The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.
Total Genus |
9
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sequence length |
69
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structure length |
69
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Chain Sequence |
MLVIVRLQDQTLPFELPAGARASQLSNLLSSSGMAFSLHTQGRVLSEAAELNDKMVIDAFVPADGAGLE
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.
After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.
| publication title |
Sequence and structure evolved separately in a ribosomal ubiquitin variant
pubmed doi rcsb |
| molecule tags |
Ribosomal protein
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| source organism |
Giardia lamblia atcc 50803
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| molecule keywords |
GlUb(S27a)
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| total genus |
9
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| structure length |
69
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| sequence length |
69
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| ec nomenclature | |
| pdb deposition date | 2007-11-07 |
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
| Class | Architecture | Topology | Homology | Domain |
|---|---|---|---|---|---|
| Alpha Beta | Roll | Ubiquitin-like (UB roll) | Ubiquitin-like (UB roll) |
#chains in the Genus database with same CATH superfamily 2B76 B; 3EUB 2; 3AH7 A; 2OHF A; 1XLO A; 3AE2 B; 3B9J A; 5G5H A; 3NVZ A; 4A9A A; 5G5G A; 1RM6 C; 1N63 A; 2L52 A; 1DOI A; 3AE5 B; 4YTP B; 1OFF A; 4YSZ B; 3LB8 C; 3SR6 A; 3AB5 A; 5MPO A; 2MH7 A; 1WRI A; 1E7P B; 3W5V B; 4YT0 B; 3NRZ A; 1FFU A; 3P4S B; 1XLN A; 1L6U A; 3ETR A; 4C7Z A; 3AE8 B; 3AEE B; 3AEF B; 3VRB B; 1GPX A; 1GAQ B; 2ACZ B; 2H88 B; 1QLB B; 1E6E B; 2KAJ A; 3BII D; 3DWM A; 1RYJ A; 2CJO A; 2LEK A; 2E3T A; 2QIE B; 3P4R B; 1QF6 A; 4JX1 C; 1OQR A; 1T3Q A; 1QOF A; 4HRO A; 4N59 A; 5GXG B; 3ZYY X; 1CJE A; 1J7C A; 1NI3 A; 1VJK A; 1E9M A; 4IDI A; 1JRP A; 2L83 A; 1B9R A; 1PDX A; 1TKE A; 1YQ3 B; 1TKY A; 4USA A; 3P4Q B; 4YXD B; 1DOY A; 1F0Z A; 3AMZ A; 1N62 A; 4WWM A; 2MJE