The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.
Total Genus |
16
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sequence length |
116
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structure length |
90
|
Chain Sequence |
TTFKLAACVTLACTRVKHCSFNITTDVKDRKQKVNATFYDLYRLISCQTTTTEAVDAATAAKVFKQYANDNGIDGEWTYDDATKTFTVTE
|
The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.
After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.
| publication title |
Structure of HIV-1 gp120 V1/V2 domain with broadly neutralizing antibody PG9.
pubmed doi rcsb |
| molecule tags |
Immune system
|
| source organism |
Homo sapiens
|
| molecule keywords |
PG9 heavy chain
|
| total genus |
16
|
| structure length |
90
|
| sequence length |
116
|
| chains with identical sequence |
G
|
| ec nomenclature | |
| pdb deposition date | 2011-10-04 |
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
| Class | Architecture | Topology | Homology | Domain |
|---|---|---|---|---|---|
| Alpha Beta | Roll | Ubiquitin-like (UB roll) | Ubiquitin-like (UB roll) |
#chains in the Genus database with same CATH superfamily 3U4E G; 3U2S C; 4DQO C; 4YWG G; #chains in the Genus database with same CATH topology 2M19 A; 4TUU A; 4XGA B; 5BYR A; 2BB6 A; 2J42 A; 2EMT A; 4WH4 A; 3I9V 1; 1OTR B; 3RFZ B; 4DXG A; 2G1E A; 1A70 A; 2D5G A; 2QHO A; 1J8C A; 3AE3 B; 3ZKJ C; 2IPK D; 2G9H D; 3VRB B; 2K9X A; 4HCP B; 1JAL A; 3AU4 A; 5TR5 A; 2JPH A; 2G3Q B; 2ZCB A; 4FXC A; 2ZCC A; 2O2V B; 1WJ4 A; 4YWG G; 3L16 A; 3NS1 A; 2M8S A; 2K3U A; 1P1A A; 3W1S A; 2GBK A; 2J53 A; 4GIV A; 1V97 A; 2LXA A; 2DHZ A; 2DZM A; 1WRD B; 4K3B A; 2KMC A; 3BZD B; 3KWL A; 1FD6 A; 1I42 A; 5KHO A; 3J9C A; 2LGD A; 2FUH B; 1Q1O A; 3NG0 A; 3PVL A; 1KTK A; 2LWP A; 2QJL A; 1C79 A; 2JZ3 B; 3NVW A; 4KKJ A; 3Q8C A; 4F8C B; 2CJO A; 5CHV C; 3IVF A; 3JVZ X; 3AED B; 3AE8 B; 3TUO A; 4GB9 A; 3KW5 B; 3W1S C; 2ZNV B; 2MP2 B; 2ASQ A; 4NQL B; 3UIN B; 1Y56 A; 3IBE A; 1QOF A; 1HQR D; 4BZA A; 2RSU A; 4W9G A; 1CJE A; 5TSS A; 3Q8B A; 2WXF A; 2FBW B; 2LUE A; 4C4V A; 2NMQ A; 1PGA A; 3I63 C; 1E8X