The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.
Total Genus |
15
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sequence length |
69
|
structure length |
69
|
Chain Sequence |
MNLTVNGKPSTVDGAESLNVTELLSALKVAQAEYVTVELNGEVLEREAFDATTVKDGDAVEFLYFMGGG
|
The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.
After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.
| publication title |
Crystal structure of thiamine biosynthesis protein (ThiS) from Geobacter metallireducens.
rcsb |
| molecule tags |
Biosynthetic protein
|
| source organism |
Geobacter metallireducens gs-15
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| molecule keywords |
Thiamine-biosynthesis protein ThiS
|
| total genus |
15
|
| structure length |
69
|
| sequence length |
69
|
| ec nomenclature | |
| pdb deposition date | 2008-04-21 |
| chain | Pfam Accession Code | Pfam Family Identifier | Pfam Description |
|---|---|---|---|
| A | PF02597 | ThiS | ThiS family |
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
| Class | Architecture | Topology | Homology | Domain |
|---|---|---|---|---|---|
| Alpha Beta | Roll | Ubiquitin-like (UB roll) | Ubiquitin-like (UB roll) |
#chains in the Genus database with same CATH superfamily 3AE7 B; 2PKO A; 5G5G A; 1J7B A; 4A9A A; 1SB3 C; 1L0V B; 1QF6 A; 2WU5 B; 1JRP A; 1WRI A; 3HUI A; 3WCQ A; 1FRR A; 1AYF A; 3AE2 B; 1SF0 A; 2Q5W D; 3AE8 B; 3P4P B; 4WWM A; 1TYG B; 1B9R A; 1V8C A; 2B76 B; 2PIA A; 1FRD A; 2AX5 A; 3NVZ A; 2W3R A; 5H8Y E; 3AE9 B; 4ZOH C; 3W9C B; 1WWT A; 1FIQ A; 1QT9 A; 3AE3 B; 2K9X A; 1ZOY B; 4US9 A; 5EE3 A; 3AE1 B; 4YTN B; 2BS4 B; 3VR8 B; 4C80 A; 1OFF A; 1E9M A; 3AH7 A; 4YTM B; 1KF6 B; 1JWA D; 2MJE A; 1ROE A; 2WDV B; 4US8 A; 1WGK A; 1RFK A; 1V97 A; 3AEE B; 5AUK A; 2E3T A; 1ZUD 2; 3LXF A; 3ABV B; 2WDR B; 1TKY A; 2PVO D; 1XLP A; 1GPX A; 3VRB B; 1FXA A; 2DWQ A; 4ZHO A; 1E10 A; 1FO4 