The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.
Total Genus |
17
|
sequence length |
67
|
structure length |
67
|
Chain Sequence |
HHAMEEVTIKANLIFANGSTQTAEFKGTFEKATSEAYAYADTLKKDNGEWTVDVADKGYTLNIKFAG
|
The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.
After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.
| publication title |
Structures of the B1 domain of protein L from Peptostreptococcus magnus with a tyrosine to tryptophan substitution.
pubmed doi rcsb |
| molecule keywords |
PROTEIN L
|
| molecule tags |
Protein binding
|
| source organism |
Finegoldia magna
|
| total genus |
17
|
| structure length |
67
|
| sequence length |
67
|
| chains with identical sequence |
B, C
|
| ec nomenclature | |
| pdb deposition date | 2001-01-23 |
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
| Class | Architecture | Topology | Homology | Domain |
|---|---|---|---|---|---|
| Alpha Beta | Roll | Ubiquitin-like (UB roll) | Ubiquitin-like (UB roll) |
#chains in the Genus database with same CATH superfamily 4OZC A; 1K51 A; 1HZ5 A; 1FCL A; 1MHX A; 1MI0 A; 1XF5 L; 3MP9 A; 1IBX B; 2KDM A; 2KAC A; 2QSD A; 5BMG A; 2NMQ A; 5BMI A; 1XCT L; 2N7J A; 2ZW0 A; 4KGT A; 2RMM A; 1FCC C; 4OZA A; 2JZP A; 5BMH A; 2PW9 A; 1MHH E; 2QMT A; 5HG2 A; 1IBX A; 2N9L A; 1K50 A; 2IGG A; 1JML A; 1F2R I; 2LGI A; 2I2Y A; 1PGB A; 2J52 A; 2LHE A; 2K0P A; 2J53 A; 2KQ4 X; 2LHD A; 1IGC A; 1QKZ A; 1PGA A; 5HHD G; 2I38 A; 3FIL B; 1YNT E; 2IGD A; 1UWX A; 1Q10 A; 2JU6 X; 2ZW1 A; 2N9K A; 1P7E A; 1K52 A; 5JXV A; 1GB4 A; 2KWD A; 1F2R C; 1K53 A; 4OZB A; 1D4B A; 2PLP A; 3FIL A; 2PTL A; 1YMH E; 5HI1 A; 2RPV A; 2EEL A; 1HEZ E; 2IGH A; 4IOI E; 1IGD A; 1P7F A; 1FD6 A; 1XCQ L; 4D2K A; 2LUM A; 1PGX A; 2JSV X; 5HFY A; 3V3X A; 2KN4 A; 2GI9 A; 4IKG A; 1ZXH A; 4GLS C; 2GB1 A; 1C9F A; 4KGR A; 4HJG E; 4WH4 A; 2OED A; 4KGS A; 1MPE A; 1HZ6 A; 1KH0 A; 3GB1 A; 4HKZ E; 1GB1 A; 2JXT A; 2ON8 A; 4MAC A; 3UI3 A; 2ONQ A; 2JWU A; 1EM7 A; 1MVK A; #chains in the Genus database with same CATH topology 2WX1 A; 4MSQ B; 1I42 A; 4M02 A; 1T5X D; 