LNO A; 2JX5 A; 1K8R B; 2JXT A; 1E7V A; 3FAH A; 1QOB A; 2OHF A; 2HD5 B; 1WXV A; 1MHH E; 3VRA B; 2MLB A; 2FCM A; 3ZRC A; 4ZOH C; 3PZ7 A; 1MHX A; 4US9 A; 1D5Z C; 3SDL C; 4XWW A; 1Y56 A; 4WWM A; 2M19 A; 2RDB C; 3AI5 A; 4EZJ A; 2M0X A; 1HXY D; 2RDG A; 4WAA A; 4WQM A; 5BMI A; 2JWU A; 1JQ4 A; 1CMX B; 2VZK B; 5DPT A; 2JRH A; 4HJK A; 3FIL B; 1R4M B; 2IND C; 1T3Q A; 3APF A; 2KTR B; 2DZJ A; 1ZXH A; 3RUI B; 4K7U A; 4WAF A; 2MWS B; 2KTF A; 2WS3 B; 4UDU C; 2MW5 A; 2RDH A; 2MHJ A; 3ONS A; 1YIW A; 2WX0 A; 3ZQ4 A; 3TBL D; 1KFY B; 3ZNG C; 5H92 C; 4S17 A; 1OEY A; 1V5O A; 1TS5 A; 3JYU A; 3L10 B; 4BKS D; 2K9X A; 1K51 A; 4H2A A; 4ZRQ A; 3L0W B; 3Q3F A; 3I57 A; 3NJT A; 3PPA A; 3CST A; 2L0F A; 4C4V B; 1PYW D; 2V3N A; 2KDE B; 3KWV A; 2CU1 A; 3RFZ B; 3GB1 A; 3BZD B; 5H8Y E; 3DHH C; 4IWP A; 2NCN A; 2MJE A; 2Y5B B; 4WJP A; 3A1Q B; 2LHE A; 3RCZ A; 2LGS A; 2PVG C; 5AZF A; 2DZK A; 3V6C B; 2O2V B; 2AX5 A; 4GDK A; 2OOB B; 3CIR B; 4LDT D; 2PE6 B; 4NJ7 A; 4EOY A; 1P7F A; 2BKF A; 3I63 C; 1UUP A; 2GBR A; 2GBN A; 3Q8C A; 3P4S B; 2IYD B; 3PHX B; 3PRP B; 1FRD A; 3AE9 B; 4GOC A; 2V4I B; 3TSS A; 3UQB A; 2QDF A; 2ZPY A; 4WWP A; 2K8H A; 4WQO B; 3RNA C; 4HLE A; 3NOB A; 1JW9 D; 2QMT A; 5BO4 B; 3ML9 A; 3P4P B; 2OED A; 3A9K B; 5D94 A; 4ZRI A; 3AXC A; 3PRE A; 4NZL B; 3ZRF A; 2KWU B; 2JT4 B; 2DAJ A; 3AEC B; 5CHW A; 1FCC C; 4HXD A; 2LVQ A; 2QEJ C; 2L3Z A; 4ZRJ A; 1SSN A; 2J7Q B; 1D5X C; 3KWL A; 3ZJT A; 1OQR A; 1LO5 D; 2K39 A; 2FE8 A; 1SJH D; 2NVU I; 1TZO A; 3UGB B; 2BPS A; 1JRP A; 4PT5 A; 1WRI A; 3E9S A; 3GE3 C; 2DX5 B; 3OLM D; 1B9R A; 2ZVN A; 2WXR A; 2WXI A; 4USA A; 1T0R C; 1QQR A; 2CJN A; 2QC8 A; 4KX6 B; 1OFF A; 2N9P C; 4W9E A; 3V60 A; 3EA6 A; 2RGF A; 3OJ3 A; 2O6V B; 2N1V A; 3LDZ E; 3P42 A; 4G11 A; 1P98 A; 4EKU A; 2QSD A; 4IDI A; 4KZ0 A; 2ZNV B; 3AE1 B; 3TEW A; 2CHX A; 2KJH B; 4M0W B; 1WGK A; 2Y3A A; 3OJ4 B; 4FJZ A; 3RNF C; 1MFW A; 4JGH B; 3TUO A; 1ZDV A; 2ASQ A; 3FKY A; 3NUH B; 3B9J A; 2V4L A; 4K7S A; 4FA6 A; 1GC6 A; 2WDV B; 3H7P B; 2LJ5 A; 3RNC C; 3V05 A; 3Q69 A; 3Q8B A; 4JX1 C; 5T8I A; 3IT4 B; 2PE9 A; 3GOE A; 3T3O A; 3PRZ A; 3C19 A; 2R61 A; 3GZN B; 4GDL A; 3HUI A; 