The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.
Total Genus |
8
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sequence length |
66
|
structure length |
66
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Chain Sequence |
PKEEVTIKVNLIFADGKIQTAEFKGTFEEATAEAYRYAALHAKVNGEWTADLEDGGNHMNIKFAGK
|
The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.
After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.
| publication title |
Different crystal packing in Fab-protein L semi-disordered peptide complex.
pubmed doi rcsb |
| molecule keywords |
Capsid protein C
|
| molecule tags |
Immune system
|
| source organism |
Finegoldia magna
|
| total genus |
8
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| structure length |
66
|
| sequence length |
66
|
| chains with identical sequence |
M, N, O
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| ec nomenclature | |
| pdb deposition date | 2004-09-03 |
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
| Class | Architecture | Topology | Homology | Domain |
|---|---|---|---|---|---|
| Alpha Beta | Roll | Ubiquitin-like (UB roll) | Ubiquitin-like (UB roll) |
#chains in the Genus database with same CATH superfamily 5HI1 A; 1JML A; 5JXV A; 5HFY A; 1IGC A; 3FIL A; 2JZP A; 3UI3 A; 1EM7 A; 1HEZ E; 1UWX A; 2PTL A; 2N7J A; 1YMH E; 2OED A; 1PGX A; 2N9L A; 1MHH E; 4KGR A; 4OZC A; 2N9K A; 4IKG A; 3FIL B; 2JXT A; 2IGH A; 2J52 A; 1P7F A; 1XCQ L; 1ZXH A; 2PW9 A; 1MHX A; 1C9F A; 4HJG E; 1F2R I; 4D2K A; 3V3X A; 1QKZ A; 1Q10 A; 3MP9 A; 2RMM A; 4IOI E; 1KH0 A; 1MI0 A; 4GLS C; 2JSV X; 1HZ6 A; 2GB1 A; 2KWD A; 4KGT A; 1P7E A; 2I38 A; 2ZW1 A; 1IGD A; 2ZW0 A; 4MAC A; 2LGI A; 1K53 A; 1FCC C; 1HZ5 A; 2QSD A; 2K0P A; 1XCT L; 1PGA A; 1FD6 A; 2LUM A; 5BMH A; 2KDM A; 1D4B A; 1GB4 A; 2ON8 A; 5BMG A; 5BMI A; 2KAC A; 1MVK A; 2JWU A; 2JU6 X; 1FCL A; 2PLP A; 1GB1 A; 2NMQ A; 1K51 A; 2I2Y A; 4KGS A; 2GI9 A; 5HG2 A; 1IBX A; 4WH4 A; 2IGD A; 2ONQ A; 1YNT E; 3GB1 A; 2LHE A; 4OZB A; 2KQ4 X; 2IGG A; 2QMT A; 2KN4 A; 1PGB A; 2J53 A; 1K50 A; 1F2R C; 4OZA A; 1IBX B; 1K52 A; 4HKZ E; 1MPE A; 