3PRP B; 4HCN B; 4GN1 A; 2XK5 B; 5JHA A; 3Q3F A; 5E6P A; 1T0Y A; 1QIL A; 3OLM D; 1E9M A; 1UD7 A; 1CQV A; 1MHH E; 2WQY B; 1ZP0 B; 1R4N B; 3RNE C; 4TV3 A; 4FLH A; 4BBN F; 1OGW A; 2NS5 A; 1WGR A; 1N5W A; 2V0G A; 1D5X C; 2IGG A; 1ZDX A; 1OQQ A; 1WMH A; 4KSK C; 1TYG B; 3N1X C; 4L23 A; 4G0N B; 1EWY C; 2J52 A; 3B2G A; 4DHJ D; 3DWM A; 3H7S A; 3N30 A; 3QAR A; 3RMK C; 2QHO A; 5HHD G; 3ZXV A; 5FKA C; 3DBR I; 1CZP A; 1DOI A; 3AE8 B; 1J7B A; 2KO3 A; 2LUE A; 3SFD B; 5JXV A; 3WAN A; 4WWM A; 4WQO B; 4J3O D; 1F2R C; 1XXG A; 3MJW A; 3AI5 A; 1V86 A; 4YTM B; 2H88 B; 2INN E; 3IAS 1; 2EEL A; 5IP4 D; 1FFU A; 2N7E A; 2BPS A; 4TQ0 A; 1BML C; 3DBH I; 2KX3 A; 4RGO S; 1AAR A; 2JUO A; 3FKY A; 1L5P A; 2DYB A; 2BS3 B; 4DDI D; 1TGZ B; 2GB1 A; 2LRW A; 3RFZ B; 3H6N A; 4KGS A; 2GBK A; 3JSV B; 4K7U A; 1HZ6 A; 3AE5 B; 4HCP B; 1N61 A; 1EWC A; 1D3Z A; 3U8Z A; 3NY5 A; 1WI0 A; 2KJH B; 2KMC A; 1FPY A; 1WGG A; 4GDK A; 1JRO A; 2GMI C; 3VDZ A; 1QOF A; 2ZW0 A; 5D94 A; 3DHI C; 1WXA A; 4AUQ C; 1UEL A; 2Y5C A; 4KDL B; 1V97 A; 2CKH B; 4BKS D; 5HG2 A; 1UGM A; 3EFC A; 3JW0 X; 4LNI A; 1NEK B; 2AL3 A; 3P4S B; 2IZV B; 1LM8 B; 3IFW B; 1WX7 A; 1E5W A; 1IGC A; 1FNV A; 1L4Z B; 4M8N A; 1QF6 A; 3GZN I; 1WF9 A; 2LMC A; 4WIP A; 1TS3 A; 1YNT E; 3O65 B; 3UF8 A; 1SF0 A; 3U7D A; 3BIN A; 2MBH A; 4JE3 B; 1NYR A; 2JU6 X; 2ZW1 A; 2XEW A; 1I4P A; 1C77 A; 4JLC A; 3VR8 B; 4XWT A; 3IT4 B; 2C60 A; 1YN3 A; 3VFK A; 4BOS C; 2GBJ A; 3O13 A; 1YMH E; 1E7V A; 2A5U A; 3DCG A; 4A3P A; 4RMA A; 3T3N A; 1AWD A; 2LUM A; 1PGX A; 1WZ3 A; 2IO2 B; 4A90 A; 1C76 A; 1JRP A; 3WAO A; 4IKG A; 2YEP F; 4MDK E; 4C80 A; 4ARI A; 3P2B A; 3UIP B; 2AWT A; 4USA A; 2W3R A; 3AN1 A; 2ZZP B; 1KH0 A; 3V6C B; 2LGX A; 1JCK B; 1B1Z A; 2Q5W D; 1L2N A; 2V1Y A; 1UH6 A; 1NI3 A; 3BYT B; 4NY0 A; 2PKO A; 1V49 A; 1WJ4 A; 2JT4 B; 1VCB A; 3PRE A; 1U4A A; 2E6X A; 2LRU A; 1WMH B; 3HHM A; 2G9H D; 3L13 A; 1KFY B; 4KGT A; 5BO4 B; 2RMM A; 4MSM B; 2N9X A; 2PJH A; 4LNK A; 2NBW B; 3TL5 A; 2DNF A; 3L54 A; 4W9I A; 2KMM A; 3ONS A; 2KMA A; 4C00 A; 1SXT A; 1WX8 A; 1C79 A; 1LO5 D; 2AQ3 B; 3KWL A; 1ZOY B; 1PFD A; 3R7Q A; 2L00 