The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.
Total Genus |
18
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sequence length |
65
|
structure length |
65
|
Chain Sequence |
EEVTIKANLIFANGSTQTAEFKGTKEKALSEVLAYADTLKKDNGEWTIDKRVTNGVIILNIKFAG
|
The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.
After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.
| publication title |
Accurate computer-based design of a new backbone conformation in the second turn of protein L.
pubmed doi rcsb |
| molecule keywords |
protein L
|
| molecule tags |
Protein binding
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| source organism |
Finegoldia magna
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| total genus |
18
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| structure length |
65
|
| sequence length |
65
|
| chains with identical sequence |
B
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| ec nomenclature | |
| pdb deposition date | 2001-11-28 |
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
| Class | Architecture | Topology | Homology | Domain |
|---|---|---|---|---|---|
| Alpha Beta | Roll | Ubiquitin-like (UB roll) | Ubiquitin-like (UB roll) |
#chains in the Genus database with same CATH superfamily 1P7E A; 1EM7 A; 2GB1 A; 2EEL A; 1XCT L; 1PGB A; 2ONQ A; 1Q10 A; 3V3X A; 2LHD A; 2PTL A; 2N9K A; 2IGH A; 1P7F A; 3FIL B; 1XF5 L; 2KDM A; 2KAC A; 3MP9 A; 4KGR A; 1FD6 A; 1FCC C; 2LHE A; 5HI1 A; 5HHD G; 1MVK A; 1PGX A; 2ZW0 A; 4HJG E; 5BMI A; 2N7J A; 1IGD A; 2JU6 X; 1FCL A; 1HZ5 A; 2JXT A; 1IBX B; 4OZC A; 2ON8 A; 2PW9 A; 2N9L A; 1YNT E; 1YMH E; 2KWD A; 1F2R C; 3FIL A; 1PGA A; 4IKG A; 2I2Y A; 1MPE A; 4GLS C; 2KQ4 X; 2RMM A; 1K51 A; 1MHX A; 2QMT A; 4KGS A; 4HKZ E; 2PLP A; 5HFY A; 5JXV A; 4KGT A; 2LGI A; 2GI9 A; 2JZP A; 2I38 A; 1D4B A; 1K52 A; 2IGD A; 2ZW1 A; 5HG2 A; 4MAC A; 1F2R I; 1IBX A; 2KN4 A; 2K0P A; 2OED A; 4OZB A; 1IGC A; 2JSV X; 2LUM A; 3GB1 A; 1MI0 A; 2IGG A; 1K53 A; 1C9F A; 4OZA A; 2RPV A; 1HZ6 A; 1QKZ A; 2J53 A; 2JWU A; 5BMH A; 1GB4 A; 1K50 A; 1XCQ L; 4IOI E; 3UI3 A; 1UWX A; 1GB1 A; 