The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.
Total Genus |
16
|
sequence length |
55
|
structure length |
55
|
Chain Sequence |
QYKLILNGKTLKGVLTIEAVDAATAEKVFKQYANDLGVDGEWTYDDATKTFTVTE
|
The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.
After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.
| publication title |
Dimer Formation of a Stabilized Gbeta1 Variant: A Structural and Energetic Analysis
pubmed doi rcsb |
| molecule keywords |
Immunoglobulin G-binding protein G
|
| molecule tags |
Protein binding
|
| source organism |
Streptococcus sp. 'group g'
|
| total genus |
16
|
| structure length |
55
|
| sequence length |
55
|
| ec nomenclature | |
| pdb deposition date | 2008-12-12 |
| chain | Pfam Accession Code | Pfam Family Identifier | Pfam Description |
|---|---|---|---|
| A | PF01378 | IgG_binding_B | B domain |
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
| Class | Architecture | Topology | Homology | Domain |
|---|---|---|---|---|---|
| Alpha Beta | Roll | Ubiquitin-like (UB roll) | Ubiquitin-like (UB roll) |
#chains in the Genus database with same CATH superfamily 1PGA A; 2JSV X; 1GB4 A; 2ZW0 A; 2RMM A; 5HG2 A; 4OZB A; 1MHX A; 1UWX A; 2LHE A; 5HFY A; 1GB1 A; 5HHD G; 2NMQ A; 4IKG A; 4OZA A; 1IBX A; 1XF5 L; 5BMG A; 1IGD A; 1D4B A; 2IGD A; 2JXT A; 1KH0 A; 2GB1 A; 1MHH E; 4HJG E; 5BMH A; 1HEZ E; 1XCQ L; 3GB1 A; 2PTL A; 1PGX A; 1MVK A; 1FCL A; 4GLS C; 4KGT A; 2ZW1 A; 2JWU A; 1ZXH A; 2EEL A; 1HZ6 A; 1K50 A; 2I2Y A; 1K51 A; 3UI3 A; 2KAC A; 1K52 A; 2KWD A; 2N9K A; 3MP9 A; 4KGS A; 1P7E A; 2OED A; 2K0P A; 2PLP A; 2IGH A; 2ONQ A; 2LUM A; 1P7F A; 1QKZ A; 2LHD A; 1F2R C; 2JZP A; 1IGC A; 1PGB A; 1F2R I; 4WH4 A; 5JXV A; 1YMH E; 1FD6 A; 4KGR A; 1JML A; 1K53 A; 1Q10 A; 4OZC A; 1MI0 A; 3V3X A; 2KQ4 X; 3FIL B; 2J53 A; 1YNT E; 1C9F A; 2QSD A; 2KDM A; 2IGG A; 2QMT A; 2GI9 A; 2J52 A; 1FCC C; 2ON8 A; 3FIL A; 1XCT L; 4D2K A; 2LGI A; 2N9L A; 1IBX B; 2JU6 X; 2KN4 A; 1MPE A; 1HZ5 A; 2PW9 A; 4MAC A; 5HI1 A; 2I38 A; 2RPV A; 5BMI A; 4HKZ E; 2N7J A; 4IOI E; 1EM7 A; #chains in the Genus