The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.
Total Genus |
19
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sequence length |
122
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structure length |
108
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Chain Sequence |
MTTFKLAACVTLRCTNATINGSLTEEVKNCSFNITTELRDKKQKAYALFYRPSEYILINCQTTTTEAVDAATAAKVFKQYANDNGIDGEWTYDDATKTFTVTEGLEVL
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.
After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.
| publication title |
Structure of HIV-1 gp120 V1/V2 domain with broadly neutralizing antibody PG9.
pubmed doi rcsb |
| molecule keywords |
V1V2 region of HIV-1 on 1FD6 scaffold
|
| molecule tags |
Immune system
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| source organism |
Human immunodeficiency virus 1
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| total genus |
19
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| structure length |
108
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| sequence length |
122
|
| chains with identical sequence |
J
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| ec nomenclature | |
| pdb deposition date | 2011-10-07 |
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
| Class | Architecture | Topology | Homology | Domain |
|---|---|---|---|---|---|
| Alpha Beta | Roll | Ubiquitin-like (UB roll) | Ubiquitin-like (UB roll) |
#chains in the Genus database with same CATH superfamily 4DQO C; 4YWG G; 3U2S C; 3U4E G; #chains in the Genus database with same CATH topology 4RGN A; 3ENE A; 4ICU A; 1Q1O A; 1S3S G; 1VDV A; 3H9D A; 4JWU C; 4A9A A; 4OZC A; 3A9K A; 1TT5 B; 2OJW A; 4MH0 E; 3SDL C; 3TEZ A; 1BT0 A; 2FUG 1; 1FEH A; 3PTF C; 2AQ1 B; 2DLB A; 2O6V D; 2MBB B; 1XCQ L; 1SGH A; 3RUI B; 1WGH A; 1EM7 A; 1WZ3 A; 3IG3 A; 2KDE B; 3HVD A; 3NY5 A; 2D3A A; 2K5P A; 1PUT A; 3PGE A; 3OJ4 B; 4MT5 A; 4MJS A; 4TSS A; 1C3T