1MHH E; 1HEZ E; 2J52 A; 1KH0 A; 1JML A; 2NMQ A; 5BMG A; 2QSD A; 4D2K A; 1ZXH A; 4WH4 A; #chains in the Genus database with same CATH topology 3K9O B; 2O2V A; 2ONQ A; 1Q10 A; 1XO3 A; 3Q3J A; 1SEB D; 3QAQ A; 4TV3 A; 3IAS 1; 2L1A A; 1WGG A; 1XF5 L; 3AU5 A; 5FKA C; 3WAM A; 2ZPY A; 3CIR B; 3KLS X; 1C1Y B; 2WXQ A; 2QC8 A; 2D3A A; 2LHE A; 3BIN A; 5FR6 A; 4EKU A; 3OJ4 B; 3EA6 A; 4WIP A; 3VAW A; 2GLS A; 2LJI A; 1YJJ A; 1P1A A; 1SJH D; 3PGE A; 2QDF A; 4EFO A; 3PHX B; 1C78 A; 3RZW C; 3Q3F A; 2IBI B; 1JWM D; 2PW9 A; 3TL5 A; 1R4N B; 3L16 A; 2PE9 A; 2MJD A; 1PGA A; 2KWC A; 1RLF A; 2Y5B B; 3NVV A; 3U7Z A; 1UBI A; 5J18 A; 3HRD D; 4FAD A; 3BVM A; 3ENE A; 1B1Z A; 1TY0 A; 2LFI A; 1ET6 A; 1XLQ A; 2IO0 B; 3H7S A; 4KKI A; 5AZG A; 1V86 A; 1FXA A; 2KDF B; 3NVY A; 3U52 E; 3X0W A; 1T5X D; 2NCN A; 1E5W A; 3DBL I; 2OED A; 3GB1 A; 1KOT A; 4GDL A; 1C9F A; 4FHJ A; 1WM2 A; 4MEL A; 4B95 A; 3VR8 B; 1ESF A; 2AQ1 B; 2BKF A; 2B3A A; 2KWV B; 2J0K A; 2DZI A; 4M8N A; 1RRB A; 2R61 A; 3PLV A; 2WXO A; 3HVD A; 4GB9 A; 2W3S A; 3C19 A; 3ZLZ A; 3AEG B; 4EUT A; 5E6O A; 3PT2 B; 1M94 A; 1WYG A; 2BS3 B; 4BAX A; 1E8Y A; 3GS2 A; 5LNK 1; 4WAA A; 1YJ1 A; 1Q0W B; 3A9K A; 4NQL B; 4ICU A; 4ZYS A; 4KIK A; 3V6E B; 2BYT A; 2KAC A; 4W9J A; 4P1C C; 4LDT B; 3V05 A; 1E8W A; 4G0N B; 3JYU A; 4HXD A; 4B0M A; 1HXY D; 5HKH A; 4IDI A; 5G55 A; 1SF0 A; 1V1P B; 1FNW A; 1YQ4 B; 2BF8 B; 2DYB A; 3APD A; 4FXC A; 1PQS A; 2ZZP B; 3C8Y A; 3VTV A; 2E6X A; 1XQQ A; 2KWD A; 3BII D; 3RNB C; 4HDO A; 3GOE A; 3NVZ A; 1MJD A; 2LVP A; 2N1W A; 2WGS A; 3TEZ A; 1XD3 B; 4KGT A; 2ZCB A; 5GMV A; 3I5J C; 1L6U A; 4MT5 A; 2KMM A; 1ZXI A; 2EMS A; 4FUL A; 4MH8 A; 1OEY J; 2MBB B; 1WF9 A; 3I57 A; 3U8Z A; 2SAK A; 3ZJU A; 3MC9 A; 4OZB A; 2L7R A; 4CQN A; 2IY0 B; 2KFK A; 2KK8 A; 2FNJ B; 3N32 A; 2D2Q A; 2IO2 B; 4BZA A; 2JWU A; 3V62 A; 1STE A; 1Q5W B; 2V4I B; 3ZDM C; 3DPD A; 1BXT A; 3AV8 A; 1YQB A; 4PS8 A; 3Q8B A; 2QCZ A; 1ROE A; 3P4R B; 1JWS D; 1R7S A; 1CZP A; 2K9X A; 1M4V A; 3L54 A; 3AN1 A; 1T0Y A; 3AE5 B; 2N9K A; 2Y5P A; 3A1Q B; 1YN3 A; 2JF5 A; 2D3G A; 4L23 A; 2XN9 C; 4IWP A; 3EUB 2; 1I7H A; 2WXI A; 5IKC M; 1WGH A; 1WXM A; 4US8 A; 