The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.
Total Genus |
10
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sequence length |
59
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structure length |
59
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Chain Sequence |
TGSLSVDNKKFWATVESSEHSFEVPIYAETLDEALELAEWQYVPAGFEVTRVRPCVAPK
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.
After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.
| publication title |
Structural and Mechanistic Basis for the Inhibition of Escherichia coli RNA Polymerase by T7 Gp2.
pubmed doi rcsb |
| molecule keywords |
Bacterial RNA polymerase inhibitor
|
| molecule tags |
Transcription
|
| source organism |
Enterobacteria phage t7
|
| total genus |
10
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| structure length |
59
|
| sequence length |
59
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| ec nomenclature | |
| pdb deposition date | 2011-11-29 |
| chain | Pfam Accession Code | Pfam Family Identifier | Pfam Description |
|---|---|---|---|
| A | PF16857 | RNA_pol_inhib | RNA polymerase inhibitor |
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
| Class | Architecture | Topology | Homology | Domain |
|---|---|---|---|---|---|
| Alpha Beta | Roll | Ubiquitin-like (UB roll) | Ubiquitin-like (UB roll) |
#chains in the Genus database with same CATH superfamily 2WNM A; 4LLG M; 4LK0 M; 2LMC A; #chains in the Genus database with same CATH topology 2WU2 B; 2C5L C; 4IWP A; 3VRA B; 1EWY C; 2KQ7 A; 3DHH C; 5E6N A; 1F0Z A; 4M0W B; 3GB1 A; 4WWN A; 1I4H A; 2JXX A; 1FPY A; 3IFW B; 2K25 A; 2B3A A; 1TS2 A; 1FXI A; 1ZXH A; 3SFE B; 2D3A A; 2M56 B; 1L5P A; 1DOI A; 1GNU A; 2WXK A; 4LNO A; 4EZL A; 4JIO U; 2VZK D; 1A70 A; 3V6E B; 1B9R A; 1EO6 A; 2KVZ A; 3HUI A; 3AN1 A; 4N59 A; 3APF A; 1E8Y A; 1OQR A; 4TSS A; 4DHJ B; 2AQ1 B; 3TBL D; 4EKU A; 4X57 B; 