The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.
Total Genus |
18
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sequence length |
63
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structure length |
63
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Chain Sequence |
SEVTIKVNLIFADGKIQTAEFKGTFEEATAEAYRYAALLAKVNGEYTADLEDGGNHMNIKFAG
|
The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.
After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.
| publication title |
Identification and grafting of a unique peptide-binding site in the Fab framework of monoclonal antibodies.
pubmed doi rcsb |
| molecule tags |
Immune system
|
| source organism |
Homo sapiens
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| molecule keywords |
Trastuzumab light chain
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| total genus |
18
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| structure length |
63
|
| sequence length |
63
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| ec nomenclature | |
| pdb deposition date | 2012-10-15 |
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
| Class | Architecture | Topology | Homology | Domain |
|---|---|---|---|---|---|
| Alpha Beta | Roll | Ubiquitin-like (UB roll) | Ubiquitin-like (UB roll) |
#chains in the Genus database with same CATH superfamily 4HJG E; 2KAC A; 2LUM A; 2N7J A; 1UWX A; 2EEL A; 1K53 A; 2NMQ A; 1GB1 A; 5BMI A; 1JML A; 1PGX A; 2RPV A; 1K50 A; 2RMM A; 1XCT L; 2I38 A; 2IGD A; 1HZ6 A; 1MI0 A; 1GB4 A; 4HKZ E; 2ZW1 A; 1IGC A; 1YNT E; 1FCC C; 4OZA A; 1FCL A; 1PGA A; 2JXT A; 2KQ4 X; 2QMT A; 4OZB A; 5BMH A; 2JSV X; 5HFY A; 2JWU A; 1P7E A; 2ONQ A; 4MAC A; 2PTL A; 2N9K A; 2QSD A; 4WH4 A; 1IBX B; 2LHE A; 4KGR A; 1YMH E; 1HZ5 A; 2PW9 A; 1MPE A; 5BMG A; 4KGT A; 3UI3 A; 2IGG A; 2J52 A; 2KWD A; 2KN4 A; 2KDM A; 1F2R C; 1HEZ E; 2GI9 A; 2LGI A; 2GB1 A; 5HHD G; 4GLS C; 1P7F A; 1K52 A; 1PGB A; 1IGD A; 1D4B A; 2JZP A; 3FIL A; 2N9L A; 2LHD A; 1XF5 L; 2K0P A; 2JU6 X; 4IOI E; 1XCQ L; 4OZC A; 1C9F A; 2IGH A; 1F2R I; 5HG2 A; 4IKG A; 1MHH E; 1K51 A; 2ON8 A; 3FIL B; 1MHX A; 1MVK