database with same CATH topology 1TZ1 A; 1QOF A; 2K3U A; 4URK A; 1WR6 E; 1C79 A; 4P1B C; 2K8B A; 3N1Z C; 2V9H A; 3J9C A; 3SFE B; 1M4V A; 2L0T A; 2R2O A; 1A5R A; 3HVZ A; 4B6W A; 3P42 A; 1N6Z A; 1V49 A; 1L0V B; 4EEW A; 2KZR A; 3TEY A; 1WFY A; 3QAQ A; 3EA6 A; 1XLQ A; 4TSS A; 1JAL A; 2MA9 B; 2W3S A; 2KMA A; 3APD A; 2M8S A; 3W1S A; 4MGY E; 4NY0 A; 3KW5 B; 1ZXH A; 4LNI A; 2GLS A; 3HHM A; 1XT9 B; 1HQR D; 3TMP B; 1K50 A; 2BTE A; 2WX1 A; 2V4I B; 4ZRQ A; 2KAJ A; 3KUC B; 3AE2 B; 4P1C C; 3PRM B; 3VXW A; 3PT2 B; 2MP2 A; 1JWU D; 3V62 A; 3T9L A; 2BGF A; 3Q3N C; 1GNU A; 4EFO A; 2YEP B; 1JWB D; 2MWS B; 3AE6 B; 4IM2 A; 4ICU A; 4KKJ A; 4OVZ A; 4W9G A; 4OZC A; 4MH0 E; 1Q5W B; 2BWF A; 3RCZ A; 1QQR A; 2KYW A; 3ZRF A; 4FJY A; 2QMT A; 3A9K A; 1FXI A; 3HUI A; 4EUT A; 1PFD A; 4A3P A; 2JRH A; 1ZW7 A; 1V1P A; 3A9J A; 1TY2 A; 3ZUN A; 4LDT D; 2CHX A; 4ZHO A; 1WZ0 A; 1UD7 A; 3MC0 B; 4OZB A; 1JWA D; 3DWM A; 3DBR I; 3ZRC A; 3ZXV A; 4WWO A; 3RFZ B; 3JVZ X; 1GPX A; 2DEN B; 2B76 B; 1XO3 A; 2WS3 B; 2D3G A; 1B9R A; 1JWM D; 1YJI A; 2K8C A; 3QJZ A; 1WXQ A; 5IP4 D; 2RD0 A; 1XLP A; 2KXJ A; 3SD5 A; 3DBH B; 2G3Q B; 5TR5 A; 1RLF A; 1V6E A; 2VZK B; 1WGR A; 2MW5 A; 5BMG A; 1BML C; 2N9E B; 1GC6 A; 1VZ6 A; 2JF5 A; 4ITK A; 3Q3O C; 2LUE A; 3DCG A; 2GB1 A; 3HK0 A; 2C9W B; 1IPG A; 3UIN B; 1VCB A; 1WMH A; 3AE1 B; 2LVO A; 5KHQ A; 2LI5 A; 4FXC A; 2KQS A; 3CWI A; 2NVU I; 2JWZ A; 1YOV B; 1CQV A; 3I3T B; 3I63 C; 5D7G A; 4A9A A; 1C3T A; 1I4R A; 1V2Y A; 3H9D A; 2BWE S; 4YWG G; 3OLM D; 3O65 B; 2AWT A; 1EF5 A; 1SIF A; 2L52 A; 1M94 A; 5DPR A; 2M17 A; 2WXF A; 3UF8 A; 2I1K A; 2JXX A; 2ONQ A; 1SE9 A; 2JZP A; 4ACF A; 3BVZ A; 1L6V A; 3AEB B; 3P4Q B; 1FD6 A; 4RNA A; 1E90 A; 1L7Y A; 4FA6 A; 1NDD A; 5D6J B; 2CU3 A; 3W5U B; 3V3X A; 2KQ4 X; 4ASW C; 4AQ7 A; 1V97 A; 3LJ3 A; 3Q8B A; 2FIF A; 4ARI A; 4LNF A; 4MM3 A; 1XXG A; 1UBQ A; 4H2A A; 3WIM A; 3MHS D; 3V61 A; 2KVR A; 2QHO A; 1IYF A; 2WDR B; 2I38 A; 3AE3 B; 2RPV A; 4KZ0 A; 1V9J A; 1TYG B; 2O2V A; 4HKZ E; 1J7B A; 3B9J A; 3BWU D; 5IA7 A; 1EM7 A; 3RUL A; 2WP9 B; 1ZP0 B; 2REX A; 1WYW B; 3WAM A; 1V5O A; 3MHZ A; 5FR3 A; 1WWT A; 4GXB A; 