The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.
Total Genus |
11
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sequence length |
72
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structure length |
72
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Chain Sequence |
MVYTVSYDVDGTVIKTKVEAGTRITAPKPPTKQGYVFKGWYTEKNGGHEWNFNTDYMSGNDFTLYAVFKAET
|
The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.
After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.
| publication title |
Fold and Function of the Inlb B-Repeat.
pubmed doi rcsb |
| molecule tags |
Protein binding
|
| source organism |
Listeria monocytogenes egd
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| molecule keywords |
INTERNALIN B
|
| total genus |
11
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| structure length |
72
|
| sequence length |
72
|
| chains with identical sequence |
B, C, D
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| ec nomenclature | |
| pdb deposition date | 2011-01-17 |
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
| Class | Architecture | Topology | Homology | Domain |
|---|---|---|---|---|---|
| Alpha Beta | Roll | Ubiquitin-like (UB roll) | Ubiquitin-like (UB roll) |
#chains in the Genus database with same CATH superfamily 2Y5P A; #chains in the Genus database with same CATH topology 2BS3 B; 3RNC C; 2N9K A; 1YQ4 B; 1B1Z A; 3R2T A; 2FCS A; 4PS3 A; 3E9S A; 3NVZ A; 3U8Z A; 2EKI A; 2N9P C; 1VJK A; 1IYF A; 3RNB C; 4TQ1 A; 4G3X B; 1KFY B; 1CK1 A; 1V8C A; 3AE4 B; 3S2A A; 3B2F A; 4ZYN A; 4XGA B; 1XEE A; 3IT4 B; 4YSZ B; 2REX A; 4OZA A; 1KF6 B; 2FIF A; 2G4D B; 4XC2 A; 3KWV A; 4R3D A; 1TS3 A; 2MBB B; 2KKC A; 2ON8 A; 4WWO A; 1D5M C; 1J7B A; 1TKG A; 3A9J B; 3BYY B; 3KUC B; 3QX1 A; 1LXD A; 2O6V A; 3DVN V; 1SSN A; 2ACZ B; 3L0W B; 2AEH A; 1CMX B; 4ANV A; 1UZX B; 2MRP A; 1JWU D; 3LJ3 A; 3OJ4 B; 1YN4 A; 4NQL B; 3KWL A; 4B0M