The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.
Total Genus |
13
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sequence length |
108
|
structure length |
108
|
Chain Sequence |
GSSGSSGRKPLQEPCTIFLIANGDLINPASRLLIPRKTLNQWDHVLQMVTEKITLRSGAVHRLYTLEGKLVESGAELENGQFYVAVGRDKFKKLPYGELLFDSGPSSG
|
The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.
After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.
| publication title |
Solution structure of RSGI RUH-062, a DCX domain from human
rcsb |
| molecule tags |
Protein binding
|
| source organism |
Homo sapiens
|
| molecule keywords |
Doublecortin domain-containing protein 2
|
| total genus |
13
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| structure length |
108
|
| sequence length |
108
|
| ec nomenclature | |
| pdb deposition date | 2006-04-26 |
| chain | Pfam Accession Code | Pfam Family Identifier | Pfam Description |
|---|---|---|---|
| A | PF03607 | DCX | Doublecortin |
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
| Class | Architecture | Topology | Homology | Domain |
|---|---|---|---|---|---|
| Alpha Beta | Roll | Ubiquitin-like (UB roll) | Doublecortin domain |
#chains in the Genus database with same CATH superfamily 2BQQ A; 2DNF A; 1UF0 A; 1MJD A; 5IP4 D; 1MFW A; 5IOI A; 5IN7 A; 5IO9 A; 5IKC M; 1MG4 A; #chains in the Genus database with same CATH topology 1P7E A; 2K6Q A; 4WWP A; 2IO3 B; 4KV2 A; 1V1P B; 5HHD G; 3N3K B; 2DEN B; 3ZNZ B; 1YNT E; 1R7S A; 2M8S A; 4H2A A; 3LB8 C; 2NTT A; 3K9O B; 4TKN A; 3EFU A; 4G50 A; 4G0N B; 2LZ6 A; 4US8 A; 2FCQ A; 1QQR A; 4TUU A; 4K7S A; 3RUL A; 4XDC A; 3DDC B; 4E74 A; 5FK9 C; 4GN1 A; 4N58 A; 3NZU A; 2O2V A; 1IYF A; 3UIO B; 1AYF A; 4I6L B; 3UQA A; 2QCZ A; 2KDE B; 5CHV C; 4LNI A; 1K51 A; 1ZKH A; 3T9L A; 5EE9 A; 1UGJ A; 4FHK A; 2X38 A; 3PHW B; 1UUP A; 4NNJ B; 2MJE A; 3AM9 A; 3M62 B; 2ACZ B; 5EE0 A; 5KHO A; 1UBI A; 1JWS D; 