The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.
Total Genus |
18
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sequence length |
105
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structure length |
105
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Chain Sequence |
MSKSNTYRMLVLLEDDTKINKEDEKFLKGKPGKMHEFVDELILPFNVDELDELNTWFDKFDAEICIPNEGHIKYEISSDGLIVLMLDKEIEEVVEKVKKFVEENN
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.
After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.
| publication title |
A novel member of the split beta-alpha-beta fold: Solution structure of the
hypothetical protein YML108W from Saccharomyces cerevisiae. Ontario Centre for Structural Proteomics target (YST0204_1_105); Northeast Structural Genomics Target (YT601).
pubmed doi rcsb |
| molecule keywords |
Hypothetical 12.3 kDa protein in ZDS2-URA5 intergenic region
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| molecule tags |
Structural genomics, unknown function
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| source organism |
Saccharomyces cerevisiae
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| total genus |
18
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| structure length |
105
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| sequence length |
105
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| ec nomenclature | |
| pdb deposition date | 2002-11-12 |
| chain | Pfam Accession Code | Pfam Family Identifier | Pfam Description |
|---|---|---|---|
| A | PF08987 | DUF1892 | Protein of unknown function (DUF1892) |
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
| Class | Architecture | Topology | Homology | Domain |
|---|---|---|---|---|---|
| Alpha Beta | Roll | Ubiquitin-like (UB roll) | YML108W-like |
#chains in the Genus database with same CATH superfamily 1N6Z A; #chains in the Genus database with same CATH topology 1N5X A; 3DHG C; 3IAM 1; 1WMH B; 2JY6 A; 1HZ6 A; 5I4D A; 2KLG A; 3R2T A; 1MG8 A; 4C4V B; 2ZPY A; 5BO4 B; 1TS2 A; 1KFY B; 2I1K A; 2KLC A; 1FNU A; 2KN5 A; 1QKZ A; 3QK0 A; 2KWV B; 4NY0 A; 1GB4 A; 3Q6B A; 5E6J A; 3IFW B; 3ZJU A; 1OFF A; 1YQ3 B; 3RFZ B; 1WZ3 A; 1D5Z