The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.
Total Genus |
30
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sequence length |
121
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structure length |
121
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Chain Sequence |
LYFNPRFLADDPQAVADLSRFENGQELPPGTYRVDIYLNNGYMATRDVTFNTGDSEQGIVPCLTRAQLASMGLNTASVAGMNLLADDACVPLTTMVQDATAHLDVGQQRLNLTIPQAFMSN
|
The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.
After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.
| publication title |
Crystal structure of the ternary FimC-FimF(t)-FimD(N) complex indicates conserved pilus chaperone-subunit complex recognition by the usher FimD
pubmed doi rcsb |
| molecule keywords |
Chaperone protein fimC
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| molecule tags |
Chaperone, structural, membrane protein
|
| source organism |
Escherichia coli
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| total genus |
30
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| structure length |
121
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| sequence length |
121
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| ec nomenclature | |
| pdb deposition date | 2008-01-10 |
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
| Class | Architecture | Topology | Homology | Domain |
|---|---|---|---|---|---|
| Alpha Beta | Roll | Ubiquitin-like (UB roll) | Ubiquitin-like (UB roll) |
#chains in the Genus database with same CATH superfamily 3BWU D; 1ZDV A; 4J3O D; 1ZDX A; 4B0M A; 3RFZ B; 4B0E A; 1ZE3 D; #chains in the Genus database with same CATH topology 4LK0 M; 2XBB C; 4W9G A; 2LHD A; 4P16 A; 3MC0 B; 3AI5 A; 2BWE S; 4ZRI A; 4KV2 A; 3RI7 C; 4XWT A; 2HTH A; 4FJZ A; 4E3C A; 1E8X A; 2QIE B; 3VHT C; 4XE0 A; 4M01 A; 1UZX B; 2Y5C A; 3H6N A; 3C19 A; 1R4M I; 2O6V A; 3JW0 X; 2Q5W D; 2WXQ A; 3AEG B; 3RZW C; 3RD2 A; 3U30 A; 3L13 A; 4N6E B; 3ZXV A; 4IOI E; 2IO3 B; 4KDL B; 4P7I A; 2K5P A; 2BGF A; 2AQ2 B; 2DZK A; 4NNJ B; 3ZUN A; 4EKU A; 4MH8 A; 4MM3 A; 3RPF C; 4BOZ B; 2V3P A; 2BWF A; 3B2F A; 1D3Z A; 1FFU A; 1RFK A; 2PVG C; 3MP9 A; 