The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.
Total Genus |
16
|
sequence length |
71
|
structure length |
71
|
Chain Sequence |
KTPEEPKEEVTIKVNLIFADGKIQTAEFKGTFEEATAEAYRYADLLAKVNGEWTADLEDGGNCMNIKFAGK
|
The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.
After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.
| publication title |
Different crystal packing in Fab-protein L semi-disordered peptide complex.
pubmed doi rcsb |
| molecule keywords |
Capsid protein C
|
| molecule tags |
Immune system
|
| source organism |
Finegoldia magna
|
| total genus |
16
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| structure length |
71
|
| sequence length |
71
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| chains with identical sequence |
M
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| ec nomenclature | |
| pdb deposition date | 2004-09-14 |
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
| Class | Architecture | Topology | Homology | Domain |
|---|---|---|---|---|---|
| Alpha Beta | Roll | Ubiquitin-like (UB roll) | Ubiquitin-like (UB roll) |
#chains in the Genus database with same CATH superfamily 1YNT E; 2IGH A; 1D4B A; 1JML A; 1IBX A; 2J53 A; 2K0P A; 1P7E A; 5BMH A; 1PGX A; 2LUM A; 1PGA A; 3FIL B; 4OZB A; 1C9F A; 1F2R C; 4KGR A; 1IGC A; 1GB4 A; 1MHH E; 1K50 A; 1F2R I; 1ZXH A; 2N7J A; 2N9K A; 4D2K A; 4GLS C; 2I38 A; 1IBX B; 1MPE A; 5BMG A; 5JXV A; 2LHE A; 2N9L A; 3GB1 A; 2QSD A; 1MHX A; 2NMQ A; 4OZC A; 2EEL A; 1K52 A; 3UI3 A; 2JWU A; 2RMM A; 2J52 A; 4HJG E; 2ONQ A; 1P7F A; 4MAC A; 2PLP A; 4IKG A; 2KN4 A; 2PW9 A; 2ZW1 A; 1HZ5 A; 1MI0 A; 4KGS A; 4KGT A; 1FCL A; 1IGD A; 2IGG A; 1XF5 L; 2OED A; 2LHD A; 1FD6 A; 4WH4 A; 1FCC C; 1XCT L; 2IGD A; 1QKZ A; 2JZP A; 1EM7 A; 1K53 A; 2KAC A; 5HHD G; 1XCQ L; 2GI9 A; 2KWD A; 2ON8 A; 2ZW0 A; 1KH0 A; 5HG2 A; 1MVK A; 2PTL A; 5HI1 A; 2I2Y A; 1HEZ E; 1K51 A; 5BMI A; 1GB1 A; 2JSV X; 1Q10 A; 2KQ4 X; 1UWX A; 3MP9 A; 4HKZ E; 1HZ6 A; 2GB1 A; 3V3X A; 4IOI E; 4OZA A; 5HFY A; 2KDM A; 2RPV A; 3FIL A; 2JU6 X; 2LGI A; 1YMH E; 2QMT A; 2JXT A; 1PGB