The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.
Total Genus |
21
|
sequence length |
72
|
structure length |
72
|
Chain Sequence |
MHHHHHHAMEEVTIKANLIFANGSTQTAEFKGTFEKATSEAYAYADTLKKDNGEWTVDVADKGYTLNIKFAG
|
The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.
After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.
| publication title |
Structures of the B1 domain of protein L from Peptostreptococcus magnus with a tyrosine to tryptophan substitution.
pubmed doi rcsb |
| molecule keywords |
PROTEIN L
|
| molecule tags |
Protein binding
|
| source organism |
Finegoldia magna
|
| total genus |
21
|
| structure length |
72
|
| sequence length |
72
|
| chains with identical sequence |
B
|
| ec nomenclature | |
| pdb deposition date | 2001-01-23 |
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
| Class | Architecture | Topology | Homology | Domain |
|---|---|---|---|---|---|
| Alpha Beta | Roll | Ubiquitin-like (UB roll) | Ubiquitin-like (UB roll) |
#chains in the Genus database with same CATH superfamily 2PLP A; 2JWU A; 4OZC A; 2OED A; 4OZB A; 5JXV A; 2J52 A; 4IOI E; 1Q10 A; 1FCC C; 2IGD A; 5BMH A; 2PTL A; 2NMQ A; 1ZXH A; 1MI0 A; 2JZP A; 2I2Y A; 2KQ4 X; 2LHE A; 5BMI A; 2LUM A; 4D2K A; 2JXT A; 2PW9 A; 2LHD A; 4KGR A; 2KWD A; 3MP9 A; 2IGG A; 2IGH A; 2GI9 A; 4IKG A; 1K51 A; 2RMM A; 1QKZ A; 1C9F A; 2KAC A; 1UWX A; 2GB1 A; 5HG2 A; 1IBX B; 3UI3 A; 1KH0 A; 4GLS C; 1IGC A; 1MHX A; 4OZA A; 1K50 A; 2ONQ A; 2KDM A; 2ZW0 A; 1FCL A; 1JML A; 2N9K A; 1IGD A; 2KN4 A; 1EM7 A; 2QMT A; 1MHH E; 2JU6 X; 1HZ6 A; 1XF5 L; 1GB1 A; 1PGX A; 1P7E A; 1MPE A; 2JSV X; 4KGT A; 1IBX A; 5HFY A; 3FIL B; 1F2R I; 5HHD G; 1F2R C; 2N9L A; 2N7J A; 1YNT E; 2ON8 A; 1MVK A; 4HJG E; 1D4B A; 1P7F A; 5BMG A; 1HEZ E; 4MAC A; 1K52 A; 1GB4 A; 2I38 A; 4KGS A; 3GB1 A; 4WH4 A; 5HI1 A; 2LGI A; 1HZ5 A; 4HKZ E; 2RPV A; 1PGB A; 1FD6 A; 2ZW1 A; 2QSD A; 1YMH E; 1XCT L; 2K0P A; 1PGA A; 2J53 A; 1K53 A; 3V3X A; 1XCQ L; 3FIL A; 2EEL A; #chains in the Genus database with same CATH topology 2OED A; 3W1S A; 2HTM E; 3A9J B; 3MJW A; 