The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.
Total Genus |
8
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sequence length |
66
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structure length |
66
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Chain Sequence |
PKEEVTIKVNLIFADGKIQTAEFKGTFEEATAEAYRYAALHAKVNGEWTADLEDGGNHMNIKFAGK
|
The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.
After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.
| publication title |
Different crystal packing in Fab-protein L semi-disordered peptide complex.
pubmed doi rcsb |
| molecule keywords |
Capsid protein C
|
| molecule tags |
Immune system
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| source organism |
Finegoldia magna
|
| total genus |
8
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| structure length |
66
|
| sequence length |
66
|
| chains with identical sequence |
M, N, O
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| ec nomenclature | |
| pdb deposition date | 2004-09-03 |
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
| Class | Architecture | Topology | Homology | Domain |
|---|---|---|---|---|---|
| Alpha Beta | Roll | Ubiquitin-like (UB roll) | Ubiquitin-like (UB roll) |
#chains in the Genus database with same CATH superfamily 2RPV A; 2ZW1 A; 1K51 A; 1JML A; 1YNT E; 1K53 A; 1MVK A; 2PLP A; 4GLS C; 2QSD A; 2K0P A; 5BMI A; 2N9L A; 1PGB A; 1MHX A; 1P7E A; 2LHE A; 1FD6 A; 2KWD A; 3UI3 A; 1P7F A; 4WH4 A; 3MP9 A; 1XCQ L; 1HZ6 A; 5HFY A; 1F2R I; 1K52 A; 1IBX B; 4KGR A; 1PGX A; 2GI9 A; 2LUM A; 1YMH E; 2PTL A; 1K50 A; 2ONQ A; 2J52 A; 2RMM A; 3FIL B; 5HI1 A; 1Q10 A; 1C9F A; 1GB1 A; 1IGC A; 2QMT A; 4HJG E; 2LHD A; 2IGD A; 4MAC A; 2ON8 A; 2KDM A; 2JSV X; 5BMH A; 4IOI E; 2J53 A; 2N9K A; 2LGI A; 5JXV A; 2JXT A; 2KAC A; 1HZ5 A; 4OZB A; 1F2R C; 2KQ4 X; 1EM7 A; 1QKZ A; 2OED A; 2PW9 A; 4HKZ E; 2N7J A; 1FCC C; 3GB1 A; 4OZC A; 2NMQ A; 1PGA A; 1UWX A; 2GB1 A; 3FIL A; 4KGS A; 5BMG A; 1IGD A; 2ZW0 A; 1MI0 A; 4IKG A; 2JZP A; 4OZA A; 1FCL A; 1D4B A; 2I38 A; 1XF5 L; 2IGG A; 5HG2 A; 1XCT L; 2KN4 A; 1MHH