The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.
Total Genus |
17
|
sequence length |
67
|
structure length |
67
|
Chain Sequence |
HHAMEEVTIKANLIFANGSTQTAEFKGTFEKATSEAYAYADTLKKDNGEWTVDVADKGYTLNIKFAG
|
The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.
After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.
| publication title |
Structures of the B1 domain of protein L from Peptostreptococcus magnus with a tyrosine to tryptophan substitution.
pubmed doi rcsb |
| molecule keywords |
PROTEIN L
|
| molecule tags |
Protein binding
|
| source organism |
Finegoldia magna
|
| total genus |
17
|
| structure length |
67
|
| sequence length |
67
|
| chains with identical sequence |
B, C
|
| ec nomenclature | |
| pdb deposition date | 2001-01-23 |
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
| Class | Architecture | Topology | Homology | Domain |
|---|---|---|---|---|---|
| Alpha Beta | Roll | Ubiquitin-like (UB roll) | Ubiquitin-like (UB roll) |
#chains in the Genus database with same CATH superfamily 2IGH A; 1GB4 A; 4OZA A; 4WH4 A; 2N9K A; 2KN4 A; 2JWU A; 2K0P A; 2QMT A; 1FD6 A; 4KGS A; 2RPV A; 1YMH E; 2QSD A; 2ON8 A; 1HZ5 A; 1JML A; 4KGT A; 1FCL A; 1XCT L; 1HEZ E; 5JXV A; 1ZXH A; 5HG2 A; 5BMG A; 1C9F A; 1F2R I; 5BMI A; 2GI9 A; 3GB1 A; 2IGD A; 2LUM A; 2JU6 X; 1XCQ L; 4OZB A; 2EEL A; 1XF5 L; 2KQ4 X; 1EM7 A; 1IGD A; 1MVK A; 1KH0 A; 3V3X A; 1P7F A; 5BMH A; 1P7E A; 1HZ6 A; 4HJG E; 2OED A; 3MP9 A; 1FCC C; 2IGG A; 2GB1 A; 1K53 A; 5HHD G; 3UI3 A; 2JSV X; 2I2Y A; 4HKZ E; 2ONQ A; 1K51 A; 2JXT A; 1QKZ A; 1MHX A; 1PGX A; 2J52 A; 2LHE A; 1PGB A; 2NMQ A; 2PTL A; 1K52 A; 1UWX A; 1K50 A; 2N9L A; 2PW9 A; 1IBX A; 2ZW0 A; 4KGR A; 1D4B A; 5HFY A; 2RMM A; 1IGC A; 3FIL A; 2I38 A; 4OZC A; 4IKG A; 2J53 A; 4MAC A; 1IBX B; 1MHH E; 1MI0 A; 1Q10 A; 1F2R C; 2KAC A; 2N7J A; 2KDM A; 3FIL B; 4IOI E; 1PGA A; 2KWD A; 5HI1 A; 2LGI A; 1MPE A; 2ZW1 A; 1GB1 A; 2PLP A; 2JZP A; 2LHD A; 4D2K A; 1YNT E; 4GLS C; #chains in the Genus database with same CATH topology 3PRM B; 1ESF A; 2BTE A; 3D32 A; 1FD6 A; 