The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.
Total Genus |
16
|
sequence length |
56
|
structure length |
56
|
Chain Sequence |
MQYKLILNGKTLKGETTTEAVDAATAEKVFKQYANDNGVDGEWTYDDATKTFTVTE
|
The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.
After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.
| publication title |
Crystal Polymorphism of Protein GB1 Examined by Solid-State NMR Spectroscopy and X-ray Diffraction.
pubmed doi rcsb |
| molecule tags |
Immune system
|
| source organism |
Staphylococcus aureus
|
| molecule keywords |
Immunoglobulin G-binding protein G
|
| total genus |
16
|
| structure length |
56
|
| sequence length |
56
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| ec nomenclature | |
| pdb deposition date | 2007-07-16 |
| chain | Pfam Accession Code | Pfam Family Identifier | Pfam Description |
|---|---|---|---|
| A | PF01378 | IgG_binding_B | B domain |
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
| Class | Architecture | Topology | Homology | Domain |
|---|---|---|---|---|---|
| Alpha Beta | Roll | Ubiquitin-like (UB roll) | Ubiquitin-like (UB roll) |
#chains in the Genus database with same CATH superfamily 4D2K A; 1PGA A; 3UI3 A; 2JZP A; 2JWU A; 1HZ5 A; 1MI0 A; 5BMH A; 2ZW1 A; 4OZB A; 3GB1 A; 1IBX A; 1KH0 A; 2OED A; 1C9F A; 2JU6 X; 1F2R C; 2KAC A; 1GB1 A; 1D4B A; 5HHD G; 2N7J A; 2NMQ A; 1F2R I; 2LGI A; 3FIL A; 5HFY A; 2JXT A; 1PGX A; 2ONQ A; 4KGR A; 1PGB A; 1FCL A; 1XCT L; 2ON8 A; 1MHX A; 4IOI E; 4HKZ E; 1IBX B; 4KGT A; 2QMT A; 1HZ6 A; 1YMH E; 4KGS A; 1GB4 A; 4WH4 A; 2PTL A; 2KWD A; 4GLS C; 1UWX A; 2IGH A; 2PW9 A; 5HI1 A; 1K53 A; 2IGG A; 2N9L A; 5BMG A; 1FD6 A; 1MHH E; 1XCQ L; 2ZW0 A; 1IGD A; 1FCC C; 5BMI A; 3MP9 A; 5HG2 A; 1YNT E; 2GB1 A; 1XF5 L; 2I2Y A; 1K52 A; 3FIL B; 2KQ4 X; 2PLP A; 2J52 A; 2KDM A; 2LHD A; 2RMM A; 1K51 A; 1MPE A; 1IGC A; 1MVK A; 4OZC A; 1K50 A; 1P7E A; 2EEL A; 2IGD A; 4OZA A; 4IKG A; 2K0P A; 1Q10 A; 5JXV A; 1P7F A; 2JSV X; 1HEZ E; 1ZXH A; 2GI9 A; 2N9K A; 2LHE A; 2LUM A; 2I38 A; 2KN4 A; 1QKZ A; 2QSD A; 3V3X A; 4HJG E; 2RPV A; 1EM7 A; 