1M4V A; 4FAD A; 1KF6 B; 4HEA 1; 1ET9 A; 3NS8 A; 3WCQ A; 3UIP B; 4PS3 A; 2DZM A; 4RGN A; 2IDY A; 3LXF A; 2KMM A; 2KKC A; 4HLE A; 3Q8F A; 1WF9 A; 2NTS A; 3A33 B; 2N1W A; 4EE2 A; 3CST A; 3TSS A; 4LNN A; 4BBN C; 5AUI A; 3PHW B; 2NMQ A; 2DYM A; 3B1L X; 3N1Y C; 2EEL A; 4RM9 A; 1WXS A; 4HPP A; 1WE6 A; 2L7R A; 4B6W A; 4JQW C; 3ML9 A; 4A6Q A; 4NJC A; 2EMT A; 2PW9 A; 2KAJ A; 1RYJ A; 2JYE A; 4IKG A; 3VUY A; 1TZO A; 1YNT E; 1IP9 A; 4B95 A; 4OVZ A; 4GXB A; 1GUA B; 1WGY A; 3QX1 A; 4JWS C; 2VH2 A; 2QHO A; 1YN5 A; 1F0Z A; 1IGD A; 2X8X X; 1HEZ E; 2GBJ A; 2GBK A; 1TKY A; 3M3J A; 3NZU A; 1K53 A; 3PVL A; 4OVV A; 2HJ1 A; 2C60 A; 4YTM B; 2WQY B; 1QLB B; 1WGH A; 4IDI A; 5HI1 A; 3IAS 1; 5DPT A; 3ML8 A; 2AWT A; 1WX9 A; 1OGW A; 4YT0 B; 4ICU A; 1C77 A; 3AH7 A; 1YJJ A; 3DVG X; 1E7U A; 3KUC B; 4TQ0 A; 2G1E A; 2DAJ A; 4MH0 E; 4IM0 A; 1ZPS A; 2N1V A; 4NZL B; 4AUQ C; 1YIW A; 5KHO A; 4DDG D; 2D5G A; 4FLH A; 1SE2 A; 3WAN A; 1UBQ A; 2W3R A; 2KFJ A; 1V6E A; 3JYU A; 3ZDT A; 2KZR A; 4AJY B; 3SHQ A; 1G6J A; 3KWV A; 4WIP A; 2JT4 B; 2MJD A; 1K50 A; 4ZRJ A; 5GXG B; 4M02 A; 1IBX B; 1MI0 A; 2WNM A; 2DWQ A; 1PQS A; 2FCS A; 1VZ7 A; 4EZK A; 3RT3 B; 1WH3 A; 3TEX A; 2WU5 B; 3M63 B; 3W1S C; 2D3G A; 3LB8 C; 1PGA A; 3R2I A; 4W9K A; 1HZ6 A; 5G2N A; 1EWC A; 2ICI A; 4OZC A; 2O2V A; 4NQK E; 4BZA A; 3VUX A; 4EZJ A; 1F77 A; 4US8 A; 2LXA A; 2JZZ A; 3QC8 B; 1V1O A; 3MTN B; 4W9F A; 3CF6 E; 2MRP A; 4MGY E; 1OEY A; 2G45 B; 2L32 A; 2KMA A; 1IBX A; 3DVN U; 4I6L B; 2C7H A; 2WHI A; 4XYC A; 4WH4 A; 2OOB B; 3U7Z A; 3ZIM A; 3DVN V; 4WWN A; 2LWP A; 1GB4 A; 2MJ3 A; 3EHV A; 3AE5 B; 1IGC A; 5CHW A; 2JRI B; 3QJZ A; 1E0Z A; 2KXJ A; 2H88 B; 2FID A; 2C5L C; 4S17 A; 1IYF A; 2KDE B; 2PPH A; 1MJD A; 1TTN A; 3R7Q A; 1YQ3 B; 1C4A A; 1J7C A; 2A4Z A; 3PS6 A; 1Q5W B; 1HTQ A; 2BF8 B; 1FNV A; 1WYG A; 5EDS A; 2J42 A; 4L1B A; 3ETR A; 3PGE A; 1VZ8 A; 1WRD B; 2CHW A; 4EFO A; 1KH0 A; 3NRZ A; 3FIL A; 1RLF A; 3RNF C; 3PRE A; 2DZJ A; 2XEW A; 3ZQ4 A; 1FPY A; 4WUR A; 3U7D A; 3AE9 B; 3A9J B; 3ZNH B; 3PSE B; 1GJZ A; 2MWS B; 1JW9 D; 1F52 A; 2JX5 A; 2JYT A; 2EKI A; 4G3X B; 3HVZ A; 4UDU C; 5E6O A; 1YX6 B; 2G3Q B; 5CTR C; 2JU6 X; 4JX1 C; 4KIK B; 3IAM 1; 2BTE A; 3IT4 B; 1I4R A; 3NS1 