A; 2VH2 A; 3V62 A; 2GBK A; 3EC8 A; 3AXC A; 2CR5 A; 1MG8 A; 2JXX A; 2KO3 A; 3W2D A; 1YOV B; 2LJI A; 3EEC A; 2V3S A; 5IA7 A; 1HZ6 A; 2KJH B; 2Y5C A; 4IM0 A; 1FFV A; 1R7S A; 1IGD A; 1V1P A; 3SEB A; 1OQQ A; 2KQS A; 4WUR A; 2MWS B; 4G0N B; 1M4V A; 1OQR A; 2VZK B; 1B9R A; 1L0Y B; 2KJ6 A; 3B1L X; 4ARC A; 1QOB A; 4RMA A; 4ZYS A; 3ENE A; 1JCK B; 3BWU D; 3TEZ A; 1AW7 A; 2IGG A; 2BS4 B; 3L17 A; 3VR9 B; 3Q14 C; 2XEW A; 2V3P A; 1RFK A; 4B0E A; 1WI0 A; 5EDS A; 2KD0 A; 4YTM B; 3T3N A; 3K9P B; 2AQ1 B; 4PK1 A; 2DZI A; 4EZL A; 2CHZ A; 4FUL A; 1F77 A; 1ZOY B; 3SDL C; 5BYQ A; 4BAX A; 3AB5 A; 5CX3 A; 1J19 A; 2G9H D; 3WAM A; 4ICU A; 1P98 A; 3GE8 C; 3W1S C; 3UGB B; 3A9K B; 5AEK B; 3AM9 A; 1ZUD 2; 1TS2 A; 2D3A A; 4DHJ B; 3TEY A; 2L05 A; 3UI3 A; 4GIV A; 2HE7 A; 2I1J A; 3KQ4 A; 3TEW A; 3KH0 A; 1XCQ L; 2ZNV C; 1FEH A; 2FCN A; 2BVC A; 4HRO A; 1V2Y A; 3UQB A; 4KSK C; 1YQ3 B; 1FNV A; 1C3T A; 3CF6 E; 5BYR A; 1WMH A; 1HTO A; 1K50 A; 3PS6 A; 5BO4 B; 3PZD A; 4GN1 A; 4C7Y A; 2W55 A; 2WGS A; 1JRO A; 1RM6 C; 3RI7 C; 1QOA A; 3DDC B; 1YJI A; 3R3M A; 4G11 A; 1PQS A; 2KXJ A; 5GXG B; 2BKR B; 2Y5P A; 2K25 A; 2JF5 A; 3DHI C; 2MJD A; 4KVG B; 4N58 A; 1JRU A; 3AEB B; 3TL5 A; 2LRW A; 2PJH A; 3AV8 A; 2NMQ A; 3Q8B A; 3SFE B; 1BXT A; 3Q3O C; 1P3Q U; 2DZM A; 1YD8 U; 5C2T B; 3E56 A; 4C00 A; 1WR6 E; 4TUU A; 3KW5 B; 1YN3 A; 4RGO S; 2LGI A; 4KZ0 A; 2D2Q A; 3UIP B; 1EF1 A; 4ANU A; 2W3S A; 3AEG B; 1L0X B; 1L2N A; 4N9F 4; 1WRI A; 3VUY A; 2XBB C; 5C23 A; 1L0V B; 2SAK A; 4HWI B; 2EMS A; 1PFD A; 5KHO A; 2ASQ A; 3T9L A; 3N1Z C; 2FBW B; 3NRZ A; 2WX1 A; 3IVF A; 2PVG C; 2K9X A; 4W9F A; 3HVD A; 5E6O A; 1VRA B; 1FXA A; 1E8X A; 2Y3A A; 4HPM B; 4YL8 A; 4ZRP A; 3NVY A; 2WXN A; 2C5L C; 2JZ3 B; 2LXA A; 4DHZ E; 3URY A; 3PV1 A; 1EF5 A; 4HEA 1; 4RGT A; 3P4P B; 4FXC A; 4M02 A; 1GOZ A; 4BKT A; 4FJY A; 4MEM A; 2ZVO A; 1M94 A; 1J8C A; 4I6L B; 4RGN A; 3AE8 B; 1VR9 A; 2L8J A; 2LGD A; 1KOT A; 4HKQ A; 3VAW A; 3N9Y C; 2MBO A; 3A4S