The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.
Total Genus |
16
|
sequence length |
116
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structure length |
90
|
Chain Sequence |
TTFKLAACVTLACTRVKHCSFNITTDVKDRKQKVNATFYDLYRLISCQTTTTEAVDAATAAKVFKQYANDNGIDGEWTYDDATKTFTVTE
|
The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.
After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.
| publication title |
Structure of HIV-1 gp120 V1/V2 domain with broadly neutralizing antibody PG9.
pubmed doi rcsb |
| molecule keywords |
PG9 heavy chain
|
| molecule tags |
Immune system
|
| source organism |
Homo sapiens
|
| total genus |
16
|
| structure length |
90
|
| sequence length |
116
|
| chains with identical sequence |
G
|
| ec nomenclature | |
| pdb deposition date | 2011-10-04 |
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
| Class | Architecture | Topology | Homology | Domain |
|---|---|---|---|---|---|
| Alpha Beta | Roll | Ubiquitin-like (UB roll) | Ubiquitin-like (UB roll) |
#chains in the Genus database with same CATH superfamily 4YWG G; 4DQO C; 3U2S C; 3U4E G; #chains in the Genus database with same CATH topology 1SSN A; 2WXR A; 4DXG A; 1JWS D; 3ZUN A; 3O65 B; 4MEM A; 5HHD G; 4FN2 A; 4ANW A; 2KZR A; 3UIN B; 3A4R A; 2HE7 A; 4J3O D; 1UF0 A; 3AH7 A; 4II3 B; 2BBC A; 3A4S C; 3BVG A; 3IHP C; 3VUY A; 2PJH A; 1SE3 A; 4W9G A; 5IKC M; 3RCZ A; 1UNS A; 2JZP A; 3VRB B; 4B0E A; 2I2Y A; 2I1J A; 3P2B A; 1SEB D; 5AEK B; 3IT4 B; 1SJH D; 2BKF A; 2JXX A; 2MJ3 A; 2AX5 A; 2DLB A; 1WGY A; 3H1U A; 1OEY A; 4KX6 B; 4NJ7 A; 2DYO A; 3ZXV A; 1XXG A; 1ROE A; 2PE9 A; 2KTR A; 3L13 A; 1E90 A; 3TEX A; 4E3C A; 3AEG B; 4MM3 B; 3H6N A; 4NAW B; 1PQS A; 1ZPS A; 2K8H A; 1L4Z B; 3Q14 C; 5DPR A; 2KMM A; 3CSF A; 3DBH I; 4PS8 A; 3KYC D; 4TSS A; 1S1Q B; 1ZUD 2; 4W9F A; 2LMC A; 2SAK A; 4LJO B; 2E6X A; 3V6E B; 4DDI D; 1RFA A; 4GIV A; 2ZEQ A; 4WJQ A; 1T0Q C; 1JRU A; 4IM3 A; 1KM7 A; 1WRI A; 2KWV B; 1NEN B; 1WFY A; 2RPV A; 1R4M I; 4GXB A; 1SIF A; 2IY1 B; 2ZCB A; 3UQA A; 1LGR A; 5EE0 A; 3AXC A; 3KW5 B; 5MPO A; 3NY5 