The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.
Total Genus |
21
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sequence length |
135
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structure length |
131
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Chain Sequence |
AYTFDSTMLDTNSGESIDVSLFNQGLQLPGNYFVNVFVNGRKVDSGNIDFRLEKHNGKELLWPCLSSLQLTKYGIDIDKYPDLIEQCVDLLAIPHSDVQFYFNQQKLSLIVPPQALLPRFDGIMPMQLWDD
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.
After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.
| publication title |
Allosteric Mechanism Controls Traffic in the Chaperone/Usher Pathway.
pubmed doi rcsb |
| molecule keywords |
F1 CAPSULE-ANCHORING PROTEIN
|
| molecule tags |
Protein transport
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| source organism |
Yersinia pestis
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| total genus |
21
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| structure length |
131
|
| sequence length |
135
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| ec nomenclature | |
| pdb deposition date | 2012-07-03 |
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
| Class | Architecture | Topology | Homology | Domain |
|---|---|---|---|---|---|
| Alpha Beta | Roll | Ubiquitin-like (UB roll) | Ubiquitin-like (UB roll) |
#chains in the Genus database with same CATH superfamily 4B0M A; 3RFZ B; 4B0E A; 3BWU D; 1ZE3 D; 1ZDX A; 4J3O D; 1ZDV A; #chains in the Genus database with same CATH topology 3A1Q B; 4BZA A; 2O2V B; 1PGX A; 2JSV X; 4REZ A; 3A9J A; 3IXS A; 1SE9 A; 2WP9 B; 2PEA A; 3OWE B; 1JRU A; 2KVZ A; 2Z59 B; 3QX1 A; 1XLP A; 2CHZ A; 1ISN A; 5HFY A; 4NZL B; 3PLV A; 4K7U A; 4LNO A; 4HRS A; 2LWP A; 2DYB A; 1UWX A; 3AMZ A; 2DZM A; 4TKN A; 4M8M A; 5DCN A; 3RNG C; 3VHT C; 3N20 C; 4MJS B; 4IDI A; 2NBU A; 3MJ5 A; 4BKT A; 2MRP A; 4N9F 4; 3L54 A; 2G4S A; 5D94 A; 2ONQ A; 1K52 A; 3ZDT A; 5BYS A; 2JPH A; 2G9H D; 5AUK A; 3ENE A; 4L2Y A; 2DAF A; 2LJ5 A; 3VR9 B; 3DPD A; 3UQA A; 1E90 A; 2J42 A; 3VUW A; 1J19 A; 3UF8 A; 3N30 A; 5J17 A; 3IFW B; 3ML8 A; 4LDT B; 4XZ4 A; 3UIP B; 2PW9 A; 3DOW A; 1FIQ A; 3GP7 A; 1B9R A; 1OFF A; 2GBR A; 1WYG A; 2J52 A; 4GGQ A; 3PRM B; 3Q6B A; 2RMM A; 2QHO A; 3DBR B; 4M01 A; 1EUV B; 1RYJ A; 2D3G A; 2KWU B; 1AW7 A; 5D2M B; 4WQM A; 2KQS A; 3PV1 A; 2KQ4 X; 4LJP B; 1VZ8 A; 1WF9 A; 1WXA A; 4LJO B; 3WAO A; 1NBF C; 1WJU A; 4RM9 A; 2KYW A; 3MC9 A; 3AUL A; 3ECI A; 4FAD A; 2VZK D; 1CJE A; 1HE8 A; 3VRB B; 2NVU I; 1TS2 A; 2OJR A; 2MJ3 A; 1K53 A; 2DYM A; 1FO4 A; 1E0Z A; 4MM3 A; 4AWJ A; 2GOW A; 1WXS A; 1HTO A; 1ZGU B; 4DHZ B; 4M00 A; 5BMI A; 2ASQ A; 1R4N I; 3DHG C; 2NS5 A; 1N5W A; 1Y56 A; 3ZQ4 A; 3NHE B; 4FA6 A; 4HJK A; 4RF1 A; 2QEJ C; 3AE9 B; 5E6O A; 3ZXV A; 2YEP B; 3IAM 1; 1KLU D; 2K25 A; 1QOA A; 3H1U A; 1AN8 A; 3PZ8 A; 4P16 A; 3U8Z A; 3I3T B; 2N1W A; 2QDF A; 4JLC A; 1TY0 A; 4ZRK A; 2RDB C; 1D6E C; 1IGC A; 1UH6 A; 3IT6 B; 1YJI A; 2O6V B; 4S17 A; 3U4E G; 5BYR A; 3AE1 B; 2JYT A; 2RDG A; 4K3C A; 3NS8 A; 1T0S C; 4BAX A; 4NAW B; 4URK A; 2M4N A; 1V5T A; 2K8B A; 4II2 B; 1KM7 A; 4MSM B; 3P4Q B; 1HXY D; 3Q8C A; 2KN4 A; 3Q8F A; 2G3Q B; 5C3J B; 1MHX A; 2MP2 B; 1DYQ A; 4J3O D; 2M1M A; 2ZVN A; 1N61 A; 4MGI E; 2B76 B; 1ZKH A; 3SD5 A; 1SIF A; 2VH1 A; 1A5R A; 1JQ4 A; 1ZUD 2; 2WXQ A; 4JE3 B; 3AED B; 3M62 B; 1STE A; 3WA0 A; 3EC8 A; 3CMM B; 2KWC A; 3L10 B; 5DPW A; 2K6Q A; 4OZA A; 4ITK A; 3I63 C; 3BVZ A; 4M02 A; 1R4M B; 3DVG X; 1IGD A; 2FCN A; 2MW5 A; 2LJI A; 4MGZ E; 1CK1 A; 1F52 A; 3ZTC A; 2KMC A; 1DOI A; 3QK0 A; 1GNU A; 3NS1 A; 3ALB A; 3L0W B; 2J53 A; 1V49 A; 4MDK E; 4WUR A; 3AEE B; 4MGY E; 3RI7 C; 1YMH E; 3RZW C; 5CTR C; 2WS3 B; 4YTN B; 1ESF A; 1QLB B; 1E5W A; 4HLE A; 1FM0 D; 1P7E A; 4JPS A; 1M4V A; 5G5H A; 3NZ3 A; 3ZXR A; 4AJW A; 2ZCC A; 2N7E A; 3ZDM C; 4WJP A; 2JX5 A; 3KLS X; 1TJE A; 4RF0 A; 2FID A; 3ZRC A; 2EMS A; 