The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.
Total Genus |
16
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sequence length |
116
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structure length |
90
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Chain Sequence |
TTFKLAACVTLACTRVKHCSFNITTDVKDRKQKVNATFYDLYRLISCQTTTTEAVDAATAAKVFKQYANDNGIDGEWTYDDATKTFTVTE
|
The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.
After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.
| publication title |
Structure of HIV-1 gp120 V1/V2 domain with broadly neutralizing antibody PG9.
pubmed doi rcsb |
| molecule keywords |
PG9 heavy chain
|
| molecule tags |
Immune system
|
| source organism |
Homo sapiens
|
| total genus |
16
|
| structure length |
90
|
| sequence length |
116
|
| chains with identical sequence |
G
|
| ec nomenclature | |
| pdb deposition date | 2011-10-04 |
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
| Class | Architecture | Topology | Homology | Domain |
|---|---|---|---|---|---|
| Alpha Beta | Roll | Ubiquitin-like (UB roll) | Ubiquitin-like (UB roll) |
#chains in the Genus database with same CATH superfamily 4DQO C; 3U4E G; 3U2S C; 4YWG G; #chains in the Genus database with same CATH topology 2LHE A; 3HRD D; 3HVZ A; 1MG4 A; 1KLG D; 1VDV A; 3H9D A; 5G55 A; 3QCA A; 2N7E A; 1WSP A; 3W2D A; 4GDK B; 4ZDV A; 3VTU A; 4AWJ A; 1TYG B; 4E3C A; 1WMH A; 3PS6 A; 3R7Q A; 4JPS A; 1XXG A; 4K7S A; 2XK5 B; 2GI9 A; 2QJL A; 5L95 C; 1C4P A; 4FAD A; 1CJE A; 5EE1 A; 2FID A; 1VZ7 A; 4GIV A; 3N3K B; 3P2B A; 5HKH A; 5BMH A; 1BXT A; 1B9R A; 2K8B A; 1P1A A; 1FCC C; 3KYC D; 1XD3 B; 2KMA A; 1J7A A; 3AE6 B; 1WRD B; 2K1F A; 2PMV A; 4LNF A; 1V2Y A; 1TKY A; 1E8W A; 1SBB B; 1E5W A; 3B2G A; 5E6J A; 2LGI A; 2WXG A; 4K7U A; 2JUO A; 1VCB A; 1JRP A; 2L1A A; 4NAM A; 3VDZ A; 3P4Q B; 2AQ3 B; 2HE7 A; 2GBM A; 3W1S A; 2NVU I; 4NQL B; 4A55 A; 4GMV A; 1TGZ B; 1SF0 A; 4BZA A; 1I4Q A; 3PRZ A; 2W55 A; 2L00 B; 3APF A; 4GLS C; 1E9M A; 2KNB A; 4G50 A; 3EFC A; 4LK0 M; 3Q3M C; 5FK9 C; 5IKC M; 1FXA A; 5LLI A; 1XT9 B; 5D94 