The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.
Total Genus |
17
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sequence length |
87
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structure length |
87
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Chain Sequence |
MDEDATITYVDDDKGGAQVGDIVTVTGKTDDSTTYTVTIPDGYEYVGTDGGVVSSDGKTVTITFAADDSDNVVIHLKHGLEHHHHHH
|
The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.
After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.
| publication title |
Solution NMR Structure of a domain of adhesion exoprotein from Pediococcus pentosaceus, Northeast Structural Genomics Consortium Target PtR41O
rcsb |
| molecule tags |
Cell adhesion
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| source organism |
Pediococcus pentosaceus
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| molecule keywords |
Adhesion exoprotein
|
| total genus |
17
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| structure length |
87
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| sequence length |
87
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| ec nomenclature | |
| pdb deposition date | 2010-06-09 |
| chain | Pfam Accession Code | Pfam Family Identifier | Pfam Description |
|---|---|---|---|
| A | PF06458 | MucBP | MucBP domain |
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
| Class | Architecture | Topology | Homology | Domain |
|---|---|---|---|---|---|
| Alpha Beta | Roll | Ubiquitin-like (UB roll) | Putative peptidoglycan bound protein (lpxtg motif) |
#chains in the Genus database with same CATH superfamily 4M01 A; 4M02 A; 2KYW A; 2KT7 A; 4M00 A; 2KVZ A; #chains in the Genus database with same CATH topology 2HTM E; 1T3Q A; 4O1N A; 4XGA B; 1FM0 D; 1MHH E; 1K53 A; 1TTN A; 2BVC A; 4RF1 A; 1UUP A; 2YVC A; 3I9V 1; 4B95 A; 3AXC A; 3L10 B; 3KYD D; 1V1O A; 3JVZ X; 5E6P A; 4E3C A; 2GBR A; 2L3Z A; 4W9J A; 2D2Q A; 2FNJ B; 1EUV B; 5BO4 