The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.
Total Genus |
4
|
sequence length |
97
|
structure length |
97
|
Chain Sequence |
ATYKVTLVRPDGSETTIDVPEDEYILDVAEEQGLDLPFSCRAGACSTCAGKLLEGEVDQSDQSFLDDDQIEKGFVLTCVAYPRSDCKILTNQEEELY
|
The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.
After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.
| publication title |
Structure of Synechococcus elongatus [Fe2S2] ferredoxin in solution.
pubmed doi rcsb |
| molecule keywords |
FERREDOXIN
|
| molecule tags |
Electron transport
|
| total genus |
4
|
| structure length |
97
|
| sequence length |
97
|
| ec nomenclature | |
| pdb deposition date | 1995-11-24 |
| chain | Pfam Accession Code | Pfam Family Identifier | Pfam Description |
|---|---|---|---|
| A | PF00111 | Fer2 | 2Fe-2S iron-sulfur cluster binding domain |
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
| Class | Architecture | Topology | Homology | Domain |
|---|---|---|---|---|---|
| Alpha Beta | Roll | Ubiquitin-like (UB roll) | Ubiquitin-like (UB roll) |
#chains in the Genus database with same CATH superfamily 1YJJ A; 1XLQ A; 1ZXI A; 2PKO A; 2Q5W D; 1YJI A; 1JRP A; 2W3S A; 1XLN A; 1NVI D; 3B2G A; 3PO0 A; 2E3T A; 3SFE B; 1ZP0 B; 3LB8 C; 3AE2 B; 1RYJ A; 2QIE B; 1E10 A; 1N63 A; 1PUT A; 1FRR A; 1WWT A; 1QF6 A; 1N60 A; 1OFF A; 3NS1 A; 3VRA B; 1L6U A; 1XLO A; 2KMM A; 1ZUD 2; 1AWD A; 3AMZ A; 1V97 A; 3NVV A; 2W3R A; 2CJN A; 4HRO A; 4WWM A; 1FM0 D; 1E9M A; 3CWI A; 1NI3 A; 2WS3 B; 3BII D; 5EE0 A; 1FFU A; 1L0V B; 1FO4 A; 3AE9 B; 1J7A A; 4YSX B; 5AUI A; 1FFV A; 2WP9 B; 1JQ4 A; 3P1M A; 5C2T B; 1VDV A; 5G5G A; 1JAL A; 4JWU C; 1F0Z A; 5EE3 A; 1QOF A; 1SB3 C; 2L52 A; 3AED B; 3AE3 B; 1WRI A; 4US9 A; 4YT0 B; 3RPF C; 3NVZ A; 2Y5C A; 3AE5 B; 3P63 A; 1XO3 A; 1CZP A; 2WQY B; 1V8C A; 3AH7 A; 4JWS C; 1TKY A; 4ZHO A; 2MH7 A; 3P4S B; 4USA A; 4N58 A; 3P4Q B; 3AN1 A; 2AX5 A; 3AE1 B; 4YTN B; 1NYR A; 2H89 B; 3ZYY X; 1B9R A; 1E7P B; 2WU5 B; 4ITK A; 1IUE A; 1FXI A; 3AEB B; 1SF0 A; 1GAQ B; 1N5W A; 2KAJ A; 3DWM A; 1SIJ A; 2K5P A; 2HTM E; 1DOY A; 4FXC A; 