The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.
Total Genus |
15
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sequence length |
65
|
structure length |
65
|
Chain Sequence |
KEEVTIKVNLIFADGKIQTAEFKGTFEEATAEAYRYADLLAKVNGEYTWDLEDGGNHMNIKFAGK
|
The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.
After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.
| publication title |
Comparison of the crystallization and crystal packing of two Fab single-site mutant protein L complexes.
pubmed doi rcsb |
| molecule keywords |
Fab 16D9D6, light chain
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| molecule tags |
Immune system
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| source organism |
Finegoldia magna
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| total genus |
15
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| structure length |
65
|
| sequence length |
65
|
| chains with identical sequence |
F
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| ec nomenclature | |
| pdb deposition date | 2005-01-21 |
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
| Class | Architecture | Topology | Homology | Domain |
|---|---|---|---|---|---|
| Alpha Beta | Roll | Ubiquitin-like (UB roll) | Ubiquitin-like (UB roll) |
#chains in the Genus database with same CATH superfamily 2JSV X; 1D4B A; 1MHX A; 2IGD A; 1XCT L; 1GB1 A; 2QSD A; 1MPE A; 4HKZ E; 5HFY A; 1C9F A; 2KAC A; 1ZXH A; 1XF5 L; 4WH4 A; 2PW9 A; 3FIL B; 1QKZ A; 4KGT A; 4OZA A; 1PGA A; 2KN4 A; 1K52 A; 2IGG A; 1IGD A; 3MP9 A; 1PGB A; 2N9L A; 1P7F A; 1MHH E; 2PTL A; 4IKG A; 5HG2 A; 2I2Y A; 2NMQ A; 2ON8 A; 2PLP A; 4OZB A; 3GB1 A; 2GB1 A; 5BMH A; 5HI1 A; 1K51 A; 2LHE A; 2QMT A; 1XCQ L; 1F2R C; 2N7J A; 2KWD A; 2JWU A; 3UI3 A; 2GI9 A; 1IBX A; 4D2K A; 2JU6 X; 1IGC A; 5HHD G; 1UWX A; 4IOI E; 1EM7 A; 2JZP A; 1MVK A; 1JML A; 1YNT E; 2RMM A; 1HZ5 A; 2EEL A; 1KH0 A; 2ZW1 A; 5BMI A; 2IGH A; 1K50 A; 3FIL A; 3V3X A; 4GLS C; 2J52 A; 1HEZ E; 5BMG A; 2RPV A; 2KDM A; 2J53 A; 1PGX A; 1FD6 A; 2ONQ A; 2K0P A; 1MI0 A; 1HZ6 A; 4KGR A; 1Q10 A; 2LHD A; 1GB4 A; 1K53 A; 4HJG