B; 4OHJ A; 1OTR B; 2L0F A; 2DEN B; 3A4S C; 1L6V A; 1QOA A; 1SEB D; 4L1B A; 5EDS A; 1T3Q A; 3R8B A; 2A4Z A; 1P1A A; 1EU4 A; 4B95 A; 4C7Y A; 1C4C A; 2KN5 A; 2KJ6 A; 3VUW A; 3GE3 C; 2SAK A; 1D5M C; 4LNO A; 2V9H A; 3U52 E; 3Q8E A; 2WXG A; 3V6E B; 2MWS B; 2MQJ A; 3M95 A; 3TEZ A; 2KDE B; 1V1P B; 1QOB A; 3GE8 C; 4NQL B; 1IP9 A; 5AZG A; 4FHK A; 5D6J B; 3U30 A; 3ENE A; 4XGA B; 3MJ5 A; 1FNU A; 4YXD B; 4W9K A; 4GGQ A; 1FD6 A; 4RM8 A; 4DDG D; 2L0T A; 1YN5 A; 2L76 A; 4DXA B; 3RNG C; 3NZU A; 2KC2 A; 1FXA A; 3PZD A; 4LTU A; 3A9K B; 4GDK B; 2D2Q A; 3AEB B; 2EMS A; 1TY0 A; 1OFF A; 3W1Y A; 2ACZ B; 2ON8 A; 4K7W A; 1C3T A; 3QQ8 B; 3DPD A; 4OZC A; 3SU8 X; 4JWU C; 1MHX A; 3EHV A; 2D10 A; 4FJZ A; 3PGE A; 5BMI A; 1KM7 A; 1C1Y B; 3DBL B; 3TBL D; 4KX6 B; 4KIK A; 1C4A A; 4ZHP A; 1I4X A; 1TKE A; 2G45 B; 1FFV A; 2E3T A; 2JY6 A; 2G4S A; 5E6N A; 3LXF A; 1SJH D; 3MC0 B; 5IA7 A; 4RM9 A; 1J8C A; 1E0Z A; 1TKG A; 2BVC A; 1VDV A; 1BT0 A; 3AM9 A; 4JGH B; 2KC1 A; 4TMA B; 3BZD B; 1WGD A; 3C0R B; 4YL8 A; 1B9R A; 4EZK A; 1MFW A; 5EE3 A; 4ANU A; 3AEG B; 2V4I B; 2AEH A; 1L0Y B; 3VHT C; 2KK8 A; 1JQ4 A; 1JWS D; 1ZPS A; 5AZF A; 2KLG A; 2L05 A; 1GPX A; 4TUU A; 4WJP A; 2M8S A; 4HKQ A; 2I1J A; 2WXL A; 3VXW A; 3VQI A; 3TEY A; 1KJT A; 2KWD A; 2Z0D B; 2GOW A; 2DZI A; 1L4D B; 4PT5 A; 2PTL A; 3OJ4 B; 2J0J A; 2PVO D; 5EE1 A; 1WZ0 A; 3KLS X; 4WWO A; 4BKT A; 4UDU C; 2NVU I; 2FCN A; 4HLE A; 1P7F A; 5D3D A; 5IN7 A; 4MM3 B; 2KOX A; 4LDT B; 3DVG Y; 1KF6 B; 1WM2 A; 4S17 A; 3PV1 A; 4GOC A; 1H8C A; 3VRA B; 4YT0 B; 4HJG E; 2L3Z A; 2JYE A; 1UBI A; 1T0S C; 2L32 A; 3Q14 C; 1F9J A; 2M0A A; 1E10 A; 3RUI B; 2REX A; 2N4F A; 3NJT A; 4MEM A; 2IBI B; 2WWZ A; 1SE3 A; 2Z59 B; 1QQR A; 1YJI A; 2VZK B; 3H1U A; 2BQQ A; 1TS2 A; 1UWM A; 3VR9 B; 1SIJ A; 1UBQ A; 3C19 A; 4K1R B; 3SFE B; 1WJU A; 2BTE A; 1Y8R C; 3KWV A; 1K50 A; 1JML A; 2GBM A; 3T8M A; 4BZA A; 2ZPN A; 4P16 A; 4IDI A; 3R3M A; 1NBF C; 4FXC A; 3R7R A; 3QCA A; 1XLO A; 4NZL B; 4XC2 A; 2UYZ B; 4FA6 A; 1NEN B; 2C7M B; 4US8 A; 3EUB 2; 1QOG A; 1RLF A; 4LCD E; 2BGF A; 1E6E B; 4GB9 A; 2QJL A; 1K53 A; 2GBR A; 1AYF