The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.
Total Genus |
85
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sequence length |
405
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structure length |
384
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Chain Sequence |
MIVFVRFNSSHGFPVEVDSDTSIFQLKEVVAKRQGVPADQLRVIFAGKELRNDWTVQNCDLDQQDIVHIVQRPWRKGQEMNATNSFYVYCKGPCQRVQPGKLRVQCSTCRQATLTLTQGPSCWDDVLIPNRMSGECQSPHCPGTSAEFFFKCGAHPTSDKETSVALHLIATNSRNITCITCTDVRSPVLVFQCNSRHVICLDCFHLYCVTRLNDRQFVHDPQLGYSLPCVAGCPNSLIKELHHFRILGEEQYNRYQQYGAEECVLQMGGVLCPRPGCGAGLLPEPDQRKVTCEGNGFAFCRECKEAYHEGECSAVFEYRVDERAAEQARWEATTKPCPRCHVPVEKNGGCMHMKCPQPQCRLEWCWNCGCEWNRVCMGDHWFDV
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.
After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.
| molecule keywords |
E3 ubiquitin-protein ligase parkin
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| publication title |
Disruption of the autoinhibited state primes the E3 ligase parkin for activation and catalysis.
pubmed doi rcsb |
| source organism |
Homo sapiens
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| molecule tags |
Ligase
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| total genus |
85
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| structure length |
384
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| sequence length |
405
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| chains with identical sequence |
B
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| ec nomenclature |
ec
2.3.2.31: RBR-type E3 ubiquitin transferase. |
| pdb deposition date | 2015-06-15 |
| chain | Pfam Accession Code | Pfam Family Identifier | Pfam Description |
|---|---|---|---|
| A | PF00240 | ubiquitin | Ubiquitin family |
| A | PF01485 | IBR | IBR domain, a half RING-finger domain |
| A | PF17976 | zf-RING_12 | RING/Ubox like zinc-binding domain |
| A | PF17978 | zf-RING_14 | RING/Ubox like zinc-binding domain |
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
| Class | Architecture | Topology | Homology | Domain |
|---|---|---|---|---|---|
| Alpha Beta | Roll | Ubiquitin-like (UB roll) | Phosphatidylinositol 3-kinase Catalytic Subunit; Chain A, domain 1 |
