The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.
Total Genus |
13
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sequence length |
76
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structure length |
76
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Chain Sequence |
MLIKVKTLTGKEIEIDIEPTDKVERIKERVEEKEGIPPQQQRLIYSGKQMNDEKTAADYKILGGSVLHLVLALRGG
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.
After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.
| molecule tags |
Signaling protein
|
| source organism |
Homo sapiens
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| publication title |
60th residues of ubiquitin and Nedd8 are located out of E2-binding surfaces, but are important for K48 ubiquitin-linkage.
pubmed doi rcsb |
| molecule keywords |
NEDD8
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| total genus |
13
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| structure length |
76
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| sequence length |
76
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| ec nomenclature | |
| pdb deposition date | 2009-09-09 |
| chain | Pfam Accession Code | Pfam Family Identifier | Pfam Description |
|---|---|---|---|
| A | PF00240 | ubiquitin | Ubiquitin family |
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
| Class | Architecture | Topology | Homology | Domain |
|---|---|---|---|---|---|
| Alpha Beta | Roll | Ubiquitin-like (UB roll) | Phosphatidylinositol 3-kinase Catalytic Subunit; Chain A, domain 1 |
#chains in the Genus database with same CATH superfamily 2K25 A; 4F1S A; 1WXV A; 4K81 A; 2KQS A; 4P7I A; 3DVN U; 4PS3 A; 1RLF A; 2K6Q A; 1ZGU B; 2VRR B; 5E6P A; 4J6I A; 1PQS A; 5JZE B; 3QIJ A; 4LCD E; 1SGH A; 2D3G A; 3PPA A; 4NQL B; 4W9J A; 4YL8 A; 5D6J B; 3RZF A; 2N7E A; 1I42 A; 2WYQ A; 3UQB A; 1AAR A; 4NNJ B; 4MEL A; 4MGZ E; 3JVZ X; 1KJT A; 3PLU A; 2ZVO A; 4DK5 A; 4FLH A; 2FCM A; 3EEC A; 4M8M