The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.
Total Genus |
11
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sequence length |
72
|
structure length |
72
|
Chain Sequence |
MHHHHHHAMEEVTIKANLIFANGSTQTAEFKGTFEKATSEAYAYADTLKKDNGEWTVDVADKAYTLNIKFAG
|
The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.
After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.
| publication title |
Single-site mutations induce 3D domain swapping in the B1 domain of protein L from Peptostreptococcus magnus.
pubmed doi rcsb |
| molecule keywords |
Protein L
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| molecule tags |
Protein binding
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| source organism |
Finegoldia magna
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| total genus |
11
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| structure length |
72
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| sequence length |
72
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| ec nomenclature | |
| pdb deposition date | 2001-10-09 |
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
| Class | Architecture | Topology | Homology | Domain |
|---|---|---|---|---|---|
| Alpha Beta | Roll | Ubiquitin-like (UB roll) | Ubiquitin-like (UB roll) |
#chains in the Genus database with same CATH superfamily 2J53 A; 1GB4 A; 3UI3 A; 1HZ5 A; 1HZ6 A; 2LGI A; 1F2R C; 4IOI E; 1K53 A; 1PGA A; 2QMT A; 2KWD A; 2RMM A; 3FIL B; 2PTL A; 1K52 A; 1IGD A; 2K0P A; 2QSD A; 2J52 A; 2OED A; 3MP9 A; 2ZW0 A; 5BMI A; 1XCQ L; 4HKZ E; 1IGC A; 1PGX A; 2ON8 A; 1ZXH A; 4OZA A; 2I38 A; 1EM7 A; 5BMG A; 5BMH A; 1P7F A; 5HFY A; 2N7J A; 1IBX B; 1K50 A; 1P7E A; 4WH4 A; 2ONQ A; 4KGT A; 4MAC A; 5HI1 A; 4KGS A; 1MPE A; 2GB1 A; 1PGB A; 2PLP A; 5JXV A; 3FIL A; 1YNT E; 2JSV X; 3V3X A; 2KAC A; 2IGG A; 2NMQ A; 2JXT A; 2IGD A; 5HHD G; 2PW9 A; 4HJG E; 1MHX A; 2N9L A; 1F2R I; 1KH0 A; 2ZW1 A; 3GB1 A; 1JML A; 2EEL A; 2LHD A; 1FCL A; 2KQ4 X; 1MHH E; 4KGR A; 1FD6 A; 1YMH E; 4D2K A; 2IGH A; 2JU6 X; 1Q10 A; 4OZC A; 2LHE A; 1HEZ E; 2KDM A; 2RPV A; 4GLS C; 1UWX A; 5HG2 A; 1MI0 