The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.
Total Genus |
15
|
sequence length |
65
|
structure length |
65
|
Chain Sequence |
KEEVTIKVNLIFADGKIQTAEFKGTFEEATAEAYRYADLLAKVNGEYTWDLEDGGNHMNIKFAGK
|
The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.
After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.
| publication title |
Comparison of the crystallization and crystal packing of two Fab single-site mutant protein L complexes.
pubmed doi rcsb |
| molecule keywords |
Fab 16D9D6, light chain
|
| molecule tags |
Immune system
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| source organism |
Finegoldia magna
|
| total genus |
15
|
| structure length |
65
|
| sequence length |
65
|
| chains with identical sequence |
F
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| ec nomenclature | |
| pdb deposition date | 2005-01-21 |
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
| Class | Architecture | Topology | Homology | Domain |
|---|---|---|---|---|---|
| Alpha Beta | Roll | Ubiquitin-like (UB roll) | Ubiquitin-like (UB roll) |
#chains in the Genus database with same CATH superfamily 1MHX A; 5BMG A; 2I38 A; 3FIL B; 2QMT A; 2LHE A; 2EEL A; 3MP9 A; 2ZW1 A; 4HKZ E; 1K50 A; 1F2R C; 2KAC A; 1MHH E; 3UI3 A; 2ZW0 A; 2IGH A; 1IBX A; 1YMH E; 2IGG A; 2LGI A; 2OED A; 1MPE A; 4IOI E; 2I2Y A; 4MAC A; 4OZB A; 1Q10 A; 1GB1 A; 1K53 A; 1PGA A; 4OZC A; 1XF5 L; 1ZXH A; 2PLP A; 2JWU A; 1IBX B; 1YNT E; 3V3X A; 5BMI A; 4HJG E; 2PW9 A; 2J53 A; 1C9F A; 1D4B A; 2GI9 A; 1FCC C; 2J52 A; 2KWD A; 2NMQ A; 2N9K A; 1QKZ A; 1P7F A; 2N7J A; 4KGR A; 4D2K A; 5HFY A; 1IGD A; 1HEZ E; 5HHD G; 4KGT A; 1EM7 A; 1UWX A; 5BMH A; 2PTL A; 1KH0 A; 2IGD A; 2RMM A; 4KGS A; 1XCT L; 5HI1 A; 4WH4 A; 1HZ5 A; 2ONQ A; 2JXT A; 1IGC A; 4GLS C; 5HG2 A; 4OZA A; 2GB1 A; 1FCL A; 1JML A; 1MI0 A; 1PGB A; 2JZP A; 2KDM A; 1F2R I; 1PGX A; 3FIL A; 2JSV X; 2LHD A; 5JXV A; 1HZ6 A; 1K51 A; 2N9L A; 3GB1 A; 2LUM A; 2ON8 A; 2RPV A; 1FD6 A; 1MVK A; 2QSD A; 1XCQ L; 1P7E A; 1GB4 A; 2JU6 X; 2K0P A; 1K52 A; 4IKG A; 2KN4 A; 2KQ4 X; #chains in the