The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.
Total Genus |
17
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sequence length |
67
|
structure length |
67
|
Chain Sequence |
HHAMEEVTIKANLIFANGSTQTAEFKGTFEKATSEAYAYADTLKKDNGEWTVDVADKGYTLNIKFAG
|
The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.
After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.
| publication title |
Structures of the B1 domain of protein L from Peptostreptococcus magnus with a tyrosine to tryptophan substitution.
pubmed doi rcsb |
| molecule keywords |
PROTEIN L
|
| molecule tags |
Protein binding
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| source organism |
Finegoldia magna
|
| total genus |
17
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| structure length |
67
|
| sequence length |
67
|
| chains with identical sequence |
B, C
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| ec nomenclature | |
| pdb deposition date | 2001-01-23 |
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
| Class | Architecture | Topology | Homology | Domain |
|---|---|---|---|---|---|
| Alpha Beta | Roll | Ubiquitin-like (UB roll) | Ubiquitin-like (UB roll) |
#chains in the Genus database with same CATH superfamily 2N7J A; 1HEZ E; 1KH0 A; 1HZ5 A; 4OZB A; 1IGD A; 5JXV A; 2I38 A; 2N9L A; 3V3X A; 4GLS C; 1UWX A; 2K0P A; 1IBX A; 5HG2 A; 2LHD A; 2KN4 A; 2JWU A; 1PGB A; 5BMI A; 2ZW0 A; 2KDM A; 1QKZ A; 2ON8 A; 2J53 A; 3FIL B; 2N9K A; 1EM7 A; 1PGX A; 2OED A; 1YNT E; 2RPV A; 2J52 A; 1FD6 A; 3MP9 A; 1GB1 A; 1F2R I; 2KAC A; 2LHE A; 1ZXH A; 1P7E A; 4OZA A; 1HZ6 A; 2IGH A; 2PW9 A; 5HHD G; 1MI0 A; 4OZC A; 1P7F A; 1D4B A; 2LUM A; 1PGA A; 3FIL A; 2EEL A; 2QMT A; 1FCC C; 2IGD A; 4D2K A; 4MAC A; 1XF5 L; 3GB1 A; 5HI1 A; 4WH4 A; 2JSV X; 2RMM A; 2ZW1 A; 1MHX A; 1MHH E; 4IOI E; 2JZP A; 1K51 A; 1K52 A; 4KGS A; 2ONQ A; 2KWD A; 4HKZ E; 2PTL A; 1MVK A; 1XCQ L; 3UI3 A; 2NMQ A; 1JML A; 2JXT A; 1YMH E; 2LGI A; 2I2Y A; 1FCL A; 1K53 A; 2JU6 X; 2IGG A; 4HJG E; 4IKG A; 2KQ4 X; 2PLP A; 1MPE A; 5BMH A; 2GB1 A; 1GB4 A; 1IGC A; 1Q10 A; 1IBX B; 1C9F A; 5BMG