1J7C A; 2M19 A; 3EUB 2; 4JX1 C; 4US8 A; 2B76 B; 1WXQ A; 1QT9 A; 4YTP B; 4C7Y A; 1E0Z A; 4YTM B; 3VRB B; 4WQM A; 1FIQ A; 1VJK A; 4N6E B; 1TKG A; 1L5P A; 1L6V A; 2DWQ A; 2L83 A; 3AE8 B; 3ETR A; 2PVO D; 5H8Y E; 3P4R B; 5H92 C; 1KF6 B; 3AEF B; 1QLB B; 1TJE A; 1XLP A; 1YQ4 B; 3ABV B; 1TYG B; 1WYG A; 3AEE B; 1FXA A; 2BT6 A; 3FAH A; 1ZOY B; 2BS4 B; 1T3Q A; 2WU2 B; 3AE4 B; 4HRS A; 2N0S B; 1DGJ A; 1DOX A; 5C3J B; 1QOG A; 2H88 B; 2LEK A; 3AB5 A; 1A70 A; 3DWG C; 3LXF A; 1NEK B; 2PIA A; 3NRZ A; 2MJD A; 2DBY A; 1R7S A; 4A9A A; 1PDX A; 1GPX A; 3B2F A; 1FMA D; 2OHF A; 3SFD B; 1OQR A; 2MJ3 A; 1RM6 C; 4KX6 B; 1JWB D; 2MJE A; 1JRO A; 1QOA A; 2FBW B; 1PFD A; 1JW9 D; 1KFY B; 3HRD D; 2CU3 A; 4P6V F; 1JWA D; 4LTU A; 2CJO A; 3HUI A; 5MPO A; 3P4P B; 5EE1 A; 2K9X A; 2W54 A; 3AM9 A; 2EKI A; 3L4P A; 1AYF A; 1N5X A; 3NVY A; 5GXG B; 3AE6 B; 1WGK A; 2M56 B; 4ZHP A; 4N59 A; 1FRD A; 3AEA B; 3KWL A; 1J7B A; 4YSY B; 1QOB A; 3VR8 B; 3AEG B; 3AV8 A; 3B9J A; 2WLB A; 4ZOH C; 1RFK A; 1VLB A; 1N62 A; 3NVW A; 1UWM A; 3SR6 A; 3W5U B; 1RWS A; 1E6E B; 1CJE A; 3CIR B; 3HVZ A; 1EWY C; 2JX5 A; 3W5V B; 1ROE A; 1N61 A; 1OQQ A; 2G1E A; 3VR9 B; 3W9C B; 2WDV B; 3WCQ A; 2BS3 B; 1NEN B; 1YQ3 B; 2K22 A; 1DOI A; 4IDI A; 1NYQ A; 1I7H A; 2PVG C; 3AEC B; 3FC4 A; 4YXD B; 2BS2 B; 2WDR B; 3AE7 B; 5EE9 A; 5AUK A; 4C80 A; 2WDQ B; 2ACZ B; 2W55 A; 1KRH A; 4YSZ B; 2JQR B; 5G5H A; 2QJL A; 4C7Z A; 1TKE A; #chains in the Genus database with same CATH topology 2W3S A; 5D7G A; 3VUY A; 2ZJD A; 2ZVN A; 1WJU A; 1E9M A; 4NAW B; 3DBR I; 3LJ3 A; 4YSX B; 2BYF A; 2ZNV B; 3DBL B; 4WJN A; 1L4D B; 2BYE A; 2DNF A; 2QIL A; 3AED B; 3MHS D; 1M94 A; 1M4V A; 3CSF A; 3PV1 A; 2AX5 A; 3QC8 B; 1F1H A; 1Y56 A; 1UGJ A; 1NBF C; 2C7M B; 4M8N A; 3VFK A; 1IP9 A; 2BYT A; 3QHT A; 1EU4 A; 2PVO D; 3NG0 A; 1KM7 A; 4WJO A; 5CHW A; 3VDZ A; 1SBB B; 4KIK B; 1ZOY B; 2WXI A; 2H88 B; 1BUI C; 1EF1 A; 3B0A A; 1EF5 A; 4KX6 B; 2REX A; 2WXQ A; 1JWA D; 3IAS 1; 1JML A; 3BK2 A; 4BBN C; 5EE1 A; 2FIF A; 3AM9 A; 2MP2 B; 4BZA A; 2IO3 B; 4LNI A; 1UWM A; 1L4Z B; 3KWV A; 3CIR B; 1EWY C; 4K81 A; 3APF A; 1UBQ A; 3KH0 A; 2BKF