The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.
Total Genus |
16
|
sequence length |
56
|
structure length |
56
|
Chain Sequence |
MQYKLILNGKTLKGVLTIEAVDAATAEKVFKQYANDLGVDGEWTYDDATKTFTVTE
|
The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.
After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.
| publication title |
Dimer Formation of a Stabilized Gbeta1 Variant: A Structural and Energetic Analysis
pubmed doi rcsb |
| molecule tags |
Protein binding
|
| source organism |
Streptococcus sp. 'group g'
|
| molecule keywords |
Immunoglobulin G-binding protein G
|
| total genus |
16
|
| structure length |
56
|
| sequence length |
56
|
| ec nomenclature | |
| pdb deposition date | 2008-12-12 |
| chain | Pfam Accession Code | Pfam Family Identifier | Pfam Description |
|---|---|---|---|
| B | PF01378 | IgG_binding_B | B domain |
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
| Class | Architecture | Topology | Homology | Domain |
|---|---|---|---|---|---|
| Alpha Beta | Roll | Ubiquitin-like (UB roll) | Ubiquitin-like (UB roll) |
#chains in the Genus database with same CATH superfamily 1Q10 A; 1IBX B; 5BMI A; 2ONQ A; 4KGT A; 1MHX A; 1PGX A; 1MVK A; 1YNT E; 1HZ6 A; 4WH4 A; 3MP9 A; 2ON8 A; 3UI3 A; 2QSD A; 2LUM A; 5HI1 A; 2JZP A; 1HEZ E; 4KGR A; 5BMG A; 1QKZ A; 1GB4 A; 2RPV A; 2JU6 X; 2I2Y A; 2N9L A; 5BMH A; 1IGC A; 1GB1 A; 1F2R I; 1HZ5 A; 4HJG E; 1XCQ L; 1EM7 A; 1P7F A; 2ZW0 A; 1MI0 A; 1UWX A; 2KWD A; 2KAC A; 1IBX A; 5HG2 A; 5HHD G; 4OZA A; 2EEL A; 1YMH E; 2IGD A; 4KGS A; 2N9K A; 1PGB A; 1K51 A; 2J52 A; 2GB1 A; 4HKZ E; 3FIL B; 1ZXH A; 2JXT A; 1K53 A; 3FIL A; 1K50 A; 3V3X A; 1XCT L; 4IOI E; 2PLP A; 2RMM A; 4GLS C; 3GB1 A; 1KH0 A; 2OED A; 1MPE A; 1K52 A; 2KDM A; 2ZW1 A; 4D2K A; 2QMT A; 2IGG A; 1FD6 A; 2PW9 A; 1JML A; 2JSV X; 2J53 A; 1D4B A; 1F2R C; 4OZB A; 2NMQ A; 2LGI A; 2JWU A; 2LHD A; 2GI9 A; 2IGH A; 1MHH E; 2K0P A; 1FCC C; 2LHE A; 4MAC A; 2KN4 A; 1PGA A; 2I38 A; 1P7E A; 2PTL A; 5HFY A; 5JXV A; 1FCL A; 2KQ4 X; 1XF5 L; 4IKG A; 4OZC A; 1IGD A; 2N7J A; 1C9F A; #chains in the Genus