A; 2R2O A; 2LGX A; 1FNW A; 2IND C; 4MGK E; 3B0A A; 4W9D A; 3VH4 B; 3FKY A; 2WXM A; 1Z5S B; 1KTK A; 3ZNZ B; 2DZK A; 3KYD D; 4P16 A; 4ANX A; 4EUT A; 4YTP B; 5E6N A; 2CHW A; 3VH3 B; 2QMT A; 2AYO B; 1QOB A; 1AYF A; 4W9L A; 3BII D; 4K3C A; 1A5R A; 3QCA A; 1TBE A; 4KSL C; 4FLH A; 4C56 C; 2AQ2 B; 2L76 A; 3MTN B; 2WXI A; 3P42 A; 5FR3 A; 1YNT E; 3HVZ A; 4GDK B; 3RNF C; 1WR6 E; 1RFA A; 4NJ6 A; 3AMZ A; 2BYF A; 2KTF A; 1XXG A; 3KUD B; 4K3B A; 1YN5 A; 2N9L A; 4FHK A; 1TS2 A; 1L4Z B; 4W9E A; 3ZRF A; 4DXF A; 2I1J A; 2IGG A; 2UU7 A; 3PZ8 A; 4LNN A; 4LNI A; 4WWM A; 1YX6 B; 3PRE A; 5EE1 A; 5IOI A; 2BKR B; 4KZC A; 4A8X C; 2MJ3 A; 1WGR A; 3MC0 B; 4XGA B; 3FIL A; 3N3K B; 3A1Q A; 3MJ5 A; 5AZH A; 2C7H A; 1UEL A; 3QJZ A; 3TIX A; 1E8X A; 1R4M I; 4PS7 A; 3MHS D; 4GB9 A; 1D4B A; 2AEH A; 2L1A A; 1C1Y B; 2PLP A; 2AL3 A; 1NEK B; 4IOI E; 2ZNV C; 3NZS A; 2PVO D; 1ZDX A; 1MHH E; 3KLS X; 4F1S A; 4HRS A; 4FHJ A; 3TSS A; 4NAW B; 2LHE A; 1JWM D; 2D3G A; 2LRW A; 4TQ0 A; 1EUV B; 2BS3 B; 3IT6 B; 1MG4 A; 3DBH B; 1NBF C; 3AEA B; 4DDI D; 3OAW A; 2MJE A; 3B2G A; 4C7Y A; 2XN9 C; 3APC A; 4XX5 A; 2N9X A; 3WAL A; 2J52 A; 3UI3 A; 3OLM D; 1JWB D; 2UYZ B; 1YN3 A; 4NJC A; 5TSS A; 2NMQ A; 1NYQ A; 4WWO A; 2WYQ A; 1Y56 A; 5HFY A; 4S0R A; 3BIN A; 1VZ6 A; 2MH7 A; 4B9K A; 4NNJ B; 4WJN A; 1C4C A; 4LDT D; 1ZE3 D; 1KJT A; 5C23 A; 1ZXH A; 4ZOH C; 2WDR B; 4BAX A; 3ZTD A; 1M94 A; 2JSV X; 2LVP A; 1OTR B; 4YSY B; 1IGC A; 5DCN A; 3U4E G; 2KYW A; 1ZKH A; 4WJO A; 4HPL B; 2WU5 B; 4A90 A; 3ZYY X; 1TKE A; 2BS2 B; 1H4R A; 4IWP A; 1I4G A; 3IHP C; 2QIL A; 1TS3 A; 1MJD A; 3U30 A; 2LGY A; 2W54 A; 3HIZ A; 2W9N A; 4WQM A; 4JPS A; 1RFK A; 2RPQ A; 4DQO C; 2KC1 A; 5AUK A; 1YD8 U; 3L10 B; 4M0W B; 4BBN C; 4LTU A; 1ISN A; 2WXG A; 1F0Z A; 1QQR A; 1QIL A; 1XLN A; 1WY8 A; 1WMH A; 1XCT L; 4BKS D; 2IY1 B; 4HCN B; 1Q10 A; 1RAX A; 2LWP A; 2N9K A; 1TZ1 A; 4YT0 B; 2RDG A; 2ZVO A; 1ESF A; 3KW5 B; 3UIN B; 4TV3 A; 4US9 A; 2LRU A; 1SIF A; 2K3U A; 4TMA B; 2KN5 A; 1PFD A; 