The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.
Total Genus |
8
|
sequence length |
66
|
structure length |
66
|
Chain Sequence |
PKEEVTIKVNLIFADGKIQTAEFKGTFEEATAEAYRYAALHAKVNGEWTADLEDGGNHMNIKFAGK
|
The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.
After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.
| publication title |
Different crystal packing in Fab-protein L semi-disordered peptide complex.
pubmed doi rcsb |
| molecule keywords |
Capsid protein C
|
| molecule tags |
Immune system
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| source organism |
Finegoldia magna
|
| total genus |
8
|
| structure length |
66
|
| sequence length |
66
|
| chains with identical sequence |
M, N, O
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| ec nomenclature | |
| pdb deposition date | 2004-09-03 |
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
| Class | Architecture | Topology | Homology | Domain |
|---|---|---|---|---|---|
| Alpha Beta | Roll | Ubiquitin-like (UB roll) | Ubiquitin-like (UB roll) |
#chains in the Genus database with same CATH superfamily 2N9K A; 1K51 A; 2EEL A; 1MPE A; 2PW9 A; 1C9F A; 5HFY A; 2KDM A; 4WH4 A; 1EM7 A; 1FCC C; 1PGX A; 3GB1 A; 2QMT A; 1GB1 A; 2NMQ A; 1UWX A; 1YNT E; 1QKZ A; 1IGD A; 2LHD A; 2IGH A; 1F2R I; 1Q10 A; 5BMI A; 2LGI A; 1JML A; 2RMM A; 1MVK A; 1FD6 A; 2ZW1 A; 2I38 A; 5JXV A; 1F2R C; 2PLP A; 1K50 A; 1YMH E; 1ZXH A; 2JXT A; 2PTL A; 5HHD G; 1IBX A; 2N7J A; 1HEZ E; 5HG2 A; 1MI0 A; 2JU6 X; 2KQ4 X; 1FCL A; 1XCT L; 1K52 A; 4OZC A; 1XCQ L; 4OZB A; 2ZW0 A; 1MHH E; 1XF5 L; 4IOI E; 4OZA A; 3FIL A; 2ONQ A; 4HJG E; 2LHE A; 5BMG A; 4GLS C; 2KN4 A; 2IGG A; 2ON8 A; 1PGB A; 1HZ5 A; 4HKZ E; 1MHX A; 1HZ6 A; 1KH0 A; 2GB1 A; 2LUM A; 2GI9 A; 1P7E A; 2JWU A; 5HI1 A; 1D4B A; 3UI3 A; 4MAC A; 2OED A; 2RPV A; 2JSV X; 4D2K A; 2J53 A; 2K0P A; 2N9L A; 3FIL B; 2IGD A; 1GB4 A; 2I2Y A; 2JZP A; 2KWD A; 1K53 A; 1IGC A; 4KGS A; 5BMH A; 1PGA A; 4KGR A; 1IBX B; 4IKG A; 2QSD A; 3MP9 A; 3V3X A; 1P7F A; 2KAC A; 2J52 A; 4KGT A; #chains in the Genus database with same