1GUA B; 3RZF A; 3VUX A; 2D11 A; 3UGB B; 5HI1 A; 5HHD G; 3AE3 B; 2D07 B; 4KDI C; 3UQA A; 2BPS A; 4JIO U; 3AE7 B; 3U2S C; 3FKY A; 2JRH A; 1JCK B; 3P2B A; 4IW0 A; 1FNV A; 3WIM A; 4RH6 A; 1BUI C; 3H7P A; 1WWT A; 1IP9 A; 1V80 A; 2RGF A; 2CJO A; 4R3D A; 2XBB C; 4ZRI A; 2WXR A; 3I3T B; 1V1O A; 1L0V B; 1L4Z B; 1WR6 E; 2NBU A; 4RM9 A; 3R7R A; 4GN1 A; 3Q8E A; 5IAA C; 3ML9 A; 2XEW A; 3IT6 B; 4HWI B; 3VTW A; 4W9L A; 3MHZ A; 4C4V A; 4WQM A; 3L10 B; 4G11 A; 5DCN A; 1XLN A; 2LXA A; 1D6E C; 1F52 A; 1E8Z A; 2PPH A; 1XLP A; 1D5X C; 2O2V B; 2SEB D; 3ZRF A; 1EWY C; 3ETR A; 3DQV A; 2IGG A; 1FNU A; 2KDE B; 3HIZ A; 2FCN A; 4LNN A; 5D3I B; 3RT3 B; 2MH7 A; 3W9C B; 1E7U A; 5L83 A; 3ZXV A; 1I4R A; 2G4D B; 1CJE A; 1SXT A; 4IM3 A; 3DBR I; 3W1Y A; 2FCM A; 2GMI C; 4BKS A; 3BY4 B; 3UIP B; 4EEW A; 1VLB A; 2V9H A; 2NMQ A; 1DOX A; 2PMV A; 4BFR A; 4AUQ C; 5G5G A; 3KW5 B; 2KDB A; 3VH3 B; 3RUL A; 1WGK A; 2OJR A; 4YSX B; 1KLU D; 1KLV A; 1RM6 C; 3OWE B; 1XXG A; 2GBR A; 2KWU B; 4KGR A; 1FCC C; 3H9D A; 4WWM A; 2UYZ B; 3L17 A; 5JHB A; 1OFF A; 4E71 A; 1CMX B; 3N30 A; 5JH5 C; 1GPX A; 3KH0 A; 4F7Z A; 3HM3 A; 4NZL B; 1AW7 A; 2KOX A; 3Q8A A; 1J19 A; 4GDL B; 2L05 A; 4FJZ A; 4AJY B; 4IKG A; 2VZK B; 3O13 A; 2KJH B; 3KUC B; 4TUU A; 5D7G A; 3ZKJ C; 1TJE A; 2QJL A; 3VUW A; 2A5U A; 4HRO A; 4OHJ A; 2L0T A; 2PE6 B; 3MFG A; 2R2Q A; 3QHT A; 2M19 A; 3P4P B; 1QQR A; 3T3O A; 4C7Z A; 3NRZ A; 2H89 B; 2BW2 A; 2WXL A; 1YX6 B; 4MGK E; 1RFK A; 3B2F A; 2ZNV C; 3W1S A; 3R7Q A; 2DBY A; 1K53 A; 1SE3 A; 4TKN A; 1J7C A; 3C0R B; 4M02 A; 3LYY A; 2BBC A; 2L32 A; 3A9K B; 4KIK B; 2CU1 A; 3DWM A; 4DHZ B; 1WSP A; 4IOI E; 3DBR B; 1S3S G; 2KHW B; 3GE8 C; 4J3O D; 5I4D A; 4QAY A; 4KX6 B; 1KTK A; 1IUE A; 1TS5 A; 1SE4 A; 2WP9 B; 2V3P A; 3QJZ A; 2KC2 A; 2AWT A; 1VCB A; 2PTL A; 4JX1 C; 2INP E; 2MBQ A; 1LGR A; 5JHA A; 3A9J A; 4C7Y A; 4DHZ E; 2O6V D; 1L6V A; 2YEP F; 4G50 A; 3VUY A; 4JPS A; 1E90 A; 1J7A A; 3VXW A; 1P9D U; 1QIL A; 1TZO A; 4ZHP A; 3VDZ A; 4XYC A; 4IM2 A; 4K7U A; 2MBE A; 3MC8 A; 3ECI A; 3B1L X; 4AOF A; 4YTP B; 3IAM 1; 4RGN A; 1H8C A; 3SD5 A; 4NAW A; 4MM3 A; 1DYQ A; 4OZC A; 3X23 A; 4DHJ B; 1WJ4 A; 2BS2 B; 