The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.
Total Genus |
12
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sequence length |
56
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structure length |
52
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Chain Sequence |
DTYKLILNGKTLKGETTTEAVDATAEVFKYANNGVDGEWTYDDATKTFTVTE
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.
After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.
| molecule tags |
De novo protein
|
| publication title |
Folding Thermodynamics of Protein-Like Oligomers with Heterogeneous Backbones.
pubmed doi rcsb |
| molecule keywords |
Streptococcal Protein GB1 Backbone Modified Variant: beta-3-
|
| total genus |
12
|
| structure length |
52
|
| sequence length |
56
|
| ec nomenclature | |
| pdb deposition date | 2014-02-14 |
| chain | Pfam Accession Code | Pfam Family Identifier | Pfam Description |
|---|---|---|---|
| A | PF01378 | IgG_binding_B | B domain |
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
| Class | Architecture | Topology | Homology | Domain |
|---|---|---|---|---|---|
| Alpha Beta | Roll | Ubiquitin-like (UB roll) | Ubiquitin-like (UB roll) |
#chains in the Genus database with same CATH superfamily 2KN4 A; 4KGS A; 2K0P A; 2GB1 A; 2JU6 X; 2ON8 A; 2JZP A; 1PGA A; 1XCT L; 2KAC A; 1GB1 A; 1K51 A; 1YMH E; 2GI9 A; 1MVK A; 5HG2 A; 2RPV A; 2ONQ A; 1IGD A; 2JXT A; 5HI1 A; 1QKZ A; 2KDM A; 1P7E A; 2RMM A; 1PGX A; 2JWU A; 4OZB A; 4D2K A; 3UI3 A; 1F2R C; 4HKZ E; 1K52 A; 2ZW1 A; 2IGH A; 2LHD A; 1FCC C; 3FIL A; 4OZA A; 2KQ4 X; 1F2R I; 1MHH E; 2I2Y A; 2QSD A; 2JSV X; 2LHE A; 3GB1 A; 2QMT A; 5BMI A; 2OED A; 2LUM A; 4KGT A; 1HZ6 A; 1XF5 L; 2IGD A; 1GB4 A; 1C9F A; 4MAC A; 3FIL B; 1IBX B; 1HZ5 A; 4KGR A; 2NMQ A; 2I38 A; 1HEZ E; 1FD6 A; 1JML A; 2KWD A; 2LGI A; 2J53 A; 1IBX A; 1ZXH A; 4OZC A; 5BMH A; 1MI0 A; 1D4B A; 1K50 A; 1MPE A; 1Q10 A; 1XCQ L; 1YNT E; 1EM7 A; 5JXV A; 1K53 A; 1MHX A; 3MP9 A; 2IGG A; 5BMG A; 2ZW0 A; 4GLS C; 4IOI E; 3V3X A; 2EEL A; 2PLP A; 5HHD G; 5HFY A; 1IGC A; 1FCL A; 4HJG E; 2PTL A; 2J52 A; 2N9K A; 2PW9 