The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.
Total Genus |
9
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sequence length |
69
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structure length |
69
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Chain Sequence |
MLVIVRLQDQTLPFELPAGARASQLSNLLSSSGMAFSLHTQGRVLSEAAELNDKMVIDAFVPADGAGLE
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.
After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.
| publication title |
Sequence and structure evolved separately in a ribosomal ubiquitin variant
pubmed doi rcsb |
| molecule tags |
Ribosomal protein
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| source organism |
Giardia lamblia atcc 50803
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| molecule keywords |
GlUb(S27a)
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| total genus |
9
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| structure length |
69
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| sequence length |
69
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| ec nomenclature | |
| pdb deposition date | 2007-11-07 |
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
| Class | Architecture | Topology | Homology | Domain |
|---|---|---|---|---|---|
| Alpha Beta | Roll | Ubiquitin-like (UB roll) | Ubiquitin-like (UB roll) |
#chains in the Genus database with same CATH superfamily 1JRP A; 5EE9 A; 3NS1 A; 1DOI A; 2EKI A; 1FXI A; 1AYF A; 1N63 A; 3AM9 A; 1XO3 A; 3ETR A; 2QIE B; 4N6E B; 3P4P B; 1FIQ A; 3WCQ A; 4YSX B; 1QF6 A; 4ZHP A; 2QJL A; 4ITK A; 4C7Z A; 2OHF A; 3AEF B; 3AE4 B; 1VJK A; 1KF6 B; 3AEG B; 3AH7 A; 1RM6 C; 2DWQ A; 3AE3 B; 3RPF C; 5G5G A; 1N61 A; 1OQQ A; 1V8C A; 2W3R A; 2PVO D; 3AV8 A; 3NVZ A; 4C7Y A; 1XLP A; 2WU5 B; 1QOB A; 1TKY A; 2M19 A; 2WDR B; 2LEK A; 4US9 A; 5H92 C; 4YTM B; 1QOG A; 1WRI A; 1YQ3 B; 2L83 A; 2WLB A; 3NVW A; 1L6U A; 2K9X A; 1QT9 A; 2PVG C; 2K5P A; 1J7A A; 1NYR A; 3LB8 C; 3CWI A; 4YSY B; 1DOX A; 1QLB B; 5EE3 A; 1WYG A; 3HVZ A; 1E7P B; 1YJJ A; 3P1M A; 1WGK A; 3LXF A; 5C2T B; 2BS2 B; 3AE2 B; 1FRR A; 1I7H A; 1FFU A; 1KRH A; 5AUK A; 1N60 A; 1N62 A; 1SIJ A; 2HTM E; 3AE5 B; 3AED B; 3AMZ A; 1GAQ B; 3AE1 B; 3AEC B; 3FC4 A; 2JQR B; 2PIA A; 1RYJ A; 1E6E B; 5EE1 A; 5MPO A; 1F0Z A; 3AEA B; 4YT0 B; 3P63 A; 4JWU C; 4YXD B; 1V97 A; 2KMM A; 3NVY A; 1TKG A; 3KWL A; 1QOF A; 3SR6 A; 1FO4 A; 