A; 4GB9 A; 2HJ1 A; 2QCZ A; 3ZRC A; 5EE9 A; 3N3K B; 3KUC B; 5TR5 A; 2WXP A; 3KW5 B; 1MFW A; 4RGO S; 2XK5 B; 3VRA B; 1ZDX A; 4LNO A; 4WWN A; 1K50 A; 2CU1 A; 5CX3 A; 3HIZ A; 2LMC A; 1NI3 A; 3OAW A; 1HTQ A; 2WS3 B; 2KLG A; 3UIN B; 1WE6 A; 2JU6 X; 2K8C A; 3PZ7 A; 1WRI A; 4US9 A; 3ZKJ C; 2AYO B; 2WXK A; 3RT3 B; 4F7Z A; 2N7J A; 2ZCC A; 3QJZ A; 1E7P B; 1I4H A; 2CKH B; 1XT9 B; 5J2R A; 2KAJ A; 1IPG A; 1SIJ A; 3VH3 B; 1LQB A; 4FXC A; 1J7C A; 3UF8 A; 4ANU A; 3TMP B; 2C5L C; 2Y3A A; 2VZK B; 2BB5 A; 3EHV A; 2KAC A; 3PSE B; 1UEL A; 5LLI A; 3AEF B; 2JZZ A; 3RFZ B; 1U4A A; 2PPH A; 3AEE B; 3HK0 A; 2WWZ A; 2LGY A; 4KV2 A; 3AB5 A; 3GP7 A; 1J19 A; 3LXF A; 3VUW A; 2OHF A; 3A9K B; 1C4A A; 2CU3 A; 1JWS D; 4FJV B; 3H1U A; 3WAO A; 1AYF A; 4FN2 A; 4ICU A; 3VR8 B; 4TMA B; 4ZYS A; 4ZOH C; 5D6J B; 1VLB A; 1KJT A; 3NVW A; 1VZ8 A; 1RLF A; 1CJE A; 1I4P A; 2OJR A; 3OG5 A; 2MW5 A; 1V1P A; 2LHD A; 3AEC B; 1I4Q A; 5DPT A; 2J52 A; 2KWD A; 1JWU D; 1P0R A; 3SU8 X; 1WX9 A; 1Z2M A; 3ZRF A; 2OED A; 3PO0 A; 1ZP0 B; 4WAA A; 3HHM A; 2EMT A; 1OFF A; 2JRH A; 1TIF A; 2KMA A; 2KFJ A; 2KMM A; 4IOI E; 2HDE A; 2CJN A; 2AQ2 B; 4CQN A; 4ZRP A; 1L0X B; 2FE8 A; 3NZS A; 3V3X A; 5LNK 1; 1P9D U; 1WXV A; 2OOB B; 2J0M A; 2GBK A; 4TUU A; 4C4V B; 4ZRI A; 2WXF A; 4K3B A; 3SEB A; 5JH5 C; 2DLB A; 1WM2 A; 2WXJ A; 4PS8 A; 1YN4 A; 2OJW A; 3GZN I; 2LUE A; 3VUX A; 1MJD A; 2L76 A; 4ZRQ A; 3AE1 B; 3EC8 A; 3Q69 A; 3V61 A; 2LZ6 A; 3ZNZ B; 4TKN A; 2IJ0 A; 3PVL A; 4US8 A; 2IDY A; 4KDI C; 4YTM B; 1P7F A; 3RCZ A; 4IM0 A; 4ZDV A; 1Q10 A; 2HD5 B; 3JSV A; 4WQO B; 3N30 A; 3ZUN A; 4NJ7 A; 1YQ4 B; 2LWP A; 2N9P C; 1JWM D; 4K7W A; 3EFU A; 3IT6 B; 4MEL A; 2PIA A; 3L08 A; 1R7S A; 1WGH A; 3B2F A; 5T8I A; 3X0W A; 2DYM A; 4WIP A; 2MBO A; 2NBV B; 3WAN A; 3DHH C; 3TSS A; 2MHJ A; 4FHJ A; 2KVR A; 3R2T A; 4NNJ B; 5J18 A; 1B1Z A; 4ZHP A; 1QZE A; 4N59 A; 4P1B C; 4RH6 A; 5L83 A; 4REZ A; 3PT2 B; 3BVG A; 3BYT B; 3ALB A; 5KHO A; 3ZXR A; 1N61 A; 4WJP A; 3QWZ B; 3BIN A; 1UF0 A; 2WDQ B; 4C80 A; 2W55 A; 2Z0D B; 3T8M A; 3NS8 A; 2EMS A; 4MH0 E; 4S17 A; 3W1S C; 1WMH B; 1YOV B; 2KZR A; 2ZNV C; 1PUT A; 2R2Q