The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.
Total Genus |
20
|
sequence length |
72
|
structure length |
72
|
Chain Sequence |
MHHHHHHAMEEVTIKANLIFANASTQTAEFKGTFEKATSEAYAYADTLKKDNGEWTVDVADKGYTLNIKFAG
|
The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.
After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.
| publication title |
Single-site mutations induce 3D domain swapping in the B1 domain of protein L from Peptostreptococcus magnus.
pubmed doi rcsb |
| molecule tags |
Protein binding
|
| source organism |
Finegoldia magna
|
| molecule keywords |
Protein L
|
| total genus |
20
|
| structure length |
72
|
| sequence length |
72
|
| chains with identical sequence |
B
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| ec nomenclature | |
| pdb deposition date | 2001-10-09 |
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
| Class | Architecture | Topology | Homology | Domain |
|---|---|---|---|---|---|
| Alpha Beta | Roll | Ubiquitin-like (UB roll) | Ubiquitin-like (UB roll) |
#chains in the Genus database with same CATH superfamily 5HHD G; 2PLP A; 2JXT A; 1UWX A; 4KGS A; 5JXV A; 2LUM A; 1K53 A; 1P7F A; 2ONQ A; 1EM7 A; 2ZW0 A; 2PW9 A; 3UI3 A; 2N7J A; 2GB1 A; 2QMT A; 2GI9 A; 1MI0 A; 2KDM A; 1PGX A; 1FD6 A; 2PTL A; 5BMI A; 1GB1 A; 1K50 A; 2QSD A; 2RPV A; 1GB4 A; 1IBX B; 4OZC A; 1HZ5 A; 4HKZ E; 1HEZ E; 2IGH A; 4KGT A; 5HFY A; 2N9K A; 1FCC C; 1IBX A; 1MVK A; 2JZP A; 5HG2 A; 2KAC A; 2IGG A; 2ZW1 A; 4WH4 A; 2JWU A; 1PGA A; 1IGD A; 4IOI E; 1XCQ L; 2JSV X; 2J53 A; 1K52 A; 2N9L A; 2LHE A; 1YMH E; 2KWD A; 2I38 A; 2LHD A; 1F2R I; 3GB1 A; 1D4B A; 4GLS C; 1FCL A; 4KGR A; 3FIL B; 3V3X A; 5BMG A; 1QKZ A; 2IGD A; 4HJG E; 2KN4 A; 3MP9 A; 2JU6 X; 1K51 A; 1XCT L; 4IKG A; 1KH0 A; 1YNT E; 1PGB A; 4OZA A; 2KQ4 X; 1P7E A; 5BMH A; 2NMQ A; 1JML A; 2OED A; 1C9F A; 3FIL A; 5HI1 A; 1XF5 L; 4MAC A; 2LGI A; 2ON8 A; 4D2K A; 2EEL A; 2K0P A; 1MPE A; 1IGC A; 1Q10 A; 1MHX A; 1MHH E; 2J52 A; 4OZB A; 1HZ6 A; 2RMM A; 1F2R C; 2I2Y A; 1ZXH A; #chains in the Genus database with same CATH topology 3QAR