3A9J A; 3APD A; 2W3R A; 2OOB B; 1E7V A; 1VJK A; 5T8I A; 3Q8A A; 2PE9 A; 4OW0 A; 1WX7 A; 4MSM B; 2A5U A; 3NG0 A; 1N5X A; 3GS2 A; 4ZRP A; 4N59 A; 1XF5 L; 3H7P B; 4UDU C; 3MC8 A; 2KDB A; 4ANW A; 2W55 A; 3EC8 A; 2MX2 A; 3SHQ A; 1N63 A; 2FCM A; 1A70 A; 3O13 A; 3RUL A; 1KM7 A; 4HJG E; 4KDI C; 2WXO A; 3VR9 B; 3BK1 A; 4X57 B; 4M8N A; 2FID A; 3PHW B; 2YVC A; 4CYE A; 3S2A A; 3ONS A; 4KV2 A; 4OHJ A; 2QJL A; 3L54 A; 1J7A A; 1DGJ A; 2NPT B; 1JML A; 2O6V A; 2KWD A; 4AOF A; 3WCQ A; 3TEX A; 4EZL A; 1IP9 A; 1ZOY B; 4ZDV A; 2J0M A; 1UH6 A; 1WGG A; 2IO1 B; 4MEM A; 3NZ3 A; 1R4N B; 3I63 C; 4ARC A; 1QT9 A; 3L16 A; 3VFK A; 2G9H D; 5D2M B; 2LEK A; 2MSE D; 3VHT C; 4WUR A; 2XK5 B; 1F1H A; 2DZJ A; 3W1S A; 4KIK B; 4IKG A; 2RR9 A; 3PO0 A; 3Q8F A; 2XBB C; 3AH7 A; 4ICV A; 3ZDT A; 2D10 A; 1B9R A; 3DPD A; 3P4R B; 1JWU D; 4O1N A; 3VR8 B; 2GMI C; 2KTR A; 4AP4 C; 4ASW C; 3OJ3 A; 2WXF A; 4KSK C; 3RFZ B; 4BKT A; 1YIW A; 4S17 A; 2KQS A; 5JXV A; 2K6Q A; 4K7U A; 1WIA A; 1FO4 A; 3PV1 A; 5IAA C; 3A4R A; 4HXD A; 2N9P C; 4REZ A; 5CHV C; 3D32 A; 1FXI A; 3C0R B; 3GE8 C; 3KYC D; 3WAO A; 2INC C; 3DVN V; 1JRP A; 3W5U B; 2Z0E B; 5HHD G; 1VRA B; 2A4Z A; 2PJH A; 2PE6 B; 3QWZ B; 5J18 A; 3RN9 C; 2G45 B; 4JLC A; 2CKH B; 4WJP A; 1E7P B; 1UWX A; 1WGK A; 1KF6 B; 2AQ3 B; 4NPN A; 3ZO5 B; 1P0R A; 1F77 A; 2WHI A; 3HM3 A; 1BML C; 4R3D A; 4IM2 A; 5HI1 A; 1SEB D; 2WXQ A; 2MBH A; 4ARI A; 4Q2J A; 1V80 A; 1FRD A; 2M19 A; 3HHM A; 4HPP A; 3C19 A; 2WQY B; 4RNA A; 1L0Y B; 4IG7 B; 3HRD D; 1ENF A; 5KHO A; 3VRA B; 5IP4 D; 2PEA A; 3E56 A; 4IDI A; 1V86 A; 1T3Q A; 2J53 A; 1WYW B; 2KWV B; 1HE8 A; 1HQR D; 3R2I A; 3P4S B; 3JW0 X; 2GRI A; 2WDT B; 4MM3 A; 4LLG M; 1KLV A; 4IWO A; 4OVV A; 1RRB A; 4OZB A; 2M8S A; 4C00 A; 4DHZ B; 2G1E A; 5EE9 A; 2GBK A; 4ZRK A; 3BVG A; 1LGR A; 4GU2 A; 2O2V A; 2LXA A; 3DVG X; 3I57 A; 2KXJ A; 4ZRQ A; 2JUO A; 2KMC A; 4HLE A; 2JRI B; 4IM3 A; 2KNB A; 4XE0 A; 1VZ8 A; 2ZZP B; 3VUX A; 1IYF A; 3VRB B; 1CK1 A; 1RLF A; 3PRM B; 3DBL I; 