4RH6 A; 2CU1 A; 1BXT A; 2PE9 A; 1J0G A; 1RFK A; 2SAK A; 3A9K A; 3N30 A; 2N7E A; 1WMH B; 4NAM A; 2MW5 A; 2LXC A; 4HRO A; 2J42 A; 4N6E B; 4PYZ A; 3ZDT A; 4C7Z A; 4A20 A; 3QAR A; 3VUY A; 1R4N I; 3NZU A; 3Q6B A; 2NCN A; 4WH4 A; 3DBH I; 1SE9 A; 2DZJ A; 1QLB B; 1WGH A; 2K8B A; 4LDT B; 3ML9 A; 1WE6 A; 4QAY A; 2Y5B B; 3HM3 A; 3AI5 A; 1L4D B; 2LD9 A; 2O6V A; 3VH3 B; 1C79 A; 1EU3 A; 3ZKJ C; 3RNG C; 4AJW A; 2DYM A; 3GZN I; 1KRH A; 2KWC A; 1WX7 A; 2IO0 B; 1L0V B; 3N20 C; 1YX6 B; 4NJC A; 5FKA C; 5BO4 B; 3APC A; 5CHV C; 1L0Y B; 1IBX A; 4DXA B; 4XE0 A; 2GBM A; 1HA5 A; 2K6D B; 2LRU A; 3PLV A; 5IAA C; 1RM6 C; 1GC7 A; 1N5X A; 2DHZ A; 1V9J A; 2KFJ A; 3ZDM C; 2BW2 A; 2BS3 B; 1WXV A; 4RGM A; 1ZW7 A; 3I57 A; 3BIN A; 2HDE A; 3ML8 A; 1SB3 C; 3RN9 C; 1WGG A; 3URY A; 3TEY A; 4NAW B; 3ZNI D; 3RZF A; 1ACC A; 2QHO A; 4WQM A; 2BS4 B; 4P7I A; 4KDI C; 4F8C B; 2AYO B; 2D11 A; 5D94 A; 4A90 A; 1N62 A; 1HEZ E; 4S0R A; 2HE7 A; 2YEP B; 4FHK A; 4FJZ A; 4AOF A; 4PS7 A; 3NHE B; 4C4V A; 2K8H A; 1TKE A; 1SE4 A; 1WJ4 A; 1X1M A; 4D2K A; 2WXH A; 3GP7 A; 1NYR A; 1UZX B; 1P1A A; 4FA6 A; 2RMM A; 3AUL A; 4IUM B; 1UGM A; 3B2F A; 4MSQ B; 4DWF A; 1QOF A; 3PGE A; 1OFF A; 3RZW C; 4HLE A; 3U52 E; 3TSS A; 2KAC A; 3ZNH B; 2D3C A; 4BBN F; 1AAR A; 2C60 A; 2DNF A; 3IAM 1; 2LGI A; 3ZUN A; 1R4M B; 4CHK A; 5D2M B; 2BQQ A; 3WAN A; 3C0R B; 1EF5 A; 3QIJ A; 5C23 A; 5C3J B; 5DCN A; 5L83 A; 4P1C C; 1STE A; 1BT0 A; 3VRB B; 1D4B A; 2SEB D; 1N6Z A; 4IC7 B; 3PV1 A; 1G6J A; 4BKT A; 4NZL B; 2WLB A; 4FHJ A; 1D5X C; 2N1V A; 3AEB B; 2HJ8 A; 2C9W B; 1KJT A; 2KMC A; 5E6O A; 1TJE A; 1SIJ A; 2MA9 B; 1FM0 D; 1C1Y B; 3RNC C; 4NQK E; 1CJE A; 1JWA D; 3H9D A; 3MTN B; 3UIN B; 4EE2 A; 2QCZ A; 1WZ3 A; 1JQ4 A; 5KHQ A; 4MGK E; 3T8M A; 1VZ7 A; 4BZA A; 4I6L B; 2MLB A; 4A3O A; 1JWM D; 4FBJ B; 4W9I A; 4WWM A; 5DPR A; 3BK1 A; 2GBK A; 2MP2 A; 2NBU A; 2BTE A; 4K7S A; 4ARI A; 3R66 C; 2D07 B; 5JZE B; 1T3Q A; 2L1A A; 5IOI A; 4HKZ E; 1GG3 A; 2NMQ A; 3H1U