C; 1Q0W B; 2DYB A; 1D5X C; 2IO0 B; 2MBH A; 4DQO C; 5JHA A; 3P4S B; 3VUX A; 1Z5S B; 4KGT A; 4HJG E; 3P2B A; 3MC0 B; 2KT7 A; 2VZK D; 4XX5 A; 1NBF C; 5G55 A; 2KVR A; 4I6N B; 4K7S A; 1UBQ A; 2J0K A; 3UIN B; 5D3I B; 5JXV A; 1XLN A; 4E71 A; 3WAP A; 5LLI A; 3SR6 A; 1N63 A; 5JHB A; 2DYO A; 2E6X A; 5D7G A; 3ZO5 B; 3M95 A; 2WWZ A; 4EKU A; 2J7Q B; 2ZVN A; 4OW0 A; 3JSV A; 2BYE A; 4FBJ B; 4IC7 B; 3W1Y A; 2BYT A; 3BVM A; 1XQQ A; 2PEA A; 1Q1O A; 4KKI A; 3ML9 A; 1F2R I; 4EFO A; 1FPY A; 1WZ3 A; 2R2Q A; 2KFK B; 3ZNI D; 1JW9 D; 2NBV B; 4RFB A; 2G3Q B; 2K8B A; 3W5U B; 2L32 A; 4CO7 A; 1SJE D; 3ZYY X; 2K3U A; 4C4V B; 2M8S A; 4W9E A; 4GOC A; 1X1M A; 1XO3 A; 1T0Y A; 3Q8F A; 2WXM A; 2LUM A; 2DEN B; 1FRR A; 1VCB A; 2LJ5 A; 3DBR B; 1NVI D; 1SE4 A; 4L1B A; 2ZEQ A; 5H8Y E; 1SE9 A; 4M8M A; 2CJN A; 2IJ0 A; 1J7A A; 5HFY A; 4EEW A; 1YN5 A; 2JU6 X; 1WRD B; 3QAR A; 3V05 A; 2GOW A; 2JT4 B; 1YJ1 A; 3Q3J A; 5D3D A; 2C7M B; 3Q6B A; 3DBH I; 2R61 A; 1UGM A; 1GC6 A; 3VUW A; 4RCO A; 3HVZ A; 1L4D B; 3CSF A; 2L3Z A; 1GG3 A; 2IGH A; 4C80 A; 4S0R A; 3AE3 B; 4FN2 A; 2AWT A; 2G1E A; 2L1A A; 3WAL A; 1KLU D; 1AWD A; 1P9D U; 2AQ3 B; 2JVC A; 2NTS A; 1TYG B; 2QC8 A; 3PZ8 A; 4P16 A; 4UDU C; 4FHJ A; 3ZXR A; 2FAZ A; 2PMV A; 2XN9 C; 2L00 B; 1PGB A; 3PTF C; 2DLB A; 2KOX A; 1WJ4 A; 1QQR A; 2KJR A; 3DHH C; 4M00 A; 4RGM A; 2GB1 A; 1C9F A; 2NVU I; 2KAC A; 3HUI A; 5LXH A; 2ZW1 A; 1WX7 A; 3ZRC A; 1IP9 A; 4HPP A; 1TTN A; 1WX8 A; 2QHO A; 4PS7 A; 4YTN B; 2LRU A; 1V49 A; 3M63 B; 3CST A; 1C4C A; 1QLB B; 2K8C A; 4XDC A; 2KTR A; 3R7R A; 1WXV A; 1C4A A; 3LB8 C; 1L4Z B; 1YIW A; 1P0R A; 1N5X A; 2PPH A; 3VRA B; 5EE9 A; 2A4Z A; 3V61 A; 2EKE C; 2O6V D; 3RUI B; 2V4I B; 2RDH A; 1I35 A; 1MG4 A; 2PW9 A; 1FFU A; 1ZGU B; 2M0X A; 3PHW B; 3ONS A; 2GMI C; 2DZK A; 3RN9 C; 1E6E B; 1UNS A; 3BK2 A; 4AQ7 A; 4LLG M; 3WIM A; 3H6N A; 4BKG A; 1CQV A; 2WU5 B; 2JY6 A; 1XF5 L; 3RNF C; 4DBG A; 3HM6 X; 4RM8 A; 4DHZ B; 3GE3 C; 1I7H A; 2KDB A; 3NZ3 A; 