2LVP A; 3VUW A; 1B1Z A; 2J4X A; 2BKF A; 3IAS 1; 3BK2 A; 3JSV A; 2QIL A; 3QA8 A; 2GBR A; 4GSW A; 4DBG A; 5CHW A; 3VVW B; 4IWO A; 1HA5 A; 2KFJ A; 1WRD B; 3Q8F A; 4II3 B; 2FCM A; 3ONS A; 4G50 A; 4M00 A; 2JYE A; 2ZJD A; 3Q6B A; 2ZZP B; 4NAW B; 1FRD A; 1HXY D; 3TCA A; 3GE8 C; 1TJE A; 1GC7 A; 1WGG A; 1WGH A; 2IGD A; 4NAM A; 2AX5 A; 3UQB A; 2V3P A; 1EWC A; 2JY6 A; 1Y8R C; 2JZZ A; 4GLS C; 3W1S C; 2LGD A; 3M62 B; 2PE6 B; 4MT5 A; 5G5H A; 3PLV A; 1QOG A; 2DYO A; 4K81 A; 2VH2 A; 3U2S C; 1WM3 A; 3PVL A; 2XK5 B; 3Q8A A; 1NEK B; 4YTP B; 5EE3 A; 3VQI A; 2KMC A; 2PE9 A; 5HKH A; 1WRI A; 1N60 A; 2G45 B; 2WYQ A; 3ZGZ A; 1XEE A; 4KSK C; 1IGC A; 4DDG D; 4LJP B; 3PPA A; 3M63 B; 1I4G A; 4O1N A; 3RNG C; 4J3O D; 3N32 A; 5AUK A; 4OHJ A; 4ZYS A; 1T0Y A; 2KD0 A; 4N59 A; 3Q3M C; 2MEK A; 5DPT A; 4B0M A; 1E0Z A; 3HM6 X; 2BF8 B; 4N9F 4; 2HD5 B; 1WX7 A; 1ESF A; 1WSP A; 2KX3 A; 2PEA A; 3L08 A; 3A4S C; 2IO1 B; 1C77 A; 2KQ7 A; 3U7D A; 3AE8 B; 3A1Q B; 1ENF A; 2BS2 B; 1JW9 D; 1GB4 A; 1CK1 A; 3C19 A; 2OJR A; 1MFW A; 4AS1 A; 1SIJ A; 1WX9 A; 1QF6 A; 3R2T A; 1ZKH A; 1YD8 U; 1FM0 D; 2SEB D; 5C23 A; 3N30 A; 3OJ4 B; 3T3O A; 4US9 A; 2K8H A; 4RF0 A; 4HDO A; 3PZ7 A; 3MJ5 A; 2MLB A; 4EZL A; 1KH0 A; 4A90 A; 1N62 A; 3UQA A; 3IAM 1; 4IDI A; 1R4M B; 4XDD A; 2DZM A; 3ZQ4 A; 1HTO A; 4ANW A; 4WUR A; 2J0K A; 3V6C B; 4RH6 A; 3B0A A; 3AE7 B; 2LMC A; 1VRA B; 3SR6 A; 2KOX A; 1I7H A; 2CS4 A; 2ASQ A; 3DBL B; 4GN1 A; 4HCP B; 1RFA A; 3P4P B; 2L8J A; 1X1M A; 2ICI A; 1T0R C; 3P63 A; 1L0X B; 3W9C B; 4M8M A; 4NNJ B; 1VDV A; 4NZL B; 2G4D B; 3APC A; 3VRA B; 2KC2 A; 4MSM B; 4KGR A; 2D11 A; 1K53 A; 3ZLZ A; 1L5P A; 1MI0 A; 4HK2 A; 2QSD A; 2M4N A; 3A9J B; 4XX5 A; 3P1M A; 1ET6 A; 3EC8 A; 5D2M B; 1RFK A; 3K9P B; 4B95 A; 1TS4 A; 4WJN A; 2G9H D; 2L76 A; 3NOB A; 1FPY A; 2HJ1 A; 3AEE B; 3UIP B; 4BFR A; 1IUE A; 3P4R B; 2INN E; 2FCN A; 2PPH A; 1J8C A; 3NUH B; 3NZ3 A; 2DAJ A; 2W54 A; 5L95 C; 2RSU A; 2QEJ C; 1SF0 A; 2RR9 A; 1WYG A; 1GOZ A; 1JWS D; 2VRR B; 2B3A A; 1PYW D; 4CYE A; 1AYF A; 3GZN I; 4A3O A; 4MEL A; 2LRW A; 3ML8 A; 4YSY B; 4NQK E; 2XN9 C; 4ZRK A; 1MG8 A; 1SJE D; 2EMS A; 