A; #chains in the Genus database with same CATH topology 3DHI C; 3H7P B; 1TS2 A; 2KHW B; 1JML A; 4WIP A; 5BYR A; 5IA7 A; 3EFC A; 4IC7 B; 2JWZ A; 4FLH A; 4CYE A; 3TEX A; 1FEH A; 2BGF A; 3ZQ4 A; 4ANU A; 3ZJU A; 3NOB A; 2RDH A; 4C4V A; 4E74 A; 2YEP B; 3K9O B; 3VAW A; 2N7J A; 3ZYY X; 1E90 A; 2D11 A; 2VH1 A; 4TMA B; 1LFD A; 2EKI A; 2BS2 B; 2L83 A; 1JW9 D; 2BKF A; 4US9 A; 3QK0 A; 1T0Y A; 4DHZ B; 4Q2J A; 2M17 A; 4RCO A; 5C1Z A; 2Z0E B; 2TSS A; 1RRB A; 3NS8 A; 2KQS A; 2OHF A; 5IP4 D; 3RNG C; 1B9R A; 3ECI A; 2RGF A; 2FCS A; 4LLG M; 3VVW B; 1XLO A; 2L00 B; 5C23 A; 2QEJ C; 2EKE C; 2RD0 A; 4M8M A; 1L2N A; 1UGM A; 5I4D A; 4GDL B; 2BYV E; 2CU3 A; 4UDU C; 2KZR A; 4GDK A; 3VRA B; 3EEC A; 3AB5 A; 3APF A; 1GJZ A; 1FNW A; 2GLS A; 2W82 A; 4BVU C; 3OJ3 A; 3PT2 B; 3KWL A; 4IM3 A; 3AEG B; 3U4E G; 4K1R B; 1NYQ A; 1IUE A; 2ZPY A; 2KN5 A; 1TS5 A; 3E9S A; 2EMS A; 2KAJ A; 4A8X C; 3Q14 C; 1J19 A; 2KWV B; 5BO4 B; 4HPM B; 4F7Z A; 4WUR A; 2K6D B; 2WU5 B; 3Q69 A; 2BQQ A; 5JH5 C; 1WI0 A; 4W9I A; 4XWW A; 4G3X B; 3TIX A; 3KH0 A; 5E6P A; 2WXO A; 2MSE D; 3B0A A; 5IOI A; 4FHJ A; 1PGA A; 3AH7 A; 2OJR A; 2KFJ A; 3VRB B; 1CQV A; 4AJY B; 4LNI A; 1E7U A; 4LNO A; 1TY2 A; 4HPL B; 2L7R A; 4W9F A; 3P4Q B; 1CK1 A; 3AV8 A; 2KKC A; 4JLC A; 4BOS C; 3ZVV A; 3FAH A; 3APC A; 2N1V A; 3OG5 A; 1G6J A; 1SSN A; 2D3B A; 4TSS A; 3U7D A; 3RNA C; 1EU4 A; 1OGW A; 2QCZ A; 4JX1 C; 3AE8 B; 5EE3 A; 2G9H D; 3W1S A; 4YSX B; 3VUY A; 2J0M A; 3KVF B; 2KVR A; 1T0R C; 2KO3 A; 3EC8 A; 1UNS A; 4EZJ A; 2XK5 A; 1TZO A; 4I6L B; 1GAQ B; 3W1Y A; 2LAS A; 3RNE C; 2O6V B; 2DYO A; 1FCC C; 4YTM B; 1EM7 A; 2KLG A; 4S0R A; 3DQV A; 1E8Y A; 2WWZ A; 1V9J A; 1U4A A; 2KJH B; 2I1K A; 2ZNV C; 1ZE3 D; 1RFK A; 2WXR A; 1MFW A; 3VTW A; 3TL5 A; 1GG3 A; 1I4Q A; 2ACZ B; 3BVG A; 2O6V D; 2GB1 A; 4RNA A; 3TEY A; 3MJ5 A; 2KNB A; 2RDG A; 3URY A; 2V4L A; 2KTR A; 4LNF A; 4ZRJ A; 4K7W A; 2LWP A; 3QX1 A; 3UIP B; 4W9C A; 4LNK A; 2ASQ A; 4L1B A; 2PVG C; 4F8C B; 1I7H A; 2LZ6 A; 3AN1 A; 2KC1 A; 4EZK A; 3ML8 A; 4LJO B; 1XLP A; 5G55 A; 3JSV A; 3WAP A; 3GS2 A; 2UYZ B; 3AE6 B; 4KGR A; 1IGC A; 3L10 B; 1N62 A; 3MC9 A; 3U8Z A; 3B2F