The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.
Total Genus |
21
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sequence length |
135
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structure length |
131
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Chain Sequence |
AYTFDSTMLDTNSGESIDVSLFNQGLQLPGNYFVNVFVNGRKVDSGNIDFRLEKHNGKELLWPCLSSLQLTKYGIDIDKYPDLIEQCVDLLAIPHSDVQFYFNQQKLSLIVPPQALLPRFDGIMPMQLWDD
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.
After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.
| publication title |
Allosteric Mechanism Controls Traffic in the Chaperone/Usher Pathway.
pubmed doi rcsb |
| molecule keywords |
F1 CAPSULE-ANCHORING PROTEIN
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| molecule tags |
Protein transport
|
| source organism |
Yersinia pestis
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| total genus |
21
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| structure length |
131
|
| sequence length |
135
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| ec nomenclature | |
| pdb deposition date | 2012-07-03 |
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
| Class | Architecture | Topology | Homology | Domain |
|---|---|---|---|---|---|
| Alpha Beta | Roll | Ubiquitin-like (UB roll) | Ubiquitin-like (UB roll) |
#chains in the Genus database with same CATH superfamily 1ZDX A; 4B0M A; 4J3O D; 3BWU D; 1ZE3 D; 4B0E A; 1ZDV A; 3RFZ B; #chains in the Genus database with same CATH topology 3PLU A; 4F1S A; 3ZUN A; 1ZGU B; 1I4P A; 5DPW A; 1UGM A; 4KSL C; 3QWZ B; 2LJI A; 1MG8 A; 2C7N B; 1SJE D; 2V4I B; 1UWX A; 3NVW A; 1QIL A; 3RI7 C; 2MH7 A; 2V9H A; 3ZNZ B; 3ML9 A; 1TKE A; 4MM3 B; 3N32 A; 1RM6 C; 1L6V A; 2I1J A; 4URK A; 5AUK A; 4AS1 A; 1ESF A; 3R66 C; 3AE4 B; 1TY0 A; 2DZM A; 3Q8B A; 3ZJU A; 2LRW A; 3DOW A; 2WDQ B; 1ZPS A; 2V0G A; 2AYO B; 1QOF A; 2QHO A; 3DWM