The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.
Total Genus |
15
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sequence length |
70
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structure length |
70
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Chain Sequence |
TPEEPKEEVTIKVNLIFADGKIQTAEFKGTFEEATAEAYRYAALHAKVNGEWTADLEDGGNHMNIKFAGK
|
The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.
After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.
| publication title |
Different crystal packing in Fab-protein L semi-disordered peptide complex.
pubmed doi rcsb |
| molecule tags |
Immune system
|
| source organism |
Finegoldia magna
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| molecule keywords |
Capsid protein C
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| total genus |
15
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| structure length |
70
|
| sequence length |
70
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| chains with identical sequence |
M
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| ec nomenclature | |
| pdb deposition date | 2004-09-03 |
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
| Class | Architecture | Topology | Homology | Domain |
|---|---|---|---|---|---|
| Alpha Beta | Roll | Ubiquitin-like (UB roll) | Ubiquitin-like (UB roll) |
#chains in the Genus database with same CATH superfamily 2K0P A; 1HZ5 A; 1F2R C; 2LUM A; 4MAC A; 1MHH E; 1C9F A; 1XCT L; 2EEL A; 1IGD A; 2PW9 A; 1XCQ L; 1Q10 A; 2KDM A; 1FCL A; 4HKZ E; 2JWU A; 1K51 A; 2N9K A; 1PGB A; 2OED A; 2J53 A; 4OZC A; 1YMH E; 2GB1 A; 2ONQ A; 3V3X A; 4OZA A; 5JXV A; 1MI0 A; 1PGA A; 1HZ6 A; 2KWD A; 1FD6 A; 5HI1 A; 3FIL A; 1FCC C; 4KGR A; 2ON8 A; 1KH0 A; 2KN4 A; 1PGX A; 4IOI E; 1MHX A; 1GB1 A; 4IKG A; 2RMM A; 1IBX B; 2QMT A; 1XF5 L; 1K50 A; 2ZW0 A; 2LGI A; 1GB4 A; 2NMQ A; 2JU6 X; 5BMG A; 1MPE A; 3MP9 A; 3GB1 A; 2RPV A; 2J52 A; 4KGS A; 5HFY A; 1K53 A; 2IGG A; 1D4B A; 1IGC A; 2GI9 A; 2KAC A; 1ZXH A; 1HEZ E; 2N9L A; 4GLS C; 5HG2 A; 2IGD A; 1K52 A; 2QSD A; 3UI3 A; 5BMI A; 1UWX A; 5BMH A; 2I2Y A; 4D2K A; 4KGT A; 2N7J A; 2JXT A; 2PLP A; 4WH4 A; 2KQ4 X; 1F2R I; 2I38 A; 2JZP A; 2IGH A; 1EM7 A; 1JML A; 2JSV X; 2LHD A; 1QKZ A; 1P7F A; 3FIL B; 2PTL A; 4OZB A; 1P7E A; 4HJG E; 1IBX A; 1YNT E; 2ZW1 A; 1MVK A; 2LHE A; 5HHD G; #chains in the Genus database with same CATH topology 4YTM B; 3MHZ A; 2MJE A; 2Z0E B; 1V9J A; 4UDU C; 2M1M A; 4XDD A; 2MJD A; 1E0Z A; 2HJ1 A; 3AE5 B; 1CK1 A; 1KF6 B; 1ET9 A; 3L4P A; 5BYQ A; 3D32 A; 3I63 C; 3R66 C; 1NVI D; 1FRD A; 3AEC B; 2BQQ A; 2IO1 B; 2B3A A; 2H89 B; 4NQK E; 4N6E B; 2V3N A; 2MBH A; 2WXG A; 3CST A; 2D3G A; 3V6E B; 2N9K A; 2WXH A; 3RNA C; 1TZ1 A; 4OVU A; 4XDC A; 1XD3 B; 4G50 A; 2KDB A; 3ZJT A; 2DEN B; 4GMV A; 3VUW A; 3RMK C; 1R4N I; 2IBI B; 1OGW A; 1A5R A; 3Q6B A; 1I42 A; 2J7Q B; 4IC7 B; 4USA A; 3AU5 A; 3FIL A; 4KGR A; 2O2V B; 3GE8 C; 1AWD A; 2D3C A; 4FJY A; 3TJP A; 3PLV A; 1E8Z A; 2LGI A; 1GB4 A; 2KWU B; 4RF0 A; 5D3D A; 2JU6 X; 4KGS A; 2NPT A; 3H8H A; 4Q2J A; 4YT0 B; 2JZ3 B; 1GAQ B; 1ZPS A; 1WF9 A; 1V86 A; 4GU2 A; 2GBM A; 3AEA B; 2MBO A; 1ZXH A; 3DDC B; 3T3O A; 1WGG A; 3OLM D; 4K3C A; 1QF6 A; 2JYE A; 1TY2 A; 4BOS C; 3LB8 C; 1FNV A; 1VZ6 A; 2OJW A; 3WAN A; 1CQV A; 1I35 A; 1SJE D; 3VVW B; 4A6Q A; 4BVU C; 1YIW A; 2N4F A; 1VLB A; 4XZ4 A; 3N9Y C; 4US8 A; 4E74 A; 4RGT A; 2FE8 A; 4MSM B; 3FIL B; 3Q2A C; 1FNU A; 1NDD A; 1V5T A; 3UGB B; 1B1Z A; 2KFK A; 1JWA D; 2KX0 A; 2FAZ A; 3IXS A; 3DVG X; 3J9C A; 4EFO A; 2NPT B; 5LLI A; 2YVC A; 2KX3 A; 2BB6 A; 4WWM A; 2L8J A; 2CJO A; 3KVF B; 2AWT A; 2N1V A; 4EZK A; 1FCL A; 3KUZ A; 1ACC A; 3CSF A; 1SSN A; 3RPF C; 3IT4 B; 1OQR A; 4YSZ B; 2D3A A; 2HTH A; 3MTN B; 2MCN B; 1NYQ A; 3LXF A; 2WXP A; 2MP2 A; 3RNF C; 3SDL C; 2V9H A; 3MJW A; 2JRI B; 4G3X B; 1MHX A; 1GB1 A; 2L83 A; 3VH4 B; 4W9H A; 4GDL A; 1C78 A; 5EE1 A; 5BMG A; 1DGJ A; 1MPE A; 2ZVN A; 2WDQ B; 1SE9 A; 3AE3 B; 3HUI A; 3U30 A; 4B0M A; 1G6J A; 3KUC B; 3L16 A; 4IG7 B; 3CMM B; 4MJS A; 4LNI A; 3TCA A; 4MGI E; 4DWF A; 2KWC A; 3AM9 A; 1SF0 A; 2BVC A; 1SE4 A; 2VH2 A; 3VR9 B; 2AYO B; 3PZ7 A; 4ZRP A; 3SEB A; 3DBR I; 4AQ7 A; 3WAM A; 2JQR B; 4HLE A; 2KQ4 X; 3HVZ A; 2RDH A; 1WRI A; 1R4N B; 4FBJ B; 3BII D; 4HPP A; 1JML A; 2MP2 B; 4HWI B; 3RNB C; 2G9H D; 4HEA 1; 5H8Y E; 5FR6 A; 3ZO5 B; 4BBN C; 3U2S C; 2DZK A; 1IBX A; 2WP9 B; 5E6J A; 4GDL B; 2IO3 B; 3DOW A; 3WCQ A; 4C4V A; 3TEY A; 1TZO A; 4GIV A; 1WX7 A; 1EU4 A; 3ETR A; 2BS3 B; 1GPX A; 3IT6 B; 2DZJ A; 3AE9 B; 4GB9 A; 4A3P A; 2JWZ A; 5E6P A; 1QOB A; 3AEF B; 1C4A A; 2J0J A; 3VTV A; 2WX1 A; 1FFU A; 2DAJ A; 2Y5P A; 1N60 A; 4C80 A; 5JH5 C; 2JY6 A; 1MG4 A; 4MDK E; 2BBC A; 3BVG A; 1V49 A; 3N1Z C; 1WRD B; 3N1X C; 4PYZ A; 2KWD A; 1FD6 A; 3Q8C A; 3CF6 E; 4F1S A; 4I6L B; 3O13 A; 4BZA A; 4W9G A; 5D7G A; 1IBX B; 3VR8 B; 4GOC A; 1UH6 A; 2BB5 A; 2KDE B; 1P0R A; 4PK1 A; 2K9X A; 1TS4 A; 2N7D A; 3DQV A; 5G55 A; 3AE1 B; 4C4V B; 1WXS A; 4W9C A; 4YTP B; 1HA5 A; 4WAF A; 5D6J B; 4EE2 A; 4WWO A; 2ZZP B; 4HVB A; 3K9P B; 5HG2 A; 3TBL D; 1L4D B; 2LJ5 A; 4HDO A; 3RFZ B; 3DWG C; 4LLG M; 1ISN A; 3TIX A; 2D2Q A; 4DHJ B; 2JXT A; 4LNF A; 3VFK A; 4FJV B; 5CTR C; 3R2T A; 1UF0 A; 1RAX A; 2OHF A; 4A3O A; 2D07 B; 1NBF C; 1XLN A; 3MFG A; 1I4P A; 2WQY B; 4EZL A; 4FA6 A; 2EMT A; 3B08 A; 4GXB A; 1X1M A; 1QKZ A; 2KWV B; 2V4L A; 1P7F A; 1QT9 A; 4K7S A; 4BKS A; 3ZTD A; 4DDG D; 3JW0 X; 3HK0 A; 2Z8L A; 3RD2 A; 2BW2 A; 3WAP A; 1ZXI A; 1BT0 A; 2AQ2 B; 2LUE A; 4YTN B; 1L6V A; 1XLQ A; 4ZRJ A; 4YL8 A; 2BKR B; 3HRD D; 4LTU A; 1M4V A; 3KYD D; 4HRS A; 4FLH A; 3AEB B; 1IGD A; 4PS8 A; 4MM3 A; 2LVQ A; 1YJI A; 2NBW B; 1L5P A; 4FXC A; 3NZU A; 1GOZ A; 1TIF A; 3H6N A; 4AUQ C; 3RYT A; 3DBR B; 1VZ7 A; 2GBJ A; 5IOI A; 2IY1 B; 2OED A; 3PO0 A; 3KYC D; 3ZJV A; 2DWQ A; 2L7R A; 1E90 A; 4RGM A; 2R2Q A; 5JXV A; 2C5L C; 1RFK A; 3NHE B; 1V1O A; 2R2O A; 2FIF A; 2BGF A; 3Q69 A; 2NCN A; 2KN4 A; 3VTW A; 4ZRQ A; 2EMS A; 2ZEQ A; 2QMT A; 5IKC M; 2RDB C; 2NMQ A; 2BTE A; 1WYW B; 3ZUN A; 2ZJD A; 3IBE A; 2REX A; 5E6N A; 5EE3 A; 4MM3 B; 2N9E B; 2KFJ A; 2INP E; 1HEZ E; 1AAR A; 3Q8A A; 3C19 A; 2INC C; 2KO3 A; 2IO2 B; 5CX3 A; 4WH4 A; 2KC1 A; 2MBQ A; 2KLC A; 4XC2 A; 2WU5 B; 4HPL B; 4BKS D; 4P6V F; 3BYY B; 2IGH A; 3Q3J A; 1OQQ A; 3NVV A; 2PTL A; 4K81 A; 4WWP A; 2ZPY A; 3Q3O C; 2CR5 A; 3AEE B; 4HJG E; 4MGZ E; 3QAR A; 2PJH A; 1WY8 A; 2ZW1 A; 4WQM A; 4B95 A; 5JHB A; 1I4R A; 3QA8 A; 1Z5S B; 1NI3 A; 5DCN A; 4ARC A; 5J2R A; 3GP7 A; 3ZXV A; 1WSP A; 3PZD A; 3E9S A; 2JRH A; 