The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.
Total Genus |
18
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sequence length |
80
|
structure length |
80
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Chain Sequence |
IKVLFFAQVRELVGTDATEVAADFPTVEALRQHMAAQSDRWALALEDGKLLAAVNQTLVSFDHPLTDGDEVAFFPPVTGG
|
The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.
After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.
| publication title |
Mechanism of ubiquitin activation revealed by the structure of a bacterial MoeB-MoaD complex.
pubmed doi rcsb |
| molecule keywords |
MOLYBDOPTERIN BIOSYNTHESIS MOEB PROTEIN
|
| molecule tags |
Ligase
|
| source organism |
Escherichia coli
|
| total genus |
18
|
| structure length |
80
|
| sequence length |
80
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| ec nomenclature | |
| pdb deposition date | 2001-09-03 |
| chain | Pfam Accession Code | Pfam Family Identifier | Pfam Description |
|---|---|---|---|
| D | PF02597 | ThiS | ThiS family |
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
| Class | Architecture | Topology | Homology | Domain |
|---|---|---|---|---|---|
| Alpha Beta | Roll | Ubiquitin-like (UB roll) | Ubiquitin-like (UB roll) |
#chains in the Genus database with same CATH superfamily 1CJE A; 1N5W A; 1L5P A; 1SF0 A; 1B9R A; 2L83 A; 3B9J A; 1YJJ A; 1NI3 A; 4YSZ B; 5EE9 A; 3HRD D; 2HTM E; 3AH7 A; 1QLB B; 1XLN A; 3AE4 B; 1NEN B; 1NVI D; 1FFU A; 2W3S A; 3NVY A; 2MJD A; 5EE3 A; 4N59 A; 1VDV A; 4YTN B; 1IUE A; 4ZOH C; 1WXQ A; 2BS2 B; 1NEK B; 1WWT A; 1SB3 C; 2W55 A; 1I7H A; 2WDQ B; 1A70 A; 2BS4 B; 2Y5C A; 2MH7 A; 3AE9 B; 3AEC B; 1RM6 C; 1FXI A; 2ACZ B; 4WQM A; 1ROE A; 3W5V B; 2H88 B; 2PIA A; 3FAH A; 1FFV A; 5AUI A; 5MPO A; 5EE1 A; 4YXD B; 1OQR A; 5EE0 A; 1N5X A; 1XLP A; 3VRB B; 1KFY B; 1V97 A; 2DBY A; 4US8 A; 3NRZ A; 1ZUD 2; 1JRO A; 1FXA A; 2JQR B; 1QOB A; 1QOG A; 1F0Z A; 3AN1 A; 1PFD A; 2AX5 A; 2W54 A; 4LTU A; 3FC4 A; 1RFK A; 2QJL A; 1E9M A; 2LEK A; 1FRR A; 1TKE A; 2FBW B; 3L4P A; 3AE1 B; 5G5H A; 3SR6 A; 4JWS C; 1TYG B; 1XLO A; 4IDI A; 3HUI A; 3LB8 C; 1KF6 