The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.
Total Genus |
16
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sequence length |
71
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structure length |
71
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Chain Sequence |
KTPEEPKEEVTIKVNLIFADGKIQTAEFKGTFEEATAEAYRYADLLAKVNGEWTADLEDGGNCMNIKFAGK
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.
After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.
| molecule keywords |
Capsid protein C
|
| publication title |
Different crystal packing in Fab-protein L semi-disordered peptide complex.
pubmed doi rcsb |
| source organism |
Finegoldia magna
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| molecule tags |
Immune system
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| total genus |
16
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| structure length |
71
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| sequence length |
71
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| chains with identical sequence |
M
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| ec nomenclature | |
| pdb deposition date | 2004-09-14 |
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
| Class | Architecture | Topology | Homology | Domain |
|---|---|---|---|---|---|
| Alpha Beta | Roll | Ubiquitin-like (UB roll) | Ubiquitin-like (UB roll) |
#chains in the Genus database with same CATH superfamily 1QKZ A; 1PGX A; 1HZ5 A; 3FIL A; 1HEZ E; 1YMH E; 1KH0 A; 1F2R I; 1UWX A; 1K53 A; 1HZ6 A; 1FCL A; 2LUM A; 2QSD A; 5HG2 A; 5HFY A; 1IGC A; 1IBX A; 1MPE A; 4OZC A; 1Q10 A; 3GB1 A; 2JZP A; 4OZA A; 3UI3 A; 2IGD A; 4IOI E; 2I38 A; 1F2R C; 1PGA A; 2OED A; 2GB1 A; 1P7F A; 2IGH A; 2KAC A; 2I2Y A; 4IKG A; 1IGD A; 2KDM A; 1IBX B; 2EEL A; 1MHX A; 2PTL A; 2RMM A; 1XF5 L; 2N7J A; 1FCC C; 2JXT A; 2JU6 X; 2JSV X; 3FIL B; 1MI0 A; 1YNT E; 1ZXH A; 2LHD A; 4KGS A; 4MAC A; 2LGI A; 1K50 A; 5BMH A; 2N9L A; 4HKZ E; 2QMT A; 4KGR A; 4OZB A; 1MHH E; 2IGG A; 1PGB A; 2KQ4 X; 1EM7 A; 5HHD G; 2JWU A; 2ZW0 A; 5JXV A; 3V3X A; 1MVK A; 3MP9 A; 1C9F A; 2J52 A; 2PLP A; 2ON8 