A; 1FRR A; 2PKO A; 4YSY B; 1FMA D; 1DGJ A; 1ZOY B; 1FFV A; 1A70 A; 2M19 A; 4JWS C; 1ZUD 2; 1YJI A; 1PUT A; 4LTU A; 4JWU C; 2PIA A; 1SB3 C; 1E0Z A; 2W3R A; 2WDR B; 1ROE A; 1ZXI A; 1JRO A; 2M56 B; 3AN1 A; 1I7H A; 1CZP A; 1J7A A; 1PFD A; 2MJ3 A; 3L4P A; 3SFD B; 1L5P A; 3VR9 B; 3LXF A; 1QOG A; 2K5P A; 1WYG A; 1UWM A; 3CWI A; 3VR8 B; 3DWG C; 2WDQ B; 2N0S B; 2Q5W D; 2W55 A; 3HRD D; 1FIQ A; 3AE3 B; 2WP9 B; 3NS1 A; 3P1M A; 2MJD A; 4ZHO A; 1KRH A; 3VRA B; 1NYQ A; 1YQ4 B; 3AEG B; 1NVI D; 2WLB A; 1TYG B; 4ZHP A; 1OQQ A; 1WGK A; 3W9C B; 1L6V A; 2WQY B; 3CIR B; 1QT9 A; 1JW9 D; 5H8Y E; 1TJE A; 3NVV A; 1FRD A; 1J7B A; 2G1E A; 3HVZ A; 2WS3 B; 1AWD A; 1E10 A; 1VDV A; 3P4P B; 2WDV B; 3AE6 B; 1XLP A; 1XO3 A; 5C3J B; 4US9 A; 4ZOH C; 4P6V F; 4WQM A; 1FM0 D; 2WU5 B; 3KWL A; 1WXQ A; 1N61 A; 1IUE A; 3AEC B; 4US8 A; 4FXC A; 1SIJ A; 3ABV B; 3AE4 B; 4YTN B; 1N5W A; 1WWT A; 1RWS A; 5AUI A; 5EE0 A; 3B2F A; 1KFY B; 4KX6 B; 5C2T B; 3AV8 A; 2H89 B; 2KMM A; 1NEN B; 3FAH A; 1R7S A; 3AE9 B; 2JQR B; 2Y5C A; 2CU3 A; 3AED B; 4YSX B; 4C80 A; 1KF6 B; 1N60 A; 3B2G A; 4N58 A; 2PVO D; 3WCQ A; 2W54 A; 2PVG C; 4N6E B; 3AEB B; 3AE1 B; 1ZP0 B; 1L0V B; 2QJL A; 1RFK A; 2DBY A; 2K9X A; 2K22 A; 3AM9 A; 1EWY C; 1NEK B; 2AX5 A; 2WU2 B; 1SF0 A; 3AEA B; 1YJJ A; 3AE7 B; 3NVW A; 3W5U B; 4YTM B; 2CJN A; 2BS3 B; 5EE1 A; 1JWB D; 3FC4 A; 1N5X A; 2JX5 A; 2W3S A; 1QOA A; 3RPF C; 2BS2 B; 2HTM E; 2BT6 A; 3HUI A; 2FBW B; 4HRS A; 1FXI A; 4C7Y A; 1JWA D; 3SFE B; 3P63 A; 5AUK A; 1V8C A; 1V97 A; 2EKI A; 1JAL A; 5EE9 A; 1FO4 A; 3NVY A; 1JQ4 A; 2BS4 B; 2DWQ A; 4ITK A; 1VLB A; 1AYF A; 5EE3 A; 1QOB A; 3PO0 A; 5H92 C; 1FXA A; 1TKG A; 1XLQ A; 1NYR A; 1DOX A; #chains in the Genus database with same CATH topology 4HEA 1; 3A1Q A; 1IBX A; 1DOI A; 1HEZ E; 5BYQ A; 3IHP C; 5MPO A; 4OZB A; 1TY0 A; 5G2N A; 3VTU A; 2D5G A; 1ACC A; 2KVR A; 1LFD A; 1I42 A; 2GBK A; 2KN4 A; 3Q69 A; 1Y56 A; 1OQR A; 3L13 A; 5E6N A; 3U7Z A; 2N7D A; 2DAF A; 2D3G A; 1F0Z A; 2VZK B; 4LNF A; 4JWS C; 1DGJ A; 4K3B A; 3W1Y A; 4ZRK A; 2C7M B; 3V3X A; 3ZJV A; 3JYU A; 2RSU A; 2NBV B; 1EU4 A; 2PEA A; 3WAM A; 1WXA A; 5LNK 1; 3IT6 B; 1V1P A; 2HDE A; 4NAW A; 2N9L A; 3RUL A; 4BZA