3UF8 A; 1ROE A; 2RD0 A; 3DBS A; 1YD8 U; 2OOB B; 4A8X C; 3ZNZ B; 2IDY A; 4C7Y A; 2KN5 A; 2D3B A; 2IY0 B; 4W9E A; 3R8B A; 2BYE A; 2GRI A; 5IN7 A; 2PMV A; 2B76 B; 2WXI A; 3PT2 B; 2M56 B; 4DQO C; 4US9 A; 4TQ1 A; 3AXC A; 1D5M C; 2CHX A; 2GB1 A; 3AMZ A; 3EUB 2; 1E10 A; 4CYE A; 2WDT B; 1RLF A; 3KUD B; 3ML9 A; 3W1S C; 2ZCB A; 3CIR B; 2GMI C; 4LK0 M; 3KWV A; 1WXQ A; 4P7I A; 1YJJ A; 1KOT A; 3OG5 A; 1OTR B; 4S17 A; 3BWU D; 2WHI A; 2L0F A; 1VZ8 A; 2KT7 A; 1NEK B; 3UIO B; 1K52 A; 1D3Z A; 1WFY A; 4LNO A; 1VR9 A; 5BMH A; 4WAA A; 2BYT A; 2AX5 A; 1K8R B; 5GXG B; 4NPN A; 1OFF A; 1I4Q A; 3T8M A; 3W5U B; 3QC8 B; 1ENF A; 2BPS A; 1V97 A; 1WGK A; 4NY0 A; 3PLU A; 4LNN A; 3NVZ A; 1ZKH A; 2GBR A; 3DBL I; 1YX5 B; 4AP4 C; 4I6N B; 2KAJ A; 3TSS A; 1ZW7 A; 1L6U A; 3UIN B; 2WDV B; 3WA0 A; 1WR6 E; 1WE7 A; 5DPW A; 2VZK D; 3B2F A; 3X23 A; 4NZL B; 2WXO A; 1TKG A; 2L3Z A; 3VQI A; 4IM3 A; 3U7D A; 2LRU A; 1LGR A; 3NG0 A; 2XBB C; 1F2R C; 4MAC A; 4F7Z A; 3S2A A; 4W9L A; 2Q5W D; 1J7B A; 2YEP F; 4F8C B; 4IUM B; 2MA9 B; 3GZN I; 3ZLZ A; 4ITK A; 1N62 A; 2L1A A; 2K8C A; 5JHA A; 1ZUD 2; 2WXQ A; 2A4Z A; 3AEG B; 3NVW A; 4ANV A; 3EA6 A; 4M0W A; 1JWS D; 2ONQ A; 1S1Q B; 3SHQ A; 4BOZ B; 3H9D A; 1E8W A; 2K8H A; 4P16 A; 1C3T A; 2FCM A; 1QQR A; 1KH0 A; 3JYU A; 1C77 A; 3RUL A; 1TKE A; 1F52 A; 3L13 A; 1UWM A; 1GG3 A; 3MP9 A; 3U4E G; 3VH3 B; 1XLP A; 4NAW A; 1JRU A; 2KC2 A; 1IGC A; 4LDT D; 5H92 C; 2GI9 A; 1QOF A; 3GOE A; 4BKG A; 5LXI B; 3AN1 A; 3MC8 A; 3WAO A; 3ZNI D; 2LGD A; 3LDZ E; 2BWE S; 1FRR A; 4M00 A; 4WUR A; 4TQ0 A; 2OJR A; 2JF5 A; 5IA7 A; 4M0W B; 5D3I B; 2VH1 A; 3I3T B; 3P42 A; 3SD5 A; 1WM3 A; 3ZQ4 A; 5DPT A; 4LJO B; 1ESF A; 1S3S G; 3IFW B; 1PFD A; 3TEX A; 2O6V D; 3W9C B; 4ANX A; 2BYF A; 2C60 A; 2J4X A; 2KDI A; 3CWI A; 3RZW C; 4JGH B; 1D5Z C; 1F9J A; 4NAW B; 3IAS 1; 5D94 A; 2LD9 A; 1CMX B; 2RDG A; 2BWF A; 5LXH A; 1VCB A; 3AI5 A; 1PUT A; 3H7S A; 1XCQ L; 2W82 A; 2NTT A; 4KZ0 A; 5C3J B; 5G2N A; 2L52 A; 3I9V 1; 2JWU A; 1E8X A; 1HTQ A; 1ET6 A; 1AW7 A; 2JYT A; 2A5U A; 4ASW C; 2LVO A; 2PE9 A; 2AQ1 B; 4W9K A; 2UWQ A; 3DBL B; 4DXF A; 2Z0D B; 3BK2 A; 4TKN A; 1HZ6 A; 1QOA A; 1E7U A; 3HIZ A; 1J0G A; 3ZYY X; 1PGX A; 2KXJ A; 4IOI E; 3BY4 B; 2WDR B; 4N9F 4; 5CHW A; 5J18 A; 3OJ4 B; 2SAK A; 1K50 A; 4JWU C; 2KYW A; 4KDI C; 1KLV A; 2AL3 A; 3ZRF A; 1E7P B; 2PVO D; 2WGS A; 1DYQ A; 1F0Z A; 2Y3A A; 5GMV A; 3ZGZ A; 2FCS A; 1ZP0 B; 3PTF C; 2HD5 B; 2K1F A; 3APC A; 2KAC A; 3PPA A; 3URY A; 1WXV A; 2WXF A; 1V5O A; 2ZPN A; 2W55 A; 4L23 A; 3KLS X; 2KFK B; 3KWL A; 2WX0 A; 4YWG G; 3A9J A; 1EF5 A; 3AH7 A; 3QHT A; 2RPQ A; 5DPR A; 1V8C A; 1LQB A; 3P2B A; 5C2T B; 1P7E A; 1WX8 A; 1FXI A; 3M63 B; 4RH6 A; 3AE8 B; 2LRW A; 2LHE A; 3QAQ A; 3EHV A; 3EC8 A; 1N5X A; 1V1P A; 1EWC A; 1OQY A; 1D5X C; 3P1M A; 1SEB D; 3OJ3 A; 1TS5 A; 2C7N B; 4JQW C; 3IVF A; 1C4C A; 4CHK A; 3ABV B; 2MEK A; 1ZOY B; 4OVV A; 3R7R A; 2DX5 B; 5BYR A; 3EGR A; 3A9K A; 3A9J B; 2XN9 C; 2DYM A; 2PKO A; 3RNE C; 3V6C B; 2G1E A; 4MJS B; 2ACZ B; 2DLB A; 3VXW A; 3KH0 A; 3HM3 A; 4JLC A; 4B0E A; 2EKI A; 4OVZ A; 4JL9 A; 4MEL A; 1V1P B; 2DHZ A; 3IHP C; 4MH0 E; 1Q0W B; 3DHH C; 4ACF A; 4C7Z A; 3MC0 B; 2MH7 A; 2CS4 A; 1YOV B; 2WXL A; 4KSL C; 2IGD A; 2E3T A; 3ENE A; 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2PVG C; 3NVY A; 4IWO A; 4J6I A; 1T0R C; 4KVG B; 4RCO A; 2J0K A; 2X38 A; 3RCZ A; 1JWB D; 3RNG C; 2BF8 B; 1PDX A; 2HE7 A; 4ANW A; 3ML8 A; 4AS1 A; 3IAM 1; 3DWM A; 1YQB A; 2K6Q A; 4GDK B; 3AE7 B; 4QAY A; 1XQQ A; 4CO7 A; 2TSS A; 3W1S A; 1L4Z B; 2KJH B; 1YX6 B; 2KMM A; 2NTS A; 2DYO A; 1R4M I; 4KIK A; 2L0T A; 2J42 A; 1VRA B; 3PSE B; 1FPY A; 1UEL A; 4P1C C; 4WWN A; 3V3X A; 4B9K A; 2V4I B; 1YQ3 B; 4XWT A; 2LZ6 A; 4ZHP A; 3L17 A; 4KDL B; 3E56 A; 2WXN A; 1YN5 A; 3RZF A; 1N5W A; 3VDZ A; 2QHO A; 2XK5 A; 1U4A A; 1WH3 A; 2MQJ A; 5TSS A; 2C9W B; 1YN4 A; 1FNW A; 3L08 A; 1XEE A; 3W5V B; 2K5P A; 3Q8F A; 1D4B A; 1LFD A; 1WJU A; 3M62 B; 1I4X A; 4JWS C; 1MFW A; 3ZXR A; 4I6P A; 3B0A A; 3U8Z A; 1BUI C; 4MGY E; 4ZYS A; 1A70 A; 4HRO A; 1JWU D; 4M8M A; 4G0N B; 4M02 A; 3NOB A; 4KGT A; 4KIK B; 2M8S A; 3N32 A; 2I38 A; 2CU3 A; 2VZK B; 2JX5 A; 2JZP A; 5AZH A; 1GC6 A; 5L95 C; 3H7P A; 1DOX A; 2JSV X; 4KV2 A; 4NJ7 A; 3BYT B; 1FXT B; 3JVZ X; 5KHQ A; 2XK5 B; 2K39 A; 3NZ3 A; 2ASQ A; 2KLG A; 4DXA B; 3A33 B; 2C7H A; 4S0R A; 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