The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.
Total Genus |
21
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sequence length |
96
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structure length |
96
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Chain Sequence |
LPGNYFVNVFVNGRKVDSGNIDFRLEKHNGKELLWPCLSSLQLTKYGIDIDKYPDLIKSGTEQCVDLLAIPHSDVQFYFNQQKLSLIVPPQALLPR
|
The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.
After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.
| publication title |
Allosteric Mechanism Controls Traffic in the Chaperone/Usher Pathway.
pubmed doi rcsb |
| molecule keywords |
F1 CAPSULE-ANCHORING PROTEIN
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| molecule tags |
Transport protein
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| source organism |
Yersinia pestis
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| total genus |
21
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| structure length |
96
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| sequence length |
96
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| chains with identical sequence |
B, C, D
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| ec nomenclature | |
| pdb deposition date | 2012-07-02 |
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
| Class | Architecture | Topology | Homology | Domain |
|---|---|---|---|---|---|
| Alpha Beta | Roll | Ubiquitin-like (UB roll) | Ubiquitin-like (UB roll) |
#chains in the Genus database with same CATH superfamily 3BWU D; 4B0E A; 4J3O D; 1ZE3 D; 4B0M A; 1ZDV A; 1ZDX A; 3RFZ B; #chains in the Genus database with same CATH topology 2LGI A; 3ZRC A; 2W9N A; 5J18 A; 1VLB A; 5C23 A; 3CMM B; 4URK A; 3QQ8 B; 3APF A; 5IA7 A; 1WZ3 A; 2AL3 A; 2WDR B; 2XBB C; 3R7Q A; 1NEK B; 3AE2 B; 4AP4 C; 1UBQ A; 1T0R C; 2WXQ A; 1AN8 A; 5JHB A; 1MFW A; 3BY4 B; 4C00 A; 3A4S C; 4JPS A; 3EGR A; 2LHD A; 1PGA A; 2NMQ A; 2I1K A; 2LGD A; 1RM6 C; 1WZ0 A; 4KZC A; 4RGN A; 2UWQ A; 2VH1 A; 4HKQ A; 2OHF A; 3ML9 A; 1BUI C; 2DZI A; 2WNM A; 4DXA B; 2D3C A; 4IKG A; 2SEB D; 2WXG A; 2TSS A; 2VRR B; 3W1S C; 3BK2 A; 3ZTD