2IDY A; 4DHZ E; 4XDD A; 2WS3 B; 1D6E C; 2NBV B; 3UIN B; 1F0Z A; 4WUR A; 1JWB D; 1L6U A; 4ZHO A; 3Q6B A; 2MX2 A; 3ZRF A; 1T0Y A; 2LWP A; 1C79 A; 3CIR B; 2KMC A; 2WP9 B; 3TSS A; 1WXV A; 2KVZ A; 4W9I A; 1C4P A; 1UWX A; 1IBX B; 2LRU A; 4P16 A; 1E5W A; 3B9J A; 4C7Y A; 4CQN A; 1JRP A; 1P0R A; 3VHT C; 1SGH A; 3VRB B; 4IUM B; 5JZE B; 4KX6 B; 5JHA A; 1EUV B; 4DHJ D; 3RUL A; 4N58 A; 1WGD A; 4ZRK A; 4RM9 A; 5DPW A; 4N9F 4; 1I42 A; 3BIN A; 1V5T A; 2KK8 A; 4JGH B; 3C0R B; 5CTR C; 5CX3 A; 5LXI B; 2D3A A; 1WYW B; 4KGT A; 5TSS A; 2O2V B; 3H1U A; 4ZOH C; 4GMV A; 3IG3 A; 4XGA B; 2WXH A; 2KWV B; 1YNT E; 4A8X C; 3RNF C; 4ZHP A; 4PYU A; 1K52 A; 2D10 A; 5EE9 A; 2L0T A; 3ZJU A; 4GIV A; 4KGS A; 3W5V B; 2XK5 A; 1CJE A; 3AEB B; 5HI1 A; 3NZU A; 4GXB A; 2N9P C; 1WH3 A; 3OAW A; 2UWQ A; 3UF8 A; 4FAD A; 3APD A; 3VVW B; 4LJP B; 3PTF C; 2B76 B; 2FUG 1; 3JVZ X; 2DBY A; 3ZJV A; 1L7Y A; 1WMH B; 3TEW A; 4PS8 A; 3CSF A; 3ZDT A; 3APF A; 1NYR A; 4A6Q A; 1I4R A; 4MSQ B; 2AEH A; 3ZGZ A; 5IN7 A; 3RNE C; 2KDE B; 4GSW A; 4MJS A; 1WZ3 A; 2RGF A; 5BMH A; 2ZVN A; 3ENE A; 2YLM A; 3DBS A; 1TS3 A; 2I2Y A; 1WM2 A; 3C8Y A; 1UBI A; 3R2I A; 4L2Y A; 2FNJ B; 5BYQ A; 1ZKH A; 2JXT A; 4ASW C; 2KWD A; 3NUH B; 1TYG B; 3AEE B; 1GC7 A; 2BYE A; 3M62 B; 4NJ6 A; 1SBB B; 4OVU A; 2KJ6 A; 3LXF A; 3ZNZ B; 4A3P A; 3GE8 C; 2WXM A; 5AUI A; 4DDG D; 1VDV A; 3IXS A; 2FE8 A; 2WGS A; 3HRD D; 3KW5 B; 1WX8 A; 4WJQ A; 3E56 A; 3RPF C; 1HXY D; 1FNV A; 3AN1 A; 4ZYN A; 3K9P B; 3A1Q A; 2ZCB A; 1XF5 L; 4IG7 B; 3UQB A; 2L00 B; 5C1Z A; 1JRO A; 1A5R A; 4M02 A; 4G0N B; 3RCZ A; 2WXP A; 3TL5 A; 4HDQ A; 3BYY B; 1KLU D; 1SXT A; 5DPS A; 3LB8 C; 5L83 A; 4HLE A; 2DZI A; 2GBR A; 1TS5 A; 4IM0 A; 3M63 B; 2FCM A; 4F1S A; 1XEE A; 1U4A A; 3ECI A; 3P2B A; 3WIM A; 3H6N A; 3RZF A; 3PLU A; 4L23 A; 2BS4 B; 2M4N A; 3AMZ A; 2NCN A; 3OWE B; 2Q5W D; 4OZB A; 3A33 B; 2KAJ A; 2L05 A; 2QHO A; 2RPQ A; 1FXT B; 3QA8 A; 3DHG C; 2BKF A; 2JZP A; 3DHH C; 4GDL A; 3HM6 X; 1RAX A; 1OEY A; 3L16 A; 1YQ4 B; 2MP2 B; 2ZNV B; 3DBL B; 4EZK A; 2W3R A; 3L17 A; 3I3T B; 2IO0 B; 1DYQ A; 1WR1 A; 4L1B A; 3V05 A; 1XO3 A; 