A; 2BW2 A; 5BYR A; 2ZCC A; 2GBN A; 3RCZ A; 1XLO A; 4LTU A; 2CKH B; 2N9P C; 1WJN A; 2G9H D; 3AH7 A; 4HPL B; 1GOZ A; 3Q3N C; 2KWV B; 5J18 A; 3PZD A; 1HTO A; 4YSX B; 1N5X A; 2ZW1 A; 3KWL A; 3T3O A; 4K7W A; 1XF5 L; 5AZH A; 5TR5 A; 1GG3 A; 3VTV A; 3RNA C; 2DBY A; 2DWQ A; 2INN E; 2GRI A; 1OFF A; 1R4N B; 3W5U B; 1E0Z A; 4P6V F; 4M0W A; 5CX3 A; 5H8Y E; 5IO9 A; 3A1Q A; 2I1J A; 1SE9 A; 4ZYN A; 1S3S G; 4HCN B; 4LCD E; 4HK2 A; 1Y8R C; 2JT4 B; 4IM3 A; 2IO0 B; 1P7F A; 4EFO A; 2PLP A; 4HWI B; 4AJY B; 3VH3 B; 3MJW A; 3JSV B; 1QOA A; 4BAX A; 1FNW A; 1SJE D; 1R4N I; 3DVN V; 2JXT A; 3NZ3 A; 1K53 A; 2KTF A; 2WXI A; 1J7C A; 1T3Q A; 2M19 A; 4HRO A; 4UDU C; 3EUB 2; 3VUX A; 2H88 B; 4ANU A; 4OZA A; 2KAC A; 3ETR A; 4DHJ D; 1WJ4 A; 1HZ6 A; 2A4Z A; 1RAX A; 2KQS A; 2L05 A; 2RMM A; 3H6N A; 3NVZ A; 4ZRQ A; 3BYT B; 5L83 A; 3ML8 A; 3AEC B; 3KUC B; 4GDK A; 3PGE A; 1YD8 U; 2I1K A; 2BS4 B; 1K50 A; 1QOB A; 4II2 B; 4W9E A; 3TSS A; 2XK5 A; 5DPW A; 2D5G A; 3ZJU A; 4ZOH C; 2NBW B; 3DVG X; 4RH6 A; 1WGR A; 2PEA A; 1N60 A; 2KOX A; 5J17 A; 2QEJ C; 3RFZ B; 1V97 A; 3NZS A; 3PLV A; 5JZE B; 5JXV A; 2N7D A; 3AEF B; 1F52 A; 2LZ6 A; 4DHJ B; 1I35 A; 1YN4 A; 3SR6 A; 3A4R A; 2KFK B; 1MI0 A; 4WQO B; 2Z8L A; 1V5T A; 3BVZ A; 2ICI A; 3ZDT A; 3N30 A; 4C7Z A; 1LO5 D; 1HZ5 A; 4ZYS A; 2QIE B; 3NVY A; 4GN1 A; 3W1Y A; 3RZW C; 1C4A A; 3VFK A; 3TEW A; 1V6E A; 3ZW3 A; 1JRU A; 3QX1 A; 1Q5W B; 2WU2 B; 4K3B A; 1L4Z B; 1ZPS A; 3M3J A; 3PV1 A; 2KX0 A; 2RPQ A; 2VZK D; 1WM3 A; 2RD0 A; 5KHO A; 3CSF A; 4LNI A; 1WJ6 A; 2B76 B; 3RT3 B; 2MA9 B; 3K9O B; 2K0P A; 2KTR B; 4OVV A; 3DBH B; 3JVZ X; 1Z2M A; 2KJR A; 4NQK E; 4GB9 A; 3DPD A; 2KN5 A; 3NY5 A; 4XDD A; 2QHO A; 2MBB B; 2O6V D; 3WAP A; 1R7S A; 1RM6 C; 2ONQ A; 3BII D; 4F7Z A; 3GB1 A; 2UWQ A; 4EE2 A; 3Q8F A; 2PVG C; 3DBH I; 2EKE C; 4LNK A; 3MHZ A; 1JWA D; 1WWT A; 2JSV X; 1GC6 A; 1FO4 A; 2LUM A; 1U4A A; 3GZN B; 3DVG Y; 2JYT A; 2MBE A; 3ABV B; 4USA A; 1J8C A; 5BMG A; 2EMT A; 2KQ4 X; 2ZNV C; 2TSS A; 2BF8 B; 2J7Q B; 1FIQ A; 4CO7 A; 3U7Z A; 2JU6 X; 2O6V B; 4C00 A; 3DHI C; 1JWB D; 4OZB A; 2LWP A; 3PPA A; 1TS3 A; 4RCO A; 1C4C A; 2H89 B; 1ET9 A; 