5BYQ A; 2IO0 B; 2MJ3 A; 2KAJ A; 1E8Y A; 3UIP B; 1I4H A; 1UNS A; 1P1A A; 1WGY A; 1JAL A; 2XBB C; 3LYY A; 1J0G A; 2CKH B; 4XWT A; 3IAS 1; 4XDD A; 4RM9 A; 2KAN A; 3AE5 B; 1XCT L; 4PS7 A; 1ET9 A; 1NVI D; 1TJE A; 1L5P A; 5E6O A; 3PLV A; 2MSE D; 4PS3 A; 3RYT A; 3ZYY X; 1VR9 A; 1ESF A; 2AYO B; 2E6X A; 3MC0 B; 1J19 A; 3B2F A; 2M4N A; 3GE8 C; 1D4B A; 4P7I A; 4DWF A; 1ROE A; 3Q14 C; 1WR1 A; 2WNM A; 2B76 B; 2WXM A; 1T0Y A; 3A4S C; 3EGR A; 1WX7 A; 4BKS A; 2ZCC A; 4HPL B; 2BB5 A; 4RM8 A; 3IBE A; 4HEA 1; 2BYE A; 2Z59 B; 4W9F A; 3ZJU A; 4IG7 B; 4KDI C; 4JWS C; 1L0V B; 3N3K B; 4WUR A; 2LGD A; 3R66 C; 3O65 B; 4M8M A; 2WGS A; 3AH7 A; 3VH4 B; 3AM9 A; 1FO4 A; 4RF0 A; 4FBJ B; 4IC7 B; 1TTN A; 3L4P A; 5I4D A; 4NAW A; 2WDQ B; 3VHT C; 1IGD A; 4ZHO A; 2FBW B; 2IGD A; 2EEL A; 1MJD A; 1VLB A; 4MGK E; 3PTF C; 4HRS A; 1ZDX A; 2V3P A; 2J42 A; 1EF5 A; 1L6V A; 2J0J A; 2BYF A; 1IGC A; 2BGF A; 2XK5 B; 3AV8 A; 3QK0 A; 5HHD G; 1SEB D; 1V2Y A; 3VR9 B; 2VH1 A; 2KYW A; 2JZP A; 2L32 A; 5G5G A; 3N1Z C; 3N1X C; 2JYE A; 2JY6 A; 4EZL A; 2D3B A; 1YNT E; 1UBQ A; 3K9O B; 3M62 B; 4GDK B; 3DVN U; 5BMG A; 1KLG D; 1L4Z B; 1TS4 A; 2NPT A; 1S1Q B; 2LRU A; 2DNF A; 5D3I B; 4DBG A; 1Z2M A; 3PHW B; 1WH3 A; 1FXI A; 1JWA D; 3H1U A; 5DPS A; 1QZE A; 3AE4 B; 5EE9 A; 2SEB D; 3PLU A; 4HRO A; 2PPH A; 1Y8R C; 4A8X C; 2LZ6 A; 3ZO5 B; 4HKZ E; 1C77 A; 1YJI A; 1N6Z A; 1KH0 A; 4DDI D; 1B1Z A; 1JRU A; 1NI2 A; 4BBN F; 2K1F A; 1FEH A; 2M8S A; 4MH8 A; 2SAK A; 4REZ A; 4ZYS A; 3ZXV A; 2DLB A; 3SHQ A; 4RNA A; 3BVZ A; 2BYV E; 4IM2 A; 2BTE A; 3I9V 1; 4W9L A; 3NHE B; 1RRB A; 1UEL A; 1EWY C; 5CHV C; 3U2S C; 3CWI A; 2CHW A; 1JWM D; 3VAW A; 1L6U A; 1CJE A; 3R7R A; 3QA8 A; 4P6V F; 2NBW B; 2PVO D; 4FHJ A; 4FUL A; 4JQW C; 2BYT A; 4A9A A; 1RWS A; 2GBJ A; 4G0N B; 3QJZ A; 5IN7 A; 2WLB A; 5BYR A; 1HZ6 A; 1C9F A; 2CJO A; 3SU8 X; 1V49 A; 1ZP0 B; 1LM8 B; 3CMM B; 1QKZ A; 1OTR B; 1UF0 A; 5DPW A; 1HA5 A; 1FPY A; 3D32 A; 4GXB A; 4KGT A; 2W3R A; 4WWN A; 2N4F A; 2IDY A; 4XX5 A; 1GB1 A; 3ML8 A; 5D7G A; 2V1Y A; 3QCA A; 4YXD B; 1WM3 A; 3B08 A; 4MEL A; 2PJH A; 2L00 B; 3IAM 1; 1DGJ A; 1FRR A; 1FM0 D; 3AEF B; 3JW0 X; 1HE8 