2NS5 A; 3V62 A; 2KLC A; 4IDI A; 1V80 A; 4CO7 A; 2M8S A; 2ONQ A; 4KSK C; 2DYM A; 1JWS D; 1YX5 B; 1GOZ A; 2CU1 A; 3A4S C; 4O1N A; 1V9J A; 1XT9 B; 2KN4 A; 2QMT A; 4FA6 A; 1ENF A; 2I1K A; 4YT0 B; 1QOF A; 2L3Z A; 3ZO5 B; 2AQ2 B; 3AE7 B; 2G45 B; 2KFK A; 2CHW A; 2MJE A; 1FNU A; 3PRP B; 2BBC A; 3H8H A; 4WWO A; 3ETR A; 2MCN B; 3BZD B; 5L95 C; 1XLN A; 1HZ5 A; 5BYS A; 3VFK A; 2AWT A; 4KIK A; 2WWZ A; 3AE1 B; 4MH8 A; 5HKH A; 2HJ1 A; 1FD6 A; 1G6J A; 1BT0 A; 2CKH B; 3DPD A; 1KFY B; 2KDI A; 2O6V B; 3MTN B; 1RM6 C; 3HIZ A; 3V3X A; 1WGH A; 4NJC A; 4OZC A; 2PVG C; 1E90 A; 2IND C; 3NVV A; 1TZ1 A; 1F77 A; 1OGW A; 4N59 A; 3ZTC A; 3E9S A; 3NVW A; 1JQ4 A; 2EKI A; 1ZDV A; 4M0W A; 2BS2 B; 1B9R A; 1AN8 A; 2MBE A; 4KDL B; 2DZK A; 4C4V A; 4HKQ A; 1MJD A; 4YTP B; 1XXG A; 2L7R A; 2GMI C; 1C1Y B; 2JQR B; 3PT2 B; 3PRM B; 4AJY B; 1OTR B; 2N0S B; 3DQV A; 1DOX A; 4KDI C; 3T3N A; 1YN3 A; 5C23 A; 1TT5 B; 4RMA A; 3CWI A; 1TY2 A; 2WXG A; 1SJH D; 1EM7 A; 2BYF A; 3ML8 A; 4BKG A; 3NOB A; 2Y5C A; 3Q3N C; 2FCS A; 1FMA D; 3N32 A; 4PK1 A; 4LDT B; 4EUT A; 3KLS X; 1FFV A; 2ON8 A; 3T8M A; 3IVF A; 4NPN A; 2BGF A; 1FIQ A; 1L4Z B; 5AZH A; 3EUB 2; 2WDQ B; 1HTQ A; 2ACZ B; 4TKN A; 2MRP A; 2IY0 B; 3AE2 B; 3SR6 A; 2JRI B; 1I7H A; 1NYQ A; 2QSD A; 1L4D B; 1WGK A; 2LVP A; 2PEA A; 1YMH E; 2OJW A; 1YN4 A; 1XCT L; 3ZLZ A; 4GOC A; 3K9O B; 3HVD A; 2BB5 A; 1LM8 B; 4IWP A; 1E9M A; 2KWU B; 5J17 A; 2LAS A; 3IAM 1; 3W9C B; 4Q2J A; 4E74 A; 4IOI E; 4J3O D; 1IP9 A; 1UZX B; 4HPL B; 1N5W A; 3PSE B; 1WX9 A; 4CHK A; 1TZO A; 1JWM D; 2LHE A; 2W9N A; 3KQ4 A; 1AW7 A; 1E8W A; 2K6D B; 2O6V D; 5G5H A; 3LYY A; 1I4P A; 5BO4 B; 3PO0 A; 4KGR A; 4LNI A; 5AZG A; 1L6V A; 4TQ1 A; 2IGG A; 4HRS A; 4K3C A; 2RMM A; 5D3I B; 4FJZ A; 3Q8E A; 2OOB B; 4ICV A; 4LTU A; 3VH3 B; 2Z0D B; 2C60 A; 2LGS A; 2CHX A; 4K81 A; 4B0E A; 3QHT A; 4OVV A; 3UI3 A; 2BKR B; 4KV2 A; 3VTV A; 4ARC A; 3R8B A; 1YJI A; 2KO3 A; 5G5G A; 4K7U A; 3P4R B; 4M8M A; 1L0X B; 2DYO A; 4DBG A; 1Q5W B; 1QF6 A; 2ZW0 A; 2CHZ A; 1UD7 A; 2MLB A; 3NG0 A; 4LLG M; 5FK9 C; 3AED B; 1JRU A; 1NDD A; 1OFF A; 2Y3A A; 2XNA C; 2GBK A; 1UNS