The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.
Total Genus |
17
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sequence length |
62
|
structure length |
62
|
Chain Sequence |
EVTIKVNLIFADGKIQTAEFKGTFEEATAEAYRYAALLAKVNGEYTADLEDGGNHMNIKFAG
|
The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.
After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.
| publication title |
Identification and grafting of a unique peptide-binding site in the Fab framework of monoclonal antibodies.
pubmed doi rcsb |
| molecule tags |
Immune system
|
| source organism |
Homo sapiens
|
| molecule keywords |
Trastuzumab light chain
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| total genus |
17
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| structure length |
62
|
| sequence length |
62
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| ec nomenclature | |
| pdb deposition date | 2012-10-12 |
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
| Class | Architecture | Topology | Homology | Domain |
|---|---|---|---|---|---|
| Alpha Beta | Roll | Ubiquitin-like (UB roll) | Ubiquitin-like (UB roll) |
#chains in the Genus database with same CATH superfamily 5BMH A; 1EM7 A; 3FIL A; 1HZ5 A; 2JWU A; 1FCC C; 1KH0 A; 2LUM A; 2ZW1 A; 1C9F A; 1K50 A; 2N9K A; 5HG2 A; 2KDM A; 1F2R C; 4KGT A; 1Q10 A; 2LHE A; 2J52 A; 1MPE A; 1ZXH A; 1IGD A; 2K0P A; 4IOI E; 5HHD G; 3V3X A; 2RPV A; 1K52 A; 1YMH E; 1D4B A; 2QMT A; 2EEL A; 1MI0 A; 1PGA A; 2IGD A; 1P7F A; 2KWD A; 1MHX A; 3MP9 A; 4OZB A; 1IGC A; 1IBX B; 2JSV X; 2GI9 A; 1MVK A; 5BMI A; 2PW9 A; 2ZW0 A; 2JXT A; 1GB1 A; 2KQ4 X; 1JML A; 2I38 A; 4KGR A; 4WH4 A; 1PGB A; 2NMQ A; 2JZP A; 1HZ6 A; 2GB1 A; 1K53 A; 2J53 A; 2KAC A; 2N7J A; 1XCT L; 1GB4 A; 1K51 A; 2N9L A; 4HKZ E; 5HFY A; 1YNT E; 1UWX A; 2PLP A; 2ONQ A; 1XCQ L; 2RMM A; 4D2K A; 2QSD A; 2OED A; 3UI3 A; 1XF5 L; 2LHD A; 2IGH A; 4IKG A; 1HEZ E; 2LGI A; 2ON8 A; 1IBX A; 4OZC A; 2IGG A; 3FIL B; 4KGS A; 5BMG A; 1F2R I; 4OZA A; 5HI1 A; 1PGX A; 1MHH E; 4GLS C; 1QKZ A; 1FD6 A; 2I2Y A; 3GB1 A; 4MAC A; 2KN4 A; 4HJG E; 2PTL A; 