A; 1C9F A; 1IBX A; 2KN4 A; 1D4B A; 1GB1 A; 2JZP A; 1QKZ A; 1MVK A; 2LUM A; 1FCC C; 4OZB A; 4IKG A; 1K51 A; 2I2Y A; 1XCT L; 1XF5 L; 2JWU A; 2GI9 A; 2N9K A; #chains in the Genus database with same CATH topology 1UBI A; 3P2B A; 4NJ6 A; 3EEC A; 4M02 A; 2FCM A; 3RNE C; 4M8M A; 3PO0 A; 2KTR B; 1WR6 E; 3RPF C; 3NOB A; 2QMT A; 3AI5 A; 3ZTC A; 4K81 A; 3L0W B; 3ZNH B; 3D32 A; 2OED A; 4A8X C; 1VCB A; 4OZA A; 2MW5 A; 1SJE D; 4A20 A; 5L95 C; 3H1U A; 2M1M A; 2RDH A; 2LGY A; 3GOE A; 3P4P B; 4E3C A; 2IND C; 5IKC M; 2M0A A; 2L32 A; 3ZW3 A; 5IAA C; 2JSV X; 3KWL A; 1NEN B; 4DHJ D; 2KVR A; 2IGG A; 3NS8 A; 3AE7 B; 4LNF A; 2KAN A; 2RDB C; 2MBH A; 2AQ3 B; 3R2T A; 2XK5 A; 2RSU A; 1C4P A; 3ZXV A; 3ZJU A; 2A4Z A; 1E7U A; 4E74 A; 2WXN A; 3ZIM A; 2E6X A; 3PLV A; 3ZDT A; 4JE3 B; 4L23 A; 3TEW A; 3A9K B; 4PS8 A; 4GB9 A; 4D2K A; 5E6O A; 2J4X A; 4LDT D; 4OZC A; 5D7G A; 3RNB C; 1MG4 A; 1WX8 A; 2L0T A; 2WGS A; 4EKU A; 3AUL A; 3C0R B; 3V60 A; 1AAR A; 3JVZ X; 1WGG A; 4LNK A; 3VFK A; 2FUH B; 4W9D A; 1YN3 A; 2KC2 A; 1N63 A; 2LGS A; 1KJT A; 4WQM A; 2DYM A; 4IWO A; 3WAM A; 1E7P B; 2QIE B; 4HPP A; 3E56 A; 4F7Z A; 5TR5 A; 4KX6 B; 2GI9 A; 1I7H A; 4KVG B; 3UI3 A; 3KLS X; 5AZG A; 1HZ5 A; 1HZ6 A; 1EWY C; 2KLG A; 3H6N A; 2X8X X; 1IGD A; 1XD3 B; 1OQQ A; 5BMI A; 2WWZ A; 2D5G A; 1IGC A; 1PGX A; 4A55 A; 2UYZ B; 2DBY A; 1JWA D; 1V81 A; 1WWT A; 1FEH A; 2KQS A; 3IAM 1; 3KW5 B; 2HTM E; 1ZE3 D; 3EFC A; 3I3T B; 5JHA A; 3HVZ A; 1NYR A; 5HKH A; 2JWZ A; 1ZUD 2; 4BOZ B; 1JCK B; 1WJ6 A; 2AL3 A; 4DBG A; 2LXA A; 2QEJ C; 3GS2 A; 1C4C A; 1N5W A; 5IO9 A; 1I4Q A; 2K6D B; 1Q1O A; 1C3T A; 2DZJ A; 3URY A; 4XYC A; 2MH7 A; 3VUY A; 2V3N A; 2NPT B; 4B6W A; 1NI2 A; 4RGN A; 1CZP A; 2INP E; 1WFY A; 1SF0 A; 1DOY A; 4PYZ A; 1E8X A; 2LI5 A; 3O65 B; 2KQ4 X; 3A9J A; 3APC A; 3BYY B; 4OVZ A; 2Y5B B; 2K8H A; 3DOW A; 3MHZ A; 1DOI A; 3U7D A; 4KDL B; 2IYD B; 2KDM A; 5EE1 A; 2INC C; 1C9F A; 1C78 A; 1QLB B; 4C7Z A; 3ZJT A; 1JRP A; 4LK0 M; 3V62 A; 3BVM A; 3AV8 A; 4PYU A; 5D94 A; 3QK0 A; 1FCC C; 2V4L A; 3OJ4 B; 3NVZ A; 4KKI A; 4A90 A; 1IUE A; 2KT7 A; 2K3U A; 1TY2 A; 3CWI A; 2KDF B; 3A4R A; 4AJW A; 1EU3 A; 4F1S A; 2EKI A; 1FNV A; 5G2N