A; 4HCP B; 1TS2 A; 1ESF A; 3CF6 E; 3LDZ E; 3UQA A; 1ZUD 2; 2MBE A; 4C00 A; 3PRZ A; 3DVN U; 4JIO U; 1L0V B; 4QAY A; 1QKZ A; 4IW0 A; 4JWU C; 4KSL C; 1ZDV A; 4W9H A; 2Y5B B; 4DHJ B; 3P63 A; 1Q1O A; 4D2K A; 2GI9 A; 1V9J A; 4N58 A; 3PTF C; 4WAF A; 1WJ6 A; 4MH8 A; 2LJ5 A; 3MJ5 A; 4GOC A; 3D32 A; 4NJ6 A; 4O1N A; 2CHZ A; 1WF9 A; 3RNG C; 3WAM A; 1WXQ A; 4C7Y A; 2JF5 A; 2KDE B; 4NZL B; 2MBB B; 4XGA B; 1G6J A; 3P4R B; 3K9P B; 2JUO A; 3DVG X; 3NUH B; 2GBR A; 2NTS A; 4GDL B; 3RNA C; 3MTN B; 3UIO B; 1HZ6 A; 2I2Y A; 2BWE S; 3ZQ4 A; 2MJE A; 2CHX A; 3PZ8 A; 1WJN A; 4KDL B; 1L7Y A; 1T0Y A; 1STE A; 4YL8 A; 3RYT A; 3L17 A; 4B9K A; 4DK5 A; 3VTU A; 2FCN A; 4YSY B; 4IWP A; 3TL5 A; 3DHG C; 3W5U B; 2INC C; 2A4Z A; 1UBI A; 3HM6 X; 1OQQ A; 4PS3 A; 3VR9 B; 2G4S A; 1T5X D; 1TS3 A; 1T0S C; 2AEH A; 4WWO A; 3LYY A; 1T6B X; 4KZ0 A; 4YSZ B; 2KD0 A; 3UIP B; 2QJL A; 4F1S A; 2O6V B; 4IUM B; 1KH0 A; 1ZXI A; 2KQ7 A; 2W82 A; 3LB8 C; 3I57 A; 4A3P A; 2D2Q A; 1L6U A; 1MPE A; 4DXF A; 2X38 A; 3EA6 A; 1FM0 D; 3NZ3 A; 4NJC A; 2JWU A; 4WUR A; 2IGH A; 1F0Z A; 5EE3 A; 2KC2 A; 3AE3 B; 4RGT A; 3A1Q B; 1BXT A; 4LJP B; 3M63 B; 4OZA A; 2FUG 1; 3NZU A; 3TJP A; 2GBN A; 4HXD A; 3TBL D; 2M19 A; 1XF5 L; 1TT5 B; 1HQR D; 1VJK A; 4W9F A; 4G11 A; 2DWQ A; 2L83 A; 2EEL A; 1WRD B; 2IYD B; 3URY A; 1WR6 E; 4F8C B; 2BF8 B; 1HEZ E; 2JYE A; 4TQ0 A; 3FAH A; 1NI2 A; 4OVZ A; 5C1Z A; 4ASW C; 3ZDT A; 4ZRK A; 3NRZ A; 3DBH B; 2NMQ A; 2WGS A; 2DBY A; 3R8B A; 3I9V 1; 1FMA D; 5IO9 A; 1F9J A; 1FNU A; 4E74 A; 2M17 A; 5DPR A; 2WXR A; 4B0M A; 2XBB C; 4HEA 1; 4HVB A; 2CHW A; 4GN1 A; 2WXH A; 1TZ1 A; 1V2Y A; 2A5U A; 3NJT A; 3BY4 B; 1GJZ A; 4EZL A; 4BAX A; 1C79 A; 3ZGZ A; 5AZF A; 2NR2 A; 1MG4 A; 5BMG A; 4C7Z A; 3L10 B; 1YJJ A; 2K1F A; 1XLN A; 3B2G A; 3L54 A; 4GDK A; 2BYV E; 3O65 B; 3KUD B; 2LGS A; 4FJY A; 1XXG A; 4GMV A; 2WXG A; 3AU5 A; 4RCO A; 4AS1 A; 2O6V A; 2N9L A; 4JPS A; 1TTN A; 4M0W B; 1YN3 A; 2QMT A; 3ZO5 B; 1SB3 C; 3R3M A; 4YT0 B; 1IBX B; 3NVZ A; 3QX1 A; 4RMA A; 2MH7 A; 3KYC D; 1PGB A; 1VCB A; 1SXT A; 1TS4 A; 4XE0 A; 3RNB C; 3GS2 A; 3R66 C; 2G3Q B; 1WXA A; 1RRB A; 4YTP B; 3RI7 