A; 2K0P A; 4WH4 A; 4HJG E; 4KGT A; 2PW9 A; 2J53 A; 2NMQ A; 2GI9 A; 1P7E A; 1JML A; 2N9K A; 2ZW1 A; 1GB1 A; 2KWD A; 2RPV A; 5BMG A; 4GLS C; 1D4B A; 5HI1 A; 4D2K A; 1FD6 A; 1XCT L; 1K51 A; 2KN4 A; 1K52 A; 2ONQ A; 2LHE A; 1XCQ L; 5BMI A; 1GB4 A; #chains in the Genus database with same CATH topology 1I35 A; 3QHT A; 3LJ3 A; 3PRM B; 4MSM B; 3H6N A; 3FAH A; 2L83 A; 1A70 A; 4MM3 A; 1HZ6 A; 1ZDX A; 4ZRJ A; 4XYC A; 1D5Z C; 2KOX A; 1RAX A; 5CHW A; 2DZK A; 2YVC A; 3RYT A; 2PEA A; 3IAM 1; 2WYQ A; 2M17 A; 3W1S A; 2KYW A; 3PSE B; 2JYE A; 3ZJU A; 1PQS A; 1FFV A; 1SEB D; 1J7C A; 1ZW7 A; 2D11 A; 2CU3 A; 3QK0 A; 3K9P B; 3TEW A; 2M4N A; 3AE2 B; 1V1P B; 1QIL A; 2AL3 A; 4HEA 1; 3C8Y A; 3L0W B; 4IM2 A; 4GDK B; 4B9K A; 4KDI C; 2G9H D; 3DBR I; 2KMM A; 2QMT A; 4MSQ B; 4OZB A; 3RN9 C; 2OOB B; 4JWS C; 3ZNG C; 2VH1 A; 2MEK A; 1WMH B; 2LJ5 A; 1ET6 A; 3ML9 A; 2IO2 B; 2LMC A; 1T0Y A; 1E8X A; 3MP9 A; 3SFE B; 3H7S A; 3A1Q A; 4KZ0 A; 1FMA D; 3U30 A; 3L16 A; 4ZRQ A; 3EUB 2; 1HQR D; 3PTF C; 4OVZ A; 5DPW A; 2K6Q A; 2J7Q B; 1T3Q A; 2IY1 B; 2WX1 A; 1TYG B; 4TV3 A; 1UGJ A; 1K51 A; 2KTR A; 2QJL A; 4FXC A; 4HPM B; 1I4Q A; 3LYY A; 5BMI A; 5EE1 A; 2JF5 A; 1QKZ A; 4F1S A; 1A5R A; 1OEY J; 1HEZ E; 3O65 B; 3KUZ A; 4NQL B; 1WJ6 A; 4IM3 A; 1WM3 A; 3VR8 B; 2GLS A; 4BOZ B; 4N9F 4; 4RF1 A; 2BS4 B; 1EU4 A; 4HCP B; 2OJW A; 1B1Z A; 1TY2 A; 1EWC A; 1WZ3 A; 1IGD A; 4L23 A; 3ONS A; 3DWG C; 1XEE A; 5CHF A; 1UUP A; 4LLG M; 1TS3 A; 1V81 A; 2E6X A; 1KLU D; 2BKR B; 5JH5 C; 1NVI D; 4MH0 E; 1YQ3 B; 3A9K B; 1G6J A; 5BYS A; 1JRO A; 1UF0 A; 2ASQ A; 4JIO U; 5E6J A; 2K25 A; 4MAC A; 2K1F A; 4AJY B; 2QCZ A; 3HM3 A; 3NHE B; 4GDL A; 1R4M B; 2Y3A A; 4RCO A; 1N6Z A; 1P98 A; 4NZL B; 1ZP0 B; 5D2M B; 3DWM A; 3QX1 A; 1I4X A; 3AED B; 1I4P A; 4N59 A; 3RPF C; 1D6E C; 4TUU A; 1WRD B; 2BYE A; 1BXT A; 3ZDM C; 2KNB A; 4A3P A; 4GIV A; 2ZPY A; 2WNM A; 2BS3 B; 5EE9 A; 4H2A A; 2J52 A; 3HVD A; 4EE2 A; 3VHT C; 3I5J C; 2K8H A; 4HVB A; 2C5L C; 4WH4 A; 3O13 A; 2BB5 A; 4A8X C; 1Z5S B; 3EGR A; 3NVV A; 4DQO C; 3H1U A; 1I4G A; 2LGS A; 2DYM A; 3ZRF A; 2RPV A; 2HJ8 A; 4M0W B; 1C4A A; 4XGA B; 5CTR C; 4TQ1 A; 2DBY A; 1FM0 D; 3FIL A; 5JZE B; 3P4R B; 3AEC B; 3ENE A; 3CST A; 