The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.
Total Genus |
18
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sequence length |
63
|
structure length |
63
|
Chain Sequence |
SEVTIKVNLIFADGKIQTAEFKGTFEEATAEAYRYAALLAKVNGEYTADLEDGGNHMNIKFAG
|
The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.
After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.
| publication title |
Identification and grafting of a unique peptide-binding site in the Fab framework of monoclonal antibodies.
pubmed doi rcsb |
| molecule keywords |
Trastuzumab light chain
|
| molecule tags |
Immune system
|
| source organism |
Homo sapiens
|
| total genus |
18
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| structure length |
63
|
| sequence length |
63
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| ec nomenclature | |
| pdb deposition date | 2012-10-15 |
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
| Class | Architecture | Topology | Homology | Domain |
|---|---|---|---|---|---|
| Alpha Beta | Roll | Ubiquitin-like (UB roll) | Ubiquitin-like (UB roll) |
#chains in the Genus database with same CATH superfamily 4WH4 A; 4MAC A; 4KGT A; 1HEZ E; 2LGI A; 3GB1 A; 1MPE A; 1UWX A; 2GB1 A; 2ON8 A; 2ONQ A; 2LHE A; 5HFY A; 2RMM A; 2I38 A; 4D2K A; 2QMT A; 2IGH A; 1K50 A; 1MHH E; 1IGC A; 1FD6 A; 2JU6 X; 5HHD G; 3FIL B; 2KN4 A; 1XF5 L; 2N9L A; 1P7F A; 2J52 A; 1YMH E; 1JML A; 1K51 A; 2JWU A; 5JXV A; 1IBX B; 1GB4 A; 1MHX A; 5BMI A; 1IGD A; 2LHD A; 3UI3 A; 4OZB A; 2QSD A; 3V3X A; 3MP9 A; 1XCT L; 2PTL A; 2GI9 A; 4OZC A; 2KAC A; 1C9F A; 1FCL A; 2LUM A; 2J53 A; 2KWD A; 4KGS A; 5BMH A; 2IGG A; 4HJG E; 2KDM A; 5BMG A; 1F2R C; 4KGR A; 1Q10 A; 2OED A; 1MVK A; 1PGX A; 1GB1 A; 2ZW1 A; 1HZ5 A; 1MI0 A; 2I2Y A; 2PLP A; 3FIL A; 2NMQ A; 1KH0 A; 1XCQ L; 1FCC C; 1P7E A; 2JZP A; 4IOI E; 1IBX A; 1K53 A; 2RPV A; 1PGA A; 2N7J A; 1YNT E; 1HZ6 A; 2JXT A; 2ZW0 A; 2N9K A; 2IGD A; 1QKZ A; 4IKG A; 2JSV X; 5HG2 A; 1ZXH A; 4GLS C; 1K52 A; 4HKZ E; 1D4B A; 1EM7 A; 5HI1 A; 2EEL A; 2PW9 A; 1PGB A; 1F2R I; 2KQ4 X; 4OZA A; 2K0P A; #chains