The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.
Total Genus |
86
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sequence length |
423
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structure length |
423
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Chain Sequence |
TVPDRDNDGIPDSLEVEGYTVDVKNKRTFLSPWISNIHEKKGLTKYKSSPEKWSTASDPYSDFEKVTGRIDKNVSPEARHPLVAAYPIVHVDMENIILSKNEDQSTQNTDSQTRTISKNTSTSRTHTSEVHGNAEVHASFFDIGGSVSAGFSNSNSSTVAIDHSLSLAGERTWAETMGLNTADTARLNANIRYVNTGTAPIYNVLPTTSLVLGKNQTLATIKAKENQLSQILAPNNYYPSKNLAPIALNAQDDFSSTPITMNYNQFLELEKTKQLRLDTDQVYGNIATYNFENGRVRVDTGSNWSEVLPQIQETTARIIFNGKDLNLVERRIAAVNPSDPLETTKPDMTLKEALKIAFGFNEPNGNLQYQGKDITEFDFNFDQQTSQNIKNQLAELNATNIYTVLDKIKLNAKMNILIRDKRF
|
The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.
After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.
| publication title |
Atomic structure of anthrax protective antigen pore elucidates toxin translocation.
pubmed doi rcsb |
| molecule keywords |
Protective antigen PA-63
|
| molecule tags |
Toxin, transport protein
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| source organism |
Bacillus anthracis
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| total genus |
86
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| structure length |
423
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| sequence length |
423
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| ec nomenclature | |
| pdb deposition date | 2014-12-25 |
| chain | Pfam Accession Code | Pfam Family Identifier | Pfam Description |
|---|---|---|---|
| A | PF03495 | Binary_toxB | Clostridial binary toxin B/anthrax toxin PA Ca-binding domain |
| A | PF17475 | Binary_toxB_2 | Clostridial binary toxin B/anthrax toxin PA domain 2 |
| A | PF17476 | Binary_toxB_3 | Clostridial binary toxin B/anthrax toxin PA domain 3 |
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
| Class | Architecture | Topology | Homology | Domain |
|---|---|---|---|---|---|
| Alpha Beta | Roll | Ubiquitin-like (UB roll) | Ubiquitin-like (UB roll) |