C; 1L6V A; 1JQ4 A; 4HLE A; 3NHE B; 3W1S C; 2DLB A; 4OZC A; 1P0R A; 5AZG A; 2JRH A; 4BVU C; 2BB6 A; 2BGF A; 3IT6 B; 3ZRF A; 1WX9 A; 1UGJ A; 4FAD A; 3URY A; 2PVO D; 4KGT A; 3A1Q A; 3RUL A; 4DDG D; 1XF5 L; 4ASW C; 3WCQ A; 1GB1 A; 1JML A; 5IP4 D; 5J2R A; 3O65 B; 4KV2 A; 3U7D A; 1TBE A; 3CF6 E; 3A9K B; 2IZV B; 3RNC C; 2MBQ A; 4EFO A; 2PIA A; 4J6I A; 3B2G A; 4LJP B; 4A55 A; 3KUC B; 4J3O D; 2ZVO A; 4K7W A; 4HCN B; 3P42 A; 1CMX B; 3SFE B; 4KSK C; 3VTW A; 2BKF A; 3R7Q A; 4BBN F; 3S2A A; 3ZJT A; 3O13 A; 2MBO A; 1XLP A; 2MA9 B; 1PGB A; 1WGY A; 2KQ4 X; 1UF0 A; 4GOC A; 3UF8 A; 4WJQ A; 1RFA A; 2H89 B; 4XWW A; 3DVG X; 1ZUD 2; 5TR5 A; 3AEA B; 1NDD A; 1B1Z A; 3VHT C; 2NPT B; 4BBN C; 4TMA B; 2K8B A; 4K3C A; 1LXD A; 2KJ6 A; 3I9V 1; 3PZ7 A; 3P1M A; 1OEY J; 1IGC A; 5EE1 A; 1EF1 A; 1KRH A; 4K7U A; 4AP4 C; 2L1A A; 2DZJ A; 3DQV A; 1C79 A; 2NMQ A; 1VLB A; 2N4F A; 4WUR A; 1QOF A; 2QHO A; 4S17 A; 3V3X A; 4RMA A; 2LVQ A; 3NZS A; 3P2B A; 4FUL A; 3WAM A; 3FIL A; 4IM3 A; 3MC9 A; 2D10 A; 2WXF A; 1N61 A; 3FC4 A; 5TSS A; 4B9K A; 3NOB A; 4BKS A; 3PPA A; 3I57 A; 1IGD A; 5IO9 A; 2WXN A; 3V6E B; 3OJ3 A; 3ML9 A; 3ENE A; 4RNA A; 2WDR B; 1G6J A; 3PZ8 A; 4P1C C; 4XDC A; 2N9X A; 4CYE A; 2WQY B; 2MWS B; 4A3O A; 5E6O A; 2DEN B; 4AJW A; 5LNK 1; 2KVZ A; 2PMV A; 4MSM B; 1KH0 A; 2AL6 A; 3AEE B; 4NNJ B; 1J7A A; 1ZKH A; 2FE8 A; 3TL5 A; 2K25 A; 2D07 B; 1WR6 E; 3AI5 A; 3N9Y C; 2RDB C; 3PV1 A; 4MM3 B; 4XWT A; 3LJ3 A; 5LXH A; 1VZ8 A; 1ET6 A; 2MJ3 A; 2JQR B; 3GZN I; 1FXT B; 2Z0E B; 2LGI A; 4XX5 A; 4MJS A; 1FNV A; 4HPP A; 4BAX A; 1VR9 A; 1FXI A; 3QAR A; 1TT5 B; 1EO6 A; 1K52 A; 1V2Y A; 4WQO B; 3RYT A; 1KLV A; 1C4A A; 2N7J A; 1EUV B; 3EHV A; 3LB8 C; 3AE1 B; 5IAA C; 3X0W A; 2MJD A; 4E3C A; 2D3A A; 5HI1 A; 3VVW B; 1DOY A; 1S3S G; 1SEB D; 2LJI A; 1T0R C; 3FKY A; 2PW9 A; 3TBL D; 2HJ8 A; 2VH2 A; 2FID A; 3UGB B; 1EF5 A; 2HJ1 A; 4TUU A; 4TKN A; 2PKO A; 4FJZ A; 1TTN A; 4OW0 A; 2X38 A; 5CTR C; 1F0Z A; 4MEM A; 5C3J B; 1RAX A; 4ZRI A; 2FCQ A; 3MHZ A; 2WYQ A; 3AE5 B; 2INP E; 1FO4 A; 3HM6 X; 3E9S A; 3ML8 A; 2N7D A; 2ZEQ A; 3RD2 A; 3APD A; 4ZHP A; 3WAP A; 2WHI A; 5CHW A; 1XQQ A; 3DVN V; 2BS4 B; 3ZLZ A; 3BVG A; 4RGN A; 1P7F A; 2KTR A; 3AU4 A; 1SIJ A; 2MW5 A; 3AUL A; 5C23 A; 1DOX A; 1CZP A; 2WXM A; 2UU7 