The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.
Total Genus |
15
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sequence length |
70
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structure length |
70
|
Chain Sequence |
TPEEPKEEVTIKVNLIFADGKIQTAEFKGTFEEATAEAYRYAALHAKVNGEWTADLEDGGNHMNIKFAGK
|
The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.
After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.
| publication title |
Different crystal packing in Fab-protein L semi-disordered peptide complex.
pubmed doi rcsb |
| molecule tags |
Immune system
|
| source organism |
Finegoldia magna
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| molecule keywords |
Capsid protein C
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| total genus |
15
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| structure length |
70
|
| sequence length |
70
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| chains with identical sequence |
M
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| ec nomenclature | |
| pdb deposition date | 2004-09-03 |
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
| Class | Architecture | Topology | Homology | Domain |
|---|---|---|---|---|---|
| Alpha Beta | Roll | Ubiquitin-like (UB roll) | Ubiquitin-like (UB roll) |
#chains in the Genus database with same CATH superfamily 2KQ4 X; 4KGS A; 2ZW0 A; 1K53 A; 1ZXH A; 1YMH E; 3FIL B; 2I2Y A; 1EM7 A; 2JWU A; 1Q10 A; 2J52 A; 2NMQ A; 2OED A; 2ZW1 A; 1K52 A; 2IGG A; 2K0P A; 1HEZ E; 4HKZ E; 4KGR A; 4IKG A; 2PW9 A; 2KAC A; 1IGD A; 1PGX A; 1XCT L; 4OZA A; 1C9F A; 1PGB A; 1XCQ L; 4IOI E; 4OZB A; 1XF5 L; 2PTL A; 3FIL A; 5HG2 A; 1QKZ A; 1P7F A; 5BMI A; 1IGC A; 1IBX B; 2JXT A; 1P7E A; 4WH4 A; 2JU6 X; 2PLP A; 2EEL A; 2QMT A; 4OZC A; 2JZP A; 1FCC C; 1F2R C; 3V3X A; 1MHH E; 2LHD A; 2JSV X; 2LUM A; 2N9K A; 1JML A; 2LHE A; 2ONQ A; 1YNT E; 2GB1 A; 2KWD A; 2KN4 A; 2N7J A; 1MHX A; 4GLS C; 1MVK A; 5HFY A; 1FCL A; 2QSD A; 1K50 A; 5BMH A; 1MPE A; 2LGI A; 4KGT A; 1PGA A; 2RPV A; 4HJG E; 1D4B A; 2J53 A; 1UWX A; 5HHD G; 1GB1 A; 1IBX A; 1HZ5 A; 1K51 A; 2KDM A; 1KH0 