5JXV A; 2JU6 X; 1FCL A; 1P7E A; #chains in the Genus database with same CATH topology 3Q3N C; 1CJE A; 2X8X X; 2KD0 A; 2KFK B; 4GXB A; 1HTQ A; 3E9S A; 5T8I A; 2JY6 A; 4WWO A; 4IM3 A; 3BVG A; 1K52 A; 1TS3 A; 4H2A A; 3W5U B; 3A9J B; 1LQB A; 3IT4 B; 2EEL A; 1L0V B; 4US8 A; 3KW5 B; 2MJ3 A; 1C4P A; 5JHB A; 2KFK A; 1P7F A; 1LXD A; 3SFD B; 4I6N B; 3BY4 B; 1SJE D; 3NZU A; 1JAL A; 1MVK A; 2MRP A; 5CX3 A; 2BW2 A; 4DHJ D; 2D3A A; 3VTW A; 4GN1 A; 4JGH B; 3HHM A; 3DCG A; 3A9J A; 4ARI A; 2MBE A; 3U4E G; 4MGK E; 2JZP A; 2BKF A; 1UUP A; 1SBB B; 2KT7 A; 2KJH B; 3PT2 B; 1XO3 A; 5LXH A; 1N5X A; 3U52 E; 3TUO A; 2LFI A; 4LJO B; 3NVW A; 2D11 A; 3HVZ A; 4MSM B; 2J4X A; 2OHF A; 3FC4 A; 4D2K A; 1TBE A; 2LHD A; 4RCO A; 3CF6 E; 3DBR I; 2OJR A; 3EC8 A; 1EU4 A; 1U4A A; 4OZC A; 4AWJ A; 1F2R I; 4ACF A; 1Q1O A; 3MC0 B; 1YOV B; 5JH5 C; 1L4Z B; 1F1H A; 2DBY A; 3NY5 A; 2PMV A; 4FJV B; 2OJW A; 4G11 A; 4C56 C; 5C23 A; 1T0R C; 1Q0W B; 4LDT D; 4KDI C; 3KUZ A; 1V86 A; 2ZCB A; 2BS4 B; 4OW0 A; 3EGR A; 3Q2A C; 3TIX A; 3VH3 B; 2RGF A; 4YL8 A; 5E6J A; 1WGD A; 4S0R A; 4PYU A; 4BZA A; 3B08 A; 1D4B A; 1XQQ A; 1ZW7 A; 1VCB A; 1Z2M A; 2GRI A; 3RUI B; 1OEY A; 3TL5 A; 1YJI A; 1E7P B; 3AEE B; 3L16 A; 2LAS A; 4XGA B; 4RM9 A; 1BUI C; 4BBN C; 4FLH A; 4P7I A; 1CQV A; 2V1Y A; 4XYC A; 2BS2 B; 3P4R B; 4C7Y A; 1V80 A; 1HZ6 A; 3PTF C; 4NJ6 A; 4WQM A; 4ZHP A; 1HA5 A; 2V9H A; 2KWC A; 1XCT L; 2N1V A; 3ZVV A; 3APF A; 3IAM 1; 2C9W B; 2LXA A; 4ZDV A; 3GE3 C; 4BVU C; 1AYF A; 4TQ0 A; 2G9H D; 5H92 C; 1PFD A; 1FXA A; 1V6E A; 2IO3 B; 2AWT A; 4IKG A; 1WJ4 A; 4JQW C; 4XE0 A; 4ICU A; 1JWB D; 2N1W A; 3V60 A; 5BMG A; 2NBV B; 2HTH A; 1QKZ A; 4P16 A; 4A6Q A; 1E10 A; 4MAC A; 2AL3 A; 2DEN B; 3SR6 A; 1WY8 A; 2GBJ A; 2KC1 A; 4HJG E; 1OGW A; 2KJR A; 4C80 A; 1WXV A; 1P7E A; 2WU2 B; 4A20 A; 5IP4 D; 5EE3 A; 1J7A A; 1KH0 A; 1VDV A; 4EZL A; 1WJU A; 2Z59 B; 4QAY A; 2DYO A; 2LWP A; 2JRI B; 4II3 B; 2M19 A; 4IOI E; 4ITK A; 2FCS A; 3AN1 A; 1LO5 D; 2H88 B; 4ZRQ A; 3PRM B; 1PGA A; 4G3X B; 5LNK 1; 4TKN A; 2WWZ A; 3AU4 A; 3VAW A; 3MP9 A; 1R4M B; 4UDU C; 4OZB A; 3A4R A; 5EDS A; 3ZNH B; 5KHO A; 2PW9 A; 3ML9 A; 4E3C