A; 1F0Z A; 3DWG C; 2OHF A; 1FFU A; 3LB8 C; 4WQM A; 1RWS A; 3SR6 A; 2WP9 B; 1PUT A; 2CJO A; 1T3Q A; 3AEA B; 1CZP A; 5EE9 A; 1NEK B; 3AMZ A; 4HRS A; 4JWU C; 5H92 C; 3VR9 B; 1WXQ A; 2QJL A; 1E7P B; 1R7S A; 3CWI A; 3FC4 A; 1OQQ A; 1TKE A; 2WLB A; 3NVW A; 1NYQ A; 2MJ3 A; 3AB5 A; 4FXC A; 1L5P A; 2WDQ B; 3AM9 A; 3P1M A; 2BS2 B; 1KRH A; 2HTM E; 4P6V F; 3AEC B; 3AEG B; 2EKI A; 4LTU A; 3P63 A; 4ITK A; 3KWL A; 1J7A A; 1NVI D; 1RYJ A; 4YTP B; 4N59 A; 4YSZ B; 1NI3 A; 1EWY C; 1N5X A; 1J7C A; 2WS3 B; 3ETR A; 4YT0 B; 2LEK A; 4JWS C; 1JAL A; 1N61 A; 1RM6 C; 1A70 A; 1XLN A; 2W55 A; 3P4Q B; 2BT6 A; 2BS3 B; 2QIE B; 3NVY A; 5AUI A; 3SFD B; 1KFY B; 2KMM A; 1QOF A; 3VRA B; 1FMA D; 2H89 B; 3AEF B; 1N63 A; 3B2F A; 1TJE A; 3AN1 A; 1N62 A; 1QLB B; 4YSY B; 3RPF C; 1DOY A; 1OQR A; 2M19 A; 2CJN A; 1CJE A; 3DWM A; 4C7Y A; 1QOB A; 2FBW B; 4N6E B; 2PVG C; 3AE4 B; 3AV8 A; 1TKG A; 2W54 A; 1JWB D; 3PO0 A; 4IDI A; 1L6U A; 1YQ4 B; 5MPO A; 1FXI A; 2G1E A; 2JX5 A; 1AWD A; 1DGJ A; 2Y5C A; 4USA A; 1PFD A; 1UWM A; 1GAQ B; 1XLQ A; 4YXD B; 3NS1 A; 1N5W A; 1QOG A; 2MH7 A; 3W5V B; 2WQY B; 2JQR B; 3P4R B; 1SIJ A; 2CU3 A; 3P4S B; 3CIR B; 1YQ3 B; 1IUE A; 3BII D; 1NEN B; 2MJD A; 3HVZ A; 4YSX B; 1N60 A; 1YJI A; 3AEB B; 5EE0 A; 1DOX A; 2WU2 B; 3W5U B; 4C7Z A; 1JQ4 A; 2L83 A; 3B2G A; 3NVV A; 3ZYY X; 1VLB A; 1DOI A; 1PDX A; 1E6E B; 4N58 A; 1ZP0 B; 2L52 A; 1VJK A; 1XLO A; 1VDV A; 2ACZ B; 4HRO A; 1YJJ A; 5GXG B; 4JX1 C; 1I7H A; 1ZXI A; 1JW9 D; 1NYR A; 1WYG A; 3EUB 2; 5EE1 A; 1QOA A; 3AE5 B; 2W3S A; 3L4P A; 3NRZ A; 5C2T B; 3HRD D; 1E0Z A; 2M56 B; 1L6V A; 2K5P A; 2KAJ A; 3AE6 B; 2DBY A; 3B9J A; 3SFE B; 1XO3 A; 4ZHP A; 2H88 B; 3AED B; 5G5H A; 2N0S B; 5C3J B; 1JRO A; 3FAH A; 4KX6 B; 1FM0 D; 2K22 A; 1FFV A; #chains in the Genus database with same CATH topology 1J7B A; 2WU5 B; 4HLE A; 4DHZ B; 1OTR B; 3I5J C; 2KWV B; 1OQY A; 4FA6 A; 2KDE B; 2MBB B; 4PYU A; 1KF6 B; 4RM8 A; 1J8C