1WXA A; 1TZO A; 5G5G A; 1WX9 A; 3BY4 B; 4BFR A; 3ECI A; 1GB1 A; 2WXH A; 3NUH B; 2BS4 B; 2GBJ A; 4CHK A; 2V0G A; 2J42 A; 1UGM A; 4LNO A; 2KDI A; 1TJE A; 4EKU A; 1HTO A; 2K8H A; 5L83 A; 4CO7 A; 1V1P B; 4B0E A; 4E3C A; 5C2T B; 4BKS A; 1FXA A; 1FRR A; 2N7D A; 2D5G A; 4DHJ B; 4IUM B; 5MPO A; 1SE9 A; 3ML9 A; 4BKG A; 4I6P A; 3EUB 2; 5DPW A; 3SEB A; 2MQJ A; 1EO6 A; 2E6X A; 2LUE A; 3UQB A; 2BYV E; 4GDL B; 3ZXV A; 2L3Z A; 2ZW0 A; 4M02 A; 3ZNH B; 2KLG A; 4WQO B; 3CWI A; 4GDK A; 2FBW B; 5I4D A; 4C7Z A; 2WDQ B; 1C4A A; 1EU4 A; 1BUI C; 1JWA D; 2ON8 A; 3GZN I; 2PPH A; 1BXT A; 3ZGZ A; 1MI0 A; 2Z0D B; 1R4M B; 3DVG Y; 2INP E; 4C80 A; 2GOW A; 2NCN A; 2WXP A; 4USA A; 3BYY B; 2R61 A; 2HTM E; 4N6E B; 3IAM 1; 4N9F 4; 4YWG G; 2FCS A; 2N1W A; 3LDZ E; 2MCN B; 2GBM A; 2IO2 B; 3W9C B; 2RD0 A; 4MEL A; 1C9F A; 4ANV A; 3IAS 1; 1VR9 A; 2HD5 B; 5BMH A; 1SB3 C; 1L6U A; 1K53 A; 2DBY A; 1MPE A; 2BYT A; 2GLS A; 2H89 B; 4G50 A; 3NOB A; 4GOC A; 5EE0 A; 1WXQ A; 3DOW A; 3AE9 B; 3ETR A; 2L0T A; 2MBE A; 2VZK D; 3DHI C; 1WH3 A; 2KAJ A; 1P1A A; 4NQL B; 2DYO A; 4J6I A; 4LNF A; 1I7H A; 1HZ5 A; 2IPK D; 1FCC C; 2N9E B; 2X8X X; 3MHZ A; 3DBR B; 3T3O A; 3PSE B; 2EKE C; 4BBN F; 3RNB C; 4KZ0 A; 2K1F A; 2CHZ A; 2BF8 B; 1L0V B; 3PHX B; 2WU2 B; 3IXS A; 3N30 A; 2D07 B; 4KDL B; 3NVV A; 3B1L X; 2V3N A; 3KH0 A; 3V62 A; 3RYT A; 4YTM B; 2C60 A; 1GC7 A; 2KQ7 A; 1VD2 A; 1TYG B; 4TQ1 A; 2LD9 A; 3Q3F A; 1L0X B; 3WAN A; 1PGX A; 2OJR A; 3T9L A; 4L2Y A; 5GXG B; 4JL9 A; 3A9K B; 1I4X A; 4AS1 A; 3N1Y C; 2JXT A; 3VQI A; 1T5X D; 2DZI A; 1WJN A; 2KLC A; 5D7G A; 3CST A; 1R7S A; 1Q5W B; 1T0S C; 3VUY A; 4IM0 A; 2H88 B; 2KAC A; 2MP2 A; 1TS5 A; 4HRO A; 3N32 A; 4HKQ A; 1PQS A; 2KFK B; 2ZCB A; 3WIM A; 2G4S A; 1WRD B; 4GMV A; 2NTS A; 3AE1 B; 4MJS B; 5IA7 A; 3L17 A; 4D2K A; 3QQ8 B; 2KDM A; 2KHW B; 1LFD A; 1TY0 A; 4EOY A; 3ML8 A; 1ROE A; 2BPS A; 1L2N A; 3AXC A; 3RZF A; 4M0W A; 1CZP A; 3ZRC A; 2KAN A; 5EE3 A; 1E8Z A; 1WX8 A; 1PYW D; 1JWS D; 4IC7 B; 4F8C B; 2FE8 