A; 1YN5 A; 4HDQ A; 2KOX A; 2SEB D; 2IBI B; 3AED B; 3AN1 A; 2EKE C; 3GZN B; 4P1C C; 2E6X A; 3HIZ A; 1PGA A; 5GMV A; 3A9K A; 1HTQ A; 2V3S A; 3OAW A; 4DDI D; 3AU4 A; 4GB9 A; 2WXM A; 1I4X A; 5L83 A; 3VR9 B; 1XF5 L; 3CF6 E; 4DHJ D; 1HXY D; 1E7U A; 2ICI A; 2WXI A; 2OED A; 4BAX A; 1DOI A; 1TS2 A; 2L0F A; 2WXN A; 4MGI E; 3O13 A; 2NS5 A; 4KKI A; 4P7I A; 1L6U A; 3VUX A; 1FRD A; 3Q3N C; 4XDC A; 2RR9 A; 2VZK D; 3AB5 A; 2WXO A; 1E8Y A; 4JL9 A; 4RGN A; 2NCN A; 3O65 B; 3P2B A; 4PT5 A; 2KJR A; 1KLG D; 1GB4 A; 4GIV A; 2BWE S; 4NAW A; 3H8H A; 2L32 A; 3UIN B; 1CJE A; 3L13 A; 4LDT B; 3GB1 A; 2KTR A; 1PDX A; 1XO3 A; 1VR9 A; 1L0X B; 4WWM A; 1XCT L; 4ZRI A; 2YVC A; 2X38 A; 3ZRC A; 2DAF A; 4REZ A; 1WX7 A; 2FCS A; 4HPL B; 2IPK D; 2KMC A; 3FIL B; 3PRZ A; 2MA9 B; 1IGC A; 1C79 A; 3NOB A; 2J0M A; 4B6W A; 3RMK C; 4TKN A; 5E6J A; 3VQI A; 1V8C A; 1V1P A; 1LFD A; 1HQR D; 1Y8R C; 1VDV A; 3IG3 A; 3U30 A; 2DZI A; 1IYF A; 3W1Y A; 5D94 A; 4WQM A; 1JQ4 A; 2RD0 A; 3AM9 A; 3SU8 X; 3H7S A; 3DVN U; 2IDY A; 4XWW A; 3QCA A; 4MEL A; 3ML8 A; 3L10 B; 5D2M B; 2JYE A; 1WWT A; 4HPP A; 5DCN A; 2WDT B; 2PVG C; 3RYT A; 1L2N A; 4O1N A; 1QT9 A; 1D5X C; 4LNK A; 2WXQ A; 4TMA B; 5LXH A; 4WJN A; 1TY2 A; 2AQ2 B; 2JPH A; 3A9K B; 3DVN V; 4HEA 1; 3EUB 2; 3Q3O C; 3TEY A; 2W54 A; 3AEF B; 3VVW B; 3TUO A; 3VXW A; 3ZXR A; 2KTF A; 1WYG A; 2BQQ A; 4M02 A; 1T0Y A; 3NRZ A; 3ZGZ A; 3BIN A; 1OEY J; 3PTF C; 4YWG G; 2WXL A; 1TZO A; 1QLB B; 2BS4 B; 2KVZ A; 1JWU D; 5EE0 A; 2N1V A; 4US8 A; 1WM3 A; 3RNB C; 3TCA A; 1WGY A; 2GRI A; 5E6P A; 2NBW B; 1ZW7 A; 4MGY E; 1YOV B; 4BBN F; 3PO0 A; 3N20 C; 4AUQ C; 2IY1 B; 2KWU B; 4KSK C; 5H8Y E; 2N9X A; 1T0Q C; 5EDS A; 3N1X C; 2IZV B; 4RH6 A; 3C8Y A; 1WXM A; 2WDV B; 3BVG A; 1WJ6 A; 3HVD A; 3JSV B; 1G6J A; 2WXK A; 5JHB A; 1JAL A; 1UEL A; 2V4L A; 2H89 B; 5IOI A; 1VZ6 A; 2H88 B; 1WZ0 A; 1C9F A; 1AYF A; 3SFE B; 1QZE A; 1SIF A; 2BKR B; 4NQK E; 2NBU A; 2C9W B; 2KC1 A; 4BFR A; 1KLV A; 4US9 A; 