1WRD B; 3KUZ A; 4FHJ A; 1YQ3 B; 1V9J A; 3MFG A; 1WZ0 A; 3D32 A; 2QEJ C; 3DVN U; 2W54 A; 2LRU A; 3ZYY X; 3RNA C; 2I1J A; 4MEL A; 1T6B X; 3FC4 A; 1N60 A; 4ACF A; 1CJE A; 1L7Y A; 5CHW A; 1YX6 B; 3KVF B; 3HM3 A; 1HZ5 A; 2Z8L A; 5HFY A; 3AE4 B; 1BML C; 2J52 A; 2DYO A; 4WWM A; 3KYD D; 5DPT A; 1P98 A; 2WXF A; 4JWS C; 5G2N A; 2GI9 A; 1WGG A; 3NY5 A; 3L10 B; 3T8M A; 3DCG A; 1NI2 A; 2A4Z A; 3PV1 A; 1GB1 A; 3OWE B; 2N9E B; 4PYU A; 1HTO A; 2PJH A; 3R3M A; 2D11 A; 1ZGU B; 3CST A; 4OHJ A; 1QKZ A; 2R2Q A; 4ZYN A; 4LJO B; 2KQ7 A; 1XXG A; 1M94 A; 1E8Z A; 2HD5 B; 3MC8 A; 2X8X X; 3CF6 E; 4EZK A; 3O65 B; 1F9J A; 1XLQ A; 2CR5 A; 1P9D U; 2KMA A; 2L7R A; 3ZNG C; 4O1N A; 1C1Y B; 2GMI C; 1TJE A; 2XEW A; 3R8B A; 1C4A A; 3IFW B; 1WWT A; 3SR6 A; 1L0V B; 3L54 A; 3JSV A; 1WYW B; 2L32 A; 3T3N A; 1L0X B; 4HDQ A; 2KJH B; 5CTR C; 4A55 A; 2J53 A; 2HJ8 A; 3PO0 A; 4CYE A; 5BMG A; 2PE6 B; 4JGH B; 1FFU A; 1WJ4 A; 1WM3 A; 3VVW B; 2J0K A; 4AS1 A; 1T5X D; 4M0W B; 2QMT A; 4NQL B; 3H7S A; 4IM2 A; 5DPR A; 5AZH A; 3NS8 A; 1BXT A; 3HIZ A; 3GZN I; 5H92 C; 3EA6 A; 3EGR A; 2PTL A; 1FXT B; 1ZP0 B; 1UZX B; 3Q2A C; 2RDB C; 3VQI A; 3FKY A; 1G6J A; 1FNV A; 4HKZ E; 1V1P A; 1RRB A; 4C4V B; 1L4Z B; 3VFK A; 2AEH A; 4W9K A; 1KM7 A; 3I9V 1; 3ZTC A; 1LM8 B; 2N4F A; 3AEE B; 5BMH A; 2N7D A; 1N5X A; 2KNB A; 2KWV B; 3WAP A; 5JHA A; 1VLB A; 2I1K A; 4IM3 A; 1ZUD 2; 1WJ6 A; 4LNF A; 1D3Z A; 2JYT A; 3DOW A; 3PSE B; 1OEY J; 1D5X C; 1IP9 A; 3DPD A; 4JL9 A; 1WR1 A; 4ZRK A; 2KQS A; 2DX5 B; 4GMV A; 2BS2 B; 2LRW A; 4EE2 A; 2MCN B; 4BKS D; 1TKG A; 4HXD A; 3N1X C; 2N9X A; 3RUI B; 1XCT L; 4IWO A; 3H7P B; 2ZZP B; 2KK8 A; 2W9N A; 2IO0 B; 4YTP B; 4IWQ A; 3ONS A; 3VRA B; 2IBI B; 1PGX A; 3EEC A; 4FAD A; 3IXS A; 1FCC C; 3HM6 X; 4TV3 A; 3N30 A; 1J7A A; 1S1Q B; 3O13 A; 2D2Q A; 2MP2 B; 4KX6 B; 4NPN A; 5D7G A; 3QJZ A; 4P1B C; 4L2Y A; 1N62 A; 3VTW A; 2PMV A; 2XBB C; 3ZIM A; 5C1Z A; 2LEK A; 3FAH A; 1ET9 A; 2MBO A; 1D5M C; 1MG4 