in the Genus database with same CATH topology 2JPH A; 4M00 A; 1V2Y A; 3APD A; 4ZYN A; 3KW5 B; 1HEZ E; 1GG3 A; 1C76 A; 4K7S A; 2ON8 A; 3SD5 A; 2WXG A; 5HFY A; 3RNB C; 2KOX A; 2EMS A; 1WMH B; 2NPT A; 1QQR A; 3DVN U; 3AEB B; 3VTU A; 3PRZ A; 3NVY A; 3DBH B; 4B6W A; 4W9C A; 4EZL A; 2SAK A; 3UQB A; 1UNS A; 1A70 A; 4WWO A; 3R7R A; 2DNF A; 4YXD B; 1R4N B; 4EUT A; 2DYB A; 1GC6 A; 2C7N B; 2MHJ A; 3VR8 B; 1EWY C; 1F0Z A; 3A1Q A; 2BS4 B; 1I4P A; 2KTF A; 4ZDV A; 3DWM A; 1UUP A; 1XQQ A; 3GZN B; 4FN2 A; 2KX0 A; 4II2 B; 4EE2 A; 4OZC A; 1RLF A; 4L1B A; 2KWD A; 4MM3 A; 4HRO A; 3NVW A; 2K25 A; 4KKJ A; 1P0R A; 1QT9 A; 4NAW A; 4RCO A; 1GB1 A; 3N3K B; 2CHZ A; 1FNW A; 1C4P A; 2JQR B; 1PYW D; 3A4R A; 1N6Z A; 4XE0 A; 3FKY A; 2ICI A; 1PGA A; 4WIP A; 2IDY A; 2ZW0 A; 4BZA A; 4BFR A; 2MWS B; 2R2Q A; 3TUO A; 4ANX A; 1WWT A; 2DAF A; 1I4G A; 2LI5 A; 2GBR A; 4MJS B; 4A55 A; 2PW9 A; 3IXS A; 1WE6 A; 5D94 A; 4OHJ A; 2GBM A; 2KD0 A; 3ONS A; 3WA0 A; 3Q8A A; 2L00 B; 3A9J B; 3ECI A; 1I7H A; 1MHH E; 3TCA A; 2W54 A; 2FID A; 1N60 A; 3ZVV A; 4TUU A; 1XF5 L; 2WXO A; 3ZNG C; 2GRI A; 1FXA A; 3RMK C; 3QAQ A; 2VZK B; 2LMC A; 1PFD A; 3BIN A; 3PS6 A; 1WGH A; 2K8B A; 2KQS A; 4S17 A; 1LQB A; 5E6N A; 2N1V A; 4KIK A; 1N61 A; 4MEM A; 4YWG G; 3P4R B; 3MC9 A; 2NBU A; 3QX1 A; 1DOX A; 1H8C A; 3PGE A; 2WXH A; 2UWQ A; 1I42 A; 2BTE A; 1E7P B; 3AE5 B; 2KDM A; 2IYD B; 3RUL A; 2LZ6 A; 2NTT A; 3DCG A; 3UQA A; 4JLC A; 3CF6 E; 4LTU A; 1KH0 A; 2L7R A; 1DOY A; 1NBF C; 3A4S C; 3PZD A; 1ISN A; 3AE6 B; 2LRU A; 2Y5C A; 4IOI E; 1OGW A; 1WH3 A; 1Z2M A; 1JQ4 A; 1YIW A; 2Z59 B; 2C7M B; 1OEY A; 4K7W A; 4W9G A; 1HXY D; 2WWZ A; 2RGF A; 3NVV A; 1TKY A; 2V9H A; 4FHK A; 3KUZ A; 2ZNV B; 1IUE A; 2XK5 B; 1VJK A; 3VVW B; 5DCN A; 2KYW A; 2IO0 B; 3GE8 C; 1I4R A; 1IP9 A; 4BOZ B; 1MFW A; 2IZV B; 2WXM A; 4BKG A; 2V3N A; 4KGT A; 5MPO A; 1YQB A; 2PPH A; 1WYG A; 2ONQ A; 1XLN A; 2VZK D; 2WX0 A; 1FXT B; 4MSM B; 1E6E B; 2LWP A; 5CHF A; 3M95 A; 3U2S C; 4MGK E; 2DBY A; 4ZRK A; 4M8N A; 1ZP0 B; 2JU6 X; 5HHD G; 3FIL B; 1WYW B; 1JML A; 3MHS D; 1UBI A; 3R2I A; 2LJ5 A; 2BWF A; 2W9N A; 3KWL A; 3RYT A; 1WF9 A; 4ZRJ A; 4J3O D; 2FNJ B; 4L2Y A; 2OJR A; 3QC8 B; 5AZG A; 2H88 B; 3PO0 A; 2WXL A; 2MBQ A; 3R7Q A; 3GS2 A; 1TTN A; 3VRA B; 4IC7 B; 2DZI A; 5LLI A; 4IM2 A; 2AQ3 B; 3MC0 B; 5AZF A; 1WMH A; 3U7Z A; 1WXQ A; 2MP2 A; 1L6V A; 4HEA 1; 1C4A A; 3B08 A; 2BS2 B; 4NPN A; 1E8X A; 3J9C A; 4XWT A; 3U8Z A; 1HZ5 A; 2JXX A; 1XEE A; 1TJE A; 1D3Z A; 2L83 A; 1D6E C; 4WAF A; 3ZIM A; 1OQY A; 4DHJ B; 1U4A A; 2EMT A; 2Z0D B; 4NAM A; 5EE0 A; 4QAY A; 4G0N B; 1QOF A; 2HE7 A; 3KYC D; 3PHX B; 1HZ6 A; 4ACF A; 3OLM D; 4OW0 A; 4LNN A; 1QKZ A; 5EE9 A; 2ZCC A; 2GBJ A; 2OHF A; 2X8X X; 3V6E B; 1EM7 A; 4EZK A; 2JY6 A; 5D6J B; 4L23 A; 1YX6 B; 3VUW A; 4AJW A; 3SU8 X; 3U7D A; 3KUC B; 1NYR A; 2WDV B; 2BYF A; 2YVC A; 3WAN A; 5FR6 A; 2Z0E B; 1SXT A; 3TBL D; 1GNU A; 4FXC A; 3RZF A; 4W9D A; 3RT3 B; 2BW2 A; 3PZ7 A; 2PKO A; 1KLG D; 2JVC A; 1EF5 A; 1C78 A; 3AEA B; 1H4R A; 4NY0 A; 1ET9 A; 1WGG A; 3PVL A; 2KMC A; 2LGX A; 1SSN A; 3A1Q B; 4TV3 A; 3VRB B; 4C7Y A; 2KN4 A; 1YMH E; 2DEN B; 1BXT A; 3MTN B; 4MJS A; 4LJP B; 2V1Y A; 4HKQ A; 3UGB B; 4ASW C; 2WDQ B; 3ZGZ A; 3NS1 A; 4XX5 A; 3ZW3 A; 3KVF B; 4PS3 A; 4KX6 B; 3A33 B; 1G6J A; 2FUH B; 2N9E B; 2W82 A; 4NAW B; 4FLH A; 4DHJ D; 1SIJ A; 1VZ8 A; 2KAC A; 4AOF A; 3PSE B; 2MEK A; 2CJN A; 4BBN F; 2WP9 B; 1R4M I; 2QCZ A; 3Q3O C; 5BMG A; 4PS8 A; 2AYO B; 2MBE A; 3N1X C; 2DZJ A; 1SBB B; 3CST A; 1ZPS A; 4N9F 4; 1PUT A; 2EKE C; 1I35 A; 2V4I B; 3TEZ A; 3DWG C; 3IHP C; 4AP4 C; 5HG2 A; 1SE2 A; 2J0J A; 4XDD A; 3AMZ A; 3ETR A; 3EFU A; 3DVN V; 1F2R I; 2HJ8 A; 4I6N B; 2RR9 A; 1FNV A; 1KFY B; 3U52 E; 3LB8 C; 5JZE B; 2REX A; 2WU5 B; 4D2K A; 2IGH A; 3KLS X; 1P1A A; 1IGC A; 1RAX A; 4E3C A; 4MGY E; 5AZH A; 3NZ3 A; 2WXQ A; 1L5P A; 1J0G A; 2MSE D; 4MSQ B; 3NOB A; 2DX5 B; 4KDI C; 2INP E; 2DYM A; 4KIK B; 5E6P A; 3ZNH B; 4FJY A; 1I4H A; 2D3A A; 2FIF A; 4RFB A; 4JE3 B; 4J6I A; 4IM3 A; 2IY0 B; 1WJU A; 2AX5 A; 4MGI E; 5IA7 A; 5AUI A; 1EWC A; 4URK A; 4DXA B; 1M94 A; 4A9A A; 1KF6 B; 2RPQ A; 4LCD E; 3RFZ B; 3DBH I; 3V05 A; 2J53 A; 1CZP A; 1T0S C; 1Y8R C; 1SIF A; 2M17 A; 2NR2 A; 4E71 A; 1Q0W B; 1R4N I; 4KDL B; 1E10 A; 3BZD B; 4GDK A; 3K9P B; 2LUE A; 