A; 4XDD A; 2XNA C; 3QX1 A; 1J7A A; 3ZDT A; 3VTV A; 3GZN B; 4C80 A; 4FBJ B; 3WAM A; 4GDK A; 4RM9 A; 4NPN A; 2V1Y A; 1FNW A; 1KM7 A; 2EMS A; 2WXR A; 3M95 A; 2V4I B; 4KSK C; 5EE3 A; 4ITK A; 3BYT B; 4EE2 A; 2CJN A; 3UI3 A; 1TKG A; 1SEB D; 3V6C B; 3RNF C; 2IGD A; 3WIM A; 2LRU A; 4OVU A; 3U30 A; 2MX2 A; 1QZE A; 1V1P B; 1WRI A; 3VHT C; 4KSL C; 2J4X A; 2RDG A; 1NEN B; 4GN1 A; 2FAZ A; 3WCQ A; 3PZ7 A; 4G50 A; 2IO1 B; 2WXO A; 4MEL A; 1UBI A; 4URK A; 1UGJ A; 2INN E; 1L6U A; 1FXT B; 3VH4 B; 3T8M A; 4HDQ A; 1UF0 A; 3N1X C; 1YQ4 B; 4W9C A; 2INP E; 2QIL A; 3AE4 B; 2VZK B; 1Q5W B; 5LXH A; 3WA0 A; 2JZZ A; 2DX5 B; 4EZJ A; 2IYD B; 1PGX A; 1FNU A; 4GU2 A; 1PFD A; 4XWT A; 2CR5 A; 4BKS D; 1HA5 A; 2PE6 B; 1MPE A; 4S0R A; 5D94 A; 4IM3 A; 2MH7 A; 4ZYN A; 1UH6 A; 4MH8 A; 3DVG Y; 3LDZ E; 1JRU A; 4IUM B; 5D2M B; 4GSW A; 3OLM D; 1ZE3 D; 5CHW A; 2CS4 A; 4WUR A; 1WJ6 A; 3U4E G; 3O13 A; 2MBO A; 1GB1 A; 2EKE C; 3GE8 C; 4A20 A; 2N9X A; 4M01 A; 1KOT A; 1CZP A; 4JQW C; 2DZK A; 3P63 A; 2JQR B; 1WFY A; 3N9Y C; 4ZDV A; 2IO0 B; 4OVV A; 2N7E A; 4CO7 A; 1E8Y A; 1I4G A; 5IOI A; 4BVU C; 5EE0 A; 3IFW B; 2UYZ B; 2LFI A; 1GNU A; 2W3S A; 3P4Q B; 2KFJ A; 3ZXV A; 4M0W B; 2M1M A; 1RFK A; 1T6B X; 1FMA D; 4WWM A; 1PQS A; 3SHQ A; 3B08 A; 4HCN B; 2PPH A; 3RNG C; 4CHK A; 1V5T A; 4A9A A; 5D3D A; 2LEK A; 3ZIM A; 4P6V F; 2K8H A; 2MWS B; 1DOX A; 4IWP A; 3SD5 A; 5G5G A; 1ZOY B; 2LVP A; 4PS8 A; 4ZRP A; 1RFA A; 4DXF A; 2C9W B; 2ZZP B; 4QAY A; 1ZXH A; 4D2K A; 2RD0 A; 3P42 A; 1WIA A; 3X0W A; 1P7E A; 3JYU A; 3N1Z C; 2H88 B; 5C23 A; 3RPF C; 1L0Y B; 2SAK A; 4IM2 A; 1WX7 A; 2JRI B; 4MGI E; 3ZNG C; 1XXG A; 3BII D; 3NZU A; 3VAW A; 3OWE B; 3VQI A; 3RD2 A; 1RWS A; 5IN7 A; 1ROE A; 2KZR A; 4G11 A; 1QQR A; 4MJS B; 1X1M A; 4H2A A; 1UBQ A; 3KLS X; 1LGR A; 1N5X A; 3C19 A; 2WDT B; 1D5M C; 3CF6 E; 3OJ3 A; 3RNE C; 2QMT A; 4BFR A; 4JGH B; 4A3O A; 4II2 B; 1ZXI A; 2KX0 A; 3VUW A; 1AAR A; 1WXQ A; 1V81 A; 2GRI A; 3PZD A; 5J2R A; 3EFU A; 3PSE B; 1GC7 A; 2XBB C; 1YX6 B; 2IO2 B; 1K53 A; 2L32 A; 2N1V A; 3NZ3 A; 1TTN A; 2RPQ A; 5G5H A; 1Q0W B; 4IC7 B; 4DK5 A; 1YQB A; 1JWB D; 1KLU D; 4RGT A; 4OVZ A; 1MHH E; 2NTT A; 4GOC A; 4GMV A; 3BWU D; 3DVN V; 3IXS A; 2CHZ A; 2FID A; 2JXX A; 4DDI D; 2AX5 A; 4EKU A; 5LXI B; 3U2S C; 1E8Z A; 2DZJ A; 4L2Y A; 3UGB B; 3W5V B; 3H8H A; 5BYS A; 2B76 B; 1OGW A; 4ZRK A; 5G55 A; 5J18 A; 2L83 A; 3B0A A; 4S17 A; 1TKY A; 4LDT D; 1EWC A; 2D3A A; 4C4V B; 1SJH D; 2ACZ B; 1DYQ A; 1TKE A; 2K25 A; 1WGK A; 4UDU C; 2NBV B; 3VRA B; 1TGZ B; 4MSM B; 4GDK B; 1JRO A; 1TS5 A; 4KZC A; 2V3N A; 4FHJ A; 2KWD A; 2AL3 A; 4XX5 A; 1SF0 A; 1C77 A; 1VZ7 A; 4FAD A; 4DDG D; 1ZW7 A; 5HI1 A; 3ZQ4 A; 2QCZ A; 1S1Q B; 1V49 A; 2KAN A; 2KDB A; 3VFK A; 4KZ0 A; 4LNF A; 4XYC A; 2GBM A; 3NVV A; 2LAS A; 4N6E B; 2DYO A; 2PMV A; 2MBQ A; 3BK2 A; 4KGR A; 2O6V A; 4A6Q A; 1UD7 A; 5H8Y E; 2GB1 A; 2CU1 A; 1UEL A; 1TJE A; 5AZH A; 3MHZ A; 1WMH A; 4O1N A; 3ZNI D; 1TZ1 A; 2BS3 B; 3RZW C; 1QOB A; 1TS4 A; 4OHJ A; 1YIW A; 1D4B A; 1GAQ B; 1J7B A; 1LM8 B; 3PS6 A; 4HK2 A; 4MM3 A; 1GOZ A; 2KD0 A; 4LJP B; 2FNJ B; 1XLP A; 2AQ3 B; 1L0V B; 4FLH A; 4E71 A; 2NTS A; 1WGD A; 2N4F A; 2REX A; 3Q3N C; 4JL9 A; 1Z2M A; 2BF8 B; 2KVZ A; 2MSE D; 2DWQ A; 4YT0 B; 3AEG B; 3NHE B; 1MHX A; 1F0Z A; 2IO3 B; 3ZTC A; 1XEE A; 2GBN A; 4YSX B; 2A4Z A; 2BYE A; 2DAJ A; 3UF8 A; 3P4S B; 3DBL I; 5BO4 B; 2QDF A; 1EUV B; 3SDL C; 2L52 A; 4NAW A; 4YTP B; 3B2F A; 2HE7 A; 3CST A; 1I4Q A; 4FJZ A; 4OZB A; 1I4H A; 3PRZ A; 5IO9 A; 1WI0 A; 1SE9 A; 3PZ8 A; 3TCA A; 3V05 A; 2W9N A; 4WQO B; 3QAQ A; 4W9D A; 4IKG A; 2ZJD A; 3EC8 A; 1YQ3 B; 2KDE B; 2MA9 B; 1HEZ E; 1RAX A; 4IWO A; 4ACF A; 1TBE A; 3Q3O C; 4N59 A; 2L05 A; 1L2N A; 3EHV A; 1IBX A; 4HEA 1; 4TKN A; 1WWT A; 3ENE A; 4IWQ A; 1WJN A; 4J6I A; 1FCL A; 4FJY A; 3QQ8 B; 3TMP B; 2DEN B; 2HD5 B; 4GDL A; 2LGI A; 1L7Y A; 1EWY C; 3V6E B; 1C1Y B; 1WE6 A; 4BOS C; 1JWU D; 5IA7 A; 3U7Z A; 2D10 A; 3SU8 X; 1FPY A; 1D5X C; 1VRA B; 1E6E B; 2MBH A; 1V8C A; 1NVI D; 3E9S A; 1YN5 A; 2KWV B; 2KN5 A; 2YEP B; 2LI5 A; 4HPM B; 1E5W A; 2WXL A; 1DGJ A; 3NVY A; 3BVG A; 1CMX B; 4B95 A; 4MGY E; 4MGZ E; 1D6E C; 2K8B A; 3ZJV A; 2AWT A; 1KRH A; 4XWW A; 3R2I A; 3Q3M C; 1E7V A; 2MJ3 A; 1IP9 A; 3PO0 A; 4B0M A; 2L0T A; 3BIN A; 3PT2 B; 2KX3 A; 4EFO A; 1GB4 