A; 1FRR A; 3V61 A; 3M95 A; 4E71 A; 5BYQ A; 1FFV A; 1RYJ A; 1TT5 B; 3DVG Y; 4ICV A; 3P42 A; 3Q2A C; 3X23 A; 1YN5 A; 2IBI B; 1J7C A; 2V0G A; 2MA9 B; 1HE8 A; 3N1Z C; 3WAM A; 4A55 A; 2N1W A; 4ARI A; 2H88 B; 1SE9 A; 1MI0 A; 3AED B; 1TTN A; 2KT7 A; 1NEK B; 1IGD A; 1ZKH A; 1XEE A; 3DBH B; 4BBN C; 3AI5 A; 2AQ3 B; 2KAC A; 1ROE A; 2V3P A; 4X57 B; 2W3S A; 4IM2 A; 2XK5 B; 1E7V A; 1KH0 A; 3R66 C; 2L52 A; 1UF0 A; 2PE9 A; 3NVV A; 2KDF B; 2Z0D B; 2LD9 A; 1D5X C; 5H8Y E; 4P16 A; 3AEF B; 1C3T A; 4ANX A; 4OZA A; 2M19 A; 4HPP A; 5FKA C; 3GE8 C; 4RF1 A; 3NHE B; 3QJZ A; 2GBN A; 2KTF A; 2LGI A; 2KD0 A; 4RGN A; 5L95 C; 2Y5C A; 2K8H A; 3AEB B; 1WJ4 A; 3RFZ B; 2PIA A; 1SJE D; 3Q8A A; 2K1F A; 1OEY A; 4ANV A; 1ZDX A; 4URK A; 3ZW3 A; 4TQ0 A; 1WXV A; 5E6J A; 2MP2 A; 5DCN A; 3WAO A; 5BYS A; 2QHO A; 2L1A A; 1WRI A; 2D10 A; 2I38 A; 2WDR B; 2KWC A; 4GOC A; 4WWP A; 4MDK E; 3JSV B; 2PKO A; 1L0V B; 2LGS A; 3N1X C; 3RMK C; 3RZW C; 2CJO A; 3AEA B; 5D3D A; 5MPO A; 2DYM A; 3MFG A; 1VD2 A; 2RMM A; 3CMM B; 2ZVN A; 3M63 B; 3BY4 B; 3BK2 A; 3HK0 A; 1VRA B; 4XGA B; 3LXF A; 1Y56 A; 2MHJ A; 2J4X A; 3A1Q A; 3VUW A; 1IP9 A; 2NBU A; 1YQ4 B; 1RLF A; 1ZDV A; 1N5W A; 4DDI D; 4DXG A; 4BKG A; 2EMT A; 1TGZ B; 1R7S A; 2DZI A; 3A9J A; 3AE5 B; 3QAQ A; 4A3P A; 3TEW A; 2BKR B; 2PTL A; 4JPS A; 1VLB A; 3Q6B A; 3W9C B; 3DPD A; 3RNC C; 4USA A; 1WSP A; 2GOW A; 4IUM B; 2KXJ A; 3NS1 A; 5HFY A; 4AQ7 A; 2C5L C; 2JQR B; 1WF9 A; 2IY1 B; 3PRE A; 4W9K A; 2AX5 A; 4BKT A; 2QMT A; 4ZHO A; 3C8Y A; 3NVW A; 4YSY B; 3HM3 A; 1V5O A; 4HJK A; 3H7P A; 2JYT A; 2YVC A; 1FM0 D; 4PT5 A; 1FRD A; 3WCQ A; 4HVB A; 1BUI C; 4G0N B; 1I4P A; 2LXA A; 4P1B C; 2NTS A; 4N9F 4; 2L76 A; 1UGJ A; 3RD2 A; 3P4R B; 3R2T A; 2IPK D; 2MP2 B; 2EEL A; 2DZJ A; 3AUL A; 1Q5W B; 2WXH A; 2N9P C; 1JQ4 A; 2BTE A; 1AYF A; 4KX6 B; 3ZTD A; 2K6Q A; 1GUA B; 2NPT A; 2LI5 A; 1C76 A; 2PJH A; 2N9X A; 4DWF A; 2M8S A; 1KFY B; 2NVU I; 1YQB A; 2IY0 B; 1C77 A; 1JWM D; 3C0R B; 3MHZ A; 2CJN A; 3DHG C; 1QKZ A; 2JZP A; 5L83 A; 3ZUN A; 2FCQ A; 1EF1 A; 3EUB 2; 2V1Y A; 2INP E; 3A1Q B; 1CJE A; 4NQL B; 1AN8 A; 3TBL D; 3L17 A; 3LYY A; 4C56 C; 4WWN