The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.
Total Genus |
21
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sequence length |
96
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structure length |
96
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Chain Sequence |
LPGNYFVNVFVNGRKVDSGNIDFRLEKHNGKELLWPCLSSLQLTKYGIDIDKYPDLIKSGTEQCVDLLAIPHSDVQFYFNQQKLSLIVPPQALLPR
|
The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.
After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.
| publication title |
Allosteric Mechanism Controls Traffic in the Chaperone/Usher Pathway.
pubmed doi rcsb |
| molecule keywords |
F1 CAPSULE-ANCHORING PROTEIN
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| molecule tags |
Transport protein
|
| source organism |
Yersinia pestis
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| total genus |
21
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| structure length |
96
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| sequence length |
96
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| chains with identical sequence |
B, C, D
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| ec nomenclature | |
| pdb deposition date | 2012-07-02 |
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
| Class | Architecture | Topology | Homology | Domain |
|---|---|---|---|---|---|
| Alpha Beta | Roll | Ubiquitin-like (UB roll) | Ubiquitin-like (UB roll) |
#chains in the Genus database with same CATH superfamily 3RFZ B; 4J3O D; 4B0M A; 3BWU D; 1ZE3 D; 1ZDV A; 1ZDX A; 4B0E A; #chains in the Genus database with same CATH topology 2IJ0 A; 2J4X A; 1TKE A; 4TQ1 A; 4RGN A; 4LCD E; 5JHA A; 2N9E B; 3H8H A; 2V4L A; 3QJZ A; 1KLV A; 1V5O A; 4B0E A; 3AEE B; 4RCO A; 4LNN A; 2L52 A; 5BYQ A; 2WGS A; 2WNM A; 3P4P B; 3SDL C; 2KWU B; 2KMA A; 2YEP F; 2INP E; 3L17 A; 2LUE A; 3TMP B; 2W3S A; 1L0Y B; 2JZ3 B; 1KLU D; 1YD8 U; 4P6V F; 1UF0 A; 1TS4 A; 4EZL A; 2PKO A; 1WI0 A; 2IO3 B; 2DBY A; 2LVQ A; 4W9H A; 3BK1 A; 1CJE A; 2V0G A; 4IC7 B; 4MSM B; 3RFZ B; 2WXF A; 4LLG M; 4RF1 A; 4ARC A; 2JRI B; 1SE3 A; 1AW7 A; 2ONQ A; 1XO3 A; 5EE0 A; 1WJ4 