A; 1BXT A; 2KT7 A; 4EKU A; 4PT5 A; 1YQ4 B; 3RNC C; 2WLB A; 1OQQ A; 3BIN A; 3W9C B; 3UQB A; 1L6V A; 2L3Z A; 1FRD A; 3HVZ A; 1I4G A; 1VDV A; 1UEL A; 4US9 A; 1IUE A; 4GLS C; 5EDS A; 4AJW A; 1WWT A; 4RNA A; 1HQR D; 5EE0 A; 3PRP B; 4HJG E; 3VXW A; 1TS2 A; 1LO5 D; 4ZYS A; 3BYT B; 4MSQ B; 2L32 A; 2NMQ A; 2AQ3 B; 4PYZ A; 3M95 A; 2JUO A; 2K22 A; 2E6X A; 1WGH A; 5GMV A; 3ONS A; 4MGZ E; 2WXP A; 2K8H A; 2MWS B; 1FXI A; 2IND C; 4ANX A; 1K8R B; 2NTT A; 3P2B A; 1EUV B; 3HIZ A; 1C76 A; 5AEK B; 2WXI A; 2N4F A; 5LXI B; 4MM3 B; 1ISN A; 2KX3 A; 2ZCB A; 1V6E A; 3P4S B; 3EHV A; 4C7Z A; 3R8B A; 1Q0W B; 1GPX A; 1UNS A; 4OHJ A; 1SGH A; 5BMG A; 1E8W A; 4RGM A; 2KDI A; 3VFK A; 2KQ4 X; 2INC C; 2KO3 A; 2KVZ A; 2JXX A; 4YSY B; 1YMH E; 3MC0 B; 2DZM A; 2WX0 A; 2WDT B; 2DYM A; 2D3B A; 3ZDT A; 3N32 A; 4XYC A; 2MJ3 A; 1OGW A; 2BYF A; 4NY0 A; 2I38 A; 1OEY A; 2M8S A; 4KIK B; 4JLC A; 3LJ3 A; 3SD5 A; 3AE3 B; 4YWG G; 1H8C A; 2MJD A; 4LNK A; 2PLP A; 1IYF A; 2Y3A A; 1WGK A; 3P42 A; 2G45 B; 4KGS A; 1C78 A; 2LVQ A; 3W1S A; 1XLP A; 2C60 A; 2C5L C; 3DCG A; 5E6O A; 5JZE B; 4NAM A; 2LGD A; 2FID A; 1E8Y A; 1TY2 A; 2MQJ A; 3WA0 A; 1R7S A; 5J2R A; 4IC7 B; 4IWO A; 5AZF A; 4DK5 A; 2JWZ A; 3PRM B; 2V1Y A; 1G6J A; 4MAC A; 3UQA A; 1GB4 A; 4BVU C; 3KUC B; 4ARI A; 4M00 A; 2WXL A; 4TSS A; 1QOA A; 4HRS A; 4XWT A; 1R4N B; 3SFE B; 3DBL B; 3ZTD A; 3ZNZ B; 2DWQ A; 4BFR A; 4ZRQ A; 2ZVO A; 1U4A A; 2K6Q A; 4WJN A; 3NZ3 A; 3HK0 A; 1N63 A; 1GOZ A; 2L52 A; 2ZCC A; 1RFA A; 3AB5 A; 4I6P A; 2RMM A; 2DZK A; 2WXK A; 2ZW1 A; 2JYT A; 4JPS A; 1PGA A; 2K8B A; 2BB6 A; 2ON8 A; 3DVN V; 4HRO A; 4M0W B; 3QAQ A; 3NUH B; 2CHX A; 1M4V A; 2EMS A; 2JRI B; 3ZVV A; 1K50 A; 2ZPN A; 4XC2 A; 3APC A; 2G9H D; 2PTL A; 1ZGU B; 4LTU A; 2V4L A; 5J17 A; 3RUI B; 1UF0 A; 2A5U A; 3RZF A; 2AEH A; 3O65 B; 1WE7 A; 2DYO A; 4D2K A; 1J7A A; 3SHQ A; 1CK1 A; 1NBF C; 2WDQ B; 2B3A A; 2WX1 A; 3N1Y C; 4AUQ C; 1L2N A; 3VAW A; 1GC6 A; 3RN9 C; 4HKZ E; 4UDU C; 1F1H A; 2WU5 B; 4US8 A; 4A6Q A; 2H89 B; 2IZV B; 5FR6 A; 3RZW C; 2N7J A; 3AED B; 4G0N B; 2DLB A; 1QQR A; 3B2G A; 4B0M A; 3I3T B; 1VZ7 A; 1XXG A; 2QJL A; 2DBY A; 1I35 A; 4HKQ A; 3J9C A; 2KWV B; 3AE7 B; 3V6C B; 1ZKH A; 2L0T