The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.
Total Genus |
9
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sequence length |
98
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structure length |
98
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Chain Sequence |
MQRVHTITAVTEDGESLRFECRSDEDVITAALRQNIFLMSSCREGGCATCKALCSEGDYDLKGCSVQALPPEEEEEGLVLLCRTYPKTDLEIELPYTH
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.
After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.
| publication title |
NMR structure of the [2Fe-2S] ferredoxin domain from soluble methane monooxygenase reductase and interaction with its hydroxylase.
pubmed doi rcsb |
| molecule keywords |
METHANE MONOOXYGENASE COMPONENT C
|
| molecule tags |
Oxidoreductase
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| source organism |
Methylococcus capsulatus str. bath
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| total genus |
9
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| structure length |
98
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| sequence length |
98
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| ec nomenclature |
ec
1.14.13.25: Methane monooxygenase (soluble). |
| pdb deposition date | 2001-08-03 |
| chain | Pfam Accession Code | Pfam Family Identifier | Pfam Description |
|---|---|---|---|
| A | PF00111 | Fer2 | 2Fe-2S iron-sulfur cluster binding domain |
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
| Class | Architecture | Topology | Homology | Domain |
|---|---|---|---|---|---|
| Alpha Beta | Roll | Ubiquitin-like (UB roll) | Ubiquitin-like (UB roll) |
#chains in the Genus database with same CATH superfamily 3AM9 A; 1FIQ A; 2PIA A; 3AEA B; 1QOG A; 4YTP B; 1QOF A; 5GXG B; 1A70 A; 2JQR B; 3DWM A; 3W9C B; 1QLB B; 3HUI A; 4C7Z A; 1DOX A; 2BS2 B; 4ZHO A; 1R7S A; 3KWL A; 1N5W A; 3VRB B; 2JX5 A; 3W5U B; 1NVI D; 1UWM A; 2DBY A; 3RPF C; 1ROE A; 2MH7 A; 3HRD D; 3AE6 B; 