The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.
Total Genus |
13
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sequence length |
56
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structure length |
52
|
Chain Sequence |
DTYKLILNGKTLKGETTTEAVDATAEVFQYADNGVDGEWTYDDATKTFTVTE
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.
After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.
| publication title |
Protein-like Tertiary Folding Behavior from Heterogeneous Backbones.
pubmed doi rcsb |
| molecule tags |
De novo protein
|
| molecule keywords |
Streptococcal Protein GB1 Backbone Modified Variant: beta-3-
|
| total genus |
13
|
| structure length |
52
|
| sequence length |
56
|
| chains with identical sequence |
B, C, D, E, F, G, H
|
| ec nomenclature | |
| pdb deposition date | 2013-04-29 |
| chain | Pfam Accession Code | Pfam Family Identifier | Pfam Description |
|---|---|---|---|
| A | PF01378 | IgG_binding_B | B domain |
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
| Class | Architecture | Topology | Homology | Domain |
|---|---|---|---|---|---|
| Alpha Beta | Roll | Ubiquitin-like (UB roll) | Ubiquitin-like (UB roll) |
#chains in the Genus database with same CATH superfamily 1MPE A; 4GLS C; 1MI0 A; 1MVK A; 2JXT A; 5BMG A; 4KGT A; 1XCT L; 4IOI E; 1QKZ A; 3UI3 A; 1GB4 A; 4KGR A; 2ONQ A; 4OZC A; 5HFY A; 1IGC A; 2J52 A; 1XCQ L; 1K52 A; 2I2Y A; 1ZXH A; 2KWD A; 1PGB A; 1FCL A; 4WH4 A; 1IBX B; 1MHX A; 1FD6 A; 4KGS A; 4OZB A; 2N9K A; 1UWX A; 1F2R I; 1EM7 A; 2KDM A; 2I38 A; 2JSV X; 2PTL A; 2LUM A; 2ZW0 A; 2LHE A; 1P7F A; 5HG2 A; 2LGI A; 1F2R C; 2EEL A; 2IGH A; 3GB1 A; 2GB1 A; 1KH0 A; 1HZ5 A; 2LHD A; 2JWU A; 2RPV A; 4OZA A; 1C9F A; 1IBX A; 3V3X A; 3MP9 A; 5HI1 A; 1GB1 A; 1XF5 L; 4HJG E; 1D4B A; 2JU6 X; 2J53 A; 4D2K A; 1HEZ E; 2JZP A; 2PW9 A; 4HKZ E; 1Q10 A; 1MHH E; 2NMQ A; 2ZW1 A; 1JML A; 2K0P A; 2KQ4 X; 5BMI A; 2QMT A; 2ON8 A; 5HHD G; 2IGD A; 4MAC A; 1K53 A; 2OED A; 2KN4 A; 2N7J A; 1IGD A; 3FIL A; 1YMH E; 2GI9 A; 2RMM A; 2KAC A; 1HZ6 A; 1PGX A; 1K50 A; 3FIL B; 1YNT E; 1P7E A; 2IGG A; 2QSD A; 