B; 1ZP0 B; 4C7Y A; 3AE8 B; 3W9C B; 1OQQ A; 2K5P A; 4JWU C; 2PVG C; 5AUK A; 1JWB D; 2PKO A; 3AED B; 5GXG B; 2WP9 B; 3RPF C; 3AEA B; 3SFE B; 1GPX A; 1TKG A; 1YQ3 B; 4WWM A; 5H8Y E; 2E3T A; 1J7C A; 2WDR B; 2BS3 B; 1FO4 A; 2W3R A; 1ZOY B; 1QOA A; 1YJI A; 3PO0 A; 3VRA B; 1WYG A; 1DOY A; 1RYJ A; 4US9 A; 2MJE A; 1ZXI A; 2DWQ A; 1QT9 A; 3AE5 B; 5G5G A; 1JW9 D; 3NVV A; 4JX1 C; 1E0Z A; 1AYF A; 3P1M A; 3DWG C; 3P4Q B; 1L0V B; 1XO3 A; 2WLB A; 1VJK A; 1DGJ A; 1DOI A; 3AE2 B; 2H89 B; 1N62 A; 2KMM A; 1QF6 A; 2CJN A; 4USA A; 4YSY B; 1J7A A; 4YT0 B; 1E6E B; 3AE7 B; 1RWS A; 2M56 B; 2EKI A; 1L6V A; 2L52 A; 1T3Q A; 2B76 B; 2G1E A; 2BT6 A; 1JWA D; 3HVZ A; 5C2T B; 3ZYY X; 1L6U A; 2M19 A; 2Q5W D; 2K22 A; 3LXF A; 4HRS A; 5H92 C; 4KX6 B; 1FM0 D; 1WRI A; 3AEF B; 3NVW A; 3W5U B; 1JAL A; 2MJ3 A; 4HRO A; 3AE3 B; 3AB5 A; 5C3J B; 3NVZ A; 1E7P B; 1QOF A; 3DWM A; 3CWI A; 1NYR A; 3VR9 B; 1YQ4 B; 2PVO D; 3B2F A; 1XLQ A; 3P4R B; 3VR8 B; 3AEB B; 3AEG B; 2QIE B; 3AM9 A; 3AMZ A; 1VLB A; 4C7Z A; 4YTM B; 1N63 A; 4C80 A; 2N0S B; 4ITK A; 2WQY B; 3CIR B; 1PUT A; 2WU5 B; 1FRD A; 1NYQ A; 3WCQ A; 4ZHP A; 3B2G A; 1PDX A; 4P6V F; 4N58 A; 1V8C A; 1E10 A; 2WDV B; 1JRP A; 2WU2 B; 4A9A A; 3ABV B; 4FXC A; 3SFD B; 3P4P B; 4YTP B; 3ETR A; 2CJO A; 1AWD A; 3KWL A; 3AV8 A; 2OHF A; 2WS3 B; 3BII D; 1N61 A; 3EUB 2; 1KRH A; 1EWY C; 1FMA D; 4YSX B; 3AE6 B; 3P63 A; 1CZP A; 4ZHO A; 2K9X A; 2JX5 A; 2KAJ A; 1JQ4 A; 1FIQ A; 1SIJ A; 1J7B A; 1WGK A; 1GAQ B; 1DOX A; 1TKY A; 3AEE B; 2CU3 A; 1OFF A; 3P4S B; 3NS1 A; 1UWM A; 1R7S A; 1TJE A; 1N60 A; 4N6E B; #chains in the Genus database with same CATH topology 2ZEQ A; 4DK5 A; 1PGA A; 3AH7 A; 1QLB B; 1NVI D; 2W3S A; 1GB1 A; 1KM7 A; 1T0R C; 1NEK B; 1A70 A; 2G45 B; 4EZK A; 4PS7 A; 3FAH A; 2X8X X; 3QC8 B; 2N7D A; 1BML C; 1R4M I; 4KZ0 A; 3H6N A; 3ZJT A; 2FE8 A; 3HIZ A; 2LJ5 A; 2NCN A; 2QJL A; 4IWP A; 4RNA A; 2LWP A; 2Z0E B; 3DOW A; 2BKR B; 3AED B; 5JHA A; 1YQ3 B; 2DAF A; 4EFO A; 4KGT A; 3VRA B; 1WM2 A; 2KN5 A; 3MTN B; 3BK1 A; 4ZDV A; 1OQY A; 1VJK A; 2KLG A; 4J3O D; 3VFK A; 1J7A A; 1YIW A; 3NZS A; 1P1A A; 2IGD A; 4KIK B; 3BY4 B; 4HCN B; 2KX3 A; 3B1L X; 5GMV A; 