The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.
Total Genus |
15
|
sequence length |
70
|
structure length |
70
|
Chain Sequence |
TPEEPKEEVTIKVNLIFADGKIQTAEFKGTFEEATAEAYRYAALHAKVNGEWTADLEDGGNHMNIKFAGK
|
The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.
After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.
| publication title |
Different crystal packing in Fab-protein L semi-disordered peptide complex.
pubmed doi rcsb |
| molecule keywords |
Capsid protein C
|
| molecule tags |
Immune system
|
| source organism |
Finegoldia magna
|
| total genus |
15
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| structure length |
70
|
| sequence length |
70
|
| chains with identical sequence |
M
|
| ec nomenclature | |
| pdb deposition date | 2004-09-03 |
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
| Class | Architecture | Topology | Homology | Domain |
|---|---|---|---|---|---|
| Alpha Beta | Roll | Ubiquitin-like (UB roll) | Ubiquitin-like (UB roll) |
#chains in the Genus database with same CATH superfamily 4KGR A; 3FIL B; 2KQ4 X; 2NMQ A; 1GB1 A; 2PLP A; 1K50 A; 2N9K A; 1IBX B; 1PGA A; 2GB1 A; 1P7F A; 4OZC A; 4OZB A; 1MPE A; 2QSD A; 5BMI A; 1UWX A; 5HG2 A; 1YNT E; 2LHE A; 2LGI A; 1MI0 A; 2JU6 X; 5HHD G; 1FD6 A; 1ZXH A; 2ZW1 A; 2RMM A; 3GB1 A; 2JSV X; 1HZ6 A; 1JML A; 2K0P A; 4GLS C; 1K52 A; 3UI3 A; 3V3X A; 2J53 A; 4KGT A; 1K53 A; 1Q10 A; 1PGX A; 2I2Y A; 2KN4 A; 1MVK A; 2OED A; 2PTL A; 2LHD A; 1PGB A; 1HEZ E; 1YMH E; 3MP9 A; 2IGD A; 1K51 A; 2ON8 A; 4WH4 A; 1EM7 A; 1D4B A; 1C9F A; 4IOI E; 2IGH A; 1GB4 A; 2LUM A; 2RPV A; 3FIL A; 2EEL A; 1MHX A; 2JWU A; 1IBX A; 1F2R C; 2PW9 A; 4HJG E; 2KAC A; 1IGD A; 5HI1 A; 2KDM A; 2ONQ A; 1QKZ A; 4KGS A; 4OZA A; 2JXT A; 5HFY A; 2I38 A; 2N9L A; 2QMT A; 1XCQ L; 2ZW0 A; 4D2K A; 2J52 A; 1MHH E; 1XCT L; 4HKZ E; 1F2R I; 2GI9 A; 1FCL A; 1XF5 L; 2N7J A; 2JZP A; 1FCC C; 2KWD A; 5BMG A; 4MAC A; 1IGC A; 5BMH A; 1KH0 A; 1P7E A; 2IGG A; 5JXV A; 4IKG A; 1HZ5 A; #chains in the Genus database with same CATH topology 1WJN A; 2KDB A; 4OVZ A; 4MGI