A; 4KGT A; 1XCT L; 1K50 A; 4KGR A; 2QSD A; 1F2R C; 5HFY A; 2GI9 A; #chains in the Genus database with same CATH topology 3K9O B; 2D10 A; 1FXI A; 1WF9 A; 1A5R A; 1ACC A; 2KN5 A; 4NJC A; 1TBE A; 3W1S A; 5J17 A; 4LNI A; 3TBL D; 2KMA A; 4M8N A; 2N0S B; 1E5W A; 4URK A; 4IM3 A; 2RSU A; 1N62 A; 4B9K A; 1LO5 D; 4WAA A; 1WM2 A; 3R2T A; 2LVQ A; 2B3A A; 2JWU A; 4LK0 M; 1UUP A; 2GBJ A; 5JHA A; 5EE9 A; 2BTE A; 1GC7 A; 4ZHP A; 4A9A A; 3PGE A; 4DBG A; 2C5L C; 3I57 A; 3DBL B; 3HIZ A; 2M0A A; 2KFJ A; 3MC0 B; 1XLO A; 1P7E A; 1ZGU B; 2PIA A; 3V61 A; 3S2A A; 3X0W A; 5JHB A; 2IBI B; 4EUT A; 4WJO A; 3VRA B; 1TS3 A; 1V81 A; 2K5P A; 4X57 B; 4AP4 C; 5EDS A; 2MRP A; 1G6J A; 1XF5 L; 3GB1 A; 2CHW A; 2B76 B; 1CZP A; 2ZW1 A; 4RFB A; 2IDY A; 1YD8 U; 1EO6 A; 3R66 C; 4K1R B; 4YTM B; 4MGI E; 1K52 A; 4ZRI A; 4DDG D; 2DZI A; 1WWT A; 2PPH A; 1YMH E; 4FHJ A; 2K8H A; 3AB5 A; 1WX8 A; 3KUD B; 4EZJ A; 3SHQ A; 1WGG A; 4LJP B; 1R4M I; 3DVN U; 3NVW A; 4LDT D; 4M8M A; 3BYT B; 3DWG C; 1C79 A; 3I5J C; 2J42 A; 2H88 B; 5FKA C; 3PSE B; 4XDC A; 3P63 A; 1ZPS A; 2GI9 A; 3GOE A; 3AE5 B; 3JW0 X; 3N20 C; 2LD9 A; 1WYG A; 1RFA A; 3OG5 A; 2H89 B; 4HJK A; 1XLN A; 2KX0 A; 3JYU A; 3IAS 1; 4RM8 A; 2PKO A; 3AEA B; 1KFY B; 1UH6 A; 3AEF B; 1WE7 A; 1UGJ A; 2C9W B; 1TIF A; 4JLC A; 3NZS A; 2DLB A; 4PT5 A; 4BOZ B; 3AN1 A; 3R3M A; 4FLH A; 4NJ7 A; 4BKS A; 2D2Q A; 3TEZ A; 4G11 A; 2BVC A; 4RF1 A; 2DZJ A; 1B9R A; 1WGY A; 2M19 A; 2WXQ A; 5H8Y E; 5J2R A; 5BO4 B; 4NAW B; 4IM0 A; 4XWT A; 3T9L A; 3WAM A; 4ANV A; 4M01 A; 2JSV X; 2K8C A; 5E6O A; 3ZGZ A; 3W9C B; 2X8X X; 2ACZ B; 5H92 C; 1XCQ L; 2DEN B; 2K6D B; 3RD2 A; 3CST A; 5BYR A; 3K9P B; 3NS1 A; 3GE8 C; 3RNF C; 3BK2 A; 2ICI A; 2KFK B; 1SE4 A; 5TR5 A; 1GB4 A; 5I4D A; 1VLB A; 4ANW A; 3WA0 A; 1J7A A; 3ECI A; 4I6L B; 1I4H A; 1SXT A; 3Q14 C; 3UIN B; 3H7P B; 3NS8 A; 3QC8 B; 1YIW A; 3PRM B; 3W2D A; 5JXV A; 2KWV B; 2N9L A; 3JSV B; 1TKE A; 1EF1 A; 2KDF B; 3A9J A; 4KDL B; 4XC2 A; 3U2S C; 3P1M A; 2JQR B; 2KXJ A; 2LAS A; 2CS4 A; 4JIO U; 4HVB A; 1YJJ A; 4KZ0 A; 3GZN I; 5GXG B; 3B2G A; 5IN7 A; 2K1F A; 1T5X D; 2HDE A; 4MM3 B; 2JZZ A; 3NOB A; 2Q5W D; 2E3T A; 4A55 A; 