The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.
Total Genus |
15
|
sequence length |
63
|
structure length |
63
|
Chain Sequence |
SEVTIKVNLIFADGKIQTAEFKGTFEEATAEAYRYAALLAKVNGEYTADLEDGGNHMNIKFAG
|
The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.
After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.
| publication title |
Identification and grafting of a unique peptide-binding site in the Fab framework of monoclonal antibodies.
pubmed doi rcsb |
| molecule tags |
Immune system
|
| source organism |
Homo sapiens
|
| molecule keywords |
Trastuzumab light chain
|
| total genus |
15
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| structure length |
63
|
| sequence length |
63
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| ec nomenclature | |
| pdb deposition date | 2013-01-07 |
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
| Class | Architecture | Topology | Homology | Domain |
|---|---|---|---|---|---|
| Alpha Beta | Roll | Ubiquitin-like (UB roll) | Ubiquitin-like (UB roll) |
#chains in the Genus database with same CATH superfamily 2GB1 A; 5HFY A; 2ZW1 A; 1Q10 A; 1P7F A; 1HEZ E; 1GB1 A; 3V3X A; 2K0P A; 1MPE A; 3FIL A; 2JXT A; 1K53 A; 5BMG A; 2JSV X; 2PLP A; 1D4B A; 1XCQ L; 2J52 A; 1UWX A; 2KAC A; 1QKZ A; 1XCT L; 5JXV A; 1FCC C; 1PGB A; 3UI3 A; 2ONQ A; 2IGD A; 3FIL B; 2I38 A; 1JML A; 4OZB A; 1MHX A; 3MP9 A; 2RPV A; 2EEL A; 4MAC A; 1MVK A; 2JWU A; 4IOI E; 1YNT E; 4IKG A; 1K50 A; 4WH4 A; 2LUM A; 2LGI A; 1MI0 A; 2GI9 A; 2PTL A; 4KGT A; 1IGC A; 1HZ5 A; 1C9F A; 2JZP A; 1PGA A; 5HHD G; 4KGR A; 4GLS C; 1FD6 A; 1K52 A; 2KWD A; 1IBX A; 1IGD A; 2KQ4 X; 1K51 A; 1F2R I; 2LHE A; 2QMT A; 4HJG E; 5HG2 A; 4D2K A; 1GB4 A; 4OZA A; 4OZC A; 2KDM A; 2IGG A; 1EM7 A; 2RMM A; 2N9L A; 1XF5 L; 2PW9 A; 1IBX B; 1F2R C; 2N9K A; 1HZ6 A; 1P7E A; 2ZW0 A; 2LHD A; 1YMH E; 1PGX A; 1ZXH A; 2JU6 X; 1FCL A; 2KN4 A; 4HKZ E; 2OED A; 2ON8 A; 4KGS A; 2NMQ A; 1MHH E; 2N7J A; 2QSD A; 2J53 A; 2IGH A; 5BMI A; 2I2Y A; 5BMH A; 5HI1 A; 3GB1 A; 1KH0 A; #chains in the Genus database with same CATH topology 