A; 1RYJ A; 2XEW A; 1TZO A; 3IAS 1; 2RR9 A; 4AS1 A; 1YD8 U; 4KSK C; 2NMQ A; 2W3R A; 1S1Q B; 3UIN B; 2V4I B; 2Z0D B; 1P1A A; 4CO7 A; 2KNB A; 1WFY A; 1TS2 A; 3VRA B; 2LJ5 A; 2DNF A; 2G3Q B; 1TY0 A; 2FID A; 2N0S B; 3AE8 B; 2PIA A; 2IGH A; 4GDK B; 3QCA A; 2J0J A; 3QJZ A; 4LNK A; 1JWM D; 1EWY C; 5DPR A; 2C7N B; 2IND C; 3B1L X; 1EWC A; 3AE1 B; 2PTL A; 2JPH A; 3JW0 X; 5G5G A; 5D94 A; 1EM7 A; 4NJC A; 1XD3 B; 3U7Z A; 1WXM A; 1YN5 A; 2IPK D; 1HZ5 A; 4JX1 C; 2QEJ C; 3TEW A; 3KVF B; 1WSP A; 5JHA A; 1RFK A; 3QAQ A; 1B9R A; 1QLB B; 4ZRK A; 1I35 A; 1QOB A; 3ZNG C; 3NZS A; 2D5G A; 2Q5W D; 4XWT A; 5BYR A; 2JVC A; 1E7V A; 1YMH E; 3P42 A; 4GDL B; 2WXQ A; 2BWE S; 2FNJ B; 4FUL A; 4K7W A; 4OVV A; 1V1O A; 4CYE A; 3AM9 A; 4JWU C; 3ZIM A; 4BKS A; 1ET9 A; 2KXJ A; 3PSE B; 4WJO A; 2RPQ A; 1T6B X; 2GBK A; 3DHI C; 3RNF C; 5FR3 A; 1SE2 A; 1V5T A; 4GDL A; 2UU7 A; 4GIV A; 1UWM A; 5AZF A; 4ANV A; 2BYF A; 1V49 A; 4IUM B; 1SGH A; 4XDD A; 2QIL A; 3N1Y C; 2KC2 A; 3TSS A; 1XXG A; 3EFU A; 4HK2 A; 4HKZ E; 2AQ1 B; 2FCQ A; 1EUV B; 3ZDT A; 1YJ1 A; 3D32 A; 4L1B A; 1QF6 A; 3AE5 B; 2V3S A; 4M0W B; 1GJZ A; 2L7R A; 1YX6 B; 2O6V D; 1VLB A; 4O1N A; 3T9L A; 2ON8 A; 3URY A; 2LGD A; 1WX9 A; 1D5X C; 2M4N A; 4KZ0 A; 4RGM A; 2QIE B; 4HRO A; 4W9D A; 4M8N A; 2CHW A; 1FFU A; 3MHS D; 4WAF A; 2Y5B B; 2WXR A; 4DHJ B; 4M0W A; 3BII D; 5E6P A; 2ZNV B; 3DVG X; 3VUX A; 4RNA A; 1C78 A; 1TS4 A; 2JWU A; 2LMC A; 5J17 A; 4HVB A; 3H7S A; 1E8Y A; 1XLQ A; 4P1C C; 3L08 A; 1WR1 A; 3M62 B; 2JYE A; 5CHF A; 2JZ3 B; 4HRS A; 3V3X A; 2E3T A; 4WQO B; 4EFO A; 4NAW B; 3TEY A; 1FM0 D; 2AYO B; 2NBU A; 3PGE A; 2BWF A; 2BVC A; 3HM6 X; 4E71 A; 3RFZ B; 2B3A A; 4ZHO A; 3U2S C; 1TGZ B; 3AI5 A; 2N4F A; 1T0S C; 4NAW A; 2XBB C; 3KYD D; 2G45 B; 3ZO5 B; 3C19 A; 4KGR A; 4DHZ B; 2N9E B; 1UEL A; 4G0N B; 1NI2 A; 3WCQ A; 3U8Z A; 1I4Q A; 3MFG A; 1LGR A; 2FIF A; 4HDQ A; 1L5P A; 5GMV A; 3W1S C; 4DBG A; 1ZPS A; 2Y5C A; 2KQ7 A; 2LI5 A; 4WJN A; 1N63 A; 1FNU A; 4JE3 B; 2JRH A; 4URK A; 2ACZ B; 4LNN A; 2ONQ A; 3SFE B; 4I6L B; 4FHK A; 4YSZ B; 1MFW A; 4IWP A; 2UYZ B; 1XF5 L; 3S2A A; 3FAH A; 3Q3O C; 1UGJ A; 3Q8C A; 1JRU A; 4WWN