2PJH A; 5AUK A; 3FIL A; 3P1M A; 3SDL C; 4PYZ A; 2WYQ A; 3QIJ A; 2XBB C; 2JZP A; 4ARI A; 1MJD A; 4F1S A; 2WXF A; 3ML9 A; 4YSZ B; 3W1S C; 1V9J A; 2JSV X; 3HM6 X; 3Q8B A; 2K39 A; 2KVZ A; 1N63 A; 1ZDX A; 1GC7 A; 3QWZ B; 4W9J A; 4W9H A; 1F77 A; 4W9I A; 2MJ3 A; 3Q3F A; 2HTM E; 1D4B A; 3PRE A; 2KWC A; 1YX5 B; 1FRD A; 3MJW A; 1TZO A; 2WNM A; 4AWJ A; 2I1J A; 5C1Z A; 4GN1 A; 3PRM B; 3PRP B; 2K3U A; 1X1M A; 1SJE D; 2OOB B; 3IFW B; 1MPE A; 5D3I B; 4GIV A; 1UBQ A; 4HXD A; 2RMM A; 3Q3N C; 2G4S A; 1XT9 B; 2R61 A; 3SEB A; 1V6E A; 1WY8 A; 3M3J A; 3P4S B; 4RGN A; 1N5X A; 2QJL A; 3UF8 A; 2FCS A; 2VH1 A; 1TBE A; 1TKG A; 1J8C A; 3C19 A; 3EA6 A; 3JSV B; 1WX9 A; 1YD8 U; 1JRU A; 1VD2 A; 3SFD B; 4WJO A; 2L8J A; 2MP2 B; 3JVZ X; 4II3 B; 3VUY A; 4YTP B; 4K3C A; 2INC C; 4EKU A; 5L83 A; 2IND C; 1E8Z A; 2JRI B; 2DHZ A; 5D2M B; 3JYU A; 3RZW C; 4TMA B; 3APF A; 4OVZ A; 2AL3 A; 2G9H D; 1WXA A; 4ICU A; 3B2F A; 1KLU D; 2JYE A; 1YN5 A; 4YL8 A; 4HPP A; 4YTM B; 1WI0 A; 4LNK A; 1YQ4 B; 3RI7 C; 3P63 A; 2BVC A; 3H9D A; 3NJT A; 4IKG A; 4PT5 A; 5KHO A; 2LVO A; 1ZXH A; 4WQO B; 4WAA A; 3PHW B; 3BK2 A; 2YEP B; 2K8H A; 2L1A A; 4LNI A; 5HI1 A; 1KLV A; 1WJ4 A; 5IAA C; 3R8B A; 3Q3J A; 4X57 B; 3NRZ A; 1ROE A; 2HD5 B; 4C4V A; 2B76 B; 4DBG A; 2KDF B; 2C9W B; 1TY0 A; 3DBR I; 3SHQ A; 2DLB A; 3PLV A; 3WAO A; 4WWN A; 4ZYS A; 4G50 A; 3TEY A; 2KNB A; 3L13 A; 3AE7 B; 1L0X B; 1FRR A; 3QA8 A; 3V60 A; 4RM8 A; 1KRH A; 2K22 A; 5G2N A; 4HLE A; 4NQK E; 4HK2 A; 3TL5 A; 4P16 A; 5GXG B; 5IO9 A; 5BMI A; 4WWM A; 4WQM A; 3Q8E A; 3ZXR A; 4S0R A; 1WGK A; 4M8M A; 1CJE A; 2O6V A; 2Y5B B; 2M0X A; 5CHW A; 2MJE A; 3PTF C; 5H8Y E; 4LJO B; 1BML C; 5E6J A; 4US9 A; 2GI9 A; 2MX2 A; 5DPS A; 4B9K A; 2KKC A; 2LUM A; 3TIX A; 3VQI A; 4A20 A; 4JWS C; 4KGS A; 4WUR A; 1WR6 E; 4RNA A; 4GOC A; 1Q10 A; 2KHW B; 4ANV A; 1GOZ A; 3DPD A; 4NJC A; 1YQ3 B; 3OJ4 B; 4RGO S; 2PLP A; 4RMA A; 2KX3 A; 3ZO5 B; 4CHK A; 1XCQ L; 2HTH A; 3VH3 B; 3EEC A; 4P1B C; 3H8H A; 2KWU B; 4CO7 A; 4I6L B; 3H1U A; 3LJ3 A; 2KFK B; 4DWF A; 5AEK B; 1LO5 D; 2LFI A; 1XO3 A; 4GXB A; 1E7U A; 2KC2 A; 2INN E; 2K6D B; 4HJK A; 4P1C C; 1QOA A; 