2LHD A; 2RPV A; 1XF5 L; 2EEL A; 5HHD G; #chains in the Genus database with same CATH topology 2KJH B; 3PLV A; 3P2B A; 5AZF A; 3KQ4 A; 1TYG B; 3NY5 A; 2KX3 A; 3DVG Y; 2INC C; 1KFY B; 3WIM A; 4HPP A; 4KVG B; 2X8X X; 2I1K A; 3ZTD A; 1YX5 B; 3H1U A; 4FHJ A; 4MGK E; 2CU3 A; 2ZCB A; 2LRW A; 3MJ5 A; 2JXT A; 3W2D A; 1EU3 A; 1XCQ L; 4DDI D; 3TL5 A; 1MHX A; 2L8J A; 2XK5 A; 1JRO A; 3DBH I; 3LYY A; 2B76 B; 3J9C A; 4I6P A; 3UIP B; 3NZ3 A; 4N59 A; 3TBL D; 4HDQ A; 3GS2 A; 2BWE S; 4IM2 A; 1FFV A; 3ZKJ C; 2I38 A; 2W82 A; 1ZGU B; 4O1N A; 2N9P C; 3AE3 B; 1FPY A; 3L17 A; 4W9H A; 3NZS A; 1DYQ A; 3P4P B; 4JLC A; 2LRU A; 1Q5W B; 4IM0 A; 3NVY A; 1SF0 A; 2MP2 A; 2V3P A; 1YJJ A; 3AMZ A; 3QJZ A; 1WGY A; 2JWZ A; 3ZNG C; 2KDI A; 2RPQ A; 1TS3 A; 3T3O A; 2KD0 A; 4FHK A; 2V9H A; 4CYE A; 4B6W A; 2WXO A; 3PO0 A; 1J8C A; 4KGS A; 3BVM A; 1GAQ B; 1FRR A; 1WE7 A; 1TZO A; 1N5W A; 2JZZ A; 2L0T A; 2NBW B; 1NI2 A; 1A5R A; 3UIN B; 4MH0 E; 4RGM A; 3NZU A; 4XZ4 A; 2JRH A; 3N30 A; 4HKZ E; 2LHD A; 4AWJ A; 1OGW A; 1CQV A; 3A9K A; 1L0Y B; 2DWQ A; 4EZL A; 3L08 A; 3EGR A; 5MPO A; 4K7W A; 4W9D A; 3SR6 A; 3K9P B; 2NVU I; 2I1J A; 3AEB B; 4A8X C; 4LDT B; 1UF0 A; 3KUD B; 2MBO A; 2OED A; 2KDF B; 4ANW A; 2PPH A; 3C19 A; 1NDD A; 4WJO A; 2DAJ A; 2N0S B; 4WWP A; 1MG4 A; 4JGH B; 1C79 A; 2MRP A; 1YN3 A; 3N1X C; 1OTR B; 2C7H A; 1WJ6 A; 2OOB B; 1AAR A; 5DPS A; 3L0W B; 1E8W A; 4KDI C; 2J0K A; 4HK2 A; 2KK8 A; 3L4P A; 2TSS A; 1NVI D; 1UNS A; 2WXI A; 2WS3 B; 3A4S C; 1ISN A; 4Q2J A; 1WY8 A; 1FCC C; 1EWY C; 2IBI B; 2SAK A; 3RZF A; 1CK1 A; 2PKO A; 1N62 A; 2KTF A; 2L7R A; 4E3C A; 1VLB A; 1QOA A; 2BTE A; 2GBR A; 4YSX B; 3WAP A; 2BB6 A; 2J42 A; 1QOB A; 1GUA B; 3TEY A; 3ZRC A; 2MA9 B; 1L6V A; 4WH4 A; 2ZPY A; 3ONS A; 1LO5 D; 4WWO A; 4XDC A; 2AL6 A; 1FNU A; 4EOY A; 4REZ A; 4DHZ E; 1UH6 A; 2BB5 A; 2OHF A; 4P7I A; 3AU5 A; 3KUZ A; 4II3 B; 2NBU A; 1T0R C; 3N3K B; 1HQR D; 3SU8 X; 4M00 A; 2N9X A; 2RPV A; 3AU4 A; 5L83 A; 2EEL A; 4USA A; 3RNF C; 1KRH A; 4GU2 A; 3I57 A; 2O2V B; 2FE8 A; 2MLB A; 3P4Q B; 1JRU A; 5HFY A; 4BKS A; 3HUI A; 3NVV A; 3PS6 A; 2K39 A; 4ZOH C; 3KUC B; 4YXD B; 2H89 B; 3VRA B; 3AE9 