4MAC A; 1JML A; 2J53 A; #chains in the Genus database with same CATH topology 4A8X C; 3I5J C; 3WAL A; 2LJ5 A; 2LXC A; 4M02 A; 3K9P B; 2AQ2 B; 3ZGZ A; 1K8R B; 1T0S C; 2NPT A; 2MEK A; 1DOX A; 2V1Y A; 1XLP A; 1C79 A; 4HLE A; 5HFY A; 3HUI A; 4W9K A; 2IO0 B; 2KHW B; 2BBC A; 3RNF C; 4DWF A; 1SJE D; 4KDI C; 2BGF A; 3CWI A; 2BF8 B; 4GOC A; 2AWT A; 2BVC A; 4RFB A; 3RYT A; 1XO3 A; 3O13 A; 2CR5 A; 2YEP B; 2OHF A; 1SF0 A; 1WYW B; 2GOW A; 2ICI A; 1IYF A; 3QX1 A; 4E3C A; 4EZL A; 1NBF C; 2KTF A; 1WJ6 A; 3C8Y A; 3AE7 B; 4URK A; 2INP E; 3MP9 A; 2INC C; 4I6P A; 4JWS C; 1I4R A; 4KIK A; 5JHB A; 3VXW A; 4ANX A; 3NVZ A; 3A4R A; 3URY A; 1WE7 A; 5BO4 B; 4P1B C; 1K50 A; 4BKT A; 2QJL A; 1L6V A; 3A1Q A; 3PLV A; 5D2M B; 3KYD D; 2SAK A; 2XNA C; 1JRP A; 3T3O A; 4HEA 1; 2KTR B; 3NVV A; 1V8C A; 1V81 A; 2RGF A; 2QSD A; 2RPV A; 1P98 A; 4FJZ A; 4WJN A; 3Q3O C; 4HVB A; 2RDB C; 1VR9 A; 2M19 A; 4PS7 A; 3TMP B; 3VR9 B; 4HJK A; 1V80 A; 4HCN B; 3GOE A; 2DYM A; 3A9K A; 1EU4 A; 4HK2 A; 3RN9 C; 2KYW A; 1UEL A; 1WX9 A; 4RNA A; 4GMV A; 4K81 A; 1VZ8 A; 2NTS A; 2MBE A; 4NAW B; 2DWQ A; 3QHT A; 2BS2 B; 1WJU A; 1FFV A; 2KZR A; 3R2T A; 1J0G A; 4LNO A; 3ZTC A; 2INN E; 2G3Q B; 5GXG B; 3ZJU A; 4BBN C; 1L4D B; 2QIE B; 2WXQ A; 1PDX A; 1N60 A; 1KLV A; 2OOB B; 4ACF A; 3T3N A; 3SHQ A; 4LJO B; 4XZ4 A; 1WM2 A; 1ZOY B; 1KF6 B; 1GC7 A; 5H8Y E; 3MFG A; 4PK1 A; 3I3T B; 2LUE A; 3DBL B; 2D11 A; 1ET9 A; 1OEY J; 4EE2 A; 1RRB A; 3BZD B; 3DVN U; 4HPP A; 1I4P A; 1AWD A; 2IBI B; 2K9X A; 4ARI A; 2C5L C; 3CIR B; 1VZ6 A; 1I4Q A; 1FM0 D; 1F52 A; 2KN5 A; 2RSU A; 1I42 A; 4GDL A; 3CST A; 3RMK C; 1FRD A; 5AZF A; 1P3Q U; 1SE3 A; 5FR3 A; 3DDC B; 3ZNG C; 4NJC A; 2CJO A; 1C77 A; 1UBI A; 1WMH B; 2KMC A; 1RFK A; 3MTN B; 2WU5 B; 1PGA A; 2N0S B; 3ZJV A; 3SD5 A; 2FCQ A; 1B1Z A; 2ZW1 A; 1V49 A; 2K3U A; 3AE4 B; 2J0M A; 3GP7 A; 2BQQ A; 1GAQ B; 1WXA A; 3VTV A; 2NMQ A; 1S1Q B; 4WWP A; 1SE4 A; 3KWL A; 2H89 B; 1TY2 A; 3QC8 B; 2ONQ A; 2K39 A; 3U30 A; 3PV1 A; 4C80 A; 4HPM B; 4W9C A; 2JZZ A; 3TIX A; 3W1S A; 4N59 A; 4NNJ B; 1YMH E; 4EUT A; 1YN4 A; 2N9X A; 2GBR A; 4M0W A; 2MBO A; 4IWQ A; 1N62 A; 1CQV A; 3B08 A; 4A55 