The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.
Total Genus |
16
|
sequence length |
56
|
structure length |
56
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Chain Sequence |
MQYKLILNGKTLKGETTTEAVDAATAEKVFKQYANDNGVDGEWTYDDATKTFTVTE
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.
After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.
| publication title |
Crystal Polymorphism of Protein GB1 Examined by Solid-State NMR Spectroscopy and X-ray Diffraction.
pubmed doi rcsb |
| source organism |
Staphylococcus aureus
|
| molecule tags |
Immune system
|
| molecule keywords |
Immunoglobulin G-binding protein G
|
| total genus |
16
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| structure length |
56
|
| sequence length |
56
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| ec nomenclature | |
| pdb deposition date | 2007-07-16 |
| chain | Pfam Accession Code | Pfam Family Identifier | Pfam Description |
|---|---|---|---|
| A | PF01378 | IgG_binding_B | B domain |
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
| Class | Architecture | Topology | Homology | Domain |
|---|---|---|---|---|---|
| Alpha Beta | Roll | Ubiquitin-like (UB roll) | Ubiquitin-like (UB roll) |
#chains in the Genus database with same CATH superfamily 1Q10 A; 1QKZ A; 1XCQ L; 1PGA A; 1MI0 A; 2JSV X; 2NMQ A; 1FCC C; 3UI3 A; 3FIL B; 2GI9 A; 2JWU A; 1MPE A; 3MP9 A; 4KGT A; 4IKG A; 2PLP A; 1XCT L; 1HZ6 A; 4KGS A; 2OED A; 1C9F A; 1P7F A; 4WH4 A; 2ONQ A; 1MHX A; 1P7E A; 2GB1 A; 1F2R C; 2PTL A; 2ON8 A; 2KQ4 X; 1K51 A; 1IBX B; 1HZ5 A; 2KN4 A; 2I2Y A; 4MAC A; 1FCL A; 5HFY A; 2RPV A; 2JZP A; 1IGC A; 1K52 A; 1PGX A; 3FIL A; 1ZXH A; 2ZW0 A; 2ZW1 A; 2EEL A; 4OZA A; 5BMH A; 2N9K A; 2IGH A; 1YMH E; 2JU6 X; 2LUM A; 5HG2 A; 5BMI A; 1IBX A; 2N9L A; 1GB4 A; 1XF5 L; 2KAC A; 2N7J A; 5HHD G; 1IGD A; 2LGI A; 4D2K A; 1MVK A; 2JXT A; 2QSD A; 2IGD A; 2IGG A; 2J53 A; 4GLS C; 1F2R I; 2LHD A; 4KGR A; 1K53 A; 1EM7 A; 5BMG A; 1D4B A; 4HJG E; 1JML A; 1HEZ E; 2RMM A; 1YNT E; 2J52 A; 1K50 A; 3GB1 A; 4HKZ E; 5HI1 A; 2K0P A; 1PGB A; 2I38 A; 2KWD A; 1FD6 A; 1GB1 