The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.
Total Genus |
24
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sequence length |
95
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structure length |
95
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Chain Sequence |
MAHHHHHHVDDDDKMGGPTVLVKRFQLSGNRQFDDRRLLALLHDLPGQELNLSQLHAAAARIGDFYQEKGYVLARAFLPAQEIQDGTVRIEVLEG
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.
After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.
| publication title |
Structure-function analysis reveals that the Pseudomonas aeruginosa Tps4 two-partner secretion system is involved in CupB5 translocation.
pubmed doi rcsb |
| molecule keywords |
TpsB4 protein
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| molecule tags |
Protein transport
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| source organism |
Pseudomonas aeruginosa
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| total genus |
24
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| structure length |
95
|
| sequence length |
95
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| ec nomenclature | |
| pdb deposition date | 2013-11-25 |
| chain | Pfam Accession Code | Pfam Family Identifier | Pfam Description |
|---|---|---|---|
| A | PF08479 | POTRA_2 | POTRA domain, ShlB-type |
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
| Class | Architecture | Topology | Homology | Domain |
|---|---|---|---|---|---|
| Alpha Beta | Roll | Ubiquitin-like (UB roll) | membrane protein fhac |
#chains in the Genus database with same CATH superfamily 2X8X X; 2QDF A; 4C4V A; 2VH2 A; 4QAY A; 2V9H A; 3OG5 A; 3Q6B A; 2MHJ A; 2QCZ A; 3MC8 A; 2VH1 A; 4K3B A; 4BZA A; 3EFC A; 4PK1 A; 3MC9 A; 3NJT A; 4C4V B; 4XGA B; 4K3C A; 4C00 A; #chains in the Genus database with same CATH topology 1C77 A; 4II2 B; 1SF0 A; 2REX A; 4YTP B; 2GBJ A; 2NCN A; 2BS4 B; 1RYJ A; 2KX0 A; 4ANW A; 1I4P A; 3VRA