The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.
Total Genus |
3
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sequence length |
72
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structure length |
72
|
Chain Sequence |
AMDVKCDMEVSCPDGYTCCRLQSGAWGCCPFTQAVCCEDHIHCCPAGFTCDTQKGTCEQKLAAALEHHHHHH
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.
After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.
| molecule keywords |
Granulin A
|
| publication title |
Structure dissection of human progranulin identifies well-folded granulin/epithelin modules with unique functional activities.
pubmed doi rcsb |
| source organism |
Homo sapiens
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| molecule tags |
Cytokine
|
| total genus |
3
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| structure length |
72
|
| sequence length |
72
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| ec nomenclature | |
| pdb deposition date | 2007-12-13 |
| chain | Pfam Accession Code | Pfam Family Identifier | Pfam Description |
|---|---|---|---|
| A | PF00396 | Granulin | Granulin |
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
| Class | Architecture | Topology | Homology | Domain |
|---|---|---|---|---|---|
| Alpha Beta | Roll | Ubiquitin-like (UB roll) | Ubiquitin-like (UB roll) |
#chains in the Genus database with same CATH superfamily 2JYT A; 2JYE A; #chains in the Genus database with same CATH topology 3AEC B; 2PVO D; 2D2Q A; 3C0R B; 2WXL A; 2ZJD A; 3U7Z A; 3WAO A; 1Q1O A; 2PKO A; 1WJU A; 5KHQ A; 2BYV E; 1P7F A; 3Q2A C; 2LVQ A; 2R61 A; 2K1F A; 2LZ6 A; 2WXP A; 2IZV B; 4I6L B; 2CJN A; 2DWQ A; 3NZU A; 1R7S A; 4JIO U; 1GJZ A; 1YJ1 A; 2LHD A; 4HRO A; 4GSW A; 4CYE A; 3IT4 B; 4RH6 A; 3WAM A; 2JF5 A; 4MM3 B; 3NJT A; 2Y3A A; 5TR5 A; 2OJW A; 2NTS A; 5EE0 A; 2DAF A; 3ML9 A; 2BYF A; 4II3 B; 4II2 B; 1R4N B; 3W5U B; 2EEL A; 2RSU A; 2V1Y A; 4BBN C; 1SE3 A; 2FIF A; 3AXC A; 4BOZ B; 2L1A A; 2ZPY A; 2FUH B; 4WIP A; 1ZPS A; 3VTW A; 4ANX A; 2BS3 B; 3I3T B; 3V61 A; 2K8H A; 4RNA A; 2WXR A; 2CHX A; 1V1O A; 1ZW7 A; 1AW7 A; 2O6V A; 1HE8 A; 1WXA A; 5H8Y