Genus database with same CATH topology 2JRI B; 4PT5 A; 2ACZ B; 2V3P A; 2H89 B; 4TMA B; 3OAW A; 3KWV A; 4HLE A; 2NCN A; 1C4C A; 3V61 A; 1NDD A; 4LNI A; 1U4A A; 1OEY A; 4K7U A; 3AE2 B; 4ZYN A; 3EUB 2; 3R7Q A; 2L76 A; 2L00 B; 3LJ3 A; 2ICI A; 3APC A; 1Z5S B; 2GMI C; 4OVZ A; 4BKT A; 2GLS A; 4IOI E; 4XC2 A; 2RPQ A; 1ENF A; 3ENE A; 3PO0 A; 2C5L C; 4NY0 A; 4KZC A; 2CS4 A; 2M17 A; 4W9H A; 2BW2 A; 4LLG M; 2IBI B; 4ZRI A; 3N9Y C; 2IJ0 A; 4I6N B; 4MM3 B; 4ARI A; 4HJK A; 3GOE A; 5TSS A; 3KQ4 A; 2O2V B; 1C1Y B; 2MJD A; 4W9L A; 3P1M A; 2KJH B; 3B08 A; 4W9F A; 3E9S A; 3VDZ A; 1LFD A; 1L0V B; 4G11 A; 2FUH B; 3EGR A; 3SR6 A; 3V60 A; 5HKH A; 2DZK A; 3EA6 A; 3D32 A; 2GRI A; 4RGT A; 3ZGZ A; 4IM3 A; 3U4E G; 4TQ1 A; 2YVC A; 4PYZ A; 1D5M C; 1TT5 B; 3VUX A; 2MJ3 A; 2IO0 B; 2ZNV B; 3APD A; 4C7Z A; 3BIN A; 2B76 B; 2M0X A; 4GSW A; 3ZIM A; 2DHZ A; 4ICU A; 2G4D B; 1N60 A; 2NS5 A; 3QWZ B; 3EHV A; 4HWI B; 2IZV B; 5T8I A; 5D94 A; 3W9C B; 5EE3 A; 1OQY A; 2D3A A; 1XQQ A; 1OEY J; 4DDG D; 2PPH A; 1WIA A; 2KJ6 A; 4XX5 A; 4YTN B; 3DVN V; 1S3S G; 4NAW B; 3ZTD A; 1TKE A; 4WWN A; 1MHH E; 1KRH A; 1V2Y A; 3VUW A; 1WXV A; 2N4F A; 2IGG A; 1WMH A; 3WAN A; 2V1Y A; 3QQ8 B; 4RGO S; 1MG4 A; 1WZ3 A; 2W54 A; 4OZB A; 1SEB D; 4G3X B; 3H7S A; 2FCN A; 3RNA C; 1J7A A; 3ML8 A; 4AWJ A; 4B0E A; 3ZO5 B; 1TKG A; 4EZL A; 1TJE A; 3W1S C; 4NJ7 A; 4HJG E; 1VZ7 A; 3GE3 C; 3QA8 A; 1XLO A; 1DYQ A; 4I6L B; 2J4X A; 2KHW B; 4MSQ B; 3SU8 X; 1DOY A; 3AE4 B; 3I3T B; 2N7E A; 4FUL A; 1RFK A; 3Q6B A; 1JRU A; 4NQK E; 1SSN A; 1EO6 A; 2ZVN A; 2I1J A; 1WGK A; 4TUU A; 3MC9 A; 4OZA A; 4WWP A; 2L8J A; 3UIP B; 3WAP A; 2K5P A; 3LB8 C; 1I4R A; 2BBC A; 4A6Q A; 2KMC A; 1JRP A; 5FR3 A; 4K7S A; 2N9L A; 2LUM A; 4FAD A; 3P63 A; 2JYT A; 4JX1 C; 4X57 B; 4KVG B; 2UWQ A; 3DOW A; 5G5G A; 2C7M B; 3TUO A; 2D3B A; 3AU4 A; 1ZOY B; 1Q1O A; 2L83 A; 3O65 B; 3AM9 A; 3FC4 A; 1C76 A; 2QMT A; 3BYT B; 3V62 A; 3CF6 E; 3ZTC A; 1AW7 A; 2MHJ A; 2KDI A; 4WJP A; 1D6E C; 4DDI D; 2WXM A; 3K9P B; 4K7W A; 2BF8 B; 2KTR A; 3W1S A; 1R4M I; 2E6X A; 3H7P B; 1T6B X; 1V1P A; 3KYD D; 3B0A A; 2JZ3 B; 4URK A; 4OZC A; 4NJ6 A; 2BWE S; 