A; 4JPS A; 4N9F 4; 3QHT A; 2ZPN A; 3P4R B; 1YMH E; 2AQ1 B; 4CYE A; 5CHF A; 1PYW D; 3KYD D; 2J52 A; 2MLB A; 4HLE A; 1WXS A; 4NY0 A; 1LQB A; 3N32 A; 4DHJ B; 4YSY B; 2N1W A; 2RPV A; 1STE A; 3NRZ A; 4MH0 E; 3IT4 B; 3LB8 C; 1ACC A; 1ESF A; 4EZL A; 4HRO A; 1VZ6 A; 1YJ1 A; 2KK8 A; 4LNN A; 1UWX A; 2MBE A; 5EE9 A; 3X23 A; 1ZP0 B; 2K39 A; 2WDV B; 3V61 A; 3UQA A; 3UQB A; 1WR1 A; 3NUH B; 2O6V B; 3AE2 B; 3JW0 X; 3KVF B; 5L83 A; 4IG7 B; 1MG8 A; 1WGG A; 1HXY D; 2RDH A; 3ABV B; 1AW7 A; 3DBL B; 1FIQ A; 1WM3 A; 3DHG C; 2M17 A; 3V3X A; 2WX0 A; 3V60 A; 3A33 B; 1QF6 A; 2KLG A; 3ALB A; 4MEM A; 1WMH B; 3QAR A; 1L5P A; 2BYF A; 5BMG A; 4C00 A; 4F7Z A; 1PUT A; 1VCB A; 2BKR B; 2BB5 A; 3AE9 B; 4YL8 A; 3DBR B; 5BYQ A; 1XLN A; 4MM3 B; 3AMZ A; 3K9O B; 4KIK A; 1TY0 A; 1D5Z C; 2GMI C; 2KC1 A; 2WQY B; 3AE6 B; 3AU5 A; 2OOB B; 2D3G A; 1YJJ A; 3TJP A; 3IAM 1; 3S2A A; 3PLV A; 5AUK A; 1EU4 A; 1FM0 D; 1SGH A; 3MTN B; 2JWZ A; 4RGO S; 2BQQ A; 1E9M A; 1JCK B; 3M63 B; 1IGC A; 4RGM A; 1FXI A; 3VTW A; 3IHP C; 1TZO A; 4ZRI A; 4WWO A; 3C8Y A; 4HVB A; 3B1L X; 1WGR A; 3VTU A; 4XZ4 A; 4JE3 B; 3N30 A; 1P7F A; 2C7N B; 1R4N I; 2KXJ A; 1YD8 U; 3FAH A; 3TEZ A; 3V62 A; 4NAW B; 1VLB A; 3A1Q A; 3ZW3 A; 4PS3 A; 3Q8E A; 1HTO A; 1PDX A; 4HDO A; 2L00 B; 1IPG A; 4I6P A; 1LFD A; 1WGH A; 1WH3 A; 2WX1 A; 2YLM A; 1F2R I; 2VH2 A; 4IW0 A; 5H92 C; 3UIO B; 3TBL D; 3A9K B; 2J7Q B; 3EGR A; 3IAS 1; 1MJD A; 3AB5 A; 1XLQ A; 1KLV A; 2K1F A; 4C56 C; 3A4R A; 1JW9 D; 4G3X B; 1IBX B; 1PGB A; 2BBC A; 4E3C A; 1S3S G; 3ZJT A; 1N63 A; 1JQ4 A; 1NYR A; 1BUI C; 1WYG A; 2VZK D; 1C4C A; 2JU6 X; 3MC0 B; 3N3K B; 3NJT A; 2CU3 A; 4GDL B; 1C9F A; 1N62 A; 2PEA A; 4X57 B; 1I4X A; 3HUI A; 1WE7 A; 3A9J A; 2JT4 B; 3PRM B; 4MDK E; 4K7U A; 1B9R A; 2BYT A; 1J7C A; 3H1U A; 1T0R C; 4AJY B; 1P3Q U; 4KDI C; 4NNJ B; 4M8N A; 4REZ A; 5BMH A; 3AV8 A; 2WXN A; 2R61 A; 1K8R B; 2PLP A; 2BT6 A; 2L8J A; 4EEW A; 4DXA B; 2K0P A; 3FKY A; 1EF1 A; 2KO3 A; 3GB1 A; 1DOI A; 2CHW A; 3DDC B; 3P4P B; 3Q3F A; 2BWF A; 1FRD A; 3H7P A; 1OQQ A; 2I38 A; 4LNK A; 4LTU A; 2BVC A; 1FFU A; 2LVO A; 3R7Q A; 1QKZ A; 1FRR A; 1RM6 C; 1ZKH