2ACZ B; 1JQ4 A; 2Q5W D; 3VRB B; 1E0Z A; 1A70 A; 2BT6 A; 1UWM A; 1DOY A; 4HRO A; 1FM0 D; 1WXQ A; 1EWY C; 2K22 A; 3EUB 2; 3HRD D; 1E10 A; 1NVI D; 4JX1 C; 3PO0 A; 1FMA D; 2AX5 A; 3VRA B; 2M56 B; 4LTU A; 1XLQ A; 2WQY B; 1GPX A; 1XLN A; 1RFK A; 2DBY A; 2WS3 B; 3B2G A; 2MH7 A; 1ZXI A; 3CIR B; 3P4S B; 4A9A A; 1YJI A; 4ZHO A; 3AB5 A; 1L0V B; 1PDX A; 3SFD B; 3HUI A; 1ZP0 B; 3ZYY X; 2N0S B; 2MJE A; 1ROE A; 1WWT A; 1J7C A; 1JAL A; 2BS4 B; 2E3T A; 1CJE A; 3AEE B; 1NI3 A; 3DWG C; 1SB3 C; 3SFE B; 1NEK B; 2W3S A; 3W5V B; 1OQR A; 3AE7 B; 5EE0 A; 2G1E A; 1SF0 A; 1VLB A; 1AWD A; 1JRO A; 1VDV A; 3VR8 B; 1FXA A; 1YQ4 B; 2H89 B; 4N58 A; 2L52 A; 4WQM A; 1FRD A; 2H88 B; 1TYG B; 3AE6 B; 3NVV A; 2CU3 A; 2CJO A; 3ABV B; 5G5H A; 4YTP B; 3W9C B; 4N59 A; 5GXG B; 1KFY B; 3BII D; 1T3Q A; 1RWS A; 2BS3 B; 1ZUD 2; 3AE8 B; 4KX6 B; 3FAH A; 1N5W A; 1QOA A; 1L5P A; 2B76 B; 1R7S A; 2MJD A; 2WP9 B; 4IDI A; 1E9M A; 4USA A; 4C80 A; 4FXC A; 2PKO A; 3AE9 B; 3B9J A; 4ZOH C; 4YSZ B; 2W54 A; 1NEN B; 3AEB B; 2CJN A; 1TKE A; 5C3J B; 1TJE A; 1CZP A; 1FFV A; 1IUE A; 4YTN B; 1JW9 D; 3P4R B; 2FBW B; 1PUT A; 3AN1 A; 1NYQ A; 5H8Y E; 1XLO A; 3NRZ A; 3VR9 B; 2W55 A; 1PFD A; 1N5X A; 2WDV B; 4WWM A; 1OFF A; 2KAJ A; 2Y5C A; 1J7B A; 2JX5 A; 3P4Q B; 3W5U B; 4US8 A; 1ZOY B; 2WDQ B; 4HRS A; 2WU2 B; 1JWB D; 1L6V A; 3B2F A; 3DWM A; 1B9R A; 1DGJ A; 1JWA D; 4P6V F; 2MJ3 A; 5AUI A; 4JWS C; 3L4P A; #chains in the Genus database with same CATH topology 1JRP A; 2O6V A; 1F2R C; 3Q8A A; 4I6N B; 3V6C B; 1XF5 L; 4ITK A; 1WZ0 A; 2MBQ A; 1F2R I; 2FID A; 1JCK B; 5DPR A; 5L95 C; 2DZK A; 4PS7 A; 2DNF A; 2LEK A; 5GMV A; 3VTV A; 2KDB A; 1KOT A; 3Q8E A; 3QWZ B; 3AXC A; 3MP9 A; 1GOZ A; 2KQ4 X; 1E7P B; 3Q3J A; 2BS2 B; 1ET9 A; 2KLG A; 2HTM E; 3AE5 B; 3AED B; 3QC8 B; 3AE1 B; 3A9K B; 3FC4 A; 3L08 A; 3ZLZ A; 2BW2 A; 3AEA B; 4Q2J A; 4JWU C; 4YXD B; 1L4D B; 2IO3 B; 4R3D A; 2KMM A; 2MRP A; 3NVY A; 1S3S G; 4K7S A; 2D07 B; 2GMI C; 3MJ5 A; 4BAX A; 4TUU A; 1EWY C; 1CQV A; 2WS3 B; 2IY1 B; 5J17 A; 5TSS A; 1Y56 A; 2MBO A; 5BMG A; 1CJE A; 5JXV A; 2AYO B; 3AUL A; 2C7M B; 1V9J A; 3FIL B; 5EE0 A; 2KTR A; 2WDT B; 2ZZP B; 4NQK E; 2KTF A; 4HPP A; 4N58 A; 2H89 B; 4GLS C; 3NVV A; 5HG2 A; 1C3T A; 2WWZ A; 1G6J A; 4KKJ A; 4LCD E; 3FAH A; 1QKZ A; 4ANV A; 4HXD A; 4LNK A; 4O1N A; 2JZZ A; 4QAY A; 1TKE A; 3WA0 A; 2N9K A; 1WGY A; 2IY0 B; 3UQB A; 5KHO A; 4P1B C; 1PGA A; 1V1P B; 1FCL A; 2G3Q B; 4ZDV A; 2W55 A; 3IHP C; 2FIF A; 2KWV