4W9C A; 2BB6 A; 1CMX B; 3RUL A; 1L5P A; 1NEK B; 2AEH A; 1T0Q C; 1SJE D; 2MP2 B; 2WHI A; 2V1Y A; 5C1Z A; 3U7D A; 1JRP A; 1FXA A; 2DLB A; 3R8B A; 4KX6 B; 4AOF A; 2X38 A; 2C7H A; 4EKU A; 3ALB A; 3D32 A; 1WGG A; 3WIM A; 5J18 A; 4IWQ A; 4MT5 A; 1RFK A; 2JXT A; 2LI5 A; 3NZS A; 3PLV A; 1WXA A; 3APC A; 3RZW C; 4LTU A; 2DYO A; 1I42 A; 3U8Z A; 2KC2 A; 4YSX B; 1U4A A; 4YT0 B; 4FJV B; 4K7W A; 2FUH B; 2IGG A; 1TGZ B; 2DYB A; 4YTP B; 5D7G A; 2NBU A; 3V3X A; 2IJ0 A; 1WE7 A; 3MFG A; 4OVU A; 2CHZ A; 3QC8 B; 5D94 A; 1VZ8 A; 3RD2 A; 3NG0 A; 4ICV A; 5CHV C; 3W1S C; 1TT5 B; 1WR6 E; 3ZTD A; 1T5X D; 2LUE A; 4JE3 B; 4RMA A; 3IBE A; 3H7P B; 3QQ8 B; 4M02 A; 3L17 A; 3SFD B; 2KVZ A; 4GLS C; 3UGB B; 4G0N B; 2IPK D; 3W5V B; 2KFJ A; 1E10 A; 2W3R A; 1T0R C; 4F7Z A; 3KUD B; 2NCN A; 1ESF A; 1E8W A; 2B3A A; 2QIE B; 4C7Y A; 3KW5 B; 1XLN A; 4WJP A; 2M0A A; 3V61 A; 4IUM B; 1TKY A; 3HRD D; 5AUK A; 1YD8 U; 4RFB A; 4REZ A; 2HTM E; 3QA8 A; 3Q6B A; 1L2N A; 2VH2 A; 1XO3 A; 2RD0 A; 2IO1 B; 2FE8 A; 1KRH A; 2K9X A; 3PZD A; 2KHW B; 2PVG C; 3KWL A; 3AEA B; 2WX0 A; 1J7A A; 2KAJ A; 1ZUD 2; 2KDB A; 3AEB B; 1EO6 A; 1Q0W B; 2INP E; 3PGE A; 2ZNV B; 2LGY A; 2QHO A; 2WLB A; 2MJ3 A; 4DDG D; 3AMZ A; 1YJ1 A; 2QEJ C; 1MI0 A; 3GE3 C; 2KD0 A; 1E7P B; 1J8C A; 5BMH A; 4WJO A; 4M00 A; 3NY5 A; 3ABV B; 1F52 A; 1D3Z A; 2GBR A; 4C00 A; 2MBE A; 3PRP B; 2L7R A; 1V9J A; 2BYT A; 3R3M A; 2PE9 A; 3SU8 X; 4DK5 A; 5C2T B; 1GOZ A; 1AW7 A; 1H8C A; 1E8Y A; 3ZXV A; 1V2Y A; 1WGD A; 1XT9 B; 4DHZ E; 1WM2 A; 3T3O A; 4HJG E; 5DPT A; 1WI0 A; 3Q3N C; 4W9I A; 3Q8B A; 4ANX A; 4J3O D; 2V3S A; 2Y5B B; 2MJD A; 2FCN A; 3HUI A; 3MC0 B; 5BYQ A; 1SE4 A; 2BF8 B; 2GBM A; 4D2K A; 1FNW A; 3U7Z A; 2MHJ A; 1OQR A; 4ARI A; 3SHQ A; 2MSE D; 1F1H A; 2KDI A; 3VFK A; 4PK1 A; 2CU1 A; 3JYU A; 4GDK A; 1TKE A; 3AXC A; 4JQW C; 1KFY B; 1FCL A; 2XK5 B; 2Z8L A; 2JY6 A; 2XN9 C; 3OWE B; 4HKQ A; 3ZNI D; 3UI3 A; 2IGD A; 5EE0 A; 2WXL A; 5AUI A; 1E7U A; 2PIA A; 3N30 A; 1WJ4 A; 5E6O A; 2A4Z A; 3OJ3 A; 2KAN A; 3TL5 A; 3M63 B; 1IBX B; 1MHX A; 1LQB A; 1WXQ A; 3W5U B; 4W9F A; 4DHZ B; 3DOW A; 1YIW A; 2PKO A; 2VRR B; 2C7M B; 1SXT A; 4C7Z A; 1S1Q B; 1YQB A; 2JSV X; 3P42 A; 1ZPS A; 3DBH I; 1ZXH