A; 3EFU A; 1F77 A; 1ZOY B; 3FIL B; 3JW0 X; 3RN9 C; 2QIE B; 1YQB A; 2IND C; 2QCZ A; 2PW9 A; 2KHW B; 2ZVO A; 1TS2 A; 2KT7 A; 1P0R A; 2A5U A; 3NZS A; 2E3T A; 1BML C; 2M17 A; 4DK5 A; 2KMC A; 3DHI C; 1LQB A; 3PV1 A; 2LVP A; 4MGZ E; 4FUL A; 3L4P A; 5EE1 A; 2W82 A; 3W1Y A; 3E56 A; 4D2K A; 1QOF A; 2KWV B; 2IY0 B; 4MSQ B; 1SIF A; 4LNI A; 5H8Y E; 3V62 A; 1T0Q C; 4A3P A; 3RUI B; 4MM3 A; 5C1Z A; 1FCL A; 2A4Z A; 2R2Q A; 2PKO A; 3R8B A; 3AN1 A; 3ZKJ C; 1WRD B; 2Y3A A; 3PT2 B; 5T8I A; 1E8W A; 4B6W A; 3PS6 A; 4HPL B; 2GBR A; 2WDQ B; 3AE5 B; 5CHW A; 3A9J B; 2JSV X; 4C56 C; 3VFK A; 1D3Z A; 3T8M A; 2WHI A; 1RFA A; 1VZ6 A; 2IGG A; 3EEC A; 3FIL A; 1WXQ A; 4W9E A; 3SDL C; 1JML A; 3KVF B; 5AZG A; 1ET6 A; 4JX1 C; 3ENE A; 2BWF A; 3VTU A; 4AQ7 A; 3ETR A; 5AZH A; 1E90 A; 2IYD B; 1E7U A; 4L2Y A; 3URY A; 1F0Z A; 4FAD A; 2QDF A; 2IZV B; 5IOI A; 4A6Q A; 3GE8 C; 4MDK E; 3AEC B; 2ZNV C; 4IM2 A; 1YJJ A; 2V9H A; 2UU7 A; 3ZDM C; 4AUQ C; 1L0Y B; 2KO3 A; 2MA9 B; 3MC8 A; 3VDZ A; 3UIP B; 1VZ8 A; 4WQO B; 2LGX A; 1YJI A; 2OJW A; 4BVU C; 4ZRI A; 4RM8 A; 1Z2M A; 1CJE A; 3BZD B; 3KYC D; 1C79 A; 4CYE A; 5BYS A; 2MWS B; 2QIL A; 2R61 A; 1Q5W B; 2BYF A; 3ZNH B; 1UEL A; 2XK5 A; 1OEY A; 1C4A A; 3B2G A; 2ZVN A; 4K3B A; 2W54 A; 3IFW B; 1WMH A; 2LHE A; 4A8X C; 1N5W A; 4DWF A; 3DQV A; 4GDK B; 3AI5 A; 1RWS A; 2RGF A; 4ACF A; 2KAJ A; 4HEA 1; 1XXG A; 4C4V B; 1N6Z A; 3BII D; 1SGH A; 2NPT A; 4W9K A; 4KDL B; 4NJC A; 2G4S A; 1SSN A; 5H92 C; 5BYR A; 2Y5P A; 3O13 A; 5FKA C; 4WWP A; 3Q8E A; 5D3D A; 2FUG 1; 3I57 A; 1WJN A; 3ZDT A; 1ENF A; 4GLS C; 3I3T B; 4S17 A; 1IP9 A; 4EZJ A; 3ZNG C; 3FC4 A; 1D6E C; 3IXS A; 2BYV E; 2EKI A; 3Q3O C; 1WX7 A; 1TIF A; 2PJH A; 4E74 A; 5LXI B; 4E3C A; 4NAW B; 1K53 A; 4CQN A; 3Q6B A; 3J9C A; 3NOB A; 2J7Q B; 2QMT A; 3APC A; 2L05 A; 1YNT E; 1J7B A; 3ZW3 A; 2NBW B; 4WJO A; 2KMA A; 3SD5 A; 2WXO A; 4C4V A; 4FN2 A; 1VJK A; 2WQY B; 1L4Z B; 3VH4 B; 2KDB A; 1SE2 A; 5C2T B; 1AAR A; 2CHZ A; 1MHX A; 1AYF A; 1D4B A; 1YN5 A; 3VR9 B; 5IN7 A; 1SIJ A; 3M63 B; 4MSM B; 2AWT A; 1IGD A; 3IAS 1; 1E0Z A; 1KJT A; 4BKS D; 4G0N B; 1J19 A; 3RNC C; 2WXF A; 2K8H A; 1MG8 A; 2JWZ A; 4KX6 B; 4NAW A; 2KVZ A; 1FXT B; 3TEZ A; 2LFI A; 1YN3 A; 4FHK A; 1FO4 