The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.
Total Genus |
16
|
sequence length |
56
|
structure length |
56
|
Chain Sequence |
MQYKLILNGKTLKGVLTIEAVDAATAEKVFKQYANDLGVDGEWTYDDATKTFTVTE
|
The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.
After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.
| publication title |
Dimer Formation of a Stabilized Gbeta1 Variant: A Structural and Energetic Analysis
pubmed doi rcsb |
| molecule keywords |
Immunoglobulin G-binding protein G
|
| molecule tags |
Protein binding
|
| source organism |
Streptococcus sp. 'group g'
|
| total genus |
16
|
| structure length |
56
|
| sequence length |
56
|
| ec nomenclature | |
| pdb deposition date | 2008-12-12 |
| chain | Pfam Accession Code | Pfam Family Identifier | Pfam Description |
|---|---|---|---|
| B | PF01378 | IgG_binding_B | B domain |
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
| Class | Architecture | Topology | Homology | Domain |
|---|---|---|---|---|---|
| Alpha Beta | Roll | Ubiquitin-like (UB roll) | Ubiquitin-like (UB roll) |
#chains in the Genus database with same CATH superfamily 1UWX A; 4MAC A; 1MHX A; 2J52 A; 2N9K A; 1PGX A; 1ZXH A; 2PTL A; 2N7J A; 1MHH E; 2QSD A; 2KN4 A; 4GLS C; 2KDM A; 2NMQ A; 1FD6 A; 1K52 A; 1QKZ A; 1YMH E; 4OZB A; 2ON8 A; 1HEZ E; 4D2K A; 2KAC A; 1P7F A; 1K51 A; 1FCC C; 1GB4 A; 2ZW1 A; 1Q10 A; 1MVK A; 2JU6 X; 2ONQ A; 1FCL A; 2KWD A; 3FIL B; 2JWU A; 1C9F A; 2K0P A; 1XCQ L; 4OZC A; 4KGT A; 5HHD G; 2JZP A; 3V3X A; 4IKG A; 2RMM A; 3UI3 A; 2N9L A; 1XCT L; 2GB1 A; 1K50 A; 1F2R I; 1PGA A; 5BMH A; 2GI9 A; 1IGD A; 4IOI E; 2LHE A; 5JXV A; 2LGI A; 3MP9 A; 1XF5 L; 1F2R C; 4KGR A; 1IBX A; 2QMT A; 4KGS A; 2LHD A; 5HFY A; 4OZA A; 5BMG A; 2IGG A; 5HG2 A; 1MI0 A; 3GB1 A; 2KQ4 X; 2J53 A; 2LUM A; 4HKZ E; 1K53 A; 4WH4 A; 1IGC A; 2JSV X; 5BMI A; 2JXT A; 2PW9 A; 5HI1 A; 1EM7 A; 1HZ5 A; 1MPE A; 2I2Y A; 2ZW0 A; 1GB1 A; 2I38 A; 2EEL A; 2IGH A; 2RPV A; 1JML A; 2IGD A; 1YNT E; 1IBX B; 2PLP A; 1PGB A; 1KH0 A; 1P7E A; 3FIL A; 4HJG E; 1HZ6 A; 1D4B A; 2OED A; #chains in the Genus