A; 4MGY E; 2ZPN A; 3IVF A; 3KUD B; 2N9X A; 1HE8 A; 1Y8R C; 2NPT A; 2CR5 A; 2V1Y A; 3RYT A; 4NJ7 A; 4LJP B; 4CO7 A; 4GOC A; 4WJN A; 2L0T A; 1WR6 E; 3M63 B; 4LDT D; 4B6W A; 4MJS A; 1XQQ A; 2JVC A; 1OEY A; 2KX0 A; 4EUT A; 3RD2 A; 4CHK A; 2ZEQ A; 2GBN A; 4KV2 A; 2UWQ A; 2KZR A; 3ZVV A; 2BKF A; 4TV3 A; 2KOX A; 2WDT B; 2PPH A; 1C3T A; 2YVC A; 4FHJ A; 2HJ8 A; 4ANU A; 3RZW C; 4WJQ A; 4DHJ B; 4HWI B; 2LZ6 A; 4JIO U; 5KHQ A; 4ZRJ A; 1LXD A; 2GOW A; 3QA8 A; 2KDE B; 3W1Y A; 2OOB B; 3L54 A; 3ML9 A; 1NBF C; 1OEY J; 4MGI E; 3LDZ E; 5CHW A; 4EZK A; 3ZO5 B; 2WWZ A; 4FA6 A; 3VTV A; 4GU2 A; 1S3S G; 1YIW A; 3QC8 B; 3WAN A; 2GBM A; 2NBV B; 4TQ1 A; 2O2V A; 1V9J A; 2CHZ A; 4EEW A; 3PV1 A; 4RMA A; 4DWF A; 2JRI B; 3JW0 X; 1Z2M A; 4XZ4 A; 3L17 A; 2NPT B; 4KSK C; 2K8C A; 1MG8 A; 3A9K B; 1Q0W B; 2K8H A; 2KNB A; 2KTR B; 2MSE D; 2CS4 A; 2XK5 A; 3B08 A; 1ZW7 A; 3KUC B; 1V81 A; 4FBJ B; 4MEM A; 2G45 B; 4BFR A; 5J17 A; 4KVG B; 3EC8 A; 3V60 A; 4KDL B; 2ZZP B; 2DZK A; 2KWV B; 4BOZ B; 2C60 A; 4ZRK A; 4IC7 B; 4NJ6 A; 2DAF A; 1V5T A; 4AJY B; 3VAW A; 2PE9 A; 3QQ8 B; 4MM3 A; 1V49 A; 2RGF A; 4K7S A; 1XT9 B; 2EMS A; 3ONS A; 4EZL A; 3ZIM A; 3A1Q B; 3H7P A; 1WX8 A; 4WJO A; 3PVL A; 3VFK A; 3OJ3 A; 2L8J A; 2FAZ A; 3Q3J A; 2K39 A; 3TCA A; 4OVU A; 2LD9 A; 4KIK A; 1WY8 A; 2M0X A; 4AUQ C; 4HDO A; 3IHP C; 5EDS A; 1SE9 A; 4DHZ B; 2DEN B; 5J18 A; 3L08 A; 1E7U A; 4BOS C; 4RM8 A; 2JZ3 B; 1CMX B; 2G4S A; 1E5W A; 1WX9 A; 2FID A; 4NAW B; 4W9L A; 1A5R A; 2I1K A; 2KK8 A; 4IWP A; 1WI0 A; 1EO6 A; 2WX0 A; 2FCQ A; 4AP4 C; 3LJ3 A; 2BWF A; 4EZJ A; 3D32 A; 3DBH I; 3HHM A; 4CYE A; 1WF9 A; 5DPR A; 5IAA C; 2Y5B B; 3ZLZ A; 2RD0 A; 2KX3 A; 3KVF B; 1X1M A; 3QX1 A; 4HLE A; 2AYO B; 5KHO A; 1YD8 U; 3QCA A; 4X57 B; 1E90 A; 2DX5 B; 4MSQ B; 4A3P A; 2GMI C; 1JRU A; 3H7S A; 2KLC A; 3NZS A; 4LJO B; 4GSW A; 3SD5 A; 2UYZ B; 4WWP A; 2LRW A; 1GG3 A; 2OJR A; 2KVR A; 4WWO A; 4BBN C; 1P3Q U; 5AEK B; 3A9J A; 3DPD A; 1GJZ A; 3WIM A; 2C9W B; 2C5L C; 2DYO A; 3R7Q A; 1E8W A; 2ZJD A; 3PRM