A; 5G5G A; 4AJW A; 2PJH A; 4DHZ B; 3X23 A; 3U8Z A; 1WJU A; 4II3 B; 4ZYS A; 4GB9 A; 3T8M A; 2ZCC A; 4K3C A; 2INP E; 2LD9 A; 2WX1 A; 3A9J A; 1CMX B; 1NDD A; 3KWL A; 4RMA A; 3KLS X; 3V6C B; 1L0Y B; 2JY6 A; 1WSP A; 2DNF A; 2QC8 A; 5HHD G; 4C7Y A; 3QQ8 B; 3GP7 A; 2BPS A; 3ZRC A; 4DXA B; 4FXC A; 1XXG A; 4D2K A; 2LJ5 A; 1WJN A; 1D5Z C; 1PGX A; 2MCN B; 2JWU A; 4FHK A; 2LFI A; 4FBJ B; 2MJE A; 1I4Q A; 2WYQ A; 2KD0 A; 3Q14 C; 1ZE3 D; 3IHP C; 2GBM A; 4BKG A; 4NAW A; 1DOY A; 1UH6 A; 4DHJ D; 4FHJ A; 2J0K A; 1FIQ A; 2W9N A; 4I6N B; 1ZDX A; 1V80 A; 4MT5 A; 2JF5 A; 1WR6 E; 2BVC A; 3ZNG C; 2BS2 B; 1J19 A; 1UWX A; 3CWI A; 1ZOY B; 2IYD B; 5D94 A; 3DWG C; 3EC8 A; 2RPV A; 3TL5 A; 3EEC A; 2KFK A; 3QIJ A; 3R2T A; 2QMT A; 1YMH E; 2WXK A; 2KDM A; 2LMC A; 1LFD A; 2ZNV B; 4RH6 A; 2OED A; 3UGB B; 4MDK E; 3AM9 A; 3VRB B; 2BYF A; 3ZYY X; 3N9Y C; 2LGI A; 2W55 A; 1KRH A; 5IA7 A; 3SR6 A; 3W1Y A; 3CSF A; 1XLN A; 2EMS A; 2L52 A; 1GC6 A; 1PYW D; 5CHF A; 2M0X A; 4GSW A; 1WZ0 A; 4M0W B; 3UQA A; 3QK0 A; 3QA8 A; 4US9 A; 2CU3 A; 1JWS D; 2ZEQ A; 1YD8 U; 2UWQ A; 2ZVO A; 2NCN A; 1FFV A; 3GZN B; 2FUG 1; 3TIX A; 3NVW A; 1NEK B; 1TY2 A; 1PFD A; 3HHM A; 4BKT A; 1FXI A; 1NI3 A; 3AEE B; 2CKH B; 2G4D B; 2SEB D; 1WX7 A; 1CK1 A; 2QIL A; 1XQQ A; 3HRD D; 4RGM A; 1T0Y A; 2N7E A; 2C7M B; 3AXC A; 3MJW A; 3TBL D; 5LNK 1; 2KVZ A; 4NPN A; 2V1Y A; 5GMV A; 2WWZ A; 4K81 A; 3I9V 1; 1QOA A; 1VD2 A; 4HWI B; 1C76 A; 5EE1 A; 4M0W A; 1YQB A; 5EE3 A; 1S1Q B; 2MBH A; 1SJE D; 4DXG A; 1WZ3 A; 2WXG A; 3DBS A; 1N62 A; 1IUE A; 5J2R A; 3SEB A; 5T8I A; 3LJ3 A; 1D5X C; 4OW0 A; 1RM6 C; 2FE8 A; 5BYQ A; 2M19 A; 2JSV X; 1XLP A; 3VTW A; 2WXF A; 4LNF A; 2J0M A; 3TCA A; 1DOX A; 3L0W B; 4B9K A; 4MEM A; 2G4S A; 2WXO A; 4HK2 A; 2R2Q A; 5G5H A; 1P3Q U; 3L16 A; 3GZN I; 3PZ7 A; 4P6V F; 2GMI C; 1MVK A; 2KJR A; 1NBF C; 2V4I B; 1QOF A; 4RM8 A; 2BQQ A; 1FCC C; 5C23 A; 1N5W A; 1QOB A; 2Z59 B; 2WXP A; 4HDO A; 2IY1 B; 4HCN B; 4YXD B; 1BML C; 1N5X A; 5TSS A; 3H7S A; 1C79 A; 3DQV A; 4RF1 A; 4ZOH C; 2N9X A; 1M94 A; 2O6V B; 5DPS A; 3NUH B; 3RUL A; 1JQ4 A; 3HUI A; 3Q3F A; 2BYT A; 2C9W B; 2LXC A; 4IUM B; 2JUO A; 4MM3 B; 4QAY A; 3DHI C; 2LGD A; 3T3O A; 1DOI A; 2M8S A; 2K22 A; 5E6N A; 4KZ0 A; 5JH5 C; 3A9K A; 1KOT A; 3C8Y A; 4MGK E; 1WGD A; 3E56 A; 1TJE A; 4YSY B; 1MPE A; 1WXM A; 2IO2 B; 4HXD A; 2BB6 A; 1I35 A; 4F1S A; 1Q10 A; 2Y3A A; 3V62 A; 3QWZ B; 1YN4 A; 3SD5 A; 2IO1 B; 3IBE A; 2VZK D; 5DCN A; 5BMI A; 1FCL A; 1EF1 A; 4P1B C; 3L4P A; 2K8B A; 3IFW B; 1F9J A; 4IG7 B; 3VH4 B; 1TKE A; 3ZTD A; 2W3S A; 3SFE B; 1SGH A; 1E9M A; 1V1P A; 4LCD E; 2IND C; 5AZH A; 1TZ1 A; 3P4Q B; 3P4P B; 4M8M A; 5H92 C; 4ZYN A; 1H4R A; 1JML A; 3HK0 A; 4YSZ B; 4RCO A; 1RWS A; 1LXD A; 3ZTC A; 4ZHP A; 2KVR A; 4DDI D; 3DBH B; 2JXT A; 2WXN A; 1ROE A; 4LJP B; 4DXF A; 3KYD D; 1SE9 A; 3L10 B; 3EFU A; 4PYZ A; 3RNA C; 5FR3 A; 2KLC A; 4JPS A; 3URY A; 3APD A; 1A5R A; 2J52 A; 4XZ4 A; 3ZDM C; 3DPD A; 1XO3 A; 4IM3 A; 2L05 A; 1VLB A; 5D3D A; 1E90 A; 1OTR B; 2CS4 A; 2K0P A; 2K6D B; 1WY8 A; 1WE7 A; 4BBN F; 3DOW A; 2WS3 B; 1JWM D; 1C3T A; 1WRI A; 3BVZ A; 1L4Z B; 4IWO A; 3IT6 B; 4EZL A; 3A1Q A; 4S0R A; 2I2Y A; 1Q0W B; 3AV8 A; 5L95 C; 1JRP A; 1V97 A; 4XDC A; 4HCP B; 2OJR A; 4HJK A; 4A20 A; 2LUM A; 1FRR A; 2WDT B; 1Y56 A; 2O2V B; 2VH1 A; 4LJO B; 4TSS A; 2FCN A; 2AL3 A; 2AYO B; 2WXJ A; 1TGZ B; 5FR6 A; 2I1J A; 2IY0 B; 1EWY C; 2YEP F; 3VVW B; 4HJG E; 1WM2 A; 1UWM A; 1YQ4 B; 3DBH I; 4GN1 A; 2K25 A; 4BAX A; 2MHJ A; 3NZ3 A; 1V5T A; 5BO4 B; 2LGS A; 2M17 A; 2L00 B; 3MJ5 A; 4W9D A; 2PE9 A; 3PZ8 A; 2M4N A; 4XWW A; 3AE8 B; 4K7W A; 4C00 A; 3EA6 A; 5J18 A; 3A4S C; 2MSE D; 4N59 A; 1STE A; 3BK1 A; 2MBQ A; 3H1U A; 3K9O B; 2MBB B; 4MAC A; 3PLV A; 3ZO5 B; 3S2A A; 1PDX A; 1NI2 A; 5DPR A; 3O13 A; 3NVZ A; 1QKZ A; 3H7P A; 3CIR B; 4NJ7 A; 1I4P A; 3AE4 B; 3NVV A; 4KDI C; 2BW2 A; 4KX6 B; 3FIL B; 4HDQ A; 1ESF A; 1J8C A; 1OQQ A; 2V3N A; 3N32 A; 2LHE A; 1BT0 A; 2V3S A; 2FNJ B; 3Q8A A; 1L0V B; 1F2R I; 2K8H A; 4HKQ A; 1NEN B; 3V3X A; 4E71 A; 4BFR A; 3QAQ A; 2MEK A; 1C78 A; 1V86 A; 4IW0 A; 2JRH A; 1WR1 A; 1GG3 A; 4H2A A; 4N9F 4; 2NBV B; 5IO9 A; 4EEW A; 3GB1 A; 2RR9 A; 1T5X D; 3Q3N C; 3Q8C A; 1UBI A; 3BYY B; 3PRM B; 3LDZ E; 4HPM B; 2KDB A; 4L23 A; 1WXV A; 4KKI A; 4AQ7 A; 3PPA A; 1ET6 A; 2LGX A; 1EUV B; 4CHK A; 2QCZ A; 1OQR A; 1KM7 A; 3E9S A; 2AEH A; 2KT7 A; 4WAF A; 1I7H A; 3PHX B; 1FXT B; 1XD3 B; 4NY0 A; 2IGD A; 1YOV B; 2MLB A; 4EUT A; 2WLB