The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.
Total Genus |
4
|
sequence length |
55
|
structure length |
55
|
Chain Sequence |
VPCDNVSSCPSSDTCCQLTSGEWGCCPIPEAVCCSDHQHCCPQGYTCVAEGQCQK
|
The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.
After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.
| publication title |
Structure dissection of human progranulin identifies well-folded granulin/epithelin modules with unique functional activities.
pubmed doi rcsb |
| molecule keywords |
Granulin-5
|
| molecule tags |
Cytokine
|
| source organism |
Homo sapiens
|
| total genus |
4
|
| structure length |
55
|
| sequence length |
55
|
| ec nomenclature | |
| pdb deposition date | 2007-12-19 |
| chain | Pfam Accession Code | Pfam Family Identifier | Pfam Description |
|---|---|---|---|
| A | PF00396 | Granulin | Granulin |
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
| Class | Architecture | Topology | Homology | Domain |
|---|---|---|---|---|---|
| Alpha Beta | Roll | Ubiquitin-like (UB roll) | Ubiquitin-like (UB roll) |
#chains in the Genus database with same CATH superfamily 2JYE A; 2JYT A; #chains in the Genus database with same CATH topology 1E8W A; 1N62 A; 2KZR A; 2KMA A; 3LB8 C; 2AQ3 B; 3ZGZ A; 5LXH A; 3Q3O C; 1I4P A; 1WGK A; 3AEB B; 4ZRP A; 2IO1 B; 4A90 A; 2MHJ A; 3VVW B; 2MW5 A; 1N61 A; 2NVU I; 2INC C; 4CYE A; 1DYQ A; 1F1H A; 3PT2 B; 4NJ7 A; 2LJI A; 4KIK A; 5MPO A; 1QOB A; 3KYC D; 1UWM A; 4UDU C; 4WJN A; 4MT5 A; 4I6L B; 3SHQ A; 2NCN A; 1J7C A; 2KKC A; 1NI2 A; 2QMT A; 2KFK A; 2X38 A; 2DBY A; 2Z8L A; 1LXD A; 1KLV A; 5HHD G; 5FR6 A; 1XF5 L; 1Q5W B; 3VDZ A; 2CU3 A; 3AED B; 4GSW A; 4RF1 A; 2GBK A; 1WXV A; 3B08 A; 2V3S A; 3N1Y C; 2VH2 A; 1IGD A; 2WXP A; 3IFW B; 1PFD A; 2LRW A; 5CHF A; 3ZNG C; 2RPV A; 3ABV B; 5KHO A; 3BZD B; 4NAW B; 4K7S A; 2KVR A; 1XLN A; 1IBX B; 4MSM B; 2L83 A; 4ACF A; 5D2M B; 3AE9 B; 4BKS A; 3VR8 B; 2JU6 X; 1BXT A; 3W9C B; 4IW0 A; 2QSD A; 2FIF A; 1N5W A; 2BYE A; 1G6J A; 2BS3 B; 2WXN A; 4REZ A; 2WQY B; 1QLB B; 4C80 A; 2V3N A; 3FC4 A; 4LCD E; 1E10 A; 2AWT A; 3VH3 