A; 3AN1 A; 3U8Z A; 5E6N A; 2O2V A; 2DWQ A; 4JLC A; 2JY6 A; 1EM7 A; 3ZO5 B; 2ZPN A; 5I4D A; 1SB3 C; 2BPS A; 2J0K A; 1Z5S B; 2FCS A; 2K3U A; 4YXD B; 5FK9 C; 3DPD A; 1YQ3 B; 4HLE A; 4KDL B; 4DHZ B; 4P1C C; 1B9R A; 2LRW A; 3M3J A; 2QCZ A; 3RZW C; 3HVD A; 1MG8 A; 3NY5 A; 1QZE A; 3W5U B; 3ZNI D; 3I3T B; 3AM9 A; 1Q1O A; 4DHJ D; 5AUK A; 2KDB A; 3Q3M C; 3VVW B; 1L4Z B; 1V1P B; 1JRP A; 4KZ0 A; 1BUI C; 1UWM A; 3GP7 A; 4WH4 A; 2O6V D; 1I4G A; 2KTR B; 4B6W A; 2M0X A; 2FUG 1; 1JWU D; 4IUM B; 2VZK B; 3VTW A; 1L5P A; 4B0E A; 4WJQ A; 1F0Z A; 1WX8 A; 2PPH A; 1FNW A; 5EE1 A; 4GLS C; 2BGF A; 3QJZ A; 1GAQ B; 1RYJ A; 3P42 A; 2NR2 A; 2KN4 A; 2JU6 X; 4AWJ A; 1T3Q A; 2ICI A; 2KWV B; 1XF5 L; 5CHW A; 4DDG D; 4IM3 A; 2X38 A; 3GS2 A; 5GXG B; 1WIA A; 3QIJ A; 4LNK A; 2ON8 A; 2C60 A; 2PVO D; 2DX5 B; 5IP4 D; 4M8N A; 1MHH E; 4OZB A; 1EUV B; 1MG4 A; 2G9H D; 3U52 E; 4FUL A; 3U4E G; 3BZD B; 3W5V B; 3EUB 2; 1ROE A; 2HJ1 A; 3IT6 B; 2KO3 A; 1IPG A; 1TZ1 A; 1KM7 A; 4IWO A; 3MHS D; 3KVF B; 3N20 C; 2MH7 A; 1NVI D; 1KTK A; 2N4F A; 1JWB D; 1VRA B; 1GG3 A; 2WXH A; 1WR1 A; 2MEK A; 5DPW A; 3KYC D; 1FRR A; 2KDE B; 2ACZ B; 2SAK A; 3BY4 B; 1V49 A; 3O13 A; 4K1R B; 1K50 A; 3ZKJ C; 3ZDT A; 4TMA B; 4P7I A; 1DOX A; 1E8W A; 3AMZ A; 1OGW A; 4MJS B; 3FAH A; 4C56 C; 1QOA A; 2YEP F; 3CMM B; 3IHP C; 2M8S A; 3AE6 B; 3SDL C; 1ZDV A; 4LJP B; 2UYZ B; 2N7D A; 4G3X B; 4ZRP A; 1JCK B; 1IBX A; 3GE3 C; 2WDV B; 3OLM D; 2MJE A; 1TS2 A; 1CJE A; 3TL5 A; 2K8C A; 2KVR A; 4LLG M; 4A20 A; 2IZV B; 1IGD A; 4XWT A; 2D3G A; 2PE9 A; 1TGZ B; 3L13 A; 5TR5 A; 4KZC A; 2LHE A; 3AE4 B; 1AAR A; 3PZD A; 2LVO A; 4DXG A; 2KDF B; 1D4B A; 3HUI A; 4EZL A; 4NAW A; 3QK0 A; 2LWP A; 4DK5 A; 3BK1 A; 4AJY B; 2GBR A; 1KH0 A; 4YTP B; 1N60 A; 3PRP B; 2Y5B B; 2BS3 B; 4C4V A; 1JML A; 2MP2 A; 3L10 B; 2NCN A; 3UIN B; 1E5W A; 3W2D A; 4N59 A; 1YN4 A; 1M94 A; 2EEL A; 3VRA B; 1AYF A; 1HZ6 A; 3MJW A; 1Z2M A; 1V6E A; 3IG3 A; 4MT5 A; 3DVG Y; 2D2Q A; 2PEA A; 3WIM A; 3ZRC A; 4L2Y A; 3B08 A; 4ANU A; 1KFY B; 2BF8 B; 3ZTC A; 1WI0 A; 5DPR A; 2FIF A; 4MDK E; 2GMI C; 2V3S A; 1E8X A; 2CS4 A; 4WAA A; 1FFV A; 1E0Z A; 