The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.
Total Genus |
15
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sequence length |
70
|
structure length |
70
|
Chain Sequence |
TPEEPKEEVTIKVNLIFADGKIQTAEFKGTFEEATAEAYRYAALHAKVNGEWTADLEDGGNHMNIKFAGK
|
The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.
After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.
| publication title |
Different crystal packing in Fab-protein L semi-disordered peptide complex.
pubmed doi rcsb |
| molecule tags |
Immune system
|
| source organism |
Finegoldia magna
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| molecule keywords |
Capsid protein C
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| total genus |
15
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| structure length |
70
|
| sequence length |
70
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| chains with identical sequence |
M
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| ec nomenclature | |
| pdb deposition date | 2004-09-03 |
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
| Class | Architecture | Topology | Homology | Domain |
|---|---|---|---|---|---|
| Alpha Beta | Roll | Ubiquitin-like (UB roll) | Ubiquitin-like (UB roll) |
#chains in the Genus database with same CATH superfamily 2LHD A; 1MVK A; 4D2K A; 2KN4 A; 1P7F A; 1XCQ L; 1YNT E; 5HFY A; 4GLS C; 5BMI A; 2EEL A; 1MHH E; 2NMQ A; 1XF5 L; 2ON8 A; 4HJG E; 1K50 A; 1MPE A; 4WH4 A; 2KQ4 X; 1PGX A; 5BMH A; 2JSV X; 1IGD A; 4KGS A; 1FD6 A; 2RMM A; 3V3X A; 3FIL A; 4OZC A; 2QSD A; 1IBX A; 2QMT A; 2I2Y A; 1QKZ A; 1HZ5 A; 1HZ6 A; 1JML A; 2PTL A; 1MHX A; 3FIL B; 4KGT A; 1EM7 A; 2JZP A; 2IGG A; 3MP9 A; 1IBX B; 2IGH A; 4KGR A; 1PGA A; 1XCT L; 4IOI E; 1P7E A; 2JWU A; 2IGD A; 1UWX A; 2KWD A; 2PLP A; 2JXT A; 1ZXH A; 2I38 A; 1Q10 A; 1K52 A; 2N7J A; 5BMG A; 2GI9 A; 4IKG A; 1PGB A; 2J53 A; 3GB1 A; 1FCC C; 1K51 A; 2ZW1 A; 4MAC A; 2GB1 A; 2LGI A; 2ONQ A; 2PW9 A; 5JXV A; 4HKZ E; 2LUM A; 1FCL A; 1HEZ E; 5HI1 A; 1F2R I; 2KDM A; 2OED A; 1F2R C; 3UI3 A; 2N9L A; 4OZA A; 1D4B A; 2LHE A; 5HG2 A; 2J52 A; 1KH0 