2BS4 B; 4US8 A; 1B9R A; 1L0V B; 2WLB A; 1V8C A; 3B9J A; 4HRS A; 3FC4 A; 1WGK A; 4A9A A; 2PKO A; 1OFF A; 1KF6 B; 1ZUD 2; 3ETR A; 4LTU A; 1J7C A; 4WWM A; 5AUK A; 2CJN A; 1WYG A; 1YQ4 B; 1KRH A; 3LB8 C; 1FM0 D; 1TKY A; 2ACZ B; 4P6V F; 3FAH A; 1J7B A; 2FBW B; 2L52 A; 1KFY B; 1OQQ A; 2Y5C A; 1EWY C; 1FFU A; 1PDX A; 1YJI A; 1VJK A; 5G5H A; 4C80 A; 4YSZ B; 3AB5 A; 2Q5W D; 3AE1 B; 2CJO A; 3NVZ A; 3P4P B; 4ITK A; 1V97 A; 3NVY A; 1L6U A; 2WU2 B; 3NVW A; 1TKG A; 3AEE B; 1J7A A; 1T3Q A; 4JX1 C; 1E0Z A; 1DGJ A; 1XLN A; 1N62 A; 2WDQ B; 3WCQ A; 1TYG B; 1OQR A; 1JRO A; 1JW9 D; 1PUT A; 1E9M A; 2WP9 B; 1FMA D; 3AEB B; 3B2G A; 3CWI A; 3AED B; 4KX6 B; 1N61 A; 5EE1 A; 3AE5 B; 3AEC B; 3AH7 A; 1NEN B; 1VLB A; 4FXC A; 2L83 A; 3ABV B; 5H8Y E; 2PVG C; 1CZP A; 3CIR B; 3NS1 A; 1ZP0 B; 5H92 C; 1RM6 C; 3AE9 B; 1AWD A; 1WXQ A; 3SFD B; 1SF0 A; 1FRD A; 3P4R B; 1JWB D; 1AYF A; 1GPX A; 5EE3 A; 3VR8 B; 4USA A; 2KMM A; 4ZHP A; 2N0S B; 3NVV A; 3ZYY X; 2G1E A; 2K9X A; 1N5X A; 3P4S B; 3AE8 B; 1I7H A; 4N59 A; 4YSY B; 2HTM E; 2WDV B; 3BII D; 1QF6 A; 1NYQ A; 2DWQ A; 1NI3 A; 4YTM B; 1QOA A; 3AEF B; 2M56 B; 3SR6 A; 1JRP A; 3AMZ A; 1QT9 A; 5C2T B; 1DOY A; 1N60 A; 2WQY B; 4JWU C; 1IUE A; 1FRR A; 1XLP A; 2K5P A; 1JQ4 A; 2WU5 B; 2PVO D; 5G5G A; 1QOB A; 1FO4 A; 3LXF A; 1FXI A; 1VDV A; 1WRI A; 2E3T A; 2CU3 A; 2M19 A; 1TJE A; 3AE7 B; 1SB3 C; 1CJE A; 3AE3 B; 2W3S A; 2BT6 A; 1GAQ B; 2QJL A; 3HVZ A; 3P4Q B; 4YXD B; 1E7P B; 3B2F A; 4ZOH C; 2W3R A; 4JWS C; 1XO3 A; 4WQM A; 2WDR B; 5C3J B; 5MPO A; 1RWS A; 2OHF A; 1E10 A; 2H88 B; 4C7Y A; 1L5P A; 4YSX B; 2EKI A; 3NRZ A; 1XLO A; 3VRA B; 3W5V B; 3AV8 A; 1RFK A; 4N58 A; 2AX5 A; 5EE9 A; 1TKE A; 2MJ3 A; 1DOI A; 2H89 B; 1YJJ A; 3AN1 A; 4N6E B; 4YTN B; 5EE0 A; 4YT0 B; 1FFV A; 4HRO A; 1XLQ A; 1E6E B; 1F0Z A; 2B76 B; 1N63 A; 5AUI A; 1WWT A; 1RYJ A; 1L6V A; 2MJD A; 1FXA A; 2QIE B; 2MJE A; 1NEK B; 3P1M A; 3PO0 A; 3L4P A; 1JWA D; 2LEK A; 1ZOY B; 1YQ3 B; 3AEG B; 4US9 A; 2KAJ A; 3AE4 B; 3P63 A; 3SFE B; 1JAL A; 3DWG C; 1SIJ A; 3VR9 B; 1ZXI A; 