E; 3VTU A; 1XLP A; 3R8B A; 2LVO A; 3TEW A; 4M0W A; 3LB8 C; 3X0W A; 2KQS A; 1NI2 A; 1KLV A; 1YN4 A; 2KO3 A; 3O65 B; 2J0M A; 3I63 C; 3Q3O C; 1GG3 A; 2HDE A; 1IYF A; 1WMH A; 3HM3 A; 3R2T A; 1LGR A; 2KFK A; 4HVB A; 4HCP B; 4KIK A; 3AE2 B; 4G50 A; 1SE4 A; 1VJK A; 4A90 A; 1LQB A; 1QOF A; 3NS8 A; 3FC4 A; 3Q14 C; 3VFK A; 4XDD A; 4WWP A; 1L6V A; 3AEF B; 3KWL A; 2J53 A; 4A8X C; 2LXA A; 4EZL A; 1K51 A; 1V5O A; 2QEJ C; 2N7J A; 1WXQ A; 1Q0W B; 2GBJ A; 5I4D A; 1NEK B; 1YQB A; 1SBB B; 2REX A; 1SEB D; 3SEB A; 4BZA A; 3IFW B; 4DWF A; 5LXI B; 3AE5 B; 3ZTD A; 3U4E G; 5GXG B; 1KH0 A; 1WM3 A; 1GUA B; 4YSX B; 1XXG A; 4ITK A; 4MH0 E; 5CTR C; 4DHJ B; 1OEY A; 4FXC A; 4MJS B; 2BWF A; 1K8R B; 2B76 B; 2JU6 X; 3A9K A; 1D5M C; 3ZGZ A; 2INN E; 2KDB A; 1I4Q A; 2RDB C; 3PZD A; 2MBE A; 4IUM B; 4N9F 4; 4C4V B; 4CHK A; 2BB5 A; 1J0G A; 3DHG C; 3V62 A; 4OZB A; 3U7D A; 3L13 A; 2XK5 A; 3QA8 A; 1QOA A; 3RYT A; 1FIQ A; 1L4D B; 3L10 B; 4L1B A; 2K22 A; 4DK5 A; 1I4R A; 1C4C A; 2AWT A; 4FJV B; 2QIL A; 4B6W A; 3Q8A A; 2BKR B; 4GIV A; 1K53 A; 4XZ4 A; 1MFW A; 3ONS A; 4EKU A; 3TEY A; 4GXB A; 2KYW A; 4JL9 A; 4K1R B; 3RI7 C; 2KN5 A; 2OHF A; 3L54 A; 3SU8 X; 3RNG C; 4WWO A; 4OHJ A; 5FR3 A; 4ZYN A; 3RUL A; 3ZNG C; 1V81 A; 4BVU C; 3APD A; 5G2N A; 4LLG M; 4YT0 B; 3CST A; 2K8C A; 2IY1 B; 1OTR B; 3N1Y C; 2V3P A; 1EM7 A; 2NBV B; 2QC8 A; 2AL6 A; 3NG0 A; 3QAR A; 2ACZ B; 1V1P B; 2LHE A; 3MJ5 A; 4NZL B; 1LXD A; 4URK A; 1Q10 A; 3GZN B; 1L5P A; 2JX5 A; 4KV2 A; 4AJY B; 4WWM A; 1IBX A; 2J7Q B; 3AUL A; 1FXI A; 3ZYY X; 3M3J A; 3HHM A; 1WGH A; 3K9O B; 2X38 A; 2LMC A; 2W9N A; 3QWZ B; 2VH2 A; 1PUT A; 3APC A; 2HTM E; 2EMT A; 2IGH A; 4OVV A; 1KF6 B; 1KM7 A; 4KSK C; 3X23 A; 3UF8 A; 3PRE A; 2BGF A; 1ZE3 D; 3DCG A; 5JHA A; 4GDK B; 3IBE A; 2DZI A; 3PLV A; 3RNE C; 3Q8E A; 4AP4 C; 5JH5 C; 1OQQ A; 5H92 C; 3IHP C; 4C80 A; 2G1E A; 3KLS X; 1FO4 A; 1GPX A; 3UGB B; 3PHW B; 1TGZ B; 2KKC A; 3ZO5 B; 2BYE A; 4RM9 A; 4BKG A; 2N9L A; 4W9C A; 3ZKJ C; 2L05 A; 3PLU A; 3TL5 A; 1E90 A; 2KQ4 X; 2GI9 A; 4KDL B; 2XEW A; 3CIR B; 5IA7 A; 1WJN A; 3ALB A; 2KLG A; 3M63 B; 1VZ7 A; 4DXG A; 2LRW A; 2RMM A; 1XLN A; 1TZO A; 4FAD A; 2W3R A; 3AED B; 2IY0 B; 3W9C