B; 1K52 A; 2KLG A; 1GUA B; 1HTQ A; 1C4C A; 3UIO B; 4RNA A; 4IWQ A; 3BK1 A; 3B2G A; 3L54 A; 1WJ6 A; 1E7P B; 2JX5 A; 3H6N A; 2FCN A; 3UQA A; 3P4P B; 2PE6 B; 2WX0 A; 2KAN A; 2KVZ A; 2K39 A; 4K3C A; 5BYR A; 2AQ1 B; 2W9N A; 3CMM B; 1WY8 A; 4FJZ A; 5KHQ A; 3BY4 B; 2JYT A; 3ZUN A; 4DXG A; 2W82 A; 3BVG A; 3I57 A; 2Q5W D; 2XK5 A; 4CQN A; 2FCM A; 3U2S C; 3B0A A; 3N32 A; 2IYD B; 3A9J A; 4J3O D; 3ALB A; 4TUU A; 3ZYY X; 2SAK A; 1QOG A; 3IAS 1; 2D3A A; 3P1M A; 1P1A A; 2KX3 A; 2WYQ A; 3NZS A; 1WZ3 A; 3H8H A; 2VZK D; 2ZPY A; 1WXM A; 2EEL A; 3SR6 A; 1T0Q C; 1ZUD 2; 3H7P A; 4F8C B; 1C4P A; 2RDB C; 3VRB B; 5JH5 C; 4XWW A; 2V4L A; 1BML C; 1GB1 A; 2Y5P A; 3B9J A; 2Y5B B; 3PZ8 A; 1SB3 C; 1JML A; 1VZ6 A; 2WXL A; 1CQV A; 1WJU A; 3P2B A; 3L13 A; 1NYQ A; 1L0X B; 2N7J A; 2I1J A; 4JL9 A; 3H1U A; 2EMT A; 3MFG A; 3QAQ A; 2JWZ A; 4M01 A; 5T8I A; 3JW0 X; 3IXS A; 2UU7 A; 2JYE A; 1JWA D; 2IO3 B; 2K22 A; 4F7Z A; 5AZH A; 2G4S A; 2MBQ A; 1FPY A; 3L0W B; 1I7H A; 3NVW A; 4LK0 M; 1VLB A; 2MJE A; 3DVN U; 3SU8 X; 4W9D A; 4EKU A; 1T0S C; 4ICU A; 2LGS A; 4EFO A; 1SE9 A; 1T0Y A; 3DQV A; 1NI3 A; 3SDL C; 1SJH D; 1V5O A; 4KDI C; 5C3J B; 2KYW A; 1K51 A; 3NS1 A; 1FCL A; 1C76 A; 2HJ8 A; 4RFB A; 3RNC C; 1ZGU B; 4WQO B; 1WGD A; 2LVO A; 4XDC A; 2NBU A; 3A4R A; 4M8M A; 4FJV B; 4YT0 B; 1J8C A; 1E90 A; 2KC2 A; 2YLM A; 4M8N A; 3T3N A; 4NY0 A; 1WYW B; 1OFF A; 4N58 A; 4WUR A; 2KN4 A; 1UEL A; 4C7Z A; 4C4V B; 1MI0 A; 3DHG C; 4US8 A; 4EZL A; 1S1Q B; 5C2T B; 1QF6 A; 1OEY A; 1DGJ A; 5BMG A; 3AB5 A; 1WXQ A; 1F2R I; 2LGI A; 2LI5 A; 2WLB A; 1FXT B; 5TR5 A; 2VZK B; 4PK1 A; 2I38 A; 1V8C A; 2WP9 B; 3ETR A; 4IUM B; 1SE4 A; 2AEH A; 1WXA A; 2IPK D; 1D6E C; 3FAH A; 3HK0 A; 3P4S B; 3R2T A; 2GBJ A; 2DYO A; 3MJ5 A; 3L17 A; 1TZ1 A; 1YJ1 A; 4A9A A; 4KSL C; 4RF0 A; 3V62 A; 2ZJD A; 2O2V A; 2NTT A; 1ZDX A; 2O6V B; 4RCO A; 5E6P A; 5L83 A; 3TL5 A; 5G55 A; 3VUW A; 1KJT A; 3URY A; 2L7R A; 3H9D A; 4M0W A; 2KO3 A; 3W5U B; 4G3X B; 2W54 A; 2ASQ A; 3Q8F A; 4D2K A; 4HKZ E; 5G5H A; 4KV2 A; 1TT5 B; 2JUO A; 1NDD A; 2FUG 1; 4DXF A; 1NYR A; 4LNO A; 4C56 C; 1JWU D; 4YWG G; 2ZW1 A; 3HUI A; 4JWU