E; 1E6E B; 2BKR B; 1IBX B; 3ZJV A; 3N30 A; 2XN9 C; 1JWS D; 3AV8 A; 3BWU D; 1I35 A; 1E9M A; 1MPE A; 1TS2 A; 3HHM A; 1J7B A; 2IPK D; 1X1M A; 1YNT E; 1D6E C; 2LGI A; 1G6J A; 1OTR B; 5D7G A; 3W1S C; 3VUW A; 1FD6 A; 1E0Z A; 1GJZ A; 2C9W B; 1GUA B; 1WYW B; 2HJ1 A; 1EO6 A; 3WCQ A; 5AEK B; 4H2A A; 2LGY A; 2KXJ A; 2CU1 A; 5G2N A; 4YTP B; 1I4P A; 1QLB B; 1PYW D; 2BF8 B; 1MVK A; 2R2O A; 3T3N A; 4MT5 A; 2IYD B; 2AWT A; 2IGD A; 1BML C; 1ACC A; 1FFU A; 4GMV A; 4ARI A; 2LFI A; 1CMX B; 1DOX A; 3MHS D; 1L4Z B; 2KFK B; 1UBI A; 2LVP A; 5T8I A; 1WGY A; 3R7Q A; 2BKF A; 2CHZ A; 3DCG A; 4IG7 B; 1QKZ A; 4KGS A; 4OZA A; 2V3N A; 2N9X A; 4G11 A; 2ZEQ A; 1YOV B; 2IBI B; 3AUL A; 4I6N B; 1WXQ A; 3IAM 1; 3QWZ B; 3VAW A; 4WQO B; 4HDQ A; 2MBH A; 2MP2 A; 3IG3 A; 1OEY J; 4IUM B; 1FCC C; 2KWC A; 1JRP A; 2AQ1 B; 2GBM A; 1QZE A; 1KH0 A; 5IA7 A; 3PLU A; 4TSS A; 4WWO A; 3EFU A; 1HZ5 A; 2D3G A; 1E10 A; 1YN5 A; 2JT4 B; 1FFV A; 2YEP F; 4FJY A; 1WGK A; 2WXO A; 1UGJ A; 3VTV A; 2DZM A; 4FBJ B; 2JRI B; 1C79 A; 5D3D A; 2WXK A; 2QIL A; 2R2Q A; 4MH8 A; 3VH4 B; 5BYQ A; 3AEF B; 3N9Y C; 3W2D A; 3QQ8 B; 5HHD G; 3I3T B; 3JYU A; 2KVZ A; 4M8M A; 2O2V B; 4XE0 A; 1CK1 A; 2HTM E; 2AYO B; 1TKY A; 4W9D A; 2K8B A; 3DWG C; 4TMA B; 5CTR C; 5G55 A; 2M56 B; 4AP4 C; 1I4H A; 2GBR A; 1Q0W B; 1S1Q B; 3VTW A; 2Z0E B; 2IGH A; 3KQ4 A; 4YT0 B; 2J0J A; 4HJK A; 1YQ4 B; 2QIE B; 2E6X A; 3DQV A; 3ZQ4 A; 2WWZ A; 4L2Y A; 4JX1 C; 3NVZ A; 2MBQ A; 1SXT A; 2L0F A; 1V1O A; 3P1M A; 2I1K A; 1AWD A; 1EF1 A; 1I7H A; 1N61 A; 1HTQ A; 3MFG A; 4BKS A; 4BFR A; 2N9P C; 1RFK A; 4MM3 A; 2KOX A; 2BPS A; 4D2K A; 2K5P A; 1OFF A; 2PE9 A; 5FR3 A; 2WXH A; 2VZK B; 2N7J A; 2Z0D B; 1TJE A; 5H8Y E; 2KWD A; 1WX8 A; 4IW0 A; 5EE9 A; 3PLV A; 3TEX A; 5J2R A; 3APC A; 1KM7 A; 4KGR A; 3NZS A; 1JWB D; 3DBL I; 2KO3 A; 1IPG A; 4HKQ A; 4DK5 A; 4XGA B; 2L76 A; 1VZ7 A; 1WZ3 A; 1TZO A; 4FHK A; 5TR5 A; 2KWU B; 2WXI A; 4DBG A; 4B95 A; 1OQY A; 1ISN A; 4NJ7 A; 1N5W A; 4WJO A; 3QA8 A; 2ZJD A; 2JSV X; 1HZ6 A; 2OJW A; 3SHQ A; 2V1Y A; 1JWU D; 1GG3 A; 3H7S A; 4F1S A; 2KJH B; 4DHJ B; 2WU2 B; 4EUT A; 3ECI A; 1ROE A; 