A; 1SIJ A; 3UF8 A; 2KFK A; 2NBU A; 2N9P C; 4MSQ B; 4YSZ B; 3AE8 B; 2ON8 A; 3URY A; 1HZ6 A; 2N1W A; 2KJ6 A; 2M0A A; 2LXA A; 4MGI E; 1V49 A; 2NBV B; 5DCN A; 4MAC A; 3V6E B; 1WIA A; 2JZ3 B; 1A5R A; 2WXJ A; 1MHH E; 3DVG Y; 2K0P A; 2LGY A; 4D2K A; 3TEX A; 4BAX A; 1WXS A; 2D07 B; 3W5V B; 2DNF A; 2CHX A; 2IY0 B; 2DHZ A; 3ZJV A; 4TMA B; 3PHX B; 1RWS A; 1CK1 A; 1QT9 A; 2IJ0 A; 4OVZ A; 1VRA B; 2BB5 A; 2IZV B; 1C79 A; 3Q3O C; 2C7H A; 3BYY B; 2WGS A; 3EC8 A; 5D6J B; 2JRI B; 4BOS C; 2C5L C; 2WDV B; 1TBE A; 4FXC A; 3SD5 A; 2J0J A; 3EFC A; 2JXX A; 4JWU C; 2JZP A; 4GDL B; 1SGH A; 1D5Z C; 4MGZ E; 5IKC M; 3R2T A; 2ICI A; 1FRR A; 2BB6 A; 4QAY A; 1EF1 A; 3AEG B; 3BK2 A; 1GG3 A; 2L76 A; 2KN4 A; 2KQ4 X; 1U4A A; 3B08 A; 4M0W A; 4RM9 A; 3AU4 A; 3BY4 B; 4P16 A; 1ZXH A; 2BYV E; 2GRI A; 4WAA A; 4BOZ B; 2NMQ A; 4PS7 A; 4GLS C; 1V8C A; 3IVF A; 3WIM A; 2B76 B; 3AE3 B; 1GNU A; 2KD0 A; 1RFA A; 4MDK E; 3BVZ A; 2HJ1 A; 4RF0 A; 1SSN A; 2ASQ A; 5IO9 A; 1JWA D; 2MEK A; 1KLV A; 5T8I A; 2FIF A; 5FR3 A; 4OVV A; 3A1Q B; 2MBB B; 2AX5 A; 3ZXR A; 2LMC A; 4M8M A; 1EWC A; 3A4S C; 4J3O D; 2DAF A; 1F77 A; 1TYG B; 3A9J A; 2QSD A; 3IHP C; 4HDO A; 2IY1 B; 3W2D A; 3ABV B; 1VR9 A; 2LI5 A; 4FBJ B; 2K8C A; 4KDL B; 3ZDT A; 4F1S A; 4JX1 C; 4XYC A; 3X0W A; 5AUI A; 1K8R B; 1GOZ A; 3B2G A; 2WLB A; 5D3D A; 1C4C A; 5IA7 A; 4YXD B; 2ZEQ A; 3QCA A; 1GUA B; 1WGR A; 5HI1 A; 4RH6 A; 2MBH A; 5AUK A; 1J8C A; 2C7M B; 2FBW B; 3RYT A; 2IGG A; 4A9A A; 2V4L A; 2IPK D; 3OG5 A; 3SEB A; 3RNB C; 3W1S A; 4Q2J A; 5L83 A; 4M8N A; 4WUR A; 4AWJ A; 3M95 A; 2IGD A; 1WH3 A; 3VR9 B; 3Q8B A; 1I4G A; 2JVC A; 2K22 A; 1R4M I; 4HVB A; 1TS5 A; 4TQ1 A; 3VH3 B; 2AQ2 B; 4MSM B; 1SE4 A; 2MRP A; 3A4R A; 3RNC C; 2LJ5 A; 1ESF A; 2BYE A; 1T0Q C; 2LAS A; 1D4B A; 1QIL A; 2WS3 B; 2KOX A; 4DHZ B; 2INN E; 4YTN B; 4HWI B; 3N32 A; 3GZN B; 3DBL I; 3L16 A; 4A3O A; 4YSX B; 5BO4 B; 4KZ0 A; 2FUH B; 3JSV B; 2MQJ A; 4K3B A; 5DPS A; 2G1E A; 2KDB A; 4TQ0 