The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.
Total Genus |
21
|
sequence length |
81
|
structure length |
81
|
Chain Sequence |
RGKRPLKIWDSWRNVRKGVVVGTFEELLVRGKDKLGVPASEPVRVVLECDGTQIEDGEYFRTLANNTVLLLLRQGERWLEH
|
The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.
After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.
| publication title |
CIDE domains form functionally important higher-order assemblies for DNA fragmentation.
pubmed doi rcsb |
| molecule keywords |
DREP2
|
| molecule tags |
Apoptosis
|
| source organism |
Drosophila melanogaster
|
| total genus |
21
|
| structure length |
81
|
| sequence length |
81
|
| chains with identical sequence |
B, C, D
|
| ec nomenclature | |
| pdb deposition date | 2014-05-12 |
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
| Class | Architecture | Topology | Homology | Domain |
|---|---|---|---|---|---|
| Alpha Beta | Roll | Ubiquitin-like (UB roll) | Ubiquitin-like (UB roll) |
#chains in the Genus database with same CATH superfamily 2I38 A; 2JXT A; 2J53 A; 5BMI A; 2LHD A; 2J52 A; 4OZA A; 3FIL A; 2GB1 A; 5HFY A; 2RMM A; 1HZ5 A; 1Q10 A; 1FCL A; 1QKZ A; 4HJG E; 2N9K A; 4KGS A; 2KAC A; 3UI3 A; 1MI0 A; 2N7J A; 1MPE A; 1JML A; 2OED A; 2I2Y A; 1MHH E; 2RPV A; 1KH0 A; 2KWD A; 4KGR A; 1XCQ L; 2JSV X; 1K51 A; 1P7E A; 3FIL B; 2KDM A; 1XF5 L; 4D2K A; 4IKG A; 2EEL A; 2QMT A; 3GB1 A; 5BMH A; 1HEZ E; 2QSD A; 1PGX A; 1K50 A; 1YMH E; 2ON8 A; 2ZW0 A; 2KQ4 X; 2PTL A; 3V3X A; 1ZXH A; 4OZC A; 2LHE A; 1IBX A; 1UWX A; 2ZW1 A; 1FD6 A; 1F2R I; 1D4B A; 5HG2 A; 1K53 A; 4IOI E; 1EM7 A; 2LUM A; 2JU6 X; 1C9F A; 2IGD A; 4KGT A; 5HHD G; 1HZ6 A; 1F2R C; 1MHX A; 2IGH A; 1PGA A; 2JWU A; 2NMQ A; 1K52 A; 4WH4 A; 1IGC A; 1YNT E; 2K0P A; 2IGG A; 1IBX B; 1FCC C; 1PGB A; 2PLP A; 2ONQ A; 2KN4 A; 5BMG A; 2N9L A; 4OZB A; 1P7F A; 1XCT L; 1MVK A; 2PW9 A; 5JXV A; 4MAC A; 1GB1 A; 2LGI A; 1IGD A; 2JZP A; 3MP9 A; 4GLS C; 5HI1 A; 1GB4 A; 2GI9 A; 4HKZ E; #chains in the Genus database with same CATH topology 4HK2 A; 2VZK B; 3M62 B; 4MEL A; 2JYT A; 3ZNZ B; 2H89 