A; 1KH0 A; 4IOI E; 5JXV A; 2KDM A; 1UWX A; 2LHE A; 4OZC A; 1MHH E; 2QMT A; 3V3X A; 2PW9 A; 4OZB A; #chains in the Genus database with same CATH topology 1AN8 A; 1F52 A; 4LJP B; 2L32 A; 3RUL A; 3R8B A; 5IN7 A; 2DZJ A; 1TTN A; 3FIL B; 3AEA B; 5KHQ A; 2CU1 A; 2KX0 A; 3JW0 X; 3IAS 1; 2WXQ A; 2GMI C; 2JYE A; 3L08 A; 4P6V F; 3TMP B; 2DWQ A; 2K6D B; 1RWS A; 1E8X A; 3RT3 B; 3KUZ A; 1SE2 A; 3SFE B; 4RCO A; 2HJ8 A; 4HCP B; 4HPL B; 3KYD D; 4EEW A; 2K5P A; 2Y5B B; 1D5M C; 3PLV A; 3ETR A; 2KQ7 A; 2RD0 A; 1N63 A; 5HKH A; 3WIM A; 1GJZ A; 3VHT C; 2KQ4 X; 1HZ5 A; 1E5W A; 2BF8 B; 3DHG C; 4DK5 A; 1UEL A; 5GMV A; 2QIL A; 1WJU A; 1G6J A; 5AUI A; 4OZA A; 3DPD A; 1T0Y A; 3GS2 A; 4OVU A; 1TS5 A; 2FE8 A; 1KLG D; 4ZRQ A; 1FXT B; 1YX6 B; 2KTR A; 4HLE A; 1TS3 A; 1SB3 C; 1WRD B; 2J0J A; 2JXT A; 5D3D A; 4FHJ A; 4GU2 A; 1EM7 A; 2VZK D; 4A3O A; 1ET9 A; 4S17 A; 2BGF A; 5D7G A; 4IM3 A; 4BBN C; 4NQL B; 1UD7 A; 1V97 A; 1ACC A; 3VTV A; 1HE8 A; 2IYD B; 4KIK A; 1I42 A; 2L0T A; 1GOZ A; 3AI5 A; 1V49 A; 3AE3 B; 1TZ1 A; 2NS5 A; 4HRO A; 3U52 E; 4JWS C; 3ZNG C; 3W9C B; 3R66 C; 1EWC A; 4LCD E; 3L13 A; 2V4L A; 2CHX A; 2NPT A; 4HJK A; 2ZVO A; 3JYU A; 3MP9 A; 4QAY A; 2AQ3 B; 1R4N I; 4YTN B; 4JL9 A; 4W9H A; 1WE6 A; 1I4R A; 3AEF B; 2VZK B; 4N59 A; 1ZOY B; 1GPX A; 1IUE A; 2MCN B; 1P9D U; 4DHJ B; 3K9P B; 2HTM E; 4AP4 C; 2R2Q A; 1NYQ A; 4C56 C; 5J2R A; 2MBH A; 3ZNI D; 1H4R A; 4N9F 4; 4XYC A; 3R7R A; 1K52 A; 2ZNV C; 2KK8 A; 1F1H A; 2KQS A; 2HD5 B; 1WYW B; 5KHO A; 2LUM A; 1WGD A; 5BMI A; 1TBE A; 2J42 A; 3HM6 X; 3E9S A; 2LGD A; 3VDZ A; 2L00 B; 3T9L A; 5HHD G; 4HRS A; 3QK0 A; 4B0E A; 2Z0E B; 3SU8 X; 3QX1 A; 3AXC A; 3I63 C; 1MJD A; 3A33 B; 3B9J A; 1DGJ A; 4DDI D; 2N9X A; 1RLF A; 1RM6 C; 3Q8A A; 3HVD A; 2J52 A; 3APF A; 1LM8 B; 3SD5 A; 4W9K A; 5JXV A; 1E8Z A; 4M8M A; 1NDD A; 4LLG M; 1MHH E; 1WR1 A; 2G4S A; 5TR5 A; 4UDU C; 1FNV A; 4B9K A; 4FLH A; 1PGA A; 2WXP A; 3IFW B; 1XT9 B; 3P4S B; 5E6O A; 2BW2 A; 5MPO A; 1P3Q U; 4GIV A; 2PE9 A; 2ZPY A; 3W1Y A; 3KVF B; 1I4H A; 3RUI B; 5C3J B; 4NNJ B; 5DPT A; 2IDY A; 3VQI A; 2JF5 A; 1VR9 A; 1AYF A; 2E6X A; 4FAD A; 1F2R C; 2QDF A; 3PVL A; 3RI7 C; 3O65 B; 