B; 2FIF A; 2DYO A; 1BUI C; 1BXT A; 1WWT A; 4M0W A; 1V1P A; 3HIZ A; 4A90 A; 2Y5B B; 3IT6 B; 3AUL A; 2QMT A; 1EU3 A; 3AN1 A; 1Z2M A; 3AXC A; 3EFU A; 1L0Y B; 4RGM A; 3R66 C; 1V9J A; 1NEK B; 3SD5 A; 1KRH A; 1PGA A; 2QIE B; 4WQM A; 2NTT A; 1JWB D; 2RDB C; 4LNO A; 3V3X A; 1AAR A; 1WY8 A; 5J17 A; 4AS1 A; 1OEY A; 4DWF A; 2R2O A; 1FNV A; 1I7H A; 1XLO A; 2IDY A; 1IP9 A; 1IBX A; 4GDK A; 4W9H A; 4CHK A; 2IGH A; 3AEA B; 3P4S B; 2M56 B; 2J0K A; 2JZP A; 2ZPN A; 4FXC A; 3K9O B; 1TS5 A; 3ZNI D; 2WDV B; 2GI9 A; 4A8X C; 2J7Q B; 4OZB A; 3UF8 A; 3IXS A; 3N1Y C; 3TUO A; 3EHV A; 3C0R B; 3LDZ E; 3KYD D; 3L4P A; 4XE0 A; 1VRA B; 1LFD A; 3GE8 C; 3N32 A; 4HK2 A; 1CZP A; 1J0G A; 2KMM A; 4II3 B; 1AYF A; 4IKG A; 3AE7 B; 1SE4 A; 5CTR C; 1GB1 A; 1FPY A; 4ICU A; 1GB4 A; 3NVZ A; 2K3U A; 3U7Z A; 3PHW B; 1N62 A; 3WIM A; 3Q8A A; 3A9K A; 3R8B A; 3RYT A; 2KWU B; 3N3K B; 1YJI A; 2DYB A; 2DWQ A; 3MC8 A; 4ITK A; 2KLC A; 4K7U A; 3KH0 A; 2N9X A; 4EZJ A; 3Q3J A; 1K53 A; 2WXH A; 2GB1 A; 3PS6 A; 1C78 A; 1XXG A; 4EKU A; 1T0Q C; 4O1N A; 4LLG M; 2RGF A; 4IWO A; 2ZZP B; 2ONQ A; 4RGN A; 4RGT A; 1LO5 D; 4XYC A; 4KV2 A; 4YTM B; 2KJR A; 4YWG G; 3GZN B; 1SJH D; 5FK9 C; 2OED A; 2ZW0 A; 2LGS A; 3P42 A; 5BO4 B; 4IG7 B; 3GB1 A; 1IUE A; 1WGR A; 2MQJ A; 4NAM A; 1P0R A; 2G4D B; 2QHO A; 3BVM A; 2B3A A; 3ZIM A; 4K3B A; 1JWA D; 1YIW A; 3PTF C; 2MJ3 A; 2D3G A; 4I6N B; 3VTV A; 4M00 A; 2GMI C; 1C76 A; 2HTH A; 4PT5 A; 2BWF A; 2PE9 A; 1K8R B; 2K5P A; 2LAS A; 3QA8 A; 3JSV A; 2JYE A; 1QIL A; 2SAK A; 2WDR B; 4IOI E; 3TJP A; 4D2K A; 2KTR B; 3IT4 B; 1WR6 E; 2JQR B; 3E9S A; 1J7A A; 1E6E B; 1WGH A; 2L83 A; 2JYT A; 3Q8E A; 1VZ8 A; 2LHE A; 2G4S A; 2IPK D; 1TS3 A; 1P1A A; 4C00 A; 2V3P A; 2KO3 A; 1DOI A; 2LRU A; 2OHF A; 1IGC A; 2L76 A; 1PYW D; 3AEE B; 4DHJ B; 3H6N A; 3V60 A; 4EZL A; 3KWV A; 3VH4 B; 1B1Z A; 1OGW A; 1WF9 A; 3DBL I; 5BMH A; 4BKT A; 3IBE A; 4FAD A; 3Q3N C; 1HQR D; 1RFA A; 4AUQ C; 1LXD A; 4M01 A; 4NJ7 A; 1V86 A; 1R4M B; 2MP2 B; 2HDE A; 1JWM D; 1MVK A; 2VH2 A; 1E7V A; 