A; 5C2T B; 1TTN A; 4ARC A; 2G4D B; 1Q1O A; 3NHE B; 1YIW A; 1WIA A; 3ABV B; 3HHM A; 4IW0 A; 2BB5 A; 3ZRC A; 4A90 A; 1XF5 L; 2ZVN A; 1TGZ B; 3FIL B; 1WF9 A; 2ZJD A; 1AW7 A; 2LHD A; 5C23 A; 2C7H A; 1WZ3 A; 1ZDV A; 3DBS A; 2N4F A; 5DPR A; 4ZRP A; 1UBQ A; 3AEB B; 3RUI B; 1VD2 A; 2KFJ A; 4YSX B; 1I7H A; 1XXG A; 3H7P B; 2WWZ A; 1HEZ E; 4ANU A; 1QOA A; 2BKR B; 2KX0 A; 1SGH A; 5G5H A; 2V0G A; 4XYC A; 3P4Q B; 2LRW A; 2LUM A; 3TEW A; 4FUL A; 1WM3 A; 2MBH A; 3JW0 X; 2PVG C; 3EUB 2; 1FXI A; 3OJ3 A; 1KLU D; 1VRA B; 1I4G A; 3MJ5 A; 1CK1 A; 1WXV A; 4K3C A; 2WXM A; 4ZRJ A; 2CU1 A; 2Z0E B; 3GB1 A; 3VAW A; 1L5P A; 2DEN B; 4WWN A; 1EUV B; 3HK0 A; 2CS4 A; 3TJP A; 1ZGU B; 3AE3 B; 4RH6 A; 4DHZ E; 1AN8 A; 3NY5 A; 1H4R A; 1X1M A; 2AQ3 B; 3L08 A; 1UZX B; 3N3K B; 3PVL A; 2N1W A; 4LNI A; 2KC1 A; 3RCZ A; 2DNF A; 4KGT A; 3SDL C; 4XWW A; 1UWM A; 4WH4 A; 2WDQ B; 2G4S A; 4IWO A; 3RFZ B; 2FCN A; 2DYO A; 2V3N A; 3AH7 A; 3DHG C; 1YN5 A; 4KV2 A; 1FIQ A; 5AZH A; 2FUH B; 3VTU A; 1N61 A; 2C7N B; 2XK5 A; 1LQB A; 5G55 A; 5IA7 A; 1LO5 D; 1WJN A; 4WUR A; 5AEK B; 2KDB A; 2GMI C; 3DHH C; 5D3D A; 1TZO A; 4KVG B; 3Q3J A; 2AL6 A; 2D3A A; 3VH4 B; 2WX1 A; 4OZA A; 2GBN A; 3ZW3 A; 5FR6 A; 5JXV A; 4FAD A; 4MDK E; 4JLC A; 1WI0 A; 4EZJ A; 3JSV B; 4W9D A; 3VQI A; 4HJG E; 4DDI D; 3TL5 A; 2J53 A; 1V97 A; 4NQL B; 2IND C; 2QC8 A; 3WIM A; 2HDE A; 3ZNH B; 1FMA D; 3N1Z C; 3UQB A; 3P63 A; 1Y56 A; 5J18 A; 2D3B A; 1IP9 A; 2WDR B; 3Q69 A; 2Z0D B; 1C4C A; 2JYE A; 4YWG G; 3R7R A; 2LFI A; 4MGY E; 1YQB A; 4MH0 E; 2Y3A A; 5KHO A; 2LWP A; 2FBW B; 3OLM D; 2R61 A; 2JYT A; 1I4X A; 4EKU A; 4FHJ A; 3P4P B; 2BTE A; 3BK2 A; 3RZW C; 1HZ6 A; 1TS4 A; 4G50 A; 3E56 A; 2KWD A; 4DXA B; 4BKS D; 1JWB D; 3H7S A; 1KLG D; 2GBM A; 2KFK A; 2WDV B; 1XLO A; 4C4V B; 3VUY A; 2PW9 A; 2D3C A; 4MEL A; 2NBV B; 1TT5 B; 2IGG A; 5BMG A; 2BW2 A; 1LGR A; 3KH0 A; 4AJY B; 1T0Q C; 4XX5 A; 1YX5 B; 1IGD A; 3RPF C; 3P4R B; 1QOF A; 2MJE A; 4RMA A; 3LDZ E; 4MSM B; 2K8C A; 2GB1 A; 4IM3 A; 1MFW A; 3DVG X; 4WWM A; 4YSY B; 2O6V D; 2WQY B; 3U2S C; 1RLF A; 4W9G A; 4USA A; 2KLC A; 2NS5 A; 1RFA A; 4WJP A; 3I9V 1; 2WXJ A; 1Q10 A; 