database with same CATH topology 4GN1 A; 2G1E A; 3KWL A; 4MSM B; 1DOI A; 3M3J A; 1KLV A; 1C78 A; 4G11 A; 1WWT A; 2UWQ A; 2Y5B B; 2NMQ A; 4XX5 A; 1Y8R C; 2ON8 A; 1UUP A; 4MGK E; 3NZ3 A; 2WLB A; 4W9D A; 2N9P C; 3VVW B; 1C4P A; 1F77 A; 3Q8B A; 2V9H A; 3AI5 A; 3DBH B; 3GE8 C; 2LAS A; 3DWG C; 2WXN A; 2DZJ A; 1AN8 A; 1WM3 A; 1KRH A; 4A6Q A; 3IG3 A; 5HHD G; 4FJZ A; 4OVV A; 1NBF C; 2KC1 A; 3ZIM A; 1XCT L; 2E6X A; 1IGD A; 4IOI E; 3VTU A; 1WYW B; 2WWZ A; 2EMS A; 3ECI A; 1L2N A; 1WXS A; 3IXS A; 4ZOH C; 3O13 A; 4A8X C; 1UH6 A; 3BY4 B; 4OZA A; 2CHX A; 5BMG A; 1QLB B; 4TMA B; 1QIL A; 1TBE A; 4A20 A; 4LK0 M; 5H8Y E; 3L08 A; 1VD2 A; 5IOI A; 2OJR A; 2NPT B; 1E10 A; 4KIK A; 1I4H A; 1YJ1 A; 1TKG A; 1UGJ A; 2Y5C A; 4W9J A; 1N62 A; 1R4M B; 5BMI A; 1FFU A; 5LXH A; 4ARC A; 1TGZ B; 2OOB B; 3ABV B; 3VAW A; 2LRU A; 4JX1 C; 3TEW A; 2C7H A; 3E9S A; 3CIR B; 4N59 A; 3WCQ A; 4DWF A; 2KMM A; 2G4D B; 2HTH A; 3PVL A; 2PVO D; 3GOE A; 2MWS B; 4HRS A; 2ZCC A; 2IO1 B; 3KLS X; 4HJG E; 3ZXV A; 2YVC A; 4XC2 A; 3OWE B; 2Z0E B; 2OED A; 2KHW B; 1UWX A; 1KFY B; 4F1S A; 3NVW A; 3UQA A; 1FNV A; 2K8H A; 2NTS A; 4CYE A; 2QSD A; 1L4Z B; 2BQQ A; 3RNF C; 3APD A; 1B1Z A; 3W5V B; 4ZYN A; 2KNB A; 1TT5 B; 2NBV B; 4II3 B; 2WDT B; 5BYS A; 1WJ6 A; 3W1S C; 1TS2 A; 1YN5 A; 1P7F A; 1XXG A; 3HUI A; 2N1W A; 1HE8 A; 4MGZ E; 3B08 A; 2SAK A; 2RR9 A; 2GBM A; 4AS1 A; 3IAM 1; 5TR5 A; 2XEW A; 3RNG C; 4YWG G; 3DQV A; 3W1S A; 2M0A A; 1FXT B; 3PSE B; 4MDK E; 5AUK A; 4IKG A; 1ESF A; 1L7Y A; 2PMV A; 3BII D; 1L6V A; 3NOB A; 4LNF A; 3P4R B; 2D3C A; 2MA9 B; 3AEF B; 2V1Y A; 3VDZ A; 3FKY A; 1WJU A; 2LHD A; 3DHG C; 3W9C B; 4B0E A; 2CR5 A; 3BWU D; 3N3K B; 4KX6 B; 4KZ0 A; 2Q5W D; 2J53 A; 4W9H A; 1T6B X; 4EUT A; 4MEM A; 1OQY A; 2K6Q A; 2WX1 A; 3R66 C; 3AE9 B; 2AL6 A; 1K8R B; 4JIO U; 4WWM A; 2X8X X; 3P4P B; 3JVZ X; 2L76 A; 2IO0 B; 2DAF A; 2ZVN A; 1I4P A; 3DOW A; 3M95 A; 2WXG A; 2JY6 A; 3NHE B; 1WGH A; 3HVZ A; 2AL3 A; 1ENF A; 2MX2 A; 2J7Q B; 4G50 A; 3QWZ B; 1ZXH A; 4B0M A; 1V5T A; 2KFK A; 2DNF A; 3PLU A; 2KJ6 A; 2R2Q A; 4GLS C; 3PHX B; 4RFB A; 4KSL C; 4K81 A; 3MJ5 A; 2BKF A; 2KWV B; 3AE1 