A; 3Q8B A; 2WNM A; 1Z5S B; 4B0E A; 5L95 C; 1EF5 A; 3M63 B; 2CKH B; 4BFR A; 1YQ4 B; 1GG3 A; 3V6C B; 1RRB A; 3GB1 A; 2D3C A; 3ZKJ C; 4RMA A; 2WXN A; 2JU6 X; 4XZ4 A; 1FCL A; 3H7P B; 1FNW A; 2NCN A; 4DQO C; 4A3O A; 4DHZ E; 3V05 A; 4PS3 A; 2K6Q A; 3NRZ A; 4OVZ A; 2KDM A; 2JT4 B; 2J0K A; 3L54 A; 3Q8F A; 1TIF A; 3IG3 A; 4EZJ A; 4YWG G; 4FXC A; 4II2 B; 1L6V A; 1PDX A; 3H7P A; 4LNF A; 4WUR A; 1AWD A; 3N1X C; 1RM6 C; 2QMT A; 3L4P A; 2NS5 A; 2L3Z A; 2KAN A; 4KX6 B; 1MG4 A; 2KLG A; 3BVM A; 3RNC C; 3PLV A; 1DOY A; 4TSS A; 5IO9 A; 1CMX B; 4A3P A; 3AUL A; 1C79 A; 3W5V B; 3AE3 B; 1E90 A; 5C1Z A; 1WXA A; 3VHT C; 2CU3 A; 3CST A; 3C0R B; 3HVD A; 4IG7 B; 3PRZ A; 3I63 C; 4J3O D; 2LEK A; 4GGQ A; 3N30 A; 1FRR A; 1GB4 A; 2L1A A; 5DPT A; 3TCA A; 1EO6 A; 1C76 A; 2LRU A; 1YNT E; 5L83 A; 1R4M I; 2M17 A; 3PLU A; 2Z0E B; 1WGY A; 3APD A; 2C7M B; 2L32 A; 1PYW D; 1XCQ L; 4BAX A; 3ML8 A; 3ZW3 A; 3X23 A; 3DBH B; 3UI3 A; 2IO1 B; 5IKC M; 2AL6 A; 1C4C A; 5LXI B; 1QT9 A; 4TV3 A; 4WIP A; 2L05 A; 4B0M A; 2WYQ A; 4EUT A; 2KN5 A; 2WS3 B; 4K7U A; 5AEK B; 4EZK A; 3W9C B; 2WXP A; 1A70 A; 4WJQ A; 4N59 A; 2KN4 A; 4XX5 A; 4GSW A; 3DVN V; 3KUD B; 5BMH A; 2BYE A; 2CS4 A; 1KLU D; 3LB8 C; 3PRP B; 3AV8 A; 3B0A A; 4PYZ A; 2YVC A; 4F8C B; 4YXD B; 1VJK A; 2KFJ A; 1WYG A; 1IGD A; 3UF8 A; 2WQY B; 1XLN A; 2DAJ A; 3VXW A; 4RFB A; 2K1F A; 3Q3J A; 1MI0 A; 2BGF A; 1UNS A; 1OQQ A; 5FR6 A; 2W82 A; 2N7D A; 2VZK D; 1IGC A; 4HKQ A; 3ABV B; 1J8C A; 4P6V F; 3DPD A; 5AZH A; 2KTF A; 2ZZP B; 2MP2 B; 3ZTC A; 4XC2 A; 4ZYS A; 1ZE3 D; 4GOC A; 1SJH D; 2ZVN A; 1LFD A; 3NVY A; 3MTN B; 5GXG B; 2HJ1 A; 3QWZ B; 4M01 A; 2KTR B; 3P4S B; 2WDT B; 1QOG A; 3AE4 B; 4TMA B; 3Q3F A; 3ONS A; 2SAK A; 5DPW A; 3J9C A; 2VH2 A; 2MP2 A; 1TKG A; 1BML C; 2DX5 B; 1QZE A; 2H89 B; 3AE6 B; 2BB6 A; 3P63 A; 4A55 A; 1NEN B; 4ZRJ A; 3H8H A; 2LVO A; 2KTR A; 2RMM A; 2QSD A; 2YLM A; 3Q6B A; 2ZJD A; 4HJK A; 2GLS A; 1ZGU B; 4C00 A; 3AEA B; 2K5P A; 1Y56 A; 2BQQ A; 2KVZ A; 1T0Q C; 3NZ3 A; 2MBO A; 3ETR A; 1V1P B; 1L6U A; 4LCD E; 3KLS X; 1ZKH A; 1ACC A; 1T3Q A; 1DYQ A; 1PQS A; 3RNE C; 5J18 A; 2LZ6 A; 3VRB B; 3A1Q B; 5KHQ A; 4JLC A; 