4DDG D; 1R4N I; 3MP9 A; 1BT0 A; 3PHX B; 1SB3 C; 5AUK A; 2DYM A; 1UH6 A; 2QCZ A; 3AI5 A; 3C8Y A; 1V1O A; 1ZDX A; 3RPF C; 3ZW3 A; 4NAW B; 4GDL B; 3BVG A; 2PLP A; 2KN4 A; 3IBE A; 4NZL B; 2JWZ A; 1PDX A; 2L52 A; 4MM3 B; 3RT3 B; 3ZIM A; 2V4L A; 3DHG C; 4GDK A; 3RYT A; 1V6E A; 3GZN I; 3DVG X; 5GMV A; 3TCA A; 2IGD A; 2WXF A; 3M62 B; 3QJZ A; 1ET6 A; 2K6Q A; 4A9A A; 1A5R A; 2XK5 A; 4LNK A; 2B3A A; 4L2Y A; 2Q5W D; 2IZV B; 4M8N A; 1UWM A; 2MEK A; 3PRM B; 1OFF A; 2Z8L A; 3QCA A; 3NZU A; 3BYT B; 4GGQ A; 4MAC A; 3MHS D; 4K3C A; 4ZRQ A; 4EOY A; 4E74 A; 4KGR A; 1KLV A; 3T8M A; 1UD7 A; 3CIR B; 3EUB 2; 5IKC M; 1FMA D; 3X23 A; 3BVZ A; 2KYW A; 2JYT A; 2N0S B; 1TS5 A; 3DOW A; 2BKF A; 5FR3 A; 2D11 A; 1PGA A; 3ZKJ C; 1NYQ A; 4ANX A; 4LDT B; 3L4P A; 4OVZ A; 1WXS A; 4W9D A; 4AP4 C; 3V6E B; 3DPD A; 4TMA B; 3Q3N C; 3N1X C; 3RD2 A; 3QHT A; 5HI1 A; 1WE7 A; 3BZD B; 3AE7 B; 2RPQ A; 3GOE A; 1VZ6 A; 3KLS X; 1UBI A; 2VH1 A; 1YMH E; 3T3O A; 4II3 B; 3EFU A; 1I42 A; 2LVQ A; 2WP9 B; 3NJT A; 4EZK A; 1HTQ A; 1P7E A; 2KDE B; 2IPK D; 3U4E G; 2JSV X; 4XYC A; 4BFR A; 2MP2 B; 2KWC A; 2ZNV B; 4IWQ A; 1J7C A; 1YX6 B; 3U2S C; 1TBE A; 1C78 A; 4N6E B; 4IUM B; 4CHK A; 1T0S C; 3N32 A; 3PT2 B; 2ZW0 A; 3RMK C; 3QIJ A; 4AS1 A; 2RD0 A; 1N5W A; 4GXB A; 1PUT A; 1I4R A; 2K6D B; 3EFC A; 1I4X A; 1IUE A; 2KN5 A; 3O13 A; 4RNA A; 2PIA A; 4P1B C; 3Q69 A; 3BK1 A; 2LUE A; 2K8H A; 1XD3 B; 3RCZ A; 5G5G A; 1D3Z A; 1VDV A; 3I5J C; 4URK A; 3PVL A; 5FR6 A; 2OOB B; 1N6Z A; 2D3G A; 1E8Z A; 4WJQ A; 3PLU A; 2IND C; 1N62 A; 2B76 B; 4JLC A; 3U30 A; 5AZG A; 2ZJD A; 3L54 A; 1AYF A; 5TSS A; 3SU8 X; 2INC C; 5LNK 1; 3A1Q B; 1KRH A; 3RNA C; 1XCT L; 5T8I A; 1IBX A; 2C7H A; 3QA8 A; 3JVZ X; 1R4M I; 2JWU A; 3H9D A; 4BBN F; 1KM7 A; 4MJS B; 4JL9 A; 2J0J A; 3BII D; 3VRB B; 2C7N B; 3PLV A; 1QIL A; 5HKH A; 3ZNH B; 5EE0 A; 3ABV B; 3ZVV A; 4MH0 E; 1NI2 A; 2NBW B; 4ZHP A; 1T3Q A; 1WR1 A; 2W3R A; 2O2V A; 4NNJ B; 1VD2 A; 4KSL C; 5CTR C; 1C1Y B; 