A; 2LGD A; 2Y3A A; 4KDI C; 1JWA D; 2VZK D; 3QIJ A; 3VDZ A; 2SAK A; 1UWX A; 3PRM B; 3A9J B; 3SFE B; 2FUG 1; 3I5J C; 1PFD A; 2MBO A; 5J18 A; 2G4D B; 2CS4 A; 5G5G A; 1FFU A; 1QOA A; 2FUH B; 1I4H A; 2HD5 B; 3U7Z A; 3L16 A; 4AOF A; 4LJP B; 2PE6 B; 1V8C A; 4AUQ C; 2G4S A; 4WJQ A; 4ICU A; 4WJO A; 3H7S A; 4KSK C; 2J42 A; 1JRU A; 4C00 A; 4YSZ B; 1ISN A; 3PS6 A; 4BAX A; 2INN E; 1JAL A; 3M62 B; 4FJV B; 1Q1O A; 1EU3 A; 4JE3 B; 1ACC A; 2FID A; 1N63 A; 2BYF A; 1TKE A; 2DZK A; 1FXI A; 1J8C A; 3H9D A; 2NR2 A; 3PV1 A; 1F77 A; 1WGH A; 1V97 A; 4PS7 A; 4RGM A; 2DWQ A; 4KIK A; 1NDD A; 1V1O A; 2HJ8 A; 3PSE B; 4TKN A; 1NYR A; 3BK1 A; 3PVL A; 2O6V A; 2AYO B; 2GBM A; 4PYZ A; 2BB5 A; 2WDV B; 3ZO5 B; 1J0G A; 2J0J A; 2ON8 A; 5AUK A; 2NPT B; 5HG2 A; 1P3Q U; 2KX0 A; 2K25 A; 2R2O A; 3DHH C; 3AU4 A; 4IG7 B; 1XLQ A; 1WJU A; 3RI7 C; 1SXT A; 2KDM A; 4K3B A; 1LM8 B; 3T3O A; 3ML9 A; 2KWU B; 2MW5 A; 2PVO D; 3SDL C; 3WIM A; 3IT4 B; 1YMH E; 1XO3 A; 1KLV A; 1PGB A; 4LDT D; 3AE1 B; 4MM3 A; 4WWM A; 3ZIM A; 4BBN F; 2R61 A; 4II3 B; 5E6O A; 1NI3 A; 4A90 A; 1EUV B; 1NVI D; 1TS3 A; 2D07 B; 3JVZ X; 4OZB A; 1L4Z B; 3IG3 A; 3N32 A; 1LGR A; 2LFI A; 3RCZ A; 2OJW A; 2L05 A; 3VH4 B; 1JWS D; 2BS4 B; 4KKJ A; 1WXA A; 1JWB D; 1L6V A; 1E8Z A; 2FCN A; 1QLB B; 4GLS C; 4JGH B; 2CKH B; 3ONS A; 2LHE A; 2LRU A; 3ZTC A; 4R3D A; 2QSD A; 2MH7 A; 4HEA 1; 3W5U B; 5FR3 A; 1E0Z A; 4N58 A; 3W2D A; 2LJ5 A; 1HTQ A; 4L2Y A; 2X38 A; 2QDF A; 3PGE A; 2X8X X; 1CMX B; 1DOY A; 1HZ5 A; 3PZD A; 1DYQ A; 1BML C; 1A5R A; 4WJN A; 1AW7 A; 3DWG C; 2WXF A; 2I1J A; 3P4P B; 1DOX A; 3PHW B; 2DLB A; 3LB8 C; 2XN9 C; 2KVZ A; 1PUT A; 4KZC A; 4B9K A; 4P6V F; 3ZJT A; 2BB6 A; 2ZW0 A; 5C3J B; 2QC8 A; 4KIK B; 3TEZ A; 1WH3 A; 4B95 A; 2WYQ A; 3JYU A; 4XZ4 A; 5AUI A; 3Q3M C; 2UU7 A; 4P1C C; 3IT6 B; 2BS3 B; 1Q10 A; 3I63 C; 2WXP A; 2GBJ A; 3QC8 B; 1LXD A; 3DVN U; 1HZ6 A; 2JXX A; 5C2T B; 3V3X A; 2G3Q B; 1XLN A; 4MEL A; 2M56 B; 3MHS D; 2MRP A; 1KOT A; 3DBH I; 4FXC A; 3V60 A; 1VDV A; 1WGG A; 3Q3F A; 1L5P A; 1K8R B; 4MH8 A; 2XBB C; 2WLB A; 1YOV B; 3AEC B; 1KTK A; 3KW5 B; 3Q8F A; 2K0P A; 4IWQ A; 3ZNZ B; 4XX5 A; 2Y5P A; 