A; 1WGK A; 5AUK A; 2DYO A; 4FHK A; 4X57 B; 2MEK A; 3L0W B; 3T9L A; 3N20 C; 4H2A A; 1EU3 A; 1ENF A; 2K1F A; 3PPA A; 3H8H A; 4KSK C; 4WQM A; 1XCQ L; 2IBI B; 3MC0 B; 1ISN A; 3BY4 B; 3UQA A; 4KIK B; 5G55 A; 3E56 A; 3OWE B; 2KLC A; 3ZIM A; 5JXV A; 2TSS A; 2LAS A; 2VH2 A; 2N9L A; 3DBH I; 4YTP B; 1N5X A; 1V5T A; 4YT0 B; 1LFD A; 4MGZ E; 2IYD B; 1ZKH A; 3MP9 A; 4FUL A; 3QIJ A; 2K39 A; 2DYM A; 3ZO5 B; 4F7Z A; 3V60 A; 3UGB B; 2PE9 A; 2SAK A; 2CJN A; 4A3P A; 1VR9 A; 1TS3 A; 4WJN A; 2LMC A; 4LCD E; 3AV8 A; 3W1S A; 4EE2 A; 3RYT A; 1Z5S B; 1DGJ A; 2O6V B; 4MEL A; 3ZQ4 A; 1XLQ A; 4FBJ B; 1TTN A; 2WQY B; 2FE8 A; 3APC A; 4MSM B; 2LVP A; 1C4A A; 3SHQ A; 1YJI A; 2HDE A; 3QA8 A; 2ZNV B; 5EE0 A; 1DOX A; 3KWV A; 3J9C A; 4RGO S; 3ZNH B; 4NZL B; 2MBE A; 4W9L A; 3HRD D; 1VZ8 A; 4FJZ A; 4ZRJ A; 2L7R A; 1XO3 A; 5HFY A; 4EKU A; 1HA5 A; 1JRP A; 3T3O A; 1CQV A; 2DZM A; 2Z59 B; 4BKT A; 2CHZ A; 3N3K B; 4MAC A; 3M95 A; 1V8C A; 3H6N A; 4XYC A; 2KTR A; 2XBB C; 4MJS A; 1SGH A; 2KAN A; 2BS4 B; 4C80 A; 2ONQ A; 2JF5 A; 2JVC A; 2BBC A; 3GE8 C; 2BB6 A; 2DYB A; 4HWI B; 1SSN A; 3VRB B; 1ET6 A; 2ASQ A; 2DWQ A; 3CST A; 3LB8 C; 4XZ4 A; 2NTS A; 3VR9 B; 1WXQ A; 2YEP F; 1FXT B; 2MJ3 A; 4IM2 A; 2QC8 A; 2D07 B; 1XF5 L; 4A20 A; 2MP2 A; 2DLB A; 4WWO A; 1NI3 A; 1F52 A; 2W55 A; 1XLN A; 3TJP A; 2PPH A; 4W9H A; 3HHM A; 1N62 A; 4WUR A; 3ZJU A; 3I57 A; 2WXJ A; 3V05 A; 3PHW B; 1WJ4 A; 3GS2 A; 3H7P B; 1P98 A; 1PFD A; 1WXS A; 4JL9 A; 4R3D A; 1LXD A; 2KX0 A; 4W9I A; 1I4P A; 3Q2A C; 3VUY A; 1AAR A; 1WGY A; 3AU4 A; 2KJ6 A; 1JQ4 A; 2WXO A; 3APF A; 2K25 A; 2D10 A; 1KLU D; 4YWG G; 1PDX A; 2KQ4 X; 2ZVO A; 1VJK A; 4KVG B; 4ICU A; 4NPN A; 1I7H A; 5C2T B; 2Z0E B; 1L6V A; 2JXX A; 4W9F A; 4A8X C; 2IO1 B; 2KWD A; 4FLH A; 4IC7 B; 4W9G A; 4NAW A; 3V6E B; 4E71 A; 1AW7 A; 2W9N A; 3KQ4 A; 1SF0 A; 4WWM A; 3U7D A; 1FRD A; 3R7Q A; 1E8W A; 4HPL B; 4US9 A; 3GZN I; 5CX3 A; 4A6Q A; 4D2K A; 3TEZ A; 4BOS