3QCA A; 3ONS A; 1UEL A; 1SF0 A; 2MH7 A; 2KC1 A; 3HK0 A; 4JE3 B; 4MSQ B; 2FCQ A; 2KNB A; 2K8B A; 1SE9 A; 1HXY D; 1XLQ A; 3RZF A; 3KYD D; 2KVR A; 2G3Q B; 5AZF A; 4DXF A; 4ARI A; 2MSE D; 3AUL A; 4XDD A; 2W3R A; 4F8C B; 2OHF A; 1V8C A; 1Z2M A; 4DHJ B; 3P42 A; 4W9K A; 3ZXR A; 2WXR A; 3GP7 A; 2FID A; 1XT9 B; 4AS1 A; 2LXA A; 1T6B X; 4HDO A; 1VD2 A; 1T3Q A; 2CU1 A; 3VUY A; 2SEB D; 3AEB B; 1CK1 A; 2LJ5 A; 1D5Z C; 2BS4 B; 4YXD B; 1QIL A; 3VQI A; 2WXL A; 1P98 A; 3WCQ A; 4KGR A; 2WXG A; 3DWM A; 3ZW3 A; 1MG4 A; 1ZUD 2; 2TSS A; 5C1Z A; 4KV2 A; 3DQV A; 4A3O A; 1LM8 B; 4R3D A; 3PS6 A; 4MJS B; 2WS3 B; 3SD5 A; 3PVL A; 1WJU A; 4H2A A; 2C60 A; 1E7V A; 1EWC A; 1WFY A; 2J7Q B; 5HG2 A; 1AW7 A; 3HUI A; 5E6N A; 1E0Z A; 5BMI A; 1E8W A; 2J53 A; 1JRO A; 2W3S A; 2VH1 A; 5DCN A; 4KKJ A; 1V80 A; 1UNS A; 3PRZ A; 2V3S A; 5IO9 A; 1TS5 A; 3V60 A; 3V05 A; 2INC C; 5E6P A; 2CR5 A; 2GBM A; 1ISN A; 1N60 A; 1NBF C; 3AE4 B; 4IWP A; 2VRR B; 1T0Q C; 4OZC A; 4BKS D; 1D4B A; 1YN3 A; 3ABV B; 3DVG Y; 4JX1 C; 2ZPN A; 3GS2 A; 1DOY A; 2L0T A; 2N7E A; 2O6V B; 3DVG X; 2LGD A; 4MGY E; 1XO3 A; 1GG3 A; 2D5G A; 2MP2 B; 4BVU C; 4AQ7 A; 4ZRP A; 4ARC A; 2BWF A; 2EKI A; 4HKZ E; 2PTL A; 2Z59 B; 2G4D B; 3VH3 B; 2BW2 A; 3QWZ B; 5CHV C; 4AUQ C; 4K3C A; 4W9J A; 3T8M A; 1WX9 A; 2NVU I; 4HK2 A; 2WHI A; 3SU8 X; 4NZL B; 4DWF A; 3IT4 B; 4RGT A; 2PJH A; 4M00 A; 5BMH A; 1V86 A; 2UU7 A; 3QAQ A; 4XYC A; 2I1J A; 1IGC A; 3RFZ B; 2FIF A; 1YOV B; 4UDU C; 1MG8 A; 3Q3M C; 1H8C A; 3HM3 A; 1SJE D; 1F2R C; 3RUL A; 3AU4 A; 2FCM A; 3TMP B; 2IO1 B; 4F7Z A; 3TIX A; 3V62 A; 2JF5 A; 5EE1 A; 3DCG A; 4RGO S; 3H1U A; 5CHW A; 3AXC A; 3V3X A; 2JVC A; 3TL5 A; 1WZ0 A; 5JH5 C; 4DK5 A; 1IBX A; 4B6W A; 1UF0 A; 2MJ3 A; 1R7S A; 1RAX A; 1L5P A; 4WWM A; 2V0G A; 3AH7 A; 2KDB A; 4LNO A; 1F9J A; 1M94 A; 3PRE A; 3A1Q A; 3TSS A; 2KJH B; 1PUT A; 3U4E G; 2MCN B; 2HTM E; 1FNW A; 3QX1 A; 4P1C C; 1FD6 A; 1T0Y A; 1EWY C; 3PZD A; 2JY6 A; 1I42 A; 1SGH A; 1KLU D; 4W9C A; 4WWO A; 3AE2 B; 3AMZ A; 3A33 B; 4BFR A; 5HHD G; 2L76 A; 3NJT A; 2KQ7 A; 1TS4 A; 5TSS A; 1R4N B; 1RLF A; 1TZO A; 2LGY A; 3H7S A; 3IAM 1; 4N9F 4; 4NY0 A; 3RI7 C; 1D3Z A; 2V3N