3QAR A; 4ZHP A; 1AW7 A; 2XN9 C; 4P1B C; 1YD8 U; 2MBE A; 1EU4 A; 2PLP A; 1WGD A; 3RNF C; 1GUA B; 3ZGZ A; 2E3T A; 4JX1 C; 3QQ8 B; 2QEJ C; 1VZ7 A; 2N4F A; 2HTM E; 4FUL A; 2KJH B; 1T5X D; 5HKH A; 2BYT A; 1TT5 B; 4GMV A; 3L0W B; 1T0Y A; 1EWC A; 4DBG A; 3RD2 A; 3B08 A; 1TS4 A; 4DDG D; 1PQS A; 2KC2 A; 5AZH A; 2PVG C; 4XC2 A; 5IOI A; 1VD2 A; 3SFD B; 1WXQ A; 2O2V A; 1KLU D; 3ZTC A; 3CST A; 3VHT C; 5TSS A; 2BQQ A; 4E3C A; 1BML C; 2WX0 A; 1N5W A; 2CU3 A; 3DBR I; 2LUM A; 4IDI A; 1E5W A; 1L6U A; 3FC4 A; 2JVC A; 2AL3 A; 4ZRJ A; 5DPW A; 1V2Y A; 3ZTD A; 2CJO A; 3T8M A; 2KN5 A; 1XCT L; 2W9N A; 4A55 A; 2H89 B; 2RSU A; 3L08 A; 3I9V 1; 1M94 A; 2X8X X; 1E7P B; 2KAC A; 1WX9 A; 4N58 A; 3DCG A; 3OG5 A; 4KKI A; 5CHV C; 4TV3 A; 3NZS A; 4WJQ A; 2L3Z A; 3RNA C; 1P9D U; 1XO3 A; 1FXI A; 5DPT A; 4HPL B; 2KTR A; 1J7C A; 3ZXV A; 1ENF A; 3DVG Y; 4A20 A; 4DHJ D; 4C4V A; 2V3N A; 4YTN B; 1YN4 A; 4BZA A; 1T6B X; 2XEW A; 3AB5 A; 4JQW C; 3L10 B; 2M17 A; 4ARC A; 3J9C A; 3JW0 X; 3UQB A; 3AM9 A; 4JWS C; 1JCK B; 4CQN A; 4YSZ B; 3RNC C; 1UWM A; 3B9J A; 3PV1 A; 4ZYN A; 2D07 B; 3C19 A; 3LJ3 A; 2IY0 B; 3VH3 B; 4DHZ B; 4J3O D; 3GS2 A; 3L54 A; 3BVG A; 2KFK A; 4MGZ E; 2MHJ A; 3KW5 B; 3O13 A; 2KQ4 X; 2MW5 A; 5AEK B; 1CQV A; 2KD0 A; 2W82 A; 3V6E B; 3TL5 A; 2KWV B; 1YQ4 B; 3NS1 A; 4HDO A; 2MP2 A; 4BVU C; 1A5R A; 2BF8 B; 4EE2 A; 4HCN B; 1QOA A; 2J0J A; 5D94 A; 5BYQ A; 5I4D A; 3DHH C; 2RD0 A; 1V5O A; 1YQB A; 2Z59 B; 4B6W A; 2GOW A; 4Q2J A; 1GAQ B; 1UD7 A; 2BT6 A; 2MX2 A; 1YX6 B; 4YL8 A; 3W5U B; 1HTQ A; 3ZLZ A; 1QOG A; 3MJ5 A; 4OVU A; 1VR9 A; 1YX5 B; 3EFC A; 3PRZ A; 3R2I A; 5EE9 A; 1J7B A; 3IVF A; 2EKI A; 2M19 A; 2K8B A; 3EC8 A; 4HKQ A; 4N59 A; 3TBL D; 1VZ6 A; 4KZC A; 1WX8 A; 2IBI B; 4KKJ A; 4LCD E; 1Q10 A; 2KX3 A; 4M0W B; 1V1P B; 2GLS A; 2QJL A; 3AMZ A; 1AWD A; 4LJP B; 2KC1 A; 2UYZ B; 2KDI A; 1F0Z A; 3Q8C A; 4LNK A; 4M8M A; 2WGS A; 2MBH A; 2JWU A; 3S2A A; 1WJN A; 2KLG A; 2IO1 B; 3NOB A; 1XT9 B; 1KJT A; 4XDC A; 2IO2 B; 4PYU A; 1TZO A; 2K9X A; 1TY2 A; 4USA