B; 4HCP B; 3GP7 A; 3IAM 1; 3PHW B; 5C23 A; 4IW0 A; 3ZNH B; 2VZK B; 1MHH E; 2PVG C; 4HEA 1; 1XQQ A; 2KJR A; 4G50 A; 2WP9 B; 3LXF A; 2EMS A; 1RFK A; 1N60 A; 3W5U B; 4HPL B; 4C80 A; 2R2Q A; 4M02 A; 3V3X A; 4WQO B; 2RMM A; 2VH2 A; 3QX1 A; 1EO6 A; 3GZN I; 4W9I A; 1I35 A; 3Q8E A; 4ICV A; 1BT0 A; 2QHO A; 2JSV X; 3IG3 A; 3Q2A C; 1I42 A; 1Y8R C; 2KDB A; 2WXQ A; 3B0A A; 3ZXV A; 5LXI B; 3MHS D; 2JVC A; 1JWA D; 2DYB A; 1XCT L; 1C4C A; 4A90 A; 4P1C C; 3PVL A; 4HDO A; 3VTW A; 1QZE A; 1YOV B; 5TR5 A; 1MVK A; 3S2A A; 5TSS A; 3DBH B; 1RFA A; 3NVW A; 5IO9 A; 3ZJT A; 1TZ1 A; 4W9J A; 3DBR I; 1EF5 A; 2JF5 A; 4C4V B; 3IVF A; 2RDG A; 5H92 C; 3W1S A; 3GB1 A; 4HRO A; 1E10 A; 2G9H D; 2O2V A; 2REX A; 3ENE A; 3B1L X; 2RD0 A; 3C0R B; 2PEA A; 4PYU A; 1WX7 A; 3TIX A; 3MC8 A; 3JYU A; 3APF A; 4JWU C; 2KX0 A; 4KIK B; 4LJP B; 5HHD G; 5HI1 A; 4ITK A; 4MH8 A; 2IO1 B; 1WJN A; 4MEM A; 4IM3 A; 2L83 A; 3CST A; 4DQO C; 1Y56 A; 2L05 A; 2KQ7 A; 4NJC A; 4WAF A; 1UWX A; 4WAA A; 4ZHP A; 1I4Q A; 5G5G A; 3KLS X; 4ANV A; 2K3U A; 3RNA C; 2YEP B; 3ZVV A; 3OLM D; 3P4R B; 1L2N A; 3NS8 A; 2FCQ A; 3VTU A; 4CO7 A; 4BKS D; 2EMT A; 4HCN B; 3OWE B; 1V1P B; 4K1R B; 1RAX A; 4OVU A; 2WXG A; 3R7R A; 2K1F A; 3ML9 A; 1KH0 A; 3V61 A; 2O6V B; 2BS4 B; 2LD9 A; 2JXX A; 4N9F 4; 2BQQ A; 4F7Z A; 2WDV B; 4KSL C; 1SE3 A; 3AE4 B; 2KOX A; 3PTF C; 1H8C A; 1GG3 A; 2R61 A; 4EEW A; 1V86 A; 3WAN A; 3HM3 A; 2BKF A; 1UBQ A; 2IYD B; 2FAZ A; 4C4V A; 2KMA A; 3URY A; 2KFK A; 2PLP A; 4MEL A; 4DBG A; 1STE A; 1U4A A; 3PZD A; 3ZQ4 A; 1TKY A; 2KO3 A; 2W54 A; 4FA6 A; 1L0X B; 4OVV A; 2KC1 A; 2UWQ A; 4TMA B; 2LI5 A; 3UQA A; 3E9S A; 1PUT A; 4GSW A; 1SBB B; 3AE2 B; 3RFZ B; 3AEE B; 2KT7 A; 1EU4 A; 2CR5 A; 4OZA A; 3ZJV A; 1IBX B; 2UU7 A; 1FMA D; 1R4N I; 4LTU A; 3VQI A; 3N1Z C; 4KKJ A; 1IPG A; 2LWP A; 1L5P A; 2YLM A; 5CHF A; 1ET9 A; 4DHZ B; 2WXM A; 3QHT A; 5FR6 A; 5IOI A; 1HEZ E; 2W3R A; 1V1P A; 5E6O A; 4RM9 A; 1TKE A; 3DPD A; 3HHM A; 5IN7 A; 2L3Z A; 2NR2 A; 2VZK D; 2KZR A; 1TY2 A; 2K8H A; 2O6V A; 1TBE A; 5G2N A; 4L23 A; 1ET6 A; 2E3T A; 2J4X A; 3FC4 A; 4GDL B; 5D94 A; 4W9G A; 3BVZ A; 2IND C; 2MX2 A; 4JWS C; 3JVZ X; 