A; 2IO2 B; 2QIE B; 3Q3F A; 4E71 A; 2JRH A; 4US9 A; 2QJL A; 3C19 A; 2KVZ A; 3DBR B; 4GDL B; 2WXP A; 4AJW A; 2XN9 C; 4ASW C; 2DAF A; 4IOI E; 2JZP A; 3KWL A; 1VZ7 A; 2J0M A; 4OVZ A; 3APD A; 3OLM D; 1QOB A; 3SFD B; 4TKN A; 3X23 A; 4YL8 A; 3RT3 B; 3H6N A; 2NCN A; 2D3A A; 4M0W B; 1MPE A; 3HVD A; 1WE6 A; 2AYO B; 2BKR B; 3PO0 A; 2WXN A; 3VRB B; 4YTN B; 2IZV B; 2DAJ A; 4IW0 A; 4MH8 A; 2JZ3 B; 1K50 A; 2O2V A; 3VTU A; 1JW9 D; 2WDV B; 3RNA C; 3ZNZ B; 1OEY J; 2WX1 A; 1KTK A; 3FAH A; 1PYW D; 4W9F A; 2DYO A; 2WU2 B; 4KKI A; 2DZM A; 1FXA A; 3V6E B; 2DBY A; 1CJE A; 4PS7 A; 3HM6 X; 1SEB D; 2MBH A; 5L95 C; 1IUE A; 5IA7 A; 1WMH B; 2D11 A; 3DBL I; 1YNT E; 1F77 A; 5G5H A; 2VH2 A; 4RH6 A; 4KDI C; 1X1M A; 4OVU A; 2KAC A; 4DXG A; 2WDQ B; 3P4R B; 3ZNI D; 5FR3 A; 2DX5 B; 2L32 A; 5D94 A; 2IGH A; 3RNG C; 1FPY A; 4NQL B; 1F52 A; 3PZ7 A; 2BB6 A; 1HE8 A; 2FUH B; 1PQS A; 2V9H A; 4N59 A; 2J0K A; 1A70 A; 1TZ1 A; 1Q1O A; 2IO0 B; 2Y5P A; 4GU2 A; 4REZ A; 4GB9 A; 1WXA A; 1WXQ A; 2M1M A; 1TY2 A; 1L6V A; 3UIP B; 3A9K A; 3QA8 A; 3ZXV A; 2L00 B; 2IO3 B; 3PHW B; 1YX6 B; 4W9H A; 3VTV A; 2L1A A; 3LYY A; 4XZ4 A; 1JWA D; 1V6E A; 3I9V 1; 4E3C A; 2MBB B; 5CTR C; 2AWT A; 2PE9 A; 1WGR A; 4LCD E; 5BMG A; 2QSD A; 2J4X A; 3NVY A; 4HXD A; 1ZW7 A; 2V4L A; 3UQA A; 1E7P B; 2LZ6 A; 2KJ6 A; 2N7J A; 5C23 A; 5AUK A; 5IP4 D; 4II3 B; 1TKG A; 4G50 A; 3QQ8 B; 4KX6 B; 3T3O A; 2WU5 B; 4L1B A; 1F0Z A; 3T3N A; 4ZRK A; 1FRR A; 4CQN A; 1FM0 D; 1V49 A; 2BS3 B; 4O1N A; 3Q3J A; 1YQ3 B; 4WWP A; 1EF5 A; 3HRD D; 2XBB C; 1C4C A; 3R7Q A; 2KYW A; 3MJ5 A; 1ZDX A; 3URY A; 4ZYS A; 3ZJV A; 4ITK A; 1I4P A; 3OJ3 A; 4JGH B; 2RPV A; 2KMC A; 1GB1 A; 1YN4 A; 3KYC D; 1WGD A; 5BYQ A; 2WYQ A; 2MLB A; 4OZA A; 3TJP A; 3ML8 A; 3PT2 B; 1E7U A; 3BVG A; 2MBO A; 2A5U A; 2KO3 A; 3RZW C; 1FFV A; 5DPS A; 3O13 A; 4ANU A; 5HKH A; 4ZYN A; 1NEK B; 2EEL A; 4XX5 A; 1LGR A; 1FCC C; 4HPL B; 4EZL A; 3B2F A; 2LI5 A; 4MAC A; 4M02 A; 4WH4 A; 2OOB B; 4B0M A; 3MFG A; 2O6V D; 2GBK A; 4EOY A; 3PHX B; 4WUR A; 1V1P B; 2ZEQ A; 1D5M C; 4OVV A; 3UI3 A; 4IDI A; 2BPS A; 2JXT A; 4DDI D; 4TQ1 A; 5FR6 A; 1J19 A; 2JYT A; 2MEK A; 4LTU A; 4RGN A; 2R2Q A; 