A; 3DBR I; 4JIO U; 1MHH E; 2N7E A; 4FJY A; 1FRD A; 3W2D A; 1WX9 A; 3ZJV A; 1DOI A; 4KSK C; 3V61 A; 1GG3 A; 2INN E; 1CQV A; 3HVZ A; 3L08 A; 4EKU A; 1FNU A; 1UUP A; 2FID A; 3DHG C; 3N1Y C; 3ZGZ A; 4MEM A; 3TMP B; 1D5M C; 2FAZ A; 2LRU A; 1WXV A; 1QQR A; 4F8C B; 4ZRJ A; 1H8C A; 2RPQ A; 3DBS A; 1YD8 U; 2W55 A; 4TUU A; 4ANX A; 1YQ4 B; 1B1Z A; 3L54 A; 1WGD A; 2KWC A; 1WY8 A; 1SJE D; 2JUO A; 2N9E B; 3RUL A; 1QT9 A; 1KH0 A; 2CHW A; 3WCQ A; 5AEK B; 3VUY A; 2L1A A; 1MJD A; 3UI3 A; 3GE3 C; 3QJZ A; 2FNJ B; 2BS3 B; 1K51 A; 2MCN B; 2KDM A; 4EOY A; 3DBR B; 4FHJ A; 3OJ3 A; 2L76 A; 2MX2 A; 1SEB D; 1TJE A; 4YXD B; 2Z59 B; 3M3J A; 4BFR A; 1XO3 A; 2BKF A; 1I7H A; 1WXS A; 5JXV A; 2K22 A; 1JRP A; 3LJ3 A; 2KKC A; 3HK0 A; 2LD9 A; 3A9K B; 4WWM A; 3QHT A; 3H1U A; 4K7W A; 2J0M A; 2CJN A; 1RLF A; 4ZYS A; 3BVM A; 1I4G A; 2VH2 A; 4NY0 A; 2IO2 B; 4C7Z A; 1VCB A; 4BZA A; 4TQ0 A; 1P1A A; 3NVV A; 1JRU A; 3DVN U; 5C3J B; 4ARC A; 1E7V A; 1UGM A; 1L0V B; 1L0X B; 2HDE A; 2CR5 A; 2ZZP B; 1OQR A; 5CX3 A; 4ZRQ A; 3LDZ E; 1K50 A; 1V1P A; 3RMK C; 2GI9 A; 2REX A; 3H7S A; 3NJT A; 2M4N A; 5D2M B; 4MT5 A; 3HUI A; 1RFK A; 1S1Q B; 4YL8 A; 2H88 B; 3D32 A; 4OZA A; 3B08 A; 1ZE3 D; 2KXJ A; 2MJE A; 2K25 A; 4JL9 A; 4WUR A; 1M94 A; 2RDG A; 3AE7 B; 5CHV C; 1TT5 B; 3FKY A; 4CO7 A; 1BT0 A; 3SFD B; 4W9G A; 2UYZ B; 1QOB A; 2W3R A; 2GLS A; 2JF5 A; 3P42 A; 4LTU A; 5MPO A; 1FMA D; 4A20 A; 1F2R I; 3VXW A; 4KGS A; 1OGW A; 2MBH A; 4WH4 A; 2EKE C; 3NVZ A; 3HRD D; 4NJ6 A; 3VAW A; 3O65 B; 2BKR B; 2ZW1 A; 3HVD A; 4HVB A; 5L95 C; 1N5X A; 2K0P A; 1XLO A; 1ZXI A; 1WGK A; 4DXG A; 1CMX B; 2DHZ A; 3BVZ A; 5E6J A; 3B2F A; 2FCS A; 1FEH A; 1J7C A; 2KC1 A; 1N63 A; 4O1N A; 3Q2A C; 4HK2 A; 4A3O A; 2JT4 B; 2CU3 A; 2HJ8 A; 5G5G A; 2NVU I; 4WAF A; 2N0S B; 4W9I A; 5EE9 A; 5DPT A; 4KKI A; 3U30 A; 2JY6 A; 1VR9 A; 4PK1 A; 2J0J A; 2JU6 X; 4NNJ B; 5FR6 A; 4M01 A; 2JYT A; 5E6N A; 2MLB A; 4MH0 E; 4GDL B; 4M00 A; 3M95 A; 1WGH A; 4KGR A; 2LVO A; 2X8X X; 3BK1 A; 2KAC A; 1QOA A; 4WIP A; 1F1H A; 3PZ8 A; 2GRI A; 3PRZ A; 2LXC A; 1B9R A; 2HJ1 A; 4LJP B; 2LI5 A; 1P7E A; 2WU2 B; 3I9V 1; 2IBI B; 2BB5 A; 4WWO A; 1I4P A; 4ZRP A; 4GB9 A; 2AYO B; 1Q0W B; 4RF1 A; 1Q1O A; 4MAC A; 4XWW A; 4RCO A; 