A; 3VTU A; 5CHF A; 2D5G A; 3H7S A; 1XXG A; 2WXL A; 3PSE B; 1EU4 A; 2TSS A; 1FNV A; 4MH8 A; 4JLC A; 4LJP B; 2M19 A; 2R61 A; 2D10 A; 2RDB C; 2CJO A; 2IO1 B; 2MCN B; 4RF0 A; 4S0R A; 1WX7 A; 2GB1 A; 1SBB B; 1MG8 A; 3PRE A; 5AZF A; 3OAW A; 3OJ3 A; 2DZI A; 1VZ8 A; 2N1V A; 4KZ0 A; 5GMV A; 1TS2 A; 1HZ5 A; 1P3Q U; 3OWE B; 4W9C A; 2AYO B; 2ZCC A; 2IPK D; 3JYU A; 4W9F A; 2W54 A; 5KHQ A; 4FHK A; 4YTM B; 4B0M A; 1IGC A; 4AS1 A; 3ZNG C; 1ROE A; 2LGI A; 2IYD B; 2LWP A; 5DPT A; 3VUX A; 4JE3 B; 3APD A; 4JX1 C; 4DQO C; 2INN E; 1WXV A; 3DBS A; 4N59 A; 2R2O A; 4US9 A; 1ET6 A; 4MJS A; 4EOY A; 3ZRF A; 2A4Z A; 2DYO A; 2K22 A; 2IO2 B; 3NS8 A; 4W9K A; 3WIM A; 1L4Z B; 3B2F A; 3H1U A; 3LXF A; 3QCA A; 2SEB D; 4NQL B; 1HEZ E; 3D32 A; 1HQR D; 3GB1 A; 1Y56 A; 5IA7 A; 4GU2 A; 1C4P A; 2ASQ A; 2QC8 A; 1B1Z A; 5J17 A; 3SEB A; 3R8B A; 3ZYY X; 4GSW A; 4IWQ A; 3Q3M C; 3A9K A; 1JWM D; 1PQS A; 1E6E B; 1LGR A; 2DZJ A; 1SE4 A; 1XLO A; 3L4P A; 1L7Y A; 3MTN B; 2D3A A; 4ZRJ A; 3W5V B; 1GG3 A; 1I4R A; 3TEZ A; 1MPE A; 1WJ6 A; 4L2Y A; 1R4N I; 2KLC A; 3MHS D; 2Y5P A; 2K39 A; 3A9K B; 4BKT A; 3AU5 A; 3GP7 A; 3NVV A; 3EFC A; 3DPD A; 3BVZ A; 1WH3 A; 1X1M A; 3R3M A; 2WU5 B; 2JUO A; 2D07 B; 1WX8 A; 4M00 A; 1UEL A; 2KDM A; 5EE1 A; 4B9K A; 2AX5 A; 4JQW C; 2V3P A; 1QOF A; 5DCN A; 1TZO A; 4I6N B; 4US8 A; 3Q69 A; 3ZKJ C; 3ZNH B; 2EMT A; 2HD5 B; 2D3B A; 1WSP A; 1NEN B; 4EKU A; 5FR3 A; 4KX6 B; 3AH7 A; 4K7S A; 2BTE A; 3QAQ A; 3Q8A A; 3ZTD A; 4PT5 A; 1TY2 A; 1NI2 A; 1BML C; 2BWE S; 2GBM A; 3I57 A; 2BBC A; 3V3X A; 1WGR A; 2PEA A; 1FM0 D; 1F52 A; 2V4I B; 4WQO B; 3IHP C; 3NZS A; 2I2Y A; 2B3A A; 2FNJ B; 3OJ4 B; 4WJO A; 4NY0 A; 4DXF A; 4OZA A; 4TV3 A; 4WWN A; 5G5G A; 3RMK C; 2K5P A; 4FJZ A; 2KMM A; 1WXM A; 4I6L B; 2J53 A; 3AE9 B; 4XDC A; 4BBN F; 3A1Q A; 2AL3 A; 4MEL A; 5BMH A; 3PVL A; 2LGX A; 4HRO A; 4A9A A; 2M1M A; 2BS3 B; 1JRP A; 3A1Q B; 2KX3 A; 4CQN A; 3V62 A; 1IBX A; 3QC8 B; 1NDD A; 4C4V A; 1WGD A; 1WX9 A; 1ZDX A; 1MVK A; 1JML A; 1PFD A; 2K0P A; 2KQ7 A; 5G5H A; 1IBX B; 5AUI A; 4C4V B; 1P7E A; 3LDZ E; 1WJU A; 3UIP B; 1G6J A; 1N63 A; 2WDR B; 4YXD B; 3FIL A; 1FXT B; 3SU8 X; 3A33 B; 3Q3N C; 4FJY A; 3V6C B; 3U8Z A; 4HDO A; 4MT5 A; 4JL9 A; 3ZDT