The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.
Total Genus |
9
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sequence length |
61
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structure length |
61
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Chain Sequence |
EVTIKVNLIFADGKIQTAEFKGTFEEATAEAYRYADLLAKVNGEYTADLEDGGNHMNIKFA
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.
After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.
| publication title |
Crystal structure of the complex between the monomeric form of Toxoplasma gondii surface antigen 1 (SAG1) and a monoclonal antibody that mimics the human immune response
pubmed doi rcsb |
| molecule keywords |
4F11E12 Fab variable light chain region
|
| molecule tags |
Immune system
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| source organism |
Finegoldia magna
|
| total genus |
9
|
| structure length |
61
|
| sequence length |
61
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| ec nomenclature | |
| pdb deposition date | 2005-01-25 |
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
| Class | Architecture | Topology | Homology | Domain |
|---|---|---|---|---|---|
| Alpha Beta | Roll | Ubiquitin-like (UB roll) | Ubiquitin-like (UB roll) |
#chains in the Genus database with same CATH superfamily 3FIL B; 1XCT L; 2EEL A; 2RMM A; 2JU6 X; 2KWD A; 1Q10 A; 1PGA A; 5JXV A; 1GB4 A; 2JZP A; 5HI1 A; 3FIL A; 2KAC A; 1K50 A; 4IKG A; 1C9F A; 4HJG E; 1KH0 A; 4MAC A; 1K52 A; 2JSV X; 3GB1 A; 2I2Y A; 2PLP A; 1FD6 A; 1PGB A; 3V3X A; 2ZW1 A; 4IOI E; 5HG2 A; 2NMQ A; 2ON8 A; 2QSD A; 1XF5 L; 1IGC A; 4D2K A; 4KGT A; 2N9K A; 2GI9 A; 1XCQ L; 2K0P A; 1UWX A; 2GB1 A; 1K53 A; 1ZXH A; 3UI3 A; 1IGD A; 1F2R C; 2PW9 A; 4HKZ E; 1FCL A; 1MPE A; 2OED A; 5BMH A; 2LHE A; 2ONQ A; 1IBX B; 1F2R I; 3MP9 A; 1MVK A; 1IBX A; 1P7F A; 1MI0 A; 4OZB A; 2LHD A; 1QKZ A; 2LUM A; 2QMT A; 4KGR A; 2JXT A; 2KN4 A; 2J52 A; 1D4B A; 1GB1 A; 2RPV A; 1HZ6 A; 2KDM A; 2IGD A; 1P7E A; 1PGX A; 2N9L A; 4WH4 A; 1FCC C; 1K51 A; 1JML A; 2JWU A; 2J53 A; 5HHD G; 5BMG A; 2N7J A; 1YNT E; 5BMI A; 1MHH E; 4OZA