1UBI A; 2W3S A; 2W3R A; 1PFD A; 2WLB A; 2MJE A; 2KMA A; 3SU8 X; 1QOA A; 2MSE D; 2KFK B; 2LVP A; 3VR9 B; 3ZRF A; 2SEB D; 2SAK A; 1UH6 A; 2AQ3 B; 2JSV X; 4W9F A; 2D3G A; 2D2Q A; 2LJ5 A; 4EOY A; 4GDL A; 1FCC C; 2ZPN A; 3U7Z A; 4JWS C; 1Q5W B; 4J3O D; 4BKT A; 2KHW B; 3WAN A; 1JML A; 3BK1 A; 5EDS A; 3P1M A; 2JWU A; 3ZW3 A; 4CYE A; 2KOX A; 3W2D A; 2D10 A; 3DBL B; 5E6N A; 4KV2 A; 4NY0 A; 3DBH B; 4S0R A; 1AWD A; 2UYZ B; 4M8N A; 5D3I B; 2DNF A; 4LJP B; 3JSV B; 3PRZ A; 2PE6 B; 4ZHO A; 3I63 C; 3W5V B; 4C00 A; 1WXA A; 3TL5 A; 3Q6B A; 3R3M A; 4W9I A; 3APF A; 4WJO A; 3RT3 B; 2QMT A; 1P9D U; 4BBN C; 1BT0 A; 4MGI E; 1TBE A; 4EZL A; 1WE6 A; 2LXA A; 2KZR A; 1KLU D; 4C4V A; 4DXG A; 3AB5 A; 2KVZ A; 2MBQ A; 4KVG B; 4FN2 A; 1J8C A; 4K7U A; 4FJY A; 2KAN A; 5J18 A; 5CHV C; 2VZK B; 1YQ4 B; 1UZX B; 3BVM A; 1YN5 A; 3QWZ B; 2QSD A; 3H9D A; 2WXJ A; 3B9J A; 1YN4 A; 2FCS A; 5LXI B; 5G5G A; 1RFA A; 5G55 A; 1VZ6 A; 3P2B A; 2PJH A; 2Y5C A; 3B2F A; 3H1U A; 2R61 A; 2K22 A; 2PVG C; 4EZK A; 1ZGU B; 1WR1 A; 3TIX A; 4F7Z A; 1R7S A; 1TJE A; 4HEA 1; 3Q8E A; 3ZNZ B; 4OZB A; 1MFW A; 4JL9 A; 3KUC B; 2EEL A; 3WAO A; 4LLG M; 1L2N A; 1WXQ A; 2JWZ A; 1L6V A; 1FM0 D; 2D3C A; 3UIP B; 5IA7 A; 1WJ4 A; 3WAM A; 3AE4 B; 3Q8A A; 1N6Z A; 4ZHP A; 2LGY A; 3AN1 A; 5H8Y E; 4LNI A; 1Q0W B; 1SIJ A; 3MC0 B; 3P4S B; 4WWN A; 2MLB A; 4JPS A; 4IC7 B; 4AP4 C; 1TKE A; 1K51 A; 4PYU A; 2IY0 B; 4IM2 A; 4DDI D; 3AH7 A; 2EMT A; 4TQ1 A; 5C3J B; 2FNJ B; 1TS5 A; 2MP2 B; 2RMM A; 1I4G A; 1IBX B; 2ZPY A; 3KUD B; 1NVI D; 1P7E A; 1ZOY B; 4XZ4 A; 2LFI A; 2KN4 A; 2N4F A; 2DZM A; 3EUB 2; 2BB5 A; 2OED A; 3DQV A; 1E9M A; 1MHH E; 2NCN A; 2N7J A; 1JAL A; 2DZK A; 3DVN V; 5E6J A; 2PTL A; 3U7D A; 4PS8 A; 4G0N B; 2JPH A; 1Q10 A; 1WYG A; 2NPT B; 1Y56 A; 3V3X A; 1QOB A; 4HPP A; 1SE4 A; 4E71 A; 3A9K B; 2FCM A; 4IG7 B; 3GP7 A; 1VDV A; 3OLM D; 4K3B A; 4P6V F; 1XCQ L; 5BYQ A; 3V6E B; 1L4Z B; 3EFC A; 3SR6 A; 4MM3 A; 2ONQ A; 4A90 A; 2ACZ B; 3QQ8 B; 1U4A A; 2LGX A; 3FC4 A; 1WM3 A; 3SFE B; 2RGF A; 5JH5 C; 4DHZ B; 1C3T A; 1ZP0 B; 4RCO A; 1UBQ A; 5LLI A; 2B3A A; 1D5X C; 1L0Y B; 3ZDT A; 3RNF C; 