A; 4IKG A; 1PGB A; 2N7J A; 1UWX A; 2N9L A; 1P7F A; 1KH0 A; 4WH4 A; #chains in the Genus database with same CATH topology 2D10 A; 3KVF B; 3AM9 A; 2K1F A; 4FJZ A; 4MJS B; 1S1Q B; 3R2T A; 5C23 A; 3QA8 A; 3R7Q A; 4S17 A; 2GRI A; 2KVZ A; 5DPS A; 1DOX A; 3B2G A; 4CYE A; 3RNE C; 4MEL A; 2JXT A; 2LGX A; 5HI1 A; 2L3Z A; 1QKZ A; 4W9F A; 1C78 A; 2A5U A; 1YJJ A; 2NBU A; 3PGE A; 2Q5W D; 5D7G A; 2JWU A; 3DBH B; 2EMT A; 4IM2 A; 5LLI A; 3Q3O C; 3RYT A; 1J7B A; 3B9J A; 3PLU A; 4HKZ E; 1RLF A; 3AE2 B; 3GB1 A; 1ZPS A; 4HPL B; 3PZD A; 3PVL A; 3SD5 A; 2K39 A; 3IVF A; 3UIP B; 2C60 A; 3VAW A; 2JYT A; 1V1P A; 2L7R A; 2JPH A; 1GB4 A; 1GNU A; 4XZ4 A; 2KTF A; 2HD5 B; 3C8Y A; 2MEK A; 1M4V A; 3W1S A; 3U8Z A; 1WGY A; 4ANV A; 2LGI A; 3M95 A; 5I4D A; 2D11 A; 4ITK A; 2H89 B; 3TIX A; 1K50 A; 2KAJ A; 2DLB A; 2AEH A; 3BK1 A; 3DVG Y; 1LQB A; 4TV3 A; 3TEY A; 3PRE A; 3E9S A; 4WWO A; 3NZS A; 3WAO A; 4E71 A; 4RGT A; 1R4N B; 3MP9 A; 4WJP A; 4KX6 B; 1IPG A; 3DVN V; 4RGO S; 4DHZ E; 1SBB B; 2M4N A; 2KLC A; 1SXT A; 2BYE A; 5IP4 D; 2M56 B; 3JYU A; 2K8B A; 4IC7 B; 2MP2 A; 2NBV B; 4KZ0 A; 3RD2 A; 2RSU A; 1V80 A; 3AH7 A; 4OHJ A; 3ZTD A; 4YTM B; 4ZRJ A; 4H2A A; 4DHJ D; 3QQ8 B; 1OGW A; 4HXD A; 3ZNZ B; 4KIK B; 3N1Y C; 2VZK D; 5LNK 1; 4MH0 E; 1N6Z A; 2AQ3 B; 3QHT A; 3GOE A; 1Y8R C; 1CMX B; 4EKU A; 4C80 A; 2GBN A; 4ZOH C; 3ZLZ A; 1TY2 A; 4F1S A; 3MHS D; 3HVD A; 2BQQ A; 4PS8 A; 4GDL A; 1PGX A; 3HK0 A; 4UDU C; 2AQ1 B; 3HM3 A; 3A1Q B; 3H7P A; 4F7Z A; 2REX A; 2NBW B; 2IGH A; 4LTU A; 1XD3 B; 5FK9 C; 3TUO A; 1TIF A; 2K8C A; 1QLB B; 3EFC A; 2K3U A; 2XBB C; 1ZGU B; 2H88 B; 2ZVO A; 1V1O A; 3UGB B; 2CJN A; 4N58 A; 2NTT A; 4HPM B; 3HVZ A; 4XWW A; 1GPX A; 1JWA D; 5BYQ A; 1JRP A; 2DYM A; 2WWZ A; 4N6E B; 3AEC B; 3P4S B; 1T5X D; 3WIM A; 3W9C B; 3DHH C; 4IDI A; 3UF8 A; 3H9D A; 1MPE A; 5FKA C; 3Q8A A; 3AI5 A; 2QIE B; 2UU7 A; 4DWF A; 2PEA A; 4BKG A; 2KXJ A; 2CS4 A; 2GOW A; 1ZW7 A; 3V3X A; 1IP9 A; 1XEE A; 2JUO A; 4AUQ C; 2PLP A; 3W5V B; 1IGC A; 3ZDT A; 5EE9 A; 2G3Q B; 1SSN A; 2M1M A; 5AUK A; 2LUE A; 3T8M A; 5D6J B; 1ROE A; 1GAQ B; 3R8B A; 1I35 A; 1KH0 A; 4WH4 A; 1R4N I; 5IOI A; 3NOB A; 1WX7 A; 