1PGX A; 2I2Y A; 4W9G A; 1UWM A; 1HEZ E; 3MP9 A; 2W9N A; 1AW7 A; 1WJ6 A; 4MSM B; 2IO0 B; 2IY1 B; 3GZN B; 3L08 A; 1FIQ A; 3R2T A; 2B3A A; 4II3 B; 2RPV A; 3M62 B; 3ML8 A; 5AUK A; 5D3I B; 1NDD A; 2D3C A; 1SB3 C; 2INC C; 3AEG B; 3W1S A; 1VRA B; 2ICI A; 2HE7 A; 2QCZ A; 3NVV A; 2WXM A; 5EE3 A; 3L16 A; 2XK5 A; 3AU5 A; 1WSP A; 3X23 A; 4MEM A; 2WXL A; 1R4M I; 1CJE A; 1VR9 A; 2MWS B; 4MSQ B; 4W9K A; 3QIJ A; 1M4V A; 3IXS A; 1WGD A; 3PTF C; 1F77 A; 1Z5S B; 1EU4 A; 3V6E B; 1K8R B; 3PPA A; 4NNJ B; 4GSW A; 3Q14 C; 4XWT A; 4YTN B; 1FM0 D; 2PMV A; 2KFK A; 1IGC A; 4MAC A; 4MDK E; 1P7E A; 3RNG C; 2DAF A; 3NUH B; 1SGH A; 2W82 A; 1TY0 A; 2HJ8 A; 2WX0 A; 2GB1 A; 2MBB B; 3ZRF A; 4GGQ A; 1NYR A; 3TUO A; 4EOY A; 2KDI A; 3SD5 A; 4IM0 A; 4IM2 A; 5C23 A; 2J42 A; 2LHE A; 3EHV A; 1A5R A; 3NZ3 A; 4A3O A; 3ZO5 B; 3ENE A; 4MGK E; 2FCS A; 2LGX A; 4CYE A; 3H9D A; 4JLC A; 4TV3 A; 1K53 A; 2MX2 A; 3ZNI D; 3NHE B; 4LNK A; 1C4A A; 4ITK A; 2LGD A; 1EUV B; 3ABV B; 4C4V B; 2L7R A; 1D4B A; 4RGT A; 1AYF A; 1R7S A; 4B0M A; 2BS2 B; 2O6V D; 1F9J A; 2NBV B; 1FRR A; 1N62 A; 2KAJ A; 3AB5 A; 2LMC A; 3OAW A; 2KYW A; 4YSZ B; 1XQQ A; 5E6P A; 5AZH A; 1HTO A; 2GOW A; 2JRH A; 2J0K A; 2KHW B; 4ANU A; 2MCN B; 4WUR A; 3JVZ X; 4RGO S; 1D5M C; 4LCD E; 4W9C A; 4KDL B; 3MC8 A; 1XD3 B; 1WMH A; 2IY0 B; 1WXV A; 3WAL A; 2V4L A; 3WAN A; 3VUY A; 1MHH E; 2GMI C; 2M0X A; 3WAP A; 1D5X C; 3PRM B; 2CJN A; 1WE7 A; 2L32 A; 1BXT A; 2PVO D; 4WJP A; 2IGG A; 3Q8C A; 3P2B A; 1H4R A; 1WFY A; 1P0R A; 3BZD B; 3RZW C; 2SEB D; 4OW0 A; 1PGA A; 2J4X A; 1V5O A; 3C8Y A; 1P7F A; 2FUH B; 2C7H A; 1WXS A; 5BYR A; 3HVZ A; 1U4A A; 3C0R B; 4LNI A; 3VVW B; 2KVR A; 4J6I A; 4IWP A; 1BUI C; 5IP4 D; 2W3S A; 1N5X A; 4MJS B; 1D5Z C; 4NY0 A; 1H8C A; 2QEJ C; 3I63 C; 4JWS C; 3GB1 A; 3S2A A; 3AED B; 2AQ2 B; 1J7A A; 1V49 A; 1WJ4 A; 3K9O B; 3N3K B; 4RH6 A; 2WXN A; 4ACF A; 3DOW A; 2L8J A; 3HIZ A; 3CF6 E; 3N1Y C; 1WXM A; 2RDH A; 3KLS X; 1K51 A; 1RYJ A; 2Q5W D; 2MA9 B; 2PIA A; 4JQW C; 4NQL B; 2G9H D; 2AL3 A; 5GMV A; 5MPO A; 1JAL A; 2L3Z A; 2X8X X; 3PRE A; 1TBE A; 3KVF B; 1JRO A; 3V61 A; 3ETR A; 2ZZP B; 