A; 2ZW0 A; 4OZC A; 2PTL A; 2IGH A; 5HFY A; 2I38 A; 2LGI A; 1HEZ E; 1YMH E; 2IGG A; 1HZ5 A; 1MHX A; 4GLS C; 2KQ4 X; 4KGS A; 1EM7 A; #chains in the Genus database with same CATH topology 3A1Q A; 2KWD A; 4IWO A; 3SFE B; 3TBL D; 1DOY A; 2MX2 A; 2IDY A; 2MLB A; 3ZW3 A; 1YQB A; 3BZD B; 3WCQ A; 3ZLZ A; 3DOW A; 2BS2 B; 3C0R B; 4FN2 A; 4LNN A; 1WMH A; 4N58 A; 1WJ4 A; 4MAC A; 1FXA A; 4JGH B; 3PRE A; 1VJK A; 1FFU A; 4C4V A; 1NI3 A; 3NS1 A; 1TS2 A; 2NMQ A; 3RT3 B; 3M62 B; 1XF5 L; 2RD0 A; 1IGC A; 3TJP A; 4FXC A; 3NVZ A; 3Q8A A; 4KDL B; 1AAR A; 2WDR B; 3ZJT A; 3NY5 A; 1GG3 A; 2PW9 A; 3WIM A; 4W9H A; 1P1A A; 3HM3 A; 4DHJ B; 1EWY C; 4NAW B; 2IY1 B; 1DOX A; 4B9K A; 1Y56 A; 2ZEQ A; 3ZJV A; 2DZI A; 1FXI A; 3CMM B; 1R7S A; 4MH0 E; 4WJN A; 1MI0 A; 5IOI A; 2LHD A; 2QEJ C; 1HTQ A; 2MW5 A; 4XZ4 A; 3PTF C; 1D4B A; 3R3M A; 1WZ0 A; 1E6E B; 4J3O D; 5EE0 A; 1RFK A; 4LK0 M; 1KFY B; 4C7Z A; 1P9D U; 3DPD A; 3H8H A; 2WXJ A; 3APC A; 1QOA A; 2Z0E B; 1L7Y A; 2BQQ A; 3DDC B; 1NBF C; 3UIO B; 2RDG A; 2MBB B; 1EU4 A; 5EE3 A; 1E8Z A; 1I4G A; 3AEE B; 4W9I A; 3NZS A; 5LNK 1; 3JW0 X; 2HE7 A; 4G0N B; 2KQ4 X; 1UNS A; 4B0E A; 2ASQ A; 3PHX B; 3B0A A; 3FIL A; 4C56 C; 1EU3 A; 2NPT B; 3L17 A; 3ABV B; 4TQ1 A; 4RGO S; 2G3Q B; 2D10 A; 2JT4 B; 4ITK A; 2KNB A; 3GB1 A; 1V97 A; 2CR5 A; 2PLP A; 3V6E B; 1UBI A; 4K7U A; 4N59 A; 1NI2 A; 2XK5 B; 2WQY B; 2PVO D; 4AS1 A; 1I4R A; 4IWQ A; 4USA A; 4PS3 A; 4D2K A; 1R4N I; 2ZZP B; 3Q3M C; 4II3 B; 3QAR A; 2D3A A; 1F0Z A; 2K6D B; 3ZNH B; 1C3T A; 3K9P B; 3U8Z A; 1WRD B; 3M63 B; 4HXD A; 3NZU A; 2WLB A; 2RR9 A; 3OWE B; 3KH0 A; 3RNC C; 1PUT A; 3M95 A; 4JX1 C; 1EF1 A; 1R4N B; 5GMV A; 2WXG A; 1ZKH A; 5FKA C; 3VUY A; 3HK0 A; 5G5G A; 3SU8 X; 2PMV A; 4P6V F; 1JWM D; 5TR5 A; 3JSV B; 3VUW A; 3RN9 C; 1FEH A; 2EMS A; 1P7E A; 2FE8 A; 2FID A; 2J53 A; 2GBK A; 4KDI C; 2FCS A; 1IUE A; 2PTL A; 4JLC A; 2I38 A; 5D7G A; 1HZ5 A; 1LQB A; 2J4X A; 1FXT B; 3BVG A; 1XQQ A; 1OEY J; 2MP2 A; 2C60 A; 2OJW A; 5H92 C; 4FJY A; 4FA6 A; 1Q10 A; 1WJU A; 2DEN B; 1HQR D; 5HKH A; 3ZTD A; 3O13 A; 2FCM A; 2TSS A; 3PZ8 A; 3QIJ A; 2W55 A; 2WYQ A; 1QIL A; 3AE5 B; 2R2Q A; 1N62 A; 4I6L B; 4MJS A; 1QLB B; 