A; 3V61 A; 3FIL B; 1JWA D; 5C3J B; 1I4Q A; 4RNA A; 4HK2 A; 2K1F A; 2MBO A; 3N32 A; 1F2R C; 2WDQ B; 3U4E G; 5G55 A; 4DHJ D; 4DHZ E; 2W3R A; 1FCC C; 3Q2A C; 1WYW B; 3RNC C; 4HRS A; 3P4R B; 3ALB A; 4URK A; 4K3B A; 1EF5 A; 2RGF A; 4IKG A; 3TUO A; 1C79 A; 2EKI A; 3NY5 A; 4ANW A; 4GGQ A; 4DHZ B; 2WXR A; 1DOX A; 1SIJ A; 2KTR A; 1R4M I; 2JZP A; 4BBN C; 1E0Z A; 4Q2J A; 4YWG G; 2LI5 A; 4GDK A; 2KO3 A; 1P1A A; 2XK5 A; 3ZO5 B; 4NPN A; 2Q5W D; 2N1W A; 4P1C C; 1V1O A; 2DYM A; 4GDK B; 2XK5 B; 4GIV A; 4LNF A; 3DCG A; 4OHJ A; 2IZV B; 1C1Y B; 2V3N A; 3PZ8 A; 3VR8 B; 1FFU A; 4C7Y A; 2KDE B; 2LXA A; 4DXG A; 4S17 A; 4D2K A; 2HJ1 A; 2FCQ A; 1JWS D; 3BII D; 3C19 A; 4C56 C; 3GE8 C; 4MAC A; 4PYU A; 1VLB A; 4DHJ B; 1SE9 A; 1XQQ A; 3AU4 A; 3MC8 A; 1OGW A; 2BQQ A; 3DBL B; 2LEK A; 3RNA C; 4TSS A; 3T9L A; 2DAF A; 3SHQ A; 4WWO A; 1P98 A; 3VR9 B; 1STE A; 4LJO B; 2NCN A; 4DXA B; 2EEL A; 2QDF A; 3PLU A; 3H7P A; 5IAA C; 2C60 A; 1Q5W B; 3BIN A; 3IT6 B; 3AEB B; 1FIQ A; 4CYE A; 1HZ6 A; 1GB4 A; 3JW0 X; 3ZVV A; 2B76 B; 3H7P B; 4AQ7 A; 1V81 A; 3QA8 A; 3DVN V; 3TEY A; 2L0T A; 2GLS A; 3L10 B; 1WZ3 A; 3BYY B; 3VTW A; 3N1Y C; 4A6Q A; 2BS2 B; 5CX3 A; 1MHH E; 1P7F A; 2OJW A; 2CS4 A; 2XEW A; 3U30 A; 3P63 A; 3I63 C; 1A5R A; 1FNW A; 2JZZ A; 2KVZ A; 3LJ3 A; 3EA6 A; 1R7S A; 1OQQ A; 2N7E A; 5J2R A; 4HDQ A; 2G4D B; 1D5Z C; 1YIW A; 5DPS A; 4FA6 A; 2KN4 A; 2FAZ A; 1QF6 A; 1T6B X; 2NTS A; 2WX0 A; 4PK1 A; 4WQM A; 2KWD A; 1C9F A; 3ECI A; 3C8Y A; 4ANV A; 1C4A A; 3PRP B; 2LZ6 A; 5L83 A; 1YQB A; 2KVR A; 2KC2 A; 3PO0 A; 1F0Z A; 1A70 A; 2PVG C; 1VRA B; 4QAY A; 4TKN A; 2J7Q B; 4N58 A; 4A3O A; 2HDE A; 3I5J C; 2QJL A; 1N5X A; 4YL8 A; 3DDC B; 5DPW A; 2M8S A; 1HE8 A; 2KNB A; 3K9O B; 1YQ3 B; 2ZW0 A; 2N9K A; 3HUI A; 3KYD D; 1VCB A; 3AE4 B; 1FD6 A; 4REZ A; 2JQR B; 2RSU A; 4I6P A; 1ZPS A; 1J0G A; 1J7B A; 3T3N A; 1QIL A; 5JXV A; 2AWT A; 3N9Y C; 3WCQ A; 3WAP A; 4JWS C; 4WWM A; 2IY1 B; 4BKS D; 4K81 A; 3AXC A; 1SIF A; 2HJ8 A; 3AE8 B; 3ETR A; 2J0K A; 2HTM E; 2IGG A; 4HCN B; 2ZW1 A; 4JIO U; 3TEW A; 2BB6 A; 3L13 A; 4TQ0 A; 2UWQ A; 4KKI A; 2CHZ A; 3QQ8 B; 3VH3 B; 2H89 B; 1TS5 A; 3B0A A; 2JRH A; 3TSS A; 2LVO A; 1BXT A; 1EM7 A; 1YJI A; 1XLP A; 2UU7 A; 2NBU