B; 3QCA A; 3TUO A; 1LO5 D; 4HJK A; 2AX5 A; 1NYQ A; 4REZ A; 3PT2 B; 4ZRJ A; 2ZW1 A; 2KLC A; 1J7B A; 5BYR A; 1DYQ A; 3I63 C; 5AUI A; 4C80 A; 3ZJT A; 4M8M A; 4M0W A; 2KWU B; 1L0Y B; 1YX6 B; 3ZDT A; 2M0X A; 3KYC D; 3H6N A; 3MJW A; 4E71 A; 1WE6 A; 1UEL A; 1FXI A; 3Q3O C; 4W9G A; 1JRU A; 4RGO S; 3NVV A; 3VR9 B; 1Z5S B; 1T0Q C; 1UNS A; 3H8H A; 1VZ6 A; 1MG8 A; 4W9E A; 1V1O A; 1SE3 A; 5HFY A; 3L16 A; 5C3J B; 5G55 A; 4QAY A; 1R4N I; 2BB6 A; 4ACF A; 4M00 A; 2LUM A; 1V49 A; 2O6V A; 4NQK E; 5IO9 A; 4OW0 A; 3NS1 A; 3AMZ A; 2LJ5 A; 2A4Z A; 2WNM A; 3BK1 A; 4E74 A; 4MJS B; 3VTW A; 1YQB A; 1JWU D; 1HZ5 A; 3GS2 A; 3ZGZ A; 3OLM D; 2V3P A; 5KHO A; 4W9K A; 3ZXR A; 1U4A A; 4ZYS A; 1KM7 A; 4GDK A; 3CF6 E; 2BS4 B; 3IAS 1; 2ZPN A; 4X57 B; 1RLF A; 3PZD A; 3SHQ A; 4ZDV A; 4ANX A; 4BZA A; 3ALB A; 3VRB B; 3BZD B; 2REX A; 2ZPY A; 4RCO A; 2IDY A; 3IT4 B; 3N1Z C; 1CMX B; 1ZUD 2; 3KH0 A; 2KLG A; 2J52 A; 4JWS C; 1TZO A; 3DCG A; 4DBG A; 1TJE A; 3AE6 B; 2MSE D; 3ZJV A; 2AQ3 B; 3V62 A; 3KYD D; 2O2V B; 3C8Y A; 3IHP C; 2BT6 A; 1Q10 A; 2XNA C; 2XK5 B; 4ITK A; 2MH7 A; 2MEK A; 2K0P A; 4II2 B; 2DYO A; 4IW0 A; 4LNI A; 1EF5 A; 2LXC A; 4BBN F; 3Q69 A; 2IBI B; 2V3S A; 4K7U A; 2QIL A; 1LXD A; 1SEB D; 5MPO A; 5BMH A; 4AP4 C; 1H4R A; 4BKS D; 4K3C A; 4GSW A; 3Q3M C; 2AQ1 B; 3U30 A; 2ICI A; 3WAN A; 2ZCB A; 1I4R A; 1L0X B; 3T8M A; 4DXG A; 4LDT D; 2LXA A; 4J6I A; 1EUV B; 4FHJ A; 3GZN B; 1J19 A; 1V80 A; 2L8J A; 5D3D A; 4MEL A; 5CX3 A; 1J8C A; 2K39 A; 3PHW B; 3AE5 B; 1WH3 A; 3JSV B; 2MBH A; 1UZX B; 2MRP A; 1V86 A; 3EA6 A; 5H92 C; 4FN2 A; 2CU1 A; 1UF0 A; 3H7S A; 1LQB A; 2JXX A; 5KHQ A; 1WXM A; 2G4S A; 4M8N A; 1WJ4 A; 1ZP0 B; 3HK0 A; 4XWT A; 2JZZ A; 4NJ6 A; 4WWN A; 1GOZ A; 1WMH B; 1K51 A; 1FCC C; 2NBW B; 3N1Y C; 3SU8 X; 3CSF A; 4YSY B; 1HXY D; 2M8S A; 3WAP A; 2FCQ A; 2MJD A; 2GBK A; 4G3X B; 4WWO A; 3KWV A; 3RUL A; 4KVG B; 1XCQ L; 5D3I B; 3T3O A; 1SSN A; 3NVY A; 3WA0 A; 2HDE A; 2JZP A; 3D32 A; 1P3Q U; 3AUL A; 2A5U A; 4LNN A; 3UI3 A; 3NUH B; 3PO0 A; 1WSP A; 2RSU A; 4A3O A; 2DZI A; 1KTK A; 1V9J A; 3RZF A; 3TJP A; 4KGR A; 3ZYY X; 3B9J A; 2GMI C; 3U4E G; 3HRD D; 