2PLP A; 2N9L A; 5BMH A; 1FCC C; 4IKG A; 1PGA A; 5JXV A; 1K51 A; #chains in the Genus database with same CATH topology 3UQB A; 3P2B A; 2O6V D; 2V3P A; 3Q3O C; 3VAW A; 1CMX B; 2W3S A; 1E6E B; 1UWM A; 3RUL A; 4W9F A; 3NVZ A; 3L16 A; 1XCQ L; 4K3C A; 4EZK A; 3C8Y A; 2Y5C A; 2QIE B; 3APC A; 5E6N A; 2MH7 A; 3DBR I; 2I1J A; 2EKE C; 3R66 C; 1TZO A; 4BOZ B; 1LQB A; 2OHF A; 2B76 B; 4P7I A; 5KHO A; 1UH6 A; 4HXD A; 5G55 A; 1V9J A; 1WXS A; 3LB8 C; 1Z2M A; 1GJZ A; 3U52 E; 1F0Z A; 2KFK B; 2W54 A; 1YX6 B; 3QHT A; 1ESF A; 1L0V B; 1L2N A; 1I4P A; 1WXV A; 1N61 A; 3WIM A; 3W5U B; 3UF8 A; 3RZW C; 1D4B A; 3A9K B; 2JPH A; 1FNU A; 1TJE A; 2FCS A; 2BS3 B; 2Z0D B; 3V61 A; 4M00 A; 1UGJ A; 4S17 A; 2EMT A; 2XN9 C; 1MG8 A; 2QIL A; 3NY5 A; 1TKG A; 2RD0 A; 3Q3J A; 5DPS A; 4HPM B; 1KM7 A; 1R4M I; 4MM3 A; 3L4P A; 2IGD A; 1NYR A; 3DVN V; 3VUW A; 2KMA A; 1T0Q C; 2LEK A; 3JVZ X; 3A1Q A; 2KTF A; 3BYY B; 3BK1 A; 2KAN A; 4ICU A; 1YNT E; 2REX A; 2LGS A; 5DCN A; 4OVZ A; 3TEX A; 2ZJD A; 1JWA D; 4IKG A; 3NRZ A; 1QOF A; 5JXV A; 1MVK A; 2MLB A; 1QKZ A; 1SJH D; 3UIO B; 1T5X D; 3N32 A; 2LVP A; 2KVZ A; 2LRW A; 2DYO A; 2K8B A; 1ZDX A; 1K52 A; 1T3Q A; 3R2T A; 1JRP A; 2KWD A; 1KF6 B; 2RPQ A; 1WR6 E; 1WGK A; 3Q6B A; 4C00 A; 2QDF A; 3KUD B; 4NAM A; 2VH1 A; 4GMV A; 1H8C A; 3OLM D; 2ZVN A; 2HTM E; 4EE2 A; 1ZXI A; 3I3T B; 1UNS A; 2LUE A; 2WXR A; 2JYE A; 3CSF A; 2PTL A; 4A6Q A; 5HG2 A; 2KFJ A; 4GXB A; 4L23 A; 2NTS A; 1ZGU B; 3GB1 A; 4W9L A; 1E5W A; 2LHD A; 1YJ1 A; 1NEK B; 1SIF A; 3VR8 B; 3RNA C; 2KMM A; 3H7P B; 1XF5 L; 2UYZ B; 3MC8 A; 1N5X A; 4G3X B; 4D2K A; 1T0S C; 3TSS A; 3PHX B; 5FR3 A; 4RF1 A; 1WE7 A; 2DZM A; 1EWC A; 1OQY A; 1STE A; 2KQ4 X; 1UEL A; 4E71 A; 1EUV B; 3DWM A; 4AQ7 A; 4FAD A; 2MJ3 A; 2EKI A; 2LD9 A; 3WAO A; 1WXQ A; 4AS1 A; 1R7S A; 3RYT A; 3CIR B; 3KQ4 A; 1E0Z A; 2ZNV C; 3PPA A; 2GI9 A; 2BKR B; 3ETR A; 3T8M A; 1PGX A; 2QEJ C; 4BOS C; 4C4V A; 3KUC B; 1VLB A; 2QSD A; 2MX2 A; 2PLP A; 2N7E A; 5FR6 A; 2WYQ A; 1TKY A; 2AQ1 B; 4GLS C; 2KDE B; 4IWQ A; 3Q14 C; 4F8C B; 1WIA A; 1Z5S B; 4KX6 B; 1TBE A; 3PZD A; 2KK8 A; 4IDI A; 1IGC A; 2FAZ A; 2W3R A; 2BPS A; 2VZK D; 3KWV A; 2K9X