CATH topology 1L7Y A; 3X0W A; 1NI3 A; 2H88 B; 4IG7 B; 4A3O A; 4NAW A; 2WHI A; 3I63 C; 2JF5 A; 2W3S A; 1C4C A; 3AMZ A; 1EF5 A; 2V3P A; 2WXH A; 2XBB C; 2HJ8 A; 2WU2 B; 4C00 A; 3AE8 B; 2IGH A; 3MC0 B; 3OJ4 B; 4RFB A; 2LGI A; 3OLM D; 2RMM A; 5C3J B; 1OEY J; 2RPQ A; 1P3Q U; 3EFC A; 3WIM A; 2I38 A; 2BWE S; 2QIL A; 2KKC A; 5D94 A; 1L6V A; 2KTF A; 1K50 A; 3Q6B A; 2LWP A; 4YTM B; 1F0Z A; 3B2G A; 2KNB A; 2A5U A; 2ZVO A; 5EE1 A; 1VDV A; 3TEY A; 3PRZ A; 3LB8 C; 2K9X A; 2WDV B; 2BKR B; 3DWM A; 2W82 A; 3ZRC A; 1WMH B; 2K22 A; 1N5X A; 2KVR A; 2J4X A; 2KQS A; 1MHX A; 2D3A A; 2WXF A; 3Q3M C; 2D2Q A; 3QQ8 B; 4A9A A; 3AE7 B; 2J53 A; 2JVC A; 2D3G A; 3NZU A; 1VR9 A; 2BB6 A; 2IGD A; 4F1S A; 2M0X A; 2MP2 B; 4BKG A; 2W9N A; 4BBN F; 1VZ8 A; 2E3T A; 2Q5W D; 5CHV C; 3SFE B; 3U4E G; 2GBK A; 2FCQ A; 2WXG A; 3UIP B; 2PEA A; 2R2Q A; 3QAR A; 3RMK C; 5HFY A; 2RDB C; 4K3B A; 1R4M B; 2Y3A A; 1YOV B; 3U2S C; 2DLB A; 1K8R B; 5FK9 C; 3M3J A; 3T8M A; 2BT6 A; 4RCO A; 1WGD A; 1C76 A; 2XNA C; 1FRR A; 1KTK A; 4A3P A; 2N9P C; 3I57 A; 1FD6 A; 4XC2 A; 4AOF A; 1WMH A; 5DPW A; 3MJW A; 3IAS 1; 4TSS A; 1D3Z A; 2X8X X; 2QHO A; 1L4D B; 1FFV A; 1SE9 A; 1PQS A; 5IAA C; 1BUI C; 3AM9 A; 1TZO A; 4GMV A; 1E0Z A; 1SE4 A; 5KHO A; 1K52 A; 4YTP B; 4OZC A; 1XCQ L; 2H89 B; 3HK0 A; 1GUA B; 1WX8 A; 2QCZ A; 3AEE B; 3IXS A; 1D6E C; 1RLF A; 2MP2 A; 1UWM A; 3PHX B; 2K5P A; 4NPN A; 2LVQ A; 1CMX B; 1SF0 A; 3NS8 A; 4B0E A; 1Q1O A; 4ZDV A; 4JGH B; 3N1Y C; 2KMC A; 1P7E A; 5HI1 A; 2DZM A; 2G4D B; 2C5L C; 1L2N A; 3MJ5 A; 2M19 A; 4RF0 A; 1HXY D; 4GB9 A; 1V6E A; 4RNA A; 2C7M B; 2QIE B; 2I2Y A; 3NZS A; 3ZKJ C; 2WWZ A; 2CU1 A; 4W9I A; 2NVU I; 1IGC A; 2BWF A; 5JHA A; 5GMV A; 4B6W A; 1GNU A; 3PRM B; 4M01 A; 2BYE A; 1C1Y B; 4HXD A; 1UGM A; 4FJV B; 1DOX A; 2EEL A; 3N1X C; 3PRP B; 2QC8 A; 3E9S A; 3Q3N C; 2J42 A; 1J19 A; 4DHJ B; 3PRE A; 1WX7 A; 2MJ3 A; 3N9Y C; 3ZNG C; 4ZYN A; 2D5G A; 2OJW A; 3Q8E A; 2LHD A; 1QOB A; 1V49 A; 4GDL B; 1JML A; 2MJE A; 3O65 B; 2EKE C; 4HVB A; 4LNO A; 5L95 C; 4NQK E; 1R7S A; 1UUP A; 2ACZ B; 3R66 C; 2Y5B B; 2V4L A; 1N61 A; 2JXT A; 2WXQ A; 1UNS A; 4W9H A; 2IY1 