The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.
Total Genus |
20
|
sequence length |
72
|
structure length |
72
|
Chain Sequence |
MHHHHHHAMEEVTIKANLIFANASTQTAEFKGTFEKATSEAYAYADTLKKDNGEWTVDVADKGYTLNIKFAG
|
The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.
After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.
| molecule keywords |
Protein L
|
| publication title |
Single-site mutations induce 3D domain swapping in the B1 domain of protein L from Peptostreptococcus magnus.
pubmed doi rcsb |
| source organism |
Finegoldia magna
|
| molecule tags |
Protein binding
|
| total genus |
20
|
| structure length |
72
|
| sequence length |
72
|
| chains with identical sequence |
B
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| ec nomenclature | |
| pdb deposition date | 2001-10-09 |
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
| Class | Architecture | Topology | Homology | Domain |
|---|---|---|---|---|---|
| Alpha Beta | Roll | Ubiquitin-like (UB roll) | Ubiquitin-like (UB roll) |
#chains in the Genus database with same CATH superfamily 1F2R I; 2IGH A; 2ON8 A; 1P7E A; 1Q10 A; 1QKZ A; 1XCQ L; 1GB4 A; 1PGA A; 2JWU A; 1KH0 A; 4HKZ E; 1K53 A; 1K52 A; 2LHD A; 2RPV A; 2JSV X; 1UWX A; 4D2K A; 2GI9 A; 1HZ5 A; 4KGR A; 1MI0 A; 4HJG E; 5HG2 A; 1MHH E; 1MPE A; 1FD6 A; 1ZXH A; 1IBX A; 4IOI E; 2PTL A; 2QSD A; 2JZP A; 1D4B A; 1C9F A; 1MHX A; 2IGD A; 1YNT E; 4KGS A; 4OZC A; 4KGT A; 2OED A; 3MP9 A; 2ZW1 A; 1K51 A; 2ONQ A; 1IBX B; 1FCL A; 1IGD A; 1XF5 L; 1HZ6 A; 1MVK A; 1JML A; 3UI3 A; 4GLS C; 2LHE A; 2KAC A; 3FIL A; 2NMQ A; 4MAC A; 1FCC C; 1PGX A; 5HFY A; 1PGB A; 2QMT A; 2N7J A; 4WH4 A; 1P7F A; 1HEZ E; 2I38 A; 4OZA A; 1EM7 A; 2KDM A; 1GB1 A; 2GB1 A; 2KWD A; 1YMH E; 2LUM A; 2ZW0 A; 2RMM A; 2K0P A; 2JU6 X; 3FIL B; 2KQ4 X; 4OZB A; 2PW9 A; 3GB1 A; 5HI1 A; 4IKG A; 2KN4 A; 3V3X A; 2J53 A; 2J52 A; 5JXV A; 2I2Y A; 5HHD G; 2N9L A; 2JXT A; 5BMI A; 2N9K A; 2EEL A; 1F2R C; 5BMG A; 2IGG A; 2LGI A; 1IGC A; 1K50 A; 1XCT L; 2PLP A; 5BMH A; #chains in the Genus database with same CATH topology 3RNE