3AV8 A; 1ACC A; 2OOB B; 1YN3 A; 3TUO A; 5CHW A; 4BKG A; 1R4M B; 2C7N B; 2BS2 B; 2D3A A; 1G6J A; 3QCA A; 3DHI C; 1F2R I; 3N1X C; 2IY0 B; 3GB1 A; 1LO5 D; 2YEP B; 1MJD A; 2KMA A; 2KX3 A; 3O65 B; 4C7Z A; 2JWZ A; 1J0G A; 1XF5 L; 2KLC A; 4W9L A; 3VHT C; 5L83 A; 1KH0 A; 4IUM B; 5BMH A; 2X38 A; 2KDI A; 2W82 A; 2KD0 A; 3BK2 A; 4IG7 B; 2GBJ A; 1VRA B; 1FCC C; 1HTO A; 4KSK C; 3EC8 A; 4WAF A; 1V1P B; 4TUU A; 3PSE B; 1WWT A; 4FN2 A; 4XE0 A; 4WJO A; 2JXT A; 4OW0 A; 4PT5 A; 1WGY A; 1V80 A; 2MBH A; 3ZTD A; 2KDF B; 2N1W A; 2ZNV B; 1K50 A; 4W9G A; 3S2A A; 2WHI A; 3FAH A; 5LXH A; 1TT5 B; 5MPO A; 3GP7 A; 1JWB D; 4HEA 1; 2L00 B; 3VQI A; 1VLB A; 2LWP A; 4JGH B; 3DDC B; 4MGZ E; 3R2I A; 3ZJT A; 2K6Q A; 1XLP A; 3NVV A; 3IT4 B; 2NTT A; 4NY0 A; 4P6V F; 2WX0 A; 1JQ4 A; 2K5P A; 1DGJ A; 2Y5P A; 4ZYN A; 2ZNV C; 2KMC A; 4P1C C; 4IW0 A; 1V6E A; 1L4Z B; 2WXI A; 3Q8C A; 3ZVV A; 2K8C A; 1R4M I; 1J7A A; 3AE1 B; 1OTR B; 2JUO A; 4XC2 A; 1E7U A; 4AJW A; 2JWU A; 3BVM A; 4PYZ A; 4L1B A; 3M63 B; 2AL6 A; 5JXV A; 2WYQ A; 4MGY E; 4WIP A; 3N9Y C; 2BWE S; 3APC A; 4GB9 A; 3DCG A; 4EUT A; 2D07 B; 2EEL A; 3ZKJ C; 3DWM A; 3AED B; 3DBS A; 1WIA A; 2SEB D; 1GC6 A; 3TEW A; 1BXT A; 1UGM A; 5TR5 A; 2LGY A; 3P1M A; 4S0R A; 4FHJ A; 2MA9 B; 4C4V A; 3DOW A; 3V60 A; 3IXS A; 3JSV A; 1YX5 B; 2FIF A; 2CHZ A; 2QHO A; 3AI5 A; 4HKZ E; 3U4E G; 2BGF A; 4EKU A; 1ZKH A; 1P98 A; 1N61 A; 1WXS A; 5C1Z A; 1YQ3 B; 4AJY B; 2KDB A; 3V6E B; 2KJH B; 4BBN F; 4ANW A; 2KHW B; 1D5X C; 3N20 C; 2GRI A; 1XQQ A; 2FID A; 1SIF A; 2H89 B; 1S1Q B; 4US8 A; 3EGR A; 5DPT A; 4KVG B; 2LGD A; 4EEW A; 3EFC A; 1UH6 A; 2MSE D; 3OLM D; 1WE6 A; 3HRD D; 3P2B A; 5IOI A; 3IAS 1; 4C56 C; 4IWP A; 3UF8 A; 2KT7 A; 2JZP A; 2K25 A; 2RGF A; 3Q69 A; 2MEK A; 1I7H A; 4M0W B; 1GB4 A; 1TJE A; 3AEG B; 4ICV A; 3ONS A; 2C7M B; 1SB3 C; 1JCK B; 1NDD A; 2LRW A; 3VXW A; 4AOF A; 1JAL A; 1HEZ E; 1XEE A; 4KDL B; 4NZL B; 2AQ2 B; 3AE2 B; 1C9F A; 3VTW A; 2MP2 B; 3DBR I; 4W9J A; 2BYT A; 1C4A A; 3QWZ B; 1RYJ A; 5KHQ A; 2VRR B; 2J42 A; 4ZHP A; 4MGI E; 4W9F A; 1YN4 A; 2NCN A; 2AX5 A; 2Y5C A; 2W54 A; 1R7S A; 4WJN A; 3W9C