A; 1Q10 A; 1H4R A; 4NJ7 A; 2KC2 A; 2XK5 B; 2JX5 A; 3L08 A; 1SE9 A; 4N6E B; 3BIN A; 2E6X A; 2XBB C; 2INN E; 3N30 A; 2L8J A; 1VZ6 A; 2PPH A; 2MBE A; 3R2I A; 4ICU A; 1MG4 A; 2AWT A; 2ONQ A; 1J19 A; 3L0W B; 3ZQ4 A; 1WYW B; 4KKJ A; 5C1Z A; 2M4N A; 4ZOH C; 2RSU A; 2N1W A; 2O2V B; 4W9C A; 3W5V B; 4M02 A; 2RDG A; 1ZDV A; 2SEB D; 2M56 B; 3DBL B; 1J7C A; 1NBF C; 3RMK C; 3V62 A; 4A90 A; 3AEB B; 1JW9 D; 2K39 A; 3QAQ A; 4KGR A; 4WWO A; 1HQR D; 2WU5 B; 3NG0 A; 2MP2 A; 3VR9 B; 2JXT A; 2LEK A; 2KWU B; 5DPT A; 3WAL A; 1WRI A; 3IG3 A; 3SD5 A; 2KMA A; 4RF1 A; 1MPE A; 3W5U B; 1QZE A; 3B2F A; 3PLU A; 4ANU A; 4EZL A; 5J17 A; 2FCN A; 3UI3 A; 3U4E G; 3NVY A; 4RCO A; 4D2K A; 4ZYN A; 4CQN A; 1L7Y A; 2EEL A; 2OOB B; 3KUD B; 2LVO A; 3NY5 A; 2L3Z A; 2DX5 B; 2V9H A; 2UWQ A; 1AAR A; 2BBC A; 2PVG C; 3WAN A; 2I38 A; 2MQJ A; 3QWZ B; 1OTR B; 2KQ7 A; 2KNB A; 3SEB A; 4ARI A; 3R3M A; 3X23 A; 1V49 A; 3QJZ A; 1WGK A; 2DHZ A; 2KWC A; 2CHW A; 2TSS A; 1SE2 A; 2KFK B; 2KX0 A; 3OAW A; 3KWL A; 1Q1O A; 3NZ3 A; 1E9M A; 5E6N A; 1L4D B; 2PE9 A; 5HG2 A; 1WGG A; 1X1M A; 3SR6 A; 3JSV B; 1EM7 A; 3C0R B; 4O1N A; 1V97 A; 3LDZ E; 4I6N B; 2KXJ A; 1TS3 A; 1D6E C; 3R7R A; 2LRW A; 3BYY B; 1P3Q U; 3DHI C; 3Q3O C; 1HEZ E; 2KT7 A; 3AV8 A; 3PT2 B; 2IBI B; 2KQS A; 3RUI B; 1WE7 A; 1KLG D; 2KDM A; 4PS7 A; 3ZVV A; 3Q14 C; 4XDD A; 3MP9 A; 1JRU A; 2MP2 B; 3Q3J A; 4ZHO A; 3TEX A; 4WJP A; 2EKI A; 2ICI A; 5CHF A; 1GC7 A; 3SFD B; 1IBX A; 1E8X A; 3BII D; 2XN9 C; 2WX0 A; 1WMH A; 1TKE A; 2KFJ A; 4C4V A; 1J7B A; 4EE2 A; 1WYG A; 3AEC B; 5H8Y E; 1V86 A; 3Q3N C; 2D3G A; 2K6Q A; 4LDT B; 3ALB A; 4HPL B; 2LRU A; 1VD2 A; 4IWQ A; 4LDT D; 4C7Z A; 2Q5W D; 1VDV A; 2GBM A; 4YWG G; 4US9 A; 4LJO B; 2FIF A; 3V05 A; 4F8C B; 3ZKJ C; 3MHS D; 4JWS C; 3PTF C; 1I4X A; 1YNT E; 2M17 A; 3EGR A; 2N9K A; 4WAF A; 2HE7 A; 3MFG A; 3T3O A; 2JUO A; 3SDL C; 1WRD B; 2C7H A; 1ZE3 D; 4RF0 A; 2L0T A; 2V4I B; 1WGD A; 2LGY A; 1NEN B; 1FRR A; 3A9K A; 4JE3 B; 2Z59 B; 2A5U A; 3R8B A; 1TZ1 A; 3L54 A; 4IM0 A; 1UEL A; 2I2Y A; 1V1P A; 2NCN A; 2NTS A; 1TKY A; 1UBI A; 1YMH E; 2LGD A; 2JVC A; 2QIL A; 1K53 A; 2QIE B; 4BKT A; 1YJI A; 3VXW A; 2DNF A; 2Y3A A; 1JWA D; 4KSL C; 5DPW A; 1NYQ A; 5JHA A; 1ET9 A; 5G5G A; 3PLV A; 3H6N A; 1UBQ A; 2GLS A; 1E90 A; 3TCA A; 