A; 1D5M C; 2CJO A; 1T0S C; 3GP7 A; 2E3T A; 1EF5 A; 3NS1 A; 4GN1 A; 5LLI A; 4XX5 A; 4IW0 A; 4A90 A; 3ZVV A; 3MHS D; 3DVN U; 2RGF A; 2KQS A; 3U4E G; 2D5G A; 3QAR A; 1C76 A; 4G50 A; 1VJK A; 1ET9 A; 1QZE A; 4A3O A; 3PZ8 A; 2QIL A; 1UZX B; 1WE6 A; 4IWO A; 3KLS X; 1LO5 D; 2PLP A; 1V80 A; 4NJ6 A; 4S17 A; 3AU5 A; 1E8Z A; 3VRB B; 3X0W A; 2FAZ A; 5DPS A; 3AUL A; 2N1V A; 3DHH C; 2GI9 A; 3L13 A; 4IG7 B; 1WR1 A; 2MBO A; 5HI1 A; 2N1W A; 3DVG Y; 1XCT L; 4KSK C; 1F9J A; 2NPT A; 1VDV A; 2BKF A; 2K5P A; 1SIF A; 2WWZ A; 3ZRC A; 3IVF A; 4YTM B; 3VH3 B; 1WJN A; 3VAW A; 2G3Q B; 2CHW A; 4CYE A; 2NBW B; 1OQY A; 4R3D A; 2RDG A; 4C4V B; 5BO4 B; 3LXF A; 2IGH A; 3PHW B; 4ANU A; 4WAA A; 3S2A A; 5C23 A; 2K39 A; 3PRZ A; 2KLC A; 3GZN B; 3B1L X; 4J6I A; 2LGD A; 2ICI A; 5E6N A; 2AQ3 B; 3NZ3 A; 2MQJ A; 1TZO A; 3MTN B; 5FR6 A; 3RNE C; 2MCN B; 2HJ1 A; 2LWP A; 3AE9 B; 3Q3M C; 3DPD A; 4P16 A; 4M0W A; 1UBI A; 1AAR A; 4A6Q A; 3VH4 B; 5AZG A; 2GRI A; 1SGH A; 2Y5P A; 3Q8E A; 2DAJ A; 1ZXI A; 2W9N A; 1M4V A; 1C77 A; 1FO4 A; 2M19 A; 4ASW C; 3KQ4 A; 1IPG A; 3EHV A; 3AU4 A; 2MP2 A; 3IG3 A; 1DOI A; 2K3U A; 3APF A; 2N9K A; 1TS4 A; 2Q5W D; 4OW0 A; 4A9A A; 4E3C A; 2LVQ A; 3CIR B; 3W9C B; 2OJR A; 3B08 A; 5IOI A; 4P1B C; 4KIK A; 1K52 A; 4M8N A; 1XCQ L; 5AEK B; 2PE6 B; 3EFC A; 1TTN A; 4US8 A; 4GXB A; 2N0S B; 4WWM A; 1UWX A; 3W2D A; 2L0F A; 4BBN F; 2QSD A; 3TUO A; 5LXI B; 4OZC A; 1C3T A; 2JZP A; 4IOI E; 1ENF A; 1FNV A; 4KVG B; 4NQK E; 3NOB A; 3NRZ A; 4DXF A; 4P6V F; 1PYW D; 3URY A; 3L10 B; 5FKA C; 2I2Y A; 2JPH A; 4EUT A; 3DVG X; 2WXQ A; 3Q3F A; 1MJD A; 2REX A; 4FAD A; 1ZOY B; 2YEP B; 4WQM A; 4FBJ B; 3PPA A; 4LNI A; 2BYF A; 4MJS B; 4IM0 A; 1VCB A; 3R7R A; 2EKI A; 2RDH A; 2JZ3 B; 3QCA A; 1ZKH A; 3HVZ A; 4MEL A; 4GOC A; 1HE8 A; 4KGS A; 3TCA A; 3FKY A; 2H88 B; 2PJH A; 1C4C A; 2BW2 A; 1I4H A; 1Z2M A; 4HKZ E; 2BWF A; 1DOX A; 2H89 B; 2XBB C; 5IP4 D; 2DEN B; 1QT9 A; 3WAP A; 2DNF A; 2RR9 A; 1RRB A; 1V5T A; 2ZCB A; 2JWU A; 4ZRI A; 1HXY D; 4S0R A; 5EE3 A; 3SD5 A; 5L83 A; 1FNU A; 3Q3O C; 4XC2 A; 3KYC D; 4B0E A; 3A9J A; 1TBE A; 2MW5 A; 1V6E A; 1CQV A; 3V05 A; 1QLB B; 5HKH A; 2J53 A; 4KZC A; 2VZK D; 2AX5 A; 3RUI B; 2NS5 A; 4LK0 M; 5JHA