A; 2RPV A; 4OZB A; 2KAC A; 1YMH E; 2K0P A; 1K53 A; 1MI0 A; 2N9K A; 5HHD G; 1IGC A; 1GB4 A; 2JU6 X; 1C9F A; 1GB1 A; 2ZW0 A; #chains in the Genus database with same CATH topology 2LHD A; 2V4I B; 3X23 A; 4REZ A; 4D2K A; 5LXH A; 2L76 A; 1LFD A; 1N61 A; 3KQ4 A; 3DOW A; 3GS2 A; 2WXR A; 2CHX A; 1MJD A; 5CTR C; 1YOV B; 3DVG Y; 3PS6 A; 2KDF B; 3ZLZ A; 2BB5 A; 4MGY E; 3QAQ A; 4WWN A; 5BYR A; 4CQN A; 4WH4 A; 3MJW A; 4NQK E; 1JCK B; 2IJ0 A; 2L52 A; 1D5X C; 1YQ3 B; 2WGS A; 4GDL B; 3PHX B; 2EMT A; 3PZ8 A; 4OZC A; 4B6W A; 4IWP A; 2IO3 B; 2L32 A; 3H7P A; 1WRI A; 1UEL A; 1MFW A; 4GN1 A; 4KGT A; 3DHG C; 2MJE A; 2LJ5 A; 1E7P B; 1L6V A; 4M00 A; 3VRA B; 3V60 A; 2DBY A; 4M0W A; 1WWT A; 1CZP A; 1N63 A; 2RSU A; 2BWE S; 3N1Z C; 2BWF A; 1PFD A; 3Q6B A; 3AU4 A; 4FJV B; 1JRP A; 5AUI A; 1RM6 C; 3U7D A; 1OTR B; 2ASQ A; 2INC C; 4EUT A; 1SB3 C; 3VAW A; 3A4S C; 3VR9 B; 2W9N A; 2HTM E; 3BVM A; 1WFY A; 4RGT A; 2FID A; 2PVG C; 5EE1 A; 3KUZ A; 2QEJ C; 1R4M B; 4AJW A; 2KNB A; 2KWV B; 4W9K A; 3NS1 A; 1I4Q A; 3IAS 1; 2KFJ A; 3OWE B; 3DHI C; 2L1A A; 1GB4 A; 3KH0 A; 3ZIM A; 1JWA D; 2IGD A; 3KW5 B; 4B95 A; 3VHT C; 3B2G A; 3W5U B; 1JWU D; 3WAO A; 1AW7 A; 3BYY B; 1MHH E; 1YX5 B; 3DBL B; 2N7E A; 3IXS A; 4YTN B; 2KOX A; 4GDK A; 4AJY B; 4I6L B; 1JRO A; 5EE9 A; 1QT9 A; 1NYQ A; 3DBR I; 2K6Q A; 2E3T A; 1ET6 A; 5BMH A; 2RDG A; 1WE6 A; 2BS2 B; 1YX6 B; 1B1Z A; 3M62 B; 4KIK B; 4AP4 C; 4K3B A; 2GBK A; 2LXC A; 2M4N A; 4BOS C; 3NJT A; 1QIL A; 3ALB A; 2FNJ B; 2BKF A; 4CHK A; 4WWM A; 1J19 A; 2WX1 A; 2A5U A; 2G45 B; 4QAY A; 3ZJU A; 5GXG B; 4DHZ E; 3L54 A; 4WWP A; 2DZK A; 2GLS A; 3L17 A; 1C4P A; 2FUG 1; 2IZV B; 2WXM A; 3Q3M C; 1K52 A; 4DXG A; 2LGY A; 2GI9 A; 2XEW A; 1OGW A; 4FAD A; 2WXO A; 3DBH B; 2R2O A; 1DOY A; 3I5J C; 4J6I A; 4K7S A; 3RZF A; 4GSW A; 4IM2 A; 4WQO B; 3W2D A; 4ZHO A; 4K3C A; 2N1V A; 2BYT A; 3B0A A; 1C3T A; 3RYT A; 1D4B A; 4JX1 C; 3R66 C; 1ZXI A; 2ZPN A; 1Q5W B; 1WGY A; 4EZK A; 2WXJ A; 2WS3 B; 1P1A A; 1V1P B; 1YIW A; 2DZI A; 3QAR A; 1EO6 A; 4C80 A; 4IDI A; 4HLE A; 4NNJ B; 4ACF A; 2QIE B; 1WYG A; 5E6P A; 1VZ6 A; 3MTN B; 1JQ4 A; 4A6Q A; 2DWQ A; 4C7Y A; 1PUT A; 3RNB C; 4LDT D; 1NI2 A; 