3QIJ A; 3I9V 1; 1WXA A; 1TS2 A; 1RYJ A; 5H8Y E; 2LRU A; 3HUI A; 4MDK E; 4US9 A; 3O13 A; 2KN5 A; 2K6Q A; 5FR3 A; 2RPV A; 4RGT A; 1R7S A; 3A4S C; 4ARI A; 3Q2A C; 3RNE C; 1XQQ A; 3VRB B; 4A6Q A; 2KO3 A; 2D3C A; 4JLC A; 3QA8 A; 5HG2 A; 2RDH A; 3ZIM A; 2PEA A; 1ZP0 B; 4DHZ B; 2QJL A; 4N6E B; 3PZD A; 3A1Q B; 4WWM A; 3Q3M C; 2AWT A; 1YQB A; 4TKN A; 2G4D B; 3APD A; 5E6N A; 2CHZ A; 1TT5 B; 2IGD A; 2IGG A; 2J53 A; 3N1Z C; 2KDF B; 4ZRI A; 2MJ3 A; 2JXX A; 3MC9 A; 3PT2 B; 2MRP A; 2NTT A; 1NEN B; 3Q8F A; 2WXF A; 3T8M A; 3GOE A; 4NJC A; 2HDE A; 4OVZ A; 4IOI E; 4WWO A; 1EUV B; 2D2Q A; 3A9K B; 2X8X X; 2LHE A; 5BYS A; 4HKQ A; 5EE9 A; 1XO3 A; 4ASW C; 3VUY A; 2DLB A; 2OJW A; 1ESF A; 2NBU A; 3ZW3 A; 2EMT A; 1WMH A; 2WXJ A; 3A9J A; 3BII D; 4KDL B; 3FC4 A; 3DBS A; 5EE3 A; 2MX2 A; 3EFU A; 3Q69 A; 4EZL A; 5E6J A; 3ZQ4 A; 1E9M A; 1L4Z B; 4ICU A; 3VTW A; 1P7F A; 4M02 A; 3X0W A; 4DXA B; 4ZYN A; 1P98 A; 1PFD A; 4BKT A; 3RNA C; 2QIE B; 1PQS A; 4F1S A; 3AE1 B; 3DBR B; 3U7Z A; 4N58 A; 3EEC A; 3H7P A; 4LTU A; 3IAM 1; 1FPY A; 2JQR B; 2KAJ A; 2MQJ A; 3DBR I; 4MM3 A; 4B95 A; 2ZZP B; 2DNF A; 3AH7 A; 2BYE A; 4W9L A; 2ZW1 A; 4PS3 A; 1L2N A; 2IGH A; 4KKI A; 5D94 A; 5JHA A; 3BVZ A; 1JWA D; 4FXC A; 3VR9 B; 2GBN A; 2FCS A; 2LVP A; 1JRP A; 3QAR A; 3KW5 B; 1FRD A; 2LGI A; 4LDT D; 2KMA A; 1WX8 A; 3S2A A; 4CHK A; 3AN1 A; 4MSQ B; 2MP2 B; 4MEL A; 3PS6 A; 1D4B A; 2MBB B; 2BKF A; 3ZNH B; 1HQR D; 2RMM A; 3UQB A; 1KF6 B; 1L7Y A; 2DYO A; 2X38 A; 2PIA A; 3N20 C; 1JWM D; 1ROE A; 1QOF A; 2N7E A; 4MT5 A; 1Z2M A; 1SJH D; 2AYO B; 1MFW A; 1JWU D; 1N62 A; 2D5G A; 4I6L B; 4YSY B; 3DVN U; 3L4P A; 1XLP A; 3EGR A; 2DAF A; 1SE3 A; 5IAA C; 3UIN B; 2MA9 B; 2JWZ A; 2W54 A; 2XNA C; 3M3J A; 1F0Z A; 2MJE A; 2WXL A; 2D3B A; 2NPT B; 3ZXV A; 2N7D A; 4ZDV A; 4XGA B; 2XN9 C; 4YTP B; 4GN1 A; 1ZE3 D; 3HK0 A; 3J9C A; 5IKC M; 2K25 A; 2KTF A; 2GRI A; 1NBF C; 4BZA A; 2A4Z A; 3B0A A; 2ZJD A; 3KQ4 A; 4JIO U; 1LQB A; 3U2S C; 1UGM A; 2KXJ A; 2KLG A; 2J4X A; 2PTL A; 2JY6 A; 1WXM A; 4NPN A; 1CJE A; 4TV3 A; 4FBJ B; 4LNK A; 1IBX B; 4ITK A; 3IT4 B; 4IWQ A; 4P16 A; 2BYF A; 2RPQ A; 2R61 A; 3NS8 A; 2BB6 A; 1VRA B; 2V3N A; 3L54 