2JSV X; 3NS8 A; 4YXD B; 2M0X A; 1F77 A; 1QT9 A; 1T3Q A; 1YD8 U; 3K9O B; 2L1A A; 1JML A; 4GU2 A; 3H8H A; 4A9A A; 3NOB A; 3NZS A; 2VH2 A; 5KHQ A; 1FXT B; 2JZP A; 1P9D U; 3V6C B; 1ZP0 B; 1NDD A; 3WAM A; 2W3R A; 4TQ1 A; 1IBX A; 4LDT B; 1QIL A; 4KSL C; 1WRI A; 1RAX A; 3AEG B; 1D4B A; 3AM9 A; 4ZOH C; 4LNN A; 4KZC A; 5MPO A; 4MM3 B; 3ZXR A; 2L7R A; 1YOV B; 2YEP F; 3U7Z A; 3IAS 1; 1FCL A; 3OWE B; 1XCT L; 1BXT A; 4IOI E; 4PYZ A; 1LXD A; 3AE8 B; 1GB4 A; 4PYU A; 1C78 A; 2L32 A; 2BS3 B; 2KTR A; 2WXK A; 2IO1 B; 5D6J B; 3MHZ A; 4O1N A; 2K1F A; 4TKN A; 1V1P A; 1OFF A; 4TV3 A; 1GC6 A; 1K53 A; 3HM6 X; 4ZHP A; 3EFC A; 4J6I A; 3P2B A; 3VR8 B; 4JIO U; 3W5V B; 3H6N A; 2VRR B; 4US8 A; 4AUQ C; 2KDI A; 3GZN B; 1YNT E; 1DOI A; 2IYD B; 2EKI A; 2FUG 1; 4BVU C; 3IBE A; 4FXC A; 4KX6 B; 5LXH A; 2MBB B; 3J9C A; 4RGO S; 3V60 A; 3LYY A; 4K3B A; 1MPE A; 1ZW7 A; 4WQM A; 1WR6 E; 1ZXI A; 2L76 A; 3DBL I; 3AV8 A; 4NZL B; 4NAW A; 2MHJ A; 2MA9 B; 3KYC D; 2KMM A; 3WAO A; 3ML8 A; 2NBW B; 3VFK A; 1UGJ A; 1EM7 A; 3FKY A; 1KTK A; 2I1K A; 1KOT A; 3R7Q A; 4MH8 A; 2KNB A; 1SSN A; 4HWI B; 2JWU A; 2O6V B; 2MP2 B; 3L17 A; 1QQR A; 3H9D A; 3ZKJ C; 2KWV B; 1WRD B; 4GDK B; 1J7C A; 3TEY A; 1E7P B; 2KXJ A; 3W5U B; 2KAN A; 3KLS X; 2OED A; 3MC9 A; 4M8N A; 3HRD D; 2GBK A; 3X0W A; 3QQ8 B; 1E6E B; 2WDT B; 1XQQ A; 3SFD B; 2ASQ A; 3MC0 B; 2M8S A; 3SFE B; 2LRU A; 5CHV C; 3RI7 C; 2WXN A; 3R3M A; 2BYV E; 2KJR A; 2M4N A; 2L0T A; 3T8M A; 4YSZ B; 3ZO5 B; 1RYJ A; 1TY0 A; 2Q5W D; 3M63 B; 2OJR A; 1AYF A; 2IO2 B; 4ZHO A; 1EU3 A; 1YJ1 A; 1ROE A; 4FN2 A; 1SIF A; 3B1L X; 5HI1 A; 1FFU A; 1WMH A; 2X8X X; 5JH5 C; 3IG3 A; 2PVO D; 5CHF A; 1MHH E; 3IXS A; 2J4X A; 3AED B; 3TUO A; 2LAS A; 2AL3 A; 3FAH A; 1WZ0 A; 3GE8 C; 1HQR D; 3DHI C; 4AQ7 A; 3BVG A; 3CF6 E; 2KWC A; 3W1Y A; 3WA0 A; 1J7A A; 1SJH D; 1N6Z A; 1FPY A; 2BYE A; 1QOG A; 4ZRK A; 2MBQ A; 5EDS A; 2K6D B; 5FKA C; 2KD0 A; 5BYQ A; 3RNB C; 1RWS A; 1JWM D; 1TZ1 A; 1F9J A; 1WYG A; 2A4Z A; 3AEE B; 3SEB A; 2KJH B; 2MJ3 A; 2MQJ A; 4KIK B; 3M62 B; 3ZDM C; 3IHP C; 1HA5 A; 3V3X A; 4FA6 A; 3BYT B; 4OVV A; 4I6N B; 2L52 A; 4JX1 C; 4XDC A; 2PEA A; 2M0A A; 