A; 1I4G A; 2YEP F; 2J52 A; 2JRH A; 2ZW0 A; 4HDQ A; 5DPS A; 1XCQ L; 4W9I A; 1WXA A; 1V5T A; 2X38 A; 4FLH A; 2GBK A; 2L52 A; 2D3C A; 2G3Q B; 4ZYN A; 3RZF A; 4YWG G; 1Q5W B; 3BVZ A; 2BPS A; 3T3N A; 5HI1 A; 3KUC B; 3Q69 A; 4NY0 A; 3AEC B; 4HJK A; 1J19 A; 4ZRP A; 3BZD B; 4RGT A; 2SAK A; 3IT4 B; 5HHD G; 1AN8 A; 1YD8 U; 2IO2 B; 3B2F A; 2RR9 A; 1T0Y A; 1YX5 B; 2Z59 B; 3A4S C; 1OTR B; 2JT4 B; 1KH0 A; 1SE2 A; 2ZW1 A; 2GBJ A; 2D10 A; 1FCL A; 2SEB D; 2ZPY A; 4WJQ A; 2M0X A; 2XNA C; 3SU8 X; 2IDY A; 1U4A A; 1UF0 A; 2KFJ A; 2MP2 A; 1HEZ E; 2W3S A; 2L8J A; 1UGM A; 4JIO U; 4WWM A; 3KH0 A; 4DXG A; 3W5U B; 1E6E B; 2K39 A; 3NRZ A; 1QKZ A; 1S1Q B; 1MVK A; 2BS2 B; 4RNA A; 5DPR A; 2IY0 B; 1WX7 A; 3ZNG C; 4W9E A; 4AS1 A; 3N20 C; 2PE9 A; 1GUA B; 4MJS A; 2RGF A; 1TS5 A; 3VAW A; 3DBH I; 2LGI A; 3BK2 A; 2RMM A; 1QOA A; 1K52 A; 3VHT C; 1GNU A; 2BKF A; 3P63 A; 2BGF A; 4F8C B; 1TIF A; 2N1W A; 4HKQ A; 2WX0 A; 3QX1 A; 1I4P A; 2CKH B; 4ZRJ A; 5J2R A; 4RGM A; 3PRZ A; 3QJZ A; 1OFF A; 3K9P B; 2L7R A; 1KLG D; 2QCZ A; 3MHS D; 2BQQ A; 4ARI A; 4BVU C; 3FC4 A; 4G3X B; 5IP4 D; 3B2G A; 2LUE A; 1DGJ A; 2EMS A; 3WCQ A; 2WDR B; 5J18 A; 4R3D A; 4MGK E; 1WI0 A; 1HQR D; 1PQS A; 2FBW B; 1MHH E; 4ZHP A; 1YMH E; 2WS3 B; 3N1Z C; 1WMH B; 2K9X A; 2I1J A; 1H4R A; 1V97 A; 3RYT A; 5BYR A; 3R3M A; 1SJH D; 3MC8 A; 4GGQ A; 2BW2 A; 2KN4 A; 1GB1 A; 2C5L C; 3IAS 1; 5G5H A; 2LUM A; 4FBJ B; 3VRB B; 4B95 A; 1GAQ B; 1K51 A; 4TV3 A; 2INN E; 1YN4 A; 3BK1 A; 3Q6B A; 2DZI A; 1FFU A; 1J0G A; 4IG7 B; 1WJU A; 3AMZ A; 3NJT A; 3H7P B; 2C60 A; 2DYO A; 1PUT A; 2B76 B; 2WHI A; 3J9C A; 3PHX B; 4PS3 A; 4LTU A; 2M56 B; 3GE3 C; 1T0R C; 2CR5 A; 1NVI D; 1V9J A; 3Q3F A; 5EDS A; 4BZA A; 1P7F A; 2MRP A; 3H8H A; 2BWF A; 2M8S A; 5T8I A; 3NS1 A; 3T3O A; 3TUO A; 4GOC A; 4C56 C; 4KKJ A; 3IT6 B; 3VUW A; 1EU4 A; 3FAH A; 1SE4 A; 4II3 B; 4HEA 1; 1C1Y B; 2PKO A; 1CMX B; 4DQO C; 1HTO A; 2MHJ A; 4M0W A; 4MJS B; 4KIK A; 1E7V A; 1P0R A; 1WH3 A; 4GU2 A; 4EZJ A; 2TSS A; 3ML9 A; 4W9H A; 2UU7 A; 2LVP A; 3V6E B; 4M01 A; 1AYF A; 4M00 A; 1UH6 A; 3R66 C; 4L1B A; 1GJZ A; 5KHQ A; 1WRI A; 3EUB 2; 2LHD A; 2AX5 A; 3MFG A; 4EOY A; 2C7M B; 3L16 A; 2IO0 B; 4O1N A; 