B; 1PGB A; 3U30 A; 1XT9 B; 5FR6 A; 4KGR A; 4USA A; 1SE2 A; 5C2T B; 3URY A; 3QIJ A; 1PFD A; 3DBH I; 2SAK A; 3TEX A; 4LJO B; 1B1Z A; 1YOV B; 4ZHP A; 2QIE B; 1DOI A; 3NY5 A; 1UD7 A; 3EGR A; 3ZQ4 A; 2N9P C; 1FXA A; 4XWT A; 1IPG A; 3JW0 X; 2K6Q A; 2MSE D; 5J2R A; 3APF A; 4EZJ A; 1WGK A; 1ZOY B; 3Q8C A; 1LM8 B; 1WI0 A; 2ZCB A; 2MBH A; 1K52 A; 3C8Y A; 3BZD B; 4MEL A; 2K8B A; 2ZNV C; 4ZYS A; 3T9L A; 4NQL B; 5IOI A; 2N1V A; 3U8Z A; 2GBM A; 5CHW A; 1YQ3 B; 4FLH A; 4YL8 A; 3R3M A; 2IO0 B; 2G9H D; 3VQI A; 3B1L X; 1WZ3 A; 3AMZ A; 1VCB A; 4ACF A; 1ACC A; 1WR1 A; 3W1S A; 1XQQ A; 3VVW B; 2FCM A; 2RD0 A; 1EWC A; 2O2V B; 3Q8F A; 2C7M B; 3V05 A; 1HZ5 A; 4PYZ A; 4I6P A; 1UH6 A; 1T0Y A; 2KDI A; 4LNN A; 2JXT A; 1FPY A; 2JQR B; 1YMH E; 2KVZ A; 2WXJ A; 3BYY B; 1JCK B; 3EUB 2; 2IGD A; 2M4N A; 2V9H A; 2MWS B; 1OQR A; 2FCS A; 5DPS A; 3CMM B; 3GS2 A; 2PIA A; 3ML8 A; 1WGR A; 3RZF A; 3L16 A; 2KMC A; 1NI3 A; 3VTV A; 2IND C; 5GMV A; 2O6V B; 1XEE A; 2BWE S; 2KAN A; 1DGJ A; 3AEG B; 2YLM A; 4A20 A; 4YTN B; 2UWQ A; 5IKC M; 1T3Q A; 3AM9 A; 4N6E B; 1F9J A; 3PSE B; 4E74 A; 1UF0 A; 4DDG D; 4RGO S; 1KLU D; 1WE7 A; 2FUG 1; 1HTQ A; 2LJI A; 2WXN A; 1WFY A; 2LXC A; 5D6J B; 2DBY A; 3P4P B; 2L83 A; 1D5Z C; 1VZ8 A; 2MJE A; 1IGD A; 4KIK B; 1NEN B; 1I35 A; 2CHW A; 4HDO A; 5E6N A; 1P1A A; 1MHX A; 2AQ3 B; 2J0J A; 3ZIM A; 3MC0 B; 2L32 A; 4BKS D; 5BYQ A; 1JWB D; 4ICU A; 2N9K A; 3Q3M C; 1C76 A; 1KFY B; 2KNB A; 1M94 A; 3AE8 B; 3E9S A; 4C7Y A; 3FIL A; 4P1C C; 2WQY B; 1F0Z A; 4K7S A; 4ARI A; 1ENF A; 1PYW D; 2G45 B; 1J7B A; 1J7C A; 2V0G A; 2RPV A; 2QHO A; 2JZ3 B; 3IT6 B; 1FRR A; 4YWG G; 1MG4 A; 1T0S C; 1NVI D; 3ZDT A; 3T3N A; 5G5H A; 2DZJ A; 4TQ1 A; 2A5U A; 3B9J A; 1L0Y B; 4NAW B; 3BVM A; 3A9K B; 2MP2 B; 5D94 A; 2GB1 A; 4ASW C; 3LYY A; 1HXY D; 2PVG C; 2XBB C; 4B9K A; 3SD5 A; 4IWO A; 3IAS 1; 4LCD E; 2LEK A; 1Y56 A; 2ZEQ A; 1WE6 A; 4XYC A; 3GE3 C; 1FXT B; 5IP4 D; 2E3T A; 3I9V 1; 3AEE B; 2KWC A; 2WXQ A; 4MAC A; 4D2K A; 3DVN U; 4MGY E; 1MG8 A; 1MI0 A; 4AOF A; 2DYM A; 4DBG A; 2KHW B; 1SGH A; 2KD0 A; 2DZK A; 4H2A A; 4P16 A; 2Q5W D; 5EE1 A; 5C1Z A; 1EWY C; 1TYG B; 3Q3F A; 3JYU A; 2FAZ A; 2JPH A; 4KKJ A; 1C78 A; 4LDT