A; 3V3X A; 1KH0 A; 1QKZ A; 2OED A; 1Q10 A; 2J53 A; 2ZW0 A; 4KGS A; 1FD6 A; 3GB1 A; 3MP9 A; 5HI1 A; 1EM7 A; 1IBX A; 5JXV A; 2PLP A; 4D2K A; 2I2Y A; 1ZXH A; #chains in the Genus database with same CATH topology 4KKI A; 1T0Y A; 3V05 A; 4LDT D; 3Q69 A; 1I7H A; 2KX3 A; 3RFZ B; 2CHZ A; 1S1Q B; 3KUC B; 5BMI A; 1WGK A; 3PRE A; 4LLG M; 4AUQ C; 2I38 A; 2XK5 B; 3PRZ A; 4PS7 A; 4A3O A; 5J18 A; 3HRD D; 2WXJ A; 4MGZ E; 1PGA A; 3VUY A; 2N1W A; 4RGT A; 2WXN A; 2JWU A; 3JSV B; 2KC2 A; 2V9H A; 5L95 C; 3VVW B; 1WGR A; 2LHE A; 5IOI A; 2OHF A; 1R7S A; 3DVN V; 2MBH A; 3BY4 B; 1KFY B; 3FAH A; 2ZZP B; 2JRI B; 4M8M A; 4MGK E; 2K3U A; 1QT9 A; 2Z0D B; 1EWY C; 3KH0 A; 3LDZ E; 3DHH C; 2WXI A; 4IM0 A; 1N6Z A; 1MFW A; 1FEH A; 3GS2 A; 5AZF A; 1IGD A; 1I35 A; 2WYQ A; 3IT6 B; 3NS8 A; 4ICV A; 5JH5 C; 4PT5 A; 4IWP A; 2RPQ A; 3S2A A; 4PYZ A; 3V61 A; 3R7Q A; 4B6W A; 2AQ1 B; 1WMH A; 4JE3 B; 2Q5W D; 4A6Q A; 3FIL B; 1DOI A; 3V3X A; 1F0Z A; 2X38 A; 1TKY A; 3MTN B; 3RZF A; 3E56 A; 2JX5 A; 1FNW A; 2ZW0 A; 1SJE D; 3H7P B; 2LWP A; 2LVQ A; 3AU5 A; 2IY1 B; 3SR6 A; 1F9J A; 2LXA A; 3PO0 A; 2WX1 A; 4CQN A; 3HUI A; 1UWX A; 4FUL A; 2EEL A; 3WCQ A; 4CHK A; 3BVG A; 4MH0 E; 4YSY B; 2QIL A; 1R4N I; 2AL6 A; 2KN5 A; 1JRU A; 2KWC A; 3CIR B; 2KWU B; 4JLC A; 5CHF A; 1SGH A; 1XO3 A; 5CX3 A; 1D6E C; 1KM7 A; 1FCC C; 3A9J A; 3SEB A; 1A5R A; 1FCL A; 3Q8C A; 1SE9 A; 2JZZ A; 4ZYS A; 4FAD A; 4MM3 A; 2NPT B; 4OZB A; 1C4P A; 2KO3 A; 4A55 A; 2L3Z A; 2QHO A; 3OLM D; 1B1Z A; 2RDB C; 4DQO C; 5G5G A; 2ZEQ A; 3AXC A; 3ZO5 B; 4ZOH C; 4FXC A; 3AI5 A; 1XT9 B; 4JX1 C; 3AE9 B; 4N6E B; 2HTH A; 4II3 B; 4HPP A; 2HTM E; 5D3D A; 2G1E A; 5BMG A; 2W54 A; 4NAW A; 1P1A A; 2J0J A; 3KUD B; 1J0G A; 2L52 A; 2KDM A; 3TEY A; 4KV2 A; 5CTR C; 2W9N A; 2WGS A; 4G0N B; 3L4P A; 1P7F A; 1FRD A; 3ZW3 A; 1CMX B; 5IAA C; 3WAN A; 3QQ8 B; 4RM9 A; 5FR6 A; 2JU6 X; 4IOI E; 2L1A A; 2W3S A; 2ZVN A; 3L16 A; 2GMI C; 2WLB A; 3A9K A; 2DX5 B; 1SIJ A; 2IO2 B; 3MJ5 A; 3RNF C; 1P98 A; 1E8X A; 3DBR B; 3GP7 A; 1XLO A; 1OQR A; 3NG0 A; 4NJC A; 4A9A A; 2XEW A; 3MC0 B; 4HDQ A; 3TEX A; 1VDV A; 3AE6 B; 1T0S C; 1WJ6 A; 1WM2 A; 4DHJ B; 2IPK D; 1SE4 A; 2M0A A; 2LJ5 A; 3ZKJ C; 