C; 2JZZ A; 4M02 A; 3ZDT A; 1WIA A; 3QJZ A; 3DPD A; 4GDK A; 1FPY A; 4E3C A; 4I6P A; 3AEE B; 4C4V B; 3ZGZ A; 2E3T A; 4ARC A; 1HTQ A; 1I4H A; 4F1S A; 1ZXH A; 2FUG 1; 3DVN U; 2BVC A; 3DWG C; 2DAF A; 1P7E A; 1WXM A; 3BZD B; 2CJO A; 4XDD A; 5EE9 A; 1CZP A; 2BYF A; 2J52 A; 1J19 A; 1T0Q C; 3FC4 A; 2MHJ A; 1IYF A; 4A90 A; 2IO0 B; 4PS8 A; 3DBL I; 1J7A A; 1RYJ A; 1PGB A; 1GNU A; 1EWY C; 2ZZP B; 2WS3 B; 2GOW A; 1L4D B; 2BS3 B; 1JWU D; 1JML A; 1KFY B; 2R2O A; 4O1N A; 3APD A; 4B6W A; 3RNB C; 4LLG M; 1KOT A; 4JQW C; 1STE A; 3ZNG C; 4XWW A; 3TEY A; 2GBK A; 3BK2 A; 4N6E B; 3KH0 A; 3R3M A; 1GC7 A; 2G3Q B; 1FXI A; 3UQB A; 1YX5 B; 3JSV A; 2MBQ A; 2QSD A; 2M4N A; 1EF5 A; 1J0G A; 3P4R B; 2JZ3 B; 1V2Y A; 2QMT A; 2WX1 A; 2RDH A; 1U4A A; 1WMH B; 3DBR B; 1VZ6 A; 2MBH A; 2BWE S; 4MDK E; 4GLS C; 3EUB 2; 4MGI E; 1YN5 A; 1EUV B; 1PQS A; 3AED B; 3VFK A; 2HD5 B; 3T3N A; 1FD6 A; 3NJT A; 3ZRC A; 1YQB A; 3QAQ A; 5D6J B; 2V3P A; 2WXK A; 1TYG B; 1ZDX A; 2KK8 A; 3AE1 B; 4KZ0 A; 3VR8 B; 4BZA A; 2WDV B; 3IBE A; 5FR6 A; 3WA0 A; 1QZE A; 2PVO D; 1OGW A; 3A9K B; 5CHW A; 4LNF A; 4NQL B; 1I4Q A; 2JYE A; 1GB4 A; 4JWU C; 1EF1 A; 3NVW A; 1DYQ A; 2KC2 A; 2WDT B; 2AQ3 B; 2HTM E; 5E6J A; 3WAL A; 2LVQ A; 4FHJ A; 5IOI A; 4YSZ B; 1UZX B; 2JZP A; 3UI3 A; 3EC8 A; 3QC8 B; 2L3Z A; 3K9O B; 2VRR B; 3B2F A; 1DOY A; 2M19 A; 3MJW A; 1E8X A; 3DWM A; 4K3C A; 1GOZ A; 3NS8 A; 3BK1 A; 2M1M A; 5D94 A; 4XGA B; 1WGR A; 4KV2 A; 4IDI A; 3KUZ A; 2JX5 A; 2QCZ A; 3DCG A; 3KVF B; 2Y5C A; 3C8Y A; 4EZJ A; 2AQ1 B; 4L23 A; 2RPV A; 3Q3N C; 3BWU D; 1PGA A; 4FJY A; 2K8C A; 1F2R C; 2MJD A; 1ET9 A; 1P7F A; 4DHZ E; 2L83 A; 4K7U A; 1Y56 A; 1C4P A; 2MX2 A; 1TT5 B; 4HRO A; 4BKG A; 2W3S A; 1P3Q U; 4IOI E; 3QX1 A; 1SIF A; 4MM3 A; 3WAP A; 3SFD B; 5AZH A; 1MI0 A; 1GJZ A; 3Q8E A; 3ZXR A; 2L0F A; 5IN7 A; 4OZA A; 2D3A A; 3D32 A; 2KYW A; 1E90 A; 2K9X A; 3L17 A; 4DK5 A; 5DPS A; 3TL5 A; 3QAR A; 1I4R A; 2K6D B; 2J0M