B; 4LNK A; 1F77 A; 1S3S G; 3AEB B; 3AEA B; 1IUE A; 3QCA A; 3NS1 A; 3W1S C; 2LUM A; 3NZS A; 2KWD A; 4GU2 A; 4P6V F; 3ETR A; 2HE7 A; 4HRS A; 2FBW B; 3AE1 B; 1F2R C; 2LGS A; 4RMA A; 3PGE A; 3A9J B; 1E8X A; 2QDF A; 2EKE C; 2K9X A; 5LNK 1; 3BVZ A; 3BK1 A; 3MP9 A; 3V6E B; 1C1Y B; 2JT4 B; 1R4M B; 4OVU A; 3TJP A; 3QC8 B; 2JWU A; 2ICI A; 1IBX B; 4LJP B; 1T5X D; 2MA9 B; 2Z8L A; 3AU4 A; 3V3X A; 2KWU B; 2M17 A; 2MX2 A; 1QIL A; 1UBQ A; 2IO3 B; 5BO4 B; 4OZA A; 1V6E A; 1ZKH A; 2OJR A; 1V97 A; 1EF1 A; 3N1Z C; 1C3T A; 2LGD A; 1TS2 A; 1VR9 A; 5EE3 A; 1TBE A; 4WJP A; 1WX9 A; 1FCL A; 1RFK A; 1AN8 A; 1V8C A; 4IW0 A; 4W9J A; 2DYO A; 1J8C A; 3UIN B; 3VH3 B; 3V60 A; 4IG7 B; 2NBW B; 3N3K B; 2FID A; 1E8W A; 4HPL B; 4W9G A; 4K81 A; 1SJH D; 1N60 A; 1N63 A; 1JAL A; 3Q6B A; 2I2Y A; 1SF0 A; 3RUI B; 1WIA A; 2NS5 A; 4FHJ A; 3JSV A; 4N59 A; 2UYZ B; 5DPT A; 4HXD A; 4TKN A; 4BKS A; 1R4M I; 2KX0 A; 3MTN B; 2I38 A; 3A1Q A; 1SIF A; 1WR6 E; 3RFZ B; 1YD8 U; 2V3S A; 4IM3 A; 3B0A A; 4DQO C; 3ZNZ B; 3EA6 A; 2DLB A; 2L52 A; 1SXT A; 1ROE A; 3DBL B; 4WWN A; 1T6B X; 5BMI A; 4S0R A; 4TV3 A; 2KK8 A; 2IBI B; 2ZVO A; 2KTR B; 5HHD G; 4IM2 A; 1RRB A; 3A4S C; 4M01 A; 5AUK A; 2L0F A; 4DHJ D; 2BB6 A; 5E6J A; 3U2S C; 4G3X B; 3BII D; 2ZCC A; 3ABV B; 4B95 A; 4F8C B; 3ZTC A; 2WDR B; 2PE6 B; 4FA6 A; 3AI5 A; 2DZM A; 3BVG A; 4IC7 B; 1GB1 A; 4MDK E; 1UGJ A; 3ZLZ A; 1JRU A; 2GBR A; 2LI5 A; 3DHH C; 2QSD A; 1WX7 A; 1M4V A; 3RNF C; 4WH4 A; 2KFJ A; 2HD5 B; 3AN1 A; 2NPT B; 1EUV B; 2Y5P A; 3DBL I; 2CHZ A; 2Z0D B; 3ZDM C; 3RT3 B; 2WX0 A; 3KW5 B; 3ZUN A; 1Z5S B; 1I4P A; 1YIW A; 4MEM A; 1XCQ L; 4GDL B; 1MVK A; 2Z59 B; 1I4G A; 3NVV A; 1PGX A; 2LWP A; 4WJO A; 1SB3 C; 2B3A A; 1YX5 B; 3UQB A; 1L4Z B; 1E9M A; 2MH7 A; 4WQO B; 1FEH A; 1CQV A; 5D2M B; 4IM0 A; 4JGH B; 1WGD A; 1G6J A; 2WDT B; 4LNF A; 1K50 A; 1JQ4 A; 2D3G A; 4MT5 A; 5D3I B; 2ZW0 A; 3MHZ A; 3MC9 A; 4MM3 A; 4I6N B; 4NAM A; 2L00 B; 5L83 A; 4PS8 A; 3MFG A; 4XDC A; 3KVF B; 1YQ4 B; 1SSN A; 1FFU A; 2WGS A; 3PRZ A; 5J17 A; 5C23 A; 3H8H A; 2E6X A; 1CMX B; 3AB5 A; 1ZDV A; 4LK0 M; 4X57 B; 2CU1 A; 5EE9 A; 4K7W A; 2BW2 A; 3H7P B; 4HKZ E; 2YEP B; 4JX1 C; 1P9D U; 1WSP A; 1FRD A; 1F52 