The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.
Total Genus |
15
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sequence length |
70
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structure length |
70
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Chain Sequence |
TPEEPKEEVTIKVNLIFADGKIQTAEFKGTFEEATAEAYRYAALHAKVNGEWTADLEDGGNHMNIKFAGK
|
The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.
After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.
| molecule tags |
Immune system
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| source organism |
Finegoldia magna
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| publication title |
Different crystal packing in Fab-protein L semi-disordered peptide complex.
pubmed doi rcsb |
| molecule keywords |
Capsid protein C
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| total genus |
15
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| structure length |
70
|
| sequence length |
70
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| chains with identical sequence |
M
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| ec nomenclature | |
| pdb deposition date | 2004-09-03 |
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
| Class | Architecture | Topology | Homology | Domain |
|---|---|---|---|---|---|
| Alpha Beta | Roll | Ubiquitin-like (UB roll) | Ubiquitin-like (UB roll) |
#chains in the Genus database with same CATH superfamily 5BMI A; 1XF5 L; 2K0P A; 2QMT A; 1MHH E; 2NMQ A; 1PGB A; 4HKZ E; 5HFY A; 1HZ6 A; 2RMM A; 1JML A; 2LUM A; 2QSD A; 2JWU A; 3FIL B; 1P7E A; 2PLP A; 4D2K A; 1YNT E; 5HI1 A; 4IOI E; 1UWX A; 2JXT A; 2ONQ A; 1ZXH A; 1IGC A; 2ZW0 A; 1XCT L; 4KGS A; 1MHX A; 2KDM A; 4HJG E; 2IGH A; 4GLS C; 4MAC A; 1HEZ E; 2KAC A; 2N7J A; 2ON8 A; 1IBX A; 1GB4 A; 1F2R I; 1D4B A; 2JU6 X; 1PGX A; 2PW9 A; 2OED A; 1YMH E; 4IKG A; 1K51 A; 1FCC C; 2KWD A; 1FCL A; 1K53 A; 1Q10 A; 1K50 A; 1K52 A; 1FD6 A; 1GB1 A; 3MP9 A; 4KGT A; 2LHD A; 1IGD A; 1MI0 A; 2KN4 A; 2LHE A; 5BMH A; 2IGD A; 2KQ4 X; 3UI3 A; 2J53 A; 1PGA A; 1F2R C; 2ZW1 A; 2GI9 A; 2N9L A; 1MPE A; 4OZC A; 5HHD G; 4OZB