3AE2 B; 2W54 A; 1PFD A; 4IDI A; 3EUB 2; 2K22 A; 2BS3 B; 2WS3 B; 2W55 A; 1NYR A; #chains in the Genus database with same CATH topology 3Q3N C; 4DXF A; 2Z59 B; 4TQ0 A; 2XEW A; 3QAQ A; 4ZYS A; 3I63 C; 2LVP A; 2M0A A; 2CKH B; 4ANX A; 4F7Z A; 1E8Z A; 4NAW A; 1OFF A; 5IOI A; 5AUK A; 1V5O A; 1UD7 A; 1WJU A; 3UIP B; 2W82 A; 3VAW A; 1QZE A; 4RFB A; 1V97 A; 3L16 A; 1L6U A; 3EEC A; 1EM7 A; 3I3T B; 4NZL B; 1N62 A; 2KKC A; 1P3Q U; 2V0G A; 4AP4 C; 2MQJ A; 2ONQ A; 5EE1 A; 3Q8F A; 2JPH A; 4ARC A; 1V2Y A; 3B0A A; 2KQS A; 5DPT A; 4EFO A; 4DDG D; 2DYO A; 1TIF A; 2ON8 A; 5EE3 A; 1JWS D; 4KGR A; 1HXY D; 3C0R B; 4C00 A; 4I6N B; 4KGS A; 1YIW A; 4AS1 A; 3ZJU A; 4BZA A; 1XQQ A; 2QHO A; 1CQV A; 3OLM D; 1HA5 A; 4HK2 A; 4RGO S; 4WWO A; 1X1M A; 2QIL A; 3S2A A; 3L13 A; 2MBE A; 2BT6 A; 4OHJ A; 2IGG A; 2DNF A; 2QCZ A; 1YN5 A; 2EKI A; 1H4R A; 3QA8 A; 2ZCC A; 1TGZ B; 1YJJ A; 3KQ4 A; 3W1S C; 3U4E G; 2WWZ A; 5LNK 1; 4JPS A; 3TIX A; 4MT5 A; 1C78 A; 2LJ5 A; 3ZGZ A; 1QQR A; 1L4D B; 5C1Z A; 4OW0 A; 1I4H A; 5JH5 C; 3VR9 B; 2O6V B; 2ZNV B; 2ZZP B; 2WX0 A; 1FIQ A; 2PIA A; 3DBR B; 1C3T A; 3LJ3 A; 2KAC A; 3HUI A; 2PE9 A; 3JSV B; 2IYD B; 2NPT A; 3JYU A; 5D3I B; 4R3D A; 1YNT E; 1ZUD 2; 2JU6 X; 4NJ6 A; 3TEY A; 4GDK A; 3RN9 C; 2ZEQ A; 1E5W A; 3KWV A; 2FBW B; 2DZJ A; 2Y5C A; 4YSZ B; 1VJK A; 3H6N A; 4NAW B; 2IND C; 4X57 B; 1JCK B; 1J0G A; 5CTR C; 2BYT A; 3ZNH B; 4ACF A; 1E9M A; 3V61 A; 4BKS A; 2IPK D; 2JRI B; 2LGD A; 2PVG C; 4EOY A; 1RM6 C; 3UIO B; 2LRW A; 2KMM A; 2ASQ A; 1I7H A; 2HTH A; 4XGA B; 4AQ7 A; 1KH0 A; 2MRP A; 1YJ1 A; 4YTM B; 5DPR A; 2QDF A; 3C19 A; 1SGH A; 3L10 B; 3AU5 A; 1FXI A; 3Q3J A; 3P4Q B; 3R7R A; 1ZPS A; 2IO3 B; 2W3R A; 3L08 A; 4DDI D; 4WAF A; 2NR2 A; 2E6X A; 2CU1 A; 1RWS A; 1RFK A; 2DLB A; 2M8S A; 2N9X A; 5D3D A; 2LXC A; 4HRO A; 4AWJ A; 2N9L A; 4MSQ B; 2REX A; 5HHD G; 2KDE B; 2KFJ A; 2K8H A; 4I6P A; 1TZO A; 4WIP A; 3AE4 B; 5C23 A; 1XCT L; 1JAL A; 4FAD A; 1QLB B; 1TTN A; 2BF8 B; 3W1Y A; 3QHT A; 2MH7 A; 1MI0 A; 1V5T A; 1L0V B; 1OQY A; 4W9L A; 2KN5 A; 