A; 1VR9 A; 2LRU A; 4S0R A; 3ML9 A; 5BYR A; 1WM2 A; 4DXF A; 2AL6 A; 3KLS X; 3U8Z A; 3MTN B; 2XK5 A; 2WDV B; 2B76 B; 2KMC A; 2WXQ A; 1VZ8 A; 1RM6 C; 2KLG A; 2HJ8 A; 2D3A A; 1WZ3 A; 1WJ4 A; 2I2Y A; 1FXT B; 3V05 A; 2LJ5 A; 4WWN A; 2E3T A; 1L0Y B; 3P4R B; 1ENF A; 3ZYY X; 2KFK B; 1FNV A; 3K9O B; 1YD8 U; 1OQY A; 4YXD B; 1LXD A; 1A70 A; 4K7S A; 2KZR A; 5L95 C; 1JRO A; 5IAA C; 1MI0 A; 1I7H A; 3DBL I; 3C8Y A; 1L5P A; 4ANU A; 3QX1 A; 3LXF A; 1SJH D; 1WYG A; 4DBG A; 1KM7 A; 2Q5W D; 3HRD D; 3SFD B; 3MHZ A; 1NI2 A; 2WNM A; 1C77 A; 1TS3 A; 1MG8 A; 4L1B A; 1D5M C; 2K0P A; 4FUL A; 2RDG A; 4WQM A; 2QEJ C; 5HHD G; 4LDT D; 2QHO A; 5AUI A; 5C2T B; 2GLS A; 4HLE A; 1YNT E; 2ICI A; 2O2V B; 2AL3 A; 3GOE A; 3DBR I; 1BT0 A; 2PVO D; 3ZIM A; 3ZNI D; 2DYB A; 3AE1 B; 1XT9 B; 3HVD A; 3MHS D; 4IUM B; 3VVW B; 1OEY J; 1LM8 B; 1P3Q U; 1UH6 A; 4DDI D; 1JWA D; 3SDL C; 2MSE D; 1JAL A; 3RNF C; 5HG2 A; 1AYF A; 3GE8 C; 3DHH C; 4OVU A; 1ZXH A; 1PGX A; 2MW5 A; 2RPQ A; 5G5H A; 3BY4 B; 3Q8F A; 2V3P A; 5LLI A; 3ZW3 A; 4RM8 A; 3Q3M C; 3CST A; 3LDZ E; 2QMT A; 5JH5 C; 1EWC A; 2BYE A; 4W9H A; 5D94 A; 3PV1 A; 2FIF A; 1YN5 A; 3BII D; 4RM9 A; 3W2D A; 4ICU A; 1T3Q A; 5GXG B; 4N59 A; 1JRP A; 1PDX A; 1FCL A; 1SE3 A; 4GDL B; 4HDQ A; 1ZW7 A; 1MHH E; 4MH8 A; 1D3Z A; 2BB5 A; 3PVL A; 4XDC A; 2G4D B; 2OJR A; 4KSK C; 3WAL A; 1FEH A; 3ZRF A; 1BML C; 4LNO A; 4M01 A; 2VH2 A; 2DZJ A; 3CWI A; 4WAF A; 4B9K A; 1V1O A; 4PS3 A; 3DQV A; 2LXA A; 4MGI E; 2WQY B; 1MVK A; 2QDF A; 2WXF A; 1JRU A; 2N1V A; 2XBB C; 3EEC A; 3TEZ A; 1LGR A; 2WWZ A; 1WXQ A; 2IYD B; 1N6Z A; 1WXV A; 2IO1 B; 3QA8 A; 3GB1 A; 2KMM A; 3FAH A; 4AWJ A; 3ZDM C; 4KV2 A; 1UD7 A; 4CHK A; 3BK1 A; 1GJZ A; 3RI7 C; 1WFY A; 1F2R I; 5AZG A; 4ZRP A; 4B95 A; 2BS3 B; 3MJ5 A; 2C9W B; 2SAK A; 4TUU A; 1E90 A; 4LNI A; 3RPF C; 2YVC A; 4C7Y A; 1YIW A; 4B0E A; 4C4V B; 3QK0 A; 2KKC A; 2UWQ A; 4DHZ B; 3ZKJ C; 2KHW B; 4NPN A; 4GGQ A; 2G4S A; 2MBH A; 3H9D A; 3PLU A; 3EUB 2; 2WXO A; 4E3C A; 2PJH A; 2V3N A; 4I6L B; 3GS2 A; 2MH7 A; 2PMV A; 3JSV A; 1WM3 A; 3L16 A; 2MP2 A; 3X0W A; 2Z0D B; 2CS4 A; 2OED A; 1EO6 A; 1WZ0 A; 1NI3 A; 3R7R A; 1E9M A; 4M02 A; 3A1Q B; 1C9F A; 4MDK E; 2ASQ A; 4WWM A; 2M0X