1PFD A; 4B95 A; 3WAL A; 5IO9 A; 3P4R B; 2I1J A; 4KGT A; 2GI9 A; 4BAX A; 3RNB C; 4KX6 B; 2LRW A; 4GSW A; 1RLF A; 1GNU A; 4L2Y A; 1NEN B; 1SJE D; 2NPT A; 5BYR A; 2MEK A; 1QZE A; 1KRH A; 3RNG C; 3GZN I; 2CU1 A; 4C7Y A; 5H8Y E; 4LDT D; 4W9J A; 3A9J A; 2XK5 A; 3PZD A; 1XLN A; 4N6E B; 4DK5 A; 5JHB A; 4CYE A; 4DDI D; 1GJZ A; 3PZ7 A; 2EKI A; 1VZ7 A; 3U7Z A; 2KTR A; 4YSX B; 1TKE A; 4LNF A; 3GZN B; 1DYQ A; 3DBL I; 3B1L X; 2KLG A; 1OQY A; 4F8C B; 2ZCC A; 4URK A; 4L23 A; 3ZNG C; 4WWM A; 2FUH B; 2AWT A; 2WWZ A; 1QOB A; 1TS5 A; 3D32 A; 3VAW A; 2KZR A; 3I3T B; 1MFW A; 3B2F A; 3OAW A; 1TGZ B; 1L0V B; 3DBL B; 1JQ4 A; 3DVG X; 1P3Q U; 2MRP A; 1UUP A; 2M4N A; 3QJZ A; 4ICU A; 3AU4 A; 3OLM D; 3JSV A; 3H9D A; 3EEC A; 5E6N A; 2K22 A; 4K81 A; 5JHA A; 2KX0 A; 4BBN F; 4DDG D; 4WJQ A; 5FR6 A; 1FRD A; 2ZVN A; 3I9V 1; 1FNU A; 1K50 A; 5J17 A; 1WXQ A; 3ETR A; 3BYY B; 1LGR A; 1UBQ A; 2RDB C; 2BB5 A; 3PV1 A; 4HK2 A; 4NJ7 A; 4NNJ B; 2KQ7 A; 2N1W A; 3DCG A; 4HPP A; 1KF6 B; 1VRA B; 2GMI C; 3AN1 A; 1WX8 A; 4IOI E; 4NPN A; 4E71 A; 3BY4 B; 4P16 A; 1WM3 A; 1CMX B; 3BWU D; 2QSD A; 3EFC A; 4YTP B; 1J7A A; 4A3O A; 3CF6 E; 2LGD A; 5IA7 A; 4LNK A; 2CHW A; 2ZVO A; 4EFO A; 2W54 A; 1E7V A; 3IBE A; 1KOT A; 1JW9 D; 5EDS A; 1Q1O A; 1YX6 B; 4JWU C; 4RF1 A; 2KYW A; 2BWE S; 2AL3 A; 2BBC A; 1FMA D; 4OHJ A; 3NS8 A; 2G4S A; 1WR1 A; 2LGS A; 2VH1 A; 3BII D; 5C23 A; 5BO4 B; 2YEP F; 3JVZ X; 1N61 A; 3QX1 A; 1JWA D; 2KDM A; 4YWG G; 1FRR A; 2LVO A; 4ANU A; 3VUX A; 1E9M A; 1K51 A; 3DBS A; 4OW0 A; 4ZDV A; 2CKH B; 1WJN A; 4WQM A; 3NVV A; 3A4S C; 1UWM A; 4B6W A; 4MM3 A; 4NJC A; 2J7Q B; 4WWP A; 2M17 A; 4HRS A; 4NQL B; 3A1Q B; 4HDQ A; 1MHX A; 1XXG A; 2QIE B; 3VVW B; 1T0S C; 4ZHP A; 1EM7 A; 3NJT A; 5AZF A; 1FFV A; 1WXA A; 4GDL B; 4AQ7 A; 3VFK A; 2AQ2 B; 2JZP A; 2K8H A; 2LD9 A; 4IC7 B; 1XLP A; 2DHZ A; 1WMH B; 1WYG A; 2KJR A; 4LJP B; 2V3S A; 4FAD A; 2LAS A; 2L32 A; 3AEG B; 4BBN C; 1J8C A; 2AQ1 B; 2VRR B; 1H4R A; 2J0K A; 1SXT A; 3Q8B A; 2KDI A; 4NJ6 A; 2JX5 A; 4O1N A; 3T3O A; 1VLB A; 4ZRP A; 2L83 A; 4IG7 B; 4WQO B; 1AWD A; 1JAL A; 1YQ4 B; 2KWC A; 3U30 A; 1WX9 A; 3PGE A; 2ZPN A; 5KHQ A; 2BKF A; 2HTH A; 2YEP B; 1XD3 