E; 2I38 A; 1YMH E; 2ZW0 A; 5JXV A; 2N9K A; 2KQ4 X; 1F2R I; 2LUM A; 4MAC A; 4OZC A; 1IBX B; 1FCL A; 2OED A; 4KGS A; 1FCC C; 1P7E A; 2JXT A; 2LGI A; #chains in the Genus database with same CATH topology 2BWF A; 4OVU A; 4JE3 B; 4M0W A; 2DZJ A; 2LGD A; 1MPE A; 2D07 B; 2KAC A; 4OVZ A; 1E6E B; 2LXA A; 2FE8 A; 3IXS A; 3JYU A; 2BWE S; 2WXF A; 4ARI A; 4MH8 A; 3NY5 A; 1T0S C; 2D2Q A; 4BFR A; 1VLB A; 2GRI A; 2HJ8 A; 2WXJ A; 2ZPN A; 4W9K A; 4AS1 A; 1XLQ A; 2KNB A; 3IVF A; 4JQW C; 1I4P A; 1WGY A; 3ZNH B; 4II3 B; 4US8 A; 2JVC A; 4XDC A; 4FN2 A; 1HTO A; 1UEL A; 2WGS A; 4IKG A; 4W9E A; 5AEK B; 1R4N I; 2VH2 A; 2LRU A; 2W3S A; 4EEW A; 3DBL B; 2DZM A; 3C0R B; 4DQO C; 4KZ0 A; 2KJH B; 4RFB A; 3V6E B; 4F8C B; 1DOI A; 2CJN A; 3WCQ A; 1P1A A; 4PYZ A; 1XCQ L; 4KIK A; 1L0Y B; 5DCN A; 1UUP A; 1FEH A; 3NUH B; 5BYR A; 3QA8 A; 2K6Q A; 3B08 A; 4S17 A; 3PZ8 A; 2INN E; 2O2V A; 4YSZ B; 3BWU D; 5GXG B; 2LXC A; 2ZW1 A; 3NVZ A; 4UDU C; 1N5X A; 1RRB A; 1TY0 A; 4NQL B; 3SD5 A; 4ANX A; 4NJC A; 2L0T A; 4B0M A; 2W55 A; 2CHW A; 3BYY B; 2QJL A; 1P0R A; 1C4P A; 2SEB D; 2RGF A; 4EE2 A; 1YN4 A; 4DDI D; 3TIX A; 2KMC A; 2WU2 B; 2MEK A; 3R3M A; 1WM3 A; 5BYS A; 3P1M A; 3JW0 X; 4R3D A; 4WJP A; 2KWU B; 2J7Q B; 4ACF A; 1YJI A; 2OED A; 3BK1 A; 3C19 A; 3PHX B; 1J19 A; 5LNK 1; 3JVZ X; 2LGY A; 1WXM A; 3RPF C; 4F7Z A; 3R2T A; 1GPX A; 1L7Y A; 1XCT L; 4LNO A; 3KW5 B; 5GMV A; 2JX5 A; 4N58 A; 1TKY A; 4Q2J A; 4HCP B; 1C79 A; 3A1Q B; 3PRP B; 2JY6 A; 5FK9 C; 1D5X C; 1Q0W B; 1WE6 A; 1IP9 A; 1GC6 A; 2MBE A; 4I6N B; 1K52 A; 2KT7 A; 2MH7 A; 2PE6 B; 1IGD A; 3TEZ A; 2XNA C; 4ARC A; 1CZP A; 3BVZ A; 2M8S A; 2RPQ A; 1JWA D; 1N6Z A; 1ET6 A; 2IZV B; 1P3Q U; 3P4S B; 4RGN A; 3AEF B; 5D2M B; 4JGH B; 2BKF A; 3RI7 C; 2V4L A; 2WNM A; 3AH7 A; 5DPS A; 4MT5 A; 1Y56 A; 4TSS A; 4DHZ E; 4MM3 A; 3K9O B; 4MGI E; 2VZK B; 2D3B A; 2NTT A; 1JML A; 1V5O A; 2PMV A; 3OG5 A; 2FUH B; 3ZRC A; 3RMK C; 3OJ4 B; 3EHV A; 1F52 A; 4GLS C; 3N32 A; 1UGJ A; 4RF1 A; 2Q5W D; 5DPW A; 1M4V A; 3IFW B; 4BKG A; 2OOB B; 1YOV B; 2K0P A; 1MI0 A; 2G1E A; 4JL9 A; 2D11 A; 5C3J B; 5IP4 D; 4E71 A; 3DWG C; 1K53 A; 1F1H A; 5CHW A; 1NVI D; 1YD8 U; 4HRO A; 2KWC A; 2C7H