#chains in the Genus database with same CATH superfamily 3TEW A; 3HVD A; 2J42 A; 4NAM A; 3Q8E A; 3TEZ A; 5FR3 A; 1ACC A; 3Q8F A; 3TEX A; 3J9C A; 4EE2 A; 1TZO A; 3MHZ A; 4H2A A; 3Q8B A; 3Q8A A; 3Q8C A; 3TEY A; 1T6B X; 3KWV A; #chains in the Genus database with same CATH topology 2G4S A; 3PRE A; 1P7E A; 3B08 A; 2QSD A; 3NRZ A; 4YTP B; 4WWN A; 1AWD A; 4HVB A; 3ZJV A; 1E7P B; 3GZN I; 3X23 A; 1WMH A; 2BYE A; 1L6V A; 2C5L C; 2M1M A; 5D6J B; 1RFA A; 1DOI A; 2JPH A; 2RPQ A; 1F2R I; 4URK A; 4J3O D; 2FUH B; 3DBH I; 1HTQ A; 4AJY B; 3A33 B; 3BK2 A; 2MBB B; 2WU2 B; 2BVC A; 2INC C; 1E8Z A; 1FFU A; 2DNF A; 1I35 A; 2W55 A; 3DWM A; 2Z0D B; 4BOS C; 3HVD A; 4MAC A; 1ISN A; 4KZC A; 2FCS A; 2K6D B; 1AW7 A; 1FXI A; 4WAF A; 5IO9 A; 1V1O A; 2J4X A; 2N9P C; 4ANX A; 2O6V A; 3L0W B; 3V62 A; 2C7N B; 4TQ1 A; 1WJ4 A; 4ARC A; 1DGJ A; 2LWP A; 3DWG C; 1WGY A; 4BBN F; 3SD5 A; 3MFG A; 1XQQ A; 1IBX B; 2BS3 B; 4M00 A; 2GBJ A; 4MGY E; 4NJ7 A; 1JWB D; 1WR6 E; 2KLG A; 2GMI C; 2JRH A; 2WXQ A; 3O65 B; 4LNI A; 1WSP A; 1TBE A; 5HG2 A; 1R4N B; 2HJ1 A; 3Q69 A; 2KD0 A; 4OZA A; 2BWE S; 1C78 A; 3D32 A; 3QC8 B; 2DAF A; 4K7U A; 3Q3N C; 1LO5 D; 2IY1 B; 3ZNG C; 2NCN A; 2IYD B; 3WCQ A; 3PZ8 A; 4ZRI A; 1JWU D; 4JL9 A; 4K7S A; 4MEL A; 4XDD A; 3RI7 C; 1LM8 B; 2KK8 A; 5G55 A; 2EKE C; 3Q3O C; 3Q8F A; 4AS1 A; 3PPA A; 1EF5 A; 4GU2 A; 4HKZ E; 2KX0 A; 3UF8 A; 2WXI A; 3RFZ B; 2YEP F; 3OJ4 B; 4IM0 A; 4EZJ A; 2B3A A; 2L52 A; 1CZP A; 4KGS A; 5BYQ A; 3KUZ A; 4HPM B; 2MLB A; 2CR5 A; 4WUR A; 1K52 A; 2LI5 A; 3UQA A; 4WH4 A; 4OVU A; 4W9C A; 4RGO S; 1HZ5 A; 2MX2 A; 1N5X A; 1V86 A; 2XN9 C; 3P63 A; 2V0G A; 1ACC A; 3PRZ A; 2FE8 A; 1C79 A; 4NJC A; 1IUE A; 1QOF A; 2ZVN A; 4TMA B; 4EFO A; 3JSV B; 3OG5 A; 3P4S B; 4NNJ B; 2BGF A; 3APF A; 5AUK A; 2PEA A; 3AU5 A; 1H8C A; 3DBL I; 3R7Q A; 1V80 A; 2PLP A; 2WXL A; 3AEE B; 5GMV A; 1Q1O A; 1UBI A; 2G45 B; 2N9L A; 1UWX A; 2KFK A; 3N20 C; 3PRM B; 1OTR B; 2O2V B; 3WA0 A; 4JIO U; 1B1Z A; 4BZA A; 4ZDV A; 2LGX A; 3ONS A; 2BB5 A; 4W9K A; 5IN7 A; 3C8Y A; 2LEK A; 4F1S A; 5BMH A; 1EM7 A; 4OHJ A; 1E8X A; 4PYZ A; 2KMM A; 2JUO A; 3DOW A; 1L6U A; 4I6P A; 3K9P B; 2ON8 A; 3ETR A; 2DYM A; 5L95 C; 4TV3 A; 4W9E A; 4KIK A; 3SR6 A; 5AZG A; 3VH4 B; 2DLB A; 3QAR A; 3A9J A; 3VAW A; 2BQQ A; 3PV1 A; 1C9F A; 4GN1 A; 2V3S A; 1SBB B; 2BKR B; 2QC8 A; 3IVF A; 1JRP A; 4G3X B; 2H88 B; 5J18 A; 2Z8L A; 3PGE A; 2RGF A; 2BYV E; 1NI3 A; 2WLB A; 1BML C; 2DYO A; 2WGS A; 3L10 B; 2JVC A; 2K5P A; 1Q10 A; 1YNT E; 2KMC A; 4HDO A; 3UI3 A; 3NVZ A; 3NUH B; 1KFY B; 4M0W A; 5GXG B; 3KUD B; 1IP9 A; 2N4F A; 3C0R B; 4NAM A; 3U7Z A; 4ARI A; 4K81 