#chains in the Genus database with same CATH superfamily 1Y8R C; 2AWT A; 2NR2 A; 2RGF A; 2PEA A; 2KN5 A; 2LAS A; 4BKS D; 2KO3 A; 3IHP C; 4DDG D; 3SDL C; 4WWN A; 3CST A; 4N9F 4; 2PE6 B; 3L08 A; 2V1Y A; 2N9P C; 1WM3 A; 3A9K B; 4W9I A; 3HHM A; 1OTR B; 2KQ7 A; 4NNJ B; 4AP4 C; 5IAA C; 1WGH A; 2DAF A; 2MBO A; 3JVZ X; 4IWO A; 2PPH A; 3WAP A; 4ICV A; 2PE9 A; 1UEL A; 4K1R B; 2XK5 A; 3ZNH B; 3H9D A; 1RLF A; 2DZK A; 2KX0 A; 4W9K A; 1Z5S B; 3VHT C; 4BOS C; 3APD A; 2D3G A; 2B3A A; 3B08 A; 2N7E A; 3V61 A; 3X23 A; 1NDD A; 1CMX B; 1XT9 B; 1WXV A; 1H4R A; 1V9J A; 3AU5 A; 3ONS A; 2K8H A; 3N3K B; 2ZEQ A; 2LZ6 A; 3BIN A; 3DQV A; 4F1S A; 3A33 B; 3IVF A; 3V6E B; 3NZS A; 5D94 A; 3PGE A; 2J0J A; 3TCA A; 2DYM A; 5D2M B; 2FID A; 4DDI D; 2MP2 A; 4EZK A; 1KM7 A; 1TTN A; 2XEW A; 4M8M A; 4FHJ A; 4AJY B; 3PRZ A; 5FR6 A; 2HJ8 A; 2RSU A; 3DBS A; 3RT3 B; 1JRU A; 3WAO A; 2BWE S; 3ZRF A; 2MRP A; 1D3Z A; 3OJ4 B; 3APC A; 3WA0 A; 1V2Y A; 1MG8 A; 3QQ8 B; 1R4M I; 2FCM A; 3D32 A; 2BYF A; 5AZH A; 3PRP B; 2WYQ A; 1I42 A; 3A4R A; 1E5W A; 1EF5 A; 3EC8 A; 1YX6 B; 2GBJ A; 5JHB A; 3PLU A; 4I6L B; 4W9C A; 3ZDM C; 3KYC D; 2NBV B; 3H7S A; 2JUO A; 1WZ0 A; 2MX2 A; 2MCN B; 4ZYN A; 3M3J A; 3VQI A; 1GJZ A; 4AOF A; 4BKS A; 1P3Q U; 4EZL A; 1P1A A; 2KC1 A; 1L7Y A; 3DCG A; 2O6V A; 2O6V B; 3DVG X; 4KDI C; 2NVU I; 3MTN B; 2C7N B; 5DCN A; 3VTV A; 1K8R B; 3TIX A; 1NBF C; 1Z2M A; 3UF8 A; 2L0T A; 4ZRK A; 3ZVV A; 2C7M B; 4GU2 A; 2JXX A; 1OQY A; 3BY4 B; 4W9L A; 2IY1 B; 2V4L A; 5D6J B; 5GMV A; 3A1Q A; 3A1Q B; 2KDI A; 4W9D A; 3X0W A; 1WIA A; 3UGB B; 3RCZ A; 1SIF A; 1S3S G; 3DBR I; 2AEH A; 4GSW A; 4NPN A; 3KH0 A; 3WAN A; 2ZVN A; 4FHK A; 4W9E A; 3QWZ B; 3ZRC A; 2BKR B; 2RPQ A; 2LXA A; 3IFW B; 3QX1 A; 1UBI A; 2JRH A; 2KD0 A; 2UWQ A; 1V6E A; 1WZ3 A; 2K6Q A; 2K8B A; 3KW5 B; 1V49 A; 4X57 B; 4WWP A; 4LDT D; 3TBL D; 4TQ0 A; 2I1K A; 3L0W B; 3VXW A; 1P9D U; 2KLG A; 2LJ5 A; 5LXI B; 1H8C A; 1LQB A; 1HE8 A; 3PTF C; 4LJP B; 2FCS A; 2VRR B; 4FJZ A; 2L05 A; 1YIW A; 3QC8 B; 1WJN A; 2KAN A; 3H6N A; 1EF1 A; 4NQK E; 4P7I A; 2JZZ A; 2ZVO A; 1WJU A; 5DPR A; 3W1S C; 4IG7 B; 4MGI E; 2M1M A; 5C23 A; 5TR5 A; 1ZGU B; 4K81 A; 4PS3 A; 2KDE B; 4DHJ B; 1V80 A; 1EO6 A; 2GBN A; 3U8Z A; 1WH3 A; 3Q3J A; 1E90 A; 2WDT B; 1WE7 A; 2GBR A; 4IUM B; 2CHX A; 3RZW C; 3PS6 A; 4MSQ B; 3UQB A; 3RZF A; 2ZCC A; 3IBE A; 2FIF A; 1GNU A; 2NPT A; 2NPT B; 3PLV A; 5J18 A; 2KJ6 A; 3SHQ A; 1BT0 A; 2KTF A; 3H7P B; 2ZCB A; 3TJP A; 2FAZ A; 4FLH A; 1I35 A; 1V5T A; 2KC2 A; 3LDZ E; 1Q1O A; 4K7W A; 4MGY E; 