B; 3P63 A; 3NHE B; 2WWZ A; 4K3C A; 3PLU A; 3HK0 A; 2G3Q B; 4RF1 A; 2ZPY A; 1RRB A; 4PS3 A; 3RZW C; 1PGB A; 4II3 B; 2WX1 A; 2K22 A; 4XDC A; 3RNF C; 3AEF B; 1PDX A; 1IPG A; 3VUY A; 4NAW B; 3ZQ4 A; 3L13 A; 2I38 A; 1QT9 A; 3KLS X; 3BZD B; 3MC0 B; 4EE2 A; 4JPS A; 3PV1 A; 4RFB A; 1UBI A; 1I4X A; 1Q10 A; 2QIL A; 3DWG C; 4K7U A; 3PGE A; 5JHA A; 5E6J A; 3ZNZ B; 3BY4 B; 4OVU A; 2KN5 A; 3VUW A; 5AUK A; 4I6L B; 4ASW C; 2RSU A; 1NYQ A; 2G4D B; 4J3O D; 5BYR A; 3T3O A; 1LM8 B; 4WQO B; 2IO0 B; 2JYT A; 3C0R B; 3AMZ A; 3BWU D; 1DYQ A; 2L05 A; 1C4C A; 3NZU A; 2DHZ A; 3ZXR A; 3NS1 A; 2GI9 A; 1EO6 A; 4FLH A; 4XYC A; 1EU4 A; 3LYY A; 1V86 A; 2IJ0 A; 2D5G A; 1SE2 A; 3AEC B; 3AU4 A; 1MVK A; 2ZVN A; 3N32 A; 4JIO U; 2WU2 B; 4A90 A; 4MM3 A; 3ZJU A; 2BQQ A; 2DZI A; 3EHV A; 2MW5 A; 3Q8A A; 2BBC A; 2OHF A; 2IZV B; 4JWS C; 3A4S C; 1SGH A; 4ANU A; 1NEK B; 5E6N A; 2AEH A; 2IO1 B; 2L76 A; 2LHE A; 5AZF A; 2QDF A; 4A55 A; 4C80 A; 1E7V A; 4LJP B; 2PPH A; 3Q2A C; 2QEJ C; 3DBL B; 3HVD A; 2WXP A; 3IT6 B; 3APD A; 4EZJ A; 1FNU A; 5HFY A; 3RI7 C; 2V1Y A; 3IBE A; 1UZX B; 5E6O A; 3ZXV A; 3IAM 1; 4TQ0 A; 3DHH C; 1YQ4 B; 3WAM A; 3R7R A; 2KK8 A; 4NJ7 A; 3W5V B; 1D6E C; 2K6D B; 4S17 A; 2N7E A; 3BVZ A; 1LGR A; 1N60 A; 5E6P A; 3T9L A; 1E90 A; 2REX A; 3T8M A; 2Y5B B; 1SE4 A; 1WZ3 A; 1UWM A; 1WH3 A; 2AQ3 B; 4MH0 E; 4ARI A; 5CX3 A; 1SXT A; 2KN4 A; 3X0W A; 1GAQ B; 4FHK A; 2KWU B; 1PYW D; 1FXT B; 2JZZ A; 5CTR C; 5FR3 A; 1JRU A; 4KIK A; 1ZXH A; 1L0X B; 2Z0E B; 2EKI A; 3AEE B; 2KTR B; 2BB6 A; 1IGD A; 2KWC A; 4KKI A; 3GOE A; 3Q3F A; 3OWE B; 2JYE A; 2KX0 A; 4GDK B; 4LNI A; 2G45 B; 2DAJ A; 4JQW C; 4LNO A; 5DPS A; 4GDL B; 1OGW A; 2JSV X; 3U30 A; 1WGD A; 5D7G A; 1K51 A; 3HM3 A; 1WYG A; 2ZEQ A; 1HXY D; 3LJ3 A; 4JX1 C; 1D5M C; 2J52 A; 4HVB A; 1QQR A; 2XK5 A; 5I4D A; 3ML9 A; 2VH2 A; 2PW9 A; 2O2V A; 1ISN A; 3B2F A; 4K1R B; 1IGC A; 2M1M A; 3AXC A; 1RFK A; 4MSM B; 2ZCC A; 4XZ4 A; 2J53 A; 4DHZ B; 3L16 A; 2Z59 B; 4TQ1 A; 3T3N A; 5G2N A; 3APF A; 1F2R C; 1I4P A; 1XO3 A; 4NAM A; 3PO0 A; 5HI1 A; 1WMH B; 1WM3 A; 2ZW1 A; 1J7B A; 1P3Q U; 4P1B C; 3A1Q B; 2ZZP