4RM8 A; 3HK0 A; 3KYC D; 3BK2 A; 2BS4 B; 2L76 A; 3PHX B; 1YJJ A; 2MHJ A; 2LMC A; 1NYR A; 1PGA A; 1H8C A; 1WX8 A; 2IO2 B; 4TQ0 A; 2J0M A; 1IGD A; 4RGN A; 4ACF A; 3AU5 A; 4HCP B; 2LHE A; 1V49 A; 2WYQ A; 2BS2 B; 2WS3 B; 4PT5 A; 4GN1 A; 3N32 A; 2CJN A; 3KLS X; 3TEZ A; 2L3Z A; 4ARI A; 2M56 B; 3BIN A; 4DBG A; 2RDG A; 2CS4 A; 2DBY A; 1TY0 A; 5D94 A; 1FFV A; 3RPF C; 1E8W A; 2M0A A; 3BYT B; 4GDK A; 3I5J C; 1RLF A; 2ON8 A; 3M62 B; 4O1N A; 1P3Q U; 1PYW D; 2GRI A; 4Q2J A; 2I2Y A; 2IJ0 A; 5JZE B; 2WXP A; 1M94 A; 3X0W A; 5I4D A; 1JWB D; 1SE3 A; 3N9Y C; 1HTO A; 2WXO A; 5L95 C; 4DHJ B; 1GB1 A; 2NBU A; 5J2R A; 1RAX A; 3B0A A; 1L0V B; 2MBH A; 2L05 A; 3Q2A C; 2MEK A; 2HD5 B; 1NYQ A; 1L0X B; 3SFD B; 3HM3 A; 3PRM B; 1XO3 A; 2AL3 A; 2V3P A; 1WZ3 A; 2WDT B; 2KMM A; 4N59 A; 4RFB A; 3PRE A; 4GDL B; 4X57 B; 4US9 A; 1ACC A; 2KWU B; 5J17 A; 2CU1 A; 2EKE C; 1VZ8 A; 1TTN A; 2MX2 A; 2FID A; 4OVZ A; 2ZVN A; 2DX5 B; 1E7P B; 2GLS A; 1YOV B; 4B0M A; 3W5U B; 2KK8 A; 1B9R A; 1YJI A; 3ZJT A; 2W82 A; 1KF6 B; 3PZ7 A; 2KJH B; 2KTR A; 1LQB A; 2IPK D; 1A5R A; 4NPN A; 2KDE B; 3VH4 B; 1I4R A; 4IW0 A; 3T3N A; 4W9G A; 2BBC A; 3M3J A; 2VH1 A; 2BYV E; 2JUO A; 5JHA A; 1R4M B; 4WWP A; 2I1J A; 2RD0 A; 4WWM A; 2BQQ A; 4XC2 A; 2XK5 A; 4I6L B; 1J7B A; 3T8M A; 2FAZ A; 3I9V 1; 3L13 A; 1J0G A; 4WWO A; 1TS3 A; 1JW9 D; 4C4V B; 3R2I A; 2KAJ A; 3BY4 B; 1MG8 A; 5BMI A; 2WXM A; 1C4P A; 3GB1 A; 2YEP F; 3ZRC A; 1GNU A; 4H2A A; 2L0F A; 4HK2 A; 4NAW A; 1MG4 A; 2LRW A; 1WJU A; 1EF1 A; 1NI2 A; 1QOG A; 4C56 C; 2AQ2 B; 4A6Q A; 3T9L A; 3TMP B; 2L8J A; 2QIL A; 3MJ5 A; 4MGZ E; 2KFJ A; 1EU3 A; 3A1Q B; 1C79 A; 3ZKJ C; 2KAC A; 5AEK B; 1RFK A; 1VD2 A; 2JZ3 B; 1D6E C; 1KJT A; 2QEJ C; 4K7W A; 5KHQ A; 4NNJ B; 1WY8 A; 2A4Z A; 2FCQ A; 1YJ1 A; 2KX0 A; 1A70 A; 4JWU C; 3A9J A; 2MCN B; 2K5P A; 4HCN B; 2GBK A; 4KDL B; 3A4R A; 1P1A A; 3BII D; 1KTK A; 1V5O A; 2D3B A; 2LGI A; 4AOF A; 1VJK A; 3RNE C; 1XQQ A; 1SGH A; 3BWU D; 1EUV B; 5MPO A; 4MGK E; 3VTW A; 2MBE A; 3AEC B; 1EO6 A; 1WGY A; 5BO4 B; 4AJY B; 1TT5 B; 1CMX B; 2PW9 A; 3DHI C; 4N9F 4; 3AMZ A; 4PS7 A; 4RM9 A; 2WNM A; 4KZC A; 2DWQ A; 