A; 3AM9 A; 3NZS A; 1TS2 A; 4HXD A; 3TEZ A; 5GXG B; 1GG3 A; 1D4B A; 4GU2 A; 1LXD A; 2ZEQ A; 1KF6 B; 2N4F A; 3BVM A; 1PFD A; 2QC8 A; 1FRR A; 2LGY A; 5JHB A; 1CQV A; 4LDT D; 1V86 A; 3DHI C; 3ZXR A; 1K53 A; 4P1B C; 1KJT A; 4B9K A; 2WXI A; 2JWU A; 3PS6 A; 4W9F A; 1EU3 A; 1P3Q U; 1FCC C; 3ZQ4 A; 4BFR A; 4ZDV A; 1UWM A; 3HHM A; 1ZUD 2; 4C56 C; 3APC A; 4BZA A; 1ZXH A; 1SB3 C; 3NJT A; 1IPG A; 4BBN C; 1N6Z A; 1VJK A; 2BQQ A; 3BK1 A; 1M94 A; 4FHK A; 4G11 A; 3OJ4 B; 3L4P A; 1OEY J; 4NJ7 A; 4LNN A; 2KAC A; 1RFK A; 4MGK E; 2SEB D; 5E6J A; 4MSM B; 1VRA B; 1H4R A; 2KN5 A; 1J8C A; 3DVN V; 4MGI E; 3NS8 A; 1SE9 A; 1YOV B; 2LI5 A; 2K8B A; 2LXC A; 2G4D B; 3J9C A; 3ZXV A; 4DXF A; 3W5U B; 3QCA A; 1C4A A; 2K39 A; 4NZL B; 5KHO A; 3WAN A; 2D2Q A; 3Q3J A; 5EE3 A; 2DX5 B; 1J7A A; 3P63 A; 1SIF A; 2BS3 B; 2DAJ A; 2YEP F; 2D11 A; 3B2F A; 2JU6 X; 4NQL B; 5D2M B; 5FKA C; 3N20 C; 3L13 A; 1VZ6 A; 3R3M A; 1PGX A; 2XN9 C; 2M1M A; 1IBX A; 2V0G A; 1E6E B; 1C77 A; 3B08 A; 5D3D A; 4AJW A; 2G4S A; 3ABV B; 3CMM B; 3Q14 C; 1ET9 A; 1PUT A; 2LUE A; 1QQR A; 2Y5B B; 3X23 A; 4US9 A; 1E8Z A; 2RPV A; 4KZC A; 1C3T A; 3DVN U; 2ZW1 A; 4EEW A; 1WE7 A; 1I4H A; 2EEL A; 3VUW A; 3ZJT A; 2GBN A; 1WGR A; 2MBQ A; 1ZE3 D; 5J2R A; 2J52 A; 2N9E B; 3PV1 A; 2FUH B; 5FR6 A; 1KOT A; 2V9H A; 4FJV B; 5AZF A; 4NAW B; 3WAM A; 4GB9 A; 3RNG C; 3JSV B; 2W82 A; 4XYC A; 2WDT B; 1AAR A; 4W9H A; 2JXX A; 2KDB A; 1WMH A; 4RCO A; 1LO5 D; 1K51 A; 3QJZ A; 2J0K A; 1Y8R C; 2M19 A; 2V3N A; 4YL8 A; 4AP4 C; 3BWU D; 3DVG Y; 3RI7 C; 1KLV A; 5GMV A; 2IO1 B; 3P4S B; 2K1F A; 1SSN A; 4ACF A; 4USA A; 3L54 A; 5D7G A; 2K25 A; 2M0A A; 4ANV A; 2AL6 A; 2IO3 B; 4H2A A; 4A20 A; 4EZL A; 2GLS A; 2JUO A; 5KHQ A; 4QAY A; 5J18 A; 1FXA A; 1SF0 A; 1TY0 A; 2G3Q B; 4BOS C; 2IYD B; 1TBE A; 3AE3 B; 3DDC B; 3P4P B; 3VR8 B; 1UF0 A; 2NTS A; 3VR9 B; 1QOG A; 2ZNV C; 1OQR A; 2NVU I; 2IY1 B; 1X1M A; 2AQ3 B; 2V4L A; 4RNA A; 3RNB C; 2A4Z A; 1R4N I; 3MFG A; 2KFJ A; 4AUQ C; 4US8 A; 2IZV B; 1N60 A; 2WXR A; 2DWQ A; 4JL9 A; 2DLB A; 1HA5 A; 1V1O A; 1NI3 A; 4XWT A; 3OG5 A; 1R7S A; 3RN9 C; 3V6E B; 3ZRC A; 2TSS A; 