A; 2PJH A; 1GC6 A; 1N61 A; 3R66 C; 3QCA A; 3MC0 B; 1STE A; 2LXC A; 4Q2J A; 2OJW A; 1V2Y A; 4NY0 A; 2N1W A; 1UH6 A; 3KUC B; 4WJP A; 2Y5B B; 3RUL A; 3HK0 A; 1V6E A; 3OWE B; 4F7Z A; 2FIF A; 3TEW A; 3W9C B; 2V1Y A; 2D11 A; 1WGR A; 1TS3 A; 1TY0 A; 2WXF A; 2JRI B; 3QHT A; 3RT3 B; 1JQ4 A; 2CHZ A; 1E6E B; 1XXG A; 1TZ1 A; 2K8C A; 2V3N A; 2EEL A; 2Y5P A; 2WP9 B; 4C7Z A; 3L08 A; 3VUW A; 3AE8 B; 3TEY A; 3U2S C; 3UQB A; 3H6N A; 2Z59 B; 1TKE A; 1VZ6 A; 4KKI A; 1YX5 B; 4E71 A; 1QT9 A; 2PTL A; 2LRW A; 1WXM A; 5D2M B; 2J0M A; 3WAL A; 1N6Z A; 3WAO A; 1DYQ A; 4A90 A; 2AQ1 B; 2Y5C A; 2QDF A; 1WJN A; 2AX5 A; 4RM9 A; 3ZUN A; 1P98 A; 3Q8A A; 2LRU A; 1GPX A; 4PK1 A; 2BWF A; 2KTR B; 5BYS A; 2CS4 A; 1MPE A; 1XLQ A; 1JML A; 4GIV A; 5JHB A; 3W1S A; 2G3Q B; 3RZW C; 1C4A A; 3AU4 A; 2KLC A; 3IBE A; 5H8Y E; 2L3Z A; 3DBR I; 1FNU A; 1E5W A; 1YQ4 B; 2E6X A; 4RH6 A; 2NBW B; 1EWY C; 2JY6 A; 1WXS A; 2L05 A; 3GB1 A; 3SFD B; 4HK2 A; 1WM2 A; 2D5G A; 2DEN B; 1PGB A; 2WYQ A; 2XK5 B; 3KYC D; 1GNU A; 4HXD A; 1YMH E; 2WXP A; 2MH7 A; 1N63 A; 1QOA A; 3JYU A; 1P9D U; 5KHQ A; 4FA6 A; 3ZIM A; 1ZW7 A; 3PS6 A; 1RAX A; 1QKZ A; 2IGG A; 1Y56 A; 1Q5W B; 3T9L A; 1BXT A; 2DYB A; 4BKS D; 1XO3 A; 4FXC A; 5C1Z A; 3NVY A; 4HPP A; 2V3P A; 4G11 A; 4EZK A; 2GI9 A; 5H92 C; 3M63 B; 3EFU A; 1TS5 A; 3W5U B; 3IT6 B; 1JCK B; 2J0K A; 1E7V A; 4L23 A; 3NS1 A; 3AM9 A; 2LXA A; 1ZOY B; 1LXD A; 3RMK C; 3H1U A; 1VLB A; 4L1B A; 3TBL D; 1DOX A; 1FFV A; 3RNB C; 3SDL C; 1NEK B; 1YIW A; 2DHZ A; 3LXF A; 1F0Z A; 3HUI A; 1EUV B; 3CWI A; 5C23 A; 3Q3M C; 1DOY A; 1IGC A; 1WMH B; 2VH1 A; 4G0N B; 2NS5 A; 2YVC A; 2L00 B; 4JWS C; 4A6Q A; 2KAJ A; 2INN E; 2KT7 A; 4N9F 4; 1T3Q A; 4GLS C; 4IM3 A; 4AQ7 A; 3AEG B; 4IW0 A; 2WXN A; 3Q8E A; 1XLO A; 1Z5S B; 2KXJ A; 3ZJU A; 4CO7 A; 2INP E; 3H7P A; 4FLH A; 2JXT A; 1C77 A; 1XF5 L; 3PT2 B; 2SEB D; 3B1L X; 3FIL A; 1WYW B; 2M8S A; 3BWU D; 4MJS B; 4XWW A; 1ZE3 D; 1E9M A; 2Q5W D; 2WXH A; 4PT5 A; 3VHT C; 5BMI A; 1FO4 A; 2KWC A; 4DXA B; 3ZO5 B; 1KTK A; 5DPS A; 4DK5 A; 3BYT B; 4C7Y A; 4YXD B; 1ZUD 2; 2RPV A; 3DHH C; 2IO1 B; 5BO4 B; 1KRH A; 2FUG 1; 2CKH B; 1VD2 A; 3TJP A; 1FCC C; 2YLM A; 3RNA C; 3RZF A; 4HRS A; 5CHF A; 4KKJ A; 2KHW B; 3EEC A; 3N9Y C; 4XYC A; 1FD6 A; 3AB5 A; 2K3U A; 4N59 A; 3N1X C; 3AE3 B; 3B2G A; 4ITK A; 3DCG A; 3JW0 X; 2FBW B; 1R4M B; 2J0J A; 1L4D B; 2XK5 A; 3V6E B; 2V4L A; 2FAZ A; 3PLV