2LZ6 A; 2CHW A; 2V9H A; 2G3Q B; 4GB9 A; 3J9C A; 4NJ7 A; 4ZOH C; 5D3D A; 5HI1 A; 2RDH A; 4NQK E; 4B95 A; 4WJN A; 4B0E A; 1WRI A; 3Q8C A; 1MJD A; 1MPE A; 3EA6 A; 4MDK E; 4LK0 M; 4IDI A; 4M00 A; 1HE8 A; 5EE1 A; 1J19 A; 4MJS B; 3W1S C; 4HVB A; 2N9P C; 2JT4 B; 1C76 A; 1GAQ B; 4BOZ B; 1D5Z C; 3HM6 X; 1SSN A; 1MVK A; 1FRR A; 2LGS A; 1L5P A; 5AUK A; 2GBM A; 4EUT A; 4P16 A; 3LYY A; 1YX5 B; 2J0J A; 1JRP A; 1YNT E; 1JQ4 A; 1YQ3 B; 2N1V A; 4MM3 B; 2AQ1 B; 4HPM B; 3AEG B; 1KOT A; 1UNS A; 4M0W B; 1AN8 A; 2BGF A; 1OQY A; 5HHD G; 1QT9 A; 4HLE A; 1CK1 A; 3ENE A; 3TUO A; 4BVU C; 1JCK B; 3NZU A; 2BF8 B; 3DPD A; 3AEE B; 3DBS A; 3PTF C; 2N9L A; 3PLU A; 1WRD B; 3QX1 A; 2DYM A; 2WDQ B; 4R3D A; 2BKR B; 4DXA B; 2LJI A; 4WUR A; 3IT4 B; 1QQR A; 4KX6 B; 2MBO A; 5IP4 D; 2PIA A; 3AE6 B; 3L54 A; 2C5L C; 4C7Y A; 4G11 A; 2Y5B B; 1RRB A; 2IYD B; 2ZW1 A; 3IBE A; 3QAQ A; 1ENF A; 3VH3 B; 2LRU A; 2K0P A; 1OGW A; 2I1K A; 3ML8 A; 1LXD A; 4N6E B; 2D11 A; 1OEY J; 3EEC A; 5EE3 A; 2BPS A; 3IAS 1; 4JLC A; 1F77 A; 2CKH B; 4KKJ A; 1ZKH A; 2OJW A; 5AZH A; 4KDI C; 4WQO B; 2R2O A; 3BYY B; 2OHF A; 2N0S B; 4HJK A; 4OW0 A; 3EFU A; 3VHT C; 3ZTD A; 2HE7 A; 2RPV A; 1T6B X; 4HRO A; 3VFK A; 3MTN B; 4S17 A; 4A9A A; 1C4C A; 3Q8B A; 2WXK A; 4WQM A; 3HUI A; 3PZ8 A; 4IKG A; 2K8B A; 1WM2 A; 1GC6 A; 3H7P A; 1E8Y A; 1WXM A; 1Z5S B; 1EWC A; 1C9F A; 1Q1O A; 2G45 B; 1SEB D; 5D2M B; 4AJW A; 3C19 A; 3E9S A; 2KO3 A; 5E6O A; 1F0Z A; 2V4I B; 2ZCC A; 2JY6 A; 2QHO A; 2ZNV C; 2KQS A; 1JWS D; 4FLH A; 5KHO A; 1K8R B; 4L23 A; 3U30 A; 3QK0 A; 3LJ3 A; 2L1A A; 3N20 C; 2BS3 B; 2XEW A; 2IGG A; 2LXC A; 3MC8 A; 5CHW A; 3TJP A; 4FXC A; 4N58 A; 2KTR B; 2KXJ A; 2OJR A; 4DDG D; 2DYB A; 3VXW A; 2LVQ A; 5D7G A; 3Q3M C; 3ZXV A; 2ZW0 A; 1DOY A; 3DVN U; 3ZIM A; 1XXG A; 3V60 A; 4IM3 A; 2NR2 A; 1C4A A; 1T3Q A; 4G3X B; 1UF0 A; 3EC8 A; 2YLM A; 4IUM B; 3X23 A; 1GPX A; 1SJE D; 5CX3 A; 2O6V D; 2XK5 B; 3KQ4 A; 1STE A; 4NJ6 A; 3RNC C; 3DHG C; 1SE9 A; 1WSP A; 3AEF B; 1KM7 A; 2QCZ A; 1E8X A; 2KJR A; 3H6N A; 4MGY E; 3Q69 A; 1WZ0 A; 1C77 A; 1KLG D; 3VTV A; 3WIM A; 3JW0 X; 3E56 A; 3VRA B; 4KZ0 A; 2FE8 