3JSV B; 4WIP A; 3ZJT A; 2J0K A; 3V3X A; 3CSF A; 4KDI C; 1RWS A; 1WGH A; 4BOZ B; 1XLQ A; 2MBH A; 4A3P A; 2JT4 B; 2GI9 A; 3H1U A; 4A90 A; 4BFR A; 4K1R B; 3DHG C; 5J2R A; 1MJD A; 4W9D A; 1RM6 C; 3L13 A; 4D2K A; 2M56 B; 2L0F A; 5LLI A; 4KGT A; 3TSS A; 1TS3 A; 3RNE C; 1KH0 A; 4RGM A; 3EEC A; 3NS8 A; 1T0Y A; 4GLS C; 2K3U A; 4C7Y A; 2HJ8 A; 1ZPS A; 3NS1 A; 5J17 A; 4DHJ D; 3NVW A; 1E5W A; 1E7P B; 1OQQ A; 1S1Q B; 1T0Q C; 4EZJ A; 1YQ4 B; 2YEP B; 4WAA A; 3ZDT A; 3Q69 A; 1I42 A; 2NTT A; 1HA5 A; 1F2R I; 2TSS A; 1YJ1 A; 3UF8 A; 1VD2 A; 4GDK A; 1C78 A; 2K0P A; 3A9J B; 4XDC A; 4XGA B; 1V5T A; 4HPL B; 4ZHO A; 1F1H A; 3SD5 A; 1N6Z A; 4Q2J A; 2GOW A; 2BTE A; 4TV3 A; 3BYY B; 4USA A; 1SE9 A; 3GE8 C; 3A4S C; 1EUV B; 3NVY A; 1WRD B; 5G55 A; 2MA9 B; 1SJE D; 2WXN A; 2CJN A; 2JUO A; 4KIK B; 1WJ6 A; 1GB1 A; 3ZJU A; 1R4M B; 1GC6 A; 3HM6 X; 4HXD A; 3Q8A A; 1ZXH A; 2K25 A; 1UEL A; 2CHX A; 5H92 C; 3ZDM C; 3Q3J A; 3ZYY X; 1IBX B; 1GC7 A; 2EKE C; 1T3Q A; 2XNA C; 4PS3 A; 3AEF B; 3R3M A; 2WNM A; 2DBY A; 4LNF A; 2KVZ A; 4W9G A; 1QLB B; 2KD0 A; 1RLF A; 2KFK A; 3Q3N C; 3I5J C; 2K39 A; 3CST A; 4MJS A; 2ONQ A; 1E7V A; 3IG3 A; 2BKF A; 3X0W A; 2LUE A; 4B9K A; 1FIQ A; 2G3Q B; 1KLG D; 2KC2 A; 2YEP F; 3PLU A; 1B9R A; 2WXI A; 4GU2 A; 1EU3 A; 3DPD A; 3L4P A; 3GB1 A; 4KSK C; 5DPT A; 3AEE B; 4XE0 A; 4EZK A; 1FD6 A; 1TIF A; 4A20 A; 2QSD A; 4MEL A; 3RFZ B; 4HCN B; 2PKO A; 2R2O A; 3Q8E A; 4RFB A; 1I4P A; 3QAQ A; 2AQ3 B; 5AEK B; 2LRU A; 4C56 C; 4PS7 A; 2LZ6 A; 4KDL B; 4A55 A; 1WRI A; 2ZW1 A; 1E0Z A; 2MP2 A; 2V0G A; 2XEW A; 1EF5 A; 4FN2 A; 4W9E A; 4K3C A; 5CHW A; 1H8C A; 3AH7 A; 1MPE A; 2IYD B; 3GS2 A; 2LVQ A; 2WWZ A; 2R61 A; 2NBU A; 2G1E A; 3UIO B; 4EOY A; 4LK0 M; 2JY6 A; 4L1B A; 3VTV A; 2RDH A; 1OGW A; 4F7Z A; 2O6V A; 3ABV B; 1D3Z A; 2JWU A; 3X23 A; 1GPX A; 1WR1 A; 3AU5 A; 3U52 E; 2KYW A; 4GB9 A; 2EKI A; 1CMX B; 3DVN U; 3PTF C; 4RCO A; 3RYT A; 1FNU A; 4RF1 A; 1R4N I; 3RD2 A; 1GUA B; 2MBQ A; 4P6V F; 2BB5 A; 3RNG C; 1C4P A; 5DPW A; 1RFA A; 3O13 A; 1HEZ E; 3WIM A; 1AYF A; 1UWX A; 5BMH A; 2IGD A; 1IP9 A; 1FNW A; 4S17 A; 2N9X A; 2BT6 A; 1LXD A; 1L6V A; 2R2Q