The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.
Total Genus |
16
|
sequence length |
71
|
structure length |
71
|
Chain Sequence |
KTPEEPKEEVTIKVNLIFADGKIQTAEFKGTFEEATAEAYRYADLLAKVNGEWTADLEDGGNCMNIKFAGK
|
The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.
After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.
| publication title |
Different crystal packing in Fab-protein L semi-disordered peptide complex.
pubmed doi rcsb |
| molecule tags |
Immune system
|
| source organism |
Finegoldia magna
|
| molecule keywords |
Capsid protein C
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| total genus |
16
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| structure length |
71
|
| sequence length |
71
|
| chains with identical sequence |
M
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| ec nomenclature | |
| pdb deposition date | 2004-09-14 |
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
| Class | Architecture | Topology | Homology | Domain |
|---|---|---|---|---|---|
| Alpha Beta | Roll | Ubiquitin-like (UB roll) | Ubiquitin-like (UB roll) |
#chains in the Genus database with same CATH superfamily 2JU6 X; 1JML A; 2JXT A; 4OZA A; 2LGI A; 2J52 A; 2JSV X; 3MP9 A; 1P7E A; 1MI0 A; 2IGH A; 2KDM A; 4D2K A; 2N9L A; 4KGS A; 1K51 A; 2PW9 A; 1ZXH A; 2N9K A; 1IGC A; 1FCC C; 2KN4 A; 3V3X A; 1XF5 L; 2LHD A; 1EM7 A; 5HHD G; 4KGT A; 2KWD A; 4WH4 A; 1K53 A; 1IGD A; 2JZP A; 2ONQ A; 1XCT L; 2EEL A; 2GB1 A; 5JXV A; 1K50 A; 1GB1 A; 4IOI E; 1Q10 A; 1XCQ L; 2LHE A; 5HG2 A; 2K0P A; 2JWU A; 4GLS C; 1GB4 A; 1PGA A; 2IGD A; 1PGB A; 1FCL A; 5BMH A; 1HEZ E; 1MVK A; 2IGG A; 2RPV A; 4HJG E; 5HFY A; 1HZ5 A; 1F2R I; 2I38 A; 1QKZ A; 1IBX A; 5BMG A; 3FIL A; 1FD6 A; 1P7F A; 1KH0 A; 3GB1 A; 1PGX A; 3UI3 A; 1YMH E; 2ZW1 A; 2QMT A; 1YNT E; 4KGR A; 2LUM A; 2PTL A; 1MHX A; 1C9F A; 5BMI A; 2KQ4 X; 2I2Y A; 4IKG A; 2PLP A; 2QSD A; 