B; 3ZIM A; 3PRZ A; 3V62 A; 5J18 A; 2ICI A; 4DXA B; 2AL6 A; 5GXG B; 4N9F 4; 5CHW A; 4GN1 A; 3KVF B; 1WXM A; 4LNO A; 4IDI A; 3PHW B; 2MWS B; 3AE3 B; 3DBR I; 1AW7 A; 3RZF A; 1QQR A; 3VDZ A; 2O6V A; 2DZJ A; 1SIJ A; 1WGD A; 2D07 B; 1E5W A; 1N5X A; 2SAK A; 3AEB B; 2E6X A; 2JYE A; 1HTO A; 4HWI B; 4BKS A; 1YN5 A; 2LZ6 A; 3DWM A; 3DBR B; 4TMA B; 2FCQ A; 3O65 B; 2RSU A; 3DHI C; 3T9L A; 2BS4 B; 4BZA A; 4HCN B; 3R7R A; 3BVM A; 3TSS A; 1KJT A; 3FIL B; 3DBH I; 4K3C A; 1ET6 A; 3AU5 A; 5JXV A; 3VQI A; 2C7N B; 2JRH A; 4PYZ A; 1GC6 A; 2J42 A; 1ZOY B; 2NS5 A; 1ESF A; 2KHW B; 1C78 A; 3ZUN A; 2WX0 A; 3N32 A; 4NAM A; 1PGB A; 3PLV A; 4GMV A; 3DBH B; 3WAO A; 4ZYS A; 1EWC A; 3B2G A; 1L2N A; 1WGK A; 1Y8R C; 4G11 A; 1N63 A; 1JRP A; 3E56 A; 1XLQ A; 1SE4 A; 3R2T A; 5IP4 D; 2GRI A; 2JRI B; 2N9K A; 2OOB B; 1FNV A; 4GDL A; 3VH3 B; 1K53 A; 4BKS D; 1ZXH A; 4MDK E; 3C8Y A; 2XN9 C; 2DAF A; 2HJ8 A; 2UU7 A; 4B0M A; 2LFI A; 2ACZ B; 2LI5 A; 3L4P A; 1SE3 A; 3ZNZ B; 4YT0 B; 2BT6 A; 1OEY A; 2KMC A; 4KVG B; 4HLE A; 5D2M B; 4XWW A; 3ZTC A; 1WGG A; 4LTU A; 1VZ6 A; 3BIN A; 4ARC A; 1TIF A; 2PIA A; 2Y5P A; 1QKZ A; 5AZG A; 4ZRQ A; 1TT5 B; 1FO4 A; 1V49 A; 2LRU A; 2NR2 A; 1FNW A; 5BMI A; 2YLM A; 3N1Z C; 4BOZ B; 4EKU A; 5C3J B; 1HXY D; 2VZK D; 3LB8 C; 3ZQ4 A; 2KX3 A; 2Z59 B; 2CS4 A; 2MP2 B; 1F1H A; 4ACF A; 1SE2 A; 4HCP B; 4TV3 A; 1P0R A; 5MPO A; 1WY8 A; 4WJP A; 4W9K A; 2IBI B; 1AN8 A; 4GOC A; 3KYD D; 1ISN A; 2MSE D; 4G3X B; 4GDK A; 1KM7 A; 2LWP A; 2AEH A; 2LJI A; 4PS7 A; 3AEF B; 1TKG A; 1WH3 A; 3ZGZ A; 1WIA A; 4DHZ B; 1Q0W B; 2Y5B B; 2KMA A; 4DXG A; 1F77 A; 4MJS B; 3ONS A; 2I2Y A; 1WGR A; 4WAA A; 3AM9 A; 2VH2 A; 2WGS A; 4YXD B; 4HRO A; 4RF0 A; 1ZUD 2; 2M0A A; 5G2N A; 1YJ1 A; 1WXS A; 2JVC A; 2LGX A; 3UIP B; 2MBH A; 1LO5 D; 1AYF A; 3OG5 A; 1MG4 A; 3HVZ A; 2K0P A; 3VH4 B; 5LXI B; 4AP4 C; 2QDF A; 4M00 A; 2KDE B; 3PLU A; 2UWQ A; 1V5O A; 2KDF B; 2B76 B; 1WGY A; 2KC1 A; 1WRI A; 3ZRF A; 3Q8F A; 1JRO A; 3A9J B; 3PRP B; 1ZPS A; 3RNA C; 3HM6 X; 5LLI A; 1F2R I; 1BT0 A; 2KTR B; 4WJO A; 2L8J A; 1JCK B; 5CHF A; 4TKN A; 2DX5 B; 2JXX A; 3LJ3 A; 3RNE C; 2PPH A; 4HVB A; 2MH7 A; 2NBU A; 1F9J A; 3ZXR A; 2BTE A; 