database with same CATH topology 4HPL B; 1PQS A; 1WM2 A; 5CHW A; 3VFK A; 1RRB A; 4KGT A; 4YTM B; 4URK A; 2ACZ B; 2OHF A; 1FMA D; 3MP9 A; 1WR1 A; 3TSS A; 4A55 A; 1HEZ E; 3NZU A; 1HA5 A; 2DZJ A; 4XWW A; 1ZXI A; 4BOS C; 5E6P A; 1WR6 E; 4HRS A; 2MA9 B; 2AEH A; 4LJO B; 5C1Z A; 1KOT A; 3A9K A; 3AE5 B; 3NVZ A; 2BB5 A; 2H89 B; 4MJS B; 5HG2 A; 3U4E G; 2JX5 A; 2SEB D; 4OW0 A; 2KQ7 A; 1KFY B; 2MJE A; 1R4N B; 3P4P B; 1JWU D; 1VR9 A; 4XYC A; 3KUD B; 4GIV A; 3PTF C; 3N1X C; 2O2V A; 3MC8 A; 3RT3 B; 1EF1 A; 2D11 A; 2MP2 A; 3IG3 A; 3TL5 A; 2GBN A; 1FEH A; 4C7Y A; 3HVZ A; 4CO7 A; 2O6V A; 2MH7 A; 3PHW B; 4B95 A; 2L05 A; 2KDF B; 4WJN A; 4MSM B; 1EU4 A; 2IY1 B; 4KZC A; 4C80 A; 1WJU A; 3VH3 B; 1V1P B; 4PS7 A; 2W54 A; 3P1M A; 4YSZ B; 3L17 A; 2KOX A; 4ZRK A; 3AED B; 5H92 C; 2C5L C; 4ZHP A; 4XDC A; 1V9J A; 4YT0 B; 2C60 A; 3R2I A; 4M02 A; 4RF0 A; 1XO3 A; 1STE A; 2D3C A; 3KWV A; 4L23 A; 4IM3 A; 1MFW A; 2LAS A; 2C9W B; 1E7U A; 4BBN C; 1I4Q A; 2LMC A; 1TJE A; 5BMI A; 2N9E B; 3ZO5 B; 2QIE B; 2RR9 A; 3M63 B; 2HJ8 A; 2JYT A; 2BS2 B; 1YNT E; 4WH4 A; 1JW9 D; 3Q3J A; 2C7H A; 4KSK C; 5IAA C; 1IYF A; 3ONS A; 5BYR A; 1TS4 A; 1V81 A; 4YWG G; 5D6J B; 3Q3F A; 4FLH A; 3ZJT A; 5MPO A; 1R7S A; 3MTN B; 5I4D A; 1ACC A; 2FCQ A; 4W9E A; 2TSS A; 3QA8 A; 4KGS A; 3V6E B; 1HXY D; 1EF5 A; 3VH4 B; 4HKZ E; 1C79 A; 3AE8 B; 4DWF A; 2JWZ A; 4LNF A; 1QOF A; 1OGW A; 3DWG C; 2L1A A; 1CJE A; 3QX1 A; 3LYY A; 1WGY A; 1ET9 A; 4IC7 B; 3X0W A; 4G0N B; 1MPE A; 3ZW3 A; 5E6O A; 3GP7 A; 3JSV A; 1G6J A; 3RI7 C; 1SJE D; 5G55 A; 2QMT A; 4WUR A; 2HD5 B; 4MGK E; 1OEY J; 1YOV B; 3W9C B; 2PW9 A; 4LTU A; 3KYD D; 1Z2M A; 1N61 A; 2LJ5 A; 2BW2 A; 1E8W A; 3Q2A C; 3V61 A; 1UBI A; 2EMT A; 5CHF A; 2LHD A; 2WXO A; 3AM9 A; 4K81 A; 2VZK B; 2Q5W D; 3M3J A; 4K3B A; 3IXS A; 4L2Y A; 1RFK A; 3U7D A; 2DNF A; 1FNU A; 2NS5 A; 2UU7 A; 3TMP B; 1WWT A; 3BY4 B; 4J6I A; 3Q3O C; 5KHO A; 1A5R A; 3DDC B; 4ZDV A; 3Q8B A; 5DPT A; 3RN9 C; 3CMM B; 4DBG A; 1IBX B; 5AZG A; 4TQ0 A; 2ONQ A; 4WQM A; 2JYE A; 4IDI A; 2DWQ A; 3UIO B; 3AV8 A; 2WNM A; 3TEZ A; 3GZN I; 2Y5C A; 4W9J A; 3SD5 A; 4GGQ A; 2ZW0 A; 2WYQ A; 4B6W