C; 4PK1 A; 2KFK A; 4A20 A; 1J8C A; 2ZZP B; 3S2A A; 4A55 A; 2C9W B; 3TEW A; 2KN5 A; 4URK A; 1UZX B; 3TEZ A; 2K8H A; 2GLS A; 1P1A A; 2DZM A; 1FXA A; 2KDB A; 2ASQ A; 2KTR A; 2MQJ A; 2BB6 A; 2N0S B; 2NTT A; 1H8C A; 1I35 A; 3MJW A; 4IC7 B; 3DWG C; 3ZIM A; 3IT4 B; 4G0N B; 1GPX A; 1MHH E; 2JZ3 B; 3DVN V; 4DHZ E; 2GOW A; 3H6N A; 1RM6 C; 1JWB D; 2J4X A; 4H2A A; 1WXS A; 1GOZ A; 3X23 A; 3AE6 B; 3N1Y C; 4II2 B; 2WLB A; 3CST A; 1R4N B; 3HVD A; 4HJG E; 1PYW D; 3RUI B; 3UGB B; 4HKZ E; 1SJH D; 3RUL A; 3TIX A; 2ZW1 A; 2WDR B; 3AE7 B; 1K8R B; 4MJS A; 4R3D A; 3ZNG C; 1V6E A; 2MX2 A; 3N1Z C; 5IA7 A; 3KYD D; 2KHW B; 3NOB A; 3J9C A; 4PYU A; 2MA9 B; 4BOZ B; 3V6C B; 4DXA B; 3O13 A; 1ZKH A; 1GB4 A; 3ONS A; 2UU7 A; 3ZNH B; 5FR3 A; 3EGR A; 3PLU A; 1FFV A; 2L3Z A; 2VH1 A; 3QA8 A; 2KNB A; 1UWX A; 4YTN B; 2J42 A; 3AU4 A; 2DX5 B; 4LLG M; 3OWE B; 1FNW A; 1VD2 A; 4C56 C; 3E56 A; 2XNA C; 1SE3 A; 3DVG Y; 3RNE C; 3AE8 B; 3U30 A; 3PHX B; 1KF6 B; 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2MEK A; 3JW0 X; 1QIL A; 3AEA B; 3V62 A; 1JRU A; 2B3A A; 1N62 A; 4GXB A; 2JX5 A; 1D5M C; 1ROE A; 5G55 A; 2V9H A; 1P98 A; 1H4R A; 1I7H A; 2BS2 B; 2O2V B; 2ACZ B; 2KDI A; 2V3S A; 3QQ8 B; 1E8Z A; 1I4X A; 4DBG A; 4RM8 A; 4LDT B; 2VH2 A; 1NVI D; 3H7P B; 4MM3 B; 2L1A A; 5E6J A; 3ML9 A; 4ANX A; 3M62 B; 1QF6 A; 2DAJ A; 1N60 A; 3T3O A; 2BBC A; 1UGM A; 1MI0 A; 1V5O A; 2ON8 A; 2LVO A; 4P7I A; 1E8W A; 1C78 A; 2MSE D; 2KVZ A; 1YNT E; 3A9K A; 2LD9 A; 3ECI A; 2FUH B; 2D10 A; 5JXV A; 4N9F 4; 2L52 A; 3W1Y A; 3Q8A A; 4KKJ A; 2WQY B; 3K9O B; 2DYB A; 2INP E; 5D3D A; 1I4R A; 2LUM A; 3P42 A; 2N7E A; 4XZ4 A; 2WX1 A; 4ITK A; 2KO3 A; 3AEB B; 3AUL A; 2SAK A; 5LXH A; 2IY0 B; 1V80 A; 1NDD A; 2G4D B; 1FIQ A; 4RM9 A; 4LNF A; 1F77 A; 3GZN B; 2KWU B; 4ACF A; 1IGD A; 1TJE A; 4K1R B; 3ABV B; 1T0R C; 5J17 A; 3KLS X; 2AQ3 B; 2C7H A; 2JYT A; 3U4E G; 3TEX A; 4WWP A; 2HJ8 A; 4C4V A; 3JVZ X; 2V1Y A; 2MLB A; 2KX0 A; 1LGR A; 1Y8R C; 1EWC A; 2L00 B; 4MT5 A; 2M56 B; 4MSQ B; 3L0W B; 4XC2 A; 4OW0 A; 3FIL B; 5AZG A; 1WM3 A; 1SGH A; 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