4MAC A; 5HI1 A; 1K52 A; 2KAC A; 4OZB A; 1MPE A; 2RMM A; 2ZW0 A; 1MHH E; 2GI9 A; 1IBX B; 3FIL B; 2N7J A; 2OED A; 4HKZ E; 2ON8 A; 1UWX A; 1D4B A; 2NMQ A; 1F2R C; 4OZC A; 1HZ6 A; 2J53 A; #chains in the Genus database with same CATH topology 4DWF A; 2KDF B; 3PHW B; 1FMA D; 4A9A A; 1JML A; 3P1M A; 1WM3 A; 3Q14 C; 3U52 E; 1LQB A; 2CU1 A; 2FCM A; 1MI0 A; 2L3Z A; 4RGO S; 4JL9 A; 1KFY B; 3VVW B; 3ZGZ A; 1ZGU B; 2G4S A; 3A1Q B; 4M02 A; 1SJH D; 1C76 A; 2RDH A; 3DWG C; 2KTR B; 1NYQ A; 2D3A A; 1TS5 A; 1RFK A; 5KHO A; 4AJW A; 3O65 B; 3APF A; 4ZOH C; 1XO3 A; 2MRP A; 2MBB B; 2L52 A; 1ESF A; 4ANW A; 2L05 A; 1WFY A; 1M94 A; 2IJ0 A; 1YJI A; 2LGY A; 3A9J B; 5G2N A; 2PIA A; 4LNN A; 1LM8 B; 1R4N I; 1WGD A; 2WYQ A; 1WJN A; 1TIF A; 2H88 B; 1B1Z A; 2K6Q A; 4NJC A; 3Q69 A; 4L2Y A; 1I7H A; 2ACZ B; 5IP4 D; 4BKS D; 4ICU A; 3AUL A; 4EEW A; 3RNC C; 2MSE D; 3AXC A; 2CR5 A; 2M17 A; 4BVU C; 2WP9 B; 4EOY A; 2KJR A; 2KK8 A; 5JZE B; 3ONS A; 4JQW C; 2LVO A; 1TKY A; 2MBQ A; 1D5X C; 2DZM A; 5JH5 C; 4C7Z A; 4A55 A; 3GZN B; 3A1Q A; 4W9L A; 3NOB A; 1JAL A; 2D2Q A; 4NQL B; 4OVU A; 5AEK B; 1TS4 A; 2KTR A; 3U2S C; 4TSS A; 1V1P B; 5CHW A; 2G3Q B; 2MJ3 A; 3AEE B; 3WAO A; 3NVV A; 3JSV B; 3RNF C; 1CMX B; 1WX9 A; 2KAN A; 2HJ1 A; 1P7E A; 1KF6 B; 3N32 A; 2WXP A; 4D2K A; 1P1A A; 1WRD B; 2O6V B; 3VQI A; 4J3O D; 1J7A A; 4P1C C; 1Z2M A; 3VR8 B; 2XN9 C; 1TYG B; 1ZXH A; 3UQA A; 2D3C A; 3RT3 B; 3ZJV A; 1FCC C; 1YX5 B; 2UU7 A; 4ZRI A; 2JPH A; 2JQR B; 3EFU A; 2DAJ A; 2WXF A; 3PTF C; 2E3T A; 4DDI D; 3V05 A; 4KGT A; 1AW7 A; 2K22 A; 2JZP A; 3IFW B; 2LJI A; 3NRZ A; 1TS3 A; 2BW2 A; 3X0W A; 1LO5 D; 1R4N B; 1SE4 A; 1FCL A; 2MLB A; 2WXK A; 2IO2 B; 4HRO A; 1J7B A; 4LJP B; 3QA8 A; 4N59 A; 2BTE A; 2C60 A; 2MBH A; 2WS3 B; 1J7C A; 2K1F A; 3S2A A; 3AE7 B; 4MDK E; 1V1P A; 1V5O A; 1I35 A; 2KOX A; 2ZCC A; 4GIV A; 3VRA B; 3ZO5 B; 1TKG A; 1H4R A; 1CZP A; 5BYQ A; 2QMT A; 2EMS A; 5IO9 A; 2JX5 A; 3H8H A; 2PTL