3PPA A; 4F7Z A; 3BVM A; 2J0J A; 3N9Y C; 1WZ0 A; 3QIJ A; 4GOC A; 1YN4 A; 2M1M A; 3HM3 A; 2D5G A; 2KTF A; 4IM0 A; 3EUB 2; 1A5R A; 1IGC A; 2KD0 A; 3MHZ A; 3E56 A; 2JF5 A; 1C77 A; 1KLG D; 2EMT A; 5HI1 A; 2DZK A; 3EFC A; 1NEN B; 2GLS A; 2I2Y A; 2KX3 A; 3AH7 A; 2MJ3 A; 2D07 B; 4EFO A; 2Y3A A; 1YNT E; 2KDF B; 1JWB D; 4ARI A; 2D3B A; 1FD6 A; 3MC0 B; 1M4V A; 3I57 A; 3ZRC A; 2R2O A; 5L83 A; 1WRD B; 2KOX A; 3N30 A; 1WXQ A; 2PTL A; 2KFJ A; 4K7S A; 1MG4 A; 4WJN A; 1J7C A; 2JZ3 B; 3ZNI D; 1XLN A; 4HK2 A; 1ZDV A; 4OHJ A; 2DLB A; 4IM2 A; 1WXA A; 4NY0 A; 4RGM A; 3Q2A C; 4B95 A; 3OAW A; 1GB4 A; 1ET9 A; 2C5L C; 1NYR A; 3TSS A; 2MHJ A; 1MVK A; 3RT3 B; 2JPH A; 2C7N B; 2GOW A; 1Z2M A; 3H9D A; 2WXO A; 1OFF A; 2KO3 A; 3OJ4 B; 2C60 A; 3BYT B; 1QOB A; 3KUC B; 4MM3 B; 3B0A A; 2KT7 A; 2BGF A; 2CJO A; 3R3M A; 1T0R C; 2GB1 A; 1PGA A; 2MBO A; 3VXW A; 2GI9 A; 1E8Y A; 3WAO A; 3PTF C; 1KJT A; 3AU4 A; 2LI5 A; 4TKN A; 3AV8 A; 5HG2 A; 2KC2 A; 4C7Z A; 1FRD A; 1L4D B; 1OTR B; 1VRA B; 4BBN C; 1VLB A; 1OQR A; 1TKE A; 2MCN B; 3P2B A; 1JRO A; 1M94 A; 2KVR A; 1PUT A; 2PW9 A; 1DOX A; 3ZNH B; 4PS7 A; 2LGY A; 3ZQ4 A; 4AQ7 A; 2LGD A; 2INP E; 1JML A; 2PLP A; 1KH0 A; 4W9C A; 4FUL A; 1FM0 D; 3L10 B; 1KLU D; 2Z0D B; 2QHO A; 3V6E B; 1IYF A; 1DOY A; 2KX0 A; 1FXA A; 2N9X A; 1V1P B; 2N7J A; 3BIN A; 2RDH A; 2MJE A; 5CTR C; 1K52 A; 1YMH E; 5IP4 D; 1NVI D; 3Q3J A; 3A9J B; 1WYG A; 1JW9 D; 3TEZ A; 2MLB A; 4AJW A; 2KAC A; 4HCN B; 5DCN A; 2PVG C; 3Q14 C; 4DK5 A; 3ML8 A; 3NRZ A; 4HDQ A; 1FNW A; 3QA8 A; 4WJQ A; 2ZNV B; 4CQN A; 3AXC A; 4CO7 A; 3VUW A; 4M02 A; 4MJS A; 4ZRI A; 2M56 B; 1AWD A; 1WFY A; 3TEX A; 1F9J A; 1YQ3 B; 3APC A; 2BB5 A; 3UGB B; 1YN3 A; 4A90 A; 5LXI B; 4TUU A; 1F2R C; 1RWS A; 1YOV B; 5D94 A; 5J17 A; 4WIP A; 3PLV A; 2WU2 B; 3K9O B; 2L0F A; 4P6V F; 4H2A A; 3JYU A; 2WXF A; 2KDI A; 4LJP B; 1FFV A; 2KAN A; 4EZL A; 4HKZ E; 2VH2 A; 3NG0 A; 3P63 A; 4NQL B; 4YTP B; 2HTM E; 3ML9 A; 4LLG M; 3RNA C; 4FA6 A; 2K9X A; 1XLO A; 5G5G A; 2WXP A; 4USA A; 2R61 A; 1MPE A; 2L52 A; 2W82 A; 3VR8 B; 1OEY A; 2NS5 A; 2O2V A; 3PRE A; 3ZJU A; 2XN9 C; 2KYW A; 2XK5 A; 2D11 A; 2Z8L