4ZOH C; 1P3Q U; 2INP E; 4XDC A; 1UZX B; 4LDT B; 3RPF C; 3LXF A; 5EE3 A; 5JZE B; 2IO2 B; 2WXJ A; 1JWM D; 2QSD A; 4TQ1 A; 2L0T A; 4A3O A; 4J6I A; 3K9O B; 2WDQ B; 2ZVO A; 2B76 B; 2XK5 B; 4LK0 M; 3UF8 A; 3UQA A; 1WM3 A; 2M1M A; 4H2A A; 2IY0 B; 3EA6 A; 2JF5 A; 3L17 A; 1DOI A; 1SXT A; 5KHO A; 2IGG A; 4M8M A; 2RGF A; 1E10 A; 3A1Q B; 3WAP A; 4IWP A; 2FCQ A; 3QWZ B; 3ZNZ B; 2L76 A; 2ZZP B; 2PKO A; 2KVZ A; 2KWD A; 1GPX A; 2KQS A; 2WP9 B; 1M4V A; 1WSP A; 2D07 B; 3Q14 C; 1YQB A; 3IFW B; 1H8C A; 2D3B A; 2IGD A; 2D3C A; 3RNA C; 2INC C; 1N63 A; 3E56 A; 3Q6B A; 2LVQ A; 1P7E A; 1WRD B; 1WMH A; 3AEC B; 3PHW B; 2WU5 B; 4YT0 B; 5FR3 A; 3VUY A; 1YOV B; 4I6N B; 1IGC A; 3SFE B; 2RR9 A; 3AV8 A; 3IT4 B; 4USA A; 2L1A A; 2LVP A; 4TSS A; 3QAQ A; 2BKR B; 2N1W A; 1UWX A; 4TQ0 A; 4TV3 A; 3T9L A; 3LYY A; 2E6X A; 2GBJ A; 3QCA A; 1FRD A; 3HRD D; 1V81 A; 1TT5 B; 4EFO A; 1FNU A; 2N7J A; 4HPM B; 2QIE B; 1GC7 A; 1ESF A; 2BT6 A; 1E8Z A; 1E90 A; 2JRI B; 4FJZ A; 1UBQ A; 2KFK B; 4WJP A; 4YTN B; 4RGO S; 1QOG A; 4O1N A; 4M02 A; 4A90 A; 3FC4 A; 4ITK A; 3NVZ A; 4RM8 A; 1FXI A; 4UDU C; 2IO0 B; 2MX2 A; 1N6Z A; 3U2S C; 2KC2 A; 4ANV A; 4GMV A; 5AZH A; 2KWU B; 3V05 A; 1FCC C; 4ZYN A; 1WGK A; 1NI2 A; 2W55 A; 5L83 A; 2YVC A; 1C76 A; 3VR8 B; 1WJ4 A; 1QF6 A; 5CHF A; 1TS3 A; 3ZNG C; 2L0F A; 2KX3 A; 1RFK A; 2C7N B; 4BKG A; 2DZK A; 1YX5 B; 5BYR A; 1WXA A; 3TUO A; 3Q8B A; 4RH6 A; 3GB1 A; 3D32 A; 4KGR A; 2B3A A; 2O6V B; 5BMG A; 3R3M A; 4NQK E; 4HVB A; 4NQL B; 2NBU A; 4PK1 A; 3BYY B; 5HI1 A; 1N61 A; 1Y56 A; 1C78 A; 2MBQ A; 2OOB B; 3ZJV A; 3EC8 A; 4YTM B; 1F9J A; 4HXD A; 4ICU A; 4D2K A; 3TSS A; 1XLO A; 1EWY C; 1UEL A; 1YQ4 B; 1HA5 A; 2KNB A; 3MC9 A; 3W1Y A; 4CYE A; 3EEC A; 1MFW A; 4JPS A; 4FA6 A; 2UU7 A; 4LCD E; 3A9K B; 4ZRJ A; 4WJO A; 3IVF A; 3AUL A; 1ZGU B; 3AE2 B; 3AU4 A; 2AQ2 B; 1ISN A; 3ABV B; 1OEY A; 2PW9 A; 2LEK A; 2MJ3 A; 2DAJ A; 4DHZ E; 1WXQ A; 3DBH I; 1KLU D; 3KWL A; 2VH1 A; 3QC8 B; 2VRR B; 3ZVV A; 3H1U A; 3H7S A; 4KDI C; 1WXV A; 5JHA A; 1R4M I; 1N5W A; 2DZM A; 3R8B A; 1D3Z A; 3Q8A A; 1GUA B; 2LAS A; 4FJV B; 1BML C; 5IOI A; 4BKT A; 4DBG A; 