3UQA A; 4W9L A; 4FAD A; 4MDK E; 3L13 A; 3RCZ A; 3RNA C; 2LZ6 A; 3I63 C; 3AE1 B; 2JU6 X; 1F9J A; 1ZGU B; 2Y5C A; 2KJR A; 2JRI B; 4IC7 B; 2M17 A; 2CHW A; 4BKS A; 2KVZ A; 4NJ7 A; 4MEL A; 4C4V B; 1WE6 A; 4HRO A; 1FO4 A; 4I6P A; 3BY4 B; 1FRR A; 2N9P C; 1UGJ A; 4WWO A; 4L2Y A; 1YN5 A; 2N9E B; 2N9X A; 2KQ7 A; 1KTK A; 2JVC A; 2ASQ A; 3ZVV A; 1SIJ A; 1T5X D; 1OEY A; 2N0S B; 2CHX A; 3HUI A; 2BWE S; 3N30 A; 1AW7 A; 2K0P A; 2MBO A; 1T6B X; 1WY8 A; 2DX5 B; 3AM9 A; 3VR9 B; 5DPT A; 1FNW A; 3IVF A; 3GZN I; 4RCO A; 1STE A; 1Y8R C; 3ALB A; 2DNF A; 2N7J A; 4NAW B; 4KGT A; 5D6J B; 2JZZ A; 1EF5 A; 4DXF A; 4FA6 A; 1E5W A; 1TTN A; 3C19 A; 3DBL I; 4W9J A; 3QAR A; 2KK8 A; 3VXW A; 1UD7 A; 4MEM A; 4DWF A; 2VH1 A; 2YVC A; 3WAL A; 3P4R B; 2C7N B; 3TEZ A; 3R2I A; 4AP4 C; 1IPG A; 1EO6 A; 4NNJ B; 2JYT A; 5CHW A; 4XWW A; 2GOW A; 3KYC D; 3LJ3 A; 3VH3 B; 1LM8 B; 3TEX A; 1Y56 A; 4DDI D; 2Z0D B; 3ZTD A; 4WAF A; 2KN5 A; 2LGD A; 3QAQ A; 3FKY A; 1H8C A; 5GXG B; 1R4N I; 5E6J A; 2BYV E; 3VTU A; 3ZLZ A; 3Q3O C; 1XXG A; 1J7B A; 1YQ4 B; 4WUR A; 4HK2 A; 2ZPN A; 2PVO D; 2OJW A; 3AEE B; 2MSE D; 3R8B A; 4KDI C; 2KWD A; 3DWG C; 4XWT A; 2ZJD A; 3MP9 A; 1ZPS A; 1I35 A; 2KTF A; 3RI7 C; 2K6Q A; 2FCS A; 2N1V A; 4CQN A; 2K5P A; 2IY1 B; 2KD0 A; 4W9C A; 4ARC A; 3P4Q B; 2WXO A; 3U4E G; 2WYQ A; 4YTN B; 2NR2 A; 3NVV A; 2HJ8 A; 2J0J A; 1QOB A; 2RD0 A; 3FIL A; 5IA7 A; 5DCN A; 4IW0 A; 4N9F 4; 1WZ3 A; 2BT6 A; 4CO7 A; 5AZH A; 1ZDV A; 1YJJ A; 1I42 A; 2KAJ A; 4ZRK A; 5D3I B; 4IWP A; 4K3B A; 2PW9 A; 4DK5 A; 3UGB B; 4BBN C; 1A70 A; 1E8Z A; 4RM9 A; 4EFO A; 4G50 A; 3UF8 A; 4S17 A; 5EE9 A; 3QCA A; 2KMM A; 4ANW A; 4RF0 A; 1VR9 A; 2LD9 A; 2R2Q A; 3NZU A; 3PS6 A; 4A6Q A; 3Q3M C; 4WJN A; 1XQQ A; 4AJY B; 4WQO B; 2KWU B; 1WIA A; 4ANU A; 1WGK A; 4FJY A; 2NS5 A; 2G4S A; 3NZS A; 4TMA B; 4LNO A; 1S3S G; 4I6L B; 3BYT B; 1EWC A; 3VRA B; 3OJ3 A; 2W82 A; 1P3Q U; 2KJH B; 3VH4 B; 2KMA A; 2J53 A; 3DHG C; 3ML8 A; 4TUU A; 2DAJ A; 1ZXI A; 2H89 B; 4N59 A; 4YTM B; 3V6C B; 4PS7 A; 3DBS A; 3TL5 A; 4A9A A; 2Q5W D; 3RUL A; 4FHK A; 1UZX B; 2WU5 B; 1KM7 A; 3DBH B; 4B0E A; 5HFY A; 4UDU C; 1D5M C; 3PSE B; 1J7C A; 1TS2 A; 3VR8 B; 2XK5 B; 2MX2 A; 