4IG7 B; 3RN9 C; 5MPO A; 3AXC A; 3NS1 A; 2WXI A; 2LJI A; 1E6E B; 4ZRJ A; 2KK8 A; 2Y5P A; 3VDZ A; 3UI3 A; 3ZJT A; 2NCN A; 4KGS A; 2FNJ B; 4NAW A; 4FN2 A; 3Q69 A; 1QKZ A; 1SE3 A; 3VH3 B; 2KJ6 A; 4A8X C; 3AEA B; 1KLU D; 2INP E; 3DBR B; 4ZHP A; 1AN8 A; 2KTR B; 4JL9 A; 3BYT B; 4A20 A; 2M56 B; 2BB6 A; 2XBB C; 3H8H A; 1FNV A; 2KX0 A; 2XK5 A; 2ZPN A; 3TJP A; 3X0W A; 2NBW B; 5C2T B; 3DVN V; 2BB5 A; 3SU8 X; 1QOB A; 4B0E A; 2KJR A; 3NJT A; 4EOY A; 1ZOY B; 5AZF A; 2KLC A; 1RRB A; 2JVC A; 4XWW A; 4LNO A; 4PT5 A; 2DX5 B; 5DPS A; 2LHE A; 2AQ1 B; 2K25 A; 3GS2 A; 2AYO B; 1RYJ A; 3PLU A; 4ZRI A; 3K9O B; 3PHW B; 4L2Y A; 2KDF B; 1V80 A; 4NQL B; 4IWQ A; 2J42 A; 3NRZ A; 1TS3 A; 3ECI A; 4C80 A; 2PTL A; 1I42 A; 3A1Q A; 4WWM A; 1K8R B; 2DHZ A; 5G5G A; 3NY5 A; 4I6L B; 5FKA C; 1I4Q A; 3H6N A; 4W9I A; 1UGM A; 2WXQ A; 2I2Y A; 4M02 A; 2K9X A; 2KFK B; 1WY8 A; 2Y3A A; 2N1V A; 2PLP A; 3ZYY X; 2LUM A; 1R7S A; 4RGM A; 2XEW A; 3AEF B; 4KZC A; 4EZK A; 1R4N I; 2ZEQ A; 3TBL D; 2UYZ B; 3ZTD A; 4DHJ B; 2EKE C; 1F77 A; 4HPL B; 1Q1O A; 1KTK A; 2PIA A; 1BXT A; 2CU1 A; 1XCT L; 2RPQ A; 2WWZ A; 4UDU C; 2WXN A; 1I4X A; 4C00 A; 2PW9 A; 4HPM B; 2WDT B; 3QCA A; 4C7Z A; 1EU3 A; 4MJS A; 1N5X A; 1DYQ A; 4S17 A; 3I5J C; 4IM3 A; 3HM3 A; 4IOI E; 4BOS C; 3E56 A; 4R3D A; 4FUL A; 1FFU A; 2DLB A; 1C1Y B; 3KQ4 A; 2IO2 B; 1V81 A; 2MJD A; 2WXG A; 1WJU A; 1SE2 A; 4MSQ B; 5IKC M; 3PV1 A; 1OGW A; 2M19 A; 3S2A A; 4JLC A; 3R7R A; 3NZU A; 2IY1 B; 2MBQ A; 1KF6 B; 4PS7 A; 5LNK 1; 3NVV A; 2LXA A; 1XCQ L; 3C0R B; 4S0R A; 1PGX A; 4W9H A; 3RNF C; 1FCL A; 4Q2J A; 2WDQ B; 4BZA A; 2O6V D; 2D3A A; 3W1Y A; 4KDI C; 1LO5 D; 2I1J A; 1MG4 A; 3VTV A; 3DHI C; 3DVG Y; 2MSE D; 2KAC A; 2XNA C; 2WU5 B; 2FCS A; 3TIX A; 2V3N A; 1SE4 A; 1F2R C; 3VUX A; 4G0N B; 4JGH B; 4WAA A; 1AW7 A; 4ANX A; 3VR8 B; 4BKS D; 1EWY C; 1WE6 A; 2IGG A; 1OEY A; 3RUI B; 4FJV B; 1FCC C; 5J17 A; 2ON8 A; 3RT3 B; 4BBN C; 2LGI A; 1L2N A; 1HTQ A; 4KV2 A; 1QLB B; 2PVG C; 4BKG A; 1F9J A; 3B08 A; 4HDQ A; 1RAX A; 3CSF A; 1RM6 C; 3KYC D; 5BMI A; 1STE A; 3NVY A; 3MJW A; 2KAN A; 1C4C A; 1SJH D; 2IJ0 A; 1FXA A; 1WM2 A; 4TQ1 A; 2RMM