A; 3RPF C; 2WXI A; 3IAS 1; 1R4N B; 3DWG C; 4M02 A; 3DBH B; 5CX3 A; 3DVN U; 1E7U A; 4NJ7 A; 3L0W B; 1WM3 A; 2Y5P A; 3NS8 A; 3X23 A; 4YTM B; 3Q2A C; 2KWU B; 3JYU A; 3R2I A; 3RMK C; 1S3S G; 4YSX B; 2VZK B; 1HE8 A; 2MQJ A; 2RSU A; 1H8C A; 4MM3 A; 2KQ4 X; 3AEG B; 1CK1 A; 3VH4 B; 3ZNG C; 4NPN A; 1L6V A; 1ZXI A; 4GU2 A; 3RT3 B; 3MHZ A; 2NPT B; 3T3N A; 1IP9 A; 2CS4 A; 5G5H A; 4IW0 A; 1VCB A; 1GB1 A; 2WWZ A; 3PHX B; 2D2Q A; 3C8Y A; 3D32 A; 1VJK A; 3ZJV A; 1NI2 A; 3U30 A; 4HEA 1; 2M17 A; 3BVG A; 3M62 B; 2KJ6 A; 4G3X B; 4US9 A; 1Y8R C; 4S17 A; 3VTU A; 2WS3 B; 2IPK D; 3B9J A; 4IG7 B; 1Q0W B; 5GXG B; 1KFY B; 2BKF A; 3UF8 A; 1NBF C; 3VAW A; 4NNJ B; 4YSZ B; 3Q69 A; 3DPD A; 1P7E A; 1WXA A; 1MHH E; 1IGC A; 3QA8 A; 2KC2 A; 1V49 A; 1L6U A; 2KDI A; 2H88 B; 3DHG C; 1LXD A; 1Z5S B; 1GAQ B; 4E71 A; 4TQ1 A; 1V97 A; 3QX1 A; 3KUZ A; 1KLG D; 4IM0 A; 1F77 A; 2PE6 B; 3I3T B; 4XGA B; 3V6C B; 5J2R A; 3RYT A; 5EE3 A; 2KWD A; 3MP9 A; 5LLI A; 4MSM B; 1YX5 B; 2GBR A; 4M0W A; 2LVQ A; 2NTT A; 1WGD A; 1RLF A; 1ET9 A; 4ANV A; 2QMT A; 1QF6 A; 2JUO A; 1QOA A; 2J4X A; 2RPV A; 1BUI C; 3R8B A; 4KVG B; 2LFI A; 2LHD A; 2JF5 A; 3PHW B; 4KZ0 A; 3NRZ A; 3T9L A; 1OEY A; 3PPA A; 4P1B C; 4IKG A; 3AE3 B; 3HIZ A; 2ZPN A; 2BB5 A; 3DBR I; 4RNA A; 5EE9 A; 3QQ8 B; 3AMZ A; 2FCQ A; 3FC4 A; 2PW9 A; 3W9C B; 3OLM D; 1C78 A; 4K7U A; 1S1Q B; 1V6E A; 3RD2 A; 2XEW A; 5AZG A; 3EGR A; 3AM9 A; 1MG8 A; 5LNK 1; 3RI7 C; 3DQV A; 2FCM A; 2MBB B; 4BKS A; 3AED B; 1K53 A; 3AXC A; 2LRW A; 2W54 A; 4B95 A; 1PQS A; 1WMH A; 3AE6 B; 4US8 A; 5D6J B; 4YL8 A; 3T3O A; 3DVG Y; 3LXF A; 4HK2 A; 3TL5 A; 4MGI E; 5D3D A; 4HRS A; 4IWQ A; 4OHJ A; 4GXB A; 3R7Q A; 1V2Y A; 2NBW B; 3SFD B; 2OJR A; 2GB1 A; 2K6Q A; 1LFD A; 2IJ0 A; 2L52 A; 3BII D; 1ZUD 2; 3WA0 A; 2OED A; 2B76 B; 2WHI A; 1WZ0 A; 4FAD A; 5BYS A; 1PFD A; 1Y56 A; 3EHV A; 1YJI A; 2D3B A; 3PSE B; 2ZJD A; 4RGN A; 4KV2 A; 1I42 A; 4GDL B; 1UUP A; 2NBV B; 1YMH E; 2EEL A; 5EDS A; 3N1X C; 5LXI