3MHZ A; 3RFZ B; 3DPD A; 1YX6 B; 1L7Y A; 1WWT A; 2IZV B; 1KLV A; 2RR9 A; 1QF6 A; 3R7R A; 1XLN A; 1TIF A; 3JSV A; 1FXI A; 1F2R I; 4JL9 A; 3J9C A; 4K1R B; 1WI0 A; 1P98 A; 5D2M B; 2Y5B B; 1ZOY B; 1JCK B; 3NRZ A; 1FNU A; 3U7D A; 5BMG A; 4P7I A; 1V1P A; 2NS5 A; 3U2S C; 4W9E A; 3EEC A; 3L54 A; 1P1A A; 3UGB B; 1I4R A; 3V05 A; 3RD2 A; 1E8Y A; 4JPS A; 4ZOH C; 3BIN A; 3GP7 A; 4N9F 4; 3H1U A; 1DOI A; 1T6B X; 5L83 A; 1WYG A; 4FLH A; 2MJE A; 4W9H A; 1E8W A; 1IUE A; 4B9K A; 1ZPS A; 1Z2M A; 3ZIM A; 3OG5 A; 5I4D A; 1SBB B; 2KJR A; 3VH3 B; 2O6V A; 4MGZ E; 4BKS D; 2RMM A; 4GOC A; 1B1Z A; 1P3Q U; 2K0P A; 1SF0 A; 1T0R C; 3RN9 C; 3LXF A; 1Y8R C; 3P4Q B; 4US8 A; 3C19 A; 3Q3N C; 3Q8F A; 1L5P A; 2OED A; 4IC7 B; 5D94 A; 2G3Q B; 2AL6 A; 3A4S C; 3I9V 1; 3KWL A; 3UF8 A; 1RLF A; 2BYV E; 2J0M A; 3Q3O C; 3ALB A; 4KKI A; 4M0W A; 1PFD A; 3MTN B; 4RF1 A; 3UIN B; 4W9F A; 1FEH A; 1WH3 A; 3AXC A; 3DHI C; 4II2 B; 4EZJ A; 3BVZ A; 3P4S B; 3AEB B; 3NJT A; 4FAD A; 2NCN A; 2KAC A; 3EFC A; 1PUT A; 3HM6 X; 3DBL B; 1IGD A; 3AE4 B; 3BYY B; 2FID A; 3BK1 A; 1LFD A; 1QOB A; 4PS7 A; 3A9K A; 3B1L X; 5HFY A; 1TS3 A; 4IM3 A; 3AEE B; 4JWU C; 1KJT A; 3V60 A; 1YQ3 B; 3B08 A; 3IFW B; 4NZL B; 1E8Z A; 4EZK A; 3FKY A; 1UH6 A; 1V81 A; 2Z59 B; 3DBH B; 2RDB C; 3FIL B; 1E5W A; 2KT7 A; 1GB1 A; 3SFD B; 1F52 A; 3T9L A; 2WDQ B; 1ZXI A; 4WWP A; 1S3S G; 4EEW A; 4C80 A; 5BMI A; 3AE9 B; 4RGM A; 4AJY B; 2KFJ A; 3ZKJ C; 1Q1O A; 4HXD A; 3TJP A; 3U8Z A; 3KWV A; 3ZTC A; 1DYQ A; 4K7S A; 4XWW A; 1A70 A; 2WXJ A; 4RM9 A; 1R4M B; 1TKG A; 1KLU D; 3RI7 C; 3R8B A; 2W55 A; 3N32 A; 4ZRJ A; 2KC2 A; 2JXX A; 2NPT B; 2L1A A; 1NI2 A; 3APF A; 5E6O A; 4P1C C; 1MFW A; 1WXA A; 1C4C A; 2W3R A; 4YL8 A; 4B0E A; 1P9D U; 3Q8A A; 1GB4 A; 3PVL A; 4ZHO A; 3URY A; 1LGR A; 1V5T A; 2JYT A; 1ZDV A; 4F8C B; 3BK2 A; 3ZNH B; 1J0G A; 2IO2 B; 5HI1 A; 4IWQ A; 4NAW B; 3E9S A; 3X0W A; 2KLC A; 5LXI B; 1XLP A; 3A33 B; 4USA A; 2MEK A; 1WF9 A; 2MQJ A; 2CHW A; 3PZ7 A; 1V86 A; 2EKI A; 3PGE A; 4GB9 A; 4HWI B; 1M94 A; 3RT3 B; 4WJN A; 2AEH A; 1YJ1 A; 2RSU A; 3DHG C; 1WM2 A; 2D07 B; 1ESF A; 1OGW A; 3DVG X; 2DX5 