E; 2JU6 X; 1HEZ E; 1KH0 A; 1IBX A; 2EEL A; 5HHD G; 4KGT A; 2JWU A; 1ZXH A; 2IGH A; 1MPE A; 2I2Y A; 4D2K A; 3V3X A; 1GB4 A; #chains in the Genus database with same CATH topology 3AED B; 1UD7 A; 2LVO A; 3ALB A; 3PT2 B; 2BB6 A; 4FN2 A; 4URK A; 2DAJ A; 3EA6 A; 1GOZ A; 1L5P A; 4PS3 A; 2JY6 A; 4LK0 M; 2MA9 B; 4DXG A; 4EOY A; 2KLC A; 4LDT B; 1I35 A; 1T0Q C; 3I63 C; 2TSS A; 3PVL A; 2CJN A; 4LDT D; 4WJQ A; 4FLH A; 1I42 A; 4C56 C; 5JH5 C; 1E9M A; 2N4F A; 3NVV A; 4DHZ B; 1R4N I; 1V1P B; 2REX A; 3KLS X; 2ONQ A; 1FXT B; 5CHW A; 3JYU A; 1YJI A; 1TIF A; 2GRI A; 3PTF C; 3GZN B; 5AUK A; 1I4H A; 3KUC B; 2KAJ A; 2DNF A; 2XK5 A; 1TS2 A; 1WGH A; 2G9H D; 1HTQ A; 1PDX A; 1EO6 A; 2C7N B; 4N59 A; 4TKN A; 2KAC A; 1TKE A; 2ZNV C; 3PS6 A; 3N1Z C; 3A9K B; 1QT9 A; 2PVO D; 3RNB C; 4G11 A; 3W2D A; 4YSX B; 2VH1 A; 1OQY A; 4DBG A; 2DHZ A; 1TGZ B; 1E0Z A; 1XD3 B; 3RNE C; 2ASQ A; 5BMG A; 3ZNZ B; 3NG0 A; 2JF5 A; 1FO4 A; 4NAW B; 4IKG A; 5LXH A; 3DBL B; 3H6N A; 1YD8 U; 2IJ0 A; 1PQS A; 1GAQ B; 2LEK A; 1F1H A; 3CF6 E; 1ZP0 B; 3PO0 A; 5CTR C; 1XXG A; 3IBE A; 2Y5P A; 4IW0 A; 1E7P B; 3RYT A; 1RYJ A; 3APF A; 1ZKH A; 3AE4 B; 3H8H A; 4PK1 A; 2IZV B; 3Q8C A; 1PFD A; 3MC8 A; 4HPM B; 5E6O A; 3NY5 A; 2BS2 B; 2J0J A; 5TR5 A; 2CU3 A; 5BMI A; 3T8M A; 5GXG B; 1P3Q U; 4LNO A; 3QIJ A; 4LNN A; 3RZW C; 4R3D A; 1L0V B; 2DZJ A; 2BBC A; 2DBY A; 3AE8 B; 4LJO B; 2KOX A; 3N30 A; 2GI9 A; 4YL8 A; 4MEL A; 2J52 A; 4TUU A; 4AQ7 A; 3KWL A; 4MH0 E; 1C1Y B; 1GB1 A; 3BII D; 3I57 A; 2LRU A; 4P1C C; 4OW0 A; 3O13 A; 2WXG A; 1JWS D; 4US9 A; 4GGQ A; 3QAR A; 5GMV A; 4DXA B; 3DOW A; 1XLO A; 4N6E B; 1KM7 A; 1EM7 A; 4ANU A; 2KDB A; 4MEM A; 3RMK C; 2CU1 A; 5DPW A; 2EKE C; 3ZJT A; 4GOC A; 3D32 A; 3K9P B; 2PW9 A; 4RGT A; 3AEE B; 1WWT A; 3GB1 A; 2KYW A; 3DWM A; 4IWQ A; 3W9C B; 2MBE A; 3OLM D; 3DHG C; 2KZR A; 3ENE A; 2BB5 A; 2AQ1 B; 2MP2 A; 4FHK A; 4AWJ A; 2WXH A; 3AN1 A; 2A5U A; 2K39 A; 2N7E A; 2Q5W D; 2MW5 A; 2BGF A; 1L6U A; 2DZI A; 2MJD A; 2JWZ A; 1KH0 A; 1KRH A; 1RFK A; 1KTK A; 4BBN F; 1YX5 B; 1WE7 A; 3JW0 X; 5EE9 A; 3Q3F A; 4US8 A; 4OVZ A; 2CR5 A; 3C8Y A; 1N60 A; 1ET9 A; 2AQ3 B; 1GC6 A; 3ZNG C; 3AE3 B; 2FUG 1; 1J7A A; 