A; 2RPV A; 5HG2 A; 1C9F A; 1P7F A; 1IBX B; 2PTL A; 1KH0 A; 2J52 A; 3GB1 A; 1QKZ A; 4OZA A; 2LGI A; 3FIL A; 2GB1 A; 5BMG A; 2I2Y A; 1EM7 A; 2JZP A; 1HZ5 A; 2EEL A; 2N9K A; 2IGG A; 4KGR A; 4WH4 A; 1XCQ L; 2I38 A; 1MVK A; 3V3X A; 2JSV X; 5JXV A; #chains in the Genus database with same CATH topology 4M02 A; 1RLF A; 3N3K B; 3W2D A; 1ZE3 D; 2N9E B; 2JPH A; 1EU4 A; 5FKA C; 5G5H A; 1HZ6 A; 1HTO A; 2QC8 A; 1KLU D; 1YN5 A; 2JYE A; 4PK1 A; 1I4X A; 2BTE A; 3DQV A; 5HI1 A; 3WAO A; 1S3S G; 2ONQ A; 3EHV A; 1ZXH A; 2INN E; 3S2A A; 2Y5C A; 2BT6 A; 2BS4 B; 1DOX A; 3IHP C; 4BKS A; 4HLE A; 1WM3 A; 3AEB B; 2NBU A; 1H8C A; 4K7U A; 1I4Q A; 1WY8 A; 1R4M I; 2PPH A; 1WMH B; 2Z0D B; 1K8R B; 1V5T A; 2AQ3 B; 3TMP B; 2IGD A; 3A9K B; 4WUR A; 3AE8 B; 4HKQ A; 1SIF A; 5E6N A; 2MCN B; 2GMI C; 2IO0 B; 1FXI A; 2C7M B; 2IDY A; 4JQW C; 3D32 A; 5LLI A; 2KN5 A; 3Q8F A; 2J52 A; 2KDI A; 2ASQ A; 5LXH A; 1T6B X; 2GB1 A; 2L76 A; 3BK1 A; 3I3T B; 5D3D A; 4ANU A; 3P2B A; 4C7Z A; 1VZ8 A; 1JQ4 A; 2N4F A; 5JHB A; 4P7I A; 1OQY A; 4W9C A; 2K8H A; 1KF6 B; 2OHF A; 1AN8 A; 2N1W A; 1WXS A; 3ZQ4 A; 2IGG A; 1WRD B; 5EDS A; 2JRH A; 2KNB A; 3KQ4 A; 1XF5 L; 2LI5 A; 4GN1 A; 2WNM A; 2VZK D; 4FN2 A; 4K81 A; 1JML A; 3B1L X; 1UBQ A; 4IM3 A; 5EE3 A; 1VRA B; 4ZYN A; 3SDL C; 1SBB B; 1WGK A; 2B3A A; 2BPS A; 1MFW A; 3AU4 A; 2N7E A; 5IOI A; 4GMV A; 1HEZ E; 4REZ A; 1UBI A; 2FBW B; 2DBY A; 2G9H D; 2NTT A; 1Z2M A; 1FRR A; 3BYY B; 3JYU A; 4OVV A; 5IN7 A; 4HVB A; 1WR6 E; 4MGZ E; 1FMA D; 3H7S A; 3VFK A; 2K8B A; 4MGK E; 1WGG A; 1JWM D; 4W9J A; 3ZLZ A; 3PLV A; 5AUI A; 3ZRC A; 4IW0 A; 2H88 B; 2ZCC A; 1XXG A; 2CU1 A; 1L6U A; 2V3N A; 4E71 A; 2CJO A; 2KDF B; 3EEC A; 1FFV A; 3NOB A; 2KAJ A; 3AM9 A; 4YWG G; 4HEA 1; 3W5V B; 3LYY A; 1V81 A; 2ZJD A; 2KO3 A; 5GXG B; 3N20 C; 4TSS A; 1D6E C; 3VVW B; 2FCS A; 3DWM A; 3T3N A; 4L23 A; 4G11 A; 2ICI A; 1Y56 A; 2FCQ A; 2KWV B; 1YQ4 B; 2O2V B; 4US8 A; 2I38 A; 2IY1 B; 4KV2 A; 3B2G A; 2DEN B; 5CX3 A; 2NR2 A; 2QMT A; 1R4N I; 2M0X A; 1V1P A; 2IND C; 2MJE A; 4MDK E; 2WXJ A; 2REX A; 5AZF A; 1L4Z B; 2DX5 B; 2MP2 B; 2DZJ A; 3RYT A; 2BKR B; 3SR6 A; 4HJG E; 4M8N A; 3C19 A; 3TJP A; 2IGH A; 3B2F A; 2BYT A; 2ON8 A; 2K39 A; 5KHQ A; 4DXG A; 4PS3 A; 4GSW A; 1TTN A; 4W9H A; 2WU5 B; 2KHW B; 2KFK A; 2L7R A; 4MT5 A; 4EEW A; 4PYU A; 3ALB A; 5J18 A; 3UQB A; 1FD6 A; 1C1Y B; 4F7Z A; 4TQ0 A; 5CHF A; 1WXQ A; 3U52 E; 4ZRI A; 1MI0 A; 2LHE A; 3ZNZ B; 1BUI C; 1F2R C; 2KJR A; 4ACF A; 4NQK E; 2GI9 A; 2R61 A; 1J7A A; 3RNF C; 3SFD B; 4WAF A; 3DWG C; 3AMZ A; 5H92 C; 3PRE A; 1FEH A; 5HHD G; 1NEK B; 4BVU C; 2BS3 B; 3Q3J A; 1HE8 A; 2W55 A; 2X8X X; 4DBG A; 3X23 A; 4KSK C; 1DGJ A; 3LXF A; 3NVV A; 4IG7 B; 1Q0W B; 1ZOY B; 1WJ4 A; 3FIL A; 4WAA A; 2KX3 A; 3W1S A; 3L0W B; 1EM7 A; 2BYF A; 3MFG A; 4KDL B; 1NI3 A; 4MJS A; 4ARC A; 2DYM A; 2FE8 A; 2HJ1 A; 3A1Q A; 1Y8R C; 1XCQ L; 4WWM A; 1VLB A; 4IDI A; 1WZ3 A; 2HTH A; 1PYW D; 3ZO5 B; 1QZE A; 2MQJ A; 4A6Q A; 2MBO A; 3QQ8 B; 4XYC A; 3RPF C; 1AAR A; 4FLH A; 1RWS A; 3B08 A; 1QQR A; 2XK5 A; 3DBL B; 3ZNI D; 2Y5B B; 1SJE D; 1WWT A; 3AE4 B; 4D2K A; 1E9M A; 1YQ3 B; 2D3G A; 4IWQ A; 2E6X A; 3M63 B; 3URY A; 4B95 A; 2M56 B; 1WX7 A; 2ZZP B; 2BVC A; 4F1S A; 4X57 B; 3LDZ E; 3PSE B; 5LNK 1; 2J0J A; 3A4S C; 4GXB A; 1TY2 A; 3TCA A; 3OJ4 B; 2OED A; 3VAW A; 4HPP A; 1C4P A; 1GJZ A; 3ONS A; 4DQO C; 3OG5 A; 3BIN A; 1WJN A; 4AOF A; 2WLB A; 5E6J A; 1FIQ A; 3AEG B; 2JXX A; 3DCG A; 3DVN U; 3M62 B; 2R2O A; 4LJP B; 4KX6 B; 2YEP F; 4JWU C; 1VR9 A; 1F1H A; 2PKO A; 3FC4 A; 3DPD A; 5AZG A; 4I6N B; 1KFY B; 2K5P A; 1MPE A; 2DYO A; 3NUH B; 3PGE A; 4R3D A; 1P7F A; 1WI0 A; 5E6O A; 2NTS A; 4MSQ B; 4M0W A; 2K22 A; 3DVG X; 3T9L A; 2KJH B; 2QHO A; 1T0R C; 2C5L C; 3KUC B; 2LJ5 A; 4ITK A; 5G2N A; 4W9E A; 4BOS C; 2H89 B; 2M0A A; 4M00 A; 2MWS B; 2BW2 A; 1LQB A; 2WDR B; 3R2I A; 3L13 A; 5EE1 A; 1ENF A; 2LMC A; 3M3J A; 1L0V B; 2GBR A; 2KMA A; 3P4P B; 3ZW3 A; 2IPK D; 4ZRQ A; 4ARI A; 3TEZ A; 2RSU A; 2N7D A; 2D3A A; 1WJ6 A; 3H7P A; 2RPQ A; 3VUX A; 3Q14 C; 3L17 A; 4RF0 A; 2JWU A; 1RAX A; 2NS5 A; 3R7R A; 4L1B A; 2ZW0 A; 3I5J C; 2G4D B; 3KH0 A; 4A3O A; 1GC7 A; 3B0A A; 1L2N A; 2BB5 A; 3EFU A; 5DPT A; 1WXV A; 2Y5P A; 1F2R I; 2EMS A; 2GLS A; 1D4B A; 1WFY A; 4JIO U; 2PW9 A; 3H6N A; 1K51 A; 1V6E A; 3U4E G; 3EC8 A; 1SGH A; 3N1X C; 1EF5 A; 4WJN A; 4RH6 A; 1WR1 A; 1L7Y A; 5AZH A; 3AE7 B; 3KWL A; 4DHJ B; 5D94 A; 3HIZ A; 3MP9 A; 5J2R A; 1L0X