4RGT A; 1Z5S B; 1PFD A; 3T8M A; 4IUM B; 2LGD A; 2OHF A; 2WXF A; 3GZN I; 1PUT A; 4KX6 B; 3MP9 A; 3UIP B; 4E74 A; 4M8M A; 3JSV A; 1SE3 A; 4ACF A; 1E8Y A; 3P42 A; 1S1Q B; 2HTM E; 1WYW B; 4HLE A; 2L3Z A; 1SEB D; 3W9C B; 2GBJ A; 4XZ4 A; 1WX7 A; 2Y5P A; 4A3P A; 4X57 B; 1MFW A; 2KJ6 A; 2EKI A; 2MP2 B; 1V8C A; 3R8B A; 1IYF A; 4GOC A; 2OJR A; 1UGJ A; 1UZX B; 2IJ0 A; 2KAN A; 3VQI A; 2KLG A; 4MSQ B; 2IPK D; 5HG2 A; 3DQV A; 2MCN B; 2BT6 A; 1RFK A; 3CF6 E; 3TEX A; 3Q2A C; 4AUQ C; 1TZO A; 1D3Z A; 1MPE A; 1FPY A; 4MH8 A; 2MBQ A; 3P63 A; 1L7Y A; 4JQW C; 4M02 A; 1C78 A; 4W9F A; 2GBR A; 2V3P A; 3C8Y A; 5DPR A; 3IXS A; 3FAH A; 4L2Y A; 4WJQ A; 2DHZ A; 3ZVV A; 2KFK A; 2PVO D; 4YTP B; 2FCM A; 4IOI E; 3U8Z A; 3BK2 A; 3B2F A; 4IM0 A; 2PE9 A; 3WAL A; 2JWZ A; 4DXG A; 1ACC A; 2V1Y A; 3QAR A; 3ML9 A; 3WAM A; 3WA0 A; 3LYY A; 4EEW A; 2PE6 B; 2CJO A; 3UIO B; 3IT4 B; 1FXI A; 2MJE A; 4M00 A; 3QHT A; 4LLG M; 1OGW A; 3VH4 B; 4RMA A; 1ZW7 A; 2AX5 A; 3VXW A; 3WAN A; 5D3I B; 3V60 A; 2KO3 A; 2KTR A; 3WIM A; 1TKE A; 3MHS D; 1VJK A; 5G5H A; 1ZDV A; 4FXC A; 2GMI C; 1MJD A; 3LB8 C; 3NUH B; 3ZTD A; 3DBL B; 4M8N A; 3R2I A; 5HHD G; 1WI0 A; 3ONS A; 5GMV A; 1XCT L; 2WYQ A; 1AN8 A; 2BQQ A; 3DVN U; 1B1Z A; 1HXY D; 4MGZ E; 3M62 B; 3PVL A; 3TCA A; 5G2N A; 2BTE A; 3DBL I; 3DHH C; 5CHW A; 2KX3 A; 1UWX A; 3Q69 A; 2INP E; 3CWI A; 4YWG G; 2G45 B; 3BYY B; 4OHJ A; 2K3U A; 3ZNZ B; 3N1Z C; 5HI1 A; 3RNE C; 2Q5W D; 2IY1 B; 2O6V A; 1P98 A; 3AV8 A; 2J0M A; 5EE0 A; 5T8I A; 2WGS A; 2XNA C; 2KXJ A; 2WXN A; 2K6Q A; 2KWD A; 4JLC A; 3HVD A; 4BKG A; 4OZC A; 3L54 A; 4RF1 A; 4HRS A; 1AWD A; 4IWP A; 3ZXV A; 2K22 A; 4N6E B; 4WJO A; 2N1V A; 2R2Q A; 1WRI A; 4HJG E; 3X23 A; 2FE8 A; 5DPS A; 2MX2 A; 1QQR A; 4B6W A; 2CS4 A; 2NMQ A; 4G3X B; 2D10 A; 1WR1 A; 1NYQ A; 2CHW A; 4A8X C; 2WXP A; 3BK1 A; 3QK0 A; 4IM2 A; 2WXR A; 2IO3 B; 4NJC A; 3ENE A; 2KC1 A; 4WWN A; 3AEB B; 1N6Z A; 1VZ8 A; 1YX6 B; 1YOV B; 2MP2 A; 3KW5 B; 1QLB B; 2ACZ B; 2B3A A; 1V86 A; 2ZPY A; 2J0K A; 1OQY A; 3Q14 C; 1WX9 A; 1I42 A; 2C7N B; 1P9D U; 4MH0 E; 2ON8 A; 2BBC A; 3TJP A; 4OVU A; 1EUV B; 3N1Y C; 3NZU A; 1MG8 A; 2WXQ A; 4FBJ B; 2C9W B; 2HD5 B; 4P7I A; 4B0M A; 3Q3O C; 3BWU D; 5FR6 A; 4KDL B; 4HVB A; 3QA8 A; 2LXC A; 4PYZ A; 5AEK B; 3H8H A; 1IBX B; 3V6E B; 2REX A; 1LXD A; 1XLN A; 4JGH B; 3SD5 A; 2D3C A; 4WIP A; 2INC C; 1KLV A; 3ZNG C; 3AE9 B; 2RDG A; 3IBE A; 1OTR B; 3L13 A; 4HDQ A; 2XBB C; 4TV3 A; 4MEL A; 2BYT A; 3PT2 B; 2WLB A; 2DZK A; 5BYQ A; 1DOI A; 2KAJ A; 4CYE A; 3VVW B; 4W9H A; 1M94 A; 2R61 A; 3A9K B; 1RYJ A; 4YL8 A; 3NVV A; 4EZL A; 4B95 A; 3DWG C; 1PGX A; 1TTN A; 2BGF A; 4NPN A; 4JX1 C; 4HDO A; 3L10 B; 5JHB A; 1CMX B; 4HPP A; 4WQM A; 2LVP A; 3E9S A; 4IC7 B; 1TJE A; 4A3O A; 2Z0D B; 2LJI A; 2RR9 A; 3UQA A; 3PSE B; 3RPF C; 1WR6 E; 5AZF A; 2L7R A; 4L1B A; 4NNJ B; 1HTQ A; 4W9L A; 3AE3 B; 1PYW D; 2I2Y A; 4XGA B; 4KGT A; 5JHA A; 2WP9 B; 2FCS A; 1X1M A; 1CK1 A; 5LXH A; 3TEZ A; 2JPH A; 4XYC A; 2K6D B; 3RYT A; 3A33 B; 3V05 A; 1ESF A; 2VH2 A; 1FFV A; 4C7Y A; 4LNN A; 4US8 A; 4RGM A; 2MH7 A; 3PO0 A; 1I7H A; 3Q3F A; 2BWF A; 3LDZ E; 4ZRJ A; 2AL3 A; 2HJ1 A; 3R3M A; 4MGK E; 3RNC C; 1TY0 A; 2L0F A; 3H1U A; 4O1N A; 2V0G A; 3ZLZ A; 1IGD A; 4HCP B; 2LHD A; 1F2R C; 4B9K A; 2IO1 B; 3TMP B; 1FM0 D; 2JZP A; 1YQB A; 3L17 A; 1MHX A; 3E56 A; 3VRB B; 1ENF A; 2KZR A; 3TL5 A; 1QIL A; 1EF5 A; 3FC4 A; 1OEY J; 1XO3 A; 2L83 A; 1C3T A; 2E6X A; 2YLM A; 2ZCB A; 1AAR A; 5E6O A; 2DYB A; 1TBE A; 2WNM A; 4PT5 A; 4FHJ A; 1T0R C; 1SGH A; 2GOW A; 2CR5 A; 2KVR A; 1JW9 D; 3RMK C; 3M95 A; 2JVC A; 1V49 A; 2W9N A; 3IHP C; 2VH1 A; 4AOF A; 3R7R A; 3APC A; 1IP9 A; 3ZUN A; 1QF6 A; 1L0Y B; 3L0W B; 2LVQ A; 2BWE S; 3VR8 B; 2GBK A; 2HTH A; 3AED B; 4C56 C; 2N9K A; 2D3G A; 1WY8 A; 1EU3 A; 3HM3 A; 1ZKH A; 2M4N A; 2CHZ A; 2AQ2 B; 1BUI C; 2BYF A; 4DXF A; 2NTS A; 4BKT A; 3ZKJ C; 1EWC A; 4W9J A; 3MJ5 A; 4YXD B; 3KUZ A; 1WXA A; 1I4R A; 3U30 A; 3HM6 X; 2KWU B; 2PIA A; 3N1X C; 4LJP B; 3QAQ A; 1IBX A; 4RNA A; 1GJZ A; 1V5O A; 2DAJ A; 2M1M A; 4GGQ A; 2ZJD A; 2N0S B; 3B0A A; 1FEH A; 2KDM A; 5IN7 A; 2PTL A; 2C5L C; 2X8X X; 3PZ7 A; 2LEK A; 3FKY A; 1WIA A; 1EM7 A; 1TIF A; 4DHZ E; 1E8Z A; 3EEC A; 3IT6 B; 4NJ7 A; 5DPT A; 2L52 A; 3TBL D; 2KDF B; 3N20 C; 3A9K A; 2WXJ A; 1QOF A; 4ANX A; 2WX0 A; 2N4F A; 3RZF