4B9K A; 3AE9 B; 4HKQ A; 2DX5 B; 2KJ6 A; 3ENE A; 4DHJ B; 1QQR A; 4TSS A; 3ZKJ C; 4NAW A; 4EKU A; 1QOG A; 4C4V A; 2XNA C; 4RF1 A; 1JRU A; 1Q1O A; 1VLB A; 1WXQ A; 4ZOH C; 3X0W A; 3OG5 A; 4I6N B; 4B0M A; 1WRD B; 4ANU A; 4ZYN A; 1J7A A; 1FNV A; 3W5V B; 1FRR A; 1N6Z A; 2KWD A; 1WR1 A; 3C8Y A; 3JSV A; 4FN2 A; 5AEK B; 2KQS A; 3QA8 A; 1F77 A; 3U4E G; 2KXJ A; 1KLU D; 2XK5 A; 3HUI A; 2WXI A; 2KDI A; 3SR6 A; 2I1K A; 1GNU A; 4BBN F; 1EU4 A; 1WXS A; 3H8H A; 5C2T B; 3R2I A; 4JL9 A; 3BK1 A; 5TR5 A; 3DQV A; 4YSZ B; 1VR9 A; 2JY6 A; 1E7V A; 2FBW B; 1QOB A; 2RPV A; 4XDD A; 3LB8 C; 3AU5 A; 3U7Z A; 2WHI A; 3UQB A; 1I4H A; 3QX1 A; 2LVQ A; 2JZZ A; 1SBB B; 3IT6 B; 3S2A A; 4MDK E; 1MVK A; 4LNO A; 1VD2 A; 3AEG B; 1A70 A; 2MEK A; 2KTR B; 4JIO U; 1SJE D; 4RNA A; 1Y8R C; 3RT3 B; 1C79 A; 1UZX B; 2BQQ A; 3N30 A; 1SIJ A; 1V80 A; 1TT5 B; 1V97 A; 2JYE A; 2M0X A; 4GDL A; 1KFY B; 2MHJ A; 5C23 A; 1UNS A; 4UDU C; 2VZK B; 1E7U A; 3ZYY X; 3TEZ A; 1HZ6 A; 1WGR A; 3MP9 A; 5IO9 A; 3M95 A; 4N6E B; 4P16 A; 3GZN B; 3CWI A; 1J7C A; 2NBV B; 5JH5 C; 3NVY A; 4IW0 A; 4K81 A; 1WY8 A; 3CF6 E; 1NYR A; 4CO7 A; 3Q3J A; 3QQ8 B; 4PYU A; 4FHK A; 3AEB B; 5D94 A; 4YTM B; 1WI0 A; 4M8N A; 2KC2 A; 3C0R B; 1KF6 B; 2AQ3 B; 1P3Q U; 2ZZP B; 2YEP B; 4YSY B; 5FR6 A; 3V05 A; 1D5M C; 2IY1 B; 1PQS A; 1HE8 A; 2LUM A; 2I1J A; 2PE6 B; 1FCL A; 5FKA C; 1VDV A; 3P4R B; 2MP2 B; 2NTT A; 1ZE3 D; 3RCZ A; 2MBB B; 4TUU A; 2GMI C; 4BBN C; 2V9H A; 4NQL B; 1WGG A; 2XN9 C; 2WNM A; 4HEA 1; 1YMH E; 3BK2 A; 2C7H A; 3Q3N C; 3IHP C; 3ML8 A; 2PMV A; 2N9K A; 2JU6 X; 3BYT B; 3ZXR A; 1YN3 A; 1M94 A; 3OJ4 B; 2M17 A; 1WJU A; 5D2M B; 2LZ6 A; 3VVW B; 3B08 A; 4GLS C; 4PT5 A; 1TKY A; 3P63 A; 4F7Z A; 3KWL A; 3RMK C; 2JYT A; 4ITK A; 2C5L C; 1E5W A; 2VH1 A; 4FLH A; 1SE2 A; 4RGM A; 3AEC B; 3VH3 B; 2BYF A; 1EF5 A; 1WZ3 A; 3NVW A; 3VUY A; 3AEE B; 2JQR B; 4KIK A; 4HRO A; 1SE9 A; 4MT5 A; 3UGB B; 3MFG A; 4JQW C; 1F1H A; 2J4X A; 1YJ1 A; 2LGD A; 1KRH A; 3VRB B; 1IBX B; 2KZR A; 1HTO A; 3PRE A; 2IGH A; 1ZKH A; 1QLB B; 1UH6 A; 1EWC A; 4URK A; 5DPW A; 1SGH A; 4R3D A; 2UWQ A; 1GOZ A; 5HKH A; 4A9A A; 1H8C A; 2DZM A; 1FXI A; 1TS2 A; 1ZW7 A; 2W55 A; 1KOT A; 