C; 3VTW A; 2BS4 B; 1CMX B; 4YSY B; 1YX5 B; 3AH7 A; 5EDS A; 1WH3 A; 3SFE B; 1WM3 A; 5D6J B; 2GBN A; 4MSQ B; 3NOB A; 3P4Q B; 1UBQ A; 4HPM B; 3IAM 1; 2C7N B; 2CS4 A; 1LQB A; 2D3G A; 3QJZ A; 4W9L A; 2KXJ A; 1I4X A; 4XWT A; 3PLV A; 4BKG A; 3DBR I; 2KWC A; 3BII D; 1R4M I; 2KDM A; 4G0N B; 3AE6 B; 1WE7 A; 2D07 B; 2MJ3 A; 1PGB A; 2KT7 A; 2LZ6 A; 2JVC A; 4G11 A; 1QOA A; 2B3A A; 4RGN A; 3AEA B; 1FXI A; 2LHD A; 4C7Y A; 1Y56 A; 2ICI A; 1FMA D; 3A9K A; 3DBL I; 2LEK A; 2HJ1 A; 2B76 B; 4IWO A; 3ENE A; 2KJR A; 1VCB A; 5LNK 1; 4BZA A; 2QCZ A; 4I6P A; 2RMM A; 2HD5 B; 1EUV B; 1EU3 A; 1FFU A; 1WZ0 A; 1FCC C; 1E5W A; 2DLB A; 2IBI B; 3AEF B; 3WIM A; 2BYT A; 4P7I A; 3O65 B; 4HXD A; 2PIA A; 4KZ0 A; 4ZRK A; 5HFY A; 2PMV A; 2QIL A; 4HWI B; 2JQR B; 3VR9 B; 4KGT A; 2QIE B; 1FM0 D; 4MEL A; 2MP2 B; 4ICV A; 4KDL B; 4B0E A; 3SD5 A; 1VJK A; 1HTO A; 1ZXH A; 4WAA A; 2WU2 B; 4YL8 A; 3OG5 A; 2V9H A; 2ZEQ A; 4AP4 C; 4FN2 A; 3ZLZ A; 5LLI A; 2FNJ B; 2BWF A; 1LO5 D; 1V1O A; 4N6E B; 4RM8 A; 3BVZ A; 2RGF A; 1S3S G; 1RFK A; 1ZP0 B; 3OWE B; 4P1C C; 3MC0 B; 1WM2 A; 2J0M A; 3R7Q A; 4LDT D; 3V60 A; 3X23 A; 2M8S A; 1MG4 A; 4PYZ A; 2J52 A; 4EZK A; 4DK5 A; 4B6W A; 4LNK A; 2IDY A; 1TS4 A; 1XEE A; 1ZW7 A; 2EMS A; 2WS3 B; 3LJ3 A; 3PGE A; 3DVG X; 2AL6 A; 1V9J A; 3JVZ X; 1MJD A; 3MP9 A; 3RFZ B; 2ZVN A; 3PHX B; 3GS2 A; 3PPA A; 1F0Z A; 4YXD B; 2CKH B; 2R2O A; 2WXR A; 4BBN C; 4II2 B; 2BTE A; 1XXG A; 4XGA B; 3ZKJ C; 4XZ4 A; 4NZL B; 3C19 A; 1XLP A; 3RNB C; 5JHB A; 3PTF C; 2WXF A; 3A1Q B; 3UGB B; 3DBH I; 4IM3 A; 4BKT A; 2RR9 A; 3APC A; 2IND C; 3Q69 A; 2BF8 B; 3TSS A; 2QJL A; 1D4B A; 3QC8 B; 2FCQ A; 3RPF C; 3RNE C; 3N9Y C; 5AUI A; 5DPT A; 1C9F A; 3PS6 A; 2LGY A; 1AN8 A; 1J19 A; 1A5R A; 2IO0 B; 1DOX A; 4MGZ E; 3Q3J A; 4WJO A; 3VFK A; 3EUB 2; 2PVG C; 5GMV A; 5HI1 A; 2GMI C; 2QHO A; 4IOI E; 5CHW A; 2KQ4 X; 2KAJ A; 2KWV B; 1FEH A; 3KUZ A; 3RNG C; 1V6E A; 3AM9 A; 3C0R B; 3APD A; 1M4V A; 4W9G A; 1JRP A; 1WRI A; 2MBH A; 1IP9 A; 2LXA A; 3UQB A; 3AE3 B; 2G9H D; 3M62 B; 1JRU A; 5I4D A; 4RGO S; 1D5X C; 3VTV A; 4LDT B; 2D3B A; 1WGY A; 1XT9 B; 2DX5 B; 3WAP A; 2OJW A; 4JQW