A; 2L3Z A; 4ZYS A; 4BKT A; 1Z2M A; 2V3N A; 2FUG 1; 4LDT B; 1JWM D; 2ZNV B; 2JX5 A; 3TMP B; 4GDL A; 5IP4 D; 1EF5 A; 4WJO A; 1E10 A; 1BUI C; 3AE2 B; 1ZOY B; 3NHE B; 3TL5 A; 2NVU I; 2WXP A; 1TKE A; 4FA6 A; 2WU2 B; 1Y8R C; 1Q1O A; 1PUT A; 1Z5S B; 3QQ8 B; 2M0X A; 3VAW A; 4WJQ A; 2Z0D B; 2MX2 A; 2I2Y A; 1FIQ A; 5D94 A; 3UIP B; 1PGB A; 4LNO A; 3FIL B; 2K1F A; 1SJE D; 1V81 A; 4ICV A; 1IGD A; 1SF0 A; 1TY2 A; 5E6O A; 3EHV A; 2H89 B; 2N7E A; 4LJP B; 2L52 A; 2DAJ A; 3PZD A; 1IGC A; 1ROE A; 3Q14 C; 2A5U A; 5J18 A; 1NEN B; 4USA A; 1I4R A; 3A1Q A; 4RGT A; 3MJ5 A; 1YJI A; 2LVQ A; 3TUO A; 3QA8 A; 2GBJ A; 2NPT B; 3KH0 A; 3UIN B; 3A33 B; 5I4D A; 1N5W A; 1C76 A; 2LHE A; 2CJO A; 2V9H A; 2JZZ A; 1UH6 A; 2K8H A; 3KWL A; 1VDV A; 2N9K A; 4EZL A; 4FUL A; 2WDQ B; 1WJU A; 2R61 A; 2DWQ A; 2V4I B; 4AQ7 A; 1WX8 A; 3ZNH B; 3RN9 C; 4P1C C; 2KLC A; 1EU4 A; 4ANV A; 3VHT C; 1LGR A; 4DDG D; 2EMT A; 1FXI A; 3HK0 A; 4MJS A; 2PW9 A; 2BWF A; 2KFK B; 2MBQ A; 2N7J A; 3WCQ A; 2KKC A; 1YX5 B; 4RGM A; 1E9M A; 1SJH D; 4XDD A; 1WXM A; 2CS4 A; 2L0T A; 2CHW A; 3L17 A; 1IBX A; 3AI5 A; 3MTN B; 3R7Q A; 1N61 A; 2J42 A; 2Z0E B; 4K7W A; 3MC9 A; 4KVG B; 3GB1 A; 1A70 A; 2AYO B; 1IUE A; 3QHT A; 1HEZ E; 2BKF A; 2UYZ B; 2JUO A; 1MHX A; 3RD2 A; 1ZDX A; 1DYQ A; 4F7Z A; 2WNM A; 1I7H A; 3A9K A; 2WP9 B; 3NG0 A; 4C7Y A; 1KLG D; 2WXK A; 2MSE D; 2CU1 A; 3AE7 B; 5FR6 A; 4LK0 M; 3ZGZ A; 2Y5B B; 4X57 B; 1GAQ B; 2JWU A; 4NJ6 A; 3PRP B; 5CHF A; 2KFJ A; 1WGD A; 1P7F A; 3DBR I; 2LGI A; 3P4Q B; 4GIV A; 3RNE C; 5C3J B; 3OJ4 B; 4PK1 A; 2IND C; 1ZDV A; 4JIO U; 2K25 A; 2OOB B; 2KC2 A; 2L83 A; 3AXC A; 1WRI A; 4ZDV A; 2RD0 A; 4HK2 A; 2KO3 A; 3GOE A; 2V0G A; 2HDE A; 2BVC A; 5J17 A; 2RPV A; 2BKR B; 3AU5 A; 3TEW A; 3VRB B; 3ZVV A; 4HRS A; 4NZL B; 3HVZ A; 3TJP A; 4GDK B; 4YWG G; 4RF1 A; 4YT0 B; 3RMK C; 1NI3 A; 2FNJ B; 3SHQ A; 1GJZ A; 4FN2 A; 1WJN A; 4URK A; 2YEP B; 3WAN A; 1TZ1 A; 3BYT B; 2MJ3 A; 1F0Z A; 4HPM B; 4J6I A; 3PRZ A; 1FMA D; 2WX0 A; 1QOA A; 1UF0 A; 2L00 B; 3GS2 A; 1L5P A; 4GSW A; 1OTR B; 3KWV A; 1C77 A; 4JPS A; 2FCM A; 3U2S C; 5IOI A; 4RM8 A; 3FIL A; 2OED A; 3ZTD A; 1K53 A; 3UI3 A; 2EMS A; 3X23 A; 3ZW3 A; 1XF5 L; 3AEB B; 4DK5 A; 3A9J B; 5DPW A; 3V6C B; 4DHJ B; 4K3C A; 1MI0 A; 2K6D B; 1EM7 A; 3VH4 B; 1FCL A; 1LO5 D; 2KAC A; 2NPT A; 1EUV B; 1P0R A; 3ZUN A; 4XZ4 A; 4NY0 A; 4LLG M; 2H88 B; 4IDI A; 1JCK B; 1JRO A; 2WXI A; 2HTM E; 1NYR A; 2J0M A; 1XLN A; 4NJC A; 2OJR A; 1R4M B; 4IM0 A; 3V62 A; 5JHB A; 3V3X A; 4B9K A; 1SE2 A; 2L0F A; 5E6N A; 4B6W A; 3OJ3 A; 5KHQ A; 1P3Q U; 1F2R C; 1STE A; 1TS2 A; 1V2Y A; 4B0E A; 1FNW A; 4HPL B; 3IG3 A; 4GXB A; 4M01 A; 1C78 A; 3DBL B; 3SU8 X; 1NDD A; 2GBR A; 3B2F A; 4CO7 A; 2LHD A; 4IOI E; 3W5U B; 3TEZ A; 4HJK A; 1VJK A; 1WGH A; 1XT9 B; 2M4N A; 5AZF A; 3HHM A; 4REZ A; 5J2R A; 5LLI A; 4JQW C; 4B0M A; 5EE3 A; 2K3U A; 1ENF A; 2PE9 A; 2RDH A; 2UU7 A; 4WIP A; 1KLU D; 5GMV A; 1RM6 C; 1WXV A; 1GPX A; 2IO1 B; 3AE6 B; 2VH2 A; 4ZHP A; 3H1U A; 3AE1 B; 2PEA A; 1EU3 A; 2NR2 A; 2JT4 B; 4MM3 B; 3APC A; 2KLG A; 4ANU A; 1VZ8 A; 2Z59 B; 3NVY A; 3W1Y A; 2N9L A; 1I4P A; 4GGQ A; 2AQ1 B; 3GE8 C; 4YTM B; 3SFD B; 1OQQ A; 2M1M A; 3MHS D; 3ZRF A; 5E6P A; 3H9D A; 1GC6 A; 1Y56 A; 2TSS A; 3ML9 A; 4A3P A; 2N1V A; 4MH8 A; 2JYE A; 1NBF C; 3P4S B; 3N1Z C; 4KZC A; 1QOF A; 3ZJU A; 5JXV A; 1V80 A; 1AWD A; 1V1O A; 3APD A; 2WQY B; 4BZA A; 2J4X A; 2VRR B; 1FNU A; 4BKG A; 3QX1 A; 2FCS A; 2ZCB A; 4MEM A; 4GDK A; 2MWS B; 3T3O A; 1OFF A; 3PT2 B; 1Q10 A; 2DZK A; 3HVD A; 3P4P B; 3AEF B; 1NEK B; 1ACC A; 3BVM A; 3DQV A; 1KJT A; 3RFZ B; 3I63 C; 4HLE A; 3P2B A; 1X1M A; 2LWP A; 1ZXI A; 3TIX A; 4LCD E; 2LGS A; 2WXG A; 2ONQ A; 4JLC A; 1DOX A; 2EEL A; 5G55 A; 3QIJ A; 3AN1 A; 4KKJ A; 2PVG C; 1C3T A; 3CSF A; 3LJ3 A; 1DOI A; 4AOF A; 2QDF A; 3C0R B; 4EFO A; 2LVO A; 2KMC A; 1N6Z A; 2K9X A; 2V3P A; 3DWG C; 2D5G A; 2NS5 A; 3VTV A; 3U7D A; 2O6V A; 1TTN A; 3VUW A; 1FPY A; 4GOC A; 4WJP