A; 1LQB A; 5E6J A; 1KLU D; 2QCZ A; 2PVO D; 1FCL A; 4YSZ B; 2WYQ A; 1V49 A; 1X1M A; 5D6J B; 2JZP A; 2MBO A; 1L7Y A; 3V6C B; 3I9V 1; 2BPS A; 2QJL A; 2V4L A; 3C19 A; 1WY8 A; 1K51 A; 3NY5 A; 4JL9 A; 3RNB C; 3QAR A; 1LM8 B; 3PRM B; 4FA6 A; 1E10 A; 2O6V D; 2WQY B; 3RZF A; 2JQR B; 2BYV E; 2K9X A; 2KTF A; 3RUI B; 3NOB A; 1YX5 B; 1QOB A; 1V8C A; 3TBL D; 1JWU D; 1TS4 A; 1M94 A; 4GN1 A; 2EEL A; 3A9K B; 2OJW A; 1ZDV A; 1QZE A; 2NTS A; 2AWT A; 4K3B A; 4XWW A; 3NRZ A; 3W1Y A; 2I1K A; 2KAC A; 2LRW A; 4YTM B; 4FJY A; 3K9O B; 1Q0W B; 1SE4 A; 1YQB A; 4JIO U; 3TEY A; 2KMA A; 4G0N B; 1TZO A; 2KKC A; 4DXA B; 2MJE A; 2O2V A; 3KVF B; 3RNF C; 2Y5P A; 3BWU D; 1WI0 A; 3DBR B; 2BS4 B; 4WJO A; 2DX5 B; 5AUI A; 1J0G A; 3NZU A; 1C3T A; 1GG3 A; 2WXJ A; 3DHH C; 1JWM D; 2KK8 A; 4KZ0 A; 4IC7 B; 4PYU A; 4ARC A; 4AJW A; 5BO4 B; 2PIA A; 3Q14 C; 1R4N B; 1FNV A; 4WQM A; 5GMV A; 2NR2 A; 3DBL I; 3C0R B; 1HQR D; 3VXW A; 1KOT A; 2JWZ A; 1IGC A; 4AOF A; 3IVF A; 2Y5B B; 2IO2 B; 3W5U B; 3HVZ A; 1TYG B; 5CHF A; 3TEZ A; 2Z8L A; 2LWP A; 4M0W A; 3OG5 A; 2PE9 A; 2MSE D; 2Z0E B; 3WAO A; 3ZJV A; 1RAX A; 3DHI C; 3DCG A; 4MT5 A; 1ACC A; 2K8B A; 4YSY B; 4NNJ B; 3RPF C; 4I6P A; 1PYW D; 2FBW B; 3MJW A; 4HEA 1; 4IKG A; 3PSE B; 5CHV C; 4PS8 A; 5C2T B; 2KQ4 X; 3TJP A; 3S2A A; 3H6N A; 4HDQ A; 2CHW A; 4WWO A; 3IBE A; 2AQ2 B; 4LCD E; 4LDT D; 4CO7 A; 1QQR A; 3PZ8 A; 1B1Z A; 2LGD A; 1T0R C; 1VRA B; 3A1Q A; 1L5P A; 5IP4 D; 4RM8 A; 1ZXI A; 2EMS A; 3IXS A; 2IGH A; 3DBH B; 4JE3 B; 4QAY A; 1VDV A; 2OED A; 4DK5 A; 2KDE B; 3B2F A; 4YSX B; 3NVZ A; 1WXM A; 4MAC A; 3TMP B; 1TKY A; 3KW5 B; 2WP9 B; 4P7I A; 2XK5 A; 4FHJ A; 4GDL B; 1F52 A; 2G9H D; 2RDG A; 2D3C A; 2HTH A; 1ZUD 2; 1Y56 A; 2PW9 A; 2J53 A; 4M00 A; 1L2N A; 3Q2A C; 1J19 A; 1I4X A; 4TKN A; 3TL5 A; 4HK2 A; 3MHS D; 1SGH A; 2H88 B; 2E3T A; 1F0Z A; 2L3Z A; 5J18 A; 4A8X C; 1NVI D; 1E8X A; 2KWC A; 5C1Z A; 2KX0 A; 2PTL A; 3ZW3 A; 2WHI A; 1ZKH A; 5HI1 A; 3W5V B; 2W82 A; 2IND C; 3N30 A; 3DBL B; 2L05 A; 2KDF B; 3EC8 A; 1MG8 A; 2CU3 A; 2DYO A; 1PGB A; 4AS1 A; 1YJJ A; 2KDM A; 4AP4 C; 3BVZ A; 4P16 A; 3WAM A; 3BZD B; 3VUY A; 2HD5 B; 3CMM