2A4Z A; 1BML C; 4GDL A; 3B0A A; 1Y56 A; 3H1U A; 1JWM D; 3JYU A; 1C77 A; 5GMV A; 2KJH B; 4W9E A; 2I1K A; 1ISN A; 2YLM A; 4BFR A; 1PGX A; 1ZDV A; 3A4S C; 2IGD A; 2DZK A; 4WJQ A; 4OVU A; 4W9G A; 2L8J A; 3EGR A; 1V5O A; 3ZNG C; 2WDT B; 1C4A A; 3ZNZ B; 5HFY A; 1DYQ A; 4IW0 A; 3NZS A; 2VRR B; 5IO9 A; 1GPX A; 3TEZ A; 3NHE B; 2BB6 A; 4DXA B; 4J6I A; 3TL5 A; 4IG7 B; 4YXD B; 1PYW D; 2Y3A A; 3VHT C; 4R3D A; 2LFI A; 4C4V A; 1OEY J; 1VZ6 A; 3RD2 A; 3UI3 A; 3QAR A; 1YIW A; 2CR5 A; 2EKI A; 5AZH A; 4JPS A; 2J52 A; 2IO3 B; 1VJK A; 3CST A; 4RGO S; 4MSQ B; 5DPS A; 3Q8E A; 3V62 A; 2GI9 A; 2GB1 A; 4IWQ A; 2D10 A; 3ZRF A; 1C4C A; 5D2M B; 3V6C B; 1KRH A; 2L05 A; 1EO6 A; 3HIZ A; 2MH7 A; 3PRM B; 1SB3 C; 2PPH A; 4E71 A; 1YQB A; 4USA A; 2KT7 A; 1JAL A; 1XQQ A; 2CJO A; 3EA6 A; 2MBQ A; 1E90 A; 1QKZ A; 2YEP B; 4M0W B; 1T0R C; 1I4X A; 2OED A; 1E8Z A; 3VRA B; 4F7Z A; 1WRI A; 1UGJ A; 1RWS A; 2N0S B; 1WXQ A; 4LNF A; 4EE2 A; 2WX0 A; 2KFK A; 4D2K A; 2GBJ A; 4WWP A; 4GGQ A; 1KLV A; 5AUK A; 1KLU D; 3BK1 A; 2WU2 B; 4QAY A; 2BKR B; 3J9C A; 1BXT A; 2PVO D; 3DBH B; 2WHI A; 3L54 A; 3VDZ A; 2PJH A; 1V2Y A; 4BZA A; 4HPM B; 1GB4 A; 1SIF A; 2QCZ A; 3ZXR A; 1FRR A; 2MJD A; 3HK0 A; 3GZN B; 3Q2A C; 3B1L X; 4ANV A; 3QJZ A; 4US8 A; 4GDK B; 2IJ0 A; 2WXL A; 3VFK A; 3ONS A; 4WUR A; 1WXV A; 2D5G A; 4DXF A; 3WAO A; 2INP E; 4XGA B; 3ZQ4 A; 2K8B A; 3PGE A; 1CZP A; 3DVG X; 1TYG B; 4NAM A; 2M56 B; 4A8X C; 4OW0 A; 3N1Z C; 3Q8F A; 2SEB D; 4LNO A; 3IHP C; 1EU3 A; 4GLS C; 4A20 A; 4AJW A; 4KVG B; 2LRW A; 1AWD A; 2PVG C; 3I63 C; 3IBE A; 1D3Z A; 2O2V B; 2BKF A; 2O6V B; 1C79 A; 3W5V B; 5I4D A; 5DPT A; 3SHQ A; 3T3N A; 1MHH E; 2KMC A; 4HWI B; 3UF8 A; 4IM2 A; 3N30 A; 4HKQ A; 3UQB A; 1WZ3 A; 2BGF A; 3VUX A; 1OQQ A; 4XC2 A; 3K9O B; 2GBN A; 1DGJ A; 2HJ1 A; 2H89 B; 2J4X A; 4JL9 A; 2KDE B; 3GZN I; 1A70 A; 1FNU A; 3CWI A; 3MP9 A; 2PLP A; 3T3O A; 1E8Y A; 4FN2 A; 3KUZ A; 5BO4 B; 3LXF A; 2L83 A; 1XD3 B; 4DWF A; 2KAC A; 2M8S A; 2EMT A; 4REZ A; 1BT0 A; 1KF6 B; 1UNS A; 2K6Q A; 3EFU A; 4BOZ B; 3DBL I; 1CJE A; 1C3T A; 2X8X X; 2ICI A; 4MDK E; 4I6P A; 1TKG A; 1IGC A; 1YNT E; 2BYF A; 1H4R A; 4ZRK A; 4K7S A; 2QMT A; 4PYU A; 1ZP0 B; 