A; 4GSW A; 3HK0 A; 5HKH A; 1LFD A; 1TBE A; 3OAW A; 4KVG B; 3VTV A; 2B3A A; 4K3C A; 3SFD B; 3AEB B; 1STE A; 4WWO A; 1AW7 A; 1WWT A; 2FUH B; 1HEZ E; 5FR6 A; 3NRZ A; 5GXG B; 4II2 B; 4W9J A; 3ABV B; 4HJG E; 1S3S G; 1AAR A; 1YJ1 A; 1A70 A; 4N59 A; 2LUM A; 1I35 A; 3TCA A; 3RT3 B; 2Y5P A; 3P63 A; 3DBR I; 2KQ4 X; 2LXA A; 1WJU A; 1UD7 A; 3VUX A; 3KUC B; 2JXX A; 2L0T A; 2QIE B; 1T5X D; 4B6W A; 3ENE A; 3NS1 A; 1VD2 A; 2I1K A; 2NR2 A; 3BK2 A; 5CTR C; 1J7A A; 3TEY A; 1IUE A; 4TSS A; 3ZNH B; 1EU4 A; 1XF5 L; 3EC8 A; 3M63 B; 2BVC A; 2UYZ B; 1MVK A; 3U4E G; 1R4N B; 2BS3 B; 4XE0 A; 4OVV A; 2DYM A; 1AN8 A; 2FIF A; 1PGB A; 1IYF A; 1JWU D; 4RGN A; 2LHD A; 3Q6B A; 2PKO A; 5L83 A; 1PFD A; 4R3D A; 3RNB C; 3DVG X; 4AOF A; 2BF8 B; 5HFY A; 2D3G A; 4S0R A; 3OG5 A; 1XCQ L; 3R7Q A; 1PGA A; 2KD0 A; 2LI5 A; 5AZG A; 4DXG A; 1WF9 A; 3IXS A; 3H6N A; 2I38 A; 1WFY A; 3HVD A; 4E74 A; 4MT5 A; 2HJ1 A; 3Q2A C; 5D3D A; 1L7Y A; 4AUQ C; 1FCL A; 3DHG C; 2WXH A; 2G1E A; 4FJV B; 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4JIO U; 3DBL I; 4QAY A; 3A4R A; 2NTT A; 3PZ8 A; 5G55 A; 2D3A A; 2RSU A; 1U4A A; 5KHO A; 3JSV B; 2IZV B; 3K9P B; 2AEH A; 2DAF A; 2ZCB A; 1V1O A; 1E6E B; 2D11 A; 2H89 B; 1XEE A; 2J0M A; 3VXW A; 5JZE B; 2GOW A; 2YEP B; 1FNW A; 4OZB A; 4KSK C; 1GJZ A; 3VTW A; 4I6N B; 2C9W B; 2GBK A; 2NS5 A; 3ZDM C; 2MP2 A; 1PGX A; 4BZA A; 3W5V B; 2FAZ A; 3H9D A; 2WXJ A; 2LFI A; 3U8Z A; 1WJ6 A; 2N9K A; 4CHK A; 4HDQ A; 1FNU A; 2WQY B; 1TY0 A; 2KXJ A; 4US8 A; 2I1J A; 1OGW A; 3T9L A; 2KJR A; 2IJ0 A; 2KZR A; 3DPD A; 2ON8 A; 4GIV A; 4OVU A; 1WXA A; 2KDI A; 4ANW A; 1NDD A; 3DHI C; 4ASW C; 4DDG D; 4LNN A; 1AYF A; 2IY0 B; 2MJD A; 2NBU A; 5E6P A; 3C0R B; 1FNV A; 2JYT A; 2WXO A; 1WRD B; 1N5W A; 4F7Z A; 2CR5 A; 2ZEQ A; 4RFB A; 2RMM A; 2K25 A; 1HZ5 A; 3ZTC A; 1RYJ A; 3A9J A; 4EE2 A; 1VZ7 A; 2RR9 A; 3W1S C; 1J7C A; 4DHZ E; 3N1Y C; 1Q10 A; 4K81 A; 3RMK C; 4Q2J A; 2NMQ A; 4P1C C; 1VRA B; 4IUM B; 2Z0D B; 2BWE S; 1EF1 A; 1H4R A; 1JML A; 3L17 A; 1L0Y B; 2C7M B; 1ZW7 A; 3AEG B; 1ZXI A; 5G2N A; 1Q0W B; 2BS4 B; 4YL8 A; 1FIQ A; 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