2LGY A; 3T8M A; 2LZ6 A; 4K81 A; 3VUX A; 5J17 A; 3N1Y C; 2NTT A; 1TKY A; 3WA0 A; 2KVZ A; 3NUH B; 1J7B A; 2HJ1 A; 2NPT B; 1EUV B; 5BMI A; 4ITK A; 4MH8 A; 4WJN A; 3A33 B; 1LM8 B; 1WH3 A; 3KUZ A; 2GI9 A; 3O65 B; 4M8N A; 3VFK A; 5BO4 B; 1PYW D; 3VHT C; 3NZS A; 4K1R B; 4KX6 B; 1E0Z A; 1GB1 A; 1NEN B; 2L83 A; 4GN1 A; 1XD3 B; 3NS1 A; 5FK9 C; 1RFA A; 2Y5P A; 1U4A A; 2PMV A; 1GPX A; 1TS5 A; 3N32 A; 2WXQ A; 4XYC A; 5G2N A; 2K6Q A; 3TBL D; 3OAW A; 2LXA A; 1UZX B; 3HM6 X; 5I4D A; 3U7Z A; 2NTS A; 4LNI A; 1TY0 A; 2QSD A; 5KHQ A; 1DOY A; 4K3C A; 1L0X B; 4BKG A; 4DXG A; 2K5P A; 2WXM A; 1L7Y A; 3WIM A; 2MBO A; 2KT7 A; 4KKI A; 4EKU A; 2GBJ A; 3R3M A; 4IM2 A; 4C7Y A; 2ZW1 A; 4S0R A; 3W5V B; 1BML C; 3N3K B; 2X38 A; 2IDY A; 3U7D A; 2ZPN A; 3Q2A C; 4EE2 A; 1T6B X; 1FXA A; 1C1Y B; 4N9F 4; 3VXW A; 4P16 A; 2Z0D B; 1NEK B; 3EGR A; 4M8M A; 2GBR A; 3HVD A; 4JL9 A; 1HEZ E; 1ZKH A; 2BS3 B; 2XK5 A; 3I5J C; 3PT2 B; 4OVZ A; 2K6D B; 3T9L A; 4JQW C; 2BS4 B; 2PJH A; 3B9J A; 4HRS A; 1WGK A; 2JWZ A; 2BTE A; 2XNA C; 1AN8 A; 1KRH A; 4LDT D; 3LB8 C; 1BT0 A; 3DBL B; 2KDF B; 4RGN A; 1OQQ A; 1FFU A; 3JVZ X; 3NVZ A; 5D2M B; 3VTV A; 3NVW A; 4S17 A; 1VZ6 A; 3ZDM C; 1FNW A; 1C76 A; 1EU3 A; 4IWO A; 1L0Y B; 3AH7 A; 3U52 E; 3VR8 B; 5D7G A; 1CK1 A; 2RMM A; 4XWW A; 1WXQ A; 1FRD A; 5DPW A; 4MGK E; 3JW0 X; 1SJH D; 1SJE D; 4EZJ A; 1L4Z B; 2SAK A; 2GOW A; 3PVL A; 2NBW B; 1C77 A; 3HM3 A; 1TS2 A; 3A1Q A; 1WX8 A; 1MG8 A; 2BWE S; 4BFR A; 3PTF C; 1CJE A; 2KFK A; 2JXX A; 3FIL B; 2KJR A; 1YN3 A; 3EA6 A; 1WX7 A; 2OHF A; 2V9H A; 2D3C A; 3ZNZ B; 1D3Z A; 1Y8R C; 3DHH C; 2EKE C; 1WGY A; 3MTN B; 4KDL B; 2H89 B; 1VZ8 A; 4HCN B; 3Q8E A; 3P1M A; 1NBF C; 3RZF A; 2K25 A; 4MSM B; 3AEG B; 3SFE B; 4HKQ A; 2WXK A; 2W54 A; 2D5G A; 1PFD A; 4GDL B; 2W55 A; 1NYR A; 4YTP B; 3X0W A; 3ZJT A; 1AW7 A; 1NVI D; 2DBY A; 2GB1 A; 4YWG G; 3PRZ A; 2LRU A; 2KK8 A; 3J9C A; 2XK5 B; 4A9A A; 3H1U A; 2AL3 A; 1D5M C; 3SD5 A; 2WGS A; 4W9H A; 5D6J B; 2GLS A; 1D5Z C; 2R2O A; 3FAH A; 3ZNI D; 3U2S C; 2Z8L A; 4HEA 1; 2V1Y