A; 3RNA C; 3NZU A; 1YN5 A; 3RNG C; 3N9Y C; 2JXT A; 3RT3 B; 1YJ1 A; 2LWP A; 1WRD B; 5JZE B; 3ZJU A; 3RNE C; 2KN5 A; 5E6O A; 2DLB A; 4OVV A; 2AL6 A; 3CMM B; 4HEA 1; 4TQ1 A; 3BII D; 2JWZ A; 1QOG A; 4GOC A; 4HPM B; 2BTE A; 1HE8 A; 1E7U A; 2C5L C; 1PDX A; 4FBJ B; 4XWW A; 2DAF A; 1I4R A; 2ZCB A; 4HK2 A; 3SU8 X; 5DPR A; 3CF6 E; 2O6V B; 3TCA A; 2CR5 A; 1Q1O A; 1P7F A; 2KC1 A; 1ZGU B; 5HG2 A; 3GZN B; 1TKG A; 5CX3 A; 5T8I A; 2ON8 A; 2L32 A; 1ACC A; 3RZW C; 3PHW B; 1AW7 A; 3WIM A; 1V1O A; 2KWD A; 4KZC A; 1EWC A; 3AEA B; 3R66 C; 3TJP A; 1SE3 A; 2KKC A; 1EWY C; 3NHE B; 3FAH A; 3Q8E A; 1NEN B; 4XGA B; 1LGR A; 4ASW C; 1UNS A; 1WSP A; 4PYU A; 1WR1 A; 1B9R A; 1SE2 A; 2IGH A; 3Q3N C; 3I5J C; 3ML9 A; 4DXF A; 3A4S C; 1Z5S B; 3MHZ A; 4I6L B; 3MFG A; 1AYF A; 1JWM D; 3QQ8 B; 5H92 C; 2MLB A; 2LHD A; 1GB4 A; 4KDI C; 3QWZ B; 1VCB A; 2G45 B; 3VHT C; 1E8X A; 3APF A; 3ZJT A; 4AJW A; 1T5X D; 3AEB B; 3CST A; 2LRW A; 2D10 A; 2LVO A; 2KTR A; 3AE6 B; 1FIQ A; 4IWP A; 1E5W A; 3KVF B; 4BBN C; 1EF1 A; 4KKJ A; 1ZDV A; 4DHJ D; 1F77 A; 4OHJ A; 2WDR B; 1FXA A; 1GG3 A; 5E6N A; 2W9N A; 2IO1 B; 1T0R C; 2MP2 A; 2DYM A; 1JRP A; 5D3D A; 4XX5 A; 3RN9 C; 4MSM B; 4G3X B; 2KMA A; 4KGT A; 2RDH A; 5HKH A; 2ASQ A; 2BPS A; 3UGB B; 1PGA A; 3GE3 C; 3W5U B; 1XXG A; 1ZXI A; 3H8H A; 3H9D A; 1YJJ A; 2K8H A; 2LEK A; 4REZ A; 1AWD A; 3N3K B; 3ZNI D; 2NPT A; 3MJW A; 5TR5 A; 5G2N A; 3GS2 A; 1MHH E; 1SBB B; 1FFU A; 1SE4 A; 3N30 A; 5MPO A; 1VD2 A; 4IW0 A; 4WAF A; 1FM0 D; 3V62 A; 4US9 A; 3GB1 A; 3VR9 B; 2AQ1 B; 3M63 B; 4B9K A; 4LNF A; 2J0M A; 1F0Z A; 4KKI A; 3ZDM C; 1M94 A; 3MTN B; 3ZNZ B; 3TL5 A; 2GBK A; 3PO0 A; 2BB6 A; 3LB8 C; 2LZ6 A; 2EKE C; 2N7D A; 2UU7 A; 3TUO A; 4WJO A; 3VTU A; 4YXD B; 1L2N A; 1V8C A; 4B6W A; 4EZJ A; 3ABV B; 1PQS A; 1V97 A; 1HTQ A; 3APC A; 3BK2 A; 4B0E A; 4HPP A; 2A4Z A; 2PPH A; 4USA A; 1N61 A; 1FFV A; 4N9F 4; 1XLN A; 2V3P A; 2K6D B; 3OLM D; 2I38 A; 2N0S B; 2MBQ A; 3ZRF A; 1SIF A; 3RFZ B; 1YQB A; 2GBJ A; 1F2R I; 4NAM A; 4BBN F; 4L2Y A; 3U52 E; 1DOY A; 5IO9 A; 3L0W B; 3PPA A; 3R7R A; 3EFC A; 4KGS A; 4IC7 B; 1FCC C; 3DWM A; 4NJ7 A; 3SFE B; 2LVP A; 2WWZ A; 3AE7 B; 4ZRI A; 4HKZ E; 4DXA B; 3LYY