A; 1FMA D; 1L0Y B; 2MBB B; 4HEA 1; 2KTR A; 5GXG B; 5BYS A; 2JPH A; 5HFY A; 1GUA B; 3H7S A; 3TEW A; 3R8B A; 1NI2 A; 5BO4 B; 3X23 A; 3V05 A; 4IKG A; 2W3R A; 3TL5 A; 3PRP B; 5E6P A; 1NBF C; 1TKE A; 2WGS A; 1OQY A; 1CJE A; 1E7P B; 2GMI C; 2IBI B; 2BKR B; 3AI5 A; 3KVF B; 3AEG B; 3IBE A; 3V6E B; 1E7U A; 4K1R B; 1J7A A; 4GDK B; 1VD2 A; 3TUO A; 5EE9 A; 2IYD B; 4YSX B; 2AQ3 B; 2PMV A; 1K51 A; 2M0A A; 3BY4 B; 2RDB C; 5IAA C; 5G55 A; 2LEK A; 4JIO U; 1D3Z A; 2IGH A; 1GG3 A; 4HRO A; 4GOC A; 1WXS A; 3SEB A; 4E74 A; 3DOW A; 2D3C A; 1D5Z C; 2MH7 A; 4IM0 A; 1EU4 A; 3SDL C; 4DWF A; 4OVV A; 2HE7 A; 1SSN A; 2WXM A; 1YX5 B; 1CZP A; 1CMX B; 1LFD A; 4GDL B; 2GOW A; 1KFY B; 4MH8 A; 1C78 A; 2HTM E; 2L1A A; 3GZN B; 4RM8 A; 4HPP A; 5D94 A; 2JUO A; 2KFK A; 2N9L A; 2KN4 A; 5EE1 A; 1PDX A; 3PZ8 A; 1KOT A; 2LAS A; 4WAF A; 1WGK A; 2QIE B; 2KWV B; 1F1H A; 4N58 A; 3DBS A; 4JPS A; 3DPD A; 4JWS C; 2NBV B; 4LDT B; 2L05 A; 2KWC A; 2R61 A; 1SGH A; 1DOI A; 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2DYM A; 1V1O A; 2KMM A; 2JRI B; 1WJ6 A; 4C56 C; 1ACC A; 3FKY A; 1J19 A; 3GE3 C; 1P9D U; 2G1E A; 1T6B X; 1MVK A; 4K3B A; 2H89 B; 4AP4 C; 1KLG D; 4TQ0 A; 1S1Q B; 4AOF A; 2YVC A; 2D2Q A; 4FBJ B; 1KM7 A; 3Q8C A; 1SXT A; 5JZE B; 1IP9 A; 2RGF A; 1QZE A; 5AZH A; 3B2F A; 1P7E A; 3LB8 C; 3AM9 A; 2OED A; 3M95 A; 3QAR A; 3WA0 A; 4CQN A; 4YXD B; 4AJY B; 1JRP A; 3AB5 A; 3O13 A; 3EUB 2; 4XE0 A; 3QX1 A; 1E5W A; 3ENE A; 3RNA C; 1PQS A; 1FEH A; 4KVG B; 4GDK A; 4A55 A; 5EE0 A; 3VR9 B; 2JU6 X; 3AE9 B; 3ALB A; 2BYE A; 2HDE A; 2LJ5 A; 3PGE A; 5IOI A; 4PK1 A; 3BK1 A; 3R3M A; 3VTW A; 4E3C A; 3ZJV A; 1P0R A; 1NYQ A; 3QWZ B; 4IW0 A; 2JSV X; 1E10 A; 3W5V B; 2NTS A; 1Z2M A; 1UF0 A; 2WDV B; 3N20 C; 4WIP A; 4GDL A; 3MTN B; 3RNB C; 2MQJ A; 4IWP A; 1L4Z B; 5CTR C; 5D3D A; 2NS5 A; 2FBW B; 4XC2 A; 2DZI A; 3EEC A; 1S3S G; 3SFD B; 1RWS A; 2L0F A; 3AED B; 1NI3 A; 2ZNV B; 2K6D B; 2V4L A; 1WJN A; 1DOX A; 2BBC A; 4RFB A; 4LNN A; 2BVC A; 2L32 A; 2JWU A; 1TKY A; 1UWM A; 4L1B A; 2AL3 A; 5DCN A; 4LTU A; 2BW2 A; 2MJE A; 4W9F A; 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