B; 2DZM A; 3GZN B; 1L0V B; 2E3T A; 1RAX A; 2LVP A; 4WWO A; 3GS2 A; 3MJW A; 2V3N A; 4LK0 M; 2N7J A; 4KZ0 A; 3OWE B; 4NJ7 A; 4L23 A; 3ZQ4 A; 1K8R B; 1WZ3 A; 2N7E A; 2FNJ B; 4BBN C; 3P1M A; 4LDT D; 3KW5 B; 4XZ4 A; 2RGF A; 4ANX A; 3KUZ A; 4WQM A; 3APD A; 3GB1 A; 3GE8 C; 4ZRJ A; 3AH7 A; 4MJS A; 3DVN V; 2M1M A; 2FBW B; 4C56 C; 4ZRK A; 4YTN B; 2SAK A; 4K81 A; 2ON8 A; 4ZYN A; 2KQ4 X; 3EFU A; 1SBB B; 4OVV A; 2LHE A; 1TKG A; 3O13 A; 4G3X B; 2KHW B; 1ESF A; 3VAW A; 3LDZ E; 1FD6 A; 4LDT B; 4HCP B; 3N1X C; 4L2Y A; 3TEW A; 2IGD A; 2KX0 A; 1TZ1 A; 1T0S C; 2KJH B; 3V61 A; 4NAW B; 5T8I A; 1WMH B; 3VUX A; 2BPS A; 2KJR A; 2BB5 A; 1D3Z A; 2N1V A; 3QA8 A; 2NBU A; 2KD0 A; 4HVB A; 2KMM A; 2B76 B; 4H2A A; 2JZ3 B; 3L10 B; 5FR6 A; 3Q3M C; 1GB1 A; 2BQQ A; 4REZ A; 4RCO A; 4GGQ A; 2DEN B; 3AEF B; 2AX5 A; 2C7M B; 2IY1 B; 1F1H A; 3TJP A; 3ENE A; 4BOS C; 2J53 A; 5EDS A; 5J18 A; 5AUI A; 1WXM A; 3KYC D; 2WLB A; 3A1Q A; 5DPR A; 4JE3 B; 1JCK B; 2FCN A; 2DYO A; 5DPW A; 2V0G A; 3DVN U; 4JGH B; 3LXF A; 1CMX B; 1HXY D; 3AE1 B; 3TUO A; 3PSE B; 4JL9 A; 2KDF B; 2NR2 A; 4KDI C; 3ABV B; 5H92 C; 3ZRF A; 1N63 A; 4HPM B; 2VRR B; 1D5M C; 1QOF A; 1MJD A; 4M01 A; 4I6N B; 2BTE A; 2YVC A; 1KLU D; 1YQ3 B; 1FMA D; 4PYU A; 4C00 A; 2J0J A; 2KC1 A; 2W54 A; 4C4V B; 4GDL B; 3SEB A; 4A6Q A; 4WJN A; 1J0G A; 1XEE A; 1Y8R C; 2MCN B; 1LXD A; 2LD9 A; 2LRW A; 2PJH A; 5D3D A; 3URY A; 5C2T B; 3SR6 A; 1A70 A; 1A5R A; 2MX2 A; 1J19 A; 1IGC A; 4TQ0 A; 3NVZ A; 1EWY C; 1KF6 B; 2K0P A; 2IGG A; 2CU3 A; 2BYT A; 5JHB A; 2NTT A; 3ALB A; 1GG3 A; 3T3O A; 2BBC A; 3BVG A; 3ZJU A; 4HDQ A; 2D3B A; 2Q5W D; 4W9D A; 3OAW A; 3M3J A; 2KDE B; 4R3D A; 3E9S A; 3DQV A; 3ZLZ A; 2KFK B; 2J52 A; 3OLM D; 1N5X A; 3AM9 A; 4WQO B; 2AYO B; 2IO3 B; 4LJP B; 3R7Q A; 4NJC A; 1WR6 E; 1YQB A; 1F52 A; 2N9X A; 1E7V A; 1WXQ A; 4IC7 B; 1NEN B; 3EC8 A; 2FCS A; 3T8M A; 1GJZ A; 2NS5 A; 3TMP B; 3B08 A; 4RGO S; 4JPS A; 5IAA C; 2MP2 B; 4EOY A; 4YL8 A; 4HLE A; 2NPT A; 1V1P B; 4MGK E; 2LRU A; 3NRZ A; 2KYW A; 4OVU A; 2R61 A; 2Y5B B; 3ZXR A; 3RYT A; 1I7H A; 4FBJ B; 2D3A A; 2E6X A; 2J4X A; 3VDZ A; 2K5P