A; 4A90 A; 4I6P A; 2G9H D; 3RNG C; 1B9R A; 5EE3 A; 2J0J A; 4NY0 A; 3RUL A; 4KVG B; 1OQQ A; 1YJJ A; 3JW0 X; 2O6V A; 1MPE A; 1L6V A; 4ARC A; 2ZW0 A; 4AJY B; 1VJK A; 4YSX B; 4ZHO A; 3DBR I; 4C7Y A; 2BS3 B; 1JWM D; 3VH4 B; 4DHZ E; 4WWO A; 3Q8F A; 2WDT B; 4YTM B; 3AV8 A; 2IYD B; 4MM3 B; 2VH1 A; 4LJO B; 2LI5 A; 2KDM A; 2ICI A; 2KDE B; 2RDG A; 2A5U A; 2K8H A; 1DOI A; 1I4R A; 4MEL A; 1STE A; 4ZRJ A; 4ANU A; 1MJD A; 1XF5 L; 4REZ A; 3PZ7 A; 2NPT B; 3BWU D; 1Q5W B; 3RPF C; 2I1J A; 4PS8 A; 2LRU A; 1E8W A; 2AQ3 B; 1KOT A; 2KNB A; 4M8N A; 5D7G A; 5BYR A; 1UH6 A; 3WAP A; 4FN2 A; 4A8X C; 1TY0 A; 1TZ1 A; 1T0R C; 2VRR B; 4JWU C; 2L32 A; 4W9D A; 3QCA A; 5BYS A; 2J4X A; 1GB4 A; 4WAA A; 2NS5 A; 5BMH A; 3TBL D; 3B08 A; 4KKJ A; 2EKI A; 3ZKJ C; 3QIJ A; 4EFO A; 2KDB A; 2Z59 B; 1T6B X; 2W3R A; 1GC6 A; 1SB3 C; 1E8X A; 1L2N A; 2CKH B; 2NCN A; 2CHW A; 2OJR A; 1YMH E; 2K9X A; 3U7Z A; 4L1B A; 3NS8 A; 4GGQ A; 4XGA B; 1E8Z A; 1XLN A; 2ZZP B; 4MM3 A; 1RWS A; 2RD0 A; 1Y8R C; 2I2Y A; 3L0W B; 2HJ8 A; 4DQO C; 4A6Q A; 3ZNH B; 2KMM A; 1WZ3 A; 5C23 A; 1ZXI A; 3CF6 E; 3I9V 1; 3IT6 B; 3WA0 A; 2W9N A; 4LNF A; 5FK9 C; 1V5T A; 2NPT A; 3DBR B; 2HD5 B; 2QIE B; 3VTU A; 4TKN A; 4GSW A; 4DXF A; 1GUA B; 1E5W A; 1PUT A; 4KV2 A; 4R3D A; 3RZW C; 2QCZ A; 2KWV B; 4EE2 A; 4B0M A; 2FID A; 2Y5C A; 5LXH A; 1TY2 A; 4RGT A; 2B76 B; 2JT4 B; 1V97 A; 2JRI B; 1J8C A; 2V9H A; 2HTM E; 3AEA B; 3HIZ A; 3KQ4 A; 1G6J A; 2LHD A; 3HVD A; 4G0N B; 1YQ4 B; 3DPD A; 2KLG A; 3Q3J A; 5JXV A; 1FIQ A; 3KYC D; 4GB9 A; 3C0R B; 5G5H A; 4WQM A; 2H89 B; 4LNO A; 2PEA A; 2IBI B; 1GPX A; 1VZ6 A; 4URK A; 4K3B A; 2CU3 A; 4HPM B; 2Y5B B; 4XDC A; 1WXA A; 3BK2 A; 4MT5 A; 2WXI A; 4JGH B; 3RD2 A; 1XT9 B; 2L76 A; 4DK5 A; 3C19 A; 1EU3 A; 5FKA C; 2KQ4 X; 4LCD E; 2DYB A; 1KM7 A; 3BYY B; 3UGB B; 2B3A A; 1WXM A; 1R4M I; 1WR6 E; 1YN5 A; 2GBN A; 3U4E G; 5KHQ A; 1MHH E; 4B0E A; 4XE0 A; 2G45 B; 3NVZ A; 3W5U B; 3H9D A; 1F77 A; 4KZC A; 