A; 3VRB B; 5BYR A; 1SGH A; 3MFG A; 4G11 A; 2JVC A; 2FCS A; 2W82 A; 3DHG C; 3M95 A; 2MJ3 A; 2QSD A; 3ZXR A; 3FAH A; 4M8M A; 2LGD A; 4ZHO A; 1QOB A; 2YEP B; 1ZW7 A; 5CHV C; 1N60 A; 4AJW A; 2KWC A; 3VFK A; 2BYT A; 1VDV A; 2LGY A; 2LVP A; 3Q8C A; 3W5U B; 4BKS A; 3VDZ A; 4NNJ B; 2O6V D; 3W2D A; 3AE2 B; 2FID A; 3VUW A; 1RFA A; 4DDG D; 3DOW A; 4L1B A; 2BW2 A; 2QCZ A; 2WX1 A; 1I4G A; 4NAW A; 5E6P A; 4C00 A; 5AEK B; 2E3T A; 1KH0 A; 3Q3O C; 3WAM A; 2WXH A; 2PJH A; 2N9L A; 2Y3A A; 3DWG C; 1YOV B; 3T3O A; 2KMC A; 1CK1 A; 3ML8 A; 1MHX A; 2VRR B; 4FHJ A; 4NAW B; 2Y5C A; 3OG5 A; 2X8X X; 1WM2 A; 4KDI C; 1XLN A; 4RM8 A; 1ZGU B; 2XN9 C; 1WWT A; 2PIA A; 2WHI A; 1RFK A; 1SF0 A; 1E8Y A; 3LB8 C; 2QIL A; 5EE3 A; 4ZRQ A; 2LHE A; 2KFK A; 1ZUD 2; 4HJK A; 1I4P A; 4II3 B; 2ZNV C; 2JXX A; 4KDL B; 5D3I B; 2MBB B; 2KFK B; 3TEX A; 1NBF C; 3UF8 A; 3Q8B A; 3Q8E A; 2CU1 A; 2W55 A; 3KUD B; 4BOZ B; 1JRO A; 3L16 A; 1YMH E; 4HXD A; 3PLV A; 2LFI A; 4BOS C; 1WMH A; 3PV1 A; 4EUT A; 2VH2 A; 3P4S B; 1ESF A; 2MQJ A; 1E9M A; 2AQ3 B; 3RD2 A; 1WMH B; 2KXJ A; 2L32 A; 1ZP0 B; 3ZW3 A; 1VR9 A; 1ZXI A; 1FFV A; 2IND C; 5MPO A; 3VUY A; 1YNT E; 4JGH B; 3RNF C; 2OOB B; 4IG7 B; 2VZK D; 3WAN A; 2EMS A; 4MDK E; 3ZGZ A; 1MI0 A; 4WJQ A; 3H6N A; 3C0R B; 3H9D A; 1UBQ A; 1TIF A; 2Z0D B; 2JXT A; 4G3X B; 4KVG B; 3WA0 A; 2H88 B; 2Z8L A; 2IDY A; 1E8X A; 2ZCB A; 1UZX B; 1T0S C; 1YQ4 B; 3PRM B; 2GBR A; 3PHW B; 4HKQ A; 1HTO A; 4ZRI A; 1WXQ A; 3PHX B; 5EE9 A; 2V9H A; 5CTR C; 3X0W A; 1F9J A; 3ZQ4 A; 1GAQ B; 3M63 B; 4K7W A; 1QOA A; 3V60 A; 3BY4 B; 1CMX B; 2G1E A; 2AQ1 B; 1WGK A; 3KUC B; 4WUR A; 3UQB A; 4MGI E; 1V8C A; 4L23 A; 3ZNZ B; 5AZH A; 3ZDM C; 1L5P A; 2RDG A; 3A9J A; 3DVG Y; 3PT2 B; 4DK5 A; 3KW5 B; 3HRD D; 2MP2 A; 3URY A; 2WDT B; 3VVW B; 2L0F A; 4A20 A; 2RR9 A; 3A9J B; 4PS3 A; 2CKH B; 2K6Q A; 4DWF A; 2MP2 B; 1F2R I; 2Z59 B; 1E7P B; 1UGJ A; 4XWT A; 2KLG A; 5IP4 D; 2D2Q A; 4BZA A; 2VH1 A; 2VZK B; 1FRD A; 4YSX B; 2MSE D; 3NVW A; 3O65 B; 1PYW D; 3VRA B; 4MGK E; 4GOC A; 2L3Z A; 2WS3 B; 1UWM A; 4IDI A; 1P0R A; 5E6J A; 4FXC A; 2L7R A; 2CHW A; 1VJK A; 3KQ4 A; 3ENE A; 3B2G A; 1WM3 A; 2IGH A; 2PPH A; 4KIK A; 1LFD A; 2BPS A; 1V86 A; 5BO4 B; 4KGT A; 1PDX