A; 3DQV A; 4EUT A; 2DZJ A; 3X23 A; 1BML C; 1WZ3 A; 2KVR A; 3MC9 A; 3OWE B; 2K1F A; 4HJG E; 4XDC A; 4HRS A; 2H88 B; 1T3Q A; 2AQ3 B; 2CHZ A; 1SGH A; 4N59 A; 1HEZ E; 1YD8 U; 3FIL B; 4B9K A; 2BVC A; 2N7E A; 2KFJ A; 1YJJ A; 2K6D B; 3R3M A; 3TL5 A; 2RGF A; 4DDG D; 3UI3 A; 2N9X A; 2NS5 A; 3W1S A; 2LWP A; 1H8C A; 2W3R A; 4ITK A; 2QJL A; 2BW2 A; 2CU3 A; 4NNJ B; 3IAS 1; 2BPS A; 2C60 A; 1VJK A; 3ZNZ B; 1TKY A; 4DK5 A; 4PS3 A; 2M19 A; 4C56 C; 5AUI A; 3ZVV A; 4L2Y A; 1KJT A; 4GN1 A; 1FFU A; 2CJO A; 1J8C A; 1TBE A; 3VH3 B; 2Y5B B; 3V05 A; 1TKE A; 2K39 A; 2N9E B; 5J2R A; 3GOE A; 2MJE A; 1NI2 A; 1WGH A; 3ZNG C; 4HEA 1; 1VLB A; 3MFG A; 3JVZ X; 4ZYS A; 2ZPY A; 3A1Q B; 2LUE A; 5CTR C; 4NJC A; 3N1Y C; 1P9D U; 3PSE B; 1WE7 A; 4HKQ A; 1SE4 A; 2LVQ A; 1M4V A; 4EZK A; 3K9O B; 1GC6 A; 3BVM A; 2KWU B; 3KWV A; 4EE2 A; 4RFB A; 5JHA A; 1YN5 A; 1I4H A; 2V4I B; 4HPP A; 2IGG A; 2PVO D; 2WXO A; 3SEB A; 2GBJ A; 4K3B A; 3KQ4 A; 4I6N B; 2O6V B; 2MBO A; 1I4R A; 3AU4 A; 3Q2A C; 3J9C A; 2KWC A; 2N9P C; 1GB4 A; 1I4P A; 3AEF B; 1HTQ A; 2EKI A; 2DWQ A; 2NBW B; 3TJP A; 3KLS X; 2D2Q A; 1UWX A; 5H92 C; 2KWD A; 4WQM A; 3DBR I; 2M0X A; 3AE8 B; 4AOF A; 3W9C B; 4TKN A; 3B9J A; 1ENF A; 1TJE A; 2KAN A; 2J0M A; 1L2N A; 1QOG A; 2K5P A; 2AL3 A; 1C9F A; 4OHJ A; 3WIM A; 2KD0 A; 3V60 A; 1FIQ A; 1QLB B; 3RN9 C; 5LNK 1; 3W5U B; 3LXF A; 1NBF C; 1EM7 A; 4HCP B; 5BMG A; 2C9W B; 2JYT A; 1SF0 A; 2LEK A; 2D07 B; 2KFK B; 2KKC A; 3VR9 B; 4HK2 A; 2DYM A; 4NPN A; 1VR9 A; 3PTF C; 5KHO A; 3SD5 A; 2DBY A; 1XLN A; 3NS8 A; 3AE2 B; 4TUU A; 1V86 A; 1KLV A; 3W1S C; 2J0K A; 2KDF B; 2L05 A; 2DZK A; 4HXD A; 2HJ1 A; 4BKG A; 2K3U A; 2D5G A; 1YQB A; 2LGD A; 1B1Z A; 5C23 A; 1X1M A; 2D3B A; 2JRH A; 5T8I A; 1F2R C; 2EEL A; 3BYT B; 3V3X A; 1BT0 A; 3OAW A; 2KX0 A; 2D11 A; 4PS7 A; 4USA A; 2MH7 A; 3PT2 B; 2KJ6 A; 4F7Z A; 4MJS B; 1FNU A; 4AS1 A; 3ZNH B; 5E6O A; 3L17 A; 1IBX A; 1OQY A; 5GXG B; 2V3S A; 3VFK A; 4BAX A; 4W9K A; 4ZRK A; 3TBL D; 5FKA C; 1WF9 A; 3OLM D; 3PGE A; 4DHJ B; 3KWL A; 4LNI A; 4LJP B; 4TQ1 A; 3RMK C; 1I4G A; 1T0Y A; 5FR6 A; 1R4M B; 3BY4 B; 2D3A A; 4WQO B; 1ZDX