A; 4PYU A; 3A9K B; 2L76 A; 2REX A; 4ANV A; 2ZEQ A; 3Q3N C; 4AOF A; 4EUT A; 1ZXI A; 4KKJ A; 3B1L X; 2MLB A; 1SEB D; 3V62 A; 5BMI A; 4JE3 B; 3P1M A; 2MBE A; 3SU8 X; 1NYQ A; 1NVI D; 4WJQ A; 4XWW A; 4A3P A; 3TSS A; 3AXC A; 3DVG Y; 2R2O A; 2J52 A; 1CMX B; 1T6B X; 4MGY E; 2VZK D; 2BQQ A; 4BBN C; 1KFY B; 2W9N A; 1WMH B; 2WXN A; 2QIL A; 3BWU D; 5D6J B; 3QHT A; 4RGO S; 2J0M A; 5CTR C; 2K6D B; 3Q3O C; 2O6V B; 1EM7 A; 5DCN A; 2BYV E; 3B08 A; 1V2Y A; 4IM3 A; 3RD2 A; 3AEA B; 1YJJ A; 2BVC A; 3RFZ B; 1JWB D; 4OZA A; 1EU3 A; 2J4X A; 3R3M A; 2VRR B; 3PRZ A; 1V97 A; 1BUI C; 3ECI A; 2JY6 A; 4ARC A; 1ESF A; 3PS6 A; 5D7G A; 1ZDV A; 2BWF A; 1T0S C; 4YTP B; 3RNG C; 3VHT C; 4MT5 A; 2M1M A; 4WIP A; 2KNB A; 4DHZ E; 4FBJ B; 5AZH A; 4MGK E; 1FFU A; 2LGY A; 2LHD A; 2H88 B; 2J42 A; 2JZZ A; 2MX2 A; 3ZTC A; 2Z8L A; 4AP4 C; 1VD2 A; 3EGR A; 2KWC A; 3L08 A; 2YLM A; 4A20 A; 1FMA D; 3R2I A; 4O1N A; 2DX5 B; 2BKR B; 4FLH A; 2C7H A; 3ALB A; 4NJ7 A; 1IP9 A; 1ROE A; 4F1S A; 1ZDX A; 2RGF A; 1AAR A; 2WHI A; 2ZNV C; 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1L0X B; 4JIO U; 1YOV B; 4M0W A; 3VTW A; 4N58 A; 4REZ A; 1SXT A; 3PTF C; 3UIP B; 3NVW A; 5C23 A; 3FC4 A; 2RPV A; 2JRH A; 2R61 A; 2BT6 A; 3APF A; 3RMK C; 2KAN A; 4W9L A; 3TUO A; 4FA6 A; 4ITK A; 1VZ6 A; 2JZP A; 1T0Q C; 2LVO A; 5TSS A; 2CKH B; 1P9D U; 3VH4 B; 1RAX A; 1KOT A; 3NVZ A; 2MBQ A; 4LK0 M; 1HXY D; 3URY A; 3QC8 B; 2YEP F; 1IGC A; 1WRI A; 1E7P B; 3I57 A; 1TZ1 A; 2JF5 A; 4FJZ A; 3UF8 A; 2NTS A; 1R4M B; 1MPE A; 4JX1 C; 1WH3 A; 2MA9 B; 4LJO B; 4KGT A; 2XK5 B; 1JCK B; 2AYO B; 3AU5 A; 1Q5W B; 1TZO A; 2KXJ A; 3TEW A; 3AMZ A; 4GIV A; 2PE6 B; 2LAS A; 4OVV A; 1SB3 C; 2W3R A; 2BYT A; 3M3J A; 4L23 A; 4IM2 A; 4PS7 A; 3VUY A; 1HTQ A; 3QJZ A; 2KOX A; 1P98 A; 4GOC A; 3B0A A; 3PHW B; 4HCN B; 1I4Q A; 4WQO B; 2LD9 A; 1WJN A; 3CF6 E; 2WGS A; 3AEC B; 1K52 A; 1WX7 A; 3ABV B; 1B1Z A; 1N5W A; 4MEM A; 1R4N I; 4Q2J A; 2NS5 A; 2IBI B; 4WUR A; 2Y5C A; 2G3Q B; 5JHB A; 4KZ0 A; 2KFK A; 3ZNG C; 3NY5 A; 2L00 B; 4MJS B; 2D3C A; 4FN2 A; 1NEK B; 3N20 C; 3U30 A; 3QWZ B; 2MCN B; 3ZLZ A; 4ICV A; 2BTE A; 3ZUN A; 3PGE A; 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