2NBU A; 2WS3 B; 3BVG A; 3I5J C; 1LO5 D; 5T8I A; 4HVB A; 5DCN A; 4FJV B; 4JL9 A; 1P0R A; 2KTR B; 4BKT A; 3AH7 A; 5E6J A; 1HZ6 A; 1MG4 A; 2KN5 A; 3WIM A; 3IT6 B; 1M94 A; 3RZF A; 3ZGZ A; 4P7I A; 3R7R A; 4P6V F; 3H7P A; 2E3T A; 2PE6 B; 4MGY E; 3VFK A; 2X38 A; 3W1S A; 4LNI A; 4EE2 A; 4LLG M; 3HIZ A; 4ZRP A; 2EMT A; 3A9J B; 1IPG A; 2LGX A; 1C3T A; 4RF0 A; 3NZS A; 1CZP A; 2AEH A; 4KSL C; 3L0W B; 1GNU A; 3RPF C; 3LB8 C; 1KF6 B; 4NNJ B; 1VRA B; 2VH2 A; 4NQL B; 3MJW A; 5C23 A; 3BWU D; 3RUI B; 1WR1 A; 4HKZ E; 3AU5 A; 2NMQ A; 3BZD B; 4ACF A; 1TBE A; 2PMV A; 4NZL B; 2FUH B; 4MGK E; 4RGM A; 2G4D B; 1N5W A; 2WX1 A; 3BY4 B; 1TKY A; 2EKI A; 3TSS A; 3AV8 A; 2C5L C; 2UYZ B; 2FID A; 1OTR B; 2J7Q B; 1NDD A; 1TY2 A; 2NCN A; 3APC A; 2KHW B; 4KVG B; 3IFW B; 3J9C A; 2OOB B; 4B6W A; 2B76 B; 1MPE A; 2WDV B; 1GB4 A; 4H2A A; 2ZCC A; 2I1K A; 1MVK A; 1IYF A; 3JVZ X; 2M8S A; 3VTU A; 1E6E B; 2QCZ A; 3HUI A; 2Z59 B; 3HRD D; 4PS8 A; 2RDG A; 4G0N B; 2MHJ A; 5DPT A; 3VR9 B; 3AI5 A; 2LD9 A; 2DX5 B; 3JSV B; 1L0Y B; 4Q2J A; 4RNA A; 3B0A A; 3VAW A; 3KWV A; 2MBO A; 3SEB A; 2J0K A; 1I4Q A; 2MBQ A; 1TKG A; 1WXM A; 2CS4 A; 2LGY A; 3PHX B; 2RGF A; 4KZ0 A; 1VR9 A; 2JZ3 B; 1J8C A; 4M02 A; 2KJR A; 2J42 A; 4TQ1 A; 2W82 A; 4LNF A; 1FM0 D; 3PRZ A; 1FRD A; 2DWQ A; 2KDI A; 1UEL A; 1V80 A; 3P2B A; 1E8X A; 5G5H A; 1WM2 A; 2NVU I; 2MEK A; 2KNB A; 1JW9 D; 4KZC A; 1GJZ A; 1SJH D; 2K1F A; 3DBH I; 1WMH B; 1V1O A; 2L83 A; 1T0Y A; 3PLV A; 1HTO A; 2KX0 A; 1AW7 A; 4II2 B; 1OQQ A; 3HK0 A; 5MPO A; 2ACZ B; 3NS1 A; 3ZTD A; 3A9J A; 3R7Q A; 1ZDX A; 1DGJ A; 1C4A A; 1QF6 A; 4C4V A; 3ZYY X; 2WDR B; 2QC8 A; 4AJW A; 1IBX A; 2K3U A; 4O1N A; 4W9J A; 2KX3 A; 4KKI A; 2PVG C; 5DPS A; 1JRO A; 2AL6 A; 3CWI A; 2D5G A; 2IO2 B; 3EHV A; 3DBS A; 5D3I B; 1DOX A; 2BYF A; 2GBK A; 3L08 A; 2KLG A; 3U2S C; 3RNC C; 1Z5S B; 1JQ4 A; 2MBB B; 3SFD B; 1TS3 A; 4REZ A; 1IUE A; 2D3G A; 2DEN B; 3VUW A; 1EWC A; 2WXJ A; 2D3A A; 2LI5 A; 4FBJ B; 1MHX A; 4M0W A; 3O65 B; 1NBF C; 2JPH A; 3V6E B; 4ZYS A; 1YQB A; 3GE3 C; 4K7U A; 2XN9 C; 1Y56 A; 2AX5 A; 2BKR B; 1Z2M A; 2LUM A; 4WQM A; 5E6P A; 1VZ7 A; 3QQ8 B; 4ZRK A; 1EUV B; 2NTS A; 1R4M I; 1WI0 A; 