1IYF A; 4RH6 A; 1QQR A; 2QHO A; 4HPL B; 3KUZ A; 3NVW A; 2MJ3 A; 3AE3 B; 2I1K A; 2KK8 A; 3URY A; 3VH4 B; 4W9F A; 1E7P B; 4UDU C; 3AMZ A; 1VLB A; 4RFB A; 4C80 A; 3HK0 A; 3Q8B A; 1WR6 E; 3QX1 A; 1E8X A; 4A9A A; 3GOE A; 2ZVN A; 5BMG A; 3I9V 1; 1ZW7 A; 3KWL A; 1FPY A; 1V80 A; 3D32 A; 4MEL A; 2JF5 A; 1EWY C; 4YSX B; 1CQV A; 4WJQ A; 1EUV B; 4XC2 A; 3P63 A; 2K9X A; 2KAJ A; 2KJR A; 4REZ A; 4G0N B; 3VH3 B; 1WGH A; 2JVC A; 1JRU A; 3DBR I; 2L1A A; 2D10 A; 4OZA A; 4LNO A; 2DZJ A; 2L8J A; 3R7Q A; 2BWE S; 1VCB A; 4HEA 1; 4LDT D; 1FFV A; 5MPO A; 2AQ2 B; 2JUO A; 2RMM A; 1ZUD 2; 2JWZ A; 3DVG X; 1SEB D; 2C7M B; 2CR5 A; 2WXR A; 1I42 A; 1OEY A; 1V5T A; 3FC4 A; 2XNA C; 2BQQ A; 2ZZP B; 2NR2 A; 3DBS A; 4G50 A; 3PSE B; 4C7Y A; 3AE8 B; 4K7W A; 3I57 A; 3RUI B; 3AEA B; 3L17 A; 1DOY A; 1ZOY B; 2LJI A; 1WYG A; 3IT4 B; 1STE A; 2V4L A; 4NY0 A; 5D3D A; 1YQB A; 1JW9 D; 4HPM B; 2BKF A; 4W9G A; 2FID A; 4GXB A; 3SDL C; 3IXS A; 3PZD A; 3ZDM C; 2GBR A; 1N62 A; 2D07 B; 1KH0 A; 1GUA B; 3Q3N C; 2NPT B; 3U2S C; 2WXQ A; 2LRU A; 5I4D A; 3ZUN A; 2K22 A; 3LXF A; 4HRS A; 3I5J C; 2W9N A; 2MW5 A; 2DYB A; 2JT4 B; 4TQ1 A; 2JZP A; 3AB5 A; 3SHQ A; 5DPT A; 3DWM A; 2PVO D; 2KDI A; 4MSM B; 2IO3 B; 3AUL A; 3SD5 A; 4L2Y A; 3AU4 A; 2LMC A; 1TIF A; 1OTR B; 4GU2 A; 1FCL A; 4AP4 C; 4GGQ A; 3E56 A; 4F1S A; 3T3O A; 1HZ5 A; 4M8N A; 3Q2A C; 4DQO C; 1MG4 A; 3KYD D; 2I38 A; 3EUB 2; 1KRH A; 4KDL B; 3AE6 B; 3TEY A; 3TSS A; 1F52 A; 2AYO B; 2KNB A; 5AEK B; 1JWS D; 1F9J A; 3ZIM A; 1YJJ A; 2Z59 B; 3AE4 B; 5LNK 1; 4BZA A; 1XEE A; 1SB3 C; 3HVZ A; 2FCM A; 2N4F A; 2XK5 B; 3W5V B; 2ZNV C; 4NJ6 A; 4P7I A; 1EO6 A; 3U8Z A; 1D5Z C; 4FAD A; 2DZI A; 2XN9 C; 3NRZ A; 2PW9 A; 1FXA A; 5JHB A; 4RMA A; 2LEK A; 3AE1 B; 3PTF C; 2KDF B; 2RR9 A; 1WXM A; 3QIJ A; 5GXG B; 2X38 A; 3E9S A; 2KJ6 A; 3Q3O C; 3B0A A; 1RYJ A; 4BKT A; 2BYE A; 1TS2 A; 1XO3 A; 2WLB A; 5IN7 A; 2DYO A; 1XCT L; 3H7P A; 2AQ3 B; 3U7Z A; 5C2T B; 2A5U A; 1KLG D; 4X57 B; 4LNN A; 3PHX B; 1FEH A; 1MFW A; 3A9J A; 2OJW A; 4YTM B; 3HHM A; 1YN5 A; 1FRD A; 4L1B A; 2MCN B; 2REX A; 1C4P A; 3V62 A; 3SFD B; 1E90 A; 5LXI B; 3NHE B; 4MH0 E; 1C4C A; 2WS3 B; 3BII D; 3WIM A; 2A4Z A; 