A; 3PT2 B; 3QAQ A; 3U7D A; 2NBW B; 3PZD A; 4DHZ E; 1V5T A; 3EHV A; 1J7B A; 3UF8 A; 4OVU A; 4FJZ A; 5C1Z A; 3R7R A; 4P6V F; 1NI3 A; 2JRH A; 2MBO A; 3O65 B; 5KHQ A; 1N61 A; 2K6D B; 1LQB A; 1UBI A; 5D94 A; 2QSD A; 2G4D B; 4RF0 A; 3LJ3 A; 2Y3A A; 1T0R C; 2ACZ B; 3SD5 A; 4QAY A; 1OFF A; 1ACC A; 2M56 B; 2KX0 A; 1OEY J; 2KQ4 X; 4NQK E; 3RNC C; 1EWY C; 5JHB A; 1PDX A; 2CJO A; 5IKC M; 2ZCC A; 1AWD A; 3Q14 C; 1V1O A; 3AV8 A; 3L13 A; 2LJI A; 3DQV A; 1E8Y A; 3H7P A; 1I35 A; 2DNF A; 1OQR A; 3Q69 A; 4A3O A; 3AE6 B; 1WJ6 A; 5DPT A; 4L23 A; 1ZP0 B; 3KVF B; 3TMP B; 1HTQ A; 2K25 A; 4AQ7 A; 2KKC A; 2ZPN A; 2JXX A; 3VTW A; 4HVB A; 3Q3J A; 2KT7 A; 3ABV B; 1ET9 A; 2RDB C; 2WX0 A; 2M0A A; 4KKI A; 1N6Z A; 4M8M A; 1WJ4 A; 3APF A; 3MJW A; 3LYY A; 2IGH A; 2MA9 B; 3I3T B; 2BGF A; 2EMS A; 4E71 A; 3PPA A; 1TS4 A; 3V6C B; 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3ZKJ C; 4IW0 A; 4C4V B; 3VTV A; 4MGY E; 2N7E A; 2Y5B B; 2ASQ A; 2BKF A; 4P1C C; 3AEG B; 2YEP B; 4GSW A; 1OQQ A; 3UGB B; 1I4H A; 4YSX B; 3M95 A; 2G3Q B; 2CR5 A; 2IO3 B; 2V3S A; 1E9M A; 5LXI B; 2EMT A; 2GB1 A; 4YXD B; 3AU5 A; 4W9F A; 3A4S C; 1UUP A; 4M00 A; 4B0M A; 1D3Z A; 2X38 A; 1JRO A; 4K7W A; 1I4R A; 5G2N A; 2BW2 A; 2NBV B; 1FXT B; 3Q3O C; 2XEW A; 3IFW B; 4TKN A; 1GJZ A; 1RYJ A; 2DHZ A; 2KD0 A; 3QX1 A; 3DWM A; 2KJ6 A; 3EEC A; 4HPM B; 1LO5 D; 4KVG B; 4WWN A; 5C3J B; 2VRR B; 3ZDM C; 3P4P B; 4JE3 B; 1XD3 B; 1V1P A; 4FJV B; 2HDE A; 2LZ6 A; 3IVF A; 4EFO A; 3Q6B A; 1XLP A; 1STE A; 4AWJ A; 1WRI A; 2MEK A; 2L0F A; 2KTR B; 2LI5 A; 4GDL A; 2L05 A; 2LAS A; 1B1Z A; 4EE2 A; 3HK0 A; 1D5M C; 4OZA A; 2R2Q A; 3AE5 B; 1SE3 A; 2FNJ B; 5DPR A; 3M62 B; 3EA6 A; 3CSF A; 1YQB A; 1Y8R C; 3P63 A; 3N1X C; 5AEK B; 2ZW1 A; 3JVZ X; 5AZF A; 4BZA A; 3QA8 A; 2CS4 A; 3AE4 B; 1ZUD 2; 2IO0 B; 5BO4 B; 3AU4 A; 2XNA C; 3JSV B; 2JYE A; 1WXV A; 2LVO A; 2MBQ A; 4RGM A; 4HK2 A; 3NZU A; 3QAR A; 1G6J A; 4XYC A; 3AE3 B; 3L0W B; 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