A; 4RGT A; 3U2S C; 2G9H D; 4KIK A; 1V2Y A; 4AS1 A; 1SE2 A; 3AUL A; 1WI0 A; 3AE1 B; 4REZ A; 5JXV A; 4NAW B; 2KDI A; 4CQN A; 3N30 A; 5DPS A; 1TY2 A; 1TS4 A; 3I3T B; 1WXV A; 2RR9 A; 3QIJ A; 1XEE A; 5G2N A; 3RI7 C; 4PS3 A; 1WFY A; 4JE3 B; 2JRH A; 3NY5 A; 1C1Y B; 2J7Q B; 3L0W B; 3RFZ B; 3DBR I; 3NZ3 A; 3U8Z A; 3R7R A; 2INC C; 2FIF A; 1LO5 D; 3DWG C; 3I57 A; 3RZF A; 2GI9 A; 3R2T A; 4K81 A; 1T0Q C; 2WX1 A; 4ZRI A; 4YXD B; 4GIV A; 4KGR A; 1YQB A; 1V1O A; 2LI5 A; 3AU4 A; 4KKI A; 2MRP A; 3S2A A; 2N7D A; 2BT6 A; 3SHQ A; 2K39 A; 3ZJV A; 2KFK A; 4EEW A; 1FNV A; 2Z0E B; 2PPH A; 3AE9 B; 2KVR A; 1V81 A; 3H7S A; 2IO3 B; 3EGR A; 3O13 A; 4YTM B; 2K1F A; 4XWT A; 3NVV A; 4HXD A; 4CHK A; 2K8C A; 1YMH E; 3ABV B; 3ETR A; 2PE9 A; 1HTQ A; 3L10 B; 4DXF A; 3RN9 C; 3CMM B; 2QIE B; 1V8C A; 1AYF A; 4JIO U; 1SF0 A; 1F9J A; 1UGJ A; 2M4N A; 3AE7 B; 3FIL A; 4P7I A; 3KUZ A; 3A33 B; 3QCA A; 2AYO B; 3K9P B; 1JWA D; 3AED B; 1PDX A; 2INP E; 5HKH A; 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4LDT D; 1D5M C; 3MP9 A; 2C60 A; 2MP2 A; 2ZNV B; 3M95 A; 3IXS A; 3OG5 A; 1I42 A; 4BKS D; 1BUI C; 2ICI A; 3GS2 A; 1ZXI A; 3TCA A; 2LAS A; 3VQI A; 4FUL A; 1WGR A; 3VUW A; 4LJO B; 4RNA A; 1VZ7 A; 3R8B A; 1WMH A; 1MI0 A; 4WJP A; 1TZO A; 1NBF C; 3R66 C; 3WA0 A; 4YSY B; 1FD6 A; 1N62 A; 3C0R B; 1FXA A; 2NPT A; 4M8M A; 2O6V A; 2JYE A; 2UU7 A; 3A9K A; 1WJ6 A; 4BZA A; 2ASQ A; 5TSS A; 2KDF B; 1GB4 A; 5FR3 A; 4GGQ A; 1V1P A; 1XLO A; 4TSS A; 1XF5 L; 3OJ4 B; 5H92 C; 2INN E; 2N9K A; 4YSX B; 1WGH A; 4CO7 A; 3GZN I; 5C1Z A; 3P63 A; 2WXN A; 4KGS A; 3HVZ A; 1WXS A; 2J53 A; 1KH0 A; 1WX7 A; 2W9N A; 4BKG A; 1N63 A; 1ZPS A; 1EF5 A; 1KRH A; 3ZNG C; 3CST A; 3URY A; 3RCZ A; 1TIF A; 3PZD A; 2JXX A; 4YL8 A; 2WU2 B; 4EFO A; 1UGM A; 1YN3 A; 2IGD A; 4RH6 A; 1FEH A; 1BML C; 5AUI A; 3RD2 A; 3B08 A; 4W9L A; 2L52 A; 1L6U A; 1N60 A; 3IHP C; 4XX5 A; 2L00 B; 3ZO5 B; 1SBB B; 4ZRQ A; 1X1M A; 3VDZ A; 2DHZ A; 2JVC A; 1UEL A; 2LVO A; 2LUM A; 3ALB A; 2O2V A; 2NBV B; 2M19 A; 2KC1 A; 3GE3 C; 1IUE A; 2REX A; 1HZ5 A; 1JWM D; 2DAJ A; 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