2IGD A; 3ML9 A; 1OQR A; 1YIW A; 2DYB A; 1BML C; 5I4D A; 2MA9 B; 2KXJ A; 2D2Q A; 1UH6 A; 3Q69 A; 3DVN U; 2RDH A; 3VTW A; 2K1F A; 5FR3 A; 2WXP A; 1KLG D; 2WXM A; 3W5U B; 3NZ3 A; 1WFY A; 1I4H A; 2N7E A; 4X57 B; 1S1Q B; 2FBW B; 3I5J C; 1X1M A; 3EHV A; 2WXL A; 2BYT A; 1TTN A; 2BW2 A; 1V81 A; 3KWV A; 4DWF A; 3N30 A; 3IAS 1; 2BYV E; 2CHZ A; 2V0G A; 4XDC A; 4US9 A; 1C4C A; 3DQV A; 3AE7 B; 2LXA A; 2DZK A; 4ANX A; 1LXD A; 3N20 C; 4RFB A; 3NOB A; 1E8X A; 2W3R A; 3V3X A; 4W9D A; 3ENE A; 2KAN A; 3SR6 A; 4HJK A; 3QWZ B; 4IUM B; 3AE8 B; 4OVV A; 2IJ0 A; 3N1X C; 2QHO A; 1FM0 D; 4ASW C; 1L4D B; 1IGD A; 1L4Z B; 1TKY A; 2XBB C; 3UQB A; 2ZNV B; 1RM6 C; 2WDT B; 4IM2 A; 2JZ3 B; 3U2S C; 3GE8 C; 2DYO A; 3UF8 A; 1KLV A; 1EUV B; 1UEL A; 1E10 A; 4ZRI A; 3ZXV A; 4A6Q A; 1C4A A; 2LUM A; 3W1Y A; 1PDX A; 2PKO A; 1L6U A; 1HZ6 A; 1ZXI A; 1FCC C; 3IXS A; 3N3K B; 4BFR A; 2BWF A; 2K9X A; 1M4V A; 5BMG A; 3AXC A; 3UGB B; 3DVG Y; 4MM3 B; 3PO0 A; 2FAZ A; 4OZC A; 3VRA B; 2N9X A; 4LJO B; 5G55 A; 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2SEB D; 4K7S A; 1ENF A; 4NQK E; 3T3N A; 4S17 A; 3ALB A; 4XYC A; 2LVQ A; 1XCT L; 1OTR B; 2LUE A; 4AJY B; 3WAP A; 1RAX A; 3W2D A; 2KAC A; 3ZRC A; 2N9P C; 1RFA A; 3I63 C; 3PSE B; 2WXK A; 4HEA 1; 2CJO A; 3S2A A; 4HJG E; 1SSN A; 1K52 A; 4KIK A; 4RGM A; 3U7D A; 2G4D B; 2KJ6 A; 4W9G A; 2IND C; 2BPS A; 3P63 A; 2K25 A; 4HPL B; 4F1S A; 2IO3 B; 2RGF A; 4XE0 A; 2ON8 A; 2VZK B; 1WXV A; 1XLO A; 1UGJ A; 1ZP0 B; 1QT9 A; 1N60 A; 3IT4 B; 3DHH C; 4GB9 A; 2R2O A; 4RNA A; 1Q5W B; 4WWO A; 4FHJ A; 1TY0 A; 3FC4 A; 3NG0 A; 1G6J A; 3AEA B; 5IN7 A; 2LEK A; 1PYW D; 2BVC A; 1WSP A; 4NZL B; 2INC C; 2MBO A; 4FUL A; 2KOX A; 5DPS A; 2C7H A; 1JRU A; 2KVR A; 2QMT A; 3RUI B; 1PGX A; 4PS8 A; 1WJ6 A; 3APF A; 3GOE A; 3P4S B; 4US8 A; 2ZCB A; 5EE1 A; 2JWU A; 4JWS C; 1VZ8 A; 4MGZ E; 4EOY A; 3NVW A; 1GC7 A; 2M0X A; 4JIO U; 4W9L A; 2W9N A; 2Z0D B; 2IGG A; 3L13 A; 3MHZ A; 1SF0 A; 4TUU A; 1TYG B; 3U52 E; 4TQ0 A; 4M0W A; 5DCN A; 3E9S A; 4ZOH C; 2O2V B; 2EEL A; 4GDK B; 2RMM A; 3A4R A; 5D3D A; 3Q8E A; 5EE9 A; 3PVL A; 2V3N A; 4JPS A; 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