3O13 A; 3QCA A; 1QOF A; 4XZ4 A; 4RMA A; 3ZRF A; 1V49 A; 2ZNV C; 1ACC A; 3OJ3 A; 2O6V B; 1FM0 D; 1PDX A; 3PZ7 A; 3VR8 B; 4W9G A; 4LJP B; 2KDM A; 1FNU A; 1OEY A; 2WDQ B; 3RNC C; 2QC8 A; 2MJ3 A; 2Z8L A; 3VUW A; 2Y5C A; 5IN7 A; 2RD0 A; 1V1P A; 3PLV A; 3FKY A; 1B9R A; 3PHW B; 3SU8 X; 2D11 A; 3DWG C; 4NJ7 A; 2FCS A; 5HHD G; 3WCQ A; 2EKE C; 1TY2 A; 3ZNG C; 2KN5 A; 1XQQ A; 1FFV A; 2KX0 A; 3UF8 A; 1R4N I; 4MJS B; 2N0S B; 3AM9 A; 2AQ1 B; 2LWP A; 1WF9 A; 2CHZ A; 1STE A; 2Z0D B; 5J17 A; 1EUV B; 1XLN A; 2BBC A; 3I57 A; 1XLQ A; 2Y3A A; 4A3O A; 4DBG A; 1F52 A; 3JW0 X; 3K9O B; 2GRI A; 2QDF A; 4P1C C; 4BKG A; 2GOW A; 1AYF A; 2FE8 A; 1RWS A; 1NEK B; 3T9L A; 2WDT B; 3FIL B; 1UBI A; 2N7D A; 4WJO A; 1Q0W B; 3HVD A; 4A3P A; 1Z5S B; 2N9X A; 3ZTC A; 1JW9 D; 2BF8 B; 5C1Z A; 3RN9 C; 3N1Y C; 5KHO A; 2BYV E; 4HCN B; 2KLC A; 2WXG A; 3RUL A; 1L6U A; 1TS4 A; 2L7R A; 4II2 B; 1E8Y A; 1WXA A; 2N7J A; 2QIL A; 1SEB D; 5G5H A; 2CU1 A; 2K9X A; 3TL5 A; 1I42 A; 3AI5 A; 2JXX A; 1L2N A; 1V8C A; 1MG4 A; 1I35 A; 4K7U A; 5LNK 1; 2J0J A; 3M3J A; 3VXW A; 1HEZ E; 2LFI A; 3B2F A; 2KX3 A; 2D10 A; 3Q3F A; 3C19 A; 3NOB A; 2N9L A; 4OHJ A; 3HM6 X; 1UF0 A; 1WGD A; 4KKI A; 4C56 C; 2K8C A; 3N32 A; 4LCD E; 3W1S C; 3DVN U; 1T0S C; 2WLB A; 1ZDX A; 3MC9 A; 4DHZ B; 5DPR A; 1NEN B; 2Z0E B; 1J8C A; 4MEL A; 2DAF A; 1FPY A; 4YWG G; 4RM9 A; 3EUB 2; 2EEL A; 3TEW A; 5GMV A; 3U2S C; 1WH3 A; 4HJG E; 2LMC A; 3MC8 A; 3GE8 C; 3NVZ A; 2KDE B; 4KGS A; 4ANW A; 1D6E C; 1DOX A; 2W3S A; 4IM3 A; 2BVC A; 4M01 A; 1QKZ A; 1T5X D; 1QOA A; 2JZP A; 4WIP A; 2Z59 B; 1UGJ A; 2M19 A; 3SDL C; 1D3Z A; 4ZRI A; 2CS4 A; 2NBW B; 5FK9 C; 4ZHP A; 4US8 A; 1TKE A; 1TS3 A; 5D3D A; 1AAR A; 3QWZ B; 3RUI B; 3H6N A; 3I9V 1; 1E8X A; 4ICV A; 5DCN A; 1LO5 D; 2KLG A; 5E6J A; 2JXT A; 2L3Z A; 2DYB A; 2K6D B; 3RD2 A; 2WU5 B; 4KX6 B; 2OOB B; 3ETR A; 1UD7 A; 5AUK A; 1FCC C; 1WX7 A; 2E6X A; 2IDY A; 4W9J A; 2ONQ A; 1U4A A; 2W3R A; 2KFK B; 3ZQ4 A; 2MP2 A; 2V3S A; 4ICU A; 2BW2 A; 3HRD D; 1KTK A; 1V81 A; 2GBM A; 4YT0 B; 5T8I A; 4W9L A; 4KZC A; 4OZB A; 1C4A A; 3NY5 A; 2YLM A; 1IPG A; 3AH7 A; 5H8Y E; 1GJZ A; 4JGH B; 3IVF A; 3TBL D; 5DPT A; 2BT6 A; 3U8Z A; 