A; 3KVF B; 3I63 C; 1GG3 A; 3R8B A; 2NBU A; 1K8R B; 1D5Z C; 4WJP A; 4HJK A; 4MEL A; 4DHZ E; 3DPD A; 4KVG B; 4M0W B; 1F0Z A; 1TKY A; 1OQY A; 4TSS A; 4HKQ A; 3L0W B; 1SE3 A; 1K50 A; 2NCN A; 2RDB C; 1U4A A; 5G2N A; 1VZ6 A; 3NOB A; 4ZRQ A; 2ZNV C; 3TEW A; 3VHT C; 1TBE A; 2MCN B; 1LFD A; 2KN5 A; 2WGS A; 2ZPY A; 4S0R A; 3KQ4 A; 5EE3 A; 4W9I A; 2M4N A; 5G5G A; 2V0G A; 2FCS A; 4H2A A; 3ZLZ A; 1WJ6 A; 4EEW A; 2XN9 C; 3MC0 B; 1ROE A; 3Q6B A; 3QCA A; 4M8M A; 2BVC A; 4LDT B; 2IO3 B; 3ZTD A; 4ANV A; 2KX0 A; 3URY A; 4P6V F; 2M1M A; 3RUL A; 2IO1 B; 4ARC A; 4I6L B; 1J7C A; 5JXV A; 2ASQ A; 2WXI A; 2NPT B; 4OVZ A; 4BZA A; 3BK2 A; 1ZKH A; 1WF9 A; 2MQJ A; 3AE2 B; 5HKH A; 1DOY A; 2KTR A; 4KGR A; 1TS3 A; 2V4I B; 1PFD A; 4PYU A; 1FO4 A; 4YTP B; 1S3S G; 2IBI B; 2RD0 A; 3B2F A; 1L0Y B; 5IP4 D; 4HEA 1; 3QQ8 B; 3H9D A; 1V1O A; 3MHZ A; 1IP9 A; 2D10 A; 3O65 B; 1X1M A; 1F9J A; 1NEN B; 5HHD G; 2IO0 B; 1EO6 A; 3ZDT A; 2AX5 A; 1N5X A; 2OOB B; 3IT6 B; 1F1H A; 1L0X B; 4DXF A; 2KLG A; 1ZPS A; 3PRP B; 4TKN A; 1SEB D; 1OQQ A; 2D2Q A; 1WJ4 A; 2D5G A; 2JZZ A; 1OQR A; 2KDI A; 3C19 A; 4JQW C; 4P16 A; 2JRI B; 2FNJ B; 4RM9 A; 1VZ8 A; 2HTH A; 4YTN B; 3P42 A; 5DPR A; 4HVB A; 5D94 A; 2L52 A; 1FFU A; 4A8X C; 2KMM A; 1UNS A; 3L08 A; 1TZ1 A; 1E90 A; 1JML A; 1TYG B; 2J53 A; 4P1C C; 1WIA A; 3R2T A; 3OJ3 A; 3T3N A; 2J42 A; 4B0M A; 1NYR A; 1QOA A; 2NTT A; 2FBW B; 1C76 A; 4GSW A; 3JYU A; 2AQ3 B; 2NR2 A; 2KWU B; 3S2A A; 3WAN A; 4DQO C; 3OWE B; 1YQB A; 2KN4 A; 3BK1 A; 4KSL C; 2K9X A; 3EFC A; 2VH2 A; 1VJK A; 5D3D A; 1QT9 A; 5JHA A; 1FFV A; 2PMV A; 4ZYN A; 3TIX A; 1CZP A; 3SHQ A; 5IA7 A; 2J4X A; 2N7E A; 1LGR A; 1WX9 A; 3A4S C; 3Q8F A; 2JUO A; 2KJH B; 2BGF A; 5D3I B; 2DAJ A; 1FXA A; 1WZ3 A; 2G4D B; 1V97 A; 3FKY A; 2WQY B; 1LXD A; 1XEE A; 3AE1 B; 4ZYS A; 3ZRC A; 2MJ3 A; 3QAR A; 3APC A; 4C56 C; 4AJW A; 3JW0 X; 4WWM A; 4F8C B; 3DVG Y; 1SIJ A; 3RNC C; 3NUH B; 3K9P B; 4MH0 E; 4KDL B; 1N6Z A; 4HWI B; 4LNO A; 2DHZ A; 3Q3M C; 2GB1 A; 1UGM A; 4UDU C; 3LJ3 A; 3JVZ X; 1K53 A; 1YX5 B; 3W1S C; 4E74 A; 2K3U A; 1JRU A; 4GDL A; 3SEB A; 2LGS A; 4ANX A; 2PE6 B; 3MFG A; 1FIQ A; 