C; 2WXK A; 4WWP A; 2WDT B; 5AEK B; 3AE4 B; 2HE7 A; 3QCA A; 4HVB A; 2BYF A; 1L0V B; 1PQS A; 1XLQ A; 3ZJV A; 2KMM A; 2DEN B; 3ML8 A; 1TKY A; 2ZCC A; 4TQ1 A; 1WGH A; 2KK8 A; 2JT4 B; 2C9W B; 4WQM A; 1L6U A; 3BWU D; 2KJ6 A; 2BT6 A; 1FRR A; 4H2A A; 4ZHP A; 4EEW A; 2CR5 A; 3Q8E A; 2WXQ A; 2CHW A; 3KQ4 A; 5AUK A; 2NBW B; 2BB5 A; 2N1V A; 5JHA A; 1ACC A; 4W9J A; 3CSF A; 3VH4 B; 3U52 E; 2RD0 A; 4NPN A; 1HEZ E; 3I9V 1; 2M1M A; 3WAL A; 4HKQ A; 4HEA 1; 4DHZ B; 5J17 A; 3AE7 B; 5DCN A; 3VTU A; 4XE0 A; 2Y5C A; 1QIL A; 1FNV A; 2N1W A; 1AWD A; 1YNT E; 4IM2 A; 1ESF A; 3AEC B; 4GXB A; 5DPR A; 4ANU A; 1ROE A; 2NR2 A; 4MGK E; 5BYS A; 3DHI C; 1L6V A; 5IN7 A; 3CF6 E; 1YN3 A; 1LM8 B; 4O1N A; 4R3D A; 4K1R B; 2KWD A; 4OZB A; 1YQB A; 3Q6B A; 3W1Y A; 1H4R A; 4WJP A; 2N7E A; 3E9S A; 4WIP A; 3KW5 B; 2V4I B; 4W9I A; 1T0R C; 2KQS A; 2DYB A; 3GE3 C; 2LD9 A; 2L0T A; 4IKG A; 2N7D A; 3W1S C; 3MHS D; 3RI7 C; 4W9E A; 3RZW C; 4X57 B; 4ANV A; 2LGD A; 2MJD A; 1C79 A; 4GU2 A; 2WWZ A; 2KMC A; 3DVG Y; 1JCK B; 2WDV B; 3RUL A; 4GDL A; 2C7H A; 1OEY J; 5BO4 B; 1BT0 A; 2E3T A; 2LUE A; 3ZNH B; 3NRZ A; 3Q14 C; 1WGR A; 2JF5 A; 2XN9 C; 4B0M A; 4HPL B; 4EUT A; 4FBJ B; 4HPP A; 5FKA C; 4XYC A; 3P42 A; 5G2N A; 4DQO C; 2LGX A; 3DDC B; 5CTR C; 3GP7 A; 1B9R A; 1VZ7 A; 2V3P A; 2J42 A; 2ON8 A; 1K8R B; 2QDF A; 2GB1 A; 4ZYN A; 4HK2 A; 1SEB D; 3O13 A; 2ACZ B; 1STE A; 1WYG A; 3V6C B; 2Z0E B; 1OQQ A; 1WR6 E; 3CWI A; 1KOT A; 2G4D B; 4I6N B; 2K8C A; 2KNB A; 4NJ6 A; 4E74 A; 1HE8 A; 2D5G A; 2WX1 A; 3WAM A; 3NG0 A; 2RSU A; 1XLO A; 2OOB B; 1QKZ A; 1TY2 A; 1X1M A; 2KDI A; 2V0G A; 1D3Z A; 1TYG B; 3PZ7 A; 3RT3 B; 3ZXV A; 3AE2 B; 2GBM A; 4AOF A; 4GDK A; 2M17 A; 1R4N B; 5D3D A; 3OAW A; 4MH0 E; 1JRO A; 1WR1 A; 3QX1 A; 2D10 A; 3VXW A; 4MM3 B; 4MJS A; 2MA9 B; 3BVM A; 1SJE D; 1V1P A; 4GB9 A; 1IYF A; 1XQQ A; 3A33 B; 1Z5S B; 1WMH A; 2DYM A; 3MTN B; 3GOE A; 2KTF A; 4ARC A; 4BKS D; 5EE9 A; 1F52 A; 1FFV A; 1WF9 A; 2FUH B; 3DVN V; 1P0R A; 2Z0D B; 5BYQ A; 4Q2J A; 1YQ3 B; 1GOZ A; 2R61 A; 3LYY A; 1RYJ A; 4TKN A; 3Q8C A; 2BVC A; 2DNF A; 3BYY B; 3RNF C; 4HJG E; 3ZRF A; 1SBB B; 1KF6 B; 1PGX A; 