B; 1OFF A; 2Y5C A; 3QAQ A; 2KAN A; 4IWQ A; 2NTT A; 1C4C A; 1WE7 A; 4DBG A; 5IO9 A; 3ZXV A; 4K1R B; 1XO3 A; 2XK5 B; 4A3P A; 4C7Z A; 2M1M A; 2D3G A; 1WF9 A; 2O2V A; 2W3R A; 5KHQ A; 3OG5 A; 4BKT A; 2C7N B; 1I4X A; 1QT9 A; 2ZCC A; 5EE3 A; 1MHX A; 4II3 B; 3FIL A; 1WGK A; 2BWF A; 1F9J A; 4EUT A; 3L54 A; 1FFU A; 3NOB A; 3JVZ X; 3AMZ A; 4A9A A; 4AP4 C; 3MHS D; 4MGK E; 3UF8 A; 5LXH A; 1IYF A; 4TV3 A; 2KDE B; 1AAR A; 4KKI A; 3ZNZ B; 3B0A A; 2BF8 B; 1R4N B; 1UEL A; 1BXT A; 3KLS X; 2WNM A; 3IT4 B; 2KFJ A; 2M56 B; 3TEY A; 4LTU A; 3GP7 A; 1Z5S B; 1BT0 A; 4ZHO A; 5DCN A; 1L0V B; 1Q10 A; 5BMI A; 1JWU D; 4FUL A; 1ROE A; 1TS4 A; 4OVZ A; 1P0R A; 2GBR A; 3V61 A; 1MFW A; 2M0A A; 4ARC A; 2N9P C; 3ZW3 A; 3ZIM A; 1YQ4 B; 2MBH A; 3DQV A; 2XK5 A; 3ZJT A; 4ACF A; 1HTO A; 4L2Y A; 2L05 A; 2VH1 A; 5HFY A; 2NPT A; 4NJ6 A; 4KX6 B; 4HJK A; 1CK1 A; 1P98 A; 1L5P A; 2AQ1 B; 1NDD A; 3TIX A; 2FUH B; 3TBL D; 4BZA A; 4BBN F; 4E71 A; 4WWP A; 3VHT C; 2AL3 A; 3BVG A; 4GU2 A; 4DXA B; 1WR6 E; 2N7D A; 2DHZ A; 4S0R A; 2WX1 A; 5BYS A; 2DYO A; 1TY0 A; 3KYC D; 3PLU A; 2KJH B; 3R2I A; 1C1Y B; 3PLV A; 1VJK A; 1K53 A; 1VZ8 A; 3AE3 B; 5G5G A; 3H1U A; 3H8H A; 2L0F A; 3WIM A; 1SJE D; 2PMV A; 3RD2 A; 3WAL A; 4ARI A; 3HM6 X; 2K8H A; 5C2T B; 3QAR A; 5AUK A; 2BYT A; 4E3C A; 3DPD A; 2LGY A; 3IAM 1; 2BYE A; 2RR9 A; 3KWL A; 1WGH A; 3Q8B A; 4WJP A; 2FE8 A; 3EUB 2; 3JW0 X; 4MJS B; 2DYB A; 1XLQ A; 1GPX A; 1RFK A; 4GGQ A; 3RUL A; 3BWU D; 1KLG D; 2DZI A; 2WXO A; 3PTF C; 1MHH E; 3RUI B; 2MX2 A; 2M0X A; 2J0K A; 2LVO A; 4E74 A; 1FXA A; 1GC6 A; 1TYG B; 4XX5 A; 3KWV A; 1STE A; 2PJH A; 4NY0 A; 3U30 A; 1KFY B; 1ZUD 2; 2DYM A; 3AE8 B; 2I38 A; 2WP9 B; 3VH4 B; 4FLH A; 2PW9 A; 4OZA A; 1TTN A; 1WX8 A; 3R2T A; 4DDG D; 3QK0 A; 2HD5 B; 3NZU A; 1PFD A; 1N5X A; 2V4L A; 3W5U B; 4PK1 A; 1I4P A; 2KJR A; 2KYW A; 3APC A; 4MDK E; 2A5U A; 3L4P A; 2AWT A; 3PSE B; 1AYF A; 2QIE B; 4MJS A; 2W82 A; 3AE4 B; 2CS4 A; 2DWQ A; 2DAF A; 5E6O A; 5JH5 C; 1YMH E; 4YTM B; 2NVU I; 1TS3 A; 2BB6 A; 2NS5 A; 4K3C A; 3KUZ A; 1V6E A; 2MP2 B; 1SIJ A; 2J42 A; 5FR3 A; 3M63 B; 5MPO A; 1XCT L; 2I1K A; 4TQ1 A; 2N1W A; 1LM8 B; 1VCB A; 4GMV A; 2AQ3 B; 3T9L A; 3N1Z C; 3K9O B; 3UI3 A; 3VRA B; 2IGG A; 2O6V D; 3NG0 A; 1Q5W B; 4K7W A; 4JPS A; 4TKN A; 4FAD A; 5CHF A; 4MM3 B; 1WM3 A; 3OJ3 A; 5LNK 1; 2LD9 A; 2HE7 A; 2E3T A; 1I4Q A; 2CKH B; 3DWG C; 3VQI A; 3AE7 B; 5DPS A; 2A4Z A; 2MEK A; 1SF0 A; 2V0G A; 5AZH A; 1P7F A; 2KXJ A; 2V1Y A; 2EKE C; 