4TV3 A; 1JWA D; 4K7U A; 1K52 A; 4W9K A; 3PO0 A; 3U52 E; 1UH6 A; 2LVP A; 1M4V A; 1FD6 A; 1TY0 A; 2ZVN A; 1D4B A; 3H7P B; 3L54 A; 2G1E A; 4ZRI A; 3ZTC A; 3ZXR A; 1UGJ A; 1XLQ A; 2C7M B; 3AUL A; 3RZW C; 3RMK C; 2LI5 A; 3ZJV A; 2NVU I; 5G5H A; 3VTW A; 2N0S B; 3PRM B; 2MBO A; 3AH7 A; 3B2G A; 2L8J A; 4YSY B; 4KIK B; 1R4M B; 1I35 A; 4A20 A; 2ZJD A; 2K25 A; 2ZCC A; 5EE0 A; 4TMA B; 2LRU A; 1D5X C; 4IWP A; 3EEC A; 2Y3A A; 1WH3 A; 2R61 A; 3TJP A; 3P2B A; 4HLE A; 2DYO A; 5C3J B; 2KFJ A; 3KWL A; 1AW7 A; 5BMG A; 3IVF A; 4AJY B; 2FUH B; 1WRD B; 5FKA C; 4JLC A; 4K7S A; 4MT5 A; 2N7D A; 3BYT B; 4LJP B; 2ZCB A; 1WMH B; 1KRH A; 1YQ3 B; 3ZJU A; 3EUB 2; 4W9L A; 5BYQ A; 2JT4 B; 3RNA C; 1YJJ A; 4MJS A; 3DBH I; 4NAW B; 3BYY B; 2WDV B; 1C4P A; 1YN5 A; 2J0K A; 2MBH A; 2G9H D; 2JY6 A; 2A4Z A; 2LWP A; 3RD2 A; 3TUO A; 5JH5 C; 1Q0W B; 3OJ4 B; 3ZUN A; 3GS2 A; 1ESF A; 3DBL I; 2RMM A; 3GB1 A; 2QDF A; 1F77 A; 5KHQ A; 2J7Q B; 2JZ3 B; 1L7Y A; 1Q5W B; 2ZW1 A; 2INP E; 3DVN V; 2BKF A; 3ZNI D; 5EDS A; 1L4D B; 2AL6 A; 1J0G A; 4BKS D; 1KLU D; 3IHP C; 4ICU A; 2KJR A; 1C1Y B; 1E7V A; 1WYG A; 1FRD A; 3DVN U; 1ZOY B; 2YVC A; 2Y5B B; 4MM3 A; 1JWM D; 1V1P A; 2RSU A; 1EUV B; 3NJT A; 1NI3 A; 1L6V A; 2PKO A; 4IWO A; 1SE2 A; 2KMA A; 2M17 A; 3L16 A; 2K39 A; 4MAC A; 3LXF A; 3HM6 X; 2I38 A; 3AU4 A; 2QCZ A; 4WIP A; 1HE8 A; 2WX0 A; 5DPW A; 3L10 B; 4USA A; 3EHV A; 2ZZP B; 4TUU A; 5J17 A; 1YJI A; 1C9F A; 4EZK A; 2B3A A; 4EZJ A; 1TT5 B; 3B0A A; 4CYE A; 2AWT A; 2LXA A; 2WWZ A; 1OFF A; 4BFR A; 3M62 B; 2LFI A; 2K6Q A; 3ZGZ A; 2YEP F; 1R4N I; 3RNB C; 4NAM A; 3P4Q B; 1AN8 A; 1EM7 A; 2I1K A; 1TY2 A; 2RPQ A; 5T8I A; 1MI0 A; 2C7N B; 4OZA A; 2V4L A; 1YMH E; 4NPN A; 3H6N A; 2N9K A; 4YSX B; 3WAP A; 2W55 A; 2MBB B; 1XLO A; 1E5W A; 3Q8C A; 1JRO A; 4II3 B; 3W2D A; 2IND C; 3HUI A; 2DLB A; 1I4R A; 2V9H A; 4IOI E; 5E6N A; 2A5U A; 2K8C A; 3N3K B; 3VRA B; 2EKE C; 4N58 A; 2ZEQ A; 2LVO A; 3UF8 A; 2M56 B; 1A70 A; 1KJT A; 1E0Z A; 4AQ7 A; 3H7S A; 1I42 A; 2CJO A; 4IM0 A; 4JIO U; 5TR5 A; 3NZS A; 5AZH A; 2IYD B; 4RGN A; 1TTN A; 1NYQ A; 3M95 A; 2ICI A; 4K7W A; 1SSN A; 2JF5 A; 4PS3 A; 5GXG