4C80 A; 3M63 B; 4AWJ A; 5AZG A; 2BYF A; 4LK0 M; 2WXR A; 1WGK A; 3K9O B; 3N20 C; 3DHH C; 2EKE C; 2XBB C; 3Q8E A; 2J52 A; 2MH7 A; 1TKE A; 4ICV A; 5JHA A; 2AYO B; 4K7S A; 2C5L C; 4FAD A; 4GMV A; 1C4C A; 2JUO A; 3AM9 A; 1HTQ A; 1ZDV A; 2ASQ A; 2DYO A; 4RGM A; 4A3P A; 3MHZ A; 1V49 A; 4KDL B; 3V3X A; 4EZL A; 2KC2 A; 3VXW A; 2KN5 A; 3EUB 2; 3U7D A; 4WH4 A; 5IOI A; 4WAF A; 4G3X B; 3ABV B; 4LDT D; 2BWE S; 4OHJ A; 1Q10 A; 4MJS B; 5J2R A; 1ZUD 2; 5HG2 A; 3EGR A; 2L7R A; 2C9W B; 3R8B A; 3VAW A; 3PRE A; 3IAS 1; 2ZVO A; 3TL5 A; 3FC4 A; 5AZH A; 2L0F A; 2KT7 A; 3BZD B; 2RSU A; 4OVZ A; 1MG8 A; 4HPL B; 2M4N A; 1WRI A; 4I6L B; 4P1B C; 4F8C B; 1V86 A; 1XEE A; 4GOC A; 3SU8 X; 2D5G A; 2PE6 B; 3PZD A; 1GJZ A; 4C56 C; 2XK5 B; 5CTR C; 2Y5P A; 1SBB B; 1V2Y A; 4IKG A; 2PLP A; 2FIF A; 2R2Q A; 3SDL C; 1VD2 A; 1RM6 C; 2M1M A; 2KC1 A; 2BT6 A; 1ZW7 A; 2ZEQ A; 1NEK B; 1P3Q U; 1WGG A; 2BGF A; 1R4M B; 3KVF B; 4K7W A; 3AU5 A; 1QOG A; 3TEY A; 1PQS A; 1E10 A; 4BBN C; 2MW5 A; 4RCO A; 2L00 B; 2C7N B; 4M00 A; 1L4D B; 4XDD A; 4HRS A; 2GRI A; 1SE9 A; 3ZXR A; 3AEC B; 4MJS A; 1XLP A; 3P42 A; 5C2T B; 3FAH A; 2JXX A; 1F0Z A; 1RYJ A; 4XYC A; 2IPK D; 2M56 B; 1E9M A; 2MA9 B; 1CJE A; 1TJE A; 4P16 A; 1C78 A; 3ML8 A; 4NQK E; 1WMH B; 1XCT L; 1EF1 A; 1LFD A; 2XK5 A; 3KYD D; 3P4S B; 2C7H A; 3R2T A; 4WJO A; 3ZUN A; 2ZNV B; 1XQQ A; 2NTS A; 3N3K B; 3IG3 A; 1TZO A; 5C3J B; 3PO0 A; 4RNA A; 5D2M B; 1XXG A; 2QEJ C; 5HFY A; 4PYU A; 1S3S G; 3DOW A; 4E3C A; 1VRA B; 2Z0D B; 3Q3F A; 5IA7 A; 4M8M A; 5IAA C; 2DLB A; 3MJW A; 1AAR A; 1JWU D; 3SR6 A; 1FPY A; 1YNT E; 1WI0 A; 4LDT B; 4WQO B; 1DOX A; 3TJP A; 1T3Q A; 2FCN A; 1E8Y A; 3UIP B; 2K39 A; 1MHX A; 2GOW A; 1FXA A; 1LXD A; 1Z5S B; 3PSE B; 5AUI A; 1EF5 A; 2K8B A; 3PV1 A; 2BKF A; 1D6E C; 3P4R B; 2LRW A; 1IBX B; 1RLF A; 3FIL B; 3D32 A; 3ZIM A; 4S17 A; 2UYZ B; 3DVN U; 1D4B A; 3CMM B; 1WGR A; 4L23 A; 1R7S A; 2J53 A; 1VZ8 A; 2LFI A; 2GBK A; 5DPS A; 4BKT