1MVK A; 4FHJ A; 3VUY A; 3D32 A; 1GG3 A; 3BK2 A; 4FJY A; 1TIF A; 2KTR B; 4OHJ A; 3TEX A; 4FXC A; 2JSV X; 1EO6 A; 3JSV A; 1YN5 A; 3B2F A; 2NPT A; 4JX1 C; 3HIZ A; 1LFD A; 1UUP A; 1JWM D; 2PTL A; 1NEK B; 1WJN A; 2X8X X; 3KWL A; 1Q1O A; 4MAC A; 3DPD A; 1YD8 U; 1TGZ B; 3FIL A; 1AW7 A; 4AS1 A; 1J7B A; 4MEM A; 2HTH A; 4WH4 A; 4G50 A; 3AMZ A; 1WE6 A; 1VD2 A; 5IKC M; 3S2A A; 2OJR A; 2BWE S; 1N5X A; 4KGS A; 3L16 A; 3GZN I; 4KIK B; 2JZZ A; 5DPS A; 3W2D A; 1WFY A; 2PEA A; 3PV1 A; 3AV8 A; 4PT5 A; 2YEP F; 4M00 A; 4DDI D; 2AYO B; 2KFK B; 2DWQ A; 3ZNI D; 4US9 A; 1TKE A; 2N0S B; 3PRZ A; 4FUL A; 3IT6 B; 1EM7 A; 4GGQ A; 3NVY A; 3R66 C; 1C78 A; 4ANX A; 1N60 A; 3EGR A; 5D3I B; 2KOX A; 4L1B A; 2IJ0 A; 3AU5 A; 3T9L A; 4KGR A; 3PRP B; 4MDK E; 1P7E A; 3RZF A; 3A4S C; 1QOF A; 5D94 A; 1V80 A; 2LJ5 A; 2K25 A; 2N9P C; 1TY0 A; 1U4A A; 3TJP A; 1C1Y B; 2MCN B; 3EA6 A; 5IOI A; 4ZDV A; 5E6O A; 2PKO A; 4BOZ B; 4ANW A; 3NY5 A; 1KFY B; 4B9K A; 2PVO D; 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4W9K A; 3Q3M C; 3UI3 A; 2WXO A; 4NAM A; 2ZNV C; 2L05 A; 1GJZ A; 1ZXI A; 4WWM A; 5E6N A; 3ONS A; 1P3Q U; 1SIJ A; 3MJW A; 3U7Z A; 4FA6 A; 2QC8 A; 4GOC A; 2IGH A; 3ZRC A; 1WI0 A; 2PLP A; 3T8M A; 4IDI A; 5IAA C; 1GC7 A; 2J7Q B; 3QAR A; 5DPW A; 2JRH A; 2BW2 A; 1FXA A; 5G5G A; 2LXC A; 4XDD A; 3EEC A; 3IT4 B; 2MLB A; 3KVF B; 3RMK C; 2LVP A; 2MBO A; 3J9C A; 4BOS C; 4C00 A; 3T3O A; 2K3U A; 2ONQ A; 3DBR B; 3RYT A; 4KKJ A; 4NQK E; 1R4M B; 4IG7 B; 3RNA C; 1F2R C; 4JE3 B; 4P1B C; 1UD7 A; 1EF5 A; 3VQI A; 1HZ5 A; 3IBE A; 3M3J A; 2FCS A; 2CJO A; 4HCN B; 1M94 A; 3DBL B; 1KH0 A; 2RPQ A; 4LNF A; 3WAO A; 3ZXR A; 1DOY A; 4C4V A; 1VRA B; 1T5X D; 1T3Q A; 3GB1 A; 1SE3 A; 1V2Y A; 2PJH A; 3AI5 A; 4NJC A; 3L4P A; 4YTP B; 3MC8 A; 4XC2 A; 1EWC A; 5H8Y E; 3AEE B; 2OHF A; 2O2V B; 1E6E B; 3ZVV A; 3RD2 A; 4NQL B; 5EE0 A; 3RN9 C; 1L5P A; 1HQR D; 3KLS X; 4GLS C; 4M0W B; 1XO3 A; 1EF1 A; 1P98 A; 2JPH A; 5BMH A; 3K9P B; 3ZTD A; 4A55 A; 2O6V A; 1UZX B; 4FLH A; 4A6Q A; 2WNM A; 1I42 A; 2JZP A; 3RUI B; 4NNJ B; 3OJ4 B; 4DXA B; 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