B; 5DPS A; 1J7B A; 4JWS C; 3KH0 A; 1FCC C; 1QIL A; 4RF1 A; 1XQQ A; 2KJ6 A; 3A1Q B; 2L7R A; 3QWZ B; 3AN1 A; 1B1Z A; 3DCG A; 3PZ8 A; 4JX1 C; 4A9A A; 1XF5 L; 1YQ4 B; 4IKG A; 4IM2 A; 1SE4 A; 1L5P A; 4GDK A; 4LCD E; 3VR9 B; 1DOI A; 3SDL C; 2G3Q B; 2O6V D; 4DHZ B; 5BO4 B; 3U8Z A; 2KC1 A; 3UQB A; 3WCQ A; 3AU5 A; 4YL8 A; 4A3O A; 1WGG A; 1SF0 A; 1RLF A; 3RNE C; 1V86 A; 1T0Y A; 3RFZ B; 4OVV A; 4MGY E; 2KWD A; 1RM6 C; 1YIW A; 2KAC A; 4PS8 A; 2JPH A; 1SGH A; 2M19 A; 1XD3 B; 3V05 A; 1I4H A; 2KDB A; 1JQ4 A; 3CST A; 3ZXV A; 3EFU A; 1K51 A; 2WS3 B; 2N9X A; 2KMC A; 2CU3 A; 3FIL B; 1E6E B; 4G11 A; 3U2S C; 3PT2 B; 5IOI A; 4FA6 A; 3T8M A; 3TCA A; 3SFD B; 2RDH A; 4RFB A; 5LXH A; 4REZ A; 3IAM 1; 1GC6 A; 5D7G A; 2CKH B; 2GBR A; 4OHJ A; 3ECI A; 2BYT A; 1UEL A; 2JSV X; 2L0T A; 1F2R C; 3HRD D; 3ZRF A; 2WU2 B; 3T9L A; 3R66 C; 3APF A; 1SXT A; 2MWS B; 3RZF A; 2VRR B; 1JWB D; 4E71 A; 2K8H A; 2M0A A; 3GE8 C; 2LVQ A; 4AOF A; 4A90 A; 3BVZ A; 4YXD B; 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2Z0D B; 3SR6 A; 2XEW A; 3NY5 A; 3ALB A; 1KTK A; 2ZVO A; 3NHE B; 3DWM A; 2EEL A; 2DZM A; 4ANW A; 2ZPN A; 3NS8 A; 2IGD A; 1T5X D; 3KLS X; 4GOC A; 2N1W A; 2W82 A; 1Y56 A; 2EMS A; 2IO2 B; 2PEA A; 2G4S A; 4KDI C; 3PHX B; 2PLP A; 3W1S A; 1C4A A; 3C0R B; 1ZE3 D; 1WSP A; 1E8X A; 3T3O A; 1KLG D; 3ZDM C; 4GMV A; 4WWP A; 3H8H A; 2IGG A; 2DBY A; 3AEA B; 3O13 A; 2Y5P A; 3W5U B; 1D5M C; 2GOW A; 3H7P A; 4WQO B; 1QLB B; 2BWF A; 2WP9 B; 1ET6 A; 3A9J B; 2QIL A; 1VLB A; 4EZL A; 2REX A; 3V60 A; 1VDV A; 4CQN A; 2R2O A; 3PZ7 A; 2CHW A; 1PUT A; 3TEX A; 2NBW B; 2LHE A; 4HCP B; 4IW0 A; 3RNG C; 4BOZ B; 5EE1 A; 5LXI B; 2SAK A; 4KIK A; 2M8S A; 3PRZ A; 4EFO A; 1TS5 A; 2OJW A; 4WWN A; 3OAW A; 1FNW A; 2V3P A; 4BBN F; 1PGX A; 1SE9 A; 2AQ2 B; 3VXW A; 1VZ7 A; 4ZHO A; 4F1S A; 1GB4 A; 3DBR B; 3LB8 C; 1WX8 A; 3N1Z C; 2LZ6 A; 4GXB A; 5BYS A; 2WDR B; 4JWU C; 3ENE A; 2GBJ A; 4KZ0 A; 2XK5 B; 3R7Q A; 1KLV A; 4MH8 A; 3NZ3 A; 1WMH A; 2KKC A; 2IJ0 A; 4EKU A; 3ZIM A; 1V80 A; 1TKG A; 4LNN A; 3IBE A; 1P3Q U; 1ZW7 A; 2LGY A; 4NAW A; 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