4MM3 B; 1GB4 A; 4L23 A; 4GIV A; 5KHQ A; 2JPH A; 1I35 A; 4A3O A; 4JIO U; 2W3R A; 4IM0 A; 1MHX A; 2SEB D; 2V3N A; 1D5Z C; 4JL9 A; 2GBR A; 2M1M A; 4DBG A; 4J3O D; 1D6E C; 3L54 A; 4M8N A; 3H1U A; 2ZCC A; 1YN3 A; 1OTR B; 4M0W A; 1DOI A; 1SE4 A; 2IGG A; 1WM2 A; 2G1E A; 1WYW B; 3X0W A; 2MX2 A; 2J7Q B; 3B08 A; 1K53 A; 4GB9 A; 4HK2 A; 2MQJ A; 5LNK 1; 1PQS A; 1WWT A; 3B9J A; 3NVY A; 2JYE A; 5LLI A; 5J17 A; 2DZM A; 3NY5 A; 4RGO S; 3AEE B; 4I6N B; 1WE7 A; 1JCK B; 2K5P A; 3PLU A; 2FBW B; 1YD8 U; 2BT6 A; 3N20 C; 1STE A; 1L6U A; 1XT9 B; 3I57 A; 3V62 A; 4HRS A; 4IWO A; 2JU6 X; 4ANW A; 3ZNH B; 1BXT A; 1HA5 A; 2C7H A; 3TUO A; 3VUX A; 3BIN A; 1E5W A; 2WX0 A; 2AQ1 B; 4RFB A; 4MGK E; 3DBR B; 2LUM A; 4ARC A; 2LRW A; 4MT5 A; 1R4N B; 2W54 A; 1V1P B; 1E10 A; 1MHH E; 5G5H A; 1F2R I; 2HE7 A; 2D3A A; 3HHM A; 1E7P B; 1WXQ A; 2KFK A; 3HVD A; 4YXD B; 2WXL A; 4S17 A; 1ZUD 2; 2AL3 A; 1P9D U; 4N6E B; 2VRR B; 2HTM E; 4ZOH C; 1E6E B; 4ZYN A; 4DHJ B; 3KWV A; 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2KFK B; 1WR6 E; 1TKY A; 2WDT B; 2LUE A; 4EZL A; 4KVG B; 4REZ A; 1FCL A; 3ZDT A; 2LXC A; 1XF5 L; 2DYB A; 4HDQ A; 5CHW A; 1VZ6 A; 2D3G A; 3ZKJ C; 1T3Q A; 1WFY A; 5EE1 A; 4RM9 A; 1WMH B; 2ZPN A; 1I4X A; 3CSF A; 2VZK B; 4GU2 A; 4JWU C; 4H2A A; 1N60 A; 4MH0 E; 5AZH A; 2KMM A; 1KRH A; 1SF0 A; 4XDD A; 1TS4 A; 5IKC M; 1ZPS A; 4HKZ E; 4M01 A; 3PPA A; 4US8 A; 2K8C A; 1UUP A; 1CZP A; 1WGY A; 2WXQ A; 4RH6 A; 4BKS D; 3Q8C A; 3AE3 B; 3HUI A; 1LO5 D; 3HIZ A; 2E3T A; 4NJC A; 2IYD B; 5GXG B; 1GPX A; 1L4D B; 1V6E A; 3ZRC A; 3ZNG C; 3NUH B; 4TV3 A; 1WGK A; 1VR9 A; 3RYT A; 2LVQ A; 2H89 B; 1FIQ A; 3Q3N C; 4IWP A; 4MGZ E; 2J53 A; 1P7E A; 1F1H A; 2V4I B; 1MJD A; 4DQO C; 2L8J A; 3RNB C; 2MJE A; 2BYT A; 3HRD D; 4DXF A; 1MPE A; 4PS8 A; 3NZS A; 1WGR A; 3APD A; 3S2A A; 1JRO A; 3R2I A; 1WRD B; 2WX1 A; 3DOW A; 1Q0W B; 2J52 A; 2ONQ A; 4IKG A; 4ACF A; 4XDC A; 3P63 A; 4MJS A; 2WNM A; 1T0Q C; 2HJ1 A; 1OQR A; 3CST A; 1SBB B; 4EFO A; 2KX3 A; 3IHP C; 2KYW A; 5DPR A; 1QF6 A; 2JRI B; 1Y8R C; 1I4G A; 2UWQ A; 3H8H A; 3MC0 B; 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