B; 1WGH A; 2EMT A; 4ICV A; 2KDB A; 2KO3 A; 2ZNV C; 4IM0 A; 3L10 B; 2IYD B; 3RUI B; 2MBE A; 2RR9 A; 4W9F A; 4WAA A; 2K6D B; 3CMM B; 1WGD A; 3KYD D; 2KN5 A; 3QJZ A; 2KFK A; 4JGH B; 2NCN A; 4HVB A; 2O6V D; 3KYC D; 3DCG A; 3L16 A; 4ICU A; 2K1F A; 2XEW A; 2Z0E B; 3DOW A; 3PGE A; 4BBN F; 4W9G A; 3UQA A; 5JHA A; 4ZRI A; 1G6J A; 2C7M B; 3OAW A; 1WE7 A; 2M17 A; 1UZX B; 3ZNG C; 1WXA A; 1YQB A; 2BWE S; 1R4M I; 1WX7 A; 2LJ5 A; 3ZTC A; 2FCN A; 2ZCB A; 3APF A; 4WJP A; 2IBI B; 3KUZ A; 3ZDM C; 4JL9 A; 1RRB A; 4HCN B; 4I6P A; 5CTR C; 2MQJ A; 5BO4 B; 5C23 A; 2D07 B; 3ZTD A; 2C7N B; 4BKG A; 4IM2 A; 1L2N A; 3ZUN A; 2L7R A; 5IA7 A; 3WAP A; 2MRP A; 1XD3 B; 3U30 A; 3R3M A; 2B3A A; 2BPS A; 3H6N A; 3W1S C; 2LGX A; 4W9I A; 4TUU A; 5CHF A; 2MCN B; 1V80 A; 2HD5 B; 3VH4 B; 4BKS D; 3WA0 A; 4HK2 A; 3VTU A; 3AUL A; 5C1Z A; 4NQK E; 1TTN A; 3GZN I; 2EKE C; 3VHT C; 2KFK B; 3MHS D; 1KOT A; 4G50 A; 3CSF A; 2J7Q B; 5CHV C; 4E71 A; 2AWT A; 2KJR A; 1E8Z A; 2L0F A; 3RUL A; 4KZC A; 1GC6 A; 5AZH A; 3R7R A; 1L7Y A; 2V4L A; 4I6L B; 2KDI A; 2L05 A; 4GDK A; 3GOE A; 3L0W B; 4GMV A; 4II2 B; 2PJH A; 1WIA A; 1H4R A; 4NY0 A; 4ANV A; 1Z5S B; 1WE6 A; 3MTN B; 3JSV A; 2LWP A; 3N3K B; 3VUY A; 3M3J A; 3VVW B; 2NBU A; 4MJS B; 4B9K A; 2HTH A; 2KFJ A; 3EFU A; 5LXH A; 2MBH A; 2G3Q B; 1EF5 A; 5GMV A; 1I35 A; 3TIX A; 3UF8 A; 3C0R B; 1WXS A; 2I1J A; 3M95 A; 4N9F 4; 4ZYN A; 2KLG A; 3WAL A; 3RCZ A; 2L76 A; 2ZVN A; 2D11 A; 3UIN B; 4DHJ D; 4FJV B; 3AXC A; 3DBR I; 2KWC A; 1R4N I; 4II3 B; 4F7Z A; 1WJ6 A; 4DXA B; 2HE7 A; 2BF8 B; 2NS5 A; 1YX5 B; 2JT4 B; 1WM3 A; 3AU4 A; 4BVU C; 2KJH B; 2N7D A; 5L83 A; 4MDK E; 3W1S A; 2JPH A; 2A5U A; 2ZNV B; 4FJZ A; 3NOB A; 1Q1O A; 4GDK B; 2O2V B; 1J0G A; 1WGG A; 2KDF B; 1WZ0 A; 2REX A; 5DCN A; 3CST A; 4HXD A; 4E3C A; 2DYM A; 4EOY A; 2RSU A; 3RT3 B; 3U7D A; 2KQ7 A; 2DZI A; 1WGY A; 5L95 C; 3Q3F A; 3JSV B; 3UIP B; 4IWQ A; 2J0K A; 2XK5 B; 2N4F A; 5DPS A; 1YJ1 A; 4HCP B; 2R2Q A; 3A4R A; 3TMP B; 2L00 B; 2MWS B; 3ENE A; 1UBQ A; 1VD2 A; 