3IT6 B; 2DLB A; 4KIK A; 2LEK A; 2BVC A; 4RNA A; 2WXP A; 4C4V B; 2ZEQ A; 3C0R B; 2WU5 B; 1TS4 A; 1WJN A; 2KWC A; 4K3B A; 4EFO A; 4EZK A; 2ZJD A; 3IVF A; 3M63 B; 4M0W A; 3DBH I; 2K39 A; 3FAH A; 5JZE B; 4NPN A; 4PYU A; 2EKI A; 4RCO A; 2KLG A; 2VH1 A; 3UI3 A; 3ZJV A; 3DBL B; 4HCP B; 4KDL B; 3JVZ X; 1V81 A; 1QOA A; 1ET6 A; 5BO4 B; 2GBK A; 1HE8 A; 3VUW A; 2G45 B; 1F9J A; 4GMV A; 4R3D A; 2FCQ A; 3ZW3 A; 2BW2 A; 3AXC A; 2MBO A; 2KWV B; 4JPS A; 5CHF A; 3X0W A; 3DBR I; 2DZK A; 2FE8 A; 4B0E A; 4PS3 A; 2WS3 B; 3PHX B; 1L0Y B; 2GBM A; 4Q2J A; 1HA5 A; 2Y5B B; 3VTU A; 4NNJ B; 3I9V 1; 2M17 A; 3I57 A; 3QK0 A; 4ZRQ A; 4G3X B; 4LCD E; 4HPM B; 2Z0D B; 5CHV C; 3N3K B; 2M8S A; 3EFC A; 1TZ1 A; 1XXG A; 3AH7 A; 2QJL A; 2ZNV B; 3RNA C; 4HXD A; 3RUI B; 2INC C; 2LGD A; 2G4D B; 4DHJ B; 1C4A A; 2G9H D; 1SE4 A; 1WYW B; 1ZXI A; 2BS2 B; 2LHE A; 3EEC A; 1TS5 A; 2ZW1 A; 1WIA A; 4WUR A; 2KX0 A; 4FHJ A; 5BMG A; 4P1B C; 4I6N B; 2ZVN A; 1HZ6 A; 1N5W A; 1E10 A; 3LB8 C; 3QA8 A; 2AL6 A; 1L7Y A; 3KUD B; 3I3T B; 4XC2 A; 1ZKH A; 4WWO A; 1L5P A; 4JLC A; 3Q3J A; 3R2I A; 5G5H A; 1PYW D; 1I4Q A; 1V6E A; 4IWO A; 4S0R A; 3H9D A; 4OVV A; 3KVF B; 2BYF A; 2K8H A; 4PS7 A; 4AJY B; 2JZZ A; 5FKA C; 3D32 A; 4LLG M; 5IP4 D; 1E0Z A; 1FCC C; 1JRP A; 1HTO A; 3L54 A; 2N9P C; 1WR1 A; 2BGF A; 2NTS A; 4ZHO A; 3QIJ A; 1C78 A; 2K1F A; 1PQS A; 1FRR A; 2XBB C; 5AUI A; 4MGZ E; 3PZD A; 1Z5S B; 1S3S G; 3LDZ E; 3H7P B; 1E9M A; 3KW5 B; 2GI9 A; 1JWS D; 1GJZ A; 4NAM A; 3AE7 B; 1A70 A; 2N9E B; 2BBC A; 1WXS A; 2L1A A; 3OJ3 A; 1TJE A; 1I4H A; 3FC4 A; 2YEP F; 5G2N A; 4GXB A; 1TTN A; 4G50 A; 1DYQ A; 1QOB A; 2CU3 A; 3V61 A; 1YJ1 A; 2JY6 A; 1ZE3 D; 2EEL A; 3TMP B; 2VRR B; 1WM2 A; 3PLV A; 3PT2 B; 1J7B A; 1Q5W B; 2LHD A; 3N1Y C; 4HRS A; 2OOB B; 5G5G A; 3AE1 B; 2MEK A; 1YN3 A; 4YSY B; 2MQJ A; 2HJ8 A; 4ZRJ A; 1UWM A; 1YQ4 B; 1YMH E; 4MDK E; 5JHA A; 3AUL A; 2RDH A; 2LZ6 A; 2BB6 A; 1C76 A; 3SEB A; 4CHK A; 2C7M B; 5DPT A; 1VCB A; 2ONQ A; 