2N9K A; 1TY0 A; 3R2I A; 2BYT A; 3DWM A; 2M19 A; 2Z0E B; 3V6C B; 4I6L B; 2WYQ A; 2ZVN A; 3PGE A; 2XN9 C; 1LQB A; 1YJJ A; 4EOY A; 4LNF A; 3AB5 A; 3FIL B; 2V4I B; 3TEY A; 3H6N A; 1C1Y B; 2RDG A; 2W3R A; 2IDY A; 2WQY B; 1ZXI A; 1YNT E; 4BVU C; 3PHX B; 3SHQ A; 1CZP A; 1SJE D; 2IND C; 4MAC A; 4A55 A; 1J19 A; 1JWS D; 4II2 B; 4RGT A; 3JYU A; 5CX3 A; 2KLC A; 3PZ7 A; 3DBR I; 2QJL A; 2O2V B; 3ZYY X; 4E71 A; 2OJR A; 4ZHP A; 1V8C A; 1ZDX A; 2JRH A; 1QQR A; 1V1O A; 1SSN A; 1L4D B; 3TIX A; 4QAY A; 2C7H A; 3A33 B; 3VH3 B; 3NHE B; 1L6U A; 3DVN U; 2DLB A; 2QMT A; 5BYQ A; 4KKI A; 3PV1 A; 3ONS A; 4B0M A; 2KYW A; 1PGX A; 5CTR C; 3HM3 A; 3AE1 B; 4OVV A; 2G3Q B; 3PLU A; 2IPK D; 4HKZ E; 2INN E; 2KKC A; 1N5X A; 3WAN A; 3MTN B; 1T0R C; 1UF0 A; 2LZ6 A; 2JZZ A; 1VDV A; 2N9P C; 4ASW C; 2PE6 B; 1Q5W B; 1TIF A; 2XNA C; 1V5T A; 2L8J A; 3Q69 A; 1PYW D; 2KXJ A; 2ZW1 A; 3SR6 A; 4AJW A; 1ZE3 D; 3PVL A; 4JX1 C; 1IUE A; 1PGA A; 2WXR A; 2N9L A; 3NZ3 A; 2W9N A; 4KX6 B; 1SBB B; 3R66 C; 2REX A; 2DAF A; 3RMK C; 4M0W A; 2VH2 A; 3AE8 B; 1YN5 A; 2K6Q A; 2MBH A; 3V3X A; 3TJP A; 1NYQ A; 2BW2 A; 1XCT L; 3ML9 A; 3B1L X; 2V4L A; 4JGH B; 4KVG B; 3DCG A; 3VDZ A; 1FXA A; 3GZN I; 4ANW A; 2W54 A; 1Q10 A; 2RPQ A; 5C1Z A; 1MJD A; 1WJN A; 3WCQ A; 1FXT B; 3WAM A; 1NI3 A; 2IY1 B; 1XQQ A; 2PLP A; 3KW5 B; 4MGK E; 2JYT A; 1IP9 A; 3DBL I; 2LUM A; 4P6V F; 2LXC A; 1K53 A; 1TBE A; 2AL6 A; 4HPP A; 2K9X A; 4REZ A; 2MCN B; 4MH0 E; 1MI0 A; 4BFR A; 4JWS C; 2KLG A; 2WWZ A; 1H4R A; 1RAX A; 2C9W B; 1S1Q B; 3HHM A; 5AZG A; 2MRP A; 3T3O A; 4WQM A; 2K8B A; 4HKQ A; 3LJ3 A; 3J9C A; 1IBX B; 1HZ5 A; 2JQR B; 2WXO A; 1HEZ E; 1RM6 C; 3Q2A C; 4XZ4 A; 3FKY A; 3OAW A; 1SGH A; 2IGH A; 3LB8 C; 1J0G A; 2BVC A; 2K8H A; 1NEK B; 1ZOY B; 2SEB D; 4ZDV A; 4K7S A; 4HDQ A; 1EF5 A; 2DZI A; 4C00 A; 3AEA B; 2JSV X; 3I63 C; 4N6E B; 2FUH B; 3NS8 A; 4NAW B; 2WGS A; 4GIV A; 3TBL D; 4LNO A; 4B9K A; 4ZRQ A; 3KQ4 A; 4C4V B; 3JSV A; 2L83 A; 2MWS B; 2MP2 B; 1KOT A; 3RNB C; 2YLM A; 2WXK A; 4OZA A; 2KMM A; 1C9F A; 4M01 A; 3KLS X; 4JL9 A; 3AEG B; 1N62 A; 3C0R B; 2N9E B; 3QA8 A; 5DPT A; 2L3Z A; 1XT9 B; 2V9H