4IWQ A; 2G1E A; 1TY0 A; 1G6J A; 5EE0 A; 5BO4 B; 2CU3 A; 2K8B A; 2IBI B; 3P4S B; 4L1B A; 3SFE B; 2M56 B; 2LUE A; 4NZL B; 4OVZ A; 4LNI A; 4TQ0 A; 3T3N A; 3U52 E; 2V1Y A; 2D3G A; 4HPP A; 4US9 A; 1ET9 A; 2AL6 A; 4FJZ A; 3ZUN A; 3TEY A; 4WWO A; 1DYQ A; 2LVO A; 4IUM B; 1J7B A; 2DAJ A; 3QIJ A; 2INP E; 1IBX A; 3FC4 A; 2QMT A; 2D2Q A; 4ANV A; 2GBN A; 1EF1 A; 3LXF A; 1JWB D; 2BYE A; 3DVG X; 1EU3 A; 4A20 A; 4E3C A; 3NZU A; 3CIR B; 1P7E A; 3DBR B; 3H7S A; 4EOY A; 1ENF A; 2AYO B; 3PLU A; 1MG8 A; 1YQB A; 4KV2 A; 3SD5 A; 4W9E A; 4W9I A; 3RNA C; 4GMV A; 2MQJ A; 3HM3 A; 2IYD B; 2O6V A; 4IKG A; 2BTE A; 1LXD A; 3L4P A; 1PGB A; 3AUL A; 2C7N B; 3GB1 A; 2MCN B; 1K51 A; 1WGH A; 1X1M A; 3AE2 B; 2GB1 A; 1L4D B; 2MX2 A; 2PW9 A; 4FA6 A; 4JLC A; 2N9P C; 1BXT A; 3JVZ X; 3OAW A; 3ZGZ A; 1KLV A; 4M02 A; 1F2R I; 3AE8 B; 1I4R A; 2O2V A; 3R7Q A; 4II3 B; 1QF6 A; 2TSS A; 3A9K B; 2K5P A; 5CHF A; 2J52 A; 2NBU A; 1IUE A; 2ZVO A; 1HTQ A; 2ZNV B; 1NI3 A; 4NY0 A; 4BAX A; 3RNE C; 5CX3 A; 3SFD B; 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4N59 A; 4FXC A; 1T0R C; 2CR5 A; 2K3U A; 3N1X C; 2D3C A; 3VTV A; 1FD6 A; 2AX5 A; 4O1N A; 1OQR A; 3PO0 A; 2KC1 A; 2ZEQ A; 3ECI A; 3AE7 B; 4TMA B; 4EZJ A; 2KAJ A; 3O65 B; 4RGN A; 4XC2 A; 4RH6 A; 1SSN A; 1RLF A; 3HHM A; 1E10 A; 2ZCC A; 2M0A A; 1E8Z A; 4ZRK A; 4MEM A; 2IO2 B; 1FO4 A; 1E9M A; 1ROE A; 3WIM A; 2UU7 A; 1V5O A; 1T6B X; 2NPT B; 4MH0 E; 3NRZ A; 2D3A A; 2EKI A; 5CHV C; 3FAH A; 3SEB A; 2WXP A; 2DNF A; 2I38 A; 3AED B; 3TSS A; 5EDS A; 4LDT B; 3EFC A; 1LGR A; 4G0N B; 3MHS D; 4S17 A; 4EEW A; 2KFK A; 3A4R A; 3LJ3 A; 1AN8 A; 1JWS D; 1E6E B; 2QJL A; 3DBS A; 1TZ1 A; 4H2A A; 2HE7 A; 4FJY A; 4JE3 B; 3UIP B; 2L0F A; 4A8X C; 4YSX B; 4AS1 A; 4MSM B; 2RPQ A; 1S1Q B; 2HJ8 A; 4PK1 A; 2JPH A; 3P4Q B; 1E0Z A; 2KAC A; 2VRR B; 2YVC A; 4DXF A; 3EC8 A; 1K53 A; 2LRU A; 4W9C A; 3VTU A; 2JRH A; 2JF5 A; 2KKC A; 3JYU A; 3A1Q B; 1UGM A; 4GXB A; 2GBJ A; 3J9C A; 3KUC B; 3RFZ B; 2MJD A; 4L2Y A; 5G5G A; 4NAW B; 4BKS A; 1OQQ A; 4EE2 A; 2INN E; 3TUO A; 2NMQ A; 3RZW C; 3ZNI D; 2MSE D; 3PVL A; 1WZ0 A; 2WXL A; 2B3A A; 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