A; 1QOB A; 2FAZ A; 1HE8 A; 2D3C A; 3BK1 A; 2JU6 X; 3NZ3 A; 2W82 A; 2WXN A; 4B95 A; 1YJ1 A; 3APF A; 4MJS B; 2WHI A; 3PRM B; 5LXH A; 3E9S A; 2BQQ A; 4FLH A; 1GB4 A; 4EKU A; 1WM2 A; 2G9H D; 4XWT A; 1PFD A; 3ZXV A; 4ZRJ A; 2BT6 A; 2IDY A; 2LD9 A; 4HPP A; 4ANX A; 1FO4 A; 1K50 A; 2AL6 A; 3JYU A; 3MJW A; 1YMH E; 3U30 A; 4WQM A; 2CHZ A; 2RSU A; 1VZ7 A; 1IBX B; 1TY0 A; 2CKH B; 2ZVN A; 1AW7 A; 2IO2 B; 3JW0 X; 4MH0 E; 3DBR B; 3QK0 A; 2PIA A; 5IN7 A; 4P6V F; 3Q3M C; 1MVK A; 1UEL A; 1WMH B; 4IC7 B; 3AH7 A; 2WWZ A; 3RPF C; 1I35 A; 1SIF A; 1LQB A; 3K9P B; 2INP E; 5TR5 A; 4WH4 A; 2I38 A; 1TT5 B; 2DBY A; 3GE3 C; 2KWD A; 3A9K B; 3CWI A; 4N59 A; 2DZM A; 3QAR A; 1E0Z A; 2KAN A; 1TIF A; 2GBN A; 4PS3 A; 4JE3 B; 4CHK A; 2ZJD A; 4BFR A; 1WF9 A; 1JAL A; 1JWB D; 2ZW0 A; 1TS4 A; 4DQO C; 4NAW A; 2G3Q B; 2BYF A; 1OQR A; 4WWO A; 4MM3 A; 1B1Z A; 3VXW A; 2XNA C; 4HKQ A; 2RDG A; 4TSS A; 3NRZ A; 4M02 A; 1T3Q A; 3AE9 B; 2KWC A; 4YL8 A; 1HXY D; 1V97 A; 4KSL C; 3V61 A; 1WY8 A; 5AEK B; 5E6J A; 4FJV B; 2MW5 A; 1EWY C; 4A90 A; 3RNF C; 1TS3 A; 4N6E B; 4FJZ A; 3ML8 A; 3RNG C; 3AEC B; 5EDS A; 3Q6B A; 2ZPY A; 1YN3 A; 5IAA C; 2VZK B; 4K1R B; 2B3A A; 2PVO D; 3M63 B; 4W9E A; 2LVP A; 3B1L X; 1PYW D; 2PPH A; 4KKI A; 2KJR A; 1TKY A; 1E7V A; 1FM0 D; 1XLP A; 1Q0W B; 1WGK A; 3L13 A; 1SEB D; 1KTK A; 2AL3 A; 4WAF A; 1VCB A; 1OEY A; 2ZCC A; 3CMM B; 1H4R A; 2DLB A; 3VR8 B; 2L05 A; 4A20 A; 3OLM D; 1T0Y A; 3WAM A; 2SAK A; 3DWM A; 3U7Z A; 5MPO A; 3AED B; 4KDI C; 1QZE A; 3DHG C; 3ZDM C; 3AV8 A; 1UBQ A; 4LTU A; 4WWN A; 2C60 A; 3C19 A; 2PLP A; 4OVU A; 4RCO A; 3DBH I; 3U8Z A; 2KDF B; 3EUB 2; 5G5H A; 2UWQ A; 5JH5 C; 4ASW C; 1BT0 A; 4PS8 A; 3VTU A; 1JRP A; 2IGH A; 1QF6 A; 1T0S C; 2G45 B; 1FFV A; 2KT7 A; 4PYZ A; 4ITK A; 3ZQ4 A; 1SXT A; 1WR6 E; 2KTR A; 4L23 A; 3SDL C; 3IBE A; 3V60 A; 4IW0 A; 4KIK B; 3Q69 A; 3KQ4 A; 2OJW A; 2KWU B; 4W9F A; 4EZJ A; 4KSK C; 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