B; 2BS4 B; 5AZG A; 4ZYS A; 4W9K A; 4KSK C; 2JU6 X; 2KLG A; 2K8H A; 1BT0 A; 3ONS A; 2BF8 B; 4NJ7 A; 4DDG D; 4HRS A; 2JY6 A; 2BVC A; 3IBE A; 3W1S C; 2INC C; 3OG5 A; 4OZA A; 1E5W A; 1CZP A; 3A9J B; 1Q0W B; 1FNV A; 4FA6 A; 3QAQ A; 4MSM B; 2V1Y A; 3ETR A; 3ZQ4 A; 1PGB A; 3AU5 A; 4PK1 A; 2INN E; 4HK2 A; 1KH0 A; 3ZXV A; 3SR6 A; 2K25 A; 4S0R A; 1KF6 B; 3NVY A; 3FIL B; 1P9D U; 2G3Q B; 2N9X A; 4FBJ B; 3BVM A; 4AQ7 A; 3TMP B; 3T9L A; 4PYZ A; 1CQV A; 2IYD B; 4KVG B; 1JWA D; 2LJ5 A; 1YJJ A; 2GMI C; 1ZDV A; 1R4M I; 2XEW A; 4EOY A; 2N9K A; 1K51 A; 3ABV B; 3AH7 A; 4HPL B; 3EEC A; 3R7R A; 3AE2 B; 2AQ3 B; 2MBB B; 3TEW A; 1PYW D; 1GB1 A; 5GXG B; 2LI5 A; 3VAW A; 2LUE A; 4DDI D; 1WXM A; 2NS5 A; 3ZW3 A; 3QCA A; 1GOZ A; 2A4Z A; 2DZK A; 3QJZ A; 3KUC B; 5E6N A; 5JXV A; 1VJK A; 2KDE B; 4I6N B; 4HEA 1; 5IO9 A; 2PPH A; 3Q2A C; 3NRZ A; 1X1M A; 4IWO A; 3M95 A; 1V86 A; 2PE9 A; 3DVN V; 3WAM A; 3CSF A; 4NY0 A; 1XCT L; 1IPG A; 1ZGU B; 2KK8 A; 4ITK A; 2WXM A; 1XF5 L; 4WWP A; 1EU4 A; 3FIL A; 3TIX A; 4YSZ B; 4M0W B; 4ZRJ A; 4GIV A; 3RPF C; 2OHF A; 4W9D A; 3BWU D; 3WAN A; 2KN4 A; 1GPX A; 2KAJ A; 1XD3 B; 3H1U A; 1L0Y B; 2ON8 A; 4HCN B; 3C8Y A; 1D5M C; 5AZF A; 2LRU A; 2IO0 B; 1TYG B; 4A8X C; 3DVG Y; 2QDF A; 4AS1 A; 3DQV A; 1WJ6 A; 4FUL A; 1I4P A; 3IHP C; 2MWS B; 2ZCC A; 3P2B A; 2PIA A; 2J0J A; 1YX6 B; 2KFK A; 3AE1 B; 1RRB A; 3P4S B; 1FNW A; 1V5O A; 2CJN A; 1P7F A; 3U7D A; 2YEP B; 1CJE A; 2N7D A; 3KQ4 A; 4PT5 A; 3C0R B; 3V6E B; 2J52 A; 2IZV B; 2GOW A; 2N0S B; 1OQY A; 2DEN B; 4QAY A; 3PZ8 A; 4DWF A; 3ZTC A; 2I1J A; 1R4N B; 2G9H D; 4BKS D; 4MSQ B; 3L54 A; 3E56 A; 5CTR C; 4ZRQ A; 3Q8F A; 2ZPN A; 2MBO A; 4NJ6 A; 1QIL A; 2UYZ B; 4IM3 A; 4LDT D; 3PLV A; 3RZW C; 2KWU B; 2N9E B; 5FR6 A; 2JYT A; 1E8Y A; 1BXT A; 1KLU D; 4LLG M; 3PO0 A; 3MC8 A; 4GXB A; 2KN5 A; 4OW0 A; 4M0W A; 3TSS A; 3CST A; 1Y8R C; 1WY8 A; 1IBX A; 1UZX B; 3HM3 A; 2W54 A; 1KM7 A; 1MI0 A; 3ZYY X; 2WDR B; 3VR8 B; 4MH0 E; 5EE0 A; 4K81 A; 3P42 A; 4ANV A; 1SGH A; 2YEP F; 1UD7 A; 4FN2 A; 2MJD A; 4NAW B; 5G5G A; 3ZIM A; 3CIR B; 4JIO U; 1WXS A; 1KJT A; 4DQO C; 3CMM B; 2DHZ A; 1YIW A; 