B; 3IT6 B; 3R66 C; 4GDK A; 2RD0 A; 3K9P B; 4N59 A; 5BMH A; 1UZX B; 1NEK B; 3KUC B; 3ZUN A; 3A9J B; 4M02 A; 1EU3 A; 2KDE B; 2PLP A; 1Y56 A; 3EUB 2; 2HDE A; 1UUP A; 2HTH A; 1B9R A; 3ML9 A; 4OZB A; 4ZYS A; 2YLM A; 2G4D B; 2NTS A; 2WS3 B; 2EKE C; 1GAQ B; 2QDF A; 3ZGZ A; 4HDO A; 2L52 A; 2GRI A; 3OLM D; 4RCO A; 1ZDX A; 4K3B A; 4PS8 A; 4PS3 A; 4TQ0 A; 3NS8 A; 1V80 A; 3UQB A; 1MG4 A; 5EE1 A; 1L0V B; 2WGS A; 3ZRC A; 4KIK B; 2LGS A; 4GN1 A; 2KNB A; 4KGT A; 2CKH B; 4BOZ B; 4AUQ C; 2LXC A; 3H7P B; 4YSX B; 2LHD A; 4LJO B; 3T8M A; 2WNM A; 4PYU A; 2BWF A; 2K22 A; 2L83 A; 3Q6B A; 5KHQ A; 3IVF A; 3KYD D; 4GDL B; 1E7P B; 3PRP B; 4J3O D; 3ZJT A; 2WX1 A; 1E7V A; 1IBX A; 4GU2 A; 3DBH I; 1TGZ B; 3T3O A; 3Q2A C; 3RMK C; 4GIV A; 1R4N I; 1HXY D; 4MH0 E; 4XYC A; 2JY6 A; 1UBQ A; 2VZK D; 3HRD D; 2PKO A; 4ASW C; 2CU3 A; 1E90 A; 3DBR I; 3FAH A; 3ZVV A; 2N7E A; 3MJW A; 3U7Z A; 2LVQ A; 4P1B C; 4M8N A; 1JW9 D; 2MHJ A; 1WJU A; 3OWE B; 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5GXG B; 2WU5 B; 2W54 A; 2NMQ A; 2DWQ A; 2MSE D; 1CQV A; 2EMS A; 1C76 A; 2BYT A; 3R3M A; 1ENF A; 2KN5 A; 3MC9 A; 3ZW3 A; 3GOE A; 1EWY C; 3KUZ A; 5JZE B; 4ANV A; 3QK0 A; 5HG2 A; 3CMM B; 3EA6 A; 2D3A A; 2Z8L A; 1WE6 A; 3N1X C; 2Y5P A; 2ZW1 A; 4I6P A; 1E8X A; 5KHO A; 2MP2 B; 2NBW B; 3L4P A; 3UIO B; 2ASQ A; 1C77 A; 2D2Q A; 3RUI B; 1XXG A; 2CHX A; 5EDS A; 1RM6 C; 1ZUD 2; 3E56 A; 3PO0 A; 2EMT A; 5E6N A; 1XLQ A; 2DAJ A; 1L0X B; 4HEA 1; 3QCA A; 2KN4 A; 2IJ0 A; 2KKC A; 1I4X A; 3U30 A; 4XC2 A; 4KSK C; 1L2N A; 5DPW A; 3NG0 A; 1N6Z A; 2LUM A; 3PHW B; 3AE6 B; 4RNA A; 5IO9 A; 1HA5 A; 3TEZ A; 3B2F A; 1MHX A; 4WQM A; 4BBN C; 4KIK A; 1KTK A; 4ZYN A; 1SIF A; 1KOT A; 3Q3J A; 1TTN A; 3IAS 1; 2PEA A; 1V97 A; 2JZ3 B; 2WHI A; 2M17 A; 2DYB A; 3PS6 A; 4K7W A; 1SSN A; 4BBN F; 2PJH A; 2WXF A; 2I38 A; 2G1E A; 1YQB A; 4HLE A; 4LDT B; 2BB5 A; 4XDC A; 4JE3 B; 4A55 A; 3D32 A; 1XCT L; 2GI9 A; 3DBS A; 1FCL A; 2K9X A; 4HRO A; 3Q3M C; 3GE3 C; 1LQB A; 2BT6 A; 2LUE A; 1SE4 A; 5AZG A; 2KX0 A; 5JXV A; 3VUX A; 3W9C B; 3WAO A; 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