A; 3RZF A; 3VXW A; 2KC2 A; 3QC8 B; 3AI5 A; 1WSP A; 2DYB A; 4A90 A; 3ONS A; 5HKH A; 4MT5 A; 1NI2 A; 1R4M B; 2KQ4 X; 2WXI A; 1K51 A; 4USA A; 1F52 A; 1KH0 A; 2KLC A; 3RNA C; 4AOF A; 2NPT A; 2W54 A; 3CSF A; 1A5R A; 1WXM A; 2G4D B; 4L1B A; 2N7J A; 3QA8 A; 3B9J A; 1H8C A; 2NR2 A; 1UWM A; 2GBJ A; 1OEY J; 1SE4 A; 1H4R A; 2N7D A; 1BT0 A; 4HPP A; 1KJT A; 1T0Q C; 1XQQ A; 1CQV A; 4P1B C; 2JSV X; 2Y5B B; 4RGN A; 2BS2 B; 1I7H A; 4K81 A; 1XCQ L; 4PYZ A; 3ML9 A; 2L76 A; 2LD9 A; 4KDL B; 4RMA A; 1GG3 A; 5D6J B; 5J17 A; 3TIX A; 2Z8L A; 3ZXR A; 1DOY A; 1SIF A; 1K52 A; 5KHQ A; 3BK1 A; 3ZDM C; 4JLC A; 1WX9 A; 1WZ3 A; 5C3J B; 4OZC A; 2NCN A; 3T3O A; 1UNS A; 1VJK A; 3SFD B; 2M56 B; 4JWS C; 4PT5 A; 2G45 B; 4A8X C; 2WHI A; 2B3A A; 3PRP B; 3I57 A; 1R4N B; 1YN4 A; 2VRR B; 2C7M B; 2EEL A; 2KOX A; 2V3P A; 3WAL A; 3W5U B; 3FIL A; 4FUL A; 1Z5S B; 1WR6 E; 1F9J A; 2KHW B; 4L23 A; 3PV1 A; 2LHD A; 2D2Q A; 3HVZ A; 3ZJU A; 4F1S A; 2DLB A; 2KJH B; 2FIF A; 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2KN4 A; 4M00 A; 2NBU A; 1V86 A; 2V0G A; 5IAA C; 4BOZ B; 3QIJ A; 2MHJ A; 2OJR A; 3DVN U; 4BAX A; 3ZGZ A; 3MC8 A; 4I6L B; 3H7P B; 2YEP F; 1I4P A; 4W9K A; 4C7Y A; 2WXQ A; 1XD3 B; 3P1M A; 3L17 A; 3E56 A; 4ANU A; 1R7S A; 4K3C A; 1C3T A; 2WDQ B; 2MRP A; 1WXA A; 5IP4 D; 1SE3 A; 1QIL A; 1FNV A; 2ZW0 A; 4M0W A; 4WAF A; 1UUP A; 4NQK E; 2DAF A; 3DHI C; 3APD A; 3EUB 2; 2KYW A; 4TQ1 A; 1XLO A; 2MCN B; 3QWZ B; 2DZI A; 3HHM A; 2KTR A; 2E3T A; 5MPO A; 2C7H A; 3JSV A; 2KVR A; 5HHD G; 4GXB A; 2NPT B; 2KQS A; 2HTM E; 1T5X D; 3RNC C; 1XT9 B; 3N1Y C; 2LJI A; 3DOW A; 4GGQ A; 2WS3 B; 3HIZ A; 3RYT A; 2KFK A; 3MP9 A; 3HK0 A; 2IZV B; 3O65 B; 4IDI A; 3ZYY X; 3I3T B; 4XDC A; 3R3M A; 2K8C A; 5C2T B; 2H89 B; 2WDR B; 2UU7 A; 4J3O D; 5GXG B; 4RFB A; 4FA6 A; 1T0S C; 1UGM A; 2IND C; 4MJS A; 4WJN A; 1C76 A; 4YTN B; 2N9P C; 2GI9 A; 3NOB A; 2KKC A; 3R2T A; 2E6X A; 3AN1 A; 1E10 A; 1T3Q A; 5FKA C; 1U4A A; 2KDF B; 1OQR A; 2PTL A; 1MVK A; 4HJG E; 3NS8 A; 2G4S A; 2UWQ A; 4TMA B; 3C0R B; 4FN2 A; 2IGH A; 1LO5 D; 1E7U A; 3AUL A; 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