4KIK B; 2L0F A; 3QK0 A; 2I38 A; 5D2M B; 1WF9 A; 4HRS A; 3PRZ A; 4ZRJ A; 4ACF A; 1WJU A; 1DOI A; 3V3X A; 1WWT A; 2D5G A; 2UYZ B; 4K1R B; 1K52 A; 4MGK E; 5I4D A; 1OEY A; 2W82 A; 4P6V F; 1GUA B; 3EHV A; 3U7Z A; 2NPT A; 3TSS A; 3FAH A; 4REZ A; 2WDQ B; 2Z0D B; 2BBC A; 4M0W A; 3PRE A; 3AMZ A; 2WXH A; 3ZDM C; 3O65 B; 5JH5 C; 5C3J B; 4IG7 B; 1S3S G; 2C60 A; 1T0Q C; 1FXI A; 3ZGZ A; 1RFA A; 3AE1 B; 3GB1 A; 4KX6 B; 1GB1 A; 4WIP A; 3ZNG C; 1PGX A; 3TEX A; 2ZPY A; 3RFZ B; 1G6J A; 1P7F A; 3ZDT A; 2R2O A; 3HHM A; 1K51 A; 4AWJ A; 4LDT D; 1DOY A; 5HHD G; 2GRI A; 4OHJ A; 4US9 A; 1V5T A; 1Y8R C; 2UWQ A; 2MBE A; 4DXF A; 2M4N A; 1OTR B; 1WIA A; 1T6B X; 1WYG A; 3V60 A; 2E3T A; 4A3P A; 2D10 A; 4JPS A; 2V9H A; 2HTM E; 4FLH A; 1V86 A; 5H92 C; 3I9V 1; 5J17 A; 4JWU C; 3RNG C; 5IO9 A; 3PRP B; 2N7E A; 3VDZ A; 2LAS A; 1GB4 A; 4G50 A; 1YX5 B; 1Q5W B; 1FIQ A; 1KH0 A; 3RZW C; 4IW0 A; 2KVZ A; 3IG3 A; 3DQV A; 3NY5 A; 3VHT C; 1TY0 A; 1WX9 A; 4KV2 A; 3AN1 A; 2NBU A; 3AE6 B; 1QZE A; 5E6J A; 2O6V B; 3PSE B; 2WXG A; 3FIL A; 4KZC A; 4PT5 A; 1MI0 A; 5BMH A; 1T0R C; 2KZR A; 5DPT A; 1HEZ E; 5FKA C; 1ACC A; 4RF1 A; 2KDI A; 4WH4 A; 2AQ2 B; 2LEK A; 2QEJ C; 1J0G A; 2V3N A; 2RR9 A; 1ZW7 A; 2LGX A; 3R8B A; 3RNE C; 3HIZ A; 3ZQ4 A; 2LWP A; 4USA A; 3Q8E A; 3P42 A; 4BKS A; 5AZF A; 1V1P B; 1A70 A; 1UWX A; 3A33 B; 2WNM A; 4A8X C; 1FNU A; 3OJ3 A; 3DBH B; 1WXM A; 5CHW A; 4WQM A; 2KWV B; 1C76 A; 2EEL A; 1VZ7 A; 1E9M A; 3ZNZ B; 1NEN B; 1QOG A; 1JWM D; 2QMT A; 1EO6 A; 1WXA A; 3ETR A; 1WSP A; 2V1Y A; 3GP7 A; 2BF8 B; 2FID A; 3BY4 B; 4K7W A; 4Q2J A; 3IFW B; 2QSD A; 1RRB A; 1MJD A; 1SE3 A; 5J18 A; 4P7I A; 3I3T B; 5C1Z A; 2JUO A; 3C19 A; 4ARI A; 4TV3 A; 2IY1 B; 2X38 A; 4GSW A; 2LXC A; 1OEY J; 3VH4 B; 4LJP B; 1VLB A; 2A5U A; 2INP E; 2WXP A; 3PZ7 A; 5DCN A; 3L13 A; 4TQ0 A; 3R2I A; 2UU7 A; 4CQN A; 1GAQ B; 1QF6 A; 1SBB B; 1FCC C; 2HJ8 A; 4W9K A; 3BIN A; 3DBL I; 2OHF A; 2WDR B; 3NUH B; 3ZLZ A; 4F7Z A; 1V80 A; 1HQR D; 3B08 