3VUY A; 4II3 B; 2JPH A; 4EKU A; 2C7H A; 5AZG A; 5LLI A; 1VD2 A; 1WM2 A; 4BFR A; 3GZN I; 4BKT A; 4DHZ B; 4TV3 A; 2EMS A; 4BOZ B; 3QK0 A; 3NZU A; 4W9F A; 5G2N A; 2XK5 B; 4EZJ A; 1G6J A; 4WQO B; 2KWC A; 4GN1 A; 3KUZ A; 5DPS A; 2AL6 A; 2IBI B; 4JIO U; 4MSM B; 3R7R A; 2KDF B; 2D2Q A; 2KWV B; 2NBU A; 4HCN B; 4MEM A; 4XX5 A; 4F7Z A; 3WAM A; 3L16 A; 3PZD A; 2KMA A; 1PQS A; 3PRE A; 4HCP B; 2RD0 A; 3NHE B; 1IPG A; 4HXD A; 3WAL A; 4FAD A; 4MJS A; 2BGF A; 2LRW A; 2BWF A; 2MP2 B; 3KVF B; 2A4Z A; 3LJ3 A; 3UIP B; 4GB9 A; 4ANU A; 4EEW A; 1TBE A; 1YD8 U; 2O2V A; 2O2V B; 2R2O A; 1Q5W B; 1UD7 A; 4IW0 A; 2GOW A; 4WJN A; 1RAX A; 1WYW B; 1F9J A; 3W1Y A; 2JY6 A; 2LVO A; 2M17 A; 2MLB A; 3DPD A; 1WI0 A; 2KXJ A; 4FJV B; 4HDO A; 2KK8 A; 1WX7 A; 4KIK A; 2GMI C; 2L3Z A; 3B1L X; 2MBQ A; 3HM6 X; 3ML9 A; 3L13 A; 2IO2 B; 3R7Q A; 3L17 A; 4URK A; 2FCQ A; 2MBH A; 2G4S A; 3K9O B; 1UBQ A; 5IA7 A; 2PJH A; 2JRI B; 1TZ1 A; 5L95 C; 2DAJ A; 3IG3 A; 3TMP B; 3RD2 A; 4BBN C; 4MH0 E; 4TKN A; 4DBG A; 2MBB B; 2LXC A; 1ZW7 A; 3C0R B; 2KOX A; 3KYD D; 3QAR A; 1X1M A; 3VH3 B; 3UIO B; 2DYO A; 2G4D B; 2IYD B; 4IM0 A; 3M63 B; 3QA8 A; 1U4A A; 4A20 A; 1P0R A; 1WFY A; 2LUE A; 2KZR A; 2NS5 A; 2G3Q B; 3PRM B; 3EFU A; 4E3C A; 3ENE A; 4FA6 A; 1UH6 A; 5EDS A; 5E6N A; 2ZJD A; 2IO1 B; 3QCA A; 4A3P A; 2ZPN A; 2J7Q B; 2XBB C; 4TUU A; 2A5U A; 3M62 B; 3ML8 A; 4DWF A; 2Z0E B; 2LWP A; 2JF5 A; 2K1F A; 2AYO B; 3RUL A; 1J0G A; 2DHZ A; 1E8W A; 2DEN B; 3RYT A; 2M8S A; 3U7D A; 2W9N A; 2WX0 A; 2YVC A; 2OOB B; 2BYE A; 4I6N B; 3V60 A; 3JW0 X; 2DZM A; 3CF6 E; 2C5L C; 2CHW A; 1WGD A; 2DYB A; 5JH5 C; 4F8C B; 2CR5 A; 2V3S A; 3OLM D; 4GGQ A; 3O65 B; 2ASQ A; 1LXD A; 2JT4 B; 4AJW A; 5E6P A; 4HDQ A; 3UQA A; 2KLC A; 4NQL B; 2J0K A; 2N9X A; 2YLM A; 2LRU A; 3EHV A; 2MBE A; 4J6I A; 4BVU C; 2R2Q A; 4HLE A; 2QHO A; 2IO0 B; 1UZX B; 2ZPY A; 1C1Y B; 4KZ0 A; 3ECI A; 3VDZ A; 2L7R A; 4MGK E; 3HIZ A; 3ZDT A; 2KJR A; 3MJW A; 4BKG A; 5HKH A; 5AEK B; 1OEY J; 3WIM A; 1KJT A; 3AXC A; 1WR6 E; 2HE7 A; 3VAW A; 3DDC B; 1J8C A; 5CHV C; 2LGD A; 2DZI A; 4ZDV A; 4G3X B; 1WY8 A; 1WXM A; 2LGY A; 3QAQ A; 3AUL A; 2IZV B; 4JL9 A; 2K6D B; 4HPL B; 2CHZ A; 4CO7 A; 2HD5 B; 2ZNV C; 4LJO B; 2JWZ A; 4IC7 B; 4ASW C; 2ZZP B; 4E74 A; 2FCN A; 4KVG B; 2KQS A; 2BPS A; 1GC6 A; 2C9W B; 2BYV E; 4YL8 A; 3PVL A; 1WX8 A; 2M0X A; 3QJZ A; 2I1J A; 3SU8 X; 5J2R A; 1V86 A; 1YQB A; 2MSE D; 2Z0D B; 2D11 A; 3GOE A; 2MW5 A; 