1C78 A; 3ZJU A; 4P16 A; 2WYQ A; 3FKY A; 3ZJV A; 1SB3 C; 4LJP B; 4BBN C; 1UUP A; 4M01 A; 3ZO5 B; 2KKC A; 2AYO B; 2KQ4 X; 4XWT A; 1OQR A; 2WXQ A; 3DCG A; 1SGH A; 3WAM A; 1VZ6 A; 1FCC C; 1ESF A; 5J2R A; 4IWO A; 3BYY B; 2V4I B; 1SBB B; 3IXS A; 1KLU D; 4LNK A; 2HJ1 A; 4OZA A; 5H92 C; 3TL5 A; 2OHF A; 1TS5 A; 4L23 A; 3U7D A; 1QOF A; 2O2V B; 2HJ8 A; 2K8C A; 1NI3 A; 2L1A A; 3GE8 C; 1WRD B; 2K8H A; 1AYF A; 4ICU A; 1R4N B; 1V6E A; 2KTF A; 4USA A; 1JAL A; 1JML A; 1YNT E; 2ZCB A; 3K9O B; 2PLP A; 2BS3 B; 3IVF A; 4KX6 B; 2BT6 A; 1WE6 A; 3OG5 A; 2LVQ A; 2IND C; 4BZA A; 4M8N A; 4YTM B; 2CJO A; 4HCN B; 3ZKJ C; 2M4N A; 4MSM B; 4A3P A; 2KFJ A; 2PEA A; 4L2Y A; 1V97 A; 4M00 A; 3ZIM A; 3DHH C; 4HDO A; 1K52 A; 1WZ3 A; 1UZX B; 3VTW A; 1K50 A; 3R2T A; 1E10 A; 1Q10 A; 1C9F A; 4WJO A; 1CJE A; 1RM6 C; 2R2O A; 2JYT A; 3W1S C; 1VD2 A; 1ZPS A; 3DDC B; 3WAO A; 5IKC M; 4AP4 C; 2KFK B; 2J53 A; 3U7Z A; 5CHV C; 3RNA C; 1D5M C; 2D3C A; 3PZ8 A; 1AN8 A; 4OZB A; 1F2R C; 4YTP B; 1PYW D; 4BOZ B; 4RGO S; 2AQ2 B; 1V2Y A; 5LLI A; 4S0R A; 1L4D B; 1TY0 A; 2KWC A; 3VQI A; 2MH7 A; 2KAN A; 2V4L A; 4E74 A; 1HQR D; 2G1E A; 2MWS B; 2BWE S; 1SXT A; 2L0T A; 1T5X D; 4TSS A; 2V1Y A; 2J4X A; 3IAM 1; 3PGE A; 1LGR A; 2RSU A; 1XQQ A; 2NR2 A; 3FAH A; 5G55 A; 3V05 A; 3AE6 B; 1ZUD 2; 4C7Z A; 3ZDT A; 2KMA A; 3GS2 A; 3IT4 B; 1HA5 A; 2CHW A; 4RM8 A; 1H4R A; 2BS4 B; 2DAF A; 5G5G A; 3X0W A; 4A90 A; 2LWP A; 5BYS A; 2WXI A; 3EGR A; 4BKS A; 5H8Y E; 2PJH A; 4ARC A; 5J18 A; 3QCA A; 1WGD A; 3RI7 C; 1WXV A; 5HKH A; 1TZ1 A; 1SIJ A; 1CK1 A; 2Z0D B; 5IO9 A; 1ZXI A; 3AXC A; 4N9F 4; 2AL3 A; 2WXM A; 2LMC A; 2M56 B; 3NS8 A; 2L32 A; 2JXX A; 3FC4 A; 4XDC A; 1Q1O A; 4W9D A; 1J7C A; 3DWG C; 2NPT B; 4FJY A; 4EZL A; 4ANW A; 2GLS A; 4A3O A; 5IN7 A; 2MJ3 A; 2LRW A; 2IGD A; 2WGS A; 1CMX B; 5LNK 1; 2ZPY A; 2Y5B B; 3N32 A; 1C4P A; 4ZHP A; 1AAR A; 1TJE A; 2H89 B; 4G3X B; 2LGI A; 3M62 B; 2KQS A; 3TIX A; 1SE4 A; 4XYC A; 4UDU C; 3AEC B; 5LXI B; 1L4Z B; 2ZEQ A; 5JHA A; 3DVN V; 3ML8 A; 4KSK C; 2KJH B; 1ZDV A; 1PGA A; 4BAX A; 3U52 E; 2FCS A; 1YQ4 B; 2YEP B; 1GPX A; 1TT5 B; 1WY8 A; 4MGZ E; 1EU3 A; 1A70 A; 4HRO A; 2X8X X; 1DOY A; 2KFK A; 