3CSF A; 4LCD E; 3KWL A; 1R4M B; 1IUE A; 5BO4 B; 2K0P A; 4WIP A; 2L76 A; 1GB4 A; 1VZ8 A; 2N4F A; 3R2T A; 5BMI A; 4MGI E; 4EE2 A; 2JU6 X; 1VCB A; 3SD5 A; 1UEL A; 4OHJ A; 2BWF A; 1GOZ A; 3JSV B; 1UGM A; 3R3M A; 3ZO5 B; 3GZN B; 4BFR A; 1WZ3 A; 1IBX A; 1I4P A; 2WXR A; 4HRS A; 3Q3N C; 2LUE A; 2KAN A; 1T6B X; 3JW0 X; 1UZX B; 2WU2 B; 2M56 B; 5DPR A; 1E7P B; 3VAW A; 1K50 A; 1JWB D; 4TQ0 A; 4NQL B; 4RGT A; 4RNA A; 4PYZ A; 1GC7 A; 2KDE B; 2V4L A; 1CJE A; 3VRB B; 4RGO S; 1N5X A; 3QCA A; 2ZVO A; 2AQ2 B; 2ZNV B; 1M94 A; 4I6L B; 3BII D; 1YJI A; 3MHZ A; 4BAX A; 4F1S A; 2GLS A; 3ZYY X; 3ZDT A; 3UI3 A; 2D07 B; 4A55 A; 2IZV B; 4KZC A; 2C7N B; 3DBR B; 2DZI A; 4LNK A; 2N7J A; 1D5X C; 2LJI A; 3MFG A; 2RDH A; 2WXF A; 5CTR C; 1C77 A; 4C7Y A; 3BK1 A; 2JYT A; 4LNO A; 2MBQ A; 3VR9 B; 4IWQ A; 1S1Q B; 3ZLZ A; 1MI0 A; 2BBC A; 2O6V D; 2Y5P A; 4AS1 A; 2WXJ A; 2HJ1 A; 4KGT A; 2KXJ A; 2WHI A; 2FIF A; 4S0R A; 1I4H A; 2GMI C; 4C56 C; 2WXK A; 2LXC A; 1L6U A; 1Z5S B; 3ZIM A; 3PZ7 A; 1DOX A; 4LNN A; 2QEJ C; 3DWG C; 2KMM A; 4BZA A; 2WXL A; 1WIA A; 1WX9 A; 3Q3O C; 4DXA B; 1WYG A; 2BGF A; 2JWU A; 2HE7 A; 4WJN A; 2N1V A; 4MJS A; 4YSY B; 1AYF A; 4WWM A; 3KYC D; 2IGD A; 1QT9 A; 3R7Q A; 3CIR B; 1M4V A; 4MSQ B; 4RF0 A; 3BZD B; 1SB3 C; 5BYS A; 3PT2 B; 3AXC A; 3WAM A; 2JYE A; 3GE3 C; 2KKC A; 1WF9 A; 5CX3 A; 1ESF A; 1V49 A; 4RF1 A; 2KWC A; 3NJT A; 4LNI A; 2WX0 A; 3AE1 B; 3ZXR A; 2NPT A; 5L95 C; 1TS5 A; 4R3D A; 3RPF C; 2LXA A; 5EE0 A; 4EZJ A; 1SE9 A; 5FKA C; 4AJW A; 2CKH B; 2RDB C; 3KWV A; 4IG7 B; 1CZP A; 1Q0W B; 2KAJ A; 1XLN A; 2BW2 A; 3U4E G; 1T0Q C; 5I4D A; 2M0A A; 3AB5 A; 1XT9 B; 1R4N B; 1VZ6 A; 4M8M A; 1GC6 A; 1D3Z A; 1CMX B; 1HXY D; 1T0S C; 2CHX A; 2JZ3 B; 3L54 A; 2V0G A; 4YTN B; 1ZPS A; 2D2Q A; 3KW5 B; 4RM8 A; 1OQR A; 2WDT B; 2ZW0 A; 3RMK C; 2DAF A; 4MAC A; 5DCN A; 3ZW3 A; 2SEB D; 4ARI A; 2HDE A; 4LLG M; 1EWC A; 1E8X A; 4K81 A; 1F0Z A; 1A70 A; 2D5G A; 1ZXI A; 2BYT A; 3VUX A; 4EKU A; 3RT3 B; 1FRD A; 2MBH A; 3EEC A; 3Q8B A; 3QAR A; 1FM0 D; 2JPH A; 4NJ6 A; 2LUM A; 5BMH A; 3UQB A; 3O65 B; 4KSK C; 2KAC A; 2JY6 A; 1NBF C; 2IJ0 A; 5AEK B; 2J0M A; 5E6N A; 3X0W A; 1JCK