A; 3DBS A; 5AZH A; 1BXT A; 4LK0 M; 5JH5 C; 3BK2 A; 4II2 B; 3N20 C; 4FA6 A; 2M1M A; 4RGT A; 4DQO C; 4HLE A; 3H7P A; 1DOX A; 3HVZ A; 1V1O A; 2NTS A; 3UQB A; 4I6L B; 1LQB A; 5E6J A; 4CO7 A; 5EE9 A; 2X8X X; 2ZNV C; 1Y56 A; 2Y3A A; 4MH8 A; 1QT9 A; 2L83 A; 4L23 A; 1FFV A; 1C4A A; 3MC8 A; 2HD5 B; 4RF0 A; 3RNA C; 3L0W B; 4G0N B; 2A4Z A; 3WAM A; 2MBB B; 1GUA B; 3H9D A; 4WJO A; 5D94 A; 3AE6 B; 5C1Z A; 2VH2 A; 4J6I A; 4RGO S; 1RAX A; 3RNE C; 2NTT A; 1UWM A; 3NZ3 A; 1IBX B; 3QAR A; 3V61 A; 4AUQ C; 3M95 A; 2WU5 B; 2LJ5 A; 4WWP A; 3DHH C; 4A90 A; 2DYB A; 3OG5 A; 3L16 A; 2WU2 B; 3KUZ A; 2LZ6 A; 4BBN C; 1WSP A; 1L5P A; 2XBB C; 2BS3 B; 3IBE A; 2FCS A; 2WDV B; 1XLO A; 1D3Z A; 2GLS A; 2AYO B; 1I4Q A; 2GOW A; 5LXH A; 1IYF A; 4KKI A; 3T9L A; 3C0R B; 4MAC A; 4ZRI A; 1GB1 A; 2BGF A; 4KZC A; 5G2N A; 2KDB A; 3NG0 A; 2YVC A; 2KLG A; 3PVL A; 2N4F A; 3HK0 A; 2WLB A; 3HHM A; 4IUM B; 3A33 B; 2JXT A; 5L95 C; 1K50 A; 2LVO A; 2PE6 B; 1TS4 A; 3NRZ A; 4KIK A; 2QCZ A; 4M0W A; 2BWF A; 4GU2 A; 1V97 A; 4GLS C; 3QHT A; 1GAQ B; 1NYR A; 4YWG G; 2QIE B; 4L1B A; 2W82 A; 2L52 A; 4XWW A; 4W9E A; 1UGM A; 1N61 A; 2D10 A; 4DHJ D; 2W54 A; 2PTL A; 3P63 A; 3MJW A; 1P3Q U; 1RYJ A; 1Z2M A; 1E7U A; 2L1A A; 3M63 B; 4KDI C; 3U4E G; 2G3Q B; 5FK9 C; 3FAH A; 1WM2 A; 3AED B; 5EE1 A; 3VR8 B; 4IWO A; 4DXA B; 1C78 A; 2XN9 C; 4GDK B; 4IWQ A; 1GOZ A; 1T5X D; 3HIZ A; 3VTU A; 3WAN A; 1DOI A; 1KRH A; 3DCG A; 2LGI A; 2WXM A; 1UD7 A; 3DVG Y; 4GDL B; 4AWJ A; 1VZ8 A; 4TQ0 A; 2M8S A; 3GZN I; 5D7G A; 2MSE D; 4A8X C; 1XLP A; 4M8M A; 4ANX A; 3P4S B; 4BZA A; 1YMH E; 2GI9 A; 2MEK A; 3IXS A; 4FJZ A; 3W2D A; 3DBR B; 4XDD A; 1HE8 A; 2KLC A; 3Q3O C; 2WYQ A; 1OEY J; 1JWA D; 1PYW D; 4B0M A; 2BS4 B; 2KX3 A; 3VRA B; 4OVU A; 2KXJ A; 2L00 B; 2RR9 A; 1CJE A; 1C4C A; 3WAP A; 4MM3 A; 3PV1 A; 4NAW A; 4BOS C; 5D6J B; 2GBN A; 3Q8F A; 2I38 A; 3DWM A; 1ZXH A; 1EUV B; 2LGY A; 1PGA A; 1WGD A; 2AL6 A; 5J18 A; 2TSS A; 3GE8 C; 2Z8L A; 5G55 A; 2Q5W D; 3ZKJ C; 2KYW A; 3BYY B; 4NJ6 A; 2UYZ B; 1NEK B; 4ZRJ A; 3DHG C; 2VZK B; 3VTW A; 4YSY B; 5IP4 D; 1MHH E; 1IPG A; 1XT9 B; 5J17 A; 4KSL C; 2BTE A; 