5FR6 A; 5DPT A; 2IO3 B; 1NDD A; 1WM2 A; 3OJ4 B; 5AZF A; 3M62 B; 1WR1 A; 3DDC B; 3HM6 X; 4G0N B; 3KW5 B; 4IM3 A; 3PSE B; 1V86 A; 2KKC A; 1WYW B; 4GGQ A; 1WGR A; 2G4D B; 3PT2 B; 3TJP A; 2CU1 A; 3N32 A; 1V5O A; 1P1A A; 2LI5 A; 4JQW C; 3H7P B; 1EF1 A; 2BYV E; 2KC1 A; 3X0W A; 2MP2 A; 3OLM D; 2BYF A; 5DPW A; 2FIF A; 4BKS A; 1ISN A; 2NBW B; 2W9N A; 4W9K A; 2N9P C; 4KIK B; 1WZ3 A; 3ZDT A; 3ZRC A; 1IP9 A; 2AEH A; 2FUH B; 2IO2 B; 3ZW3 A; 1WXM A; 3DVN V; 4MGK E; 2KTF A; 1YX6 B; 3S2A A; 3A33 B; 2KXJ A; 4FUL A; 2AL6 A; 5D7G A; 3BY4 B; 5G55 A; 3QAR A; 4A3O A; 1E7V A; 4IWO A; 5E6O A; 4GN1 A; 3K9P B; 2BYE A; 2JUO A; 3IFW B; 2JY6 A; 2JWZ A; 4K7W A; 1F9J A; 3ZNI D; 2LVO A; 3DQV A; 2K8B A; 3APD A; 4B95 A; 2DZJ A; 1C1Y B; 2NR2 A; 4HJK A; 3T9L A; 2MX2 A; 3KH0 A; 4ZDV A; 3NHE B; 3QWZ B; 4IUM B; 2KJ6 A; 4LDT B; 1KM7 A; 2IY1 B; 1OTR B; 5LXI B; 1WMH A; 1WJU A; 4W9H A; 3SU8 X; 3UIO B; 3V62 A; 3CF6 E; 4DHZ E; 4ASW C; 2D10 A; 2MBB B; 1WJN A; 2MP2 B; 4GXB A; 3V6E B; 5HKH A; 4NPN A; 2V3S A; 1WH3 A; 2FNJ B; 3L13 A; 4XC2 A; 2A4Z A; 3DBS A; 4BKT A; 3A9J B; 2NVU I; 3PRZ A; 1WRD B; 4OVV A; 1LQB A; 2RPQ A; 3BIN A; 3QHT A; 2M4N A; 2IY0 B; 1TBE A; 2D2Q A; 2M8S A; 4PYZ A; 3V61 A; 5J2R A; 1OQY A; 1UBI A; 1RAX A; 4KSL C; 2KHW B; 1T0Y A; 2BGF A; 2ZPY A; 1V6E A; 3X23 A; 3IG3 A; 3ZNZ B; 3A9K A; 1M94 A; 3AU5 A; 2KTR A; 3DVG X; 4F8C B; 5G2N A; 4PYU A; 3ZRF A; 1WMH B; 1P98 A; 3MJW A; 1H8C A; 1J19 A; 2GBJ A; 1GNU A; 4M8N A; 3SDL C; 2LXC A; 4GB9 A; 4FAD A; 2KMC A; 4IG7 B; 2AL3 A; 4DDI D; 2DHZ A; 1IYF A; 3NY5 A; 3O65 B; 2JXX A; 2KWU B; 1P0R A; 3N30 A; 4M0W B; 4G11 A; 5JHB A; 3IBE A; 1NI2 A; 1UH6 A; 3QK0 A; 2J0M A; 2MBQ A; 4G3X B; 1FXT B; 3VTW A; 2PE6 B; 2CHX A; 2M1M A; 2DYB A; 4HDQ A; 2LRU A; 3AI5 A; 3TBL D; 1ZKH A; 1U4A A; 1K8R B; 2GBR A; 2KAN A; 3QAQ A; 1VCB A; 2BKR B; 3T8M A; 2JF5 A; 3A1Q A; 4FJY A; 2IZV B; 3ZNH B; 5E6N A; 1EUV B; 2XBB C; 5AZG A; 2MLB A; 4ANW A; 4AJW A; 3WAM A; 2KMA A; 1OGW A; 3U8Z A; 2CHW A; 2YLM A; 2LVQ A; 4K1R B; 2ZCC A; 