B; 3AE8 B; 3NVW A; 3PHX B; 1H4R A; 3P4P B; 3GS2 A; 3MHS D; 2INN E; 3NUH B; 2KQ7 A; 3AB5 A; 3PRP B; 1WYG A; 1NDD A; 2KDE B; 1GAQ B; 2BPS A; 5E6J A; 4IKG A; 4QAY A; 1SSN A; 1L0X B; 4FJV B; 3NVZ A; 4OVV A; 2ZEQ A; 1WGR A; 3FIL B; 4K1R B; 4RGN A; 3RNC C; 1V1P B; 1ZDX A; 2JUO A; 2XNA C; 2FAZ A; 2O2V A; 4ICU A; 3PZD A; 3URY A; 4HDO A; 1FXA A; 4ZOH C; 1SF0 A; 1FRD A; 2RDB C; 3NVV A; 4US9 A; 3PO0 A; 4DHJ B; 5HKH A; 4UDU C; 2LVO A; 4ZYN A; 3AU5 A; 1D3Z A; 4DDG D; 1TS4 A; 2MJD A; 2LAS A; 4TMA B; 2JRH A; 1D4B A; 2FCS A; 5JHB A; 4HPL B; 3AED B; 2KWC A; 1AW7 A; 4G11 A; 3Q6B A; 2BS2 B; 2BYT A; 1PGX A; 3ML9 A; 3PVL A; 5AZF A; 4KIK B; 1RRB A; 3WAO A; 1Z2M A; 3A33 B; 4C7Z A; 2MX2 A; 3RNF C; 2I2Y A; 2LVQ A; 3NG0 A; 2JQR B; 3BVG A; 3RD2 A; 2GBJ A; 2WHI A; 4GDL B; 2FCN A; 4ZDV A; 2JXX A; 2N9P C; 3OAW A; 2XEW A; 3BII D; 4HEA 1; 2WU5 B; 5C1Z A; 2CJN A; 1ZP0 B; 2INC C; 1TYG B; 4Q2J A; 1NYQ A; 1ISN A; 1OGW A; 2FIF A; 1SE2 A; 1T6B X; 2VZK B; 2N0S B; 2IGD A; 3CF6 E; 2GB1 A; 1FD6 A; 2PE6 B; 4DXG A; 1TKE A; 5IP4 D; 3DHG C; 3VUW A; 2PVO D; 1RWS A; 1TY2 A; 3WAM A; 2MJ3 A; 3AU4 A; 2JX5 A; 4JX1 C; 3EFU A; 1YQ3 B; 3DVG Y; 2PW9 A; 2W3S A; 3NY5 A; 3B0A A; 2BS4 B; 2K22 A; 4WH4 A; 2PE9 A; 2CU1 A; 2B76 B; 4CHK A; 4TKN A; 5H8Y E; 1BT0 A; 2JYE A; 2J4X A; 2LHD A; 3RMK C; 2HD5 B; 3PZ8 A; 3KWL A; 1NYR A; 1FXT B; 2KTR A; 5LLI A; 3HRD D; 2MEK A; 5E6N A; 3C0R B; 2C7N B; 1FFU A; 3A9K B; 2FBW B; 2INP E; 2RR9 A; 1HZ5 A; 3P1M A; 4F8C B; 1K51 A; 2AX5 A; 1C3T A; 3FIL A; 2KVZ A; 2WNM A; 3H6N A; 1C4A A; 1V1P A; 4XDC A; 4PS3 A; 4IWQ A; 2AL3 A; 3VTV A; 4AJY B; 1V49 A; 1TIF A; 3AE6 B; 2WLB A; 2WXG A; 2KZR A; 3T3O A; 4KKI A; 1OEY J; 1WZ0 A; 1MHX A; 2IO1 B; 1G6J A; 1CZP A; 3KUZ A; 1K52 A; 2PVG C; 1P9D U; 3W1S C; 2X8X X; 3N30 A; 2ZPN A; 4P6V F; 2DHZ A; 2A4Z A; 2WX0 A; 2MBE A; 2C9W B; 4A55 A; 1IGD A; 2FCQ A; 2V3P A; 2DAF A; 2XBB C; 2GI9 A; 3ZKJ C; 2AL6 A; 1PUT A; 2LGX A; 2BKF A; 2D3C A; 2PIA A; 3VH3 B; 1GC7 A; 1V2Y A; 4TQ0 A; 1PFD A; 2K8H A; 3APF A; 2J52 A; 