A; 1K8R B; 2N1V A; 1I4H A; 4IWO A; 1WY8 A; 2HE7 A; 1WMH A; 2ZNV C; 3L08 A; 1UBI A; 2WXQ A; 3EEC A; 2CHZ A; 1K51 A; 2DZI A; 2MBO A; 4B95 A; 2ZPY A; 3ZJU A; 1WYG A; 2OJW A; 3IAM 1; 1WF9 A; 3OLM D; 3RUI B; 3DCG A; 3PRM B; 1YJ1 A; 2KWD A; 1SGH A; 2AX5 A; 1HQR D; 3Q3N C; 3ZNI D; 1TGZ B; 4IOI E; 3A4R A; 3R7R A; 1KJT A; 2MCN B; 2R2O A; 3SEB A; 2KWU B; 4CHK A; 2V3P A; 3U30 A; 2C7M B; 2KTF A; 1C4A A; 4FJV B; 3VTV A; 1UWM A; 3BK1 A; 3Q3O C; 4F1S A; 3BY4 B; 3DVG Y; 4JLC A; 2NBV B; 2WLB A; 4RM8 A; 1IBX A; 3FIL A; 3MTN B; 3MC0 B; 2Q5W D; 3ETR A; 3V6E B; 2BB6 A; 5H92 C; 1ZE3 D; 2NR2 A; 2D3G A; 1WM2 A; 1FNU A; 3IHP C; 3L13 A; 4PS7 A; 2JYT A; 4DBG A; 1F9J A; 3HK0 A; 1E7U A; 3C8Y A; 2WHI A; 4ANX A; 2PVG C; 2KYW A; 2MJE A; 4AP4 C; 3MFG A; 3PVL A; 1YN4 A; 5HKH A; 1SE2 A; 4KDI C; 3NVY A; 5TR5 A; 4WWN A; 2N7J A; 2OED A; 2PKO A; 4IM3 A; 4IUM B; 4MGI E; 2AEH A; 4HCN B; 3LJ3 A; 4XWW A; 1XLO A; 4YWG G; 2AL3 A; 1WSP A; 4WWM A; 2GBJ A; 4E71 A; 2KO3 A; 4GU2 A; 1H8C A; 2PVO D; 4F7Z A; 1WX7 A; 5DPW A; 3BII D; 4MEM A; 4HJK A; 4LLG M; 5LXI B; 2V3S A; 4HLE A; 1L0Y B; 2N7E A; 4PK1 A; 1ZDX A; 1F52 A; 2SEB D; 4BOS C; 2OHF A; 1SJE D; 3WIM A; 2AQ1 B; 1QZE A; 1BML C; 2J0K A; 1IUE A; 5IKC M; 4FLH A; 3H7P B; 2JVC A; 1SEB D; 3TIX A; 2MBE A; 4IWQ A; 1C3T A; 1V81 A; 4BZA A; 1HZ5 A; 2O2V A; 4G11 A; 4KKI A; 5G55 A; 1HE8 A; 3ZLZ A; 3EA6 A; 1UGM A; 2HDE A; 1YX6 B; 4RF0 A; 2DWQ A; 4B9K A; 1KH0 A; 3GB1 A; 4IDI A; 1VZ7 A; 1QQR A; 3ZQ4 A; 2WXM A; 1FRD A; 2DYM A; 4WJN A; 1J19 A; 5JHB A; 1WE7 A; 3JYU A; 2KXJ A; 1WE6 A; 1WGY A; 2PJH A; 3VDZ A; 1JCK B; 3BVZ A; 3EHV A; 2QSD A; 3I3T B; 3N1Z C; 3A4S C; 1MG4 A; 2DEN B; 3M3J A; 3GE3 C; 4M0W B; 2GI9 A; 2BYT A; 3WAN A; 3WCQ A; 4JIO U; 2SAK A; 4BKG A; 2L0T A; 3RNB C; 2RDB C; 1WWT A; 3LXF A; 3OAW A; 4OZA A; 3H6N A; 1GC7 A; 2INC C; 2TSS A; 3KWL A; 3R2I A; 4MGY E; 3AEF B; 3PLV A; 4IW0 A; 3V61 A; 3T9L A; 3H7P A; 2PW9 A; 2K3U A; 1YIW A; 5EE0 A; 