3IT6 B; 2D3B A; 2WXI A; 2G4D B; 2M4N A; 2EEL A; 1OQR A; 1KJT A; 3DHH C; 1WFY A; 2K0P A; 1T3Q A; 1C79 A; 2KTR B; 3DBR B; 4LK0 M; 1VZ6 A; 2BKF A; 2CU3 A; 2LGI A; 1SJH D; 1KOT A; 2NBW B; 2ZVN A; 2BS3 B; 1SE3 A; 2LHE A; 4EZJ A; 4LDT B; 4IUM B; 2W3S A; 3E56 A; 5CX3 A; 2C60 A; 3ZLZ A; 2KLG A; 1ET6 A; 4MH8 A; 2L76 A; 2N9L A; 1PDX A; 1ZOY B; 3N1Y C; 3RD2 A; 5IP4 D; 4DDG D; 5JXV A; 3R3M A; 2CHW A; 3M62 B; 4MEL A; 1WXS A; 1E8Y A; 4KSK C; 5JHA A; 1ESF A; 2O2V B; 1GAQ B; 1C1Y B; 1YJJ A; 2RDG A; 1F52 A; 1WSP A; 4GDK B; 2GBK A; 2L05 A; 3LDZ E; 2KJH B; 1V5T A; 3DOW A; 2IGG A; 4KV2 A; 4ITK A; 4MDK E; 3PZ8 A; 4KGR A; 1WX7 A; 2NBV B; 3H6N A; 3X23 A; 1WZ0 A; 3JSV A; 4WJP A; 3HK0 A; 4XGA B; 4RH6 A; 2BPS A; 1WIA A; 3N30 A; 2KDI A; 1UEL A; 4BVU C; 4HPM B; 4EFO A; 2MRP A; 2Y5P A; 4PYU A; 4LDT D; 1UH6 A; 3C0R B; 4W9K A; 3TSS A; 2A4Z A; 3RNG C; 4A3P A; 4N6E B; 3VUX A; 2V0G A; 3W1S A; 2QIE B; 2WXK A; 2DZK A; 2L0F A; 3GB1 A; 4UDU C; 2XNA C; 1I4Q A; 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1SEB D; 3ZTD A; 2CJO A; 3TJP A; 2FBW B; 1L4Z B; 2PE6 B; 4GMV A; 4N59 A; 2KFK A; 1UGM A; 2WXJ A; 4HVB A; 1FXI A; 3BWU D; 2QIL A; 1WJN A; 1Y56 A; 3AED B; 2D10 A; 2JX5 A; 2ACZ B; 2O6V B; 4DXF A; 1L6U A; 2W55 A; 1P3Q U; 5EE3 A; 3OAW A; 4IWP A; 2Y3A A; 2VH2 A; 2WQY B; 2MW5 A; 1EU4 A; 4W9L A; 2KTR A; 1OFF A; 3AE2 B; 3V3X A; 1E5W A; 2M8S A; 1J7C A; 3W5V B; 1R7S A; 3H7S A; 3BYT B; 3LXF A; 4Q2J A; 1E90 A; 5FKA C; 2ZCB A; 3CIR B; 1V8C A; 1YOV B; 3HHM A; 3ABV B; 1NI3 A; 3NG0 A; 2KVR A; 1QIL A; 1F2R C; 2N7D A; 3L08 A; 3BVM A; 4A3O A; 4LNO A; 3UIP B; 4FJV B; 1WM2 A; 3HIZ A; 2WGS A; 2V3S A; 3BK1 A; 3SFE B; 3ZJT A; 2N7J A; 3U4E G; 2X38 A; 2O2V A; 1QOB A; 3VH4 B; 4GLS C; 2AWT A; 2ZPY A; 4C7Z A; 3N32 A; 2LXC A; 3ZNI D; 1E7V A; 3NZU A; 4PK1 A; 3AE3 B; 4DHZ B; 1C4C A; 4WH4 A; 5DPR A; 2WDR B; 3DBL B; 3I57 A; 1LFD A; 2KWV B; 1RRB A; 2O6V D; 1L2N A; 2GB1 A; 1DGJ A; 3AH7 A; 3APC A; 1XLQ A; 2MCN B; 2KDE B; 2I38 A; 1TS2 A; 2WXP A; 2QMT A; 2GOW A; 1FMA D; 2HJ1 A; 2JRH A; 3KWV A; 4BKT A; 3S2A A; 3VR9 B; 2AL6 A; 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