1WM2 A; 4DHJ D; 3BVM A; 2IJ0 A; 2MP2 B; 2ZVO A; 4KIK A; 4RH6 A; 1GG3 A; 4W9K A; 4HRS A; 1IUE A; 1F52 A; 4RM8 A; 3B08 A; 1SGH A; 4GDL A; 4XC2 A; 3T8M A; 1WGH A; 2Y5P A; 1MI0 A; 2JXT A; 2BYF A; 2QDF A; 3UI3 A; 2N1W A; 2JF5 A; 1DOX A; 4AS1 A; 3H7P B; 2N9K A; 4ZRI A; 3EEC A; 1ET9 A; 4P1C C; 4B9K A; 4ZYS A; 1JWS D; 2NPT A; 1WXQ A; 2DNF A; 4WJP A; 2J42 A; 4C00 A; 3APC A; 1NBF C; 2WDV B; 2QMT A; 1I4R A; 1QOF A; 3BK2 A; 1C9F A; 1FEH A; 2REX A; 3IT4 B; 4OZA A; 4WJN A; 3N1Z C; 3AE3 B; 2L05 A; 1ZPS A; 2MRP A; 3P2B A; 3Q14 C; 1C76 A; 2IGH A; 4ICV A; 2NBW B; 4RGM A; 1XQQ A; 3B1L X; 4K3C A; 5JHA A; 2KTF A; 1NEN B; 2XK5 B; 4JWU C; 4IW0 A; 2VZK D; 3PPA A; 4W9H A; 4PYU A; 4L23 A; 4DDI D; 4PS8 A; 3A1Q B; 4RCO A; 3CWI A; 4N6E B; 2LXA A; 3NOB A; 4F7Z A; 3W1Y A; 1JCK B; 4YXD B; 2AQ2 B; 2J0J A; 2LI5 A; 1VZ6 A; 2GRI A; 1AYF A; 3DBR I; 4BKG A; 4DK5 A; 2Z0D B; 2DZK A; 3RPF C; 3P42 A; 4L1B A; 3DBL I; 5E6O A; 2AQ3 B; 4JIO U; 4J3O D; 4YSZ B; 3QK0 A; 4REZ A; 1PGA A; 5D7G A; 2ZZP B; 2D3B A; 1KRH A; 1LM8 B; 1P0R A; 2D5G A; 3RZW C; 2KDF B; 2LGY A; 2M4N A; 3HVZ A; 1QQR A; 2DZI A; 3R66 C; 5IA7 A; 4MGK E; 3PT2 B; 1WX8 A; 2IBI B; 4DXA B; 3ZW3 A; 2IYD B; 4G3X B; 2M17 A; 4W9F A; 4FA6 A; 2D3G A; 4P7I A; 4ZHP A; 5T8I A; 4N9F 4; 4W9I A; 4OZC A; 3VUY A; 2JZZ A; 1WX7 A; 2K8B A; 1Z5S B; 2MP2 A; 4OVZ A; 1BXT A; 2X38 A; 4JWS C; 2Q5W D; 1WGD A; 4IM0 A; 4NAW B; 1V81 A; 4XWT A; 1N5X A; 3H8H A; 2BS3 B; 2KJ6 A; 2KN5 A; 3W5U B; 1GJZ A; 4IM3 A; 1FIQ A; 3ENE A; 3R2T A; 4KDI C; 1UD7 A; 2KDB A; 1SE9 A; 3QHT A; 3I63 C; 3RNB C; 3Q8A A; 2J7Q B; 1FFV A; 3EC8 A; 1EF5 A; 2LWP A; 2SEB D; 2NBU A; 3Q8F A; 2JZP A; 4LJP B; 5AZH A; 2VH2 A; 3IVF A; 2KMM A; 1RFK A; 1EM7 A; 1J0G A; 2DYM A; 2G4D B; 4RFB A; 1TY0 A; 4MSQ B; 1WE6 A; 2WXR A; 1V5O A; 2ASQ A; 4NNJ B; 3DBR B; 1NI3 A; 2V3N A; 2WQY B; 3NJT A; 4ZRK A; 4ASW C; 2KC2 A; 2XK5 A; 2D11 A; 1CJE A; 4IWP A; 2BQQ A; 2FE8 A; 1N61 A; 3HHM A; 3LDZ E; 1XLO A; 3VHT C; 1IBX B; 4ANX A; 1GB1 A; 1E7P B; 3NZ3 A; 4HKQ A; 4W9G A; 4CQN A; 