A; 2GI9 A; 3UI3 A; 4D2K A; 3MP9 A; 1FD6 A; 3GB1 A; 2ON8 A; 1MI0 A; 2N9L A; 1HZ6 A; 2RMM A; 1GB4 A; 5BMG A; 4MAC A; 5HI1 A; 5JXV A; 2IGD A; 1F2R I; 2I38 A; 2IGH A; #chains in the Genus database with same CATH topology 3VUY A; 1WZ3 A; 3QJZ A; 3JW0 X; 2JVC A; 1C1Y B; 2MBH A; 1N6Z A; 1MJD A; 3PT2 B; 4TUU A; 3GOE A; 1L6V A; 1XLO A; 2A5U A; 1V2Y A; 2MCN B; 2N7E A; 1HEZ E; 2PKO A; 4IKG A; 4HPP A; 3GS2 A; 2AEH A; 2ASQ A; 3DBR B; 3FIL A; 1MG4 A; 5HG2 A; 2KNB A; 5L83 A; 1V1P A; 5BMI A; 1HA5 A; 1IGC A; 2NCN A; 2M56 B; 1IBX B; 1WYW B; 2V0G A; 1F77 A; 1OEY J; 4WWN A; 4RM8 A; 2BYV E; 3H1U A; 3DHI C; 1SIJ A; 3RZF A; 1JWU D; 3PV1 A; 3H6N A; 2GBJ A; 1ZOY B; 3JYU A; 4II2 B; 2FUH B; 5MPO A; 3A9J B; 3M95 A; 2RR9 A; 4ZDV A; 3VRB B; 4ANW A; 3TEY A; 4JL9 A; 5JHA A; 2IDY A; 1MVK A; 2K3U A; 3BZD B; 1YX6 B; 3O13 A; 1NI2 A; 1K50 A; 1T0Q C; 2PEA A; 2MBO A; 3AEB B; 4KGT A; 1P3Q U; 2K39 A; 2KAJ A; 3NS1 A; 3PRE A; 4II3 B; 5LXI B; 4ANV A; 5KHO A; 2IJ0 A; 1JRP A; 1R4M I; 3X23 A; 2G9H D; 3WAN A; 3TMP B; 3UF8 A; 4ICU A; 3B1L X; 1UWM A; 2WXM A; 2KLG A; 3ZKJ C; 2NTS A; 1WGY A; 4DXF A; 1MI0 A; 1C4C A; 1RLF A; 1ZP0 B; 5BMG A; 2J4X A; 2FCQ A; 1XQQ A; 3U4E G; 4NY0 A; 2WHI A; 1UBQ A; 3BIN A; 2DEN B; 3WCQ A; 2CKH B; 2PVO D; 1H4R A; 3BK1 A; 2KAN A; 2VZK B; 4NJ7 A; 4G11 A; 2DX5 B; 3PS6 A; 2FAZ A; 1P0R A; 2RD0 A; 1K52 A; 4WAF A; 1SXT A; 2CR5 A; 3UGB B; 3V6C B; 4B0M A; 2IND C; 2RDH A; 5G2N A; 2DLB A; 2HTM E; 3IAM 1; 3V6E B; 2DBY A; 2HE7 A; 1XLP A; 3A1Q A; 4FXC A; 4BAX A; 3PHX B; 1FXI A; 2LFI A; 2BYF A; 1PDX A; 2JU6 X; 2J0J A; 2V3N A; 3PPA A; 4LK0 M; 1TKG A; 3EEC A; 3I63 C; 3ZRF A; 2V4I B; 2R2Q A; 1WJN A; 1ZDX A; 1UD7 A; 3AE2 B; 2X38 A; 1Z2M A; 1GNU A; 1JML A; 2N9K A; 4YT0 B; 4W9F A; 2OJR A; 1YNT E; 2WX1 A; 4MSQ B; 4W9H A; 4ZHP A; 2MP2 B; 4GLS C; 5DPS A; 3DDC B; 4IM3 A; 2KFK A; 2IYD B; 4HPM B; 4BKG A; 1WZ0 A; 4P7I A; 3ABV B; 3MC0 B; 3P4Q B; 2W54 A; 2LI5 A; 1I4P A; 2DWQ A; 3AEA B; 4OVZ A; 2DNF A; 1ZUD 2; 4YSX B; 2CHZ A; 1WX7 A; 3ZDM C; 2ZZP B; 2LAS A; 1JQ4 A; 3N1Y C; 1DOI A; 4TQ0 A; 4KSK C; 5LLI A; 2WU5 B; 1D5M C; 4EEW A; 4ITK A; 4YSY B; 2Z0E B; 4HRS A; 4TQ1 A; 1F52 A; 2IY1 B; 1TS3 A; 3AED B; 