2BYV E; 3EUB 2; 1C9F A; 1V1P A; 2WDV B; 4PS8 A; 2N9K A; 1B1Z A; 4US9 A; 1F2R C; 1F9J A; 4KZC A; 4MSQ B; 2UWQ A; 3V62 A; 4AQ7 A; 5C3J B; 2BB5 A; 1V9J A; 2MW5 A; 4N58 A; 5H8Y E; 2M0X A; 3A1Q A; 1L2N A; 1TKY A; 5IAA C; 3LJ3 A; 1VZ7 A; 1I42 A; 2O6V B; 3VVW B; 2IBI B; 5BMI A; 3H1U A; 5G2N A; 4N9F 4; 1S3S G; 4NNJ B; 1DOX A; 1ZDX A; 3ZLZ A; 1GB1 A; 2BPS A; 2NR2 A; 4K81 A; 1YJJ A; 2PPH A; 2N9X A; 1H4R A; 3M3J A; 1HXY D; 2O6V A; 1YIW A; 2QDF A; 2WHI A; 2KMC A; 4HPM B; 2PEA A; 3ZRF A; 4BOZ B; 1GC7 A; 1UBQ A; 2MSE D; 1EF1 A; 3LDZ E; 2N9P C; 2A5U A; 3FKY A; 2OOB B; 2N7E A; 4A9A A; 4MGZ E; 1SXT A; 2ASQ A; 3BK1 A; 1NBF C; 1SE4 A; 1WH3 A; 2M1M A; 4ZOH C; 1AW7 A; 4TQ1 A; 2K3U A; 1ROE A; 1WE6 A; 3PO0 A; 2FUH B; 1C3T A; 1HEZ E; 2MEK A; 1V97 A; 2DLB A; 3AH7 A; 4AOF A; 2GOW A; 3FIL B; 3N20 C; 3VTU A; 2KMM A; 5HI1 A; 3VFK A; 2YEP B; 1WM2 A; 3Q69 A; 1TJE A; 2V3P A; 1GPX A; 3NG0 A; 2MBH A; 1E8Z A; 3PV1 A; 3IFW B; 1V2Y A; 2R61 A; 2KKC A; 4CQN A; 3FIL A; 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2I1J A; 2C5L C; 4HXD A; 1F0Z A; 2ZPN A; 4DXG A; 2LVP A; 1SIJ A; 2RPV A; 2WDQ B; 4C4V A; 3RNB C; 3T3O A; 2GBN A; 3ZYY X; 4RF0 A; 4S17 A; 3GE8 C; 1DGJ A; 1N5W A; 1WJN A; 5D2M B; 3QHT A; 2WGS A; 3A9K A; 3AE2 B; 1FNV A; 4EE2 A; 3QAR A; 3VDZ A; 2JF5 A; 1JRO A; 4XDC A; 4K7S A; 2LVQ A; 1Q5W B; 2J7Q B; 2DZK A; 1VR9 A; 1FIQ A; 3LXF A; 3UIP B; 3QC8 B; 1WRD B; 2KVR A; 2D10 A; 1SE9 A; 4LLG M; 1DOI A; 1I7H A; 3OLM D; 1YQB A; 2WXK A; 4USA A; 3X0W A; 1IP9 A; 3RMK C; 4FJY A; 3VUY A; 4EEW A; 3UQA A; 2LGY A; 4RM8 A; 3ZXR A; 1D5Z C; 2LGS A; 3AEC B; 3N1Z C; 1CZP A; 4EOY A; 3C8Y A; 2L83 A; 5AZG A; 3APC A; 4MEM A; 2BTE A; 3AEB B; 3U30 A; 1VD2 A; 4MDK E; 4NY0 A; 5MPO A; 3VR9 B; 3ZTD A; 1FO4 A; 2CHX A; 2KDB A; 2IGG A; 2L52 A; 3NHE B; 4LDT B; 1PGX A; 2VZK B; 4DK5 A; 2KOX A; 3L13 A; 4L23 A; 1RFA A; 3QQ8 B; 2MHJ A; 5HKH A; 3ZNZ B; 1YN3 A; 2JQR B; 4ZYN A; 2MBQ A; 1OFF A; 2AQ2 B; 1WXQ A; 3PZ7 A; 2NTS A; 1WJ6 A; 1WM3 A; 4ARC A; 1C77 A; 3NS8 A; 1WE7 A; 4IWO A; 2IO0 B; 2ZW1 A; 4HEA 1; 1PUT A; 3RZW C; 3RUL A; 4MJS B; 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