2B3A A; 3R2I A; 5BMH A; 1TZO A; 1YQ4 B; 3ZRC A; 3QAQ A; 3UQA A; 2K5P A; 2N9K A; 4K7U A; 2DLB A; 3N9Y C; 2KAN A; 2WXM A; 5IKC M; 2H88 B; 4M00 A; 1FMA D; 4KGT A; 2ZCC A; 2LEK A; 1N63 A; 1Z2M A; 3N3K B; 2A5U A; 1GUA B; 4BBN C; 1U4A A; 2C7M B; 2INN E; 2KHW B; 4M01 A; 2BQQ A; 1ROE A; 2KJR A; 3AU4 A; 4P1B C; 2GOW A; 4NY0 A; 1F52 A; 1AN8 A; 3ALB A; 1XF5 L; 1G6J A; 1GAQ B; 3BVM A; 3UGB B; 3QC8 B; 1LXD A; 4W9K A; 3K9P B; 1WX9 A; 1RYJ A; 2BYT A; 4WAA A; 3HHM A; 4BKS A; 3GOE A; 4XDC A; 3AEG B; 4MJS A; 4HK2 A; 3QWZ B; 2KMA A; 2N9X A; 1RFK A; 2C7H A; 2KQS A; 2BYV E; 4JQW C; 4MEM A; 3KWV A; 2MW5 A; 3W2D A; 3VH4 B; 3JVZ X; 2MQJ A; 2AWT A; 5EE3 A; 4US9 A; 4LNI A; 4IC7 B; 4BKG A; 1QQR A; 1FXI A; 2D2Q A; 1WE6 A; 2REX A; 1K50 A; 1XCT L; 3R7R A; 3UIP B; 5C1Z A; 4WJN A; 4NJ6 A; 3N20 C; 5L83 A; 4W9F A; 1FIQ A; 2LD9 A; 3VR9 B; 3WAP A; 2LZ6 A; 4XE0 A; 4HDO A; 3APF A; 5EE1 A; 1BUI C; 2KLC A; 4LCD E; 4KIK B; 4KGR A; 2LGX A; 3KYD D; 3IT4 B; 4YTN B; 5C3J B; 3T9L A; 2QJL A; 2WQY B; 5IN7 A; 2HJ8 A; 2DYM A; 1MG4 A; 1HTQ A; 2NR2 A; 1J7A A; 2KVZ A; 3BWU D; 2FCQ A; 5LXI B; 2BBC A; 4I6L B; 4Q2J A; 1WR1 A; 4C80 A; 4C56 C; 1K52 A; 2J42 A; 4RGN A; 1UD7 A; 2LVO A; 1SE3 A; 2JZP A; 5IP4 D; 3RI7 C; 2G4S A; 1V86 A; 4KKJ A; 1R4N B; 1SEB D; 4ZRP A; 1L5P A; 3ABV B; 2JXX A; 2KWV B; 1P9D U; 1FPY A; 2RDG A; 5JHB A; 1E6E B; 4XWW A; 4TKN A; 3ZVV A; 2GRI A; 4B0M A; 2E3T A; 4ASW C; 4FJZ A; 2XNA C; 2PE6 B; 4IUM B; 1VCB A; 4TUU A; 1L0Y B; 1VZ8 A; 4N58 A; 3WAM A; 2BS3 B; 2ZCB A; 3BII D; 1NEK B; 2M19 A; 1EU4 A; 2KTR B; 4AP4 C; 2EMS A; 5CHV C; 4XDD A; 2ZNV B; 4FLH A; 1GC7 A; 3I5J C; 3HVD A; 1HZ6 A; 2VH2 A; 1TIF A; 1GNU A; 2L00 B; 1YX5 B; 1STE A; 3ZDM C; 3DWM A; 3SFD B; 2K1F A; 4S0R A; 1SSN A; 4O1N A; 1YN5 A; 3TIX A; 3MHS D; 2KJ6 A; 3DOW A; 4NQL B; 4RFB A; 3DQV A; 1WI0 A; 3PS6 A; 4ZHO A; 4M8N A; 4OHJ A; 2WNM A; 4MEL A; 3NZU A; 3AEE B; 3FKY A; 2KDF B; 2MLB A; 1WYW B; 1OGW A; 1AAR A; 2EKE C; 1QIL A; 4HPL B; 1IYF A; 1Q1O A; 3O13 A; 3ZXV A; 3B2F A; 2WXG A; 2V1Y A; 1XLQ A; 2WXK A; 2N9P C; 1AW7 A; 1J19 A; 1HA5 A; 1I4H A; 1RLF A; 1FXA A; 5BYS A; 3T8M A; 1F2R I; 5E6O A; 1F1H A; 4IKG A; 1LM8 B; 3OJ4 B; 3LJ3 A; 