2IGH A; 1XD3 B; 2WNM A; 2XK5 A; 2KDI A; 2CHX A; 3QX1 A; 1JWS D; 4E71 A; 4K7W A; 3U7Z A; 4RFB A; 4PS8 A; 3V62 A; 1QOB A; 2EMS A; 3ZGZ A; 2BT6 A; 1Z5S B; 2G4S A; 4LTU A; 1L0V B; 3ZO5 B; 4C4V A; 3ZIM A; 3SR6 A; 2LJ5 A; 2W55 A; 4KIK A; 2PE6 B; 3AE8 B; 2KMC A; 4G3X B; 4EZJ A; 3DOW A; 1P7F A; 3P4P B; 4FHJ A; 3RCZ A; 1YN5 A; 1MG8 A; 3HIZ A; 3P4R B; 4FA6 A; 2V4L A; 4M8M A; 1WGH A; 3UIO B; 1AWD A; 3QK0 A; 2EEL A; 3S2A A; 3BVZ A; 3SFE B; 3P2B A; 4XGA B; 3B0A A; 2WDV B; 1HE8 A; 1HTO A; 1T0Y A; 3T9L A; 1XXG A; 2K6D B; 4I6N B; 4BBN C; 4FJY A; 1OQQ A; 4FJV B; 4WWP A; 2I1J A; 3K9P B; 4LDT D; 2KX0 A; 3DBH I; 1FIQ A; 5LXH A; 4GOC A; 3OWE B; 2D3G A; 3PLU A; 2UYZ B; 3VH4 B; 1V1O A; 4AQ7 A; 3B9J A; 1ZDV A; 2L76 A; 2BS2 B; 1QOA A; 1UEL A; 2H88 B; 2YEP B; 5IO9 A; 1TGZ B; 4XE0 A; 4YSZ B; 2NBW B; 2AL3 A; 4GDL A; 4L2Y A; 1WE7 A; 2BWF A; 2FBW B; 3EFC A; 4B95 A; 1VZ8 A; 3NUH B; 2JYT A; 4A90 A; 4EOY A; 2JRI B; 2WXH A; 2AQ1 B; 4EE2 A; 2KTR A; 3Q14 C; 2LD9 A; 2L0F A; 3SHQ A; 1G6J A; 3TEW A; 3KUZ A; 1TYG B; 3CMM B; 1E90 A; 1E7U A; 4W9L A; 1F1H A; 1QOG A; 3HHM A; 3HUI A; 5CHV C; 1GUA B; 2PJH A; 4EKU A; 4IOI E; 1CZP A; 1TKE A; 4MEM A; 1I42 A; 4RGN A; 2Z8L A; 2ZJD A; 5BYR A; 3W1S A; 2MBE A; 3I5J C; 3NG0 A; 4N59 A; 3ZW3 A; 1ET9 A; 4FBJ B; 1L0X B; 4TMA B; 1R4N I; 3N9Y C; 3N1Z C; 2W3S A; 2SAK A; 2Y5P A; 1Q0W B; 3H7P A; 4US9 A; 3HVD A; 4O1N A; 2VH1 A; 2O6V B; 4MT5 A; 3RNE C; 3N32 A; 4TSS A; 3KUD B; 5DPW A; 2HJ1 A; 3OAW A; 3SD5 A; 4F8C B; 2AL6 A; 4K7S A; 4I6L B; 3MJW A; 4WQO B; 4ACF A; 1V8C A; 3MFG A; 3DWG C; 1WXV A; 4ARI A; 3QIJ A; 2KKC A; 2MHJ A; 2V9H A; 4NNJ B; 1N60 A; 1PFD A; 4G0N B; 4KX6 B; 1VJK A; 4N9F 4; 2DZM A; 4MAC A; 3APF A; 3B2G A; 4DHZ E; 4BOZ B; 2JZ3 B; 3URY A; 1P98 A; 4WWO A; 3W5V B; 2L83 A; 4J6I A; 2K8H A; 3ZJV A; 4IDI A; 2Z0D B; 2L0T A; 2LGY A; 3ZUN A; 4IWO A; 3Q8B A; 1D6E C; 1NDD A; 1OTR B; 2W3R A; 2IGG A; 1E0Z A; 4OHJ A; 4HKZ E; 2ZEQ A; 1P1A A; 3RZW C; 2TSS A; 3N30 A; 3UQA A; 4IM2 A; 2BYE A; 1WSP A; 4DDG D; 3TJP A; 1WX8 A; 3ALB A; 3CF6 E; 2K8B A; 3T3N A; 1IYF A; 4IM0 A; 2EKI A; 3DBL B; 3HRD D; 4YTP B; 4KV2 A; 3PRP B; 3RN9 C; 2M0A A; 3VTW A; 1FM0 D; 1F2R C; 1F9J A; 4C56 