A; 4W9H A; 1QOB A; 3VXW A; 2J52 A; 4NJC A; 4YSY B; 5IA7 A; 3Q8C A; 4C7Y A; 4WWP A; 2GOW A; 4GDL A; 1C79 A; 2JXT A; 2WXI A; 2V0G A; 1I4Q A; 2Y5P A; 1ENF A; 3A9J A; 4KGS A; 4OVZ A; 4MH8 A; 4A6Q A; 2RDB C; 1OQY A; 2M56 B; 2HD5 B; 1YD8 U; 4JQW C; 5L95 C; 4ZRI A; 2G1E A; 2KDM A; 3APD A; 2KHW B; 4EUT A; 2IYD B; 3ML8 A; 3TEX A; 1C4P A; 1GB1 A; 4R3D A; 4JE3 B; 1VR9 A; 2NPT A; 3CWI A; 2W82 A; 3KWV A; 4YWG G; 2KX0 A; 3WAL A; 1BT0 A; 2LGS A; 2KK8 A; 1AN8 A; 4BKS D; 1TTN A; 1LXD A; 4PS3 A; 4WQO B; 3WAO A; 3DQV A; 2ZNV C; 1JW9 D; 3VRB B; 4E3C A; 1E8Y A; 2RD0 A; 2AWT A; 4HWI B; 5D2M B; 3MFG A; 1TZO A; 1RFA A; 2PIA A; 2K22 A; 5E6J A; 3OWE B; 1WMH B; 1QKZ A; 1XLQ A; 1G6J A; 3I57 A; 2D3A A; 3ALB A; 4W9F A; 2Z8L A; 3AE5 B; 4BBN F; 4K7U A; 4IWQ A; 4MGI E; 2BYE A; 3CSF A; 4XDD A; 3AE3 B; 1Y8R C; 1WGG A; 2AYO B; 2AQ1 B; 5FR6 A; 3RD2 A; 3C19 A; 2JUO A; 3B2F A; 3APF A; 3VH4 B; 4HPL B; 3PT2 B; 2KN5 A; 1HXY D; 3RI7 C; 3OJ3 A; 2A5U A; 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3Q3N C; 1UUP A; 1WX9 A; 1PQS A; 2KAN A; 3PTF C; 4RF0 A; 1C4A A; 3AE9 B; 2M4N A; 4LJO B; 1WE6 A; 2WXM A; 1WRI A; 2KJ6 A; 5AZF A; 2ZNV B; 5HFY A; 1CK1 A; 2BBC A; 4PYU A; 2ASQ A; 4EKU A; 2QDF A; 1YJI A; 1E9M A; 4LNI A; 4MSQ B; 4DQO C; 4CO7 A; 3Q8F A; 1L2N A; 2LUE A; 4W9J A; 2A4Z A; 5FKA C; 2WHI A; 4IOI E; 2WDR B; 3X0W A; 1V9J A; 3ZRF A; 4ICV A; 4KSK C; 5G5H A; 3C8Y A; 1L0Y B; 3ZW3 A; 1FNV A; 4E74 A; 1UD7 A; 3KUC B; 1TKY A; 1E6E B; 2AQ3 B; 4HCN B; 4HJG E; 3MP9 A; 3VAW A; 1I4R A; 3ZTD A; 3N1Z C; 3RCZ A; 3RT3 B; 5IO9 A; 2CJN A; 2C5L C; 5IKC M; 4WWM A; 4J3O D; 5D3D A; 1J7A A; 4MEM A; 1DYQ A; 3HIZ A; 1AW7 A; 1UGJ A; 2K0P A; 3L4P A; 2LFI A; 3H9D A; 1QLB B; 2RSU A; 3BK2 A; 5AEK B; 5G2N A; 4MEL A; 4G50 A; 2I2Y A; 4US8 A; 4WWN A; 4ZHO A; 3O65 B; 4OHJ A; 4BAX A; 2X8X X; 1ZKH A; 2BS4 B; 2N9X A; 1WGR A; 3N1X C; 3ECI A; 3P4S B; 2MBB B; 1I4H A; 1VZ7 A; 1T6B X; 2MBO A; 4IM0 A; 1A70 A; 3BVZ A; 1WX7 A; 1SE3 A; 3LDZ E; 3KH0 A; 4K3C A; 1UNS A; 1L0V B; 2FNJ B; 2GBK A; 2WXL A; 2RPV A; 1AWD A; 4W9L A; 1KRH A; 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