3VUX A; 4URK A; 3PTF C; 1BT0 A; 3B1L X; 4NAW A; 4XX5 A; 3I3T B; 1UGM A; 3H1U A; 3HK0 A; 1UEL A; 2ASQ A; 1TZ1 A; 2L3Z A; 4W9D A; 4KZ0 A; 4PS7 A; 1GUA B; 4FN2 A; 2Z59 B; 3ALB A; 4KDI C; 3DVG Y; 2GBK A; 2N1V A; 2O6V A; 2WX1 A; 3ECI A; 2LXA A; 2MBO A; 3HIZ A; 2R2O A; 4W9E A; 4MSM B; 4EKU A; 1RFA A; 2MW5 A; 3HM3 A; 3PHX B; 3EHV A; 1E8Y A; 4HPM B; 2LGD A; 2QHO A; 4JLC A; 3WAO A; 3DBL I; 5TR5 A; 2J0J A; 1V2Y A; 3PRP B; 4GDL A; 2LGY A; 4IW0 A; 3PS6 A; 1P9D U; 3VQI A; 4E74 A; 1S1Q B; 4A20 A; 2LUE A; 4TQ0 A; 2KC2 A; 2CKH B; 1SIF A; 4AWJ A; 1QZE A; 2LAS A; 2N9E B; 1IPG A; 3B0A A; 3NZU A; 4GIV A; 2Z0D B; 4PS8 A; 3VH3 B; 4HPL B; 1WJ4 A; 5D94 A; 3SHQ A; 3PZD A; 3V6C B; 2C7H A; 3VDZ A; 3NS8 A; 5JH5 C; 3VXW A; 4I6N B; 1J8C A; 3UGB B; 2FCS A; 2IO0 B; 3PHW B; 3APC A; 3PRE A; 4ANX A; 4DBG A; 4K7U A; 4RM9 A; 4AOF A; 3R66 C; 3VUW A; 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3GE3 C; 3KUC B; 4FBJ B; 1R7S A; 3V60 A; 4KDL B; 2ZZP B; 3VR9 B; 2DZK A; 4ZRQ A; 3N20 C; 2PE9 A; 1LGR A; 1N61 A; 4K7S A; 2EMS A; 1YN3 A; 3VFK A; 3PVL A; 2QEJ C; 3ZXR A; 3VR8 B; 3RNG C; 2LD9 A; 3P1M A; 2M0X A; 4HDO A; 2JZP A; 5C2T B; 5IN7 A; 1SE9 A; 4DHZ B; 4YSY B; 1UGJ A; 3BK2 A; 4BOS C; 2LHD A; 2JZ3 B; 2G4S A; 2FID A; 4W9L A; 2L1A A; 2KK8 A; 4IWP A; 1EO6 A; 2WX0 A; 2DNF A; 1MFW A; 2J52 A; 4PT5 A; 3D32 A; 5IAA C; 2Y5B B; 2KX3 A; 4HLE A; 5KHO A; 3NZS A; 2KLC A; 1F2R C; 2OJR A; 5AEK B; 3A9J A; 3DPD A; 2WXQ A; 2KYW A; 2D5G A; 2W55 A; 4C80 A; 1HTQ A; 2PVG C; 2LGS A; 1V1O A; 1WGH A; 4RNA A; 3AEC B; 2OHF A; 3RUI B; 2K6D B; 3KYD D; 1E6E B; 2KN5 A; 1I4H A; 4JGH B; 3L16 A; 1MVK A; 2Z0E B; 3DOW A; 4BBN F; 3EA6 A; 2WXF A; 2BWE S; 1R4M I; 3N9Y C; 2FCN A; 4WJP A; 3KUZ A; 5CTR C; 4IM2 A; 1L2N A; 2L7R A; 1ZP0 B; 1XD3 B; 4OW0 A; 3W1S C; 2QJL A; 4W9I A; 3EGR A; 1ENF A; 3AUL A; 5C1Z A; 4NQK E; 3P4R B; 3GS2 A; 1FIQ A; 3GZN I; 4G50 A; 3CSF A; 2HJ1 A; 4E71 A; 3RUL A; 1E8Z A; 2IDY A; 2LEK A; 1HXY D; 1L7Y A; 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