A; 3X0W A; 2LZ6 A; 1PFD A; 4O1N A; 1FRD A; 4WWO A; 3BII D; 3OJ3 A; 1JWA D; 1S3S G; 1YN3 A; 4QAY A; 3VQI A; 2CU3 A; 2K39 A; 4ZRQ A; 2JZ3 B; 4B0M A; 1P0R A; 2JQR B; 2LGD A; 4LTU A; 2RR9 A; 3QJZ A; 1C3T A; 2D07 B; 2ZEQ A; 2TSS A; 3B9J A; 1F77 A; 3ZXR A; 5IA7 A; 3AEB B; 1YQ3 B; 5E6N A; 1OEY A; 2KAC A; 1RM6 C; 2MJE A; 2ZPY A; 3HRD D; 4LDT D; 1FNW A; 4RF0 A; 2ZNV B; 2HE7 A; 5MPO A; 4IWP A; 3VR9 B; 4MM3 A; 2GLS A; 2V9H A; 4FHK A; 3DBH B; 5FKA C; 3AE6 B; 4FJV B; 2KDF B; 3MP9 A; 4GDL A; 1T0Y A; 4DDI D; 2EMS A; 2KFK B; 1VJK A; 2LUM A; 1IGD A; 2KYW A; 1ET6 A; 5EE0 A; 2QIE B; 2IO0 B; 3U8Z A; 4A55 A; 2C9W B; 1A5R A; 5DPT A; 2VH2 A; 3IFW B; 4GOC A; 2GBK A; 3CST A; 1WRD B; 4ASW C; 2MP2 B; 1GG3 A; 1YN4 A; 3NG0 A; 4MJS A; 4DHJ D; 4KIK B; 3URY A; 2PVO D; 1K50 A; 3TSS A; 2M0X A; 4HRO A; 2JU6 X; 3A9J B; 1UWM A; 1L0V B; 2KOX A; 2J53 A; 4CYE A; 3KQ4 A; 2DWQ A; 3R2T A; 2LVP A; 3CIR B; 1WM3 A; 1F1H A; 4DDG D; 1V5O A; 2KNB A; 1WX9 A; 3NJT A; 1MG4 A; 4A8X C; 4RFB A; 3PZD A; 4M0W B; 3ZW3 A; 3S2A A; 2D10 A; 3ZTC A; 2DZJ A; 1QF6 A; 1SE3 A; 2N9X A; 3RCZ A; 3SFE B; 4JPS A; 4BFR A; 4H2A A; 1IYF A; 2BS2 B; 2I38 A; 4P1C C; 2MEK A; 2JXX A; 3NY5 A; 2MSE D; 3GE8 C; 4W9H A; 3M95 A; 1NEN B; 1OEY J; 3P4R B; 1SJH D; 2R61 A; 3GS2 A; 5D3I B; 2I1J A; 3VUX A; 2LHE A; 4EEW A; 4ICU A; 4M8M A; 3A4R A; 4TQ0 A; 4LLG M; 3R3M A; 1GB1 A; 3IHP C; 1J8C A; 3LYY A; 3VTU A; 2WNM A; 2NPT B; 4DXG A; 2BBC A; 4EKU A; 4IWQ A; 3AE1 B; 1ZKH A; 3DHI C; 2MBH A; 2MJ3 A; 4KGT A; 3NZS A; 3ZRF A; 1F9J A; 1I4H A; 4WAA A; 5AZF A; 4B9K A; 1CMX B; 5CHW A; 4EZL A; 3NVV A; 3DBL B; 1E0Z A; 1CQV A; 2L76 A; 4MT5 A; 4RMA A; 1SGH A; 4ICV A; 1TKG A; 1UD7 A; 3I9V 1; 1FIQ A; 3CF6 E; 1TS2 A; 4RNA A; 5EE3 A; 4FHJ A; 4E3C A; 3AEC B; 1QOB A; 3VUY A; 4MGK E; 2QIL A; 2LHD A; 1D5X C; 1V1P B; 1TZO A; 4DHZ B; 4RCO A; 3AED B; 1ROE A; 3AE9 B; 2W54 A; 3MJW A; 3NHE B; 2KQS A; 3AN1 A; 2PKO A; 1VR9 A; 4IKG A; 3RUI B; 5HKH A; 4WIP A; 3VTW A; 1FM0 D; 1YJI A; 1LQB A; 1TY2 A; 2L8J A; 5AUI A; 2MP2 A; 1WZ0 A; 1OQQ A; 2VZK B; 4HJK A; 1NI2 A; 3Q6B A; 3RYT A; 1OFF A; 1HQR D; 4XGA B; 3T8M A; 3UIP B; 3AEA B; 2IND C; 3RN9 C; 1N62 A; 3A1Q A; 3AV8 A; 4R3D A; 5DPR A; 2B76 B; 3A9K A; 3L16 A; 4LNN A; 4K3B A; 1C76 A; 1UBQ A; 2JZP A; 1Y8R C; 2D3A A; 1K51 A; 2JX5 A; 2K8H A; 2RDB C; 4IM2 A; 2E3T A; 4EOY A; 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