A; 1NBF C; 1DYQ A; 1TKG A; 3I57 A; 2L00 B; 4RM8 A; 3B0A A; 4M8M A; 2KN4 A; 4ACF A; 2WXM A; 4HDQ A; 2M1M A; 1GB4 A; 3A4R A; 2W55 A; 2NBV B; 4W9L A; 1WZ0 A; 5IA7 A; 2HD5 B; 1WGY A; 1XQQ A; 5HFY A; 5LXH A; 4ICU A; 3JW0 X; 1LGR A; 2PMV A; 4LNF A; 4ZHP A; 3A4S C; 3IT6 B; 2LD9 A; 1YN5 A; 3DQV A; 1PGA A; 2GB1 A; 2LZ6 A; 2CJN A; 4WUR A; 3AEE B; 3T9L A; 4I6L B; 3U52 E; 1L0V B; 5DPR A; 4K1R B; 2N7D A; 2CKH B; 2DWQ A; 1V5O A; 2JVC A; 3GS2 A; 3HHM A; 3WAM A; 4W9H A; 2V4I B; 4TSS A; 2JU6 X; 3AE4 B; 3OG5 A; 1XLQ A; 4EOY A; 3PZ7 A; 4MH8 A; 1QF6 A; 1VZ6 A; 2BYV E; 2AYO B; 1JQ4 A; 1MHH E; 1FFU A; 1FRR A; 1FRD A; 2D2Q A; 1XXG A; 4HPP A; 5G55 A; 2G1E A; 1JWA D; 1C78 A; 3EC8 A; 2J0J A; 4CHK A; 1C9F A; 2KTF A; 4DHJ D; 4RGT A; 3IHP C; 4FA6 A; 3VTV A; 1R4M I; 1TJE A; 2DZM A; 1QOF A; 1KM7 A; 2J4X A; 5T8I A; 3Q8C A; 4LDT B; 2FCS A; 3UQB A; 1OEY A; 3TJP A; 5BYR A; 2INC C; 3VUY A; 1RYJ A; 2BPS A; 3JSV A; 1FD6 A; 2WXO A; 2WP9 B; 4TMA B; 3ETR A; 1GNU A; 1Y8R C; 2ONQ A; 3BVZ A; 3CF6 E; 1PGX A; 4BBN C; 1MG8 A; 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1V1P A; 4K7U A; 4ZYS A; 3CWI A; 5H92 C; 3T8M A; 2W54 A; 2FCM A; 2N7J A; 4BZA A; 2OHF A; 2G4S A; 4RGO S; 1WRI A; 3EEC A; 4RH6 A; 4ZRK A; 1V8C A; 2KMC A; 2DAF A; 4JPS A; 3C19 A; 1V49 A; 4NY0 A; 4EZJ A; 1F77 A; 1WMH A; 3I3T B; 4KGR A; 5KHO A; 2IO3 B; 5IKC M; 1TS2 A; 3MJW A; 1CJE A; 4LNO A; 1PGB A; 3IXS A; 1EM7 A; 4XE0 A; 1WYG A; 3VUX A; 2D3B A; 3APD A; 3ZGZ A; 4M01 A; 4GSW A; 2R2O A; 3P4P B; 4JL9 A; 1YQ4 B; 1YX5 B; 4PS7 A; 1KF6 B; 2D3C A; 1N5X A; 3EFU A; 3AN1 A; 1GAQ B; 1JWS D; 2MRP A; 3UF8 A; 2FCQ A; 3I9V 1; 4KGT A; 4L1B A; 1XLO A; 4HPL B; 2C60 A; 4TQ0 A; 2BGF A; 3IFW B; 4W9D A; 1P7E A; 1QOG A; 4KSL C; 2ZW1 A; 4ZRP A; 1NYQ A; 3AEG B; 3N3K B; 3AM9 A; 4WIP A; 1L0Y B; 2QDF A; 2KJ6 A; 1IYF A; 3I63 C; 3M62 B; 3OLM D; 1J7B A; 5FR3 A; 4GGQ A; 3DVN V; 2N9E B; 1HTO A; 1TZ1 A; 2WQY B; 3L54 A; 5IN7 A; 2M56 B; 2NTT A; 1WGH A; 2MBB B; 4A55 A; 3WAL A; 1IP9 A; 3B2F A; 3MJ5 A; 3HM6 X; 4K7S A; 3A9K A; 2NTS A; 4YL8 A; 2DX5 B; 5D3I B; 2PTL A; 2FIF A; 1E5W A; 2BQQ A; 2DZJ A; 2R61 A; 2JRI B; 2KJR A; 3TIX A; 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