1SB3 C; 2M4N A; 4YXD B; 2NPT A; 5TSS A; 1R7S A; 2CHW A; 1WRI A; 1ZOY B; 1GC6 A; 2LRU A; 4RFB A; 3Q3F A; 4L2Y A; 4WQO B; 4I6L B; 1TYG B; 2K25 A; 1PGX A; 3E56 A; 4A90 A; 3ETR A; 1GAQ B; 2WHI A; 1IGD A; 3IHP C; 2KFJ A; 3NVY A; 2KQ7 A; 2DYB A; 3TEW A; 2NMQ A; 3SDL C; 3IT4 B; 4CO7 A; 4EKU A; 3APF A; 5T8I A; 3WAO A; 1EWC A; 5CX3 A; 2IO1 B; 1FM0 D; 3SFD B; 5LNK 1; 3WAN A; 4AP4 C; 2V1Y A; 1MVK A; 1JWM D; 3LJ3 A; 2MBB B; 2WU2 B; 2Q5W D; 4RM9 A; 2BS3 B; 3AI5 A; 2KVR A; 3MHZ A; 1ZXH A; 3V60 A; 4DXA B; 1F2R C; 4QAY A; 3X23 A; 3ALB A; 5EE9 A; 5FR6 A; 1P0R A; 1WJ4 A; 2L05 A; 1V86 A; 2PVO D; 1ZP0 B; 3NZU A; 3UQB A; 4AQ7 A; 2KHW B; 2JWU A; 3VRA B; 3EA6 A; 2IND C; 2K6D B; 3V3X A; 4LNF A; 1JCK B; 1R4N I; 4OVU A; 2MWS B; 4WWN A; 2AQ1 B; 4J3O D; 4NZL B; 4K3C A; 3VTW A; 1K8R B; 1XLN A; 2I38 A; 3Q3M C; 2JWZ A; 3DBS A; 2FID A; 3PHW B; 4ZYS A; 3NUH B; 3KQ4 A; 3B9J A; 1SSN A; 4OZB A; 2KNB A; 1EO6 A; 1Y56 A; 4K7U A; 3AV8 A; 1AWD A; 5AZG A; 5FR3 A; 1C1Y B; 5JXV A; 2OJR A; 1I4R A; 3WAL A; 3L0W B; 3T9L A; 4RMA A; 2KJH B; 3PRE A; 1WJU A; 2KAN A; 2CU1 A; 3EFU A; 2KYW A; 3P4Q B; 4C7Y A; 5CTR C; 1IBX B; 1V5O A; 2CHZ A; 4ANX A; 1YJJ A; 3RZF A; 1JRU A; 2N4F A; 3EGR A; 5DPR A; 1ZDX A; 2RDB C; 2B3A A; 3BZD B; 4KGT A; 2R2Q A; 1RAX A; 3QAR A; 1VD2 A; 3P4R B; 1BXT A; 3HVZ A; 3ABV B; 3DBH B; 2HJ1 A; 2D10 A; 3P4P B; 3VRB B; 2YLM A; 4IC7 B; 1N61 A; 2MX2 A; 3BK1 A; 1I35 A; 4JX1 C; 1J8C A; 3P63 A; 1XLP A; 2QSD A; 2ZVO A; 4G11 A; 1R4M B; 2IJ0 A; 2JZP A; 2XK5 A; 4P16 A; 4GDK B; 1M94 A; 3QAQ A; 2JF5 A; 3EC8 A; 5EE3 A; 1F77 A; 2MSE D; 2PE9 A; 5IA7 A; 3AU5 A; 4ZOH C; 3L08 A; 4KGS A; 3UQA A; 3DBR B; 4MJS A; 4HKQ A; 1WGR A; 2UU7 A; 1SE2 A; 3DPD A; 3W2D A; 1RRB A; 2CJN A; 1TIF A; 1FEH A; 3DVG Y; 2LWP A; 1C77 A; 1WR6 E; 2BWF A; 3VUY A; 2CJO A; 2FCN A; 4IWP A; 2MBQ A; 3VFK A; 5H92 C; 1SEB D; 3Q8A A; 4A6Q A; 2WNM A; 4TQ0 A; 5BMI A; 3AEE B; 4KZC A; 1WX9 A; 4M00 A; 4N9F 4; 2WX0 A; 1SF0 A; 4WIP A; 3P1M A; 