A; 3X23 A; 1QLB B; 2O2V B; 4HWI B; 1PDX A; 5DPW A; 1TY2 A; 4K3C A; 3AU5 A; 1KM7 A; 2D10 A; 5IO9 A; 4C4V A; 4GDL A; 2G1E A; 1CK1 A; 3Q14 C; 1T0S C; 2DZM A; 1WGH A; 2IO0 B; 2KX3 A; 2LJI A; 3C19 A; 2WXK A; 2WNM A; 3RZF A; 4L2Y A; 2FBW B; 1WR6 E; 1Z5S B; 2MEK A; 1YNT E; 3NOB A; 3ZJU A; 2L76 A; 4WJP A; 2N9E B; 3IXS A; 1WY8 A; 2INN E; 2BS3 B; 2TSS A; 1QOB A; 4A20 A; 2MSE D; 3V05 A; 3SFD B; 1UWX A; 4F7Z A; 1LXD A; 1ZKH A; 4RH6 A; 2A5U A; 2LXA A; 3WAL A; 2WQY B; 4L23 A; 3D32 A; 2WU2 B; 1PYW D; 4MJS B; 2KTR B; 4ZYS A; 1FFU A; 3A9J B; 1WMH B; 4RM8 A; 1IP9 A; 1FCC C; 3UI3 A; 4TQ1 A; 3TEZ A; 2V0G A; 2DBY A; 4KZ0 A; 3OJ3 A; 5AUK A; 2PJH A; 3H1U A; 1L5P A; 4ZOH C; 3AV8 A; 4JWU C; 3CSF A; 3H6N A; 2D11 A; 3CMM B; 2IPK D; 3H8H A; 4PYZ A; 1TYG B; 1GG3 A; 2GB1 A; 3MJ5 A; 1JQ4 A; 4GB9 A; 1BUI C; 1WGK A; 1TKY A; 2V3P A; 1I4P A; 2M4N A; 3Q3O C; 4XC2 A; 3N3K B; 4G0N B; 1V6E A; 4URK A; 4AJY B; 4S0R A; 3BK1 A; 1OQR A; 2JZP A; 2LUE A; 4A9A A; 1PGX A; 4M01 A; 2EEL A; 3M62 B; 2N9K A; 4WWP A; 3TEW A; 1YMH E; 1JRU A; 1YQ3 B; 3LB8 C; 1SBB B; 3ZTC A; 1EU4 A; 1XF5 L; 2GLS A; 2K8C A; 3BWU D; 2ZNV B; 1J7B A; 2KYW A; 4TSS A; 3GE8 C; 1TZO A; 4ANX A; 5L83 A; 4KV2 A; 2MBO A; 3NVY A; 3ZDT A; 4TQ0 A; 4DDG D; 4IC7 B; 2M0X A; 5EDS A; 1X1M A; 2O2V A; 1K53 A; 1YOV B; 4RGN A; 3N1Y C; 1V86 A; 3HRD D; 2JUO A; 1L0V B; 3I5J C; 1WH3 A; 3VUX A; 4W9J A; 4HKZ E; 4XE0 A; 3PZ7 A; 2FNJ B; 2WWZ A; 2FCN A; 3DBH I; 4RM9 A; 2ICI A; 1WJN A; 2Y5P A; 1XLO A; 2GBK A; 1CQV A; 1E7V A; 1XCQ L; 1L4D B; 3TL5 A; 1BML C; 1T3Q A; 4E3C A; 2UWQ A; 1UBQ A; 1VZ7 A; 2GBR A; 3AEC B; 2PE6 B; 5DPS A; 3NJT A; 4IKG A; 2PLP A; 4GXB A; 2FID A; 2DYB A; 3RYT A; 3QWZ B; 2BKR B; 1EWY C; 2KMC A; 1C77 A; 3DVG X; 2JYT A; 1T6B X; 4WH4 A; 3AEE B; 3CWI A; 2L05 A; 4II3 B; 3SR6 A; 1I4X A; 4RFB A; 1EF5 A; 2KWV B; 3NVW A; 4NJ7 A; 2J0K A; 1B1Z A; 4YTM B; 3Q3F A; 2WS3 B; 2YLM A; 3V62 A; 4W9E A; 1SIJ A; 2PVO D; 1WGG A; 2FUG 1; 1RFK A; 2LAS A; 3RNF C; 2M17 A; 3P42 A; 2KAN A; 4IUM B; 1GNU A; 4BVU C; 1WM3 A; 2WYQ A; 4K81 A; 1YD8 U; 1ZDV A; 4MEM A; 2DEN B; 5FR6 A; 2INC C; 3TIX A; 1P1A A; 3R2I A; 4KVG B; 4AWJ A; 1XEE A; 2D3G A; 4JGH B; 