C; 5JH5 C; 2I1K A; 3AI5 A; 3PZD A; 2YEP B; 2KC1 A; 1RWS A; 3AE5 B; 2L83 A; 4XC2 A; 1ZE3 D; 2C9W B; 4WIP A; 1T0Y A; 1MHH E; 3MC0 B; 3QA8 A; 3UGB B; 3V61 A; 4IOI E; 1SXT A; 1L6U A; 1QIL A; 2LGS A; 4N9F 4; 1XLO A; 3SHQ A; 3UF8 A; 3R7Q A; 4M0W B; 4GDL A; 2N1V A; 1FFV A; 3Q69 A; 3MP9 A; 4UDU C; 4ZRJ A; 1F77 A; 1I7H A; 3WA0 A; 3MHS D; 2MSE D; 1FPY A; 2L76 A; 3DBR I; 1QOF A; 2LGY A; 3AU5 A; 4Q2J A; 3RNA C; 3EA6 A; 2NBU A; 3WAM A; 2MJD A; 2GOW A; 1WRD B; 3PGE A; 5EDS A; 3R3M A; 3JSV B; 2CHX A; 3RFZ B; 2MW5 A; 1NYR A; 3NVV A; 3AE4 B; 3PRM B; 1FXI A; 3Q2A C; 4OZB A; 5TR5 A; 1Z2M A; 2O6V D; 4BZA A; 2KMA A; 1WX7 A; 1FXA A; 5FK9 C; 3RUL A; 4FBJ B; 2D07 B; 1JRU A; 1JWS D; 3RNB C; 1R4M I; 5BMI A; 2WU2 B; 1YOV B; 2N4F A; 3BII D; 4RF1 A; 1JQ4 A; 4NNJ B; 4ITK A; 2WNM A; 5CHV C; 1T0Q C; 2KJH B; 3OWE B; 1XEE A; 1QKZ A; 1YX5 B; 4YL8 A; 1U4A A; 1FRD A; 3RN9 C; 5J18 A; 1WIA A; 2NTS A; 3TEY A; 1UH6 A; 1K52 A; 2IO0 B; 4KX6 B; 4E74 A; 4EFO A; 2BF8 B; 2WXR A; 1MI0 A; 4MM3 B; 2WP9 B; 2XNA C; 4K7S A; 4P6V F; 4P1B C; 3B2G A; 4W9E A; 2V3S A; 3PRE A; 3ZDM C; 1ENF A; 3BYT B; 3VQI A; 2A5U A; 2KDI A; 2V4L A; 2MBB B; 4AUQ C; 1B9R A; 5LNK 1; 2JVC A; 3HM6 X; 1VR9 A; 4LCD E; 1WXV A; 4ARI A; 3CSF A; 4KGT A; 3TEZ A; 1TS5 A; 4ANV A; 5FR3 A; 3SR6 A; 4M02 A; 4RF0 A; 3BVM A; 3BIN A; 3V6E B; 3ZNH B; 3PHX B; 5E6N A; 1QT9 A; 4ARC A; 1KTK A; 2FAZ A; 2PE9 A; 2O6V A; 2M19 A; 4NQK E; 2J0J A; 1SBB B; 1PQS A; 2PKO A; 1V80 A; 2K0P A; 3Q3J A; 3WAN A; 4K7U A; 2MBH A; 3CWI A; 2KXJ A; 1JWA D; 3B08 A; 2WWZ A; 4YTN B; 2NS5 A; 4JWU C; 1KRH A; 2D3C A; 2KQ7 A; 2D10 A; 3N1X C; 1G6J A; 3VTV A; 4ZHO A; 3BZD B; 4JIO U; 4RGM A; 4W9L A; 1OEY A; 4NAW A; 4BFR A; 4GGQ A; 2JX5 A; 3ZIM A; 3AUL A; 1P9D U; 2FE8 A; 1SE2 A; 2WXO A; 3LJ3 A; 1XD3 B; 5BMG A; 1TY2 A; 3CMM B; 4GDK B; 1C3T A; 2QC8 A; 2IPK D; 3AXC A; 4PS8 A; 3DBR B; 5AZG A; 5G2N A; 1TY0 A; 4MT5 A; 3N1Z C; 5E6P A; 1YN5 A; 3ZVV A; 4YXD B; 1FM0 D; 2GBK A; 4BBN C; 1P1A A; 1D5X C; 2IYD B; 2D2Q A; 4H2A A; 4C56 C; 4LNF A; 2BWE S; 2V0G A; 2CR5 A; 1N5X A; 2BYT A; 3U2S C; 4S17 A; 2ZNV C; 3WAO A; 2Y5B B; 2PTL A; 2H89 B; 