3PRM B; 1B9R A; 2REX A; 2IZV B; 2WNM A; 2Z59 B; 1E90 A; 2CU3 A; 2BB6 A; 3RD2 A; 1ISN A; 3NZU A; 5D94 A; 4JQW C; 4RF0 A; 2DZJ A; 1KH0 A; 2JT4 B; 3IT4 B; 2R2O A; 1C9F A; 3KUZ A; 2N9E B; 4PT5 A; 3KVF B; 1TIF A; 3V05 A; 2LGI A; 3FIL A; 3WAP A; 1J7B A; 1P1A A; 3V61 A; 4KGR A; 1E8W A; 3BIN A; 2ON8 A; 5E6P A; 2BKF A; 3A9K B; 2KT7 A; 3ONS A; 3P1M A; 2IJ0 A; 1ZUD 2; 2D07 B; 4I6L B; 2BS4 B; 3MC8 A; 1WY8 A; 3PZ7 A; 2G1E A; 3H7P A; 5TSS A; 1HE8 A; 4KDL B; 4REZ A; 4TMA B; 4II3 B; 3Q8E A; 3AN1 A; 2MSE D; 4YTN B; 3U8Z A; 2N7D A; 4M8M A; 4CO7 A; 4BFR A; 1C3T A; 4L23 A; 3DBH B; 2ZW0 A; 3IT6 B; 2HTM E; 2EMS A; 1GG3 A; 1ZDX A; 2MH7 A; 2NR2 A; 5IKC M; 3PZ8 A; 4R3D A; 2LXA A; 3ZUN A; 2V4I B; 2W55 A; 5C1Z A; 5JZE B; 4ASW C; 2ZPN A; 1V5T A; 2DYB A; 2LI5 A; 3BII D; 4HRO A; 1YX6 B; 3QA8 A; 5DPW A; 3AE2 B; 4N6E B; 5E6O A; 4IKG A; 4RM8 A; 3Q8C A; 4OVZ A; 1NEK B; 2LZ6 A; 4OHJ A; 2ZCB A; 5JHA A; 1WXQ A; 2BPS A; 4BAX A; 2KN4 A; 1ZE3 D; 2W9N A; 2FCS A; 3ZXV A; 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5EE0 A; 4HRS A; 1PGB A; 3AE1 B; 3AMZ A; 4KZ0 A; 2KDF B; 2NVU I; 4NJ7 A; 3PPA A; 3PT2 B; 3HM3 A; 4AOF A; 2HTH A; 1U4A A; 2QMT A; 1SE9 A; 5G2N A; 3BVM A; 1BUI C; 3EC8 A; 1LM8 B; 2W54 A; 2WXO A; 5L95 C; 4RGN A; 2RPQ A; 4XDD A; 2IY1 B; 3RUL A; 1VJK A; 4S17 A; 5J17 A; 3KWV A; 3VDZ A; 2KKC A; 4W9H A; 4DHJ B; 2ZNV B; 3UIN B; 3W2D A; 3AU4 A; 1R4N I; 5BMI A; 1L2N A; 4XC2 A; 3QCA A; 2GBJ A; 3PRZ A; 4A6Q A; 1NEN B; 3W1S C; 4G0N B; 1K52 A; 2D5G A; 3VHT C; 2WXH A; 1V1O A; 4H2A A; 3B2F A; 3PS6 A; 2RMM A; 1K51 A; 3GZN I; 4MM3 A; 5J2R A; 2KDE B; 2G9H D; 1HTO A; 4HCP B; 2IGD A; 2N7E A; 2MLB A; 1V6E A; 3A4S C; 4KSK C; 1QLB B; 4HDO A; 3EHV A; 1UF0 A; 1D5M C; 1MJD A; 1E8X A; 5HKH A; 3GE3 C; 3PRP B; 2LVP A; 2BYF A; 2JPH A; 2GRI A; 3JVZ X; 1YJI A; 3PLU A; 1TKE A; 1VLB A; 2LGY A; 2LMC A; 3JYU A; 2VH1 A; 4TUU A; 2JU6 X; 1C1Y B; 5HHD G; 1ACC A; 1EF1 A; 1Z5S B; 2L05 A; 3ZIM A; 1E8Z A; 2JY6 A; 3BWU D; 4B0M A; 2K8H A; 1G6J A; 3OAW A; 3UF8 A; 2UU7 A; 4L1B A; 2KWU B; 2AX5 A; 4BKS A; 4MJS B; 3AI5 A; 2J42 A; 1E8Y A; 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