2WX0 A; 1F52 A; 2IO2 B; 3GB1 A; 3BZD B; 1EWY C; 2CR5 A; 3ZIM A; 2L76 A; 1N5W A; 2BKR B; 3P4R B; 4YSZ B; 2IO0 B; 1JW9 D; 3V6C B; 1XCQ L; 1LO5 D; 3PO0 A; 3FIL A; 1OQR A; 4RH6 A; 4IDI A; 4W9D A; 2XEW A; 3AV8 A; 2WDR B; 4KVG B; 5JZE B; 4ICU A; 1K53 A; 4JGH B; 4MT5 A; 3SDL C; 3AE9 B; 2MLB A; 4FHJ A; 3RZW C; 2MA9 B; 1WH3 A; 1FO4 A; 3EC8 A; 1TYG B; 3SFD B; 1UBQ A; 3R66 C; 2J42 A; 3L08 A; 4PK1 A; 4GMV A; 4EZL A; 2J52 A; 4JL9 A; 1F1H A; 2NVU I; 2QSD A; 2ZJD A; 1LFD A; 3P4P B; 2QMT A; 3B1L X; 1HTO A; 4N9F 4; 2IGD A; 2WNM A; 3VAW A; 3EFU A; 1T0S C; 2JVC A; 3R8B A; 3Q69 A; 3O13 A; 3P42 A; 4ZRQ A; 3AEE B; 1QKZ A; 1QF6 A; 2Z0E B; 1UH6 A; 4NAM A; 4KDL B; 4P16 A; 3RNG C; 3LYY A; 5IO9 A; 5BYR A; 1C76 A; 1V80 A; 3A1Q A; 2KMC A; 3BIN A; 1C79 A; 5LLI A; 4ZDV A; 3RNC C; 3DVN V; 3B2G A; 4W9J A; 3RNF C; 1H4R A; 4DHZ E; 2V1Y A; 1TIF A; 1NI3 A; 2M0A A; 2IO3 B; 1SBB B; 2DHZ A; 3VDZ A; 1TTN A; 1WZ0 A; 2VZK D; 3AE1 B; 2JQR B; 2QHO A; 2IDY A; 3PLU A; 2DX5 B; 4EFO A; 4ANV A; 2Z0D B; 4ASW C; 2CJN A; 4C7Y A; 2BB5 A; 2O6V A; 5DPS A; 3TMP B; 4KKJ A; 3VUX A; 1F9J A; 1ZW7 A; 4URK A; 3Q8C A; 2GBR A; 1YX5 B; 2K8C A; 3RFZ B; 3P4Q B; 1YNT E; 4HDO A; 3ZRF A; 1GNU A; 4ICV A; 4KGT A; 2ONQ A; 3PZ7 A; 1QIL A; 2KJR A; 1JML A; 2MQJ A; 1ZE3 D; 2WDQ B; 3AE7 B; 1FCC C; 1SB3 C; 1ZOY B; 3ZO5 B; 4EEW A; 2IYD B; 3NS1 A; 4NZL B; 2Z59 B; 4N58 A; 2G1E A; 3UIO B; 1PGB A; 1ESF A; 2KQ7 A; 1HZ6 A; 3ZXR A; 1SIJ A; 2WXQ A; 2VH1 A; 1D5M C; 2WP9 B; 3Q3M C; 4XX5 A; 1L7Y A; 2KFK A; 2DZI A; 2MWS B; 2C7N B; 1U4A A; 5GMV A; 3AE3 B; 1NDD A; 1SJE D; 3BK1 A; 2G45 B; 1KOT A; 2MP2 B; 3GZN B; 3U8Z A; 2XNA C; 3ZW3 A; 4N6E B; 3E56 A; 2LAS A; 2JPH A; 5BO4 B; 2KMA A; 3EUB 2; 3U52 E; 1FM0 D; 3D32 A; 2UU7 A; 4EKU A; 4HWI B; 3TEY A; 4K1R B; 4MDK E; 2R2O A; 2JF5 A; 1FNW A; 2WXP A; 3B0A A; 2LRU A; 1AAR A; 2UWQ A; 2WXG A; 1DOY A; 2BS2 B; 1UBI A; 4G50 A; 2XK5 B; 1GG3 A; 1FXA A; 1WY8 A; 5FR3 A; 4MJS A; 5EDS A; 1CZP A; 1L0X B; 1WMH B; 2LFI A; 2CS4 A; 2SEB D; 4K7U A; 3NZU A; 1AN8 A; 3OJ3 A; 1E5W A; 2JSV X; 4A55 A; 1Q0W B; 4M01 A; 3A9K B; 1AW7 A; 1WXQ A; 4XYC A; 4CQN A; 1PFD A; 