B; 4JX1 C; 4HJK A; 5EE0 A; 1E0Z A; 1T0Y A; 1CZP A; 2PKO A; 4FN2 A; 2LGD A; 2K39 A; 4DXG A; 3BY4 B; 1QKZ A; 1EU4 A; 4RM8 A; 1ESF A; 2UWQ A; 3W5V B; 2WQY B; 3GE3 C; 2XNA C; 3E9S A; 4AJY B; 4E74 A; 3OG5 A; 1UBI A; 1WFY A; 1K8R B; 1N60 A; 2V0G A; 1FD6 A; 3VVW B; 4OVV A; 2BT6 A; 4ANX A; 2MSE D; 3VR8 B; 1XF5 L; 4EEW A; 3LJ3 A; 3ZJT A; 4NAW A; 3Q8E A; 1Z2M A; 5DPS A; 2WU5 B; 3NUH B; 3I63 C; 1WX8 A; 4RF0 A; 5C2T B; 4J6I A; 1TZO A; 4ICV A; 3PRE A; 2IO3 B; 2WXF A; 4EUT A; 1XXG A; 5FR6 A; 3KWL A; 1RRB A; 5IN7 A; 3FAH A; 3CSF A; 4XDD A; 3WAL A; 2K1F A; 3LDZ E; 4MJS B; 3VQI A; 3A9J B; 3B0A A; 2LJ5 A; 4KIK B; 4EZK A; 2JWZ A; 2N7D A; 2EMS A; 4TV3 A; 5CHF A; 2JRI B; 5JHA A; 2O6V D; 3JSV B; 2QC8 A; 3VHT C; 1HZ5 A; 1WX9 A; 1WJU A; 1WJ6 A; 3BWU D; 2MJE A; 4KSK C; 4W9C A; 4HXD A; 2DX5 B; 2G1E A; 4K3B A; 1WH3 A; 5IKC M; 3SU8 X; 1JWU D; 3L08 A; 3RCZ A; 5I4D A; 4C7Y A; 3KQ4 A; 1OQQ A; 4L23 A; 2RDG A; 2KJR A; 2JYE A; 4MEL A; 4ACF A; 1XCT L; 1E90 A; 3ZXR A; 2VRR B; 2ZVO A; 2FID A; 3AEA B; 3DBS A; 4TQ0 A; 3VUX A; 2KX0 A; 3M63 B; 2ON8 A; 4ITK A; 2WXN A; 2E6X A; 5JHB A; 1J7B A; 3AE4 B; 2QDF A; 2DZM A; 3ZYY X; 3RNA C; 3QK0 A; 2DAJ A; 3TEZ A; 1L7Y A; 4GLS C; 1GJZ A; 2EMT A; 4HDQ A; 3H7S A; 4W9G A; 3KLS X; 4WQO B; 3RUL A; 4ZRQ A; 5J18 A; 4XC2 A; 2KDB A; 1EWC A; 1OEY J; 2NTS A; 3KWV A; 1KTK A; 1XLO A; 1FFV A; 2GI9 A; 1SSN A; 1I4G A; 1IUE A; 4RM9 A; 2V3N A; 3MFG A; 2KJH B; 2GMI C; 1E8W A; 3P4Q B; 3TEW A; 2GLS A; 1C4A A; 1V80 A; 4N9F 4; 2KQS A; 2QSD A; 3IHP C; 2LXA A; 2PMV A; 2ONQ A; 2BYT A; 2IGH A; 1ZDX A; 4REZ A; 3AE9 B; 4JE3 B; 4K81 A; 3N32 A; 4M01 A; 2LJI A; 1V5T A; 2LUM A; 1I35 A; 4ZYN A; 2UYZ B; 3WIM A; 2Y3A A; 1YN3 A; 1PGB A; 1ZDV A; 1KLU D; 2NPT A; 2ZEQ A; 3H6N A; 4G11 A; 5D3I B; 1MPE A; 2I38 A; 2L32 A; 2BPS A; 4F1S A; 4I6P A; 4J3O D; 4TUU A; 5J17 A; 2KDM A; 4JGH B; 1OTR B; 1RWS A; 3NVW A; 3RFZ B; 2D10 A; 3S2A A; 2WXM A; 2RD0 A; 5FK9 C; 2N9E B; 4R3D A; 3AEE B; 1UEL A; 2M19 