A; 1QQR A; 1C9F A; 2NVU I; 1SSN A; 1I35 A; 1U4A A; 2IJ0 A; 4JPS A; 5C1Z A; 4E74 A; 5L83 A; 3ZO5 B; 4EFO A; 2V1Y A; 2UYZ B; 1E8Z A; 2JYE A; 3UIP B; 3AEC B; 2K25 A; 4WJN A; 3PV1 A; 1MG4 A; 4FLH A; 4ICV A; 2JQR B; 4GDL A; 1G6J A; 1BUI C; 2K39 A; 4II2 B; 4KSK C; 2KJ6 A; 3ONS A; 3R8B A; 4URK A; 4ANU A; 2V9H A; 3EEC A; 3HVD A; 3BYT B; 2IO2 B; 1E8Y A; 3VRA B; 2AQ3 B; 4KX6 B; 2I1K A; 3OWE B; 1E7V A; 1L0V B; 1TTN A; 3P4R B; 5TSS A; 3HM3 A; 1Q5W B; 1KLV A; 2RD0 A; 2IBI B; 2KDI A; 5JHB A; 4LTU A; 3V05 A; 1R4M I; 3L16 A; 5BMG A; 5EE3 A; 5BO4 B; 4WWN A; 2QHO A; 3H7S A; 5JHA A; 5EE0 A; 2JF5 A; 2ONQ A; 3PVL A; 3Q8F A; 3RUI B; 5FKA C; 4LJO B; 4S0R A; 2Y5C A; 3U30 A; 2WXL A; 2E6X A; 2KQ4 X; 3DBH I; 2W3R A; 3DBS A; 1E0Z A; 1IBX B; 3RUL A; 4PS8 A; 1SJH D; 2Z8L A; 1D4B A; 1MHX A; 5H8Y E; 4A8X C; 1D6E C; 1JWU D; 4BVU C; 3PT2 B; 3AE8 B; 2KLG A; 3I9V 1; 3V6C B; 1TS4 A; 3CIR B; 2W82 A; 4OZA A; 4CQN A; 4C56 C; 3NJT A; 4MJS A; 2NR2 A; 2WX1 A; 2JXX A; 1WXA A; 3W9C B; 1KM7 A; 3B2G A; 2CU1 A; 3B9J A; 2WS3 B; 2I2Y A; 4KVG B; 1V1P B; 3W1S A; 2KX3 A; 3AV8 A; 2YLM A; 3Q3F A; 4M00 A; 1SXT A; 3P42 A; 3ZKJ C; 1UWM A; 3I57 A; 4MGY E; 5IOI A; 2N7J A; 1EF5 A; 2MRP A; 3VR8 B; 4HDQ A; 4YT0 B; 4GN1 A; 1TS5 A; 2IO0 B; 3VUW A; 3AE9 B; 3AE5 B; 3VFK A; 2KTF A; 1E9M A; 1GAQ B; 2C7M B; 1TT5 B; 2DYO A; 2H89 B; 4HXD A; 4AQ7 A; 3SDL C; 3GE8 C; 2WXN A; 1HA5 A; 2J0K A; 2PJH A; 4RNA A; 3AB5 A; 4K81 A; 2AQ2 B; 1S3S G; 4PS3 A; 3QAR A; 1E90 A; 3J9C A; 2ZVO A; 1SGH A; 2LD9 A; 4NAW A; 1EU4 A; 3L17 A; 3VRB B; 3IHP C; 2M0X A; 3E56 A; 5D94 A; 2PE9 A; 3RNB C; 1LXD A; 5CTR C; 5HFY A; 1ZUD 2; 4GSW A; 4FUL A; 1HQR D; 3NOB A; 1WE7 A; 4NJ6 A; 4FJZ A; 1YIW A; 4X57 B; 2N9X A; 1N5W A; 2IGG A; 3AU4 A; 1ZE3 D; 5EE9 A; 1RM6 C; 4K3B A; 4A20 A; 2HE7 A; 1XD3 B; 3P4Q B; 2BVC A; 3KH0 A; 4OZB A; 4ZDV A; 4CO7 A; 3P63 A; 2HD5 B; 3ZLZ A; 2GB1 A; 5BMH A; 4A3O A; 1UBI A; 2MWS B; 3NZS A; 1PFD A; 4RMA A; 4RM8 A; 2GI9 A; 2RSU A; 5EDS A; 1STE A; 1FNW A; 2N1W A; 4H2A A; 3BZD B; 3JSV B; 1K50 A; 4AOF A; 2KXJ A; 2N4F A; 4W9H A; 2KDM A; 2MJE A; 1TYG B; 1WYG A; 1LM8 B; 1FD6 A; 3MC8 A; 4WJQ A; 2EMT A; 4HWI B; 2E3T A; 3MHS D; 1WY8 A; 1A5R