A; 2D3A A; 2KAJ A; 3SFE B; 4EEW A; 3MHS D; 2M56 B; 1FNV A; 1JCK B; 1Q1O A; 2IY1 B; 2CU3 A; 1GC6 A; 4US9 A; 2MHJ A; 1EU4 A; 2LGY A; 2DHZ A; 3ZDT A; 2DBY A; 2BF8 B; 3N1Y C; 4HPP A; 2BTE A; 2JQR B; 1C4A A; 5L83 A; 2LXA A; 4C56 C; 4TQ1 A; 3AEF B; 1V8C A; 4FUL A; 4DBG A; 3Q8A A; 1ZW7 A; 3ONS A; 3QIJ A; 2FUG 1; 4JE3 B; 3KYC D; 4B0E A; 2JT4 B; 3I9V 1; 2V3S A; 4HWI B; 4MGZ E; 4ICV A; 2AEH A; 4IC7 B; 1OQR A; 4K3B A; 4WWN A; 2SEB D; 2MP2 A; 1WJU A; 2DZK A; 3A9J B; 3GOE A; 3NVV A; 1R4N B; 1SJE D; 1WGR A; 2BGF A; 3ZTC A; 3P4Q B; 1K53 A; 3VH4 B; 1IGD A; 2GOW A; 3P1M A; 1T0Y A; 4WIP A; 5D3D A; 1MG4 A; 1WJN A; 2L76 A; 1HQR D; 2L7R A; 1V80 A; 1PQS A; 4USA A; 3P4R B; 1WXA A; 1FXT B; 4HEA 1; 1F77 A; 1OTR B; 4EUT A; 3AEC B; 2IYD B; 4ANV A; 2IJ0 A; 1GB4 A; 2WLB A; 4KGR A; 1E9M A; 4PS3 A; 2IO2 B; 3ZVV A; 1ET6 A; 1WRI A; 4XGA B; 1WR1 A; 4M02 A; 3KW5 B; 4MH0 E; 4GB9 A; 3RNE C; 2BKF A; 1KTK A; 3H9D A; 5TSS A; 4EZJ A; 1L4D B; 3E9S A; 1CQV A; 2KX3 A; 2EMS A; 1XLP A; 4JWS C; 3RUI B; 1F2R C; 1WZ3 A; 2JRI B; 3RZF A; 3AUL A; 1TS5 A; 4MGI E; 2N9P C; 4CHK A; 3OWE B; 3NS1 A; 1IPG A; 3WAP A; 2RR9 A; 4G0N B; 1SF0 A; 2MJD A; 3AI5 A; 3NHE B; 3QA8 A; 3TL5 A; 5HKH A; 3H8H A; 2M19 A; 2WXG A; 4LNO A; 2BYF A; 3FC4 A; 4C7Y A; 3RD2 A; 5CHF A; 4DXG A; 3NJT A; 3VTV A; 3MC9 A; 4NNJ B; 2JZZ A; 3BYT B; 3AE4 B; 3T3O A; 3IT4 B; 5CHW A; 1WMH A; 1WX8 A; 3DVG Y; 4ANU A; 4BVU C; 4N9F 4; 1TTN A; 1RWS A; 2Q5W D; 1P98 A; 2J0J A; 4M0W A; 2C7N B; 4XWW A; 1V5O A; 2M4N A; 3X0W A; 4RGT A; 2QC8 A; 5J17 A; 3EEC A; 1GPX A; 4NY0 A; 3H6N A; 3ENE A; 3DBR B; 2N9L A; 2WXJ A; 2N0S B; 5IAA C; 1N5W A; 4NJC A; 4FHK A; 3NUH B; 4FJZ A; 2G1E A; 3IHP C; 3D32 A; 2IO0 B; 1J19 A; 5LLI A; 3VQI A; 1I4G A; 5EDS A; 4QAY A; 5D94 A; 3Q8B A; 4B9K A; 3RFZ B; 1DOX A; 4ZYN A; 1FD6 A; 2KLC A; 2LZ6 A; 1F1H A; 4AJY B; 2WDR B; 4NJ7 A; 4RGM A; 3AE6 B; 3A4R A; 2QHO A; 2ZPN A; 1SSN A; 2MSE D; 3J9C A; 1VR9 A; 4DXF A; 2INC C; 2MA9 B; 3TEY A; 5DPW A; 2J7Q B; 4REZ A; 3R8B A; 4WJN A; 2N1V A; 5GXG B; 1L6U A; 3AE2 B; 5AUK A; 2IND C; 3SEB A; 4MGK E; 1WGH A; 2RPV A; 3APD A; 4ZHP A; 1C9F A; 4XDD A; 1L6V A; 3KYD D; 4HJG E; 1E8Z