B; 4RF0 A; 3MFG A; 2IY1 B; 3DBH B; 3ECI A; 4RGO S; 1N62 A; 3TJP A; 1ZE3 D; 4DHJ B; 3H6N A; 1FCL A; 2LRU A; 1FIQ A; 1V5O A; 1STE A; 3KH0 A; 4EZL A; 3RD2 A; 1ZDV A; 4O1N A; 3DVN U; 2C60 A; 1VZ6 A; 2V3S A; 3NRZ A; 4YT0 B; 2WGS A; 3QC8 B; 5LLI A; 3OAW A; 1FXI A; 1T6B X; 2MBO A; 5IAA C; 4WWP A; 1V1P A; 1P7F A; 3KW5 B; 2NVU I; 3N30 A; 4EOY A; 1WY8 A; 5EDS A; 2AQ1 B; 3AEA B; 2WXG A; 3ZUN A; 1J7C A; 1KRH A; 3V61 A; 2I2Y A; 3TIX A; 3ZRF A; 3GS2 A; 1FRR A; 4B0E A; 3A9K B; 3ZIM A; 1JWS D; 4K7W A; 1M94 A; 1WGR A; 2WDR B; 4B95 A; 1V81 A; 1WX7 A; 4W9K A; 1UGJ A; 3W5U B; 4IM2 A; 2UU7 A; 1EF5 A; 1E7P B; 2INN E; 2DAF A; 5TSS A; 1Q1O A; 1WR6 E; 3AB5 A; 4LCD E; 3UIN B; 3QQ8 B; 1N63 A; 3ML8 A; 2FBW B; 4ZRJ A; 2KFJ A; 4GXB A; 1XLQ A; 1C3T A; 4ZRK A; 4XWW A; 2HJ8 A; 1WSP A; 2UYZ B; 2Z8L A; 2NR2 A; 1MHH E; 3FC4 A; 1V1O A; 2N7J A; 3TMP B; 2NBV B; 4F1S A; 3DBH I; 1GPX A; 2KAJ A; 4X57 B; 2I1K A; 4XWT A; 3EFU A; 4P16 A; 1YN5 A; 1MPE A; 2GOW A; 2Y3A A; 4MSQ B; 3IFW B; 2BYV E; 5J17 A; 3QJZ A; 4JLC A; 3HVZ A; 1UF0 A; 1ZOY B; 2K0P A; 3VVW B; 4N58 A; 1TKG A; 2L8J A; 3PTF C; 1FEH A; 5BMG A; 3HHM A; 1SBB B; 3QK0 A; 1LXD A; 1KJT A; 1XT9 B; 2KC1 A; 3KWL A; 2X8X X; 2RDB C; 2L3Z A; 1P7E A; 2OED A; 3MP9 A; 4K3B A; 2PVO D; 4A9A A; 1N6Z A; 1VJK A; 1C1Y B; 3DVN V; 1UD7 A; 4M01 A; 4A6Q A; 3KUC B; 2KZR A; 3URY A; 3IHP C; 3OG5 A; 1XXG A; 2WDQ B; 3PT2 B; 3R66 C; 3RPF C; 3QAQ A; 3JW0 X; 1PFD A; 4KSL C; 2EMS A; 4DHZ E; 3AH7 A; 5IKC M; 2LZ6 A; 2PKO A; 3DBR B; 4GGQ A; 1GNU A; 1UWX A; 4W9H A; 3GE8 C; 2O6V D; 2L0F A; 3PPA A; 1D4B A; 2JPH A; 1E5W A; 3AU5 A; 1V97 A; 3FKY A; 4EZK A; 1CMX B; 1ET6 A; 2JXX A; 4W9I A; 3VAW A; 2L7R A; 1MG8 A; 2IND C; 1QOA A; 2D2Q A; 1F77 A; 2Z0D B; 1OFF A; 2HTM E; 4FJY A; 4M0W A; 2QJL A; 2ZJD A; 1YJ1 A; 2LVQ A; 3DVG X; 1I4R A; 2ZCB A; 2LGI A; 1JRP A; 3AE8 B; 5IA7 A; 5LXI B; 1TS3 A; 3K9P B; 2LUE A; 2IO3 B; 1SJE D; 2JQR B; 3E9S A; 1YNT E; 2MP2 A; 4G50 A; 4AUQ C; 3KWV A; 2QMT A; 5G55 A; 4BBN C; 2DNF A; 4EFO A; 3VRB B; 2B3A A; 1JML A; 4KGT A; 4K81 A; 1L7Y A; 4IWQ A; 4YTM B; 4LNN A; 1ROE A; 2D10 A; 2WDV B; 1J8C A; 