A; 2XK5 A; 2KFK A; 4EZK A; 2WP9 B; 3AE1 B; 3KYD D; 1WH3 A; 3ZDT A; 2WDT B; 3V60 A; 1N62 A; 3OAW A; 2B76 B; 4DDG D; 2M1M A; 3OJ3 A; 3A9J B; 1FNU A; 3VH4 B; 2AWT A; 5C23 A; 3L13 A; 3S2A A; 1KJT A; 3RZF A; 2WDV B; 4AUQ C; 3Q8B A; 3UIO B; 2C9W B; 3AEE B; 1KRH A; 4IUM B; 2ACZ B; 2V3N A; 2FID A; 5IN7 A; 2LFI A; 1YX6 B; 2QC8 A; 2FBW B; 4JLC A; 2VRR B; 2PVG C; 2BS2 B; 1WJN A; 1Y8R C; 3VTV A; 2NMQ A; 3DBR I; 4LDT B; 1I7H A; 2L83 A; 4L23 A; 4XYC A; 2KZR A; 4ZHP A; 1OGW A; 4RH6 A; 2FAZ A; 4C4V A; 1NBF C; 5IAA C; 1EUV B; 2KQS A; 3VDZ A; 4ZYS A; 3ML8 A; 3AXC A; 2FCM A; 4GDK A; 3DVN U; 1RAX A; 2MBH A; 4ZYN A; 2BS3 B; 4ZOH C; 1V49 A; 1WF9 A; 2EEL A; 3WAN A; 2DHZ A; 4B95 A; 4N59 A; 4C7Y A; 3UQB A; 2GBN A; 3NVV A; 4LLG M; 2MSE D; 3HVZ A; 4QAY A; 3KQ4 A; 3EA6 A; 1J0G A; 3L08 A; 4A55 A; 2VZK D; 1WMH B; 2Z0D B; 1WZ0 A; 3APD A; 2ZEQ A; 1OFF A; 4TKN A; 1KLG D; 1OEY J; 4KDL B; 2ICI A; 4MDK E; 1SJE D; 3QHT A; 2R61 A; 1YMH E; 3A9K B; 1OEY A; 1WXV A; 2L05 A; 3WAM A; 1K8R B; 2DZI A; 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4ITK A; 1Z2M A; 2NCN A; 3NG0 A; 2O2V B; 3Q3O C; 1R4M B; 1NDD A; 1SB3 C; 1L5P A; 2QSD A; 2TSS A; 1N63 A; 3DHI C; 3EFU A; 1P9D U; 1WX8 A; 2IO3 B; 1WGD A; 3ZW3 A; 2K9X A; 2KAN A; 3DVG X; 3ZGZ A; 1JRO A; 2M56 B; 1I4G A; 2PIA A; 3HHM A; 1ZDX A; 3CWI A; 4HPL B; 2WXR A; 2FCS A; 1N60 A; 3DBH B; 3BIN A; 4F1S A; 2M0A A; 4KV2 A; 1OQR A; 4GGQ A; 3U7D A; 1WIA A; 2L1A A; 2LGX A; 2V3S A; 2WHI A; 1L6U A; 2R2Q A; 3LXF A; 5KHQ A; 1WGG A; 3K9P B; 2N1V A; 1K51 A; 1JWS D; 2BS4 B; 2OJW A; 3FC4 A; 4A6Q A; 1QIL A; 2Y3A A; 2WXH A; 4IM2 A; 5J2R A; 4D2K A; 3ENE A; 2IND C; 1EM7 A; 3Q14 C; 1UZX B; 5LLI A; 1RFA A; 1TBE A; 4WWO A; 2G4D B; 4W9D A; 1ISN A; 3V3X A; 2JYT A; 3B2F A; 1BXT A; 4M01 A; 1QOB A; 3QAQ A; 3AE3 B; 4HVB A; 1PGX A; 2MCN B; 3ZQ4 A; 2K22 A; 1WWT A; 4YSY B; 1VDV A; 4W9C A; 3NS8 A; 3PTF C; 4HJG E; 3DQV A; 2O6V A; 3E9S A; 2WXG A; 3B0A A; 3C8Y A; 2LVQ A; 4HCN B; 1V6E A; 4A90 A; 4BZA A; 1R4N B; 1X1M A; 3KUC B; 1V86 A; 3SFD B; 3LDZ E; 4MM3 B; 4OW0 A; 2HDE A; 1DOX A; 2LUE A; 3BVM A; 1HZ6 A; 2LGI A; 3DOW A; 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