2PMV A; 4MEL A; 4HCN B; 2C7H A; 2FCQ A; 1XEE A; 2J7Q B; 3ZJU A; 3IAM 1; 4FUL A; 2NMQ A; 1Z5S B; 4PYZ A; 4RMA A; 2WXH A; 1RFK A; 4LNN A; 1JWU D; 1I42 A; 4WWO A; 3U2S C; 1TZO A; 3N9Y C; 1RLF A; 2ZVN A; 2I1K A; 2KAJ A; 3WAO A; 1N60 A; 2OJW A; 3Q6B A; 2PVG C; 5TR5 A; 4IM2 A; 1V5T A; 1TT5 B; 1V49 A; 3APF A; 3PZD A; 4DBG A; 4DXF A; 4TV3 A; 1ZXI A; 4P6V F; 1VD2 A; 2KC1 A; 2AEH A; 1YJI A; 3L4P A; 4WH4 A; 1WYW B; 4FBJ B; 1C1Y B; 2IY0 B; 4OVV A; 2AWT A; 5HFY A; 3DHI C; 1TY2 A; 3DVN U; 1V9J A; 1WGR A; 3ZJV A; 1XD3 B; 1KTK A; 5L83 A; 2R61 A; 2QEJ C; 1D5X C; 1JWM D; 3VTV A; 2M17 A; 4HDQ A; 2X38 A; 3AB5 A; 4FAD A; 3AUL A; 4OZB A; 4XC2 A; 4K81 A; 2O6V D; 4FJY A; 1KF6 B; 2O2V B; 2PKO A; 2G4D B; 4NQL B; 3Q8A A; 1E10 A; 2K22 A; 2J4X A; 1VDV A; 4JIO U; 1D6E C; 5BYQ A; 2L32 A; 1KLU D; 1HA5 A; 4RF1 A; 4WJP A; 4A20 A; 1FRR A; 3Q3J A; 2FID A; 3H7S A; 4P7I A; 3JSV B; 4ZHP A; 4OZA A; 4F1S A; 2KDM A; 4US8 A; 3KUD B; 1UEL A; 3U30 A; 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2N9K A; 1L6U A; 4ARC A; 1JRP A; 3MHS D; 4B6W A; 1ZDV A; 4JWS C; 1AYF A; 1ZP0 B; 3ZJT A; 1R4N I; 1KFY B; 1JQ4 A; 4A6Q A; 5E6N A; 4FHK A; 4IG7 B; 2K8B A; 5AZG A; 2FE8 A; 2NBV B; 1WX8 A; 2NCN A; 4M8N A; 3BWU D; 3I9V 1; 3ML8 A; 4K3C A; 4OW0 A; 1GPX A; 3KYD D; 1F2R I; 1WI0 A; 2ICI A; 2MRP A; 2BYT A; 1XLQ A; 4B95 A; 2K0P A; 2ZCC A; 2ZW1 A; 1J7B A; 1P0R A; 1N6Z A; 2FBW B; 3ZRC A; 2RDB C; 3CWI A; 1SE2 A; 3BVZ A; 3QAQ A; 3QC8 B; 3PLV A; 4HRO A; 2JWU A; 2WXN A; 2JYE A; 5C2T B; 1IUE A; 3AM9 A; 4WWN A; 4MGY E; 4BFR A; 4YTM B; 2OHF A; 4G3X B; 3RI7 C; 5LXI B; 2BYE A; 3KUC B; 2GRI A; 4XWT A; 3T3N A; 3M62 B; 4KZ0 A; 1YIW A; 1WR1 A; 1FD6 A; 1CQV A; 5E6P A; 4E71 A; 1QOF A; 3ABV B; 1FXI A; 2K25 A; 2WXF A; 4ACF A; 2WXJ A; 4A3O A; 2LRW A; 4EZJ A; 5G5H A; 3P1M A; 3KVF B; 1M94 A; 2ON8 A; 2N1W A; 4P1B C; 3GP7 A; 4O1N A; 1UGJ A; 4A9A A; 1PDX A; 5D3I B; 2RDH A; 1WIA A; 2L0T A; 2KAC A; 1FXT B; 1ZGU B; 3W1Y A; 3PHW B; 1N62 A; 5KHQ A; 2KQS A; 1RM6 C; 3A9J B; 1E9M A; 4E74 A; 3R7R A; 3MJ5 A; 1EF1 A; 2MX2 A; 3PRM B; 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