4URK A; 1WJ6 A; 3MC8 A; 4GXB A; 3U2S C; 4L1B A; 2NPT A; 1ZGU B; 3N1Z C; 1DYQ A; 1LFD A; 1WXV A; 3Q8C A; 1MJD A; 2DWQ A; 2GB1 A; 4NAW B; 2G4D B; 2GBK A; 4NAM A; 1JWU D; 3EEC A; 4C56 C; 4BFR A; 2IO2 B; 2NS5 A; 1YQB A; 2V4L A; 1WX7 A; 3VFK A; 2JSV X; 2WXK A; 2WXR A; 2IGD A; 2CHZ A; 4EUT A; 2QDF A; 3HRD D; 3LYY A; 3L13 A; 4TQ1 A; 1S1Q B; 3AE2 B; 4KZ0 A; 1K8R B; 1R4M I; 4ANX A; 3DBL I; 2ZPN A; 4HKZ E; 3P4S B; 2M0A A; 5DCN A; 4G0N B; 1JWB D; 3DPD A; 3MJ5 A; 4IWO A; 2LXA A; 4KGS A; 4GDK A; 4A3P A; 1C4C A; 4NQL B; 2YEP F; 1KJT A; 1P98 A; 4GB9 A; 1FFV A; 2Z0D B; 4G3X B; 4YTP B; 2KHW B; 3SU8 X; 3RZW C; 3I3T B; 1PDX A; 4N58 A; 1V1P B; 4CHK A; 4NQK E; 3BK1 A; 4MM3 A; 1RRB A; 2L76 A; 3UIP B; 3N3K B; 3TEY A; 4W9F A; 2X8X X; 1UWM A; 2LAS A; 2J7Q B; 5CX3 A; 2KOX A; 1XT9 B; 2J0K A; 3AMZ A; 5KHO A; 1T3Q A; 1Z5S B; 2BB5 A; 5FR6 A; 4RGT A; 4PK1 A; 1TYG B; 1E5W A; 3NJT A; 1QT9 A; 1TS4 A; 3Q8A A; 1IP9 A; 2ACZ B; 4MH0 E; 2D3C A; 2BS2 B; 1SXT A; 3P4R B; 1L6U A; 1YJ1 A; 3J9C A; 4WJN A; 1YN3 A; 3ZTD A; 3BY4 B; 3AE4 B; 5BYR A; 2N9P C; 4FJV B; 1BXT A; 2OHF A; 2MLB A; 1C1Y B; 2L05 A; 4GDL B; 4LNF A; 4TQ0 A; 3RPF C; 3L16 A; 5D6J B; 3MTN B; 4DHJ D; 2DBY A; 1FRD A; 2IO1 B; 2WLB A; 1Z2M A; 3EA6 A; 1RLF A; 2ZW0 A; 2IDY A; 2FCS A; 4ZRP A; 4HJG E; 2N9E B; 3L4P A; 2K3U A; 3TUO A; 1YOV B; 1WF9 A; 3V60 A; 4YSZ B; 2KDI A; 2BWE S; 1Y56 A; 3VAW A; 2LUE A; 4JIO U; 1ZDX A; 4JPS A; 3GE8 C; 4IKG A; 4N9F 4; 3NVW A; 5JHB A; 1R4N I; 2BYE A; 4GDK B; 1JWS D; 3RI7 C; 1I4Q A; 3B0A A; 2K1F A; 3ZUN A; 4DXF A; 1L4Z B; 2C5L C; 3RNA C; 1WFY A; 2WXO A; 4A20 A; 5EE9 A; 2LVP A; 1D5M C; 3BVZ A; 2D5G A; 2XK5 A; 1SJH D; 1MFW A; 4OVU A; 4RGM A; 3Q2A C; 3B9J A; 1NVI D; 5AUI A; 4N59 A; 2EMS A; 4PS3 A; 2MBB B; 1WXM A; 2JT4 B; 5IA7 A; 2WX1 A; 2VRR B; 3GB1 A; 4M8M A; 2FAZ A; 3VUW A; 2WU2 B; 3Q69 A; 2JXX A; 1OQY A; 2LZ6 A; 3ZO5 B; 1FM0 D; 3E56 A; 3ZXV A; 2O2V A; 1FCL A; 1HE8 A; 3Q8B A; 2BYF A; 1VRA B; 5EE3 A; 1ZOY B; 1T6B X; 2BYT A; 4JLC A; 3W1S A; 1QF6 A; 3APC A; 5BMH A; 2GBR A; 3VQI A; 2G45 B; 1ESF A; 4RM9 A; 3QCA A; 4HJK A; 1PFD A; 4KIK B; 2RGF A; 4REZ A; 4A9A A; 5JXV A; 4WWN A; 4RM8 A; 4FHJ A; 1WX8 A; 3VRA B; 1WM2 A; 1N5W A; 1B9R A; 1C9F A; 2Y5B B; 4HRO A; 2CU1 A; 4BKG A; 2K8H A; 1YX5 B; 1D3Z A; 