1V86 A; 4RGM A; 5AZF A; 2LXA A; 1JCK B; 2D3A A; 4HCN B; 1WE7 A; 3V6C B; 1EWY C; 2R2Q A; 2E6X A; 4ZHP A; 5AUI A; 2AQ2 B; 5E6J A; 2J0M A; 4ARI A; 3QWZ B; 2GBJ A; 1VZ7 A; 5BYR A; 3V60 A; 1QOF A; 3RI7 C; 1P7E A; 2GMI C; 3AE5 B; 1WGR A; 1FM0 D; 3PRP B; 1JWU D; 1XXG A; 1JW9 D; 1UNS A; 2WS3 B; 1Z5S B; 4S0R A; 4AJY B; 1PFD A; 5C2T B; 2ZPY A; 2Y5C A; 1TS4 A; 3L10 B; 5J17 A; 1KLG D; 1NVI D; 2L05 A; 2MBE A; 1N63 A; 4QAY A; 4MGZ E; 1YJ1 A; 3KWL A; 3N30 A; 3ZRC A; 4GDK A; 4W9J A; 3U7D A; 4K1R B; 3W1Y A; 5GMV A; 3IFW B; 1V49 A; 3MC8 A; 2W3R A; 4GU2 A; 3VXW A; 3I57 A; 4JLC A; 3ZUN A; 4OZC A; 4JIO U; 1I4R A; 1N5W A; 3T3N A; 5D3D A; 3DVN U; 1E0Z A; 3IAM 1; 3U2S C; 4MGK E; 3EC8 A; 2ZZP B; 1UBI A; 3V61 A; 2BT6 A; 4GLS C; 3AUL A; 2OOB B; 3GE8 C; 1UEL A; 3BZD B; 2CU3 A; 2LEK A; 3ZNH B; 2LWP A; 3ZJV A; 4LLG M; 4MM3 A; 2N9L A; 2D5G A; 2XEW A; 2K0P A; 3IBE A; 4TUU A; 2GB1 A; 3AV8 A; 2ON8 A; 2WXO A; 2CKH B; 3RNC C; 3T9L A; 1DYQ A; 4G11 A; 1XCT L; 2BB6 A; 5EE1 A; 1B1Z A; 1V5O A; 2MBH A; 5G5G A; 3VR9 B; 1WFY A; 1T6B X; 5G5H A; 2JZ3 B; 1OEY J; 4DDG D; 2Y5P A; 2LD9 A; 3MFG A; 1GC6 A; 2KOX A; 1C79 A; 4NNJ B; 2JF5 A; 3MC0 B; 1J7A A; 1C4P A; 1WJU A; 4A8X C; 4A3O A; 4ARC A; 5IAA C; 4PS3 A; 3A9J A; 3CF6 E; 4A9A A; 3V6E B; 2KDB A; 3TSS A; 1J0G A; 1UWM A; 1FFV A; 1K52 A; 1CJE A; 2M19 A; 1YQB A; 2KX3 A; 3N1Z C; 4LNO A; 2BWE S; 4B6W A; 2I2Y A; 3AE6 B; 2QSD A; 2DWQ A; 4GMV A; 4BZA A; 4GIV A; 1WWT A; 2G9H D; 1QOG A; 2UYZ B; 2KTR A; 3A9J B; 3SR6 A; 4KSK C; 2PE6 B; 2WX0 A; 2VRR B; 2DNF A; 1NDD A; 1SJH D; 5IO9 A; 1L5P A; 3WAN A; 1KFY B; 1TKY A; 2FID A; 1HEZ E; 4WQM A; 4RF1 A; 2N7D A; 2BS2 B; 2KDI A; 2KTR B; 2ZCC A; 5TSS A; 1FXA A; 2XN9 C; 2LVO A; 1D4B A; 2BS3 B; 4WAF A; 1WY8 A; 4RM8 A; 1EO6 A; 4DHJ B; 3ECI A; 2ACZ B; 1H4R A; 2IGG A; 2WXJ A; 3A4S C; 1A5R A; 4BOS C; 4BBN F; 3ZNG C; 2DZM A; 3APF A; 1FMA D; 3Q69 A; 1WIA A; 2NR2 A; 1STE A; 4O1N A; 2N7J A; 2WNM A; 2K25 A; 3K9O B; 2LI5 A; 4FHK A; 3NVW A; 1GOZ A; 3U4E G; 2INP E; 3QC8 B; 2G45 B; 3P63 A; 3L16 A; 3DOW A; 3PS6 A; 3BII D; 1N60 A; 2CJO A; 4II3 B; 1T3Q A; 3N32 A; 1LM8 B; 4HCP B; 4PYU A; 4GN1 A; 1D5M C; 1T0Q C; 1WR1 