3UIP B; 2WXF A; 2LRW A; 1J7B A; 3VTV A; 3GP7 A; 3Q3J A; 2KAN A; 4MM3 B; 1NI3 A; 3BYY B; 2SEB D; 3VDZ A; 4MAC A; 4DXF A; 5J2R A; 1IUE A; 4RM8 A; 2R2O A; 2J4X A; 1ET6 A; 5LLI A; 4JE3 B; 1I4G A; 3TEZ A; 5EE0 A; 1XLP A; 1C9F A; 1HQR D; 3VTW A; 1FCC C; 1T0Y A; 1HZ6 A; 2QDF A; 2KZR A; 3AN1 A; 3KVF B; 3NZU A; 1MI0 A; 4FHJ A; 1FRR A; 2V4I B; 2KMA A; 1HXY D; 3W9C B; 2PVG C; 1UEL A; 2LUE A; 1JML A; 1TS5 A; 2WDR B; 2CHZ A; 4US9 A; 1R4N B; 4AQ7 A; 1Q10 A; 4MDK E; 3RYT A; 2CJN A; 4IG7 B; 1C4A A; 2D3G A; 1L4D B; 2Z8L A; 1GB4 A; 4KZC A; 3HM6 X; 4HXD A; 2DAJ A; 1YNT E; 4C56 C; 5C3J B; 5AZG A; 3DBH B; 2MBB B; 1NYR A; 1QIL A; 3P4R B; 4GB9 A; 1ZKH A; 3EFC A; 1B1Z A; 5DPW A; 4K1R B; 4K3C A; 5DPS A; 3W1S C; 2CHW A; 4FJY A; 4BVU C; 2RDB C; 1LQB A; 3R8B A; 2VH2 A; 3C19 A; 4BKS D; 4DWF A; 2MBO A; 1SJE D; 5IO9 A; 3AXC A; 2L0T A; 2JXT A; 3R66 C; 3IG3 A; 4EUT A; 4AJY B; 3A9K B; 3A9K A; 2V0G A; 2BYV E; 2NTS A; 1GG3 A; 3NVY A; 1TZO A; 1J8C A; 2KTR B; 2HTM E; 2K0P A; 3DBL I; 2TSS A; 4K3B A; 1WGY A; 1I7H A; 1C3T A; 1WSP A; 3Q8F A; 2D3B A; 1HTQ A; 1WZ3 A; 1KJT A; 3V3X A; 3LDZ E; 3VVW B; 1V97 A; 2JRI B; 3EC8 A; 3KQ4 A; 4US8 A; 3NY5 A; 4K81 A; 2ZPY A; 1E8Y A; 1WZ0 A; 1F0Z A; 3W2D A; 3WA0 A; 1XCQ L; 4RGM A; 2K1F A; 2LVO A; 3VUW A; 2MBE A; 3ONS A; 4DBG A; 4KVG B; 2EKE C; 4WWO A; 1WX9 A; 2KQ4 X; 3DWG C; 3P4Q B; 2WXL A; 4W9I A; 3AU5 A; 2WXP A; 3IAS 1; 3ZW3 A; 2EKI A; 2BYT A; 2PJH A; 1VR9 A; 1JWA D; 1WXV A; 2IBI B; 2JXX A; 2WX1 A; 3MP9 A; 2R61 A; 4HJK A; 2KDB A; 3U52 E; 1UWX A; 3CF6 E; 2FNJ B; 4ANW A; 3TJP A; 3DCG A; 4BAX A; 3B08 A; 3PVL A; 1IGD A; 2B3A A; 1IP9 A; 2WQY B; 1N6Z A; 2MEK A; 1WX7 A; 4XZ4 A; 4P1C C; 4LNF A; 2KOX A; 4LNI A; 3KH0 A; 3CMM B; 1FNV A; 2BTE A; 1V1P B; 1V1P A; 2O2V B; 2O2V A; 2KHW B; 3NS1 A; 3QCA A; 2GRI A; 2PMV A; 1N5W A; 3BK2 A; 3PZ7 A; 1ZDV A; 2WGS A; 3B9J A; 2LGX A; 1C78 A; 1WRD B; 2JZ3 B; 3JSV B; 3JSV A; 1MJD A; 4YTN B; 4ZOH C; 2M1M A; 2L76 A; 2WYQ A; 4JPS A; 3NUH B; 5IA7 A; 3NOB A; 2PIA A; 4M01 A; 1GNU A; 1OQR A; 5IOI A; 4CO7 A; 2AL6 A; 3DPD A; 1D5M C; 1HE8 A; 1A5R A; 1WGR A; 2J0M A; 1ZDX A; 1TBE A; 1P98 A; 4P16 A; 1J7C A; 4C00 A; 2DWQ A; 1ZPS