2KX3 A; 1JQ4 A; 3B2G A; 4IM0 A; 2W54 A; 2KN4 A; 3SHQ A; 1KLG D; 2V1Y A; 1JRP A; 3I5J C; 3DVN V; 5CHF A; 3EC8 A; 2QJL A; 5D94 A; 4J6I A; 3JVZ X; 3AE5 B; 1JW9 D; 4XX5 A; 2REX A; 2NVU I; 1FO4 A; 1FNW A; 1Y56 A; 1E7P B; 3AMZ A; 4DHJ B; 4C4V B; 3RMK C; 2GLS A; 2K0P A; 2KKC A; 4GLS C; 2N0S B; 3AE9 B; 2DZJ A; 3PZ8 A; 3QJZ A; 1I4Q A; 2L1A A; 2JZ3 B; 3H1U A; 1EWC A; 3I63 C; 1ROE A; 4KSL C; 4BBN F; 3QK0 A; 2V0G A; 4M0W A; 3ZVV A; 1QKZ A; 3AED B; 3NZU A; 3DQV A; 3UI3 A; 4YL8 A; 2LZ6 A; 2RGF A; 3Q8C A; 2PMV A; 3PT2 B; 3AE4 B; 5E6P A; 3B2F A; 4HPP A; 3UF8 A; 2IY1 B; 2WGS A; 3N1Y C; 1T0Y A; 2KD0 A; 3LB8 C; 4HKQ A; 1M4V A; 2VZK D; 3UIN B; 2YEP F; 4FA6 A; 2I1K A; 2JZZ A; 4WWP A; 4CO7 A; 5EE9 A; 3Q8B A; 3V60 A; 1V1O A; 3TEZ A; 2Y3A A; 1F2R C; 1WJ6 A; 3VH3 B; 4K7U A; 1C4P A; 2W3S A; 4MH8 A; 3VUW A; 4E74 A; 1WR1 A; 3ZRF A; 3BVG A; 2X8X X; 1WYW B; 3MP9 A; 1FM0 D; 2N1W A; 3AH7 A; 1BUI C; 4C4V A; 2J7Q B; 4OW0 A; 3L16 A; 1A70 A; 1UD7 A; 3SD5 A; 4YTN B; 4FHK A; 1HA5 A; 2MJD A; 3LYY A; 3AEG B; 3AEB B; 1OQR A; 2WXG A; 1L7Y A; 2HTH A; 3CIR B; 1ZP0 B; 2DAF A; 4IG7 B; 4ANV A; 1HXY D; 2BWF A; 3DWM A; 3AE1 B; 2KJ6 A; 4N6E B; 1E7V A; 3NJT A; 3QQ8 B; 1QOB A; 4LNK A; 2CJN A; 2IO1 B; 1OQY A; 2GBM A; 1EU4 A; 2FNJ B; 3DBL B; 3QAR A; 1FXT B; 5EE1 A; 1TTN A; 3QAQ A; 2L8J A; 3TUO A; 4DXG A; 2KJH B; 4A3O A; 4HDO A; 2Z0E B; 5LNK 1; 1QT9 A; 3AI5 A; 4KGR A; 4CQN A; 3KUZ A; 5CHV C; 3VUY A; 3PGE A; 2YLM A; 3DHG C; 2K8C A; 4FXC A; 5T8I A; 3WAL A; 2LUE A; 1OEY A; 3FKY A; 3VRB B; 2AL6 A; 2KAC A; 4H2A A; 2K5P A; 2E6X A; 2IY0 B; 3DDC B; 3QC8 B; 4Q2J A; 2YEP B; 5DPR A; 3QX1 A; 1HTO A; 1X1M A; 4XZ4 A; 3W5V B; 3T8M A; 1C77 A; 2MX2 A; 3ZJT A; 2JF5 A; 3OWE B; 4B6W A; 1NEN B; 4KZ0 A; 3ZNZ B; 1WIA A; 4GXB A; 3AN1 A; 4S0R A; 4A20 A; 1L5P A; 4KX6 B; 5AUK A; 1UZX B; 1UEL A; 2K25 A; 2KVZ A; 2M0X A; 1AWD A; 4LNI A; 2GBR A; 4ASW C; 2VZK B; 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