C; 1UGM A; 2V3S A; 3QA8 A; 4GN1 A; 1J7A A; 3BK2 A; 5D3D A; 3DBR I; 2ZCB A; 1FFV A; 1WGR A; 2AQ2 B; 4E74 A; 3PHW B; 3I57 A; 3ZQ4 A; 2J53 A; 2OOB B; 4RF0 A; 5HHD G; 3HM6 X; 1CMX B; 4GMV A; 4KZC A; 3LJ3 A; 3ZLZ A; 1SE2 A; 3AB5 A; 5CX3 A; 3RNB C; 1D3Z A; 4HVB A; 1HTQ A; 3GB1 A; 3CST A; 1GB4 A; 3GP7 A; 2RPQ A; 1SIF A; 1I35 A; 2C7M B; 2L52 A; 1VZ6 A; 4R3D A; 1XO3 A; 1OGW A; 3W5U B; 3KLS X; 4B0E A; 4K3B A; 4XDC A; 1EM7 A; 3EFU A; 3QAQ A; 2KHW B; 1QT9 A; 4BFR A; 2JXX A; 4ZRK A; 3JSV B; 5IOI A; 2J0K A; 3BYY B; 4OZB A; 1D5Z C; 4NQL B; 3V60 A; 3L17 A; 2JUO A; 2W82 A; 4CHK A; 2XBB C; 2J0M A; 2UU7 A; 3L08 A; 4KZ0 A; 1FPY A; 1X1M A; 4YL8 A; 2KVR A; 2WX0 A; 1UZX B; 2MW5 A; 2N9P C; 3KWL A; 5L95 C; 2DZK A; 1WX9 A; 2FCM A; 1AW7 A; 3W2D A; 5FR3 A; 3AE7 B; 1QIL A; 2Y5B B; 1QZE A; 3NHE B; 1JRO A; 2Y5C A; 1FEH A; 2KN4 A; 2V3P A; 4FN2 A; 2O6V D; 1WF9 A; 2REX A; 1SSN A; 1WRI A; 2KLC A; 3PRM B; 3EUB 2; 2BB6 A; 1F0Z A; 3APD A; 1IUE A; 3CWI A; 2WDT B; 4HCP B; 2C7H A; 4A3O A; 1NYR A; 2K22 A; 2WGS A; 4N58 A; 1EO6 A; 4XYC A; 3UI3 A; 2NVU I; 4LDT B; 3KYD D; 1L4Z B; 3PLV A; 1BXT A; 1CQV A; 4ZYS A; 1I4Q A; 3AEE B; 5JHB A; 3AM9 A; 2DZI A; 3AE9 B; 4HK2 A; 4KGS A; 4MM3 A; 3T3O A; 1YMH E; 1TBE A; 5GMV A; 3IG3 A; 4XWT A; 4CYE A; 1C78 A; 3DWM A; 1KTK A; 3HVZ A; 2KWV B; 1MFW A; 4MJS A; 4MH8 A; 4KKI A; 4EZK A; 1XCT L; 2LVQ A; 1WJ6 A; 1XCQ L; 2KMA A; 3BWU D; 3L54 A; 3NS8 A; 4DK5 A; 4K81 A; 4OW0 A; 2D3B A; 2NBU A; 1QKZ A; 4ICV A; 1V49 A; 2AX5 A; 5JH5 C; 2WS3 B; 2BQQ A; 4KDL B; 4RGT A; 5IN7 A; 1LO5 D; 4YXD B; 2Y3A A; 3DVN U; 1T5X D; 4XWW A; 2MH7 A; 4BKS A; 3C19 A; 4AWJ A; 1YJ1 A; 3DCG A; 4LNN A; 3UIP B; 3UQB A; 3NVW A; 1V6E A; 2GBK A; 4PK1 A; 1T0R C; 1PUT A; 2BKR B; 2CU3 A; 1ROE A; 4A9A A; 3AMZ A; 3E56 A; 2D07 B; 3CSF A; 2KN5 A; 1YOV B; 5EE1 A; 2KC1 A; 4C7Z A; 4XC2 A; 3TCA A; 3IVF A; 2LGD A; 2KQ7 A; 2LVO A; 4OVU A; 2ZNV B; 3IT6 B; 1D4B A; 4F7Z A; 1EWC A; 1E9M A; 2K6Q A; 4L23 A; 3AU4 A; 1B1Z A; 5IA7 A; 2QEJ C; 1GB1 A; 5G5H A; 1HZ5 A; 4ZYN A; 1V1P B; 3Q3N C; 1IP9 A; 2Q5W D; 4NZL B; 1P9D U; 3D32 A; 2O2V A; 1V97 A; 2KD0 A; 4D2K A; 3P63 A; 4XZ4 A; 2KXJ A; 3L0W B; 2FCS A; 2WXF A; 4W9G A; 4LNK A; 