A; 4HLE A; 2WXH A; 2LRU A; 4K7U A; 3KVF B; 1DOY A; 3HVZ A; 3FKY A; 1LXD A; 3OJ3 A; 2MBO A; 4EFO A; 4HK2 A; 4XYC A; 1IUE A; 4AUQ C; 4JIO U; 5IO9 A; 1JML A; 4YL8 A; 4S0R A; 5T8I A; 2YLM A; 3K9O B; 2WU2 B; 2L32 A; 2WXM A; 3H1U A; 4KIK A; 3A33 B; 1FNW A; 5AZF A; 3U8Z A; 4CYE A; 2D3C A; 3DBH B; 4EOY A; 3ZJT A; 2KN4 A; 4W9J A; 4KKI A; 2CHZ A; 2RMM A; 1LGR A; 4GOC A; 3Q69 A; 4IW0 A; 3AB5 A; 4YT0 B; 1HZ6 A; 4DHZ E; 4ZYS A; 2CS4 A; 5AUI A; 1EO6 A; 1TYG B; 4ACF A; 2ZVO A; 3RMK C; 5BMH A; 2VRR B; 1YIW A; 3AE3 B; 1VRA B; 1JWM D; 4WWP A; 1MPE A; 1OFF A; 3GE8 C; 1DYQ A; 3SFD B; 4XX5 A; 1NI3 A; 4LNK A; 2R2O A; 2K25 A; 3DVG X; 3CF6 E; 5TR5 A; 3ZO5 B; 4A3O A; 2KJH B; 3AEA B; 4RFB A; 4TMA B; 3V6C B; 3DQV A; 1V81 A; 4AWJ A; 3DHI C; 2DYM A; 4YXD B; 2N9E B; 2HE7 A; 3ZKJ C; 3P42 A; 3PO0 A; 2INP E; 3BII D; 1R4M B; 1FFU A; 1WGD A; 4LNN A; 4A8X C; 4YTP B; 1UGM A; 4KKJ A; 2D2Q A; 1P7F A; 2KWC A; 4II2 B; 2LGI A; 2PE9 A; 4YSX B; 3WAL A; 3TBL D; 2V1Y A; 2TSS A; 1TS4 A; 3H7S A; 2KWU B; 4H2A A; 3U2S C; 4A90 A; 1JWU D; 3OG5 A; 4YTM B; 4RF0 A; 3GP7 A; 3TIX A; 4F7Z A; 2IO3 B; 4HKZ E; 2Z59 B; 2MBB B; 1ROE A; 5IOI A; 3BK2 A; 3GS2 A; 1GNU A; 4M8M A; 1V97 A; 1YQ3 B; 1P9D U; 4F1S A; 3UQA A; 1FM0 D; 4W9D A; 3UIN B; 2OED A; 2KVR A; 2N7J A; 3KUZ A; 5J18 A; 2YEP B; 4C4V B; 2D11 A; 4NQK E; 1YN4 A; 1E8Y A; 1FRR A; 1RAX A; 1BXT A; 2L3Z A; 2FCM A; 2GRI A; 2UWQ A; 3N1Z C; 4BKG A; 2CJN A; 3BWU D; 2KXJ A; 1E7P B; 1WGY A; 2AX5 A; 2BT6 A; 3PSE B; 4N59 A; 2KKC A; 1XD3 B; 4OZC A; 2ZNV B; 3WA0 A; 2N4F A; 4OHJ A; 2JF5 A; 2PMV A; 4GN1 A; 4P1C C; 3LYY A; 4II3 B; 3CWI A; 2D07 B; 3DBL B; 1FCL A; 4PYZ A; 2FIF A; 5CHV C; 5JHB A; 4HRO A; 4K7S A; 3AXC A; 1RM6 C; 5CX3 A; 4C7Z A; 3VUY A; 1SE9 A; 4EKU A; 4FA6 A; 2DNF A; 3Q3M C; 5D7G A; 2JSV X; 3I5J C; 4K81 A; 3ZW3 A; 1OQQ A; 3EGR A; 3M63 B; 2LUM A; 2J42 A; 5EE3 A; 2L8J A; 1LFD A; 1EU3 A; 2JRH A; 3MTN B; 2ZZP B; 1N6Z A; 2PVO D; 4IM2 A; 1NDD A; 1UUP A; 4MGY E; 3PRM B; 2K3U A; 4A20 A; 4ASW C; 4ZDV A; 4O1N A; 1WY8 A; 3VRA B; 5G2N A; 4I6L B; 2PW9 A; 3AEG B; 4GDK B; 2KWV B; 3W2D A; 3A9J A; 2IDY A; 1D6E C; 1G6J A; 3VH3 B; 5CTR C; 4AJW A; 2IPK D; 