1H4R A; 1WI0 A; 2I2Y A; 1LFD A; 1XLN A; 4US8 A; 3VTV A; 3N1X C; 2KWD A; 3VAW A; 2J7Q B; 4ICV A; 2BS4 B; 2QC8 A; 2QSD A; 4AJY B; 1B1Z A; 2OED A; 5D3I B; 2N7D A; 2K6D B; 4US9 A; 4K81 A; 1LXD A; 2V4L A; 4KSK C; 3SHQ A; 1QZE A; 1N5X A; 4HEA 1; 4KKJ A; 4I6N B; 1SBB B; 3V61 A; 2KDI A; 3ZLZ A; 4GSW A; 1QF6 A; 2FUH B; 3Q8A A; 2I1K A; 2NMQ A; 2L32 A; 1PGB A; 3HM6 X; 3QHT A; 3H9D A; 4DHJ D; 5L95 C; 2NBW B; 2LMC A; 3RUL A; 4EFO A; 2NTT A; 4YL8 A; 3W1Y A; 3AXC A; 3EGR A; 2CKH B; 1SE2 A; 1KLG D; 2XEW A; 2JQR B; 1IBX A; 3WIM A; 1PQS A; 4ACF A; 2DEN B; 2WXH A; 1H8C A; 2KD0 A; 2C7M B; 2D10 A; 1WX9 A; 3APC A; 3W1S A; 4BKG A; 3M63 B; 2EKE C; 2PVO D; 1E7P B; 2GBM A; 2BS2 B; 3N3K B; 2HE7 A; 4MEM A; 1EF5 A; 2WYQ A; 2MBE A; 4WWP A; 3AEB B; 2WX0 A; 4GN1 A; 3ZGZ A; 3ZNI D; 4W9E A; 1EWY C; 3BII D; 4CQN A; 2KC1 A; 3A9K B; 2C7H A; 5I4D A; 1F9J A; 2PJH A; 4A90 A; 2JVC A; 1TS4 A; 2ZCB A; 1I4Q A; 1TKE A; 1V1P A; 1EM7 A; 1RWS A; 4IWQ A; 2LRW A; 1ET9 A; 1FRD A; 4IUM B; 5AZF A; 1SIJ A; 3W1S C; 4OVV A; 2BTE A; 2IY1 B; 1QOF A; 1HA5 A; 4GDK B; 3VH4 B; 3IT4 B; 4KZ0 A; 5FR6 A; 4TMA B; 2N7J A; 4G0N B; 2J0M A; 3BY4 B; 3OLM D; 4XDD A; 2IYD B; 2R2Q A; 2KXJ A; 2FNJ B; 3RFZ B; 2MBH A; 2W9N A; 2AL6 A; 4ZRJ A; 1WE6 A; 1L0V B; 1JWA D; 1KJT A; 2KNB A; 1XD3 B; 4FHK A; 1UGM A; 2V3S A; 2I1J A; 1WY8 A; 1L2N A; 3ZRF A; 1IYF A; 4IWP A; 4HVB A; 1P9D U; 4H2A A; 1S1Q B; 3DBR I; 1E7U A; 4ZRQ A; 2LZ6 A; 1BXT A; 5LXH A; 1JWB D; 4LCD E; 4W9H A; 1C1Y B; 5H8Y E; 3WAL A; 1VDV A; 1S3S G; 1TT5 B; 5J2R A; 3VVW B; 2JWZ A; 3V6E B; 2M17 A; 2Y5C A; 2BKF A; 1WFY A; 1IPG A; 1SF0 A; 2D11 A; 5JXV A; 1SEB D; 1G6J A; 2KX3 A; 1K51 A; 4DHZ E; 4AS1 A; 4EUT A; 4EZL A; 1L6V A; 2FIF A; 3ZIM A; 1PUT A; 1V80 A; 4ASW C; 4BBN F; 4W9D A; 2HTH A; 5HG2 A; 3KUC B; 4ANX A; 3JSV B; 5C1Z A; 2ZW0 A; 3C8Y A; 2MCN B; 2SEB D; 4TSS A; 2ZJD A; 4B0M A; 3B08 A; 3TIX A; 2FUG 1; 4X57 B; 2MLB A; 2JZZ A; 4P1B C; 2WXO A; 1CQV A; 1EF1 A; 2KAC A; 3VTW A; 