4MSM B; 4A8X C; 5H92 C; 5LNK 1; 4GDK B; 2AL3 A; 1EU3 A; 1NVI D; 2VH1 A; 5LLI A; 1DOX A; 1DOI A; 1E8W A; 3PRM B; 4YL8 A; 5L95 C; 4A55 A; 2UYZ B; 1Q10 A; 3WA0 A; 3QC8 B; 2J7Q B; 1ZXI A; 3BIN A; 2HTH A; 5CHW A; 1WRI A; 1CMX B; 4IM0 A; 2XBB C; 2LGY A; 2O6V B; 1LGR A; 3AE6 B; 2G3Q B; 2ASQ A; 1FO4 A; 2IO3 B; 4KSL C; 3TBL D; 2WXG A; 3U8Z A; 2M1M A; 3OAW A; 2MWS B; 1MHX A; 2DHZ A; 1KTK A; 4C4V B; 3Q6B A; 4E71 A; 5C1Z A; 2PMV A; 1S1Q B; 1E7U A; 3IHP C; 3QQ8 B; 2WXR A; 1B9R A; 1I4Q A; 5CTR C; 5HFY A; 4WWN A; 2WDV B; 3NG0 A; 3PGE A; 1BXT A; 3FIL A; 2MH7 A; 4BKS D; 4W9G A; 1SSN A; 1N5X A; 3AE2 B; 2DYM A; 4A3P A; 2IJ0 A; 3GZN I; 2KFK B; 2WXM A; 2O6V D; 5DPR A; 2B3A A; 1U4A A; 1STE A; 2DZI A; 3KLS X; 1NI2 A; 2C7M B; 2KNB A; 3GP7 A; 1KJT A; 4LDT B; 3AEB B; 2PKO A; 4NJ6 A; 3VTU A; 3PTF C; 2KJR A; 4IW0 A; 1WZ3 A; 4FA6 A; 1GB1 A; 3SDL C; 1EO6 A; 3PRZ A; 3BK2 A; 1V5O A; 1GC7 A; 3ZNZ B; 2AQ2 B; 3ZTD A; 4LNI A; 2W3R A; 3ZVV A; 4MJS A; 2INP E; 3DWG C; 5CHV C; 2L8J A; 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3ENE A; 2O6V A; 3UF8 A; 2LD9 A; 5BYQ A; 2N9P C; 1F9J A; 4LNF A; 1HXY D; 2IZV B; 5FK9 C; 4M00 A; 1IGC A; 2MBE A; 2BPS A; 2DX5 B; 2JZZ A; 5CHF A; 1NI3 A; 3NY5 A; 3ML8 A; 3N32 A; 2KVZ A; 4DBG A; 3V60 A; 2BYV E; 4C80 A; 2LJ5 A; 2KFK A; 5J17 A; 3U4E G; 4ICV A; 4B6W A; 1OFF A; 1J7C A; 1V1P A; 3UQA A; 2AQ1 B; 2Z0D B; 2RSU A; 3R3M A; 3AUL A; 1SF0 A; 3PRE A; 2LHD A; 1WJ4 A; 5AZF A; 1WF9 A; 1K8R B; 4HJG E; 4REZ A; 2ZEQ A; 2REX A; 2RDG A; 3RPF C; 1AAR A; 2L7R A; 4RMA A; 3P4Q B; 2I1J A; 3IT6 B; 2PVG C; 2FUH B; 3WAM A; 4AUQ C; 3ECI A; 5IP4 D; 4OZC A; 3V3X A; 3ABV B; 4DWF A; 3VRA B; 4G3X B; 4GSW A; 4AQ7 A; 1KLV A; 1MI0 A; 3V6E B; 3MFG A; 4OHJ A; 3AB5 A; 3ZJV A; 3DVG Y; 4WQM A; 4GOC A; 3TUO A; 4MH8 A; 2QHO A; 2LRW A; 3LXF A; 1RFA A; 2L52 A; 3DWM A; 3VXW A; 2KC1 A; 1L0X B; 2XEW A; 2Q5W D; 4EFO A; 3MC8 A; 5I4D A; 1Q1O A; 2KMM A; 5EE1 A; 4GDK A; 2KN4 A; 2JT4 B; 3AU4 A; 3URY A; 3DBH B; 2LI5 A; 1YX5 B; 3W2D A; 1TJE A; 2RR9 A; 3N1X C; 3UGB B; 3M95 A; 4XWW A; 3RD2 A; 3WAO A; 2KLC A; 1D6E C; 4BKG A; 1WIA A; 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