4MEM A; 4LNO A; 3GOE A; 2XN9 C; 3KVF B; 1WGY A; 1Z5S B; 4EEW A; 3PHW B; 4KGS A; 1R4M B; 2JRH A; 4MSQ B; 3OAW A; 1YN3 A; 1D3Z A; 1RM6 C; 1UUP A; 3R2I A; 1XF5 L; 4TUU A; 1JML A; 2I1J A; 4GB9 A; 4MAC A; 3BK2 A; 1M94 A; 4IW0 A; 1XLQ A; 4AWJ A; 2W55 A; 2I38 A; 2G3Q B; 4HJK A; 1VZ6 A; 2NBV B; 1E7U A; 3QCA A; 3T8M A; 2WX1 A; 4HKQ A; 3O13 A; 4PS3 A; 2HTH A; 3EEC A; 2MCN B; 3C8Y A; 1PUT A; 5L83 A; 4MH0 E; 2DYB A; 3U7Z A; 3RNG C; 1WWT A; 3VH3 B; 3V3X A; 2BB5 A; 4DHJ D; 4FHJ A; 5JXV A; 2Z8L A; 2K9X A; 4A9A A; 1OFF A; 2EEL A; 3EUB 2; 2YVC A; 2LRW A; 2C7M B; 3KYC D; 4W9G A; 3NJT A; 1RFA A; 3PPA A; 3AU4 A; 1E0Z A; 3NRZ A; 2R2O A; 4HKZ E; 4XWW A; 5JZE B; 1FIQ A; 4BOS C; 3O65 B; 4RGT A; 1AAR A; 1YN4 A; 4M0W A; 4B9K A; 2XBB C; 2KWC A; 4GIV A; 4BBN F; 1ZOY B; 3KWL A; 4X57 B; 3NS1 A; 1STE A; 2KD0 A; 2FID A; 1RFK A; 3L0W B; 2V3N A; 2AEH A; 2KDF B; 2A4Z A; 4ANX A; 3A9J A; 1QLB B; 2DAJ A; 2BS4 B; 1MJD A; 3MC8 A; 4OZC A; 3QWZ B; 2J4X A; 1V81 A; 3NG0 A; 5EE0 A; 4HK2 A; 1MG8 A; 3JSV A; 2WS3 B; 1TGZ B; 3TEW A; 2N9X A; 1MG4 A; 5HFY A; 4HXD A; 1X1M A; 3V60 A; 2ZPN A; 2KWU B; 2MHJ A; 2AWT A; 1HEZ E; 4WQO B; 2VZK D; 3RT3 B; 1Q1O A; 3X0W A; 3Q8E A; 2KWD A; 4JWS C; 3K9O B; 2X8X X; 3VUY A; 3BWU D; 1XO3 A; 3PZ7 A; 4REZ A; 2MA9 B; 3R2T A; 3ZO5 B; 5G55 A; 4OVZ A; 3DPD A; 2DZI A; 5HI1 A; 1IPG A; 1YQ4 B; 2MRP A; 2BBC A; 4RGO S; 3TBL D; 3PRP B; 3QQ8 B; 2LGD A; 4DHZ B; 1RYJ A; 1ET6 A; 1Y56 A; 1I4X A; 1YIW A; 3QAQ A; 4K81 A; 1FFU A; 4L2Y A; 3PLU A; 1HXY D; 3OJ3 A; 2N7D A; 3N1Y C; 3QK0 A; 4KKJ A; 1K50 A; 4AQ7 A; 1V1O A; 3ZDT A; 1L6V A; 1P0R A; 2O6V B; 1P7E A; 4B6W A; 4URK A; 3VTU A; 2IY0 B; 3ZXV A; 1WM3 A; 4YTM B; 2KDE B; 2LEK A; 3JYU A; 4MM3 A; 2MBQ A; 2WDQ B; 2LUE A; 4IUM B; 1KH0 A; 3AEG B; 2DEN B; 2KX3 A; 1S1Q B; 2IO3 B; 2GMI C; 4D2K A; 2GI9 A; 2LVP A; 4NZL B; 4NQL B; 3RD2 A; 2IBI B; 4MEL A; 5LXH A; 2L1A A; 2RGF A; 3BK1 A; 3BVG A; 4XGA B; 4GOC A; 4WQM A; 1V1P A; 3Q3N C; 4AJW A; 3SFE B; 1CZP A; 4C80 A; 5C3J B; 4FJV B; 2ZVN A; 2ZZP B; 2HD5 B; 1V86 A; 3KUD B; 2M0X A; 3AEF B; 2MBO A; 1D5Z C; 1J7A A; 1HZ6 A; 2LHE A; 3ZTC A; 4CHK A; 