4NAM A; 2K1F A; 3KVF B; 3PSE B; 4YT0 B; 4JGH B; 1XCQ L; 2KKC A; 3RNB C; 3R2I A; 1WH3 A; 1UNS A; 3EUB 2; 1RLF A; 3AE5 B; 1WMH B; 2KAN A; 3SU8 X; 2BYT A; 1KTK A; 5AUI A; 4ARC A; 3GE3 C; 4IC7 B; 2MJE A; 4II3 B; 1C79 A; 4HWI B; 3A1Q A; 2N1V A; 1YD8 U; 4AOF A; 4BVU C; 4J6I A; 3AE7 B; 5IOI A; 2WQY B; 2DBY A; 1UEL A; 1FFU A; 1ZP0 B; 1WGY A; 5BO4 B; 3RD2 A; 1GOZ A; 2W54 A; 4XYC A; 4MJS A; 3AN1 A; 1AYF A; 2JYE A; 2M19 A; 1NI2 A; 3DDC B; 1K8R B; 3AEG B; 1QIL A; 1FMA D; 4EOY A; 3RNC C; 2WXG A; 2FCS A; 4RFB A; 5EE0 A; 1ENF A; 3OJ4 B; 1GUA B; 2OOB B; 1ZDX A; 4HCN B; 1R4M I; 3WAP A; 3P4P B; 1N63 A; 4BKS A; 1V6E A; 4NY0 A; 2D3C A; 4BBN C; 1IP9 A; 5LXI B; 4IM2 A; 2DAJ A; 1TYG B; 3KYD D; 3Q2A C; 1ZXI A; 1RFA A; 4OHJ A; 1MG4 A; 3HVZ A; 3E56 A; 2FBW B; 3AE3 B; 2K8H A; 1GAQ B; 4GXB A; 3J9C A; 3WAN A; 1QOG A; 2Y5P A; 4LNF A; 3R7Q A; 3IBE A; 1JRP A; 2BKR B; 1YIW A; 2Y3A A; 3DBL B; 4DBG A; 1M94 A; 3MFG A; 3MTN B; 4GLS C; 4UDU C; 1Q0W B; 3BZD B; 4WAF A; 4HXD A; 3B2F A; 3B0A A; 1L0X B; 3KQ4 A; 1XF5 L; 3FIL B; 3Q14 C; 3L13 A; 2K9X A; 4M0W B; 3QQ8 B; 4NNJ B; 2W82 A; 2KWV B; 3KW5 B; 1UBI A; 4LK0 M; 1RAX A; 4C4V B; 4DXG A; 2J0K A; 1XO3 A; 2C7N B; 2Z8L A; 2V1Y A; 3SR6 A; 3R8B A; 1WE7 A; 4L23 A; 4XGA B; 5BMH A; 2ZPY A; 2LRU A; 2MA9 B; 2DLB A; 2DZK A; 4HKZ E; 2WNM A; 4LNK A; 3C19 A; 1JWM D; 2KHW B; 4EE2 A; 1N6Z A; 4FJZ A; 4A6Q A; 4K3B A; 5KHQ A; 3SFE B; 3TMP B; 4GMV A; 3QA8 A; 4IG7 B; 4RMA A; 2JUO A; 2XN9 C; 1E8W A; 4P6V F; 3TBL D; 3T9L A; 2O6V A; 4ZOH C; 3VRA B; 2MEK A; 4XWW A; 1D5M C; 4KDI C; 2N0S B; 2FAZ A; 4NAW A; 3EFU A; 4A3P A; 2ICI A; 3V62 A; 3MHS D; 4RCO A; 1WRI A; 1E7V A; 4C7Y A; 2IPK D; 3DCG A; 3NG0 A; 1YQ4 B; 1WGK A; 2XK5 A; 3KH0 A; 1HTQ A; 3JW0 X; 3OJ3 A; 2L0T A; 4TUU A; 2L1A A; 3HUI A; 1GJZ A; 1YJJ A; 2EKI A; 2CU3 A; 2BGF A; 3PPA A; 4RH6 A; 1XT9 B; 3NUH B; 2INP E; 2KJH B; 1C78 A; 2L8J A; 4R3D A; 3U2S C; 4GOC A; 4B9K A; 1A70 A; 1PDX A; 1YNT E; 2IDY A; 3A33 B; 1JAL A; 