A; 4NJC A; 1FMA D; 4WH4 A; 1KM7 A; 1D5M C; 3DBH B; 4KIK B; 2FBW B; 4NAM A; 2OED A; 1KRH A; 3VHT C; 3KLS X; 2DHZ A; 3UIO B; 4WAF A; 3TJP A; 4AP4 C; 2IO0 B; 1FEH A; 5AZG A; 2CU3 A; 4A8X C; 4NZL B; 3UIN B; 2DYB A; 4RGT A; 1V5T A; 4KKJ A; 3IT4 B; 2L00 B; 4R3D A; 1I4X A; 1TS3 A; 2L05 A; 2M4N A; 1H8C A; 3M62 B; 3Q3J A; 3DWM A; 4TUU A; 2D11 A; 4LNO A; 1WXA A; 3AI5 A; 3HIZ A; 3HM3 A; 2KD0 A; 2MJE A; 3AEF B; 1K8R B; 1YX5 B; 2FUH B; 3RN9 C; 5HHD G; 2G9H D; 2Z0E B; 4XYC A; 4RM9 A; 1C3T A; 1FXA A; 1BT0 A; 2Y5B B; 1EUV B; 3CST A; 3HVD A; 1BUI C; 2RPV A; 2DX5 B; 2LRW A; 2WLB A; 2IY0 B; 3ZNI D; 1MJD A; 5BMI A; 1XLQ A; 3MJW A; 3B08 A; 3R2I A; 1GUA B; 2ZJD A; 2FIF A; 3IBE A; 4AUQ C; 3W1S A; 1WRI A; 3FKY A; 1TBE A; 2DAJ A; 4OW0 A; 3R7R A; 2ZZP B; 4K3C A; 5FR6 A; 1K50 A; 4WJN A; 3A4R A; 4ZRK A; 3AEA B; 1WE7 A; 1TYG B; 1IPG A; 4FJV B; 4OVU A; 3PS6 A; 2IBI B; 3JVZ X; 2MJD A; 3VTV A; 3V05 A; 5FK9 C; 2BF8 B; 2JWZ A; 3ONS A; 4CHK A; 1C4C A; 3N1X C; 3CMM B; 1NVI D; 2BVC A; 3QX1 A; 2PLP A; 1Q0W B; 4GDL A; 1V80 A; 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3KYC D; 2YLM A; 2BYE A; 2BWF A; 4N6E B; 3IAS 1; 2J0J A; 3GZN B; 1WYG A; 3NUH B; 3HK0 A; 4WIP A; 1JCK B; 4M0W A; 2MEK A; 1ZKH A; 3K9P B; 3N1Z C; 4A90 A; 2MLB A; 2XBB C; 2L76 A; 2EKE C; 2WXJ A; 4M0W B; 1KFY B; 4WWP A; 1L6U A; 2WXN A; 3NS1 A; 1JQ4 A; 2FE8 A; 1DOI A; 4P16 A; 2YVC A; 2KC1 A; 3IG3 A; 1EU3 A; 5BMG A; 1P9D U; 2A5U A; 3DBR B; 3BZD B; 1T0Y A; 3L0W B; 1E5W A; 5JH5 C; 1M94 A; 4ZOH C; 1D4B A; 4YTP B; 1S3S G; 3Q8F A; 2N4F A; 1KF6 B; 3RYT A; 1MG4 A; 4ZHP A; 2NBW B; 4DDI D; 2ZNV B; 1QOG A; 1XCQ L; 4MSQ B; 1CQV A; 1FO4 A; 2WXO A; 1I35 A; 4BAX A; 3L54 A; 3U2S C; 2K9X A; 1WFY A; 2FCN A; 2J52 A; 1EWC A; 5GXG B; 3GS2 A; 5LXI B; 4W9E A; 1WIA A; 4EZK A; 1OQR A; 2K25 A; 4IOI E; 4ZYS A; 5H8Y E; 4B6W A; 4M02 A; 3RUL A; 1T0R C; 1UGM A; 2M0A A; 3ZTC A; 3SR6 A; 2D3C A; 3RNE C; 1I42 A; 1KLG D; 1JWU D; 3NVZ A; 2RDH A; 4GXB A; 1WXS A; 2LHD A; 3QK0 A; 3CWI A; 1EF1 A; 4F7Z A; 2MH7 A; 1E8Z A; 5C23 A; 3ZUN A; 2LGS A; 3SFE B; 1UD7 A; 2ON8 A; 4YTN B; 1SSN A; 3W9C B; 1Q1O A; 3KWV A; 4X57 B; 4EEW A; 3QWZ B; 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