A; 3A9K A; 1DOY A; 1UWM A; 5IA7 A; 2MBB B; 2X38 A; 3A4R A; 2LXA A; 3HHM A; 1KRH A; 2H88 B; 1TS4 A; 2MBQ A; 3DBL I; 5E6N A; 4ANV A; 3X23 A; 3CMM B; 3LYY A; 4HCN B; 3PS6 A; 1WXV A; 2LGX A; 1VDV A; 3BYY B; 4GDK B; 4FAD A; 3DHG C; 4O1N A; 2LJI A; 2WU2 B; 4F7Z A; 5HI1 A; 3H7P B; 2K6D B; 2REX A; 4FN2 A; 3HM6 X; 2NCN A; 4HDO A; 4WWP A; 4GDL A; 1WJU A; 2HTM E; 5D6J B; 2OJW A; 3OJ3 A; 2LGD A; 5AUK A; 1TJE A; 2CR5 A; 3ZW3 A; 4N59 A; 1OQR A; 5D2M B; 2Y3A A; 1MPE A; 2A4Z A; 2XNA C; 3SFD B; 1FNU A; 4HPL B; 3DOW A; 2FUG 1; 3WCQ A; 1S3S G; 3RMK C; 4YXD B; 2Y5P A; 3RUI B; 3U7D A; 3BK2 A; 3Q8E A; 3M95 A; 1XQQ A; 2YEP F; 3AEC B; 1DOI A; 2CHX A; 3DWM A; 1V1O A; 3BYT B; 4EZJ A; 1V97 A; 2XK5 A; 3BII D; 2V1Y A; 4KIK A; 1UBI A; 2ZJD A; 3W1Y A; 3VTU A; 1SIJ A; 4A90 A; 1RFK A; 3ZYY X; 1R4N I; 3PT2 B; 3B1L X; 1ET6 A; 1ZXH A; 1IBX A; 2KFK A; 2NTS A; 1FFV A; 2KXJ A; 1D4B A; 4YTM B; 1Z2M A; 5I4D A; 5L83 A; 1I4H A; 3W5V B; 1UUP A; 1RFA A; 4YSX B; 2MW5 A; 2WDT B; 1ZPS A; 3H9D A; 2XBB C; 1N5W A; 3DBR I; 5IOI A; 4JWU C; 3P4R B; 5CHF A; 4CQN A; 3PZ8 A; 4MM3 A; 3U30 A; 2K6Q A; 4N6E B; 2KN5 A; 2N1W A; 5G55 A; 2LGS A; 4MEM A; 2PEA A; 4K1R B; 4WAF A; 2M0X A; 1WXS A; 4OZB A; 3E56 A; 2QIL A; 3NOB A; 1KLG D; 2NVU I; 4M0W B; 2M17 A; 1FNW A; 4MDK E; 4AUQ C; 2WDR B; 2LGI A; 3VXW A; 5E6J A; 2C9W B; 4GLS C; 1V80 A; 3R8B A; 2AQ1 B; 5L95 C; 3W1S A; 3L13 A; 2FUH B; 2JXT A; 2G1E A; 2LHD A; 4G0N B; 4URK A; 3S2A A; 3A9J B; 2JXX A; 4KSK C; 1V1P A; 1E5W A; 3V6C B; 2QDF A; 2FCM A; 1TIF A; 3NZU A; 3QC8 B; 3ML8 A; 3OG5 A; 2KAC A; 3VRB B; 1X1M A; 1ACC A; 3NY5 A; 3RNG C; 1JML A; 2JY6 A; 4TUU A; 3ZTC A; 1MHH E; 1FM0 D; 2L0F A; 4X57 B; 1T0R C; 5AZF A; 1KLV A; 1P0R A; 4ARI A; 4KGR A; 4TKN A; 4J6I A; 1TS2 A; 3TBL D; 5TR5 A; 4GXB A; 2BS3 B; 5GXG B; 3NS1 A; 4W9I A; 4RH6 A; 5FR3 A; 1NEK B; 3T3N A; 4HEA 1; 4B0E A; 2N0S B; 4A3O A; 2WDQ B; 4HRO A; 3RNF C; 2WXN A; 1FIQ A; 1T0Y A; 3NG0 A; 1KOT A; 1QOG A; 1XLO A; 1EO6 A; 2MLB A; 1SXT A; 3V60 A; 3IXS A; 3HUI A; 3PVL A; 2LUM A; 2M19 A; 2I1K A; 1YJI A; 1J7B A; 3AU5 A; 2BF8 B; 5EE0 A; 4K7U A; 2MSE D; 2MA9 B; 1D5Z C; 1LM8 B; 2WQY B; 1I4Q A; 1V49 A; 2W82 A; 3C19 A; 4MGY E; 3Q3O C; 3L54 A; 3AE8 B; 4Q2J A; 1MVK A; 5J17 A; 1I42 A; 2O2V B; 2K39 A; 2N7D A; 5IP4 D; 2JWZ A; 2INC C; 3FC4 A; 2GRI A; 1CJE A; 2L3Z A; 4GSW A; 4M8N A; 3VUW A; 3Q2A C; 1SGH A; 4B9K A; 5D7G A; 1E90 A; 2VZK D; 3A4S C; 3BVM A; 2ASQ A; 3R66 C; 3JSV B; 3GE3 C; 4K3C A; 2QHO A; 1LGR A; 3LJ3 A; 1AN8 A; 1STE A; 2MJ3 A; 2PE9 A; 4DHZ E; 1P1A A; 3MC9 A; 2M0A A; 4PK1 A; 1WRD B; 2D07 B; 2JT4 B; 1E8Z A; 4RNA A; 5GMV A; 4GMV A; 3EGR A; 3WAO A; 4CHK A; 3APF A; 1TGZ B; 4GB9 A; 2AQ2 B; 3D32 A; 1FXI A; 3HM3 A; 4N58 A; 1WGD A; 1IUE A; 4TSS A; 4W9F A; 3EFC A; 2C60 A; 1PGX A; 3R2T A; 4JX1 C; 5D3I B; 1R4N B; 1YMH E; 4PS8 A; 1WH3 A; 3U8Z A; 4MSQ B; 3RNA C; 3P2B A; 3H7S A; 3RNC C; 5DCN A; 1VD2 A; 3QHT A; 1EF1 A; 1CQV A; 3A9J A; 4ASW C; 3PLV A; 2QJL A; 1E7U A; 2WWZ A; 1HZ6 A; 3UIN B; 1F2R C; 1QT9 A; 4P6V F; 3DBR B; 4P7I A; 2SEB D; 4YSZ B; 2IO2 B; 2ACZ B; 1V5O A; 2AEH A; 1MFW A; 1V2Y A; 3CF6 E; 4P1C C; 3UIP B; 2KN4 A; 5EE3 A; 1I4R A; 3IAS 1; 4HPP A; 1E0Z A; 2D3C A; 2K25 A; 1YJJ A; 1GAQ B; 4ZHO A; 1D5X C; 1TS3 A; 2DLB A; 2LI5 A; 2JZP A; 2RSU A; 1FEH A; 2LJ5 A; 4FLH A; 2JPH A; 2FID A; 4XWT A; 2L32 A; 2DWQ A; 3ETR A; 2D10 A; 1SE3 A; 1WR1 A; 2WXM A; 3KUC B; 2AL6 A; 4E71 A; 1BUI C; 1UF0 A; 1GC6 A; 3IVF A; 3AMZ A; 4IUM B; 2RPV A; 3K9P B; 2W3R A; 2PE6 B; 4ITK A; 3QK0 A; 3RNB C; 3P4P B; 4K7S A; 2QC8 A; 1H4R A; 1WWT A; 3ECI A; 1I4X A; 4D2K A; 2BB6 A; 3L4P A; 4I6L B; 2WXJ A; 3QAR A; 4DQO C; 2LMC A; 2Y5C A; 2D2Q A; 3VHT C; 2RPQ A; 1FPY A; 4IM0 A; 2DBY A; 2KKC A; 1JAL A; 1YOV B; 2WXQ A; 3NVY A; 2ZEQ A; 1KM7 A; 2ZW0 A; 1N62 A; 1T0Q C; 3AEA B; 1Q0W B; 4C7Z A; 3TL5 A; 4EKU A; 1UZX B; 2G45 B; 2ZPN A; 3JSV A; 3MC8 A; 3HK0 A; 4W9K A; 4KVG B; 3AE3 B; 2JWU A; 2KTF A; 1OQQ A; 1WY8 A; 4IWP A; 5G2N A; 5AEK B; 3DVG X; 2WNM A; 3BWU D; 1PGB A; 4EZL A; 5JXV A; 1E8Y A; 1IGD A; 1RWS A; 3TIX A; 1M4V A; 2L1A A; 3APC A; 2GI9 A; 3ZVV A; 1UNS A; 2WXR A; 5CHV C; 2HD5 B; 2HTH A; 3Q3J A; 3AU4 A; 1FCL A; 2BS4 B; 2ICI A; 2LAS A; 1VZ7 A; 3UI3 A; 1XLN A; 3JW0 X; 1JWU D; 1BML C; 