A; 3CST A; 2RDG A; 3V60 A; 3TMP B; 3EEC A; 1YD8 U; 1HTO A; 1L6V A; 2G1E A; 5E6O A; 4KDI C; 3ZYY X; 4P1B C; 4A3P A; 4KKJ A; 2IND C; 2KT7 A; 3CWI A; 4GIV A; 3M62 B; 1UF0 A; 4ANV A; 2LZ6 A; 1NYQ A; 4ZYS A; 4TQ0 A; 4PYZ A; 1Y8R C; 2WDV B; 5HHD G; 4KIK A; 4G3X B; 3UIO B; 3GZN I; 1AWD A; 3DVN V; 1K50 A; 3EGR A; 4W9E A; 2KC1 A; 4LCD E; 1KLV A; 1GJZ A; 2FIF A; 2ZW1 A; 3P4S B; 2ZNV B; 4HDO A; 4GMV A; 3IBE A; 1CJE A; 1YMH E; 4M02 A; 3QQ8 B; 1XLN A; 3BIN A; 5EE3 A; 4WJO A; 3MHZ A; 4ANU A; 1GC6 A; 2G4D B; 3DBR B; 5BYR A; 2HJ8 A; 5EE1 A; 2KX0 A; 4J6I A; 2LGI A; 3N1Z C; 1TS3 A; 3BWU D; 1VRA B; 2QCZ A; 2FUH B; 1KTK A; 4NPN A; 2AX5 A; 2W54 A; 4LTU A; 3IVF A; 2NVU I; 4IC7 B; 2RD0 A; 2L05 A; 4ZRP A; 1UUP A; 4IDI A; 3HUI A; 3LB8 C; 2LGS A; 4JWU C; 1JWB D; 2RSU A; 4OVZ A; 2JWU A; 2E3T A; 3A4S C; 5D3I B; 2BS3 B; 2HJ1 A; 1FO4 A; 2L0F A; 3Q8C A; 3DHG C; 3AI5 A; 4MT5 A; 3L0W B; 2DYM A; 1I4P A; 1QT9 A; 4JX1 C; 4K7S A; 5FKA C; 2L7R A; 1F2R I; 1P7E A; 1MG8 A; 3VUY A; 2LHD A; 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1F2R C; 4N58 A; 2BGF A; 1I4H A; 5KHQ A; 2N9L A; 3K9O B; 4O1N A; 4B0M A; 1FXT B; 4MJS B; 1N61 A; 2K6D B; 5C23 A; 2MLB A; 3BZD B; 3ENE A; 2KYW A; 3RN9 C; 4HPP A; 2ASQ A; 4LJP B; 2BB6 A; 2LI5 A; 4NJ7 A; 3OLM D; 5E6J A; 2KVR A; 4A20 A; 1T6B X; 1ISN A; 3MFG A; 1KLU D; 2L32 A; 1WWT A; 2Y5C A; 3V61 A; 5C1Z A; 1FXI A; 4JLC A; 1ZE3 D; 2C7H A; 1LXD A; 3RNF C; 1WF9 A; 2PTL A; 1V5O A; 2AWT A; 1AN8 A; 3TEW A; 4MM3 A; 4QAY A; 2FUG 1; 3DQV A; 3Q3M C; 1K53 A; 1EWC A; 2GBM A; 1ZP0 B; 3NG0 A; 3U30 A; 3RPF C; 4HDQ A; 4XYC A; 1WGD A; 4M0W B; 2W3R A; 2WXK A; 2C9W B; 3P1M A; 3VTU A; 3N32 A; 3T8M A; 3OAW A; 3ZNG C; 2NTT A; 2M0A A; 3PHW B; 5DCN A; 5FR3 A; 3N1X C; 1E6E B; 2LUM A; 4NAM A; 2BW2 A; 5H92 C; 2IYD B; 1FM0 D; 1JAL A; 1PYW D; 3PS6 A; 4KGS A; 2JYT A; 1QOF A; 3GE3 C; 2K39 A; 2KQS A; 3AEG B; 3WAN A; 3H9D A; 4ZHP A; 2M8S A; 3BVM A; 2CJO A; 4WAF A; 4ANX A; 3ZRC A; 3RNG C; 3IT6 B; 2PE9 A; 3DVN U; 4CHK A; 4EZL A; 4W9H A; 4S17 A; 3QAQ A; 4ZHO A; 1BUI C; 1OFF A; 1N60 A; 1L5P A; 1WXA A; 2JRH A; 2DLB A; 5EE9 A; 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