1YIW A; 4HPL B; 2LMC A; 2BGF A; 2KK8 A; 1Y8R C; 2OJW A; 2NR2 A; 1EF5 A; 2BS4 B; 1LGR A; 5J17 A; 3WAO A; 1YQB A; 4JE3 B; 4IW0 A; 3OJ4 B; 3FAH A; 3MC9 A; 2QCZ A; 1DYQ A; 3APC A; 4AUQ C; 2MLB A; 3Q3J A; 4PS7 A; 2XN9 C; 3VHT C; 3KWV A; 3Q8F A; 2MA9 B; 1PGB A; 2MRP A; 1FNV A; 2ZVN A; 1C4P A; 4GSW A; 1A5R A; 4WQM A; 4W9J A; 5G5G A; 1S1Q B; 3A9K A; 4DHZ B; 4HDQ A; 2K5P A; 1FNU A; 4JGH B; 5BYS A; 1S3S G; 2PLP A; 1SE4 A; 2GBR A; 1WGG A; 2KJR A; 4ASW C; 2D5G A; 3V3X A; 1MHH E; 1JCK B; 4HJK A; 1GG3 A; 2D3A A; 2LHE A; 4W9I A; 2ONQ A; 4RMA A; 4WWM A; 5GXG B; 3RFZ B; 4AS1 A; 4HKQ A; 1U4A A; 2Z59 B; 1OQR A; 1WMH B; 1RFA A; 1E6E B; 2RGF A; 3C8Y A; 1FFU A; 2C5L C; 3L4P A; 2GMI C; 4DWF A; 1VD2 A; 5I4D A; 3PVL A; 4AJW A; 2IO1 B; 4JLC A; 4PS3 A; 5TSS A; 2JPH A; 3QWZ B; 1H8C A; 4GDK B; 2IPK D; 4RF1 A; 3A1Q B; 3PSE B; 2ON8 A; 2MJD A; 2EKE C; 2KO3 A; 2QJL A; 1C76 A; 2L1A A; 2YLM A; 4MGZ E; 3TEX A; 1OFF A; 2I1K A; 3N20 C; 1VRA B; 4ZHO A; 1EWY C; 5C2T B; 1VCB A; 1KOT A; 2QDF A; 1RM6 C; 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4OZC A; 3I3T B; 4NJC A; 3OLM D; 2L32 A; 2LXC A; 2KDF B; 1QQR A; 1XLQ A; 3ZDT A; 3NJT A; 1ZW7 A; 3PZD A; 2BPS A; 5FK9 C; 3MHS D; 2RDG A; 3NZS A; 1TKY A; 3ZXR A; 3KVF B; 1J19 A; 1JW9 D; 2RDB C; 3VUW A; 3K9O B; 1NEK B; 1EUV B; 3EA6 A; 1BT0 A; 2XNA C; 5AEK B; 2JF5 A; 2WXI A; 5BMH A; 1GPX A; 4HXD A; 4JWS C; 1WR1 A; 3H8H A; 1PGA A; 2R2O A; 5T8I A; 4HJG E; 4BKS D; 1J8C A; 2IO3 B; 3DVG X; 1QLB B; 3U2S C; 3AUL A; 1IBX A; 2L8J A; 1YN4 A; 3NVV A; 2LZ6 A; 2WWZ A; 2XEW A; 3GE3 C; 4QAY A; 4MGI E; 5EE0 A; 2N9L A; 3KW5 B; 3AE1 B; 1HXY D; 3A9J A; 3RUL A; 3B2F A; 2CJO A; 2IZV B; 2BS3 B; 3R7Q A; 3Q2A C; 1WGK A; 2UWQ A; 2ZPN A; 1NI3 A; 4WJO A; 1E7P B; 3DVN V; 3T8M A; 1TZ1 A; 2NMQ A; 2VRR B; 3MTN B; 2QIE B; 2CHW A; 3L16 A; 1AN8 A; 1V86 A; 3U7D A; 3VR8 B; 4ZOH C; 4I6P A; 5DPR A; 1WIA A; 1UUP A; 1XF5 L; 3TIX A; 2EMT A; 2X8X X; 3KH0 A; 1TT5 B; 4HEA 1; 3QQ8 B; 4M0W B; 3DHG C; 3R66 C; 1WJ4 A; 4XX5 A; 2QMT A; 1YQ4 B; 2W9N A; 2M8S A; 4HRO A; 5H8Y E; 4B9K A; 1RAX A; 1RRB A; 2ZCC A; 3AV8 A; 1YQ3 B; 4M01 A; 1I4X A; 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