3HK0 A; 2RDB C; 4WAA A; 3ZRC A; 4KGT A; 2H88 B; 1UGJ A; 1OQY A; 4DHZ B; 1C4A A; 2GOW A; 2I2Y A; 4IDI A; 2IGH A; 1WRD B; 4I6L B; 4USA A; 3W1S A; 1UWX A; 2AEH A; 1HE8 A; 3SU8 X; 5JZE B; 3ZGZ A; 4DXG A; 1CZP A; 2D10 A; 1V49 A; 3W1S C; 2OJW A; 2G45 B; 1TGZ B; 4UDU C; 1IBX A; 5H8Y E; 2MP2 A; 3I3T B; 3QQ8 B; 1T6B X; 2J7Q B; 3LJ3 A; 1DGJ A; 3HM3 A; 2C5L C; 2GBM A; 5D7G A; 3VAW A; 3URY A; 1KLU D; 2N4F A; 4G3X B; 1E90 A; 1WIA A; 2NTS A; 3NY5 A; 1VD2 A; 1GG3 A; 3Q2A C; 4GDL B; 4WUR A; 1V8C A; 4WJO A; 4MSM B; 3GOE A; 3TL5 A; 2YEP B; 4WAF A; 3W1Y A; 2L83 A; 1VR9 A; 2N1V A; 3IFW B; 5BYQ A; 5DPW A; 3A9J A; 3OJ4 B; 4AWJ A; 4WIP A; 3ZTC A; 4TQ0 A; 3P1M A; 4W9C A; 1DYQ A; 4OHJ A; 4K3B A; 4FBJ B; 4NAM A; 1V81 A; 5BO4 B; 4YT0 B; 2LJI A; 1FD6 A; 2LXC A; 1YN5 A; 3RZW C; 4X57 B; 1XT9 B; 2MBE A; 3PPA A; 1OEY J; 1IPG A; 1UWM A; 4DXF A; 3W2D A; 2XN9 C; 3VUY A; 3PO0 A; 1FMA D; 3TEX A; 3H7P B; 3J9C A; 1PGX A; 3IAS 1; 3QX1 A; 1JWS D; 2K39 A; 3NJT A; 4PS3 A; 1PDX A; 2JXX A; 3KUD B; 5JHA A; 4PYU A; 2LGD A; 4J6I A; 1J7C A; 4RCO A; 2SEB D; 1WGR A; 2O6V B; 3PHW B; 2Z0E B; 2KDM A; 3V6E B; 4URK A; 3K9P B; 5GXG B; 2UYZ B; 1S1Q B; 2L32 A; 1SEB D; 4BKS D; 4FXC A; 3PRP B; 1NI2 A; 1I4R A; 1HA5 A; 3WAO A; 4YTN B; 4LDT B; 4HDO A; 1TT5 B; 2WXK A; 2C9W B; 1WGG A; 2RPQ A; 2KFK A; 3L13 A; 4MGZ E; 5AEK B; 4IG7 B; 4DWF A; 2INC C; 1OGW A; 2LXA A; 3C8Y A; 4NPN A; 2X8X X; 4M0W B; 2RMM A; 4RGM A; 3RZF A; 3WCQ A; 2UWQ A; 1J8C A; 2FCS A; 1WX9 A; 1KF6 B; 3H7P A; 1LXD A; 1Q0W B; 1OQQ A; 4M8N A; 3AV8 A; 4TSS A; 1QOB A; 2K6Q A; 4AOF A; 4A6Q A; 3KW5 B; 3LB8 C; 4YSY B; 2HDE A; 2PE9 A; 4IWP A; 3EC8 A; 2PTL A; 3E56 A; 2KTR B; 2JZP A; 2LMC A; 3BVZ A; 1F0Z A; 1E6E B; 4HJG E; 4A90 A; 1V97 A; 4AQ7 A; 3A1Q A; 2BGF A; 2BT6 A; 4KSK C; 3RNF C; 1YD8 U; 4W9H A; 5D6J B; 1L0X B; 2CU1 A; 1WM2 A; 1D6E C; 5E6P A; 2FCQ A; 3AB5 A; 3L17 A; 1ZE3 D; 2N9E B; 2LHE A; 3SFD B; 1GB1 A; 4I6P A; 4EZL A; 4D2K A; 2BS4 B; 3DBR B; 3RNG C; 3H6N A; 1TBE A; 4F7Z A; 4ZRK A; 2JT4 B; 4HLE A; 5CHW A; 1HEZ E; 1VDV A; 2MSE D; 3QCA A; 1P9D U; 1FRD A; 4M0W A; 4FJY A; 3DBH B; 2G4D B; 3MJW A; 1WJU A; 2O2V B; 3M3J A; 1PQS A; 2HJ8 A; 5IKC M; 4ASW C; 1SJH D; 4NNJ B; 2KT7 A; 2LUE A; 3NRZ A; 4AUQ C; 3P2B A; 2ZNV B; 4PS8 A; 4ZRI A; 3DWM A; 1ZPS A; 4NAW A; 3Q6B A; 2IPK D; 2L76 A; 2DZJ A; 3CF6 E; 2JPH A; 4N6E B; 3GE8 C; 1E7V A; 2QEJ C; 3D32 A; 2OHF A; 2KWU B; 1F77 A; 1N61 A; 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