3VTU A; 2KFK B; 4JL9 A; 1C77 A; 4DXF A; 1H4R A; 3JVZ X; 1ZW7 A; 3RNA C; 1MHX A; 4I6N B; 4XC2 A; 3PV1 A; 4LJP B; 1ZOY B; 2ZVN A; 2K6D B; 5JXV A; 3PZ7 A; 2KQ7 A; 4WJQ A; 4ZHO A; 1JRO A; 3NS8 A; 5C23 A; 3ZYY X; 2CHZ A; 1VRA B; 2IGD A; 2ZW1 A; 4HPL B; 2IO3 B; 2CU3 A; 3ZVV A; 2K0P A; 4RFB A; 4RF0 A; 2KXJ A; 3IVF A; 3H1U A; 3IHP C; 4A6Q A; 1IPG A; 1HA5 A; 1OTR B; 3DBS A; 2BYE A; 1Q1O A; 1LXD A; 2KZR A; 3QC8 B; 2NPT A; 1WXQ A; 3J9C A; 1HEZ E; 4M0W A; 5T8I A; 2R2O A; 1DOY A; 2D10 A; 1QOB A; 3N1X C; 1WFY A; 3ZTD A; 3HVZ A; 2MJE A; 3DWG C; 1WZ0 A; 2KTF A; 3NY5 A; 2GB1 A; 2IZV B; 3DBH I; 3DVN V; 4KZ0 A; 2N7E A; 3H7P B; 2DLB A; 3PTF C; 2PVG C; 1E7V A; 2I1J A; 4S0R A; 4ZRQ A; 2N4F A; 3NJT A; 3IBE A; 3IFW B; 1KF6 B; 1NYR A; 2W54 A; 1RWS A; 4RCO A; 3GZN I; 5FR3 A; 1HTQ A; 4BOS C; 4FJV B; 3SHQ A; 1E9M A; 1SB3 C; 2C9W B; 2N9X A; 3E56 A; 1T6B X; 3ZNZ B; 3PS6 A; 1ISN A; 1UD7 A; 4B9K A; 2N9L A; 4C80 A; 4KVG B; 4JGH B; 3WAO A; 4MGY E; 3Q3O C; 3KYD D; 4ZRK A; 1GNU A; 1AYF A; 3ZTC A; 5HFY A; 2FID A; 1NBF C; 5MPO A; 2QIL A; 3WAP A; 3B2G A; 4IUM B; 1SE9 A; 4LJO B; 2ZJD A; 4HPP A; 3LXF A; 4C56 C; 2WXF A; 5G2N A; 5DPT A; 4WWP A; 5CX3 A; 3ZW3 A; 4LCD E; 2JT4 B; 1HQR D; 4GXB A; 2YEP B; 4A90 A; 4WQO B; 3FC4 A; 3H6N A; 4WJN A; 3WAL A; 4REZ A; 2L00 B; 4W9C A; 4IWQ A; 1FMA D; 1FRD A; 1UWX A; 1Y8R C; 2WXK A; 4RGT A; 1FIQ A; 2BB6 A; 1AWD A; 2M4N A; 1GB1 A; 2YVC A; 4H2A A; 1E7P B; 3VRB B; 3SU8 X; 3DBH B; 3ZRC A; 3M63 B; 2G9H D; 2EEL A; 2WXH A; 3N1Y C; 3NZU A; 1U4A A; 3H8H A; 2AX5 A; 2IND C; 3SFE B; 4PYU A; 1EO6 A; 4AQ7 A; 2CKH B; 3MP9 A; 4DK5 A; 1UGM A; 3P63 A; 1Z2M A; 4P1B C; 1J0G A; 4YWG G; 3WA0 A; 4L2Y A; 1WH3 A; 4B0E A; 3VRA B; 3BZD B; 4YTM B; 1WY8 A; 2GBM A; 2LVO A; 2V3S A; 2DWQ A; 2ZCC A; 4KSK C; 1D5M C; 5EE3 A; 2AL3 A; 1FXT B; 3JSV A; 4XDD A; 3ALB A; 3QQ8 B; 3FIL A; 3PZ8 A; 2NTT A; 1F9J A; 4GLS C; 2KQ4 X; 1MFW A; 4OW0 A; 1T0R C; 5TR5 A; 3E9S A; 4G3X B; 4W9D A; 3EEC A; 4W9E A; 5FK9 C; 4IWO A; 3NOB A; 3M62 B; 2JZZ A; 1L5P A; 1N6Z A; 2K6Q A; 3LDZ E; 3PVL A; 1PDX A; 3DCG A; 4LNF A; 4BVU C; 2M1M A; 4MGZ E; 2RDB C; 2OHF A; 3B9J A; 1Y56 A; 3Q14 C; 2JY6 A; 1V5O A; 