A; 1SIF A; 1NEK B; 2ASQ A; 1C79 A; 1UF0 A; 4LNO A; 2BKR B; 5D3D A; 1RRB A; 3QQ8 B; 2J42 A; 1FXT B; 4PS7 A; 4WJP A; 1YN5 A; 2Y5B B; 5LXI B; 1F9J A; 1SE2 A; 2QIL A; 2KMM A; 1E8X A; 1WXM A; 1WXV A; 4ANW A; 1KJT A; 2LRW A; 1WGY A; 5E6N A; 1E6E B; 4ITK A; 4TUU A; 2JWU A; 2JY6 A; 1TS2 A; 4MJS B; 2WXO A; 5EDS A; 2VZK B; 4NAW B; 1E90 A; 1MHH E; 4W9K A; 2WS3 B; 3AMZ A; 4KKI A; 4MDK E; 2FNJ B; 2OOB B; 4AS1 A; 3ZIM A; 5CHV C; 2NBV B; 4J6I A; 2D11 A; 1HEZ E; 3LXF A; 4XE0 A; 3AE2 B; 5IAA C; 3N32 A; 2JF5 A; 2LUE A; 3URY A; 2FUG 1; 1YJI A; 4A9A A; 3DWM A; 2L32 A; 1YMH E; 2LVO A; 2K5P A; 4BFR A; 1HQR D; 2QDF A; 3AEE B; 4CHK A; 1UEL A; 1RFA A; 2KDB A; 4KKJ A; 2NPT B; 3JW0 X; 1SE4 A; 3K9P B; 3DBS A; 2D3A A; 3TUO A; 2YVC A; 4MSM B; 1L4D B; 2WDV B; 5AUK A; 1YJ1 A; 1VRA B; 3AE8 B; 2MRP A; 3VUW A; 1MVK A; 1JAL A; 1IGC A; 2EEL A; 3OJ4 B; 1TT5 B; 4DDG D; 4BBN C; 3ZGZ A; 2C7H A; 2FBW B; 2IND C; 2DNF A; 3AU5 A; 2IGG A; 1IPG A; 4HXD A; 3AEG B; 4MGI E; 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2JZ3 B; 2MJD A; 3ZDM C; 4FJV B; 3IVF A; 2KHW B; 3KVF B; 2Z59 B; 4YTN B; 4HEA 1; 3OAW A; 1VLB A; 2NPT A; 4PS8 A; 1T0Y A; 4N58 A; 3ZTC A; 2M56 B; 1F1H A; 5D7G A; 1F2R I; 3L08 A; 4C80 A; 3RI7 C; 1I4P A; 2DZM A; 4IWQ A; 3BIN A; 3UQB A; 2JZZ A; 4DK5 A; 1P7E A; 1OQQ A; 4KIK B; 4MGY E; 3VRA B; 3M63 B; 3NRZ A; 3ALB A; 1V80 A; 3RNF C; 5JH5 C; 2YEP F; 5IP4 D; 2J0J A; 2K8H A; 4K81 A; 1YX5 B; 2K39 A; 2L76 A; 1Q1O A; 1ZOY B; 3BZD B; 1GB1 A; 3U7D A; 2V4L A; 3U2S C; 3TIX A; 4FUL A; 3H7S A; 1J0G A; 4N59 A; 3SFD B; 3VHT C; 5BMI A; 2AQ1 B; 3QIJ A; 1YN3 A; 3HHM A; 2SAK A; 5C23 A; 3OWE B; 1UGM A; 1VR9 A; 2LRU A; 5IOI A; 1FCL A; 3A4S C; 3AE7 B; 3CMM B; 2BB6 A; 3HUI A; 1YNT E; 4BOZ B; 4FA6 A; 2ZVN A; 4US9 A; 2J53 A; 3CIR B; 3DOW A; 1I4X A; 1OQR A; 2QSD A; 5HFY A; 1NBF C; 1SSN A; 2LAS A; 3DHG C; 3IAM 1; 2PW9 A; 1E7U A; 1IUE A; 4TMA B; 2DAF A; 3AUL A; 3AE1 B; 2WWZ A; 1UH6 A; 4GDL A; 1XLQ A; 3PLU A; 3UGB B; 1FRD A; 5TSS A; 1R4M B; 4EOY A; 2K8C A; 1PDX A; 3AM9 A; 3B9J A; 4ANV A; 4E71 A; 2LGX A; 4XC2 A; 4GXB A; 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