3RI7 C; 1NBF C; 4EFO A; 4II3 B; 2BKR B; 2G4S A; 2C7N B; 2GBJ A; 4BAX A; 4LNK A; 3FIL B; 1U4A A; 3Q8A A; 3AB5 A; 1PQS A; 3PRE A; 4FXC A; 4DXF A; 2CJO A; 1XLP A; 4F1S A; 1OGW A; 1N6Z A; 4JQW C; 3VFK A; 5H8Y E; 3MFG A; 3ZRC A; 2RDH A; 4NAW A; 3UF8 A; 1C3T A; 1WMH A; 2KLG A; 4EZK A; 2DAF A; 3AXC A; 5J2R A; 5C1Z A; 5LNK 1; 1JWB D; 1B1Z A; 1UWX A; 2G9H D; 1FFU A; 5BYQ A; 1C76 A; 3H8H A; 2A5U A; 2BWE S; 3PZ7 A; 3AE4 B; 3TEZ A; 2ZVN A; 3M63 B; 3SFE B; 3DWG C; 4EEW A; 1GUA B; 4MH8 A; 4GN1 A; 1NI3 A; 1F0Z A; 2MH7 A; 2IZV B; 1UGJ A; 1YN3 A; 3N1Z C; 1J7C A; 4LNN A; 4DHJ D; 1YN4 A; 3NZS A; 2KK8 A; 2EKI A; 2J0K A; 1F77 A; 2INN E; 3ML9 A; 3VUY A; 4RM8 A; 3LB8 C; 1FXA A; 2N4F A; 4NZL B; 4FHK A; 2RDB C; 4NJ6 A; 4FJY A; 3ZGZ A; 1GB4 A; 2JRH A; 1I4P A; 1WGG A; 2LEK A; 3R2I A; 1NYR A; 2I38 A; 2KMA A; 3UQB A; 3H1U A; 4ICV A; 4DHJ B; 1NVI D; 3RFZ B; 1ZDV A; 2KTR B; 1RYJ A; 1XXG A; 2RD0 A; 1YX6 B; 3P42 A; 1HZ5 A; 1QKZ A; 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2L76 A; 2PVO D; 3BIN A; 2G4D B; 2JSV X; 3QX1 A; 4DWF A; 3H6N A; 2MP2 A; 1XO3 A; 2HJ1 A; 1F9J A; 2UWQ A; 3U2S C; 2NBW B; 3MTN B; 4MH0 E; 3RCZ A; 1L7Y A; 3NJT A; 1QZE A; 1WGR A; 4XGA B; 2KAJ A; 3QCA A; 1JRU A; 2K3U A; 1K50 A; 1JRP A; 3AE9 B; 1EU3 A; 3VRA B; 1E7P B; 4BZA A; 3BY4 B; 1R7S A; 1IYF A; 3V3X A; 4XYC A; 4A9A A; 2KC2 A; 2MWS B; 5FK9 C; 1WE6 A; 2LZ6 A; 3WAN A; 4FHJ A; 3W1S C; 3ZNI D; 2KTR A; 3AV8 A; 4MJS B; 4M02 A; 3GP7 A; 3ZXV A; 4GDK A; 3IBE A; 3B9J A; 4IG7 B; 3UQA A; 1C1Y B; 2Z8L A; 2NMQ A; 4PS3 A; 4LCD E; 3AE2 B; 2CJN A; 4ZOH C; 1EU4 A; 3VVW B; 3H7P A; 4KKI A; 5AZH A; 3HVZ A; 4BKG A; 4RFB A; 1FCC C; 1YJ1 A; 1P3Q U; 2PLP A; 2ONQ A; 3AE5 B; 3DBS A; 5G5G A; 2JZZ A; 1WM2 A; 4TV3 A; 2KWU B; 1G6J A; 4NAM A; 2YLM A; 3AEE B; 2J42 A; 1TS5 A; 2IND C; 2VH1 A; 4NNJ B; 5IN7 A; 2LWP A; 1T3Q A; 3DBL B; 2JF5 A; 2DYM A; 2B3A A; 3PHW B; 2BWF A; 1SEB D; 2DHZ A; 2RR9 A; 4TQ1 A; 3TEX A; 3VR8 B; 3B2F A; 1TTN A; 1PDX A; 2DX5 B; 3QIJ A; 4DK5 A; 4WIP A; 4KGS A; 1PYW D; 2HDE A; 3IT6 B; 4HXD A; 4XDD A; 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