1E8Z A; 3ZXV A; 4NQK E; 3GP7 A; 3RNA C; 3M62 B; 4OHJ A; 1YMH E; 3CWI A; 4P1C C; 1XLP A; 1R4M B; 3DVN V; 2L32 A; 3RCZ A; 3UF8 A; 3L0W B; 2C7N B; 2WX1 A; 2B3A A; 1AW7 A; 3LYY A; 3AH7 A; 2NS5 A; 2PLP A; 1UGJ A; 2SAK A; 4DDG D; 2PVO D; 3P4S B; 1R7S A; 1P3Q U; 1SB3 C; 5AUK A; 3V6C B; 1QF6 A; 1C4P A; 1A70 A; 1E8Y A; 4GDL A; 1VRA B; 2L83 A; 1ET9 A; 4HJK A; 1L2N A; 2GBM A; 5IAA C; 3C8Y A; 2FE8 A; 1UWX A; 3RT3 B; 3GS2 A; 2V4I B; 5BMI A; 3SEB A; 2KX0 A; 4AWJ A; 2JYE A; 2FCQ A; 2WXL A; 4NQL B; 3HIZ A; 3WIM A; 1XLQ A; 3U7Z A; 2V3S A; 1HZ6 A; 3BIN A; 3Q3N C; 2K9X A; 1WYW B; 2L0T A; 4RM9 A; 1I4X A; 3PGE A; 1EWY C; 1SJH D; 1WXA A; 3ZJU A; 3DOW A; 2JRH A; 4YTM B; 2WU5 B; 3QA8 A; 1N62 A; 1V9J A; 2BQQ A; 1GJZ A; 2KWU B; 2KQ4 X; 3NS8 A; 1RAX A; 2INP E; 3CIR B; 5CHF A; 2D2Q A; 3A33 B; 2G1E A; 2G3Q B; 1DOY A; 1ROE A; 1L5P A; 2MEK A; 4LNN A; 2YEP F; 4II2 B; 3P4Q B; 4IW0 A; 3A4R A; 3HM3 A; 5DPW A; 3ZLZ A; 2ON8 A; 4BBN C; 2WYQ A; 3S2A A; 4IDI A; 2WXJ A; 5G5H A; 1YX5 B; 3RD2 A; 5D6J B; 2DZM A; 2KAN A; 1NVI D; 2KC2 A; 2K6Q A; 1FXI A; 3I63 C; 1TS5 A; 2HD5 B; 3P2B A; 4HCP B; 3N9Y C; 4B0E A; 1KRH A; 2BB6 A; 2D3A A; 3IAM 1; 4HRO A; 1T3Q A; 1IUE A; 1XQQ A; 2RR9 A; 2YEP B; 4GSW A; 5HHD G; 4IWO A; 4MJS B; 4MGK E; 2RMM A; 3MJ5 A; 3H9D A; 4P6V F; 3CST A; 3N30 A; 2MBB B; 2FCN A; 3VQI A; 2O6V B; 4P1B C; 2Z0E B; 5CTR C; 2JPH A; 4US9 A; 1KM7 A; 1T5X D; 4TKN A; 3E9S A; 1HTQ A; 4J3O D; 1EM7 A; 2DAF A; 4LNO A; 1AWD A; 1QOG A; 4HDO A; 4YWG G; 2IDY A; 1HQR D; 3A9J A; 1ISN A; 2D07 B; 3EHV A; 4OZC A; 1EF1 A; 2J52 A; 3PRE A; 3QIJ A; 4GMV A; 1CZP A; 1E6E B; 3JSV B; 3KUD B; 4MH8 A; 1P98 A; 4RH6 A; 2BS2 B; 1IBX B; 3V60 A; 2RDH A; 3Q8B A; 3RFZ B; 4KDI C; 3LXF A; 1I42 A; 3SR6 A; 3PHW B; 1WGR A; 1JW9 D; 4JGH B; 5TSS A; 4JLC A; 4PYU A; 2BPS A; 3TCA A; 4DXF A; 1LFD A; 2LXA A; 4A90 A; 4ZRK A; 4N59 A; 1XCQ L; 1EF5 A; 2KD0 A; 3VVW B; 1FPY A; 1MI0 A; 4WWN A; 1WX8 A; 3VUX A; 5G2N A; 3PHX B; 5AUI A; 1VZ7 A; 1WE7 A; 3H6N A; 4C7Y A; 4IM3 A; 1E5W A; 4Q2J A; 1V86 A; 1WM3 A; 2KDI A; 1N60 A; 4JE3 B; 3ZO5 B; 1V6E A; 1U4A A; 1EO6 A; 4WJQ A; 4XGA B; 4XDC A; 2ZJD A; 4GDK A; 2LEK A; 3ZVV A; 3MTN B; 2IJ0 A; 2ONQ A; 3EFC A; 2EEL A; 3JSV A; 4J6I A; 4DHJ D; 