A; 3HM6 X; 1BUI C; 3FKY A; 1KLG D; 1TYG B; 1HTO A; 1I4G A; 1SSN A; 2LVO A; 4A3P A; 2JPH A; 2PEA A; 2ZPN A; 3UIO B; 2M1M A; 3HIZ A; 4DHJ B; 3VRA B; 1Z5S B; 4M00 A; 2BS4 B; 5KHQ A; 2J7Q B; 4YTN B; 3KQ4 A; 2K6Q A; 1WMH A; 2ACZ B; 4FUL A; 4XGA B; 2JWZ A; 3NJT A; 3VTU A; 1I4X A; 2ASQ A; 2N9P C; 3H9D A; 3Q3O C; 4NAW B; 4X57 B; 3ZJU A; 2JXX A; 1A70 A; 4PT5 A; 4YL8 A; 2HE7 A; 2D3A A; 3P1M A; 1WXQ A; 3KW5 B; 4A9A A; 4IWQ A; 3NZS A; 3PT2 B; 1TS4 A; 1RAX A; 1N60 A; 2KLG A; 2V9H A; 3DCG A; 3W1S A; 1YX5 B; 4FJY A; 2PMV A; 4JGH B; 1XT9 B; 2E6X A; 4WAA A; 3KUD B; 1P0R A; 3J9C A; 3A4R A; 2KFK B; 1ZGU B; 1V81 A; 2WDR B; 3WAO A; 4DHZ E; 2G9H D; 4PYU A; 2KDF B; 5BMG A; 4HKZ E; 5LXI B; 5C1Z A; 3R7R A; 1FM0 D; 1HXY D; 4KZC A; 1XCQ L; 2CJO A; 1UNS A; 3IXS A; 1ZP0 B; 2C7N B; 3TUO A; 2KJH B; 3DBR B; 3ZRF A; 2GLS A; 2AQ3 B; 3AEC B; 2LZ6 A; 2WDQ B; 1VRA B; 5IOI A; 2Z0E B; 4ANV A; 1GPX A; 4MGI E; 4W9L A; 1TY0 A; 1ZDV A; 2D10 A; 4F7Z A; 4OZB A; 2A5U A; 3D32 A; 1OQY A; 4E74 A; 4KGS A; 3L17 A; 3AU5 A; 2RD0 A; 3M62 B; 1T0S C; 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3HVD A; 4TMA B; 3WAM A; 2IZV B; 1UEL A; 1E6E B; 3CMM B; 1QT9 A; 3NVY A; 1B9R A; 1UUP A; 3K9P B; 2INN E; 2N9K A; 3A9K B; 2K1F A; 5MPO A; 2XNA C; 1UD7 A; 2RDB C; 5HG2 A; 1ZKH A; 3KVF B; 1Q1O A; 3TEY A; 2CR5 A; 2NBW B; 3P63 A; 4NJ6 A; 2PKO A; 1N6Z A; 4LNI A; 2NPT A; 1JAL A; 4USA A; 4FA6 A; 4K7S A; 2VZK B; 4C4V B; 4ARC A; 4MGZ E; 2WP9 B; 2PE6 B; 3JSV B; 4MJS B; 5BMH A; 2NR2 A; 3AE6 B; 2NVU I; 3NHE B; 2IGH A; 3AN1 A; 1WM3 A; 3I5J C; 1CJE A; 5IKC M; 3AE1 B; 1SE3 A; 3B08 A; 2IPK D; 5LXH A; 1LGR A; 4ICV A; 4XDD A; 4MSQ B; 3U52 E; 2TSS A; 4YWG G; 4LDT D; 4HPL B; 1N63 A; 1SB3 C; 4EOY A; 2L3Z A; 1FNU A; 2LGY A; 2ZCB A; 1K52 A; 3P2B A; 3RNC C; 4II2 B; 1V1P B; 2ZW1 A; 2MX2 A; 4WJQ A; 1C1Y B; 1JWB D; 4ANX A; 4ITK A; 2FAZ A; 3C0R B; 1SIF A; 2LI5 A; 1WX8 A; 2XN9 C; 4C4V A; 3JSV A; 4MJS A; 3OAW A; 1EU3 A; 5D6J B; 2XK5 B; 3TEZ A; 4GDL B; 3LYY A; 1TS5 A; 4F8C B; 3OWE B; 3RYT A; 4W9I A; 4WQO B; 3BIN A; 3N1Z C; 3P4R B; 3R3M A; 1R4N B; 1K51 A; 2RMM A; 1L6U A; 3Q2A C; 1P1A A; 5JHA A; 2J0J A; 1ZUD 2; 1WYW B; 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