4IWO A; 5TR5 A; 1OQY A; 3ALB A; 4F8C B; 3ZYY X; 2INC C; 3P42 A; 1ZGU B; 1E0Z A; 1EU4 A; 1WY8 A; 2BVC A; 1TGZ B; 2K6Q A; 1WXS A; 3RUI B; 1E10 A; 4FLH A; 4GDK B; 1SE3 A; 2JZZ A; 5H8Y E; 2QDF A; 4JQW C; 1KH0 A; 4GLS C; 2EMT A; 2WLB A; 5D94 A; 2KX0 A; 2IJ0 A; 1ZPS A; 5G55 A; 4JPS A; 1E7V A; 1FPY A; 4LNO A; 2L32 A; 2MP2 A; 2BYT A; 4JLC A; 1EWC A; 3PHW B; 4PYZ A; 4HEA 1; 3GZN B; 2JSV X; 3KUC B; 1GC6 A; 1STE A; 2BT6 A; 4E3C A; 2N9L A; 4HJG E; 1GB4 A; 5E6P A; 2WNM A; 3AB5 A; 5IAA C; 2NR2 A; 3W2D A; 3TEY A; 4MEM A; 1IUE A; 3O13 A; 4II2 B; 3AE4 B; 2UU7 A; 1WX7 A; 3PRE A; 4WJP A; 2JVC A; 2V1Y A; 1VD2 A; 3BVG A; 2WU2 B; 2Z59 B; 5AUK A; 3SFD B; 3PZD A; 1XQQ A; 4M01 A; 4BVU C; 3B1L X; 1FXI A; 4IC7 B; 3AEF B; 3U30 A; 4KZ0 A; 1Q10 A; 1J7C A; 1WI0 A; 1GNU A; 3U2S C; 3ZTD A; 4HPM B; 3AEA B; 5LLI A; 1A70 A; 1P1A A; 2PMV A; 1WXA A; 4D2K A; 3C19 A; 3SEB A; 2LHD A; 3AUL A; 2IGH A; 1QZE A; 2O6V A; 1K8R B; 2GI9 A; 2KX3 A; 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3B2G A; 1WJ4 A; 3HVZ A; 2KJH B; 2WDR B; 4S0R A; 4WJO A; 1HZ6 A; 4WWM A; 2X38 A; 3T9L A; 3TIX A; 3VUX A; 4HWI B; 3TJP A; 2ICI A; 4ZRQ A; 2LVQ A; 2VH1 A; 1ZDX A; 2MJD A; 2L83 A; 3IAS 1; 2WQY B; 2PJH A; 3WA0 A; 1V6E A; 2K22 A; 3GB1 A; 3AE5 B; 4K3B A; 1V5O A; 4XC2 A; 3ZIM A; 4XWW A; 4AQ7 A; 3AE6 B; 2MBO A; 2XBB C; 3SFE B; 5IO9 A; 4EZJ A; 3RNA C; 2QCZ A; 1BXT A; 2I1J A; 2KTR B; 3A9K B; 3OJ3 A; 4DQO C; 2DZJ A; 1B1Z A; 3AU4 A; 3B0A A; 2CS4 A; 3W1S C; 2OJR A; 1PYW D; 2JWZ A; 4K7S A; 3U4E G; 3Q3O C; 4ZRP A; 2NMQ A; 1MI0 A; 2QIE B; 4PT5 A; 3KUD B; 2J7Q B; 4EOY A; 1RRB A; 4W9G A; 1HQR D; 3SHQ A; 3DCG A; 1QOB A; 2V4I B; 3MP9 A; 3TBL D; 4ITK A; 1QKZ A; 2WXL A; 2KNB A; 2KC1 A; 3KWL A; 2GB1 A; 4EKU A; 2BPS A; 2BWF A; 4W9K A; 3Q69 A; 1YJ1 A; 1D5X C; 3VXW A; 3MC9 A; 1H8C A; 1L0V B; 1N61 A; 4FN2 A; 1F9J A; 1NEK B; 2CJO A; 4RGO S; 1XD3 B; 5BYR A; 2HJ8 A; 1IGD A; 4RH6 A; 2GBM A; 1E7U A; 1YQ3 B; 1F52 A; 3Q3F A; 1V8C A; 4RGN A; 2AL3 A; 1JWA D; 2Z0E B; 1SJE D; 1R4N B; 1GB1 A; 3AE8 B; 3O65 B; 3A9J A; 2PE9 A; 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