B; 4AQ7 A; 1WI0 A; 1T0Y A; 5HG2 A; 1E9M A; 1SJE D; 2LVQ A; 2FID A; 4NNJ B; 1UBI A; 2K6Q A; 3TEW A; 4K7U A; 2VRR B; 3APC A; 2WNM A; 3KYD D; 5KHQ A; 1D5Z C; 2KTR B; 3P1M A; 2H88 B; 1MFW A; 1WWT A; 2ACZ B; 2D3B A; 2G3Q B; 4H2A A; 3HK0 A; 1E7U A; 4XX5 A; 5AUK A; 2FCM A; 3TEX A; 3BY4 B; 2Z8L A; 1JML A; 1WE6 A; 3B2G A; 3EHV A; 4PT5 A; 5LNK 1; 1VR9 A; 4FUL A; 4ZRK A; 3WAL A; 4XYC A; 4DHJ B; 2KYW A; 3BVG A; 3VXW A; 1SIJ A; 2PTL A; 2DX5 B; 1AN8 A; 3W5V B; 1PGX A; 4ZYS A; 2K5P A; 3V6E B; 2CJO A; 1DOY A; 3O13 A; 2ZNV C; 1I4R A; 1P7F A; 1XLO A; 2CS4 A; 4K3B A; 1FEH A; 3U7D A; 2CU1 A; 3DHG C; 4GGQ A; 3N1Y C; 1QKZ A; 3MTN B; 5EE1 A; 3DCG A; 3TMP B; 2HD5 B; 1FXA A; 1R4M I; 1K8R B; 1SGH A; 3AV8 A; 5HKH A; 4DK5 A; 1WMH B; 2DEN B; 2ZCC A; 4E71 A; 2J0J A; 1LM8 B; 4ZDV A; 4GIV A; 2FUG 1; 2K8B A; 3PRP B; 3MC0 B; 2UYZ B; 3X23 A; 3T9L A; 1P3Q U; 1ZDX A; 2NTS A; 2IY0 B; 3Q6B A; 1E7V A; 1Z2M A; 5BMG A; 3ZDM C; 1FNW A; 1UUP A; 1T5X D; 1C4A A; 2WLB A; 4HPM B; 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1EF1 A; 2PIA A; 4C00 A; 1V81 A; 4NAW B; 1HE8 A; 4S17 A; 3Q3F A; 4FJZ A; 4XWW A; 4KIK A; 4XC2 A; 2DZM A; 5J17 A; 4MGY E; 5IP4 D; 4DHJ D; 1ZP0 B; 2KNB A; 1I4X A; 3DVG X; 2MBE A; 2LAS A; 2AWT A; 3B2F A; 4IKG A; 1PFD A; 4A3P A; 1WXM A; 5JHA A; 2J52 A; 5AZH A; 2DLB A; 2KC2 A; 5D7G A; 1ROE A; 5IAA C; 5GXG B; 2L0F A; 4CQN A; 3H7P B; 2KJ6 A; 4X57 B; 3U7Z A; 1HA5 A; 3VR8 B; 5E6J A; 2M1M A; 2DZJ A; 2INP E; 3DDC B; 2ICI A; 1HZ5 A; 1YIW A; 1YQB A; 3U30 A; 4BBN C; 3QQ8 B; 4YTP B; 4HWI B; 3H6N A; 1XD3 B; 4NPN A; 3Q8C A; 3EUB 2; 2JQR B; 1HTQ A; 3VUY A; 1WJU A; 4GXB A; 1GB1 A; 2NTT A; 2W3S A; 1GPX A; 1KLU D; 2LGY A; 2ZVN A; 1LQB A; 2W9N A; 5C2T B; 1K51 A; 3VDZ A; 4FJY A; 2WU5 B; 2BYE A; 1C3T A; 1J0G A; 2WDQ B; 2ONQ A; 1C4P A; 5KHO A; 4IUM B; 2V4I B; 1WXQ A; 1VZ7 A; 4CHK A; 4OZB A; 1J7A A; 4OW0 A; 4A6Q A; 1LFD A; 2JX5 A; 2QMT A; 4NAW A; 4BVU C; 2J7Q B; 4URK A; 2IY1 B; 2MJE A; 1K52 A; 3L10 B; 1TTN A; 3ALB A; 3C8Y A; 1JWS D; 4ZRQ A; 2AL3 A; 2DYM A; 2A4Z A; 2HTM E; 1SIF A; 1WH3 A; 3RUL A; 1WJ4 A; 1NYQ A; 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