2D10 A; 2L0F A; 4MAC A; 3B2G A; 4GDL B; 1BUI C; 4P6V F; 1WI0 A; 2G4D B; 2KAC A; 1AW7 A; 3RNF C; 3SHQ A; 3T9L A; 3O65 B; 4DWF A; 1FCC C; 3K9P B; 2DAJ A; 1JAL A; 4W9E A; 1ENF A; 1WJ6 A; 1E8X A; 4AP4 C; 1FRD A; 3EA6 A; 4DHZ B; 3NOB A; 4I6P A; 4NZL B; 1F9J A; 2K6Q A; 3L08 A; 2BW2 A; 1FEH A; 4HPL B; 3PT2 B; 2M17 A; 2I1K A; 2LXC A; 1RLF A; 3KLS X; 3CMM B; 1K8R B; 3WAN A; 3KWL A; 1QOA A; 2WS3 B; 3QC8 B; 2KDF B; 2N9K A; 3EFC A; 2WU5 B; 2DWQ A; 2QJL A; 4R3D A; 4NAW A; 1EM7 A; 2WQY B; 3FAH A; 1VJK A; 2I38 A; 2KC1 A; 3TEW A; 4W9K A; 2WDV B; 2X8X X; 1LO5 D; 2GB1 A; 1KH0 A; 1HZ5 A; 2FID A; 2D5G A; 2KLG A; 2DYB A; 4MSM B; 3MP9 A; 3P4S B; 1WX9 A; 1A5R A; 1D3Z A; 1XLO A; 4WWM A; 3TJP A; 2YEP F; 4PT5 A; 1HEZ E; 3PLV A; 1HXY D; 3AH7 A; 4GU2 A; 3DBS A; 4BAX A; 2KHW B; 2ACZ B; 1ZOY B; 2Z0E B; 3B2F A; 2A5U A; 2KZR A; 1NVI D; 2N9X A; 1KRH A; 3DWG C; 4DQO C; 2IBI B; 4BKS D; 4LLG M; 3ZJU A; 2E6X A; 2KJR A; 3ZLZ A; 1YMH E; 5EE1 A; 3RI7 C; 4ANW A; 4KV2 A; 2L00 B; 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3ECI A; 1C76 A; 2BWF A; 2WXL A; 1ET9 A; 3B0A A; 3ML9 A; 2B3A A; 3JSV A; 3IG3 A; 3SU8 X; 4G50 A; 1MJD A; 4BBN F; 4XWT A; 2K22 A; 4BFR A; 3NZS A; 4GSW A; 3U4E G; 2FE8 A; 2Y3A A; 2WXQ A; 1V1P A; 2IY0 B; 1YOV B; 2JWZ A; 3VUX A; 1AN8 A; 2LHE A; 4HKQ A; 1YJI A; 2BB5 A; 1KLV A; 3PZ8 A; 1L7Y A; 3A9K A; 5BO4 B; 4FXC A; 1WXM A; 2VH2 A; 4FN2 A; 4B95 A; 4WAF A; 4BKS A; 1CK1 A; 4EZL A; 1FPY A; 2OOB B; 4KDL B; 1C77 A; 4A3P A; 5C3J B; 1Q5W B; 1S3S G; 1TY0 A; 2K0P A; 1ZE3 D; 2J0M A; 1L5P A; 2N1W A; 2WXK A; 1JW9 D; 2WHI A; 2XBB C; 4W9I A; 3E56 A; 2BS4 B; 3ALB A; 1X1M A; 3HHM A; 1RYJ A; 4LDT B; 2PJH A; 1ISN A; 3AE9 B; 4KVG B; 3JYU A; 4WJQ A; 4LDT D; 1L0Y B; 3A4S C; 4PYU A; 4ARC A; 1U4A A; 5BMG A; 5IN7 A; 3S2A A; 1YD8 U; 3IXS A; 4A55 A; 1Q0W B; 3DCG A; 3VXW A; 1WX7 A; 2PPH A; 3AU5 A; 1WFY A; 2DX5 B; 4XDC A; 2WWZ A; 2I2Y A; 2D3B A; 4TUU A; 1PGB A; 2W9N A; 1B1Z A; 2WP9 B; 3LXF A; 3W1Y A; 4KGS A; 1QIL A; 1IP9 A; 4NQL B; 3P4P B; 1QZE A; 4BKT A; 1HE8 A; 2WXI A; 1RFA A; 1F2R I; 1GUA B; 4ARI A; 2J4X A; 1OEY J; 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