1FEH A; 2MH7 A; 1WRD B; 2FUG 1; 3TL5 A; 1NVI D; 4HJK A; 4EZK A; 1FPY A; 1J8C A; 1E10 A; 1D5X C; 2OED A; 2OOB B; 2MLB A; 3NVW A; 3AED B; 1L4Z B; 3U8Z A; 1YQB A; 1C3T A; 3L17 A; 2NTT A; 1H4R A; 1OTR B; 2E6X A; 3R2T A; 2LXA A; 1EO6 A; 1RFK A; 1LFD A; 3MP9 A; 3OJ3 A; 2IO3 B; 2R61 A; 4K7W A; 3RNB C; 1FMA D; 3NVV A; 3RNF C; 4KDL B; 3RNA C; 4XDD A; 2EMS A; 3N30 A; 1C9F A; 2UWQ A; 4WH4 A; 2ASQ A; 1OFF A; 5IN7 A; 3GB1 A; 1QOA A; 2RDG A; 4WWO A; 4NNJ B; 1PUT A; 4HPP A; 1WJU A; 3ZLZ A; 5BMI A; 1VLB A; 3IG3 A; 3VUW A; 2G45 B; 2MHJ A; 2ZW1 A; 5J2R A; 2V9H A; 4IC7 B; 4BOS C; 1WGK A; 3KWV A; 1KOT A; 1IUE A; 3ZRF A; 2YLM A; 3RN9 C; 4MGZ E; 4ZRP A; 1HQR D; 2PVG C; 4XDC A; 2L83 A; 1WE6 A; 4US8 A; 1T3Q A; 2KQ7 A; 2KT7 A; 3NHE B; 2C9W B; 2REX A; 3EC8 A; 2ZCB A; 1VZ7 A; 1TY0 A; 2BS3 B; 3VH4 B; 1TKE A; 1ZXI A; 1JW9 D; 1MG8 A; 4EUT A; 5H92 C; 1I4R A; 2BKF A; 3ZNZ B; 1FXA A; 3R7Q A; 3W5V B; 2L0T A; 1HZ6 A; 3DOW A; 4TQ1 A; 3DBH B; 3KYC D; 3RNC C; 4G11 A; 2TSS A; 2ZZP B; 3VXW A; 4Q2J A; 3LDZ E; 3I5J C; 1GB4 A; 4RM9 A; 1S1Q B; 4WJO A; 3J9C A; 1FO4 A; 5J17 A; 1E7P B; 1C4P A; 2IBI B; 1TJE A; 3MTN B; 1TTN A; 4NZL B; 4M8N A; 1R4N I; 2LD9 A; 2JQR B; 1V1P A; 4KX6 B; 4M8M A; 3W1S A; 2L1A A; 3PLU A; 1DYQ A; 2BYV E; 4KIK B; 3UQA A; 4KSL C; 1UH6 A; 4RGN A; 1WE7 A; 2WLB A; 2M4N A; 4I6L B; 2UU7 A; 2PKO A; 1NBF C; 2Z8L A; 4EZJ A; 3VR9 B; 3MHZ A; 4C7Y A; 4AJY B; 3PT2 B; 3AUL A; 1ENF A; 1ZDX A; 3AU4 A; 2K6D B; 1XLN A; 1N6Z A; 3VTV A; 3HM6 X; 3UIN B; 3HRD D; 1BML C; 2KO3 A; 1WWT A; 3QHT A; 4DXF A; 3RFZ B; 1VZ6 A; 4LCD E; 1SSN A; 2V0G A; 2V4I B; 3Q69 A; 4OZB A; 4CYE A; 1Z2M A; 5FR3 A; 1V5T A; 4P7I A; 2KD0 A; 1FRD A; 4P1B C; 1E9M A; 3ECI A; 2RGF A; 2NBV B; 1N62 A; 5KHQ A; 4HDO A; 4JQW C; 4IWP A; 1HZ5 A; 4URK A; 2LMC A; 3I3T B; 3AV8 A; 3BK2 A; 4N58 A; 3WAL A; 1I4G A; 3DHG C; 2WXI A; 2VZK B; 2ZNV B; 2NR2 A; 3A4S C; 4KIK A; 2CHX A; 3NY5 A; 4YTN B; 1F1H A; 2WDQ B; 5E6P A; 3DHI C; 3Q8A A; 4LK0 M; 1N5W A; 4IKG A; 1VRA B; 3P4R B; 2KDI A; 4B95 A; 4BZA A; 4L1B A; 2WQY B; 2RR9 A; 4JE3 B; 1ESF A; 1L5P A; 2JT4 B; 1MPE A; 2PW9 A; 1YX5 B; 1VCB A; 4WQO B; 