A; 1P7E A; 4FJY A; 4XGA B; 3JW0 X; 1F52 A; 4JL9 A; 5JH5 C; 4NNJ B; 3DHH C; 4P1C C; 1WR6 E; 3R8B A; 2KZR A; 4BOS C; 1WY8 A; 1MHH E; 2KTR B; 4ZRQ A; 2JRI B; 2OHF A; 3ZTC A; 4OZB A; 5IAA C; 5JZE B; 2J42 A; 4HRO A; 2QEJ C; 4PYZ A; 1GUA B; 5C23 A; 2PE6 B; 3PRZ A; 1P0R A; 1I4G A; 3PS6 A; 4P1B C; 3NJT A; 4WAA A; 1SJH D; 3Q6B A; 1I42 A; 3CMM B; 1PYW D; 3U52 E; 4C7Y A; 1N5W A; 2I1K A; 3A33 B; 3O65 B; 1TYG B; 1X1M A; 2HJ8 A; 4ANV A; 4F8C B; 2QDF A; 2K8C A; 5EE9 A; 3SR6 A; 2K22 A; 4ZHP A; 2WHI A; 1AAR A; 3DBH I; 1WGY A; 1XF5 L; 2GBJ A; 4ZRP A; 2GBR A; 3P42 A; 2KWC A; 4HWI B; 3DBL B; 5L95 C; 4K3B A; 5D6J B; 3JSV A; 4P16 A; 4YL8 A; 3TCA A; 2QC8 A; 4G0N B; 5JHA A; 2FUH B; 2BPS A; 2L7R A; 1TS5 A; 2KDB A; 1SXT A; 1PQS A; 2XBB C; 5HKH A; 5JHB A; 3B2F A; 4BAX A; 2AQ2 B; 1ZOY B; 5GMV A; 5IKC M; 2JRH A; 3IFW B; 2KMA A; 2UYZ B; 1B9R A; 2NVU I; 2LWP A; 1EM7 A; 4KDI C; 4C4V B; 2K6D B; 4B6W A; 1WMH A; 4R3D A; 1XLQ A; 2I38 A; 2D10 A; 3J9C A; 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3CWI A; 3KUD B; 1T3Q A; 4MM3 A; 5DPS A; 4LTU A; 3EGR A; 4IDI A; 3PZ7 A; 2PEA A; 1ZW7 A; 1WGG A; 2WGS A; 3TEY A; 2JYT A; 2N1V A; 1UWM A; 2UU7 A; 4D2K A; 3DDC B; 3AE4 B; 4PYU A; 2BWF A; 1P9D U; 2JU6 X; 1C4A A; 3AED B; 1J0G A; 2MBQ A; 1QT9 A; 3FIL B; 2LJI A; 2JWU A; 1C9F A; 1EU3 A; 2D2Q A; 2IO3 B; 4KGT A; 2G9H D; 2ZJD A; 4FJV B; 2RMM A; 4JPS A; 2VH1 A; 1QOA A; 4YTM B; 3MTN B; 1NDD A; 3ZVV A; 2ZVO A; 4PK1 A; 5AZF A; 1N5X A; 3HIZ A; 1GC7 A; 3UIN B; 1LFD A; 1P98 A; 4AUQ C; 1P1A A; 2V3N A; 3RUI B; 4US9 A; 3EC8 A; 2J0M A; 5AZG A; 4M01 A; 1V5O A; 4EEW A; 1JAL A; 1E8Z A; 3U8Z A; 2BBC A; 2M19 A; 2YLM A; 4DHZ B; 1RRB A; 1V1P A; 3TMP B; 4N9F 4; 2N4F A; 2GRI A; 2FIF A; 2MW5 A; 4Q2J A; 3T3N A; 2JSV X; 3WIM A; 4HLE A; 2WDR B; 1RYJ A; 2KAJ A; 3M62 B; 3A9J A; 2ZNV C; 3RNE C; 3V6C B; 5FR6 A; 1C76 A; 1T5X D; 2FAZ A; 4OVZ A; 2IGD A; 4K7W A; 4RM9 A; 4US8 A; 1YD8 U; 4NJ7 A; 3ZUN A; 1YX5 B; 3ZNG C; 1FMA D; 2K8B A; 1E5W A; 1MHX A; 3KQ4 A; 4FLH A; 4LDT B; 2AYO B; 3MHS D; 4JLC A; 3P4S B; 1D5Z C; 1CK1 A; 2KDM A; 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