B; 4K81 A; 3L17 A; 1MVK A; 4ZHP A; 1NEN B; 1K52 A; 4NZL B; 4BKG A; 1TGZ B; 2LAS A; 4ICV A; 2N9P C; 2NPT A; 2XN9 C; 1WMH B; 3NHE B; 3QJZ A; 2LI5 A; 3AE3 B; 3Q8B A; 5G5H A; 1UZX B; 3UGB B; 1FMA D; 4HDO A; 3UQA A; 3FAH A; 1Q10 A; 4CQN A; 2D5G A; 3HHM A; 1WJ4 A; 2ZJD A; 2KMM A; 1J8C A; 3HM3 A; 1WE7 A; 1DGJ A; 2WLB A; 1FXA A; 2FID A; 1UWM A; 3AMZ A; 5I4D A; 5FK9 C; 2J52 A; 2KWD A; 1BXT A; 2WX0 A; 4ZRQ A; 2LGX A; 4KGR A; 5HFY A; 5E6O A; 1EU4 A; 4KX6 B; 3MC0 B; 3M63 B; 2BGF A; 2MEK A; 3P4Q B; 4WJN A; 3EFU A; 4WH4 A; 2JXT A; 2SEB D; 2AQ1 B; 5JZE B; 1UF0 A; 1IPG A; 4US8 A; 5IA7 A; 5D7G A; 1V5O A; 2FCM A; 3AE8 B; 1JML A; 1WGY A; 1ROE A; 4OW0 A; 2QIE B; 2WDR B; 3DVG X; 2IO1 B; 4JWU C; 4LNK A; 4NJC A; 1VZ6 A; 3GP7 A; 4ZOH C; 4ZRP A; 4ANU A; 3HRD D; 3QK0 A; 5EE1 A; 3VRB B; 2FIF A; 4HPM B; 3IT6 B; 3ECI A; 4DWF A; 1UNS A; 1N63 A; 2KAJ A; 2DLB A; 2LVO A; 3QC8 B; 2DNF A; 3AEC B; 3ML9 A; 4LJO B; 3TCA A; 1VJK A; 4MH8 A; 3WCQ A; 3AE7 B; 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1G6J A; 1K53 A; 5L95 C; 3RZW C; 3ALB A; 1VR9 A; 3FKY A; 4C00 A; 2WDV B; 1WGR A; 1NYQ A; 1UBI A; 5IN7 A; 2HJ1 A; 1OFF A; 4RH6 A; 3P4R B; 1C77 A; 3A4R A; 1SIF A; 1I4Q A; 3ZNG C; 2D10 A; 2KFK B; 3WA0 A; 2NMQ A; 2FCQ A; 4ZYS A; 3Q8F A; 3DBR I; 2BYE A; 4J6I A; 1GAQ B; 2W9N A; 4N6E B; 1FRR A; 1IGD A; 4MJS B; 2MH7 A; 3IFW B; 2JF5 A; 1AN8 A; 1XT9 B; 4MGI E; 3R8B A; 4A3O A; 3ZNI D; 5HG2 A; 2KZR A; 2FCS A; 2UU7 A; 1QOF A; 5EE0 A; 1V6E A; 2AL6 A; 2GBM A; 4G50 A; 1FEH A; 1SE2 A; 2BVC A; 3N3K B; 1ZDX A; 2KDB A; 2N1W A; 2K6D B; 3VVW B; 4L2Y A; 1E90 A; 1PGX A; 3T9L A; 5E6P A; 2LFI A; 2J0M A; 5BYR A; 2JU6 X; 4ITK A; 4FLH A; 4YXD B; 1F9J A; 2LXA A; 1DOI A; 1JCK B; 3Q3O C; 3ZVV A; 4AQ7 A; 1TS2 A; 3FIL B; 1ISN A; 4HPP A; 3P4P B; 2ZNV C; 4PK1 A; 2MP2 B; 5D2M B; 2RR9 A; 2W55 A; 4OHJ A; 3U7D A; 4P1C C; 2MBE A; 2AEH A; 1YN5 A; 2X38 A; 3RT3 B; 2QHO A; 4R3D A; 1WXQ A; 1K8R B; 3RNC C; 5KHO A; 2DZI A; 2V9H A; 3H8H A; 4REZ A; 1T0S C; 2FNJ B; 2O6V B; 4IM0 A; 1NYR A; 4MEM A; 4MDK E; 4NPN A; 1SBB B; 2Z59 B; 3DBH I; 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