3AM9 A; 3PHW B; 2ZNV C; 1GUA B; 3BY4 B; 1N63 A; 3QJZ A; 4L2Y A; 3AEF B; 4II3 B; 4HXD A; 2LUM A; 3DVG X; 2KAJ A; 4BKT A; 2V9H A; 3UQB A; 3LYY A; 3B9J A; 5IO9 A; 1MG4 A; 1SEB D; 3AE7 B; 3PLU A; 2ZW1 A; 3BVZ A; 1R4N B; 2ZCC A; 1QLB B; 3AEC B; 2ZW0 A; 1J19 A; 5KHO A; 1VZ8 A; 4HDQ A; 4NY0 A; 1L6V A; 3DCG A; 5IN7 A; 2BKR B; 2MBB B; 5EE0 A; 1WJ4 A; 5J2R A; 5EE1 A; 3IAM 1; 1XF5 L; 3QC8 B; 1BUI C; 1L7Y A; 5G5H A; 3Q8C A; 4MJS B; 3X0W A; 3M95 A; 1HZ6 A; 1HQR D; 1SJH D; 2BW2 A; 2IGG A; 4IDI A; 1UZX B; 4WAF A; 3RYT A; 3WAN A; 3GE8 C; 3L0W B; 4X57 B; 1PGB A; 1NVI D; 2DYO A; 2K1F A; 3DWG C; 2JY6 A; 4F1S A; 2DBY A; 3TCA A; 2Y3A A; 3M62 B; 4WAA A; 3IT6 B; 3MC9 A; 1YN3 A; 5TSS A; 3Q8E A; 2NCN A; 4OZB A; 3TEY A; 2BBC A; 1MVK A; 1V97 A; 4EZK A; 2DZJ A; 3BZD B; 2DYB A; 2N9X A; 4FAD A; 5HHD G; 2DWQ A; 4GN1 A; 4DQO C; 5D2M B; 4BFR A; 3DOW A; 3IAS 1; 4MH8 A; 2Z0E B; 2AEH A; 1WXV A; 2HJ8 A; 1MPE A; 2ACZ B; 3N32 A; 4ANU A; 4K3B A; 4OW0 A; 4HCN B; 1VRA B; 2LJI A; 5G2N A; 1YX5 B; 4YSX B; 2W9N A; 2PMV A; 4PT5 A; 2YEP F; 2N7D A; 2V4L A; 3EA6 A; 4LJO B; 3I3T B; 3LJ3 A; 5DCN A; 3ZJT A; 1HA5 A; 2WX1 A; 1AWD A; 5JH5 C; 4YTP B; 4E71 A; 1F2R C; 3CMM B; 5IAA C; 4FBJ B; 3AEG B; 1VCB A; 2N1V A; 1UGM A; 4DHZ E; 4EUT A; 4M0W B; 2KQ4 X; 2MBH A; 3VAW A; 1SE4 A; 1CMX B; 2R61 A; 4LLG M; 1PYW D; 3GZN I; 3HM3 A; 2NVU I; 2CHZ A; 1TJE A; 1C79 A; 3OLM D; 4EFO A; 2QSD A; 3W1S A; 3ZTD A; 1V8C A; 5DPT A; 2Y5B B; 2BT6 A; 3V6C B; 1TS3 A; 1GB4 A; 2KOX A; 3N20 C; 1BML C; 3Q3J A; 5CX3 A; 1WF9 A; 4MSM B; 1WXM A; 1UNS A; 3L4P A; 1U4A A; 4H2A A; 4CYE A; 2DEN B; 1ZE3 D; 2C7M B; 2NS5 A; 2QCZ A; 1DYQ A; 1N62 A; 3FAH A; 3DBS A; 2Z8L A; 2WXM A; 2MSE D; 2GBK A; 5BMG A; 2DLB A; 2IY1 B; 2KWU B; 2LMC A; 3JSV B; 2JVC A; 2CU3 A; 2HJ1 A; 4HLE A; 4DBG A; 4WWN A; 1CQV A; 3FKY A; 1ZXH A; 1JAL A; 3VTW A; 4LDT D; 5BYQ A; 4ARI A; 1VD2 A; 3UGB B; 2C7H A; 1I7H A; 4KGS A; 1JML A; 2G3Q B; 3NS8 A; 3PV1 A; 1B1Z A; 2L8J A; 2RPV A; 1I4H A; 2SAK A; 5TR5 A; 1E9M A; 1YOV B; 1MJD A; 3P4Q