2JSV X; 4MH0 E; 4NAM A; 4II2 B; 2KDI A; 2BYF A; 2LAS A; 2DZK A; 4BOZ B; 1A70 A; 1VZ6 A; 3A9J B; 2ICI A; 3AE9 B; 4K7W A; 1XCQ L; 2KMA A; 5LXH A; 2D3C A; 3DBL B; 1E0Z A; 1FXI A; 4ANX A; 2KNB A; 2LWP A; 1NI3 A; 4D2K A; 4NAW B; 2RSU A; 4MM3 B; 1XCT L; 2BQQ A; 2LHD A; 4BKG A; 2LEK A; 4TQ0 A; 3OG5 A; 2FCQ A; 2KVZ A; 2XK5 A; 1DGJ A; 4LNO A; 3SR6 A; 2L83 A; 4NY0 A; 1TT5 B; 2DX5 B; 1TZ1 A; 3VQI A; 3B08 A; 3PRE A; 3L0W B; 3KUD B; 1QOA A; 1I35 A; 1BT0 A; 5BYQ A; 1XEE A; 4RGO S; 4EZK A; 2DAF A; 5E6J A; 2FUG 1; 3T8M A; 4II3 B; 1X1M A; 2ON8 A; 3BYT B; 3WCQ A; 1UUP A; 3CST A; 2CJN A; 3CSF A; 3RPF C; 3S2A A; 4CYE A; 3PRP B; 1WZ3 A; 5C3J B; 4BBN F; 3ZGZ A; 1EF5 A; 4PS7 A; 2WXG A; 1C79 A; 3CMM B; 2VH1 A; 3M95 A; 2NPT B; 2KTR A; 4EOY A; 4M0W B; 2JZP A; 2GBK A; 2W82 A; 3A4R A; 1QT9 A; 2LRW A; 2CHX A; 3GP7 A; 3ZNI D; 2WXP A; 2N9P C; 4Q2J A; 3SFD B; 5L95 C; 2ASQ A; 1J8C A; 4EZJ A; 5IA7 A; 2J53 A; 1A5R A; 2DYM A; 1E6E B; 2LJ5 A; 1SBB B; 1WI0 A; 4FBJ B; 1QF6 A; 4FHK A; 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4P7I A; 4YT0 B; 1WJU A; 1NYQ A; 5BO4 B; 2M56 B; 4KDL B; 3M3J A; 2D5G A; 1CK1 A; 4XGA B; 4A3O A; 3ZNH B; 2L0F A; 2NBV B; 1HZ5 A; 4WJO A; 2EKE C; 1J7B A; 1JWU D; 2WHI A; 4GIV A; 2WDV B; 1R4M I; 2Z0E B; 2Q5W D; 2LZ6 A; 2JYT A; 3Q6B A; 1P3Q U; 1P98 A; 1UNS A; 2LRU A; 1WRI A; 2C7N B; 4WWO A; 2V3N A; 3AEA B; 1TTN A; 1OQY A; 4ACF A; 5C1Z A; 3W1S C; 1V6E A; 1TY2 A; 3DHI C; 3V60 A; 2G45 B; 1FEH A; 1NI2 A; 2KLC A; 1IBX A; 2B76 B; 4LNI A; 3ZJV A; 2AQ2 B; 3T9L A; 4LDT D; 3TEW A; 2LUM A; 2LUE A; 4A3P A; 1MI0 A; 1YJI A; 4NQK E; 4LK0 M; 3RUI B; 1JWB D; 2XK5 B; 2NBW B; 1WJ6 A; 2BVC A; 3RNE C; 2WX1 A; 2M17 A; 1ZE3 D; 4HK2 A; 3UI3 A; 1G6J A; 3V6C B; 2GRI A; 2HTH A; 4N6E B; 2WQY B; 4KV2 A; 3VR9 B; 2LGS A; 4K1R B; 4I6L B; 4HPM B; 2LVQ A; 5DPS A; 1KH0 A; 3BK1 A; 3VFK A; 1YIW A; 1SSN A; 2MP2 A; 2FE8 A; 3V3X A; 1KFY B; 1UBQ A; 5JZE B; 2MQJ A; 2W3R A; 3PRZ A; 2MBO A; 3QCA A; 3R2I A; 4WUR A; 3MC0 B; 1N5W A; 5BYR A; 2CR5 A; 1WXS A; 4XX5 A; 3QWZ B; 2KTR B; 4AP4 C; 4RF1 A; 1D5Z C; 2UWQ A; 2W9N A; 1KJT A; 1N63 A; 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