2LGD A; 2WXP A; 3OG5 A; 3QC8 B; 1PGA A; 4AQ7 A; 2D5G A; 1J8C A; 1NEK B; 2WDV B; 1J0G A; 2WDT B; 4YSY B; 1UWM A; 2QIE B; 2H88 B; 1ZW7 A; 4ZDV A; 3L16 A; 2CHW A; 4W9F A; 3GZN B; 4JQW C; 4PS3 A; 4F1S A; 1WXQ A; 1RRB A; 4LTU A; 4JX1 C; 1VZ6 A; 5G5G A; 4IOI E; 3B1L X; 1Q10 A; 3AE8 B; 2VZK B; 2FCM A; 2L7R A; 4TQ1 A; 4BOZ B; 5TR5 A; 2IJ0 A; 2GBJ A; 2L05 A; 1F1H A; 3DVN U; 2KDF B; 1CMX B; 3AM9 A; 1JCK B; 1OGW A; 2HDE A; 2PIA A; 3IVF A; 2AX5 A; 4MM3 B; 2WXN A; 2L83 A; 3LB8 C; 2FE8 A; 2RSU A; 2NPT B; 2MWS B; 2REX A; 2JXX A; 2LGX A; 2GMI C; 3VR8 B; 4EZJ A; 2FCQ A; 5CHW A; 1WSP A; 4W9C A; 4B95 A; 1FNU A; 4XWT A; 1WJ6 A; 3PT2 B; 1OQY A; 2M8S A; 2ZZP B; 3T3N A; 3NZU A; 1N60 A; 4C56 C; 2I38 A; 1J7A A; 1FPY A; 4HPP A; 3AU4 A; 3APF A; 1L4D B; 1YN3 A; 3Q8E A; 4XX5 A; 1WZ0 A; 2JY6 A; 3Q3J A; 4ZRP A; 2M0X A; 1C76 A; 3QWZ B; 4HDQ A; 2UYZ B; 1UBQ A; 3DBH B; 3W9C B; 3K9P B; 3PO0 A; 3RPF C; 2JWU A; 1TGZ B; 2KOX A; 3RNA C; 2KJR A; 1I7H A; 2RD0 A; 3V05 A; 1JRO A; 2KFJ A; 4HRO A; 3ZJT A; 3PHW B; 3RCZ A; 4RM8 A; 5C2T B; 3PRZ A; 1C77 A; 3ZUN A; 2IBI B; 2E3T A; 3HK0 A; 1JWU D; 5D3D A; 4LLG M; 1I35 A; 3ETR A; 1T5X D; 1TKG A; 3QAR A; 4HKQ A; 2ZVO A; 2KLG A; 1KH0 A; 4ANV A; 2NBV B; 2WLB A; 3WAM A; 4MEL A; 5AZG A; 3NJT A; 4ARI A; 2KMA A; 2KQ7 A; 5FR3 A; 1VD2 A; 2AEH A; 2RPV A; 2ACZ B; 3MHZ A; 1ZXH A; 4FHJ A; 3A9K A; 2ZNV B; 3P63 A; 3AV8 A; 3FAH A; 2D3B A; 2LGY A; 4CHK A; 4DDI D; 3HVD A; 4BOS C; 1WM3 A; 2GB1 A; 5EE9 A; 2KMM A; 1C4C A; 2LD9 A; 2RGF A; 4GDL A; 2EMT A; 1FXI A; 4FJY A; 4P7I A; 3V60 A; 3BVG A; 4GDK A; 4L1B A; 4I6L B; 3AEC B; 2CJN A; 1NEN B; 1GPX A; 3AI5 A; 1E8X A; 4A20 A; 5JHB A; 2INN E; 2D2Q A; 4MAC A; 3TEX A; 2V3P A; 3QCA A; 1TTN A; 3WCQ A; 2JZP A; 3GS2 A; 4K1R B; 3BK1 A; 2IGD A; 2LXA A; 4LNI A; 3H7P B; 3NVV A; 4B0E A; 2OJW A; 1T0R C; 2WWZ A; 1T0Y A; 4ZHO A; 2L00 B; 4TQ0 A; 3DBL I; 2CS4 A; 3BVM A; 2MH7 A; 1Q5W B; 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