3APF A; 3VTU A; 3ZNG C; 3PT2 B; 3AU4 A; 4NAW A; 3MHS D; 4NJ6 A; 3VVW B; 4FN2 A; 4FJY A; 1LM8 B; 3ZNI D; 3B0A A; 1E7U A; 2WWZ A; 3L54 A; 4JQW C; 3JSV A; 4HVB A; 2GBK A; 1WGG A; 4KSK C; 2KKC A; 1R4N I; 3K9P B; 4WJP A; 3V6C B; 4AUQ C; 3HK0 A; 3ZW3 A; 3UIN B; 2LVQ A; 1LFD A; 1WMH A; 1WMH B; 2M4N A; 2O6V D; 1OEY A; 4II2 B; 4KV2 A; 4LDT B; 1WXA A; 2L76 A; 2G45 B; 2KWU B; 4K7U A; 2IO3 B; 1KOT A; 2N7D A; 3A9K A; 1E7V A; 4JGH B; 4G50 A; 3DVN V; 2C60 A; 2Z59 B; 3S2A A; 4HPM B; 3ZKJ C; 4AWJ A; 2Y5B B; 4MJS B; 2MWS B; 3ZNZ B; 4FUL A; 4W9J A; 3DVN U; 4OVU A; 5DPW A; 4ANV A; 4HJK A; 2FNJ B; 1M94 A; 1S1Q B; 3M95 A; 4G0N B; 3SD5 A; 2CS4 A; 1E8Y A; 2KVR A; 3NS8 A; 2N9E B; 4A3O A; 3PHW B; 1OGW A; 1C3T A; 1YX5 B; 1ZKH A; 1A5R A; 3JYU A; 1YJ1 A; 5C1Z A; 3A9J A; 3A9J B; 1V5O A; 4KIK B; 3DOW A; 4XZ4 A; 2LD9 A; 5KHO A; 4WWO A; 4MEL A; 4ZRI A; 4GDL A; 2BKF A; 1SGH A; 2N1W A; 3DBH I; 4GDL B; 5J17 A; 3DBL I; 3VTW A; 3OAW A; 3ZTC A; 1NI2 A; 2WX1 A; 3TL5 A; 4EUT A; 3ALB A; 5CHF A; 3A4S C; 4M0W B; 1E8Z A; 4DK5 A; 4IWP A; 4PS8 A; 2UYZ B; 2JZ3 B; 3ZIM A; 2N4F A; 3VUW A; 4DHJ D; 2CKH B; 2N1V A; 2K39 A; 4W9H A; 5JZE B; 5JHA A; 2DX5 B; 1RRB A; 1GUA B; 3PV1 A; 4GIV A; 4RM8 A; 2KMC A; 3OJ3 A; 3P2B A; 4GMV A; 4M8N A; 5BO4 B; 4G11 A; 1WF9 A; 2BF8 B; 1J19 A; 1P98 A; 2KX3 A; 2LI5 A; 3N30 A; 4B95 A; 1WXS A; 4IWQ A; 2KFK A; 2KFK B; 5AZF A; 1WE6 A; 1L2N A; 2L00 B; 1IYF A; 3H1U A; 2HTH A; 2NCN A; 5KHQ A; 3L10 B; 2RR9 A; 3ZO5 B; 1GG3 A; 3NY5 A; 3W1S A; 3R66 C; 4MM3 A; 3VUX A; 3QIJ A; 4W9G A; 3VH4 B; 4EOY A; 4PYU A; 5DPT A; 1WR1 A; 2OJR A; 3DVG Y; 4BBN F; 4XC2 A; 4KDL B; 4MDK E; 4K7S A; 4WAA A; 2KNB A; 4TQ1 A; 3ZTD A; 1WX9 A; 4DXA B; 1T0Y A; 4ANW A; 4NJ7 A; 2LGX A; 1WGR A; 1WRD B; 3ZLZ A; 1EUV B; 3QHT A; 5G55 A; 2NBW B; 4FBJ B; 1E8X A; 2EMT A; 4GDK B; 2KHW B; 4GDK A; 3AI5 A; 1RFA A; 1V81 A; 4MGZ E; 3RUI B; 3V62 A; 1UGM A; 4OVV A; 1WJ6 A; 4PS7 A; 5CTR C; 4IM3 A; 2D07 B; 1KLV A; 2L8J A; 1TGZ B; 2FUH B; 2KDB A; 3I3T B; 4NY0 A; 2IY0 B; 5L83 A; 4GXB A; 4ZRJ A; 3Q3F A; 3NOB A; 4ANX A; 2REX A; 2MA9 B; 2KJH B; 3U30 A; 3PSE B; 2MQJ A; 1XD3 B; 4HWI B; 2AL3 A; 4CHK A; 4KZC A; 2ZNV B; 4IM2 A; 3HM3 A; 4GOC A; 3CSF A; 3EEC A; 4LCD E; 4RMA A; 3T8M A; 3KUC B; 3PHX B; 2EKE C; 4DHZ E; 4CYE A; 2J0M A; 4ICU A; 1VCB A; 3CMM B; 2K25 A; 4I6P A; 4WJQ A; 4E71 A; 2D10 A; 4B6W A; 4B9K A; 1ISN A; 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