A; 4M00 A; 3HIZ A; 3RNF C; 2WXP A; 4ACF A; 3L08 A; 1RYJ A; 2QDF A; 4XE0 A; 2QCZ A; 1J8C A; 3DWM A; 3WAM A; 2LVP A; 4K3C A; 5E6N A; 3Q2A C; 2M17 A; 3L54 A; 4JGH B; 3N3K B; 4MSQ B; 4BKT A; 1GUA B; 2IYD B; 3AU4 A; 2LXC A; 2DHZ A; 2J4X A; 3PTF C; 1AWD A; 3ZJU A; 2WXK A; 4NPN A; 3ZRF A; 3AED B; 2O6V A; 3V05 A; 3SEB A; 3P2B A; 1IBX B; 3VQI A; 1CQV A; 2NMQ A; 2KDF B; 4M0W A; 4RNA A; 4C00 A; 3EEC A; 2WLB A; 1FPY A; 4MT5 A; 1HXY D; 3VTV A; 4HDO A; 4XGA B; 4NAW A; 2L52 A; 4W9D A; 2O6V B; 2IPK D; 3BVG A; 3DDC B; 3DHI C; 2WXH A; 4DK5 A; 3LB8 C; 2ZW0 A; 1L7Y A; 3L13 A; 2RGF A; 2JRI B; 3NJT A; 3C0R B; 4BKS D; 4I6N B; 4NAW B; 4GB9 A; 2IO0 B; 3GE3 C; 1A70 A; 3ZNI D; 2HJ1 A; 2CHX A; 2KYW A; 4EEW A; 3WAL A; 3QIJ A; 3U30 A; 3NS1 A; 3NUH B; 4WUR A; 2OJR A; 1K51 A; 2BVC A; 2MRP A; 4EUT A; 1OFF A; 2DYO A; 2MCN B; 4FUL A; 2WXG A; 4HJK A; 4MJS A; 5KHQ A; 3PT2 B; 2RPV A; 1YN3 A; 3P4P B; 1UD7 A; 2C9W B; 3UIO B; 4A55 A; 2MJ3 A; 3B0A A; 3APD A; 2EKE C; 2WDQ B; 3AEA B; 1OQQ A; 1OTR B; 2A4Z A; 4C4V A; 3LDZ E; 3Q3J A; 3EA6 A; 4FLH A; 1FCC C; 1N62 A; 3VRB B; 1NI3 A; 3PSE B; 1MHH E; 2E3T A; 1OQY A; 2QMT A; 3DBR I; 3VDZ A; 2L8J A; 3A4R A; 3JSV B; 3PHX B; 4C4V B; 1HZ6 A; 1SGH A; 4FAD A; 1OQR A; 2WQY B; 4I6L B; 4YL8 A; 1DOI A; 3NRZ A; 1HZ5 A; 2IY1 B; 3M62 B; 4GOC A; 5DPR A; 1WE6 A; 2N9P C; 3WAP A; 1PQS A; 3FAH A; 1MG4 A; 2FCS A; 4IM3 A; 3R2I A; 5E6O A; 1Q10 A; 3NY5 A; 3P42 A; 4WWP A; 4JE3 B; 1TZO A; 1ZE3 D; 1J7C A; 3KYD D; 4M01 A; 1SE2 A; 2KQ7 A; 1YX6 B; 2YEP F; 2C7H A; 3P4Q B; 2DAJ A; 1FEH A; 4NY0 A; 2VH1 A; 1P7F A; 2BKR B; 1D3Z A; 5D2M B; 1VZ6 A; 2W82 A; 3I9V 1; 1IYF A; 4IW0 A; 2MHJ A; 2WX1 A; 3J9C A; 2FUH B; 4Q2J A; 4XDD A; 4N9F 4; 4ZRQ A; 4WJQ A; 1E7P B; 1XLP A; 1FNV A; 1N61 A; 1Z2M A; 1YMH E; 2GI9 A; 1T0S C; 1HTO A; 1EU4 A; 4KIK A; 2ONQ A; 3OJ4 B; 2DAF A; 3KQ4 A; 4DXG A; 4D2K A; 5L95 C; 1WZ3 A; 1L0V B; 2WDT B; 4LDT D; 3MTN B; 2ZW1 A; 2KN5 A; 3FIL A; 1B9R A; 3Q8E A; 2MLB A; 3KUZ A; 3A1Q A; 3V62 A; 2K6D B; 3NZ3 A; 2OHF A; 1I4P A; 3H1U A; 5BYS A; 3WCQ A; 1DGJ A; 4HDQ A; 2N4F A; 3FIL B; 3VUW A; 1UGM A; 1HTQ A; 4W9C A; 4KGR A; 1VJK A; 5HKH A; 5LXI B; 4P6V F; 