1QOF A; 1SF0 A; 2DBY A; 4A3O A; 3Q8F A; 5D3I B; 2AWT A; 4BKS D; 1UEL A; 2PVG C; 1B9R A; 2QC8 A; 3AUL A; 2NBU A; 4NPN A; 3PZ7 A; 2FCM A; 4DDI D; 1DOI A; 4MDK E; 3RNG C; 3TSS A; 2G9H D; 2MJD A; 4RCO A; 2R61 A; 4GOC A; 4LNK A; 3AE3 B; 1ZW7 A; 1U4A A; 4NAW A; 2OJR A; 3VDZ A; 1A70 A; 1T0Y A; 1VD2 A; 3W2D A; 5KHO A; 2JX5 A; 3ZDM C; 1FFV A; 4TV3 A; 2N7D A; 1YQB A; 1OEY J; 2ZW0 A; 4KGR A; 3SFE B; 5J2R A; 4HRO A; 5BYS A; 3PZ8 A; 1KLG D; 2M0X A; 2VZK D; 2DWQ A; 2B76 B; 2RMM A; 4FJZ A; 2FNJ B; 2IDY A; 3Q8B A; 3V6C B; 1EUV B; 2MQJ A; 1T5X D; 4KV2 A; 4OZC A; 4KKJ A; 2C5L C; 4WWN A; 3AN1 A; 5IN7 A; 2BKF A; 1IBX B; 2MH7 A; 1I42 A; 3Q14 C; 1UBQ A; 1MI0 A; 5GMV A; 4DXG A; 3PHW B; 3WAL A; 2MX2 A; 4IOI E; 2WXK A; 3UIO B; 3TEX A; 5DPR A; 4UDU C; 2CHW A; 2WXL A; 1VZ7 A; 2N9E B; 4DXF A; 1FRD A; 4ICU A; 2L0T A; 1XCT L; 4AWJ A; 3Q3N C; 1FMA D; 5HG2 A; 3N3K B; 3U8Z A; 3QA8 A; 4NJC A; 3DQV A; 5BYQ A; 5AEK B; 3ZO5 B; 2JT4 B; 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2LXA A; 3IG3 A; 1T3Q A; 5JHB A; 1TKE A; 2IBI B; 3KQ4 A; 2WXQ A; 4AS1 A; 1TBE A; 4GDK A; 4FJV B; 2LXC A; 4OZB A; 4YTN B; 3ZTC A; 4M8M A; 4GDL A; 2DYM A; 1TS2 A; 2K3U A; 4QAY A; 4FXC A; 1HZ6 A; 4HPM B; 3AE7 B; 2CR5 A; 3W1Y A; 1WYW B; 2RDH A; 2LI5 A; 1C76 A; 1V2Y A; 1K53 A; 1PUT A; 2FCS A; 4ZRQ A; 4N59 A; 2K9X A; 4M00 A; 3BK1 A; 3I5J C; 2ONQ A; 4K7S A; 2WLB A; 1I4G A; 1MG4 A; 3NJT A; 1RWS A; 4HWI B; 1VCB A; 1WFY A; 2W3S A; 1DOY A; 4BFR A; 1JW9 D; 4RM8 A; 1SIJ A; 5EE1 A; 4TKN A; 4REZ A; 4W9E A; 2FE8 A; 2FAZ A; 2KVZ A; 2DYB A; 3AE6 B; 4GMV A; 1VZ8 A; 4OHJ A; 2HTH A; 3V05 A; 1WMH A; 1X1M A; 2N9P C; 4YXD B; 4MAC A; 3A1Q A; 3KVF B; 3FIL B; 2KFK B; 2WP9 B; 2IYD B; 5EE3 A; 2R2O A; 2HD5 B; 5G5G A; 1GB1 A; 5L95 C; 3AE5 B; 3L0W B; 3AM9 A; 2GMI C; 1FM0 D; 1WX9 A; 4L2Y A; 1WGK A; 4YTP B; 4CHK A; 2NPT B; 2INP E; 1J19 A; 1YJI A; 2DZM A; 1XLN A; 4JWU C; 1WXM A; 3RNA C; 2BYE A; 4MGK E; 1H4R A; 1WXA A; 3MJW A; 5BMI A; 3A4R A; 1OQQ A; 2EKE C; 4TMA B; 1V8C A; 3B2G A; 3PRP B; 5IP4 D; 2DLB A; 1NVI D; 2JU6 X; 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