2JWZ A; 3ZJV A; 2GBN A; 1UNS A; 1J0G A; 4MGZ E; 2Z0D B; 4IWP A; 2JXX A; 3KLS X; 5D7G A; 1EM7 A; 1L0V B; 3H1U A; 4CQN A; 1FXT B; 3ZW3 A; 3VR9 B; 5D2M B; 1WFY A; 3WCQ A; 3ZXR A; 2K8B A; 1RAX A; 1SGH A; 1ZW7 A; 2D5G A; 3B2F A; 3ML9 A; 3N3K B; 4GDK A; 4CO7 A; 2QEJ C; 3VDZ A; 5IOI A; 2LRU A; 2J53 A; 1DOX A; 3ECI A; 2YEP F; 3APF A; 3DHG C; 2BB6 A; 2HJ8 A; 3U30 A; 2CKH B; 3VXW A; 1GJZ A; 2WXM A; 4KV2 A; 2XK5 B; 5CX3 A; 2AYO B; 4WWO A; 2Y5P A; 4ZOH C; 3U4E G; 5FKA C; 3ZTD A; 3ZYY X; 3ZGZ A; 4MGK E; 3IG3 A; 3P42 A; 4DQO C; 2VH2 A; 1K53 A; 1FNV A; 2NPT B; 2LHD A; 1I4H A; 2GBR A; 2NBW B; 2SEB D; 1V2Y A; 1ZDV A; 2WGS A; 2JT4 B; 2IZV B; 3L54 A; 2L7R A; 1ZXH A; 3ML8 A; 3VHT C; 3NZ3 A; 4XWT A; 2W3S A; 4KDI C; 4MJS B; 5AEK B; 3NUH B; 3AE8 B; 1ROE A; 4JE3 B; 3B9J A; 3H6N A; 3TIX A; 2QJL A; 2KLC A; 4W9J A; 1IBX B; 1FCL A; 3DVG Y; 4AOF A; 4RM8 A; 1I4G A; 2KLG A; 3FC4 A; 2V4I B; 3UI3 A; 4GLS C; 3IHP C; 1TJE A; 3PVL A; 3V6C B; 4MGY E; 4A3O A; 2ZCC A; 1PGB A; 1HQR D; 3AN1 A; 4HCN B; 5DPR A; 3KWV A; 4I6P A; 2M4N A; 4P16 A; 2LFI A; 2BT6 A; 1ZGU B; 3WAP A; 2WXQ A; 3QAR A; 1EU4 A; 1C76 A; 1HTQ A; 1EF5 A; 4PS7 A; 4BKG A; 4AS1 A; 3NVY A; 3A9J B; 1N63 A; 3I57 A; 4FLH A; 2EKE C; 4JLC A; 2LI5 A; 4IM0 A; 1DGJ A; 1WI0 A; 1BML C; 1C79 A; 2M1M A; 2JXT A; 3ZRF A; 4EE2 A; 1T0S C; 1HA5 A; 1KJT A; 3MTN B; 3Q8C A; 3JVZ X; 2KVR A; 1Q10 A; 1ZDX A; 3Q3M C; 4LDT D; 4KKI A; 4TMA B; 4K1R B; 2ZPY A; 1RLF A; 3FKY A; 4DXA B; 1WX8 A; 1VJK A; 4DHJ B; 3Q3O C; 4E71 A; 2PEA A; 3AE7 B; 3OJ4 B; 4PT5 A; 3QX1 A; 3U7D A; 2Z59 B; 3QJZ A; 4KDL B; 3SD5 A; 2KAJ A; 1QQR A; 3U8Z A; 5TSS A; 1TKG A; 1JWM D; 3L08 A; 1YJJ A; 3AE2 B; 4IWO A; 1EU3 A; 1MHX A; 4ZDV A; 5H8Y E; 4YWG G; 1V97 A; 2C7H A; 2ICI A; 3RPF C; 1VD2 A; 1MVK A; 1WYW B; 1R4N B; 1B1Z A; 1NDD A; 2CU3 A; 3CST A; 2M8S A; 2DNF A; 4HPM B; 1C1Y B; 1L4D B; 2QIE B; 2JRI B; 4IC7 B; 3IAS 1; 4ICV A; 4XX5 A; 3A1Q A; 5IO9 A; 2LJI A; 4FUL A; 1V1P B; 2AQ3 B; 1AN8 A; 1PFD A; 2X38 A; 1NYQ A; 3P4R B; 4OHJ A; 1TS4 A; 3EC8 A; 4RH6 A; 3VRB B; 4C00 A; 4EKU A; 4US8 A; 2EKI A; 1WE7 A; 4IKG A; 3ZNZ B; 4RGN A; 2PPH A; 2G9H