4ZHP A; 3RNF C; 1VDV A; 2G4D B; 2WXK A; 2LGY A; 2L52 A; 2IGH A; 4W9L A; 4W9H A; 3OWE B; 4US8 A; 2MP2 B; 3MJW A; 1LO5 D; 1WGY A; 3ZYY X; 3Q3F A; 3NUH B; 3AU5 A; 3QX1 A; 1V97 A; 3U8Z A; 1OQY A; 3AEA B; 5JZE B; 1I4R A; 2KQ7 A; 3T3O A; 2DAJ A; 4AJY B; 2MHJ A; 2R2O A; 2BT6 A; 5J17 A; 1TY2 A; 4OVZ A; 2Y5C A; 2WXN A; 1JWS D; 1ZKH A; 1E7P B; 1WXM A; 4FJV B; 1SBB B; 2MBQ A; 3PVL A; 5DCN A; 3VTW A; 1L6U A; 1XLN A; 3QAQ A; 2LMC A; 4KIK B; 3AE9 B; 4OW0 A; 3ZXR A; 2L8J A; 1C78 A; 2MRP A; 3R2T A; 4EE2 A; 1F2R C; 3OAW A; 3KH0 A; 3UIN B; 3B9J A; 2O2V B; 2ZPN A; 3ZNZ B; 2JRI B; 1C76 A; 2O6V D; 2GMI C; 4II3 B; 2WXP A; 2XEW A; 3IT4 B; 4XDD A; 1YN4 A; 1UNS A; 4PS7 A; 2WWZ A; 1E8X A; 1ACC A; 4M8M A; 3VUW A; 1GNU A; 4HDQ A; 2NBU A; 3Q8A A; 5LLI A; 2DEN B; 4KKJ A; 4G3X B; 3V05 A; 1TZO A; 5IP4 D; 1FRR A; 2AQ1 B; 5BO4 B; 3VR8 B; 2HTH A; 3RNB C; 3IHP C; 3Q8C A; 4B9K A; 1V81 A; 2PE9 A; 4XC2 A; 3Q8F A; 2QC8 A; 3DWM A; 4OVU A; 1PQS A; 2K8C A; 1XD3 B; 1XT9 B; 2RPV A; 3Q3J A; 2QJL A; 3A1Q B; 3LB8 C; 4RF0 A; 3N1Z C; 2NBV B; 1JWM D; 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4BKG A; 1KF6 B; 3MC0 B; 3SHQ A; 1GC6 A; 5KHQ A; 1RYJ A; 4YT0 B; 4RNA A; 4YSY B; 3WAO A; 1R4M I; 1T6B X; 4WQM A; 4OVV A; 4L23 A; 1TKY A; 2WX0 A; 1DGJ A; 3TEY A; 4I6L B; 1J0G A; 4YSZ B; 3T9L A; 4EUT A; 1UBI A; 3TJP A; 3TEX A; 2J42 A; 2LJ5 A; 5HKH A; 1L6V A; 3NHE B; 1JAL A; 3JVZ X; 1ZXH A; 4S0R A; 5EE0 A; 1KLV A; 2LVQ A; 1IYF A; 1MVK A; 1PDX A; 2E6X A; 3AB5 A; 3RNG C; 4RFB A; 1HA5 A; 2PVG C; 4KGT A; 3NY5 A; 1K8R B; 1YJ1 A; 3AE4 B; 3VH3 B; 1Q10 A; 4AOF A; 4W9J A; 2D11 A; 5AZF A; 2M0A A; 2V1Y A; 2D3B A; 2KVR A; 2XN9 C; 3IG3 A; 4EEW A; 1HE8 A; 2BF8 B; 3DBH I; 4EFO A; 1OQQ A; 1V8C A; 2KNB A; 1ZUD 2; 5LNK 1; 2AL6 A; 2WDV B; 1FFU A; 1NDD A; 2BVC A; 2N9X A; 2K8B A; 3AE6 B; 2KN4 A; 3DVG X; 2BTE A; 1LM8 B; 4W9D A; 3H8H A; 4XWT A; 1J7A A; 3NVY A; 3X0W A; 4NPN A; 2V0G A; 4KZ0 A; 2N9L A; 3TUO A; 4IOI E; 4LDT B; 4MM3 B; 2MBE A; 3U7D A; 1I4Q A; 4BOZ B; 3NG0 A; 4HXD A; 2JZ3 B; 3C19 A; 1KTK A; 2DZK A; 1UZX B; 3V3X A; 2D10 A; 2DLB A; 1GAQ B; 1V2Y A; 2KX3 A; 4FBJ B; 1YIW A; 3DVG Y; 1K52 A; 2C9W B; 4FA6 A; 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