4A6Q A; 3ZRF A; 1UD7 A; 4MEM A; 2K9X A; 3RNC C; 3CIR B; 3AE3 B; 3MJW A; 4TQ0 A; 1UGM A; 1L6U A; 1TJE A; 3Q3O C; 1QOF A; 4B0E A; 2BWE S; 2NPT B; 2KLG A; 2GOW A; 4MDK E; 3EFU A; 4RGM A; 2GBR A; 3L13 A; 5IKC M; 3KLS X; 1C77 A; 2AQ1 B; 3NG0 A; 1JAL A; 2YEP B; 3RYT A; 1WH3 A; 3Q69 A; 2ZZP B; 2WDR B; 1BT0 A; 2YEP F; 4XWW A; 3ZO5 B; 1ET9 A; 2JX5 A; 1JRP A; 4CYE A; 1FNU A; 3AU5 A; 4BZA A; 2OJW A; 2D3B A; 3FIL B; 3E9S A; 1I4R A; 4QAY A; 4IUM B; 3N1X C; 1XXG A; 1GUA B; 3PLV A; 1K8R B; 3D32 A; 3J9C A; 3MC8 A; 1OQR A; 2QHO A; 3ZDT A; 3C0R B; 2MJD A; 1M4V A; 4WJP A; 1VDV A; 3DHH C; 4LLG M; 2BT6 A; 1OFF A; 3ZUN A; 1V9J A; 2VZK B; 5C3J B; 2MW5 A; 1TGZ B; 4YT0 B; 3KUZ A; 2EMS A; 1MHH E; 2REX A; 1Q5W B; 5AUI A; 3TEW A; 3R2I A; 4C4V B; 2IND C; 5DPR A; 3IG3 A; 3Q8C A; 2LWP A; 3TUO A; 4K7U A; 1TY0 A; 3U52 E; 3NY5 A; 1NDD A; 4A20 A; 3QIJ A; 4NAW A; 4XE0 A; 4P6V F; 3N32 A; 2V1Y A; 4BOS C; 3NZU A; 1JWM D; 1Q0W B; 3P2B A; 2W55 A; 3EA6 A; 1RM6 C; 1WZ3 A; 1ZKH A; 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3WIM A; 4BBN F; 4C80 A; 1YJI A; 1FEH A; 5E6J A; 2RDG A; 2N9P C; 2JRI B; 3DHG C; 3L17 A; 3VTW A; 2DNF A; 4HDQ A; 1Y8R C; 2UYZ B; 1PGB A; 1L0Y B; 1V5T A; 4GOC A; 5LLI A; 2C7N B; 2YLM A; 2LFI A; 5EE3 A; 1E9M A; 4N6E B; 3KUC B; 4MJS A; 3BYY B; 2AL3 A; 2ZNV C; 3VDZ A; 3EEC A; 5MPO A; 1E8Z A; 1CMX B; 3IHP C; 1N63 A; 2KAJ A; 1L2N A; 4ICU A; 4KIK B; 3ML9 A; 1WGH A; 1N61 A; 1R4N I; 1WYW B; 3Q3N C; 5DPW A; 3ZIM A; 1JCK B; 2R2O A; 1GAQ B; 2EMT A; 3DBR I; 2WXF A; 4KVG B; 1KLG D; 3KQ4 A; 2PE6 B; 4L23 A; 1UWM A; 2JYE A; 1BUI C; 2ZVO A; 2RR9 A; 3U7Z A; 4AWJ A; 1OQY A; 3IFW B; 2CHX A; 4JQW C; 4HEA 1; 2GMI C; 2N4F A; 4F1S A; 3AE9 B; 2I1K A; 3L10 B; 1QOA A; 3JVZ X; 1XQQ A; 2WXJ A; 1E10 A; 2O6V A; 2OJR A; 1PFD A; 4HRO A; 2MP2 A; 3Q6B A; 2KDE B; 3P4S B; 2WXH A; 3MHS D; 3M3J A; 3O65 B; 1BML C; 2KHW B; 1YX5 B; 2D07 B; 1DYQ A; 1EU3 A; 1TS2 A; 1JWS D; 3OWE B; 1UWX A; 1VZ8 A; 3KVF B; 2LHD A; 2K39 A; 1SIJ A; 2LRW A; 3Q8F A; 4I6P A; 3DBS A; 1C4P A; 2MWS B; 3W1Y A; 1ROE A; 3AE8 B; 2K22 A; 4OHJ A; 1CQV A; 2N9E B; 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