B; 4RGO S; 3ZIM A; 5BMH A; 2XBB C; 3VTU A; 2WDT B; 3PRZ A; 3NVY A; 2V3P A; 2DZI A; 3ZNG C; 1SE4 A; 3O65 B; 3PZ8 A; 2V3S A; 1ZP0 B; 1TS3 A; 2JZZ A; 3CST A; 3L4P A; 4II2 B; 4NAW B; 3QA8 A; 5IKC M; 2WDQ B; 4BKT A; 3N9Y C; 2VRR B; 4MEM A; 3ZTD A; 4ANV A; 4MH8 A; 3RUI B; 3RZF A; 3V60 A; 3WA0 A; 3ZDT A; 2PE9 A; 3AXC A; 2G4S A; 4LK0 M; 1WXA A; 4FJV B; 2GBN A; 2HE7 A; 2L05 A; 2KVZ A; 2IO1 B; 1E8Y A; 1SIJ A; 4J6I A; 4LDT B; 1WMH A; 4RM9 A; 1T0Y A; 3K9P B; 1C79 A; 1SE9 A; 2RMM A; 3AH7 A; 3DBR B; 1WXM A; 5DPS A; 4WWO A; 2LUM A; 5BYR A; 4K3C A; 1ISN A; 4CYE A; 2L0T A; 4FUL A; 2PEA A; 3A9K A; 4PS8 A; 2MEK A; 1XD3 B; 3U7D A; 1WGY A; 3KWV A; 4W9L A; 1E6E B; 1GAQ B; 3NVW A; 4HCP B; 5AUK A; 4MSM B; 4KIK B; 5C3J B; 3B9J A; 1HTQ A; 1CK1 A; 4PS7 A; 3WAN A; 2WGS A; 1DOY A; 4DDI D; 1EUV B; 2WX1 A; 2KWD A; 5D3I B; 4JLC A; 1L5P A; 3R8B A; 1K53 A; 2RDH A; 1JWB D; 5CHV C; 4YXD B; 3Q3N C; 2VH2 A; 3RNE C; 5C1Z A; 1FNW A; 2LVQ A; 4FHK A; 1P98 A; 1I7H A; 3GE8 C; 1V2Y A; 1KM7 A; 1KTK A; 2KN4 A; 4N6E B; 4P6V F; 2KT7 A; 4C7Y A; 2KOX A; 3DBH B; 1MG8 A; 4DXF A; 2C7H A; 3CSF A; 1WX9 A; 4OZC A; 5HG2 A; 3P4S B; 2JYT A; 3NS1 A; 2RR9 A; 2KC1 A; 3W5U B; 3CWI A; 1KH0 A; 2DYB A; 2LWP A; 1BT0 A; 1OTR B; 2L0F A; 3AV8 A; 2W9N A; 4FJZ A; 2DWQ A; 4RCO A; 3LB8 C; 2W3R A; 2L32 A; 2W82 A; 4A3P A; 5BYS A; 2JZP A; 1FPY A; 4N9F 4; 3K9O B; 3A9J B; 1VZ6 A; 2D10 A; 4BAX A; 2N9K A; 4JX1 C; 4OHJ A; 2NBW B; 2GBK A; 2J0K A; 3U2S C; 3V3X A; 3TUO A; 1C77 A; 3AN1 A; 2KLG A; 1UF0 A; 4HK2 A; 2V4I B; 3AE2 B; 3HVD A; 4TUU A; 2BWF A; 1FNV A; 3ABV B; 5L83 A; 3MTN B; 4K7W A; 1ET6 A; 3U8Z A; 3ZGZ A; 2QSD A; 3TL5 A; 2AL6 A; 3Q8B A; 3L16 A; 1P7E A; 1UD7 A; 1STE A; 3RFZ B; 1JRU A; 1XCT L; 4ICV A; 1I42 A; 2L1A A; 2V0G A; 1TIF A; 4QAY A; 4MAC A; 2XEW A; 3NHE B; 1OQR A; 2JU6 X; 3Q2A C; 1KJT A; 1PGX A; 4A20 A; 4JE3 B; 4PYZ A; 1JCK B; 3DBL I; 1MJD A; 5E6P A; 1V80 A; 4NAM A; 5DCN A; 1ESF A; 1EO6 A; 2M8S A; 1AYF A; 2LGD A; 4I6L B; 1E7P B; 3CIR B; 3MJW A; 3ZDM C; 4G50 A; 1YJ1 A; 2WX0 A; 3IG3 A; 2O2V A; 1JWU D; 2JT4 B; 3ECI A; 4EOY A; 4BBN C; 2KJ6 A; 4EZK A; 1PDX A; 1GOZ A; 3NG0 A; 4OVZ A; 1WGH A; 5G5G A; 3GZN B; 2J42 A; 4FAD A; 3GE3 C; 2MP2 A; 5L95 