4L23 A; 2QHO A; 4BOZ B; 4K7S A; 1TKE A; 1QF6 A; 3WA0 A; 3QAR A; 4JWS C; 1WRI A; 4EE2 A; 3MJ5 A; 1JQ4 A; 2Z0E B; 4ZRP A; 1JAL A; 4TQ0 A; 2AL3 A; 1I4X A; 2I1J A; 4HLE A; 4B0M A; 4US8 A; 2KD0 A; 2MA9 B; 3NVV A; 1UWX A; 1JWS D; 1ZP0 B; 2MSE D; 4YSZ B; 1WJ6 A; 1P0R A; 1T0R C; 3MHZ A; 2ASQ A; 3CSF A; 2JU6 X; 1FXI A; 3N9Y C; 1DOY A; 1SIJ A; 1SE9 A; 4RF0 A; 1Q5W B; 2D3B A; 2CHW A; 4YTP B; 2IO2 B; 2JZZ A; 2VH2 A; 4YT0 B; 5EDS A; 4W9I A; 3IHP C; 5DPT A; 2RD0 A; 5DCN A; 2WXR A; 2IO3 B; 2HE7 A; 3SU8 X; 3JW0 X; 3QAQ A; 4ICV A; 1KLV A; 2ICI A; 2V3S A; 3ZXR A; 1L4Z B; 3TCA A; 1V9J A; 2G4D B; 3ZVV A; 4URK A; 3ZYY X; 3RZF A; 2MJD A; 2ZVN A; 2JQR B; 1QOB A; 1L6V A; 1RFK A; 1C4C A; 1KOT A; 4TKN A; 4NZL B; 3Q3N C; 2L76 A; 3SFD B; 2WXL A; 4IWP A; 4RH6 A; 4M8M A; 3TEZ A; 1YQ4 B; 2IJ0 A; 2FCQ A; 2O2V A; 3Q3M C; 2PMV A; 3L4P A; 4RCO A; 2NCN A; 3R7R A; 4XC2 A; 3ZTC A; 1X1M A; 4BVU C; 1MI0 A; 2KX0 A; 3DBL I; 2KVR A; 4HEA 1; 4FHJ A; 3O65 B; 2O2V B; 3P4R B; 2AL6 A; 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5E6P A; 4IM0 A; 3GP7 A; 1TTN A; 1KTK A; 1SIF A; 4M8N A; 3HM6 X; 5IA7 A; 1TGZ B; 1YOV B; 4WWM A; 3ALB A; 3CMM B; 4RGN A; 2BW2 A; 1RFA A; 4OZA A; 4BAX A; 2FAZ A; 4KDL B; 1F2R I; 3L0W B; 1V5T A; 1HA5 A; 3KYC D; 2LHE A; 2GBM A; 3QK0 A; 5BMI A; 2LUM A; 4LNN A; 3I63 C; 2D07 B; 1XF5 L; 2N1V A; 1ZOY B; 1WZ0 A; 2KZR A; 1BUI C; 2DZK A; 3DBR B; 4KDI C; 3HRD D; 4XDC A; 2V3P A; 1R7S A; 4K3B A; 2EKI A; 4NQK E; 2Y3A A; 3VR8 B; 2TSS A; 3N20 C; 2W54 A; 1IBX A; 3Q6B A; 5L83 A; 1C4A A; 4EZL A; 1I4H A; 3KW5 B; 3H8H A; 1WYG A; 4IOI E; 4M02 A; 2LGY A; 4NJC A; 4OW0 A; 2KLG A; 5HHD G; 5J18 A; 1ENF A; 2IDY A; 2C5L C; 2N9K A; 1L0X B; 1VCB A; 3KUC B; 3Q8B A; 1SE4 A; 3B2F A; 2B76 B; 3ZDM C; 1EUV B; 1BXT A; 1UBQ A; 2C7M B; 4J3O D; 2KFK A; 1OEY A; 2BPS A; 1V81 A; 5LXH A; 3U7Z A; 2INN E; 2V4I B; 1AW7 A; 2INC C; 2N9X A; 5D94 A; 1SF0 A; 2WU2 B; 1PGA A; 1AN8 A; 2QIL A; 4EZK A; 2X8X X; 2DYB A; 1P1A A; 1WMH B; 2WXM A; 3NVY A; 3RFZ B; 2KFK B; 2UWQ A; 5G2N A; 1ESF A; 5C3J B; 2NPT B; 4TQ1 A; 3KLS X; 5JH5 C; 2BWF A; 4WJN A; 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