A; 5AZF A; 3ZQ4 A; 3ZXR A; 1V5T A; 2PTL A; 1N5X A; 3FIL A; 5G2N A; 4KGS A; 1MHH E; 1WM3 A; 1EF5 A; 2LWP A; 2ZVO A; 3M3J A; 1FM0 D; 2BS3 B; 2CHX A; 2BPS A; 2DZK A; 2BKR B; 2WXO A; 5FKA C; 1FCL A; 2QIL A; 1IBX B; 4GDK B; 1FRR A; 4W9J A; 1ZUD 2; 1XEE A; 2LI5 A; 2W54 A; 2C7H A; 4WWN A; 4TUU A; 1E9M A; 3KYC D; 1UGJ A; 2L00 B; 3EA6 A; 4G11 A; 1ZGU B; 4MGI E; 2BS2 B; 4RFB A; 5D7G A; 2LUE A; 2K8H A; 5D2M B; 1S1Q B; 1KLG D; 2CR5 A; 3OWE B; 3VTU A; 3DWM A; 2K8C A; 2DX5 B; 3BY4 B; 3U2S C; 2I2Y A; 1HE8 A; 1R4N B; 4CYE A; 2JZZ A; 4JIO U; 2NS5 A; 3UIN B; 2W55 A; 4C7Z A; 1SE3 A; 3ML8 A; 2GBR A; 4XZ4 A; 3FAH A; 3QJZ A; 2L0F A; 1I4Q A; 2KDB A; 2MWS B; 2G45 B; 2BYF A; 3MHZ A; 3DHI C; 3PRE A; 1JWU D; 1UUP A; 3RZW C; 5EDS A; 1WRD B; 1PGB A; 4UDU C; 1E8W A; 3WAL A; 4GDL B; 2VRR B; 1CMX B; 5JXV A; 2O6V A; 3P63 A; 3ZDM C; 3N1X C; 2UWQ A; 3P4Q B; 2JPH A; 1Q0W B; 3N9Y C; 3Q8B A; 3BZD B; 5E6P A; 3M63 B; 3H1U A; 1WE6 A; 1EWY C; 2ICI A; 5LXI B; 1T0R C; 2MBQ A; 3RT3 B; 3N30 A; 4KZ0 A; 2M4N A; 4K7W A; 1XLN A; 2LEK A; 1L0X B; 4YSY B; 3R7Q A; 3QHT A; 4GIV A; 1U4A A; 3VR9 B; 1UBQ A; 3KUD B; 1V8C A; 3U30 A; 5IAA C; 2J4X A; 3PLV A; 2YVC A; 2WXJ A; 1D5M C; 4ACF A; 2KNB A; 3BK1 A; 1OQR A; 3P4R B; 3IAM 1; 1UF0 A; 1ZXI A; 3EUB 2; 5MPO A; 5G55 A; 2ZPY A; 4FJV B; 2K6Q A; 2H88 B; 4GGQ A; 3JSV B; 1HZ6 A; 1TBE A; 1UEL A; 1SE9 A; 2CHZ A; 2L05 A; 2JXT A; 2EEL A; 4NJ6 A; 4BKS A; 4IM3 A; 3RPF C; 3MP9 A; 2V0G A; 1V97 A; 2WLB A; 5C2T B; 1E8X A; 2KVR A; 2J52 A; 2AL6 A; 1TS2 A; 2MA9 B; 2HJ8 A; 4YSX B; 3C8Y A; 2LXA A; 4L2Y A; 3UGB B; 1I35 A; 3CMM B; 1CK1 A; 1UBI A; 3RNG C; 2K39 A; 4DQO C; 4YT0 B; 2L0T A; 3H9D A; 1XQQ A; 1D4B A; 2A4Z A; 1SIF A; 4REZ A; 2BBC A; 2N7D A; 3RUI B; 1D5X C; 5TR5 A; 5L95 C; 1P7F A; 3W1S C; 3I57 A; 2BVC A; 4LTU A; 4WWP A; 1SJE D; 4HXD A; 2IGD A; 1MHX A; 4FJY A; 5FR3 A; 1WMH A; 3ZNZ B; 2DYM A; 5GMV A; 3PRP B; 2BGF A; 1P7E A; 3GOE A; 4US9 A; 4N9F 4; 4GOC A; 2D3A A; 4WWO A; 3NJT A; 4GDL A; 1EO6 A; 1SSN A; 4RGO S; 2HJ1 A; 1UGM