A; 1JW9 D; 3DCG A; 2HTH A; 1F1H A; 1E9M A; 4OVU A; 1EUV B; 1FXA A; 3N1Y C; 1E7P B; 3TJP A; 4ASW C; 1LM8 B; 2W9N A; 4MGZ E; 1XEE A; 2HD5 B; 4ZHO A; 2L0F A; 2RDB C; 3MC9 A; 4RFB A; 5TSS A; 2MBH A; 1XCQ L; 4ZHP A; 1WR6 E; 2X8X X; 3HVD A; 4EZJ A; 4GSW A; 1L2N A; 5FR3 A; 2KK8 A; 5MPO A; 2KYW A; 4C80 A; 2EKE C; 1ZKH A; 3ZLZ A; 4LTU A; 2R61 A; 3NG0 A; 1FRR A; 2V9H A; 1DYQ A; 1E10 A; 1WF9 A; 2MJD A; 1JWB D; 3PLU A; 4ANW A; 3APD A; 3Q3N C; 4YXD B; 1DOX A; 4OZB A; 4DBG A; 3MHS D; 3BZD B; 1LQB A; 3VDZ A; 3AH7 A; 1RFA A; 2MJ3 A; 2KC1 A; 4BOS C; 1QQR A; 4EFO A; 4LNN A; 4GGQ A; 1FO4 A; 1IGD A; 1RAX A; 4WUR A; 2JPH A; 3P63 A; 4KKI A; 3ENE A; 4AUQ C; 3EC8 A; 4NJ6 A; 1OQY A; 1XLP A; 3GS2 A; 3C19 A; 3N9Y C; 5G2N A; 1ISN A; 3NY5 A; 4JWS C; 4WWP A; 2KZR A; 2TSS A; 3H7P B; 3JVZ X; 1TKY A; 3L10 B; 3PZ8 A; 4KDL B; 2Q5W D; 2AX5 A; 1P9D U; 4A8X C; 4GB9 A; 2KHW B; 2L76 A; 5LXH A; 3MC0 B; 4PS3 A; 2KFK B; 3A1Q B; 4KGS A; 2WXP A; 4HJG E; 1JRU A; 1XQQ A; 1QOB A; 3EA6 A; 2BKR B; 5HI1 A; 1HZ6 A; 3P4S B; 3VFK A; 2IO2 B; 4DHZ E; 4KSL C; 2YVC A; 2O6V B; 2G3Q B; 4BAX A; 2ZW1 A; 3EUB 2; 4JLC A; 4TMA B; 1WWT A; 1DOY A; 3AE5 B; 5HKH A; 4GDL A; 4P16 A; 3TEX A; 1F2R I; 3PVL A; 3NOB A; 1IYF A; 3AE8 B; 1WY8 A; 3GZN B; 3ONS A; 3CIR B; 5JH5 C; 4GIV A; 1ROE A; 3DBL I; 2IBI B; 1OGW A; 2A4Z A; 4FLH A; 3CWI A; 4XDC A; 2KWV B; 3L54 A; 3Q3J A; 3PZ7 A; 3AEF B; 2WXR A; 3RNF C; 5BMH A; 1KLV A; 3BYT B; 1VZ6 A; 4LJO B; 4RF1 A; 4H2A A; 2DAF A; 3H8H A; 2D5G A; 2N7J A; 3ZVV A; 1C4P A; 2LAS A; 2LGS A; 4W9F A; 1MHX A; 1WE7 A; 3Q14 C; 4GN1 A; 3V62 A; 1FNW A; 1C9F A; 1T6B X; 3L13 A; 3SR6 A; 3ZTC A; 2M4N A; 1WR1 A; 3R7R A; 1K52 A; 1TY2 A; 1D5M C; 2IY1 B; 4ZRI A; 4W9D A; 4GDK B; 3L4P A; 2JZ3 B; 1F52 A; 2KD0 A; 4B0M A; 1TTN A; 4HWI B; 1AN8 A; 1K51 A; 4I6N B; 4MJS A; 4ARC A; 3A9J A; 1QOG A; 2REX A; 2WGS A; 2ZZP B; 1BML C; 4MEM A; 4KIK A; 1N63 A; 3AB5 A; 2JXT A; 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