3EUB 2; 4MGY E; 3DDC B; 1F52 A; 2QMT A; 1Z5S B; 2GBM A; 3KUD B; 2WNM A; 1JCK B; 3GOE A; 2KDF B; 1HE8 A; 2FID A; 4HCP B; 4LDT B; 2G1E A; 4MGK E; 5IP4 D; 2L3Z A; 2LFI A; 3OWE B; 4EKU A; 2HDE A; 4PYU A; 1NEN B; 4IM0 A; 3SEB A; 1TKY A; 4GSW A; 4GU2 A; 2D3B A; 5LLI A; 2ZPY A; 1T5X D; 3KW5 B; 3EGR A; 2WXL A; 4PS3 A; 1WZ0 A; 4WAA A; 2MCN B; 1JWM D; 4PS7 A; 1STE A; 4C7Z A; 2IJ0 A; 2VH2 A; 3TEZ A; 1J7B A; 3PS6 A; 3U30 A; 4UDU C; 3ML8 A; 4MDK E; 1YQ4 B; 3ZDT A; 1WJN A; 5IA7 A; 2BTE A; 2O2V B; 3DBH I; 1DGJ A; 5JHB A; 3A33 B; 2N4F A; 3B1L X; 1FNU A; 1LO5 D; 1ZE3 D; 3SFD B; 5D7G A; 1WF9 A; 4S17 A; 2W3R A; 2JZP A; 3VDZ A; 3W9C B; 1SJH D; 2KWC A; 4BKS A; 4N9F 4; 2KAN A; 4KKI A; 2HTH A; 2WXJ A; 3V6C B; 3NJT A; 2BQQ A; 1HA5 A; 4DXA B; 1XXG A; 5D2M B; 1WXQ A; 4US9 A; 1YQ3 B; 3ZJT A; 3Q3O C; 3DHH C; 4L23 A; 1P98 A; 3PHW B; 3B9J A; 1EF1 A; 3L0W B; 3FC4 A; 3AEG B; 2KDM A; 1TBE A; 4TV3 A; 1N60 A; 3R8B A; 3RNE C; 1I42 A; 3A9K A; 2AYO B; 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4KKJ A; 4H2A A; 2XN9 C; 4M00 A; 3AE3 B; 4G0N B; 3V61 A; 3PZD A; 3N1Z C; 2GRI A; 3VRA B; 4XX5 A; 2JUO A; 4C4V A; 1CK1 A; 2KZR A; 5D3I B; 3BY4 B; 3Q14 C; 1GC7 A; 2IO2 B; 4MH8 A; 3KVF B; 5BO4 B; 1NEK B; 1WXA A; 2PLP A; 4C56 C; 3P4P B; 4KZ0 A; 1B1Z A; 2WXR A; 4BVU C; 3H6N A; 1KLV A; 4OHJ A; 3ZJV A; 2JZZ A; 1WYW B; 3SHQ A; 3AEF B; 4GDK A; 3IAM 1; 3U7Z A; 4WAF A; 4IW0 A; 5LXH A; 2ZNV C; 4IOI E; 2PVO D; 2BS2 B; 2NTS A; 3GP7 A; 1HTO A; 2YVC A; 1MJD A; 2FCS A; 4C80 A; 1NDD A; 3MHS D; 1F77 A; 4HKZ E; 2FCM A; 2LUM A; 2GI9 A; 1NYQ A; 1D4B A; 1VD2 A; 4MM3 B; 2PE6 B; 3M62 B; 3DBR I; 4XGA B; 4HWI B; 4ANX A; 1SIF A; 1ZUD 2; 1D5Z C; 1J7C A; 2Y5C A; 4W9F A; 3ZDM C; 3VTW A; 1SXT A; 5G2N A; 3JW0 X; 3VHT C; 3I9V 1; 4AUQ C; 2IDY A; 3PZ7 A; 5HKH A; 3APD A; 3ZTD A; 3N20 C; 1PGX A; 3ZJU A; 2CKH B; 1ZW7 A; 3A4R A; 4WJP A; 1UWX A; 1OQQ A; 1IGD A; 1Q10 A; 1C77 A; 3PTF C; 2KHW B; 2AQ2 B; 3ALB A; 4P16 A; 4B0M A; 4YXD B; 1E8W A; 3GE3 C; 1WGY A; 4J6I A; 4WUR A; 1GG3 A; 5T8I A; 1YMH E; 4RM8 A; 3AB5 A; 5HHD G; 3DBL B; 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