3BK2 A; 2DBY A; 4IM3 A; 2K3U A; 3PRP B; 1DGJ A; 3RPF C; 4FJZ A; 2OHF A; 4DWF A; 4NQL B; 4A55 A; 4BZA A; 3P42 A; 4ITK A; 1E8W A; 4EZL A; 1BML C; 4DHZ E; 3TL5 A; 2ZZP B; 2C7H A; 2L3Z A; 1P1A A; 2VH2 A; 3JW0 X; 2WLB A; 4A3P A; 3MJ5 A; 4DHZ B; 2WP9 B; 1FIQ A; 2E3T A; 4BKS A; 4C7Z A; 2DEN B; 4IM2 A; 2I2Y A; 2L83 A; 3AEA B; 1SXT A; 4EOY A; 4XGA B; 2L76 A; 4ASW C; 3DWG C; 4HVB A; 1N60 A; 3BYY B; 1NVI D; 4K7W A; 1CMX B; 3HM3 A; 5LLI A; 1GB1 A; 5HG2 A; 1KH0 A; 2J7Q B; 2O2V A; 1UZX B; 2HD5 B; 2NR2 A; 4L1B A; 4WAA A; 2MJE A; 2BB5 A; 3R7R A; 2D5G A; 2L8J A; 4HK2 A; 5E6N A; 3RFZ B; 4FJV B; 2L0T A; 1KTK A; 2K5P A; 2D3B A; 4NAW B; 1MJD A; 1EF5 A; 2QMT A; 2KTR B; 3CIR B; 2KWD A; 3QC8 B; 1VZ7 A; 1WE6 A; 4IOI E; 1YD8 U; 1WX8 A; 2LFI A; 3NY5 A; 4WH4 A; 3BVM A; 2ZCC A; 4NJC A; 5D3D A; 4WJQ A; 1E7P B; 1LGR A; 2WXF A; 1H8C A; 3UF8 A; 4XWT A; 1V1P B; 1P9D U; 2EMT A; 3N1Z C; 2N9L A; 2PEA A; 3PS6 A; 2AWT A; 4JE3 B; 3ZDT A; 3HHM A; 2O6V A; 4EEW A; 1JRO A; 3BII D; 2BYT A; 4A20 A; 4FA6 A; 2FAZ A; 1SJH D; 1V49 A; 1TKY A; 1K52 A; 4USA A; 3VH4 B; 3BVZ A; 2DYO A; 3KUC B; 2XN9 C; 4AJW A; 4MH8 A; 2XNA C; 3DCG A; 1MG4 A; 1F1H A; 1GUA B; 4FN2 A; 1FXA A; 1R4M I; 2RGF A; 2MJ3 A; 4OVZ A; 2WXJ A; 3U7D A; 2KDF B; 1WXA A; 1OQQ A; 1XLO A; 4XYC A; 3NS8 A; 1OEY A; 4LK0 M; 4ZYN A; 2L52 A; 4S17 A; 4TUU A; 3ZLZ A; 1IPG A; 2BT6 A; 4KV2 A; 2N9K A; 2IGG A; 2D3A A; 3MFG A; 2KFK A; 4IM0 A; 3NS1 A; 1KM7 A; 3V6C B; 3OJ4 B; 2O2V B; 1WGD A; 4F8C B; 3TEZ A; 3NVV A; 3T3O A; 2PTL A; 4YSZ B; 3KUZ A; 1BUI C; 1T3Q A; 2QEJ C; 3RNF C; 1T0S C; 3KWV A; 3DHI C; 3RNE C; 3U8Z A; 4HDO A; 3ZTC A; 3UIP B; 2W9N A; 4N58 A; 4W9C A; 2IYD B; 2WWZ A; 1Z2M A; 1WF9 A; 4YTN B; 4F7Z A; 4E74 A; 1R4N B; 4GLS C; 4HRO A; 1YN4 A; 1EUV B; 3IXS A; 1FXI A; 2AX5 A; 3VDZ A; 4GDL A; 4WWP A; 3U52 E; 3RUL A; 3N9Y C; 1CQV A; 2Z59 B; 4RGM A; 2WGS A; 5AZH A; 1P7E A; 4LJP B; 2MP2 A; 1EF1 A; 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