2HDE A; 2PE9 A; 5H92 C; 2AL3 A; 3WA0 A; 1KH0 A; 3Q3F A; 3A4R A; 1JWU D; 3IFW B; 1Q10 A; 3AE4 B; 3AN1 A; 4KGS A; 2IZV B; 2B76 B; 2FCS A; 2JQR B; 2IO1 B; 1EM7 A; 4JWU C; 3BK2 A; 5C2T B; 4DXG A; 1XXG A; 2VZK D; 2JRH A; 3VR8 B; 3EFC A; 3FC4 A; 2LAS A; 2M1M A; 3AEA B; 2FNJ B; 2BWE S; 3ZYY X; 3Q6B A; 3AV8 A; 4H2A A; 1VR9 A; 2RMM A; 4G3X B; 3DHG C; 1GC6 A; 1RFA A; 1JWB D; 1NDD A; 3NVZ A; 3WAL A; 3AE8 B; 4N9F 4; 2Z0E B; 2WWZ A; 1ZOY B; 4S17 A; 1KJT A; 2XBB C; 4K81 A; 2IYD B; 3NJT A; 3CF6 E; 4P7I A; 1P7E A; 2PTL A; 5GXG B; 2O6V A; 3Q3J A; 2W55 A; 3QHT A; 2E6X A; 5BYR A; 1WX7 A; 1V6E A; 3ML8 A; 3DHI C; 1HXY D; 2CKH B; 2V0G A; 5E6P A; 4DDG D; 4LNN A; 1WZ0 A; 3TJP A; 2KWD A; 3SU8 X; 3KVF B; 1N61 A; 4XZ4 A; 2KFJ A; 2KLG A; 2BTE A; 3PPA A; 3P4Q B; 4AWJ A; 3I57 A; 1QOF A; 3SD5 A; 4BKT A; 2FUH B; 5JZE B; 4DHZ B; 1XCQ L; 3ETR A; 5KHO A; 3MFG A; 2WXP A; 4F1S A; 3UIN B; 1WGG A; 2V4L A; 3OG5 A; 2WXH A; 3BZD B; 5H8Y E; 3KYC D; 2JYT A; 1WF9 A; 1IPG A; 2W82 A; 2LI5 A; 1FFV A; 3LYY A; 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4LK0 M; 4MGI E; 2FIF A; 2ZPY A; 2I2Y A; 3M62 B; 2XK5 A; 1WYG A; 3NVY A; 3Q3M C; 1UGM A; 1TGZ B; 1YD8 U; 1E10 A; 5LXH A; 1WJU A; 2JZ3 B; 2KX0 A; 4GDL B; 2CHX A; 5EE9 A; 2L76 A; 1SF0 A; 1WJ4 A; 3X0W A; 4ZHP A; 4HCP B; 2AQ3 B; 5TSS A; 3URY A; 3IAM 1; 3JSV A; 4BOS C; 1YJI A; 3AEB B; 4FHK A; 4W9H A; 2GBR A; 1E0Z A; 3APD A; 3PHX B; 1QZE A; 3V6E B; 1I4P A; 3QIJ A; 2NBU A; 3N32 A; 1TS3 A; 3WIM A; 4MAC A; 1JRO A; 2BB5 A; 3PSE B; 2QC8 A; 4K3C A; 3RNA C; 2K9X A; 3EC8 A; 3L0W B; 1TY0 A; 2WDR B; 2MEK A; 2CS4 A; 4FJV B; 3B08 A; 4LJP B; 1TS5 A; 3Q8B A; 2NCN A; 2KTF A; 2CJN A; 4ICU A; 4WQM A; 2LGI A; 3A33 B; 1L6V A; 4WWM A; 3FIL A; 3DDC B; 2MBB B; 4B0E A; 2WDQ B; 2MWS B; 4JIO U; 4WJO A; 3TSS A; 1ZKH A; 4ITK A; 3H7P A; 2J0M A; 3Q14 C; 2TSS A; 1JWS D; 3M95 A; 5C23 A; 2QEJ C; 4BBN F; 1WFY A; 3DVG Y; 4K7W A; 1EF1 A; 4YT0 B; 3P4P B; 1WGD A; 4C7Z A; 1WXA A; 2G4D B; 4HJG E; 3RPF C; 1C1Y B; 3RN9 C; 3W9C B; 2KFK B; 4LJO B; 2NPT A; 2NVU I; 3O65 B; 1NI2 A; 3RT3 B; 2ZW1 A; 2DYB A; 4TV3 A; 3V60 A; 5IA7 A; 3AMZ A; 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