3VTV A; 1XCT L; 3IT4 B; 3PRM B; 2KC1 A; 4P16 A; 4HDO A; 1TKG A; 3DBH B; 4FBJ B; 4GN1 A; 1SE3 A; 3ECI A; 4L23 A; 3CIR B; 4W9D A; 3EFC A; 2VZK D; 2FNJ B; 2WDQ B; 3IVF A; 2JWU A; 3M95 A; 2K6D B; 1GPX A; 2L00 B; 2FBW B; 1JRO A; 3H1U A; 2BKR B; 3APF A; 1L0V B; 2JF5 A; 3ZW3 A; 3RNG C; 3ZNZ B; 2M19 A; 2D2Q A; 2KFK A; 2N7E A; 1C3T A; 4EKU A; 4XE0 A; 1MHH E; 1YQ4 B; 3MC0 B; 2PEA A; 2BW2 A; 1LGR A; 2SAK A; 3UQA A; 1NEK B; 2AX5 A; 4KX6 B; 5J18 A; 3AH7 A; 3BYT B; 3NVV A; 4HKQ A; 3JSV A; 1GAQ B; 3DWG C; 1ENF A; 2A4Z A; 2QCZ A; 4BOZ B; 2C60 A; 4JWU C; 1R4M B; 1UH6 A; 2NBV B; 2AEH A; 4ZRK A; 2CJO A; 2DYM A; 2QC8 A; 1M94 A; 3PVL A; 3QA8 A; 1NYR A; 1N63 A; 3QIJ A; 4M00 A; 2WDV B; 4NJ6 A; 4ICV A; 2AYO B; 4IOI E; 2LFI A; 1I4P A; 2RPV A; 3KQ4 A; 4ZDV A; 2R61 A; 4OZB A; 1I4R A; 4M8N A; 2KKC A; 3CST A; 2HTH A; 3GS2 A; 5KHQ A; 5D94 A; 1WWT A; 2DAJ A; 1L0Y B; 3AN1 A; 1KF6 B; 2REX A; 2BQQ A; 4HPM B; 4HXD A; 4XYC A; 2HD5 B; 1ZW7 A; 3TEZ A; 3KWV A; 4W9J A; 2AQ2 B; 3RN9 C; 3ZXR A; 4AOF A; 3OLM D; 2KDF B; 4IDI A; 3IAS 1; 1TIF A; 3AB5 A; 3NZU A; 1FEH A; 4EZJ A; 2V1Y A; 2C7N B; 4GLS C; 3K9O B; 2KK8 A; 2DYO A; 1YN4 A; 3PRZ A; 5AUK A; 2O6V D; 2KDE B; 1LM8 B; 3W2D A; 4IWP A; 3ZTC A; 4OVZ A; 4EOY A; 1IUE A; 3TIX A; 3KLS X; 1QIL A; 3KYC D; 4GGQ A; 2EMT A; 3DDC B; 3L17 A; 1ZXI A; 4JQW C; 4PYU A; 4MGK E; 4W9G A; 1PGA A; 1LO5 D; 1PYW D; 3QX1 A; 3PRE A; 1N62 A; 4XZ4 A; 1LQB A; 3VTU A; 1SB3 C; 3UIO B; 1V9J A; 3RT3 B; 3ZNG C; 2FUG 1; 5L83 A; 4AQ7 A; 1YX6 B; 3MJW A; 4K3B A; 2WXP A; 1TS5 A; 3PSE B; 3GOE A; 3N1Y C; 3OWE B; 4B95 A; 3DOW A; 4NZL B; 2D11 A; 2HDE A; 2LUM A; 2GBN A; 2MBH A; 2MEK A; 1N6Z A; 4YT0 B; 5CHV C; 1D4B A; 1R4N B; 1VZ7 A; 1QOG A; 2KMC A; 4M0W B; 2H88 B; 2L52 A; 4KKI A; 3H7P A; 2NBU A; 4LNN A; 3HK0 A; 1OQQ A; 3H8H A; 1WR1 A; 1ZXH A; 1DGJ A; 2V3N A; 2GBJ A; 1U4A A; 1HXY D; 3NRZ A; 1WH3 A; 3PO0 A; 2JU6 X; 2IO3 B; 2WXQ A; 2GRI A; 4LNI A; 5AZF A; 2NVU I; 2K0P A; 1UUP A; 3TEW A; 1TY2 A; 3WA0 A; 2WP9 B; 1L0X B; 4GSW A; 2KWD A; 3A4S C; 5D2M B; 3VUX A; 1L2N A; 4HWI B; 4C00 A; 1I35 A; 4NAW A; 3HM3 A; 1SSN A; 2UYZ B; 1F9J A; 2WXL A; 5C2T B; 4C7Y A; 4IUM B; 2G4S A; 2XEW A; 5JH5 C; 1M4V A; 3H9D A; 4HK2 A; 2G3Q B; 2KYW A; 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