D; 1WM2 A; 5DPT A; 2NVU I; 4A55 A; 3H7S A; 4R3D A; 1I35 A; 4RMA A; 2VZK B; 1GUA B; 3AB5 A; 5HHD G; 2KJ6 A; 1AYF A; 3TMP B; 3NHE B; 3B1L X; 2CHW A; 5G5H A; 4A20 A; 2LZ6 A; 1Y8R C; 2RD0 A; 2WQY B; 1H8C A; 2DBY A; 5IA7 A; 3URY A; 2DX5 B; 1FEH A; 1CQV A; 1LO5 D; 1XCQ L; 4RM9 A; 4BAX A; 5CHF A; 1TBE A; 2W9N A; 2DHZ A; 3UQB A; 3ABV B; 2WXF A; 4BVU C; 2FIF A; 1IP9 A; 3RYT A; 1NEK B; 4XDD A; 5AZH A; 2RDH A; 2CHZ A; 4E3C A; 2DAF A; 2ZCB A; 3EFC A; 2KAN A; 3AE9 B; 3Q8A A; 3I3T B; 2WU5 B; 1R7S A; 1J7B A; 3ZQ4 A; 2LAS A; 3AE6 B; 2OED A; 1S3S G; 3PLV A; 2GLS A; 2UYZ B; 4NJ7 A; 2D11 A; 3KW5 B; 1C78 A; 4ACF A; 2KVZ A; 2KK8 A; 1TZO A; 2QDF A; 4G3X B; 2WDT B; 1KF6 B; 4I6N B; 4YTP B; 2FUG 1; 1SJE D; 3ETR A; 4WH4 A; 4F7Z A; 4HLE A; 1L7Y A; 2FCS A; 4J3O D; 1IUE A; 1VZ7 A; 3KUZ A; 4NJC A; 4FJZ A; 3RUI B; 1I42 A; 2FBW B; 3RCZ A; 2HDE A; 3EGR A; 2MQJ A; 4JPS A; 4YT0 B; 4HPP A; 3I5J C; 4W9C A; 4ZRK A; 3TEX A; 3IFW B; 2K3U A; 3A9K A; 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1FMA D; 4YSZ B; 5EE1 A; 2PIA A; 3W1S A; 1EUV B; 2K5P A; 3BY4 B; 3UIO B; 5DPW A; 1TIF A; 1V49 A; 1E10 A; 2BGF A; 1F2R C; 2AX5 A; 2IGG A; 4DDG D; 2KDB A; 1F2R I; 1Q5W B; 1GC7 A; 3AEE B; 3E9S A; 3MJW A; 1E8Y A; 2RR9 A; 3A1Q B; 3T9L A; 2INP E; 1PDX A; 4HRS A; 4ICU A; 2RPV A; 3KYD D; 2LXA A; 2J42 A; 1UWX A; 2G1E A; 3HIZ A; 1WY8 A; 1P3Q U; 1ZKH A; 2L0F A; 2MP2 A; 5C23 A; 2K6Q A; 1MPE A; 4KIK B; 1Q0W B; 3APD A; 1UD7 A; 3DVN V; 4S0R A; 3W5U B; 4LDT B; 2K39 A; 1WX9 A; 1FO4 A; 4C4V B; 1GG3 A; 4GMV A; 2HJ1 A; 4NY0 A; 3RMK C; 2PVO D; 4RFB A; 3GS2 A; 1YQ3 B; 2J0M A; 1J8C A; 1ET9 A; 3MHZ A; 3MJ5 A; 4EZL A; 3IBE A; 4KVG B; 1UWM A; 1SE4 A; 1LFD A; 3M3J A; 3VH4 B; 2L32 A; 2NMQ A; 2JQR B; 1UBQ A; 2N7J A; 5E6J A; 1TZ1 A; 3TJP A; 3W1S C; 4OZA A; 2K6D B; 2PMV A; 1OEY J; 2ZW0 A; 5MPO A; 3W9C B; 4DHZ E; 1M4V A; 2JU6 X; 3EFU A; 2MJE A; 1BUI C; 3N32 A; 1WYG A; 2JZ3 B; 1L5P A; 1T5X D; 1N62 A; 2WXG A; 3M95 A; 2N9E B; 4KZ0 A; 1SF0 A; 4A90 A; 1SJH D; 5KHO A; 1JRO A; 5IAA C; 2I2Y A; 3W5V B; 3ZNG C; 3ZLZ A; 1TS3 A; 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