4FHJ A; 2O6V A; 1E8W A; 2PE6 B; 2ONQ A; 2L3Z A; 3DQV A; 3NY5 A; 3CF6 E; 1SE9 A; 2M4N A; 4KGS A; 2HE7 A; 5LLI A; 5CX3 A; 1FM0 D; 5C23 A; 1E0Z A; 1QOG A; 3Q3N C; 1NYQ A; 4DDG D; 1ET9 A; 2Z0E B; 2Z8L A; 3AE9 B; 1VLB A; 3HK0 A; 5AEK B; 3QC8 B; 3N3K B; 3TBL D; 3GE8 C; 4XGA B; 4YXD B; 2K22 A; 3MJ5 A; 3DHI C; 4IUM B; 4JX1 C; 4QAY A; 1VZ6 A; 2V0G A; 1QZE A; 1WJN A; 1EUV B; 1WJ4 A; 4HPM B; 2CU1 A; 3Q8A A; 4IM0 A; 1RAX A; 1JRO A; 2WXK A; 4P1B C; 2JPH A; 2L05 A; 3SFE B; 4RMA A; 2IGH A; 3IBE A; 4TQ1 A; 1WYW B; 4MH0 E; 3W1S C; 3QIJ A; 5E6N A; 4MGI E; 4XDD A; 2BS3 B; 3NUH B; 4P1C C; 2JZP A; 3DHH C; 2IZV B; 2B3A A; 2V3P A; 2WNM A; 2I2Y A; 1UWM A; 1LGR A; 4US8 A; 1EM7 A; 1CJE A; 3ZYY X; 3S2A A; 3Q2A C; 2ZVO A; 1V6E A; 1QQR A; 2BKR B; 4WAA A; 1PYW D; 1OQY A; 2BYT A; 5I4D A; 2PTL A; 2BF8 B; 2FNJ B; 4MGY E; 3PZD A; 3DVG Y; 1JRU A; 2KKC A; 2PPH A; 5FR3 A; 2L76 A; 3KWV A; 2L1A A; 2KWC A; 3HM6 X; 2KDI A; 4A3P A; 2KFK A; 3MC0 B; 1LQB A; 3CIR B; 3HVD A; 2O2V A; 5BO4 B; 3U52 E; 3WA0 A; 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2WXP A; 2LVQ A; 2NTT A; 1F2R I; 4YSZ B; 2PIA A; 3U7Z A; 4XE0 A; 4LJP B; 2WXL A; 1XLO A; 3DBL B; 3AE2 B; 1KOT A; 4RM8 A; 2LMC A; 3PZ7 A; 4K7S A; 2LJ5 A; 1N5X A; 2KXJ A; 2KFK B; 3EA6 A; 2ICI A; 3DCG A; 2KNB A; 4XX5 A; 1WXS A; 1P9D U; 3ZRC A; 2O2V B; 3QQ8 B; 2J0K A; 1FFV A; 1HA5 A; 3M95 A; 2IPK D; 3SD5 A; 5JZE B; 4FXC A; 4KSL C; 4B0M A; 3IXS A; 1WSP A; 3W1Y A; 1RM6 C; 1VDV A; 3PPA A; 1L4D B; 1TJE A; 1GG3 A; 2YLM A; 3AEB B; 5AUK A; 5AUI A; 2K8C A; 3A9K A; 3SR6 A; 1T0S C; 4M8N A; 3SFD B; 2NBW B; 4JWS C; 1JW9 D; 2LRU A; 1MJD A; 4IOI E; 1OGW A; 3AE4 B; 1R4N B; 4LNI A; 2HJ1 A; 1QIL A; 2BS4 B; 3RNG C; 3JW0 X; 3N32 A; 4HKZ E; 4US9 A; 1ZP0 B; 1FXI A; 2ON8 A; 1V1P B; 2PEA A; 1WGH A; 1WYG A; 2D11 A; 1ENF A; 5MPO A; 3B9J A; 1V2Y A; 2ZEQ A; 3Q8B A; 2K8B A; 1B9R A; 4NZL B; 1AWD A; 2REX A; 1L0V B; 2WX1 A; 3AEF B; 1RRB A; 1VZ8 A; 4B9K A; 1NBF C; 1XLP A; 1YIW A; 3SDL C; 1FXT B; 3K9O B; 4H2A A; 1SXT A; 2NMQ A; 1RYJ A; 3ZKJ C; 1XEE A; 3Q8E A; 3UQB A; 3RUI B; 4GDK A; 2QIL A; 1D5X C; 1YJ1 A; 1UNS A; 1SB3 C; 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