A; 1OEY A; 1QZE A; 3NS8 A; 4JL9 A; 4IOI E; 1XLQ A; 2OHF A; 3DHH C; 1NVI D; 5H8Y E; 1NYQ A; 4BKS A; 4JWS C; 2VH2 A; 4M0W B; 3UIO B; 2K6D B; 5DPR A; 1ENF A; 4B0E A; 2NPT B; 4Q2J A; 4O1N A; 4YTP B; 1E8X A; 2MJE A; 3A33 B; 4RGM A; 3ZDM C; 4KIK B; 2MX2 A; 4MAC A; 2V3P A; 5J18 A; 2JWU A; 2MH7 A; 1T0R C; 1YQ3 B; 3RYT A; 1YN4 A; 1ESF A; 1MI0 A; 1RFA A; 2RDG A; 2AQ2 B; 3TUO A; 2LVQ A; 1EF1 A; 2V4L A; 1EO6 A; 2N7J A; 3B2F A; 4HPL B; 5LNK 1; 5CHF A; 4EUT A; 1WJ6 A; 1TIF A; 2LGS A; 1VJK A; 2CJN A; 3NOB A; 4ZYS A; 1GOZ A; 2QMT A; 4W9L A; 2FNJ B; 2M56 B; 4LNN A; 4IWO A; 2Y3A A; 3V62 A; 3MHZ A; 1YIW A; 3Q8C A; 2NR2 A; 4A8X C; 1VRA B; 2MLB A; 4WQM A; 3KQ4 A; 2LHD A; 3AE1 B; 3VVW B; 2AL6 A; 2GLS A; 2K22 A; 4IWQ A; 2HTH A; 3BYY B; 2IGD A; 1P9D U; 1G6J A; 3X0W A; 2JF5 A; 3S2A A; 2FCQ A; 2KAN A; 2LVO A; 1TZ1 A; 4US9 A; 1JWA D; 3N9Y C; 4JIO U; 1E7U A; 3VUX A; 3VTW A; 2JPH A; 3CWI A; 3PLV A; 2L1A A; 2HJ8 A; 2IYD B; 3GP7 A; 4DHJ B; 2KJR A; 1SB3 C; 4M8M A; 3SDL C; 1S1Q B; 2KNB A; 1ROE A; 3OWE B; 3BVG A; 4NQK E; 1VD2 A; 1ZE3 D; 2K6Q A; 2WLB A; 2MEK A; 1EF5 A; 3QJZ A; 2KD0 A; 4E3C A; 1WXS A; 3KUZ A; 2WHI A; 3Q3M C; 4IM0 A; 2N1V A; 2LGD A; 5CTR C; 4N6E B; 4RF1 A; 3IAM 1; 3KYD D; 3Q8B A; 1YQB A; 2KDB A; 4BVU C; 3ZRF A; 4XE0 A; 1EM7 A; 3RUL A; 2IJ0 A; 1V1P A; 4G50 A; 4HWI B; 4WJN A; 1Z5S B; 1ZKH A; 2INP E; 4NAM A; 2GRI A; 4DHZ E; 3HK0 A; 3EEC A; 4ZRP A; 2LD9 A; 5BMH A; 3IHP C; 2PW9 A; 4IWP A; 2KWC A; 4ZRI A; 3UQA A; 2W54 A; 1MG8 A; 4J6I A; 2RSU A; 3A9K A; 1SJE D; 1C4P A; 5DPS A; 3LYY A; 4FN2 A; 4XWW A; 1TJE A; 2LXC A; 4IW0 A; 1S3S G; 4XX5 A; 2CHW A; 3PRZ A; 3HUI A; 2Z8L A; 2QCZ A; 2R61 A; 2B3A A; 3W1S C; 2NCN A; 1WRI A; 1V8C A; 2PLP A; 2YEP B; 1WR1 A; 3QX1 A; 4EFO A; 4W9C A; 1XLP A; 3B9J A; 2X38 A; 3AU4 A; 3MFG A; 5C1Z A; 1KLV A; 3ZJV A; 2D5G A; 1WRD B; 4OW0 A; 3PHX B; 3QHT A; 1SGH A; 2IO0 B; 1ZXH A; 3IBE A; 2J42 A; 4YSX B; 3L08 A; 1ET9 A; 4KSL C; 1MPE A; 1V1O A; 1ZUD 2; 2WGS A; 4K3C A; 1EU3 A; 3W5U B; 4PS7 A; 2ONQ A; 2IO1 B; 2WDT B; 4II2 B; 2EKE C; 1FCL A; 1JWM D; 3RT3 B; 3N3K B; 2QSD A; 3SD5 A; 4HPP A; 2D07 B; 