A; 3RD2 A; 3DBH B; 1Q5W B; 2WDV B; 1WY8 A; 2KAJ A; 3QHT A; 4EOY A; 3GOE A; 1WF9 A; 4ZRQ A; 3KH0 A; 1JRO A; 1P98 A; 3AE6 B; 4HJK A; 2NVU I; 5DCN A; 1C4P A; 4HEA 1; 4DHZ E; 1QLB B; 4TMA B; 1F2R I; 4YSY B; 4NNJ B; 3VHT C; 5D3D A; 1N5W A; 2ASQ A; 3DPD A; 2KTF A; 2C9W B; 2N1W A; 3QAQ A; 2K39 A; 2JY6 A; 4BBN F; 1DOX A; 3VR8 B; 3ZRC A; 3QQ8 B; 3BK2 A; 1JWA D; 3LDZ E; 2V4L A; 3N1X C; 2BKF A; 2YEP F; 1TKY A; 2W82 A; 3U52 E; 1N5X A; 1QT9 A; 2KDE B; 4IKG A; 1C77 A; 2BBC A; 3OWE B; 3ZW3 A; 3R2I A; 2KX3 A; 4KGS A; 1STE A; 4US9 A; 2K0P A; 3HVZ A; 4MJS A; 3KUZ A; 4GB9 A; 4JQW C; 4G11 A; 1OGW A; 2DHZ A; 2HJ1 A; 3Q8B A; 3KWV A; 4FUL A; 2D3A A; 1IP9 A; 3AU5 A; 3DVG X; 4LNO A; 1TJE A; 3T8M A; 1FD6 A; 4C4V A; 1FNU A; 1MHH E; 3B08 A; 1E0Z A; 3BYT B; 4PS7 A; 3Q3N C; 3K9P B; 4XX5 A; 2KQ7 A; 1V80 A; 1E8Y A; 4EE2 A; 3RZW C; 2WP9 B; 4MGK E; 5BMH A; 1XLO A; 1EO6 A; 4L23 A; 1I42 A; 2C5L C; 2KZR A; 1TS5 A; 1DOY A; 3CF6 E; 2WXG A; 3ZNI D; 1HTO A; 2L3Z A; 1ET6 A; 1VRA B; 4K3C A; 2C7N B; 2MEK A; 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2GLS A; 4HDQ A; 1WYG A; 1AAR A; 2EMS A; 2NBU A; 3ZJU A; 3NZ3 A; 2W54 A; 4XGA B; 1LFD A; 1RFA A; 5HI1 A; 1N6Z A; 5AEK B; 2IJ0 A; 2JWZ A; 3AH7 A; 4YXD B; 1C9F A; 4A3P A; 2XK5 B; 2ZZP B; 2M19 A; 4REZ A; 4AJW A; 4AQ7 A; 1ESF A; 4KDI C; 2K6D B; 1FNW A; 1JML A; 4KVG B; 4OZC A; 3DDC B; 3RPF C; 4GLS C; 2MHJ A; 2BF8 B; 1GAQ B; 3DVN V; 4PT5 A; 3QJZ A; 1XLQ A; 1YJJ A; 1E6E B; 2C7H A; 5HKH A; 3Q69 A; 1H8C A; 2INC C; 5FK9 C; 5JHB A; 1J19 A; 4XC2 A; 2KLC A; 2BS2 B; 4B0M A; 4HPM B; 2LGX A; 1QQR A; 4MH8 A; 2WLB A; 4EEW A; 2MQJ A; 5EDS A; 1L0V B; 3L08 A; 2KOX A; 1WJ4 A; 2ZNV B; 3DBR B; 3DWM A; 2IO2 B; 2G4S A; 2CR5 A; 2MBB B; 4IOI E; 4NJ7 A; 5HFY A; 3AE3 B; 4LDT D; 1JRP A; 3A4R A; 3N20 C; 1RYJ A; 4WAA A; 4MSQ B; 4JLC A; 2XNA C; 4WQM A; 1FM0 D; 3SDL C; 4HJG E; 2BT6 A; 3GP7 A; 1NDD A; 2JXX A; 3N30 A; 4ZHO A; 4RGN A; 4LNI A; 4ZRI A; 1PGA A; 2PJH A; 2ZW1 A; 3ZJV A; 2O2V A; 3P4R B; 2PE9 A; 1AYF A; 4ZRP A; 1TS4 A; 2PEA A; 2QMT A; 1ISN A; 3GB1 A; 3NHE B; 4FBJ B; 4QAY A; 1FCC C; 4HPP A; 4P1B C; 2JVC A; 3UIO B; 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