2BTE A; 3DBL I; 4HWI B; 2O6V B; 4JPS A; 1OEY A; 2O6V D; 1BML C; 1V1P A; 2J0M A; 4M8M A; 5TSS A; 2V0G A; 1F77 A; 2I2Y A; 3DPD A; 5KHQ A; 4FAD A; 2IO3 B; 3OJ4 B; 2BW2 A; 2KWU B; 2I1J A; 2W55 A; 3CMM B; 3NVZ A; 1D6E C; 3RCZ A; 3HM3 A; 1YJ1 A; 4DDI D; 4YSY B; 2CKH B; 3A4S C; 4ARI A; 1I4X A; 3NZ3 A; 1V49 A; 2AWT A; 3A9K A; 1P7E A; 2L0F A; 5CHF A; 3AE5 B; 3E56 A; 3NJT A; 4RH6 A; 4NJ7 A; 1P7F A; 3P4S B; 2LAS A; 3MHS D; 1GG3 A; 5FR3 A; 1RRB A; 4C7Y A; 1F2R I; 1TTN A; 3ZNI D; 4NAW A; 1PGX A; 3TJP A; 1N63 A; 3TCA A; 3ZXV A; 3MC0 B; 2FIF A; 3B9J A; 4WWP A; 4TQ0 A; 2BKF A; 4EZK A; 2DYO A; 2MBH A; 2BWF A; 2N9P C; 4IOI E; 3UIN B; 1IP9 A; 4GU2 A; 3N9Y C; 4G50 A; 3ZTC A; 2BPS A; 1V86 A; 5C1Z A; 4GDL B; 2JXT A; 2ZVN A; 1OEY J; 3PRM B; 4PT5 A; 2MRP A; 4II3 B; 5IP4 D; 2WXF A; 4OVU A; 4MT5 A; 3W5V B; 3Q8B A; 5I4D A; 3RT3 B; 3ZW3 A; 5AZG A; 1D5X C; 2FCQ A; 3VDZ A; 4KIK B; 3ML9 A; 5C3J B; 4DWF A; 2KDE B; 3TUO A; 3U4E G; 3M3J A; 2G4S A; 1KFY B; 3W1Y A; 1FMA D; 1WRI A; 3NUH B; 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1AWD A; 2DLB A; 3VTV A; 2C60 A; 3T9L A; 3A1Q B; 4RM9 A; 3PRP B; 1ET6 A; 4X57 B; 2ZZP B; 1NI2 A; 2D11 A; 3TEW A; 2JT4 B; 1XCQ L; 1J7B A; 1VZ8 A; 2JRI B; 2PTL A; 3A33 B; 1YN5 A; 1STE A; 3HHM A; 3AE9 B; 4RCO A; 2DZK A; 2LZ6 A; 5KHO A; 2OJR A; 2C9W B; 2K8B A; 2W9N A; 2WXN A; 1GUA B; 2WXO A; 4I6L B; 4MH8 A; 1NEK B; 1N5X A; 1QZE A; 4YXD B; 1WJU A; 3EC8 A; 1LXD A; 1N62 A; 3LJ3 A; 2L52 A; 1FFU A; 1QOB A; 4JWS C; 1SJE D; 3WCQ A; 3HM6 X; 1YN3 A; 2K9X A; 4DHJ B; 3ZQ4 A; 3E9S A; 4IM3 A; 4DHJ D; 4RMA A; 2RPQ A; 2M17 A; 4WIP A; 1QQR A; 3JSV A; 3CST A; 2FCM A; 4YT0 B; 2DYB A; 4EKU A; 4I6N B; 1VCB A; 1R7S A; 1RWS A; 3KH0 A; 2MLB A; 2XK5 B; 3Q8F A; 2D2Q A; 4KGT A; 2JX5 A; 4A8X C; 1S3S G; 2RDH A; 1QIL A; 2ZW1 A; 4DXF A; 3BK2 A; 1EF1 A; 5L83 A; 2Z0E B; 3AE2 B; 3VVW B; 1SSN A; 2N9L A; 3P4Q B; 4K3B A; 1PGB A; 4HK2 A; 3AB5 A; 1EWY C; 2KWD A; 5EE3 A; 1BXT A; 2WP9 B; 5L95 C; 1WMH A; 5D7G A; 2C7H A; 2LXA A; 3AEB B; 5IAA C; 4GSW A; 5EE1 A; 1C77 A; 2IBI B; 1PUT A; 2GBR A; 2WXL A; 4EEW A; 3L54 A; 3AM9 A; 3TEX A; 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