3P4P B; 2HTM E; 3ZXR A; 2WXM A; 1WXM A; 4MM3 A; 3PHW B; 3PZ7 A; 1KTK A; 3N1Z C; 4C7Z A; 3RNA C; 1JWB D; 2N9L A; 1ET6 A; 2KXJ A; 2R2O A; 4RCO A; 2KWV B; 5H92 C; 2MA9 B; 2RDB C; 5CHW A; 1HA5 A; 1SIF A; 2ZEQ A; 2D11 A; 4MT5 A; 2BWE S; 1Y56 A; 2BYE A; 2KDF B; 2H89 B; 2Y5P A; 4A9A A; 1XEE A; 1ISN A; 1H4R A; 2ZNV C; 4RGT A; 4ZYN A; 2MCN B; 4CHK A; 4W9E A; 2BB5 A; 2KLC A; 4JPS A; 1T6B X; 3CST A; 5BYS A; 3PRM B; 4KVG B; 1R4N I; 3EGR A; 3SEB A; 1CMX B; 4TQ1 A; 1GUA B; 3QC8 B; 1FM0 D; 1Q1O A; 3RZF A; 1WYG A; 1RFK A; 3DWG C; 4PK1 A; 4RH6 A; 3TCA A; 1TT5 B; 2J0K A; 1R4M B; 5HFY A; 3K9P B; 1ACC A; 3DOW A; 1E90 A; 4A6Q A; 2GI9 A; 5KHQ A; 2PEA A; 2Y5B B; 4MEL A; 3N32 A; 1PDX A; 1TS5 A; 2KZR A; 4LJO B; 3H9D A; 3ZGZ A; 1QLB B; 1V6E A; 5LXI B; 3ZLZ A; 2AYO B; 5G5G A; 3U7Z A; 4GIV A; 2Z0E B; 3AH7 A; 3P4R B; 3PZ8 A; 4HXD A; 4W9F A; 3KW5 B; 5BYR A; 2KX0 A; 1A5R A; 4KKJ A; 1TBE A; 3TMP B; 2AQ1 B; 4OZA A; 3DQV A; 4KKI A; 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1BUI C; 1V5T A; 2BS4 B; 3DBH B; 3DVN U; 3BY4 B; 1WIA A; 3AXC A; 1WH3 A; 1L7Y A; 2I2Y A; 4ZRK A; 2LHE A; 4EE2 A; 3V61 A; 2J53 A; 2WXO A; 2WXI A; 2DAJ A; 2JXX A; 1QKZ A; 1D5Z C; 3PPA A; 2QIL A; 4EOY A; 2I38 A; 1XQQ A; 2DWQ A; 4HPM B; 1Q0W B; 1GAQ B; 4N58 A; 1X1M A; 4DHZ B; 3AMZ A; 2C7N B; 3RNF C; 5G2N A; 1XT9 B; 3NS1 A; 1GC7 A; 1GG3 A; 1TY2 A; 3HVZ A; 1JRU A; 4DBG A; 1V80 A; 3AU5 A; 4I6P A; 3PSE B; 3KUC B; 4I6N B; 5J2R A; 2PPH A; 1LQB A; 1V5O A; 4W9J A; 2WXR A; 2LGY A; 2J4X A; 3B1L X; 4EZL A; 2O6V D; 1UUP A; 4II3 B; 3V3X A; 2M19 A; 5CHV C; 1FRR A; 1J19 A; 2N0S B; 3RD2 A; 4GLS C; 4E71 A; 4ACF A; 4NAW B; 2NBU A; 3ABV B; 2WXH A; 3DBS A; 5DCN A; 3GS2 A; 4BAX A; 2WDR B; 4IUM B; 1I4H A; 2KTF A; 4PYU A; 2MHJ A; 3M62 B; 2DZM A; 1XF5 L; 3MP9 A; 2CU1 A; 2KDM A; 3L4P A; 1JAL A; 2NMQ A; 2KFJ A; 2PIA A; 4WAA A; 3A1Q B; 4MH8 A; 3EC8 A; 1FCC C; 3ZVV A; 1FO4 A; 1SSN A; 5C3J B; 2FCM A; 1SE2 A; 2EMT A; 1QT9 A; 1VZ7 A; 3Q6B A; 2L7R A; 1IYF A; 1FXT B; 2BWF A; 2CJO A; 3Q3N C; 4OVZ A; 3BII D; 3DHG C; 3ZRC A; 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