A; 2C7N B; 4KDI C; 1JRO A; 1NYR A; 3RNB C; 4AQ7 A; 1MFW A; 2FCN A; 4FJZ A; 3AEB B; 1WGK A; 3DBH B; 2AQ1 B; 1TKY A; 2O2V B; 1WXM A; 4W9G A; 1WJ6 A; 1MG4 A; 1C4A A; 4IWP A; 1SB3 C; 3VDZ A; 2OJW A; 1ZP0 B; 3AU5 A; 1NYQ A; 3UI3 A; 4US8 A; 2LJI A; 2K22 A; 4PS3 A; 2XNA C; 3PT2 B; 5CX3 A; 2JXX A; 3AE3 B; 1IGD A; 3U7D A; 3NS8 A; 1C9F A; 5H92 C; 1T0S C; 1WJU A; 3R2T A; 4BFR A; 3OJ3 A; 3A1Q B; 1H8C A; 5IP4 D; 2WXQ A; 1YNT E; 2GRI A; 2KZR A; 2FE8 A; 1FIQ A; 4LNN A; 4AJY B; 4MT5 A; 2M0A A; 1QF6 A; 1KOT A; 2WWZ A; 3A4S C; 4TMA B; 1PDX A; 2JT4 B; 2LVO A; 4DHZ E; 1FRD A; 4W9I A; 2N7J A; 1MJD A; 1P98 A; 3ML9 A; 2CKH B; 2AQ3 B; 2A5U A; 1QOB A; 4URK A; 2I1J A; 2KFJ A; 4ZHO A; 1FXA A; 4C4V B; 2LVQ A; 3ZDT A; 4ZDV A; 2MBB B; 4L23 A; 3PZ8 A; 1XLQ A; 4ASW C; 1JQ4 A; 1OEY J; 3MJW A; 2JSV X; 4J6I A; 4HJG E; 3Q6B A; 3RCZ A; 4WWM A; 1JW9 D; 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4AJW A; 4W9D A; 1UWX A; 5CHW A; 1WRI A; 2ZCB A; 3CF6 E; 3KQ4 A; 3VR8 B; 5EE1 A; 2CS4 A; 2PVO D; 4TSS A; 2B76 B; 5LXH A; 2BB5 A; 1WXS A; 4MSM B; 3D32 A; 1E10 A; 2L32 A; 3V6C B; 3KLS X; 4IWQ A; 4LK0 M; 1WZ0 A; 3V61 A; 3DHG C; 4B95 A; 2Z0E B; 3GZN I; 2RPV A; 1ROE A; 5J18 A; 1S3S G; 1LQB A; 2JU6 X; 1M4V A; 1HZ5 A; 4GSW A; 4MH0 E; 1N63 A; 1MPE A; 1ZDV A; 2KWC A; 3BWU D; 2G3Q B; 3DVN U; 3P4P B; 1WJ4 A; 2WU5 B; 3A9J B; 3ZRC A; 1FNW A; 2O6V B; 4HJK A; 2INC C; 2JZ3 B; 3B0A A; 3AV8 A; 4FN2 A; 4RNA A; 3TEX A; 4A6Q A; 2ZCC A; 2EKE C; 4TKN A; 1CJE A; 4G0N B; 4MM3 A; 5D6J B; 2KN4 A; 5IO9 A; 4B0E A; 4KGR A; 1WX7 A; 3AU4 A; 1YN5 A; 2WX1 A; 2GBK A; 2W3R A; 2JY6 A; 3ECI A; 1L4D B; 2JF5 A; 3EEC A; 1KM7 A; 2LHD A; 1FXT B; 1WXV A; 1SIJ A; 1R7S A; 3RUL A; 1XCQ L; 5DCN A; 1YJJ A; 4OVZ A; 3AE4 B; 4R3D A; 3DVG X; 1KFY B; 2D2Q A; 2LD9 A; 4C80 A; 1UZX B; 3B2G A; 2PMV A; 2PW9 A; 1D3Z A; 5HHD G; 4AOF A; 2WXL A; 4JL9 A; 4F8C B; 3QAQ A; 2XBB C; 3VTW A; 2EMS A; 1R4M I; 1VDV A; 2VZK B; 2J42 A; 2LRW A; 1L4Z B; 4ZRK A; 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