B; 4W9E A; 4LK0 M; 4K81 A; 3V61 A; 4HWI B; 1LQB A; 1H8C A; 4RF0 A; 1V5T A; 1F0Z A; 5C23 A; 1YJJ A; 1KLG D; 3AE5 B; 5LXI B; 3ZNZ B; 3SDL C; 1YNT E; 2OOB B; 1T0Q C; 4KZ0 A; 1UWX A; 4FJZ A; 4TQ1 A; 1V80 A; 4HCP B; 3QQ8 B; 4KSK C; 3H1U A; 3RFZ B; 4TUU A; 2OJW A; 3R2I A; 2N9E B; 1K50 A; 3OWE B; 3ZXV A; 2KQS A; 3KH0 A; 3V3X A; 2WXI A; 4MH0 E; 1E7V A; 2IO0 B; 3AI5 A; 2JYT A; 2KWD A; 1D6E C; 2ZNV B; 4AWJ A; 2NTS A; 3KQ4 A; 4EOY A; 1ZDV A; 1KFY B; 3RNG C; 4M0W A; 4LTU A; 3A9J B; 1OQR A; 1WYW B; 4GSW A; 2LFI A; 4JQW C; 5DPS A; 3W2D A; 2QEJ C; 2WDQ B; 1F2R I; 2OJR A; 1EO6 A; 2KJH B; 1XXG A; 2FID A; 1QZE A; 4NPN A; 1N6Z A; 3WA0 A; 2IDY A; 3ZLZ A; 1V6E A; 1TS5 A; 2BYV E; 3L17 A; 4MT5 A; 4YT0 B; 1WWT A; 2ZJD A; 3U7Z A; 3TEW A; 2IY0 B; 3AEA B; 2TSS A; 5IOI A; 3DBH I; 1ZW7 A; 3H9D A; 4NJ6 A; 1EWC A; 1T5X D; 2YLM A; 3ZDT A; 2KX3 A; 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2V4I B; 1ZUD 2; 3VVW B; 4KGT A; 2JT4 B; 2NMQ A; 3HVD A; 4LCD E; 3KLS X; 1F1H A; 1OEY A; 4BAX A; 4EEW A; 2FUH B; 1YMH E; 4HRO A; 2PTL A; 4JL9 A; 1EF1 A; 4KV2 A; 3ZJU A; 3PRE A; 5EE3 A; 2CR5 A; 4HKZ E; 2KNB A; 3L08 A; 4IOI E; 4TSS A; 1B9R A; 1WR6 E; 4A8X C; 2LXC A; 5HI1 A; 2LJ5 A; 5DPR A; 2KLG A; 1LO5 D; 4K7U A; 2K25 A; 2ZPY A; 2KJR A; 1R4M I; 3H7P A; 1F9J A; 1WXA A; 2MA9 B; 1J7A A; 3V05 A; 4KX6 B; 3IXS A; 1WMH B; 2M0X A; 4GOC A; 1XLN A; 1T0Y A; 1TS2 A; 1OFF A; 2RSU A; 1FCL A; 1ACC A; 3ZTC A; 3L54 A; 4J6I A; 4N58 A; 4FLH A; 2G9H D; 3PLV A; 2RD0 A; 2WU2 B; 2RDG A; 4YTN B; 3EFC A; 3BYY B; 1TKG A; 3VXW A; 1HTQ A; 4ZRP A; 4XX5 A; 2KX0 A; 3QAQ A; 5C2T B; 1JRP A; 3DBL B; 4LNF A; 1HE8 A; 2WXH A; 3H7S A; 2L32 A; 4A90 A; 3N9Y C; 3A1Q A; 3N1Y C; 2BF8 B; 4BZA A; 2K6D B; 1EU3 A; 4DHZ B; 3C19 A; 1WY8 A; 2O6V B; 3BWU D; 2JU6 X; 4G50 A; 3R7Q A; 3GOE A; 2WXK A; 2BB5 A; 3APD A; 1FNU A; 3ABV B; 3PS6 A; 1FRR A; 3KYC D; 2KVR A; 1I35 A; 1DOY A; 3TEX A; 2NR2 A; 4MEM A; 1YJ1 A; 5LXH A; 3VH4 B; 3TMP B; 5JZE B; 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