A; 3KUD B; 3ZXV A; 4GIV A; 3CF6 E; 3O13 A; 2KFJ A; 1GB1 A; 1LGR A; 1E7P B; 2LXC A; 3BVG A; 2NTT A; 4OVV A; 3OJ4 B; 1YNT E; 1V5O A; 5E6O A; 1CMX B; 1KJT A; 3Q14 C; 4HDQ A; 2VZK D; 2J0J A; 1A70 A; 4LDT D; 4ACF A; 4II2 B; 4L1B A; 3R2I A; 2H89 B; 2MCN B; 1OQR A; 1E7V A; 2RDB C; 2G9H D; 4GDL A; 2PVG C; 2IJ0 A; 1JWB D; 4MGK E; 2PW9 A; 2XK5 B; 1UWM A; 2C9W B; 3EHV A; 1TIF A; 4XE0 A; 2N1W A; 1TZO A; 2J0K A; 2JT4 B; 1IUE A; 2FCM A; 5CTR C; 1N60 A; 1QQR A; 2OJW A; 1SEB D; 3B2G A; 3NVV A; 1VLB A; 1DOI A; 4ARI A; 4DBG A; 2JWZ A; 4RM9 A; 3AE5 B; 2LUM A; 4RGT A; 3A9J A; 1WGD A; 3NZS A; 2HJ8 A; 3AE7 B; 4E74 A; 4A9A A; 3U8Z A; 1BML C; 4EZK A; 4OVU A; 3NOB A; 1AYF A; 1E8Y A; 1GC6 A; 1EO6 A; 3RT3 B; 3MC8 A; 2AL3 A; 3AE9 B; 2BYE A; 2A5U A; 2KWU B; 2KTF A; 2DX5 B; 4RF1 A; 1JWA D; 2MJE A; 3IVF A; 4KKI A; 4FJV B; 2V3N A; 1WF9 A; 3SU8 X; 1ZPS A; 2ZCC A; 3BVZ A; 2GRI A; 4ZHO A; 1E10 A; 2RGF A; 3DBH B; 2IZV B; 1QIL A; 4KSL C; 1EWC A; 3SR6 A; 3TMP B; 1SE2 A; 4CQN A; 1Q1O A; 3AB5 A; 4IKG A; 4L2Y A; 2LGY A; 3EFC A; 3OG5 A; 2FID A; 1ESF A; 3KYC D; 4REZ A; 2KJH B; 2EKI A; 3P63 A; 2W82 A; 4JLC A; 1JAL A; 1XQQ A; 1UGJ A; 4ZYN A; 3TBL D; 4IWQ A; 4S0R A; 4AJW A; 5EDS A; 2D3B A; 5L83 A; 2L05 A; 1N63 A; 4YSY B; 1JCK B; 2ZW0 A; 4C7Y A; 2D3G A; 2FBW B; 3DVG Y; 5JZE B; 4G3X B; 4I6L B; 2WHI A; 1MPE A; 1WGG A; 1KLG D; 4USA A; 3DVN V; 3K9P B; 3FIL A; 1ZGU B; 1UEL A; 2JQR B; 2OED A; 1WXV A; 2BKF A; 1SE9 A; 3OLM D; 5D2M B; 3P42 A; 3ZYY X; 3WAN A; 1RRB A; 3U30 A; 4DXF A; 4NJ7 A; 3U7Z A; 3N30 A; 3ALB A; 3VAW A; 1L4Z B; 2KDB A; 3ZTC A; 3RFZ B; 1V1O A; 3RZF A; 5G5G A; 4G50 A; 3SEB A; 2M0A A; 2R61 A; 1P0R A; 1B9R A; 2MQJ A; 3P4P B; 3RNA C; 1P9D U; 3N1Z C; 5EE3 A; 3ML8 A; 2BW2 A; 2ZW1 A; 3VH4 B; 5TSS A; 4ANW A; 4NNJ B; 3BYY B; 1WSP A; 3H9D A; 4AWJ A; 3ABV B; 4HPM B; 2WDR B; 2LI5 A; 4DDI D; 3PT2 B; 3ZNI D; 1FFU A; 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