A; 2MX2 A; 4O1N A; 1WMH B; 1LFD A; 3LDZ E; 4JIO U; 2MJ3 A; 2KQ7 A; 1QT9 A; 4HLE A; 2DWQ A; 5FK9 C; 4B9K A; 2RSU A; 4KGS A; 1XXG A; 2GLS A; 4K3B A; 4S17 A; 2G4S A; 1IGC A; 1GC7 A; 3ZJT A; 3A9J A; 2HTH A; 3MC9 A; 2JXT A; 2AYO B; 3MHZ A; 5IN7 A; 1FD6 A; 1V81 A; 2FNJ B; 4JGH B; 1L5P A; 1K8R B; 3I63 C; 1I4P A; 4MDK E; 3N20 C; 4IWP A; 3AU5 A; 2LD9 A; 1ZXI A; 2KK8 A; 1R4N B; 2FE8 A; 1GPX A; 2MCN B; 2Z59 B; 1Y56 A; 1WGG A; 2H88 B; 2M1M A; 2PE6 B; 1L6U A; 3ALB A; 1TZ1 A; 2CJO A; 3APF A; 3H1U A; 1E8Y A; 3B0A A; 2WXJ A; 3WAN A; 4WWM A; 4HDO A; 2CHX A; 1F52 A; 4F1S A; 1AN8 A; 3GZN B; 2CS4 A; 4IDI A; 1ROE A; 3WCQ A; 3P1M A; 4MGI E; 1AAR A; 1HA5 A; 4HPL B; 1SIJ A; 2L76 A; 2N9L A; 1CZP A; 4XWT A; 3H7P A; 1QOF A; 1TKE A; 1OGW A; 1TZO A; 2HD5 B; 2OED A; 2QIE B; 1E5W A; 2D07 B; 1PYW D; 1E7P B; 4N59 A; 4DXG A; 2M17 A; 4HK2 A; 2LFI A; 1WXQ A; 2OJW A; 3SFD B; 2GBN A; 1T5X D; 2L83 A; 4XWW A; 2IBI B; 3HM3 A; 4OVU A; 1MHH E; 3IXS A; 3DBS A; 4BVU C; 4FA6 A; 5IOI A; 3QC8 B; 1BUI C; 4KKJ A; 4JE3 B; 3AE5 B; 1FCL A; 3D32 A; 3A9K A; 4DDI D; 1SE2 A; 2NTT A; 2KX0 A; 3QQ8 B; 3LYY A; 2AL3 A; 2D3B A; 4W9I A; 1I4Q A; 4WJN A; 1TKY A; 1XLQ A; 3NVW A; 1LQB A; 2LGS A; 1RLF A; 3SD5 A; 3OAW A; 1V97 A; 4HDQ A; 3TUO A; 1IPG A; 4K7U A; 3EGR A; 2BB6 A; 2LI5 A; 4LCD E; 2BYF A; 2KX3 A; 3KUZ A; 3RUL A; 3ZTC A; 1H8C A; 3W9C B; 1WY8 A; 2H89 B; 3JSV B; 2MJE A; 4ASW C; 1FRD A; 4TKN A; 5DPR A; 1SF0 A; 2K5P A; 3UQA A; 4FAD A; 1S1Q B; 4FJV B; 2QJL A; 3OG5 A; 4W9H A; 3I57 A; 4WQO B; 3VTU A; 2X8X X; 1UGJ A; 3MTN B; 4WWN A; 1HE8 A; 2GBM A; 5JZE B; 1MHX A; 3IAM 1; 3WAO A; 4IM2 A; 2DHZ A; 2BYV E; 4NJ6 A; 3U7D A; 2ONQ A; 1ZKH A; 1EU4 A; 2BW2 A; 2K22 A; 4WAA A; 2MHJ A; 1YQB A; 1Q10 A; 1WM2 A; 2ICI A; 2IO2 B; 2Z0E B; 1C77 A; 2XNA C; 4EZJ A; 3C0R B; 4ZRI A; 4YT0 B; 1R4M B; 2WDV B; 4XZ4 A; 3NS1 A; 3OLM D; 1HZ5 A; 4LNI A; 4MEL A; 2N7J A; 2YEP B; 1P1A A; 1E8W A; 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