C; 4GIV A; 2WXM A; 3ZNH B; 1E5W A; 2K6Q A; 2D11 A; 2PVG C; 1SSN A; 1VZ7 A; 2AQ1 B; 1ZXI A; 4A9A A; 3TEX A; 1FFU A; 3VRB B; 1MVK A; 3HM6 X; 2NBV B; 3ZJU A; 2JF5 A; 4M01 A; 3GOE A; 4BKG A; 4XE0 A; 1MHH E; 1RRB A; 4C80 A; 1EWY C; 4B6W A; 3AUL A; 3BVM A; 2I1J A; 2K8C A; 1DOI A; 2BGF A; 2KVR A; 2LEK A; 3BZD B; 2LJI A; 3AE9 B; 4P1B C; 2I1K A; 2WXN A; 4C4V B; 2J0M A; 4IM0 A; 2BYE A; 3RUL A; 4W9K A; 4E74 A; 1MHX A; 3U7Z A; 1GG3 A; 4DHJ D; 2WXR A; 3UQA A; 3TSS A; 1RM6 C; 3Q8A A; 1B9R A; 2KMM A; 1FCL A; 1BML C; 4II3 B; 2K25 A; 3RNA C; 3PT2 B; 4NJ6 A; 2FCN A; 3DHI C; 1OGW A; 1TZ1 A; 3JSV B; 2E3T A; 3LJ3 A; 1XLP A; 2CHW A; 3DOW A; 2M17 A; 1E7V A; 1ZW7 A; 4ANW A; 3MC9 A; 1NYQ A; 5D2M B; 2N9L A; 1LM8 B; 2L00 B; 2D5G A; 3GS2 A; 2LVP A; 5T8I A; 1QOB A; 1YJI A; 2UU7 A; 4LCD E; 1WYW B; 3GB1 A; 3APF A; 1CZP A; 2DHZ A; 1WX8 A; 3R2T A; 1OFF A; 2DAF A; 3OWE B; 2KMC A; 1HZ5 A; 1WJU A; 2L8J A; 1WGD A; 5TR5 A; 4GB9 A; 3A4R A; 2W3S A; 4LDT D; 4MEL A; 1V1O A; 1TZO A; 1JWS D; 1P1A A; 4LTU A; 5JZE B; 4RGM A; 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2K9X A; 5D7G A; 3RCZ A; 3PRP B; 3I63 C; 2WWZ A; 1V86 A; 1XLO A; 1VJK A; 2WXH A; 3GP7 A; 4NQL B; 2WXL A; 1ACC A; 4IOI E; 1E8X A; 3VUY A; 1TS4 A; 2YVC A; 3AB5 A; 4NAW A; 3KUD B; 4FXC A; 2XK5 B; 2N1V A; 4IWP A; 2KAC A; 3R66 C; 1L6V A; 5C2T B; 4ICU A; 4C00 A; 3RMK C; 4Q2J A; 3FAH A; 2C9W B; 4ZDV A; 3QWZ B; 1CJE A; 3VUW A; 1T0Q C; 4PT5 A; 2QIL A; 1RYJ A; 2JUO A; 1I4P A; 5CHW A; 4NPN A; 3QC8 B; 5JH5 C; 3N32 A; 3Q69 A; 3DBS A; 3PTF C; 1T0S C; 4RMA A; 3OAW A; 1N61 A; 4DHZ E; 2J7Q B; 3BY4 B; 4A90 A; 3N1Z C; 1IBX B; 2LGX A; 3VR9 B; 4GDK B; 2Z0E B; 4HPL B; 2FNJ B; 3IFW B; 4AS1 A; 1T5X D; 3I57 A; 4EFO A; 2ZNV B; 2ZVN A; 2I2Y A; 4HCN B; 2IO2 B; 2KWC A; 3UIN B; 4CQN A; 1XQQ A; 4YL8 A; 2EEL A; 1NDD A; 1OEY A; 3A33 B; 2KQS A; 3VQI A; 4KGR A; 3DVG Y; 4DWF A; 4B0E A; 4ZRK A; 3GZN I; 5JHA A; 4YTN B; 3UIP B; 4HPM B; 3ML8 A; 5JXV A; 4F8C B; 5IP4 D; 1DYQ A; 4KSL C; 1M94 A; 1X1M A; 2JY6 A; 5EE0 A; 5HFY A; 1B1Z A; 2MLB A; 2ZVO A; 3HHM A; 4WQM A; 2KDE B; 5DPR A; 1I4G A; 2AQ2 B; 3ZUN A; 4MGY E; 3ZKJ C; 2RDB C; 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