A; 4II2 B; 3Q3F A; 3VQI A; 3KYD D; 1R4N B; 4M0W B; 2SEB D; 1E8X A; 2KWU B; 3SEB A; 4PK1 A; 4MEM A; 2JXT A; 3AE5 B; 2KWC A; 2FCM A; 4IG7 B; 1SF0 A; 3P4R B; 2IZV B; 1AYF A; 2JRH A; 2AEH A; 2K9X A; 3MHS D; 5E6J A; 1FEH A; 1QOA A; 2BB5 A; 1MJD A; 1WGH A; 2O6V D; 1K50 A; 4GOC A; 4ZRQ A; 1D4B A; 2K8C A; 1VDV A; 4AUQ C; 1TJE A; 4KGT A; 2Z0E B; 1WX9 A; 1GAQ B; 3GZN B; 1UGM A; 5C3J B; 5AZH A; 1XLO A; 3O13 A; 4DHJ B; 3AV8 A; 4E71 A; 4BBN C; 2BYF A; 2KFK B; 4YTN B; 5CHF A; 1WWT A; 1DYQ A; 2WXI A; 5BYR A; 1P1A A; 2FUG 1; 2L1A A; 2WXJ A; 1F2R I; 1MHX A; 4GLS C; 2BW2 A; 1ZGU B; 4J3O D; 1SBB B; 2AL6 A; 2M19 A; 1F2R C; 3Q6B A; 1QOG A; 1QOF A; 4JIO U; 2JQR B; 1IBX B; 4C7Z A; 4XDC A; 3H7S A; 3ZXV A; 3ZVV A; 4K7W A; 3IHP C; 3KW5 B; 3AE6 B; 4US8 A; 4JLC A; 2RSU A; 1E90 A; 4MDK E; 2WLB A; 2D3A A; 2WYQ A; 2PKO A; 3ETR A; 2CJN A; 2C7M B; 2RDB C; 2V3S A; 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1DGJ A; 3ZUN A; 2JYT A; 2K0P A; 1KLV A; 5H8Y E; 1WXA A; 2NBU A; 3RNE C; 3HK0 A; 1UH6 A; 3OWE B; 1NI2 A; 2N0S B; 1N5X A; 3PV1 A; 1Q5W B; 4W9K A; 1F52 A; 2MSE D; 3QX1 A; 2KYW A; 1FRR A; 2INC C; 3Q3M C; 2PVO D; 1QOB A; 3AE7 B; 2JYE A; 1B1Z A; 1E8Y A; 4MAC A; 2D10 A; 2K3U A; 1XCQ L; 2ZVN A; 1GOZ A; 2M17 A; 2IO2 B; 4L1B A; 4TMA B; 4NQK E; 1FNU A; 1GG3 A; 2DYB A; 5JHA A; 1L6V A; 4UDU C; 2GMI C; 4LLG M; 4TUU A; 1XT9 B; 4HDQ A; 3Q8A A; 1K51 A; 2YLM A; 4RF0 A; 2KO3 A; 1FD6 A; 1SIJ A; 4E3C A; 4HPP A; 2WXP A; 1V86 A; 4IWP A; 3B1L X; 2CR5 A; 3EUB 2; 2ZVO A; 2GRI A; 4WWN A; 3OJ3 A; 1DOX A; 2IO0 B; 3OG5 A; 2PW9 A; 1WYW B; 1ESF A; 1RAX A; 3IXS A; 1G6J A; 2QMT A; 4FJY A; 5HG2 A; 2YEP F; 1YD8 U; 2FUH B; 3BVM A; 1WYG A; 1Q10 A; 4MJS A; 1FM0 D; 3W2D A; 1F77 A; 2I